Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Physics
paquets Debian Med pour les physiciens du domaine médical

Ce méta paquet dépend d'une collection de logiciels et de documentation utiles pour les physiciens du domaine médical en radiothérapie, imagerie de diagnostics et domaines associés.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Physics packages

Official Debian packages with high relevance

Biosig-tools
outils de conversion entre différents formats de données médicales
Versions of package biosig-tools
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
sid1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.9.4
Debtags of package biosig-tools:
interfacecommandline
roleprogram
useconverting
Popcon: 8 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Ce paquet, basé sur la bibliothèque BioSig, fournit des outils en ligne de commande comme :

  • save2gdf qui permet de convertir des données médicales dans différents formats de fichier, incluant SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF et CWFB entre autres. save2gdf peut également être utilisé pour échanger des données avec un serveur bscs.
Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Gdf-tools
bibliothèque d’E/S pour les signaux biomédicaux – assistants
Versions of package gdf-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdf-tools:
roleprogram
Popcon: 6 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals – format général de données pour les signaux biomédicaux) vise à fournir un stockage générique pour les signaux biomédicaux, tels EEG, ECG, MEG, etc.

Ce paquet fournit l’outil livré avec la bibliothèque (gdf_merger).

Octave
langage GNU Octave pour calculs numériques
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.6.2-5+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
experimental5.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.4.1-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.4.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.8.2-4amd64,armel,armhf,i386
upstream5.1.0
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 797 users (232 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Octave est un langage de haut niveau (presque entièrement compatible avec Matlab®), d'abord destiné aux calculs numériques. Il fournit une interface pratique en ligne de commande, pour résoudre de façon numérique les problèmes linéaires et non linéaires.

Octave peut être étendu à l’aide de fichiers C++.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-doc texmacs
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
Paw
Physics Analysis Workstation (Station d'analyse pour la physique) - programme d'analyse graphique
Versions of package paw
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package paw:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 24 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB est une suite d'outils et de bibliothèques d'analyses destinée à l'utilisation au cours d'expérimentations en physique ainsi que dans d'autres domaines tels que les sciences du vivant.

PAW est un programme qui fournit une présentation graphique interactive ainsi qu'un outil d'analyse statistique et mathématique. Il est conçu pour fonctionner sur des objets familiers aux physiciens tels que les histogrammes, fichiers d'événements (Ntuples), vecteurs, etc.

Sur les architectures 64 bits, ce programme est lié statiquement aux bibliothèques du CERN afin de fonctionner correctement car sa conception n'est pas très propre vis-à-vis de cette architecture.

Screenshots of package paw
Paw++
Outils d'analyse physique (version améliorée avec Lesstif)
Versions of package paw++
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package paw++:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
x11application
Popcon: 18 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB est une suite d'outils et de bibliothèques d'analyses destinés aux expériences de physique mais aussi à d'autres domaines tels que les sciences du vivant.

Ce paquet comprend Paw++, un programme interactif utilisé pour l'analyse et la présentation graphique. Paw++ est le même programme que PAW (dans le paquet « paw », mais avec une interface graphique améliorée basée sur Motif, compilé avec Lesstif dans Debian.

Le programme est lié statiquement avec les bibliothèques CERN sur les architectures 64 bits, la conception n'étant pas très adaptée vis-à-vis du 64 bits.

R-base
système de calcul statistique et de graphique GNU R
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-base
ReleaseVersionArchitectures
buster3.5.2-1all
sid3.6.0-2all
wheezy-security2.15.1-4+deb7u1all
wheezy2.15.1-4all
squeeze2.11.1-6all
jessie3.1.1-1+deb8u1all
jessie-security3.1.1-1+deb8u1all
stretch3.3.3-1all
Debtags of package r-base:
devellang:r
fieldstatistics
roledummy, metapackage
suitegnu
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

R est un système de calcul statistique et de graphiques. Il est composé d'un langage ainsi que d'un environnement d'exécution avec des graphiques, un débogueur, un accès à certaines fonctions système et la possibilité d'exécuter des programmes stockés dans des fichiers de script.

