Summary
Physics
paquets Debian Med pour les physiciens du domaine médical
Ce méta paquet dépend d'une collection de logiciels et de documentation
utiles pour les physiciens du domaine médical en radiothérapie, imagerie de
diagnostics et domaines associés.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
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Debian Med Physics packages
Official Debian packages with high relevance
biosig-tools
outils de conversion entre différents formats de données médicales
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Versions of package biosig-tools |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.3.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.3.0-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package biosig-tools: |
interface | commandline |
role | program |
use | converting |
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License: DFSG free
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Ce paquet, basé sur la bibliothèque BioSig, fournit des outils en ligne de
commande comme :
– save2gdf : convertisseur entre différents formats de fichiers, dont SCP-
ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB ;
– biosig2gdf : convertisseur de fichiers de données biosig en GDF pour
simplifier l’analyse et le chargement par des langages de script (par
exemple loadgdf.{py,r}) ;
– rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp : outils de conversion
basés sur save2gdf ;
– biosig_fhir : empaquetage de données biosignal en fichier de modèle
binaire HL7/FHIR ;
– physicalunits : convertisseur pour encoder et décoder les unités
physiques en suivant ISO 11073-10101.
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gdf-tools
bibliothèque d’E/S pour les signaux biomédicaux – assistants
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Versions of package gdf-tools |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.1.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.1.2-2.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 0.1.3-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1.3-11.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.1.3-11.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gdf-tools: |
role | program |
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License: DFSG free
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GDF (General Dataformat for Biosignals – format général de données pour les
signaux biomédicaux) vise à fournir un stockage générique pour les signaux
biomédicaux, tels EEG, ECG, MEG, etc.
Ce paquet fournit l’outil livré avec la bibliothèque (gdf_merger).
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octave
langage GNU Octave pour calculs numériques
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Versions of package octave |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 6.2.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 9.2.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 9.2.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 7.3.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-backports | 5.2.0-3~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.4.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch-backports | 4.4.1-4~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch-backports | 4.4.0-3~bpo9+1 | s390x |
stretch | 4.0.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.2-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package octave: |
field | mathematics |
role | program |
suite | gnu |
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License: DFSG free
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Octave est un langage de haut niveau (presque entièrement compatible avec
Matlab®), d'abord destiné aux calculs numériques. Il fournit une interface
pratique en ligne de commande, pour résoudre de façon numérique les
problèmes linéaires et non linéaires.
Octave peut être étendu à l’aide de fichiers C++.
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paw
Physics Analysis Workstation (Station d'analyse pour la physique) - programme d'analyse graphique
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Versions of package paw |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.14.04.dfsg.2-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.14.04.dfsg.2-9.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.14.04.dfsg.2-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package paw: |
field | physics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | xlib |
use | viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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CERNLIB est une suite d'outils et de bibliothèques d'analyses destinée à
l'utilisation au cours d'expérimentations en physique ainsi que dans
d'autres domaines tels que les sciences du vivant.
PAW est un programme qui fournit une présentation graphique interactive
ainsi qu'un outil d'analyse statistique et mathématique. Il est conçu pour
fonctionner sur des objets familiers aux physiciens tels que les
histogrammes, fichiers d'événements (Ntuples), vecteurs, etc.
Sur les architectures 64 bits, ce programme est lié statiquement aux
bibliothèques du CERN afin de fonctionner correctement car sa conception
n'est pas très propre vis-à-vis de cette architecture.
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paw++
Outils d'analyse physique (version améliorée avec Lesstif)
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Versions of package paw++ |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.14.04.dfsg.2-9.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.14.04.dfsg.2-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.14.04.dfsg.2-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package paw++: |
field | physics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | motif |
use | viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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CERNLIB est une suite d'outils et de bibliothèques d'analyses destinés aux
expériences de physique mais aussi à d'autres domaines tels que les
sciences du vivant.
Ce paquet comprend Paw++, un programme interactif utilisé pour l'analyse et
la présentation graphique. Paw++ est le même programme que PAW (dans le
paquet « paw », mais avec une interface graphique améliorée basée sur
Motif, compilé avec Lesstif dans Debian.
Le programme est lié statiquement avec les bibliothèques CERN sur les
architectures 64 bits, la conception n'étant pas très adaptée vis-à-vis du
64 bits.
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r-base
système de calcul statistique et de graphique GNU R
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Versions of package r-base |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.5.2-1 | all |
stretch | 3.3.3-1 | all |
bullseye | 4.0.4-1 | all |
bookworm | 4.2.2.20221110-2 | all |
trixie | 4.4.1-3 | all |
sid | 4.4.1-3 | all |
jessie | 3.1.1-1+deb8u1 | all |
jessie-security | 3.1.1-1+deb8u1 | all |
Debtags of package r-base: |
devel | lang:r |
field | statistics |
role | dummy, metapackage |
suite | gnu |
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License: DFSG free
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R est un système de calcul statistique et de graphiques. Il est composé
d'un langage ainsi que d'un environnement d'exécution avec des graphiques,
un débogueur, un accès à certaines fonctions système et la possibilité
d'exécuter des programmes stockés dans des fichiers de script.
