Debian Med Physics packages

Ce paquet, basé sur la bibliothèque BioSig, fournit des outils en ligne de commande comme :

 – save2gdf : convertisseur entre différents formats de fichiers, dont SCP-
   ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB ;
 – biosig2gdf : convertisseur de fichiers de données biosig en GDF pour
   simplifier l’analyse et le chargement par des langages de script (par
   exemple loadgdf.{py,r}) ;
 – rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp : outils de conversion
   basés sur save2gdf ;
 – biosig_fhir : empaquetage de données biosignal en fichier de modèle
   binaire HL7/FHIR ;
 – physicalunits : convertisseur pour encoder et décoder les unités
   physiques en suivant ISO 11073-10101.

GDF (General Dataformat for Biosignals – format général de données pour les signaux biomédicaux) vise à fournir un stockage générique pour les signaux biomédicaux, tels EEG, ECG, MEG, etc.

Ce paquet fournit l’outil livré avec la bibliothèque (gdf_merger).

Octave est un langage de haut niveau (presque entièrement compatible avec Matlab®), d'abord destiné aux calculs numériques. Il fournit une interface pratique en ligne de commande, pour résoudre de façon numérique les problèmes linéaires et non linéaires.

Octave peut être étendu à l’aide de fichiers C++.

CERNLIB est une suite d'outils et de bibliothèques d'analyses destinée à l'utilisation au cours d'expérimentations en physique ainsi que dans d'autres domaines tels que les sciences du vivant.

PAW est un programme qui fournit une présentation graphique interactive ainsi qu'un outil d'analyse statistique et mathématique. Il est conçu pour fonctionner sur des objets familiers aux physiciens tels que les histogrammes, fichiers d'événements (Ntuples), vecteurs, etc.

Sur les architectures 64 bits, ce programme est lié statiquement aux bibliothèques du CERN afin de fonctionner correctement car sa conception n'est pas très propre vis-à-vis de cette architecture.

CERNLIB est une suite d'outils et de bibliothèques d'analyses destinés aux expériences de physique mais aussi à d'autres domaines tels que les sciences du vivant.

Ce paquet comprend Paw++, un programme interactif utilisé pour l'analyse et la présentation graphique. Paw++ est le même programme que PAW (dans le paquet « paw », mais avec une interface graphique améliorée basée sur Motif, compilé avec Lesstif dans Debian.

Le programme est lié statiquement avec les bibliothèques CERN sur les architectures 64 bits, la conception n'étant pas très adaptée vis-à-vis du 64 bits.

R est un système de calcul statistique et de graphiques. Il est composé d'un langage ainsi que d'un environnement d'exécution avec des graphiques, un débogueur, un accès à certaines fonctions système et la possibilité d'exécuter des programmes stockés dans des fichiers de script.

La conception de R a été fortement influencée par deux langages existants : le S de Becker, Chambers et Wilks et le Scheme de Sussman. Le langage obtenu est très proche en apparence du S, alors que l'implémentation sous-jacente et la sémantique dérivent du Scheme.

Le cœur de R est un langage de calcul interprété qui permet les branchements et les boucles ainsi que la programmation modulaire en utilisant des fonctions. La plupart des fonctions visibles par les utilisateurs sont écrites en R. Il est possible d'utiliser des procédures écrites en C, C++ ou FORTRAN pour plus d'efficacité, et la plupart des fonctions internes de R le font. La distribution R contient des fonctionnalités pour un large panel de procédures statistiques et de calculs mathématiques appliqués sous-jacents. Elle contient également un grand nombre de fonctions qui fournissent un environnement graphique flexible pour créer différents types de présentations des données.

De plus, plusieurs milliers de « paquets » d’extension sont disponibles à partir de CRAN (Comprehensive R Archive Network), aussi que sous forme de paquets Debian appelés « r-cran- ».

Ce paquet est un meta-paquet pour faciliter la transition de la configuration du paquet pre-1.5.0 avec le paquet principal r-base. Une fois installé, ce paquet peut être supprimé en toute sécurité, apt-get continuera à mettre à jour automatiquement ses composants dans les futures mises à jour. Fournir ce paquet est un moyen donné aux utilisateurs de n'installer que r-base-core s'ils le souhaitent.

BioSig est une bibliothèque pour accéder à des fichiers dans plusieurs formats de données biomédicales (incluant EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro et TMS32). La liste complète des formats de fichiers pris en charge est disponible à l'adresse http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED.

Ce paquet fournit les en-têtes de développement et une bibliothèque statique.

Ce paquet fournit les liaisons Octave à la bibliothèque BioSig. Son objectif principal est de fournir une interface d'entrées sorties à une grande variété de formats de fichiers biomédicaux, comprenant entre autres SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF et EDF.

CERNLIB est une suite d'outils et de bibliothèques d'analyses destinée à l'utilisation au cours d'expérimentations en physique ainsi que dans d'autres domaines tels que les sciences du vivant.

Ce paquetage comporte les scripts d'exemple à utiliser avec PAW ou PAW+ ainsi que les scripts de tests destinés à contrôler le comportement de ceux-ci. Ces scripts peuvent être exécutés à l'aide du programme paw-demos inclus.

Ce paquet fournit les liaisons Python⋅3 à la bibliothèque BioSig. Son objectif principal est de fournir une interface d'entrées sorties à une grande variété de formats de fichiers biomédicaux, comprenant entre autres SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF et EDF.

La corrélation multiple-tau est calculée à partir d’une échelle logarithmique (moins de points de données sont calculés) et est donc plus rapide que la corrélation conventionnelle à partir d’une échelle linéaire telle que « numpy.correlate ».

Une documentation est disponible sur http://paulmueller.github.io/multipletau

Il s’agit de la version en Python 3 du paquet.

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.