La conception de R a été fortement influencée par deux langages existants : le S de Becker, Chambers et Wilks et le Scheme de Sussman. Le langage obtenu est très proche en apparence du S, alors que l'implémentation sous-jacente et la sémantique dérivent du Scheme.

Le cœur de R est un langage de calcul interprété qui permet les branchements et les boucles ainsi que la programmation modulaire en utilisant des fonctions. La plupart des fonctions visibles par les utilisateurs sont écrites en R. Il est possible d'utiliser des procédures écrites en C, C++ ou FORTRAN pour plus d'efficacité, et la plupart des fonctions internes de R le font. La distribution R contient des fonctionnalités pour un large panel de procédures statistiques et de calculs mathématiques appliqués sous-jacents. Elle contient également un grand nombre de fonctions qui fournissent un environnement graphique flexible pour créer différents types de présentations des données.

De plus, plusieurs milliers de « paquets » d’extension sont disponibles à partir de CRAN (Comprehensive R Archive Network), aussi que sous forme de paquets Debian appelés « r-cran- ».

Ce paquet est un meta-paquet pour faciliter la transition de la configuration du paquet pre-1.5.0 avec le paquet principal r-base. Une fois installé, ce paquet peut être supprimé en toute sécurité, apt-get continuera à mettre à jour automatiquement ses composants dans les futures mises à jour. Fournir ce paquet est un moyen donné aux utilisateurs de n'installer que r-base-core s'ils le souhaitent.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Screenshots of package r-base

Official Debian packages with lower relevance

Libbiosig-dev
bibliothèque d'entrées sorties de données biomédicales –⋅fichiers de développement
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream1.9.4
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BioSig est une bibliothèque pour accéder à des fichiers dans plusieurs formats de données biomédicales (incluant EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro et TMS32). La liste complète des formats de fichiers pris en charge est disponible à l'adresse http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED.

Ce paquet fournit les en-têtes de développement et une bibliothèque statique.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Octave-biosig
liaisons Octave à la bibliothèque BioSig
Versions of package octave-biosig
ReleaseVersionArchitectures
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream1.9.4
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Ce paquet fournit les liaisons Octave à la bibliothèque BioSig. Son objectif principal est de fournir une interface d'entrées sorties à une grande variété de formats de fichiers biomédicaux, comprenant entre autres SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF et EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Paw-demos
Exemples et tests pour PAW
Versions of package paw-demos
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.14.04.dfsg.2-8all
buster2.14.04.dfsg.2-9.1all
sid2.14.04.dfsg.2-9.1all
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1all
jessie2.14.04.dfsg.2-9all
Debtags of package paw-demos:
develexamples, testing-qa
fieldphysics
interfacecommandline, x11
roleprogram
x11application
Popcon: 15 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB est une suite d'outils et de bibliothèques d'analyses destinée à l'utilisation au cours d'expérimentations en physique ainsi que dans d'autres domaines tels que les sciences du vivant.

Ce paquetage comporte les scripts d'exemple à utiliser avec PAW ou PAW+ ainsi que les scripts de tests destinés à contrôler le comportement de ceux-ci. Ces scripts peuvent être exécutés à l'aide du programme paw-demos inclus.

Python-multipletau
multiple-tau algorithm for Python/NumPy
Versions of package python-multipletau
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.1.4-1all
stretch0.1.7+ds-1all
sid0.3.3+ds-1all
buster0.3.3+ds-1all
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Multipe-tau correlation is computed on a logarithmic scale (less data points are computed) and is thus much faster than conventional correlation on a linear scale such as numpy.correlate

An online reference is available at http://paulmueller.github.io/multipletau

This is the Python 2 version of the package

Python3-biosig
Python3 bindings for BioSig library
Versions of package python3-biosig
ReleaseVersionArchitectures
sid1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.9.4
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This package provides Python3 bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Gate - wnpp
Geant4 Application for Emission Tomography
Responsible: Nicolas Spalinger
License: LGPL
Debian package not available

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

Openvibe - wnpp
platform for the design, test and use of BCI
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 195839