La conception de R a été fortement influencée par deux langages existants :
le S de Becker, Chambers et Wilks et le Scheme de Sussman. Le langage
obtenu est très proche en apparence du S, alors que l'implémentation
sous-jacente et la sémantique dérivent du Scheme.
Le cœur de R est un langage de calcul interprété qui permet les
branchements et les boucles ainsi que la programmation modulaire en
utilisant des fonctions. La plupart des fonctions visibles par les
utilisateurs sont écrites en R. Il est possible d'utiliser des procédures
écrites en C, C++ ou FORTRAN pour plus d'efficacité, et la plupart des
fonctions internes de R le font. La distribution R contient des
fonctionnalités pour un large panel de procédures statistiques et de
calculs mathématiques appliqués sous-jacents. Elle contient également un
grand nombre de fonctions qui fournissent un environnement graphique
flexible pour créer différents types de présentations des données.
De plus, plusieurs milliers de « paquets » d’extension sont disponibles à
partir de CRAN (Comprehensive R Archive Network), aussi que sous forme de
paquets Debian appelés « r-cran- ».
Ce paquet est un meta-paquet pour faciliter la transition de la
configuration du paquet pre-1.5.0 avec le paquet principal r-base. Une fois
installé, ce paquet peut être supprimé en toute sécurité, apt-get
continuera à mettre à jour automatiquement ses composants dans les futures
mises à jour. Fournir ce paquet est un moyen donné aux utilisateurs de
n'installer que r-base-core s'ils le souhaitent.
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Official Debian packages with lower relevance
libbiosig-dev
bibliothèque d'entrées sorties de données biomédicales –⋅fichiers de développement
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Versions of package libbiosig-dev |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.3.0-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.3.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.9.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package libbiosig-dev: |
devel | examples, library |
role | devel-lib |
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License: DFSG free
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BioSig est une bibliothèque pour accéder à des fichiers dans plusieurs
formats de données biomédicales (incluant EDF, BDF, GDF, BrainVision,
BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG,
EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro et TMS32). La liste complète des formats de
fichiers pris en charge est disponible à l'adresse
http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED.
Ce paquet fournit les en-têtes de développement et une bibliothèque statique.
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octave-biosig
liaisons Octave à la bibliothèque BioSig
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Versions of package octave-biosig |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.9.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.0-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.3.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Ce paquet fournit les liaisons Octave à la bibliothèque BioSig. Son
objectif principal est de fournir une interface d'entrées sorties à une
grande variété de formats de fichiers biomédicaux, comprenant entre autres
SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF et EDF.
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paw-demos
Exemples et tests pour PAW
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Versions of package paw-demos |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.14.04.dfsg.2-9 | all |
stretch | 2.14.04.dfsg.2-9.1 | all |
buster | 2.14.04.dfsg.2-9.1 | all |
Debtags of package paw-demos: |
devel | examples, testing-qa |
field | physics |
interface | commandline, x11 |
role | program |
x11 | application |
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License: DFSG free
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CERNLIB est une suite d'outils et de bibliothèques d'analyses destinée à
l'utilisation au cours d'expérimentations en physique ainsi que dans
d'autres domaines tels que les sciences du vivant.
Ce paquetage comporte les scripts d'exemple à utiliser avec PAW ou PAW+
ainsi que les scripts de tests destinés à contrôler le comportement de
ceux-ci. Ces scripts peuvent être exécutés à l'aide du programme paw-demos
inclus.
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python3-biosig
liaisons Python⋅3 à la bibliothèque BioSig
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Versions of package python3-biosig |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Ce paquet fournit les liaisons Python⋅3 à la bibliothèque BioSig. Son
objectif principal est de fournir une interface d'entrées sorties à une
grande variété de formats de fichiers biomédicaux, comprenant entre autres
SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF et EDF.
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python3-multipletau
algorithme multiple-tau pour Python3/NumPy
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Versions of package python3-multipletau |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.4.1+ds-1 | all |
trixie | 0.4.1+ds-1 | all |
bookworm | 0.3.3+ds-4 | all |
jessie | 0.1.4-1 | all |
stretch | 0.1.7+ds-1 | all |
bullseye | 0.3.3+ds-3 | all |
buster | 0.3.3+ds-1 | all |
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License: DFSG free
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La corrélation multiple-tau est calculée à partir d’une échelle
logarithmique (moins de points de données sont calculés) et est donc plus
rapide que la corrélation conventionnelle à partir d’une échelle linéaire
telle que « numpy.correlate ».
Une documentation est disponible sur http://paulmueller.github.io/multipletau
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No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
Geant4 Application for Emission Tomography
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License: LGPL
Debian package not available
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GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and
scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear
medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single
Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description
of time-dependent phenomena such as source or detector movement and
source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent
components allows a coherent description of the acquisition process. It
makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions
in time.
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platform for the design, test and use of BCI
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License: LGPL
Debian package not available
Language: C++
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OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI).
OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for
real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter,
process, classify and visualize brain signals in real time.
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