Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Physics
Пакунок для медичних фізиків

Цей пакунок має залежності від збірки програмного забезпечення і документації, яка корисна для медичної фізики у радіаційній онкології, створенні діагностичних зображень та в суміжних областях.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Physics packages

Official Debian packages with high relevance

Biosig-tools
format conversion tools for biomedical data formats
Versions of package biosig-tools
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
experimental1.4.1-1.1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream1.9.0.win
Debtags of package biosig-tools:
interfacecommandline
roleprogram
useconverting
Popcon: 8 users (8 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Based on BioSig library, this package provides command line tools, such as

  • save2gdf: converter between different file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB. save2gdf can be also used to upload or retrieve data from a bscs server.
Gdf-tools
IO library for the GDF -- helper tools
Versions of package gdf-tools
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch0.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.1.2-2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
buster0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package gdf-tools:
roleprogram
Popcon: 6 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals) is intended to provide a generic storage for biosignals, such as EEG, ECG, MEG etc.

This package provides the tool shipped with the library (gdf_merger).

Octave
мова для чисельних розрахунків GNU Octave
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.8.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid4.2.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
buster4.2.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.2.1-4hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.2-5+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 889 users (783 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave — високорівнева мова (майже сумісна із Matlab®), призначена для чисельних розрахунків. Має зручний консольний інтерфейс для чисельного вирішення лінійних та нелінійних задач.

Octave розширюється модулями на C++.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-doc texmacs
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Other screenshots of package octave
VersionURL
https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/401/large.png
Screenshots of package octave
Paw
Physics Analysis Workstation - a graphical analysis program
Versions of package paw
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package paw:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 29 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

PAW is an interactive program providing interactive graphical presentation and statistical and mathematical analysis tools. It is designed to work on objects familiar to physicists such as histograms, event files (Ntuples), vectors, etc.

The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit architectures in order to function properly, as its design is not very 64-bit clean.

Screenshots of package paw
Paw++
Physics Analysis Workstation (Lesstif-enhanced version)
Versions of package paw++
ReleaseVersionArchitectures
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package paw++:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
x11application
Popcon: 22 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes Paw++, an interactive program for use in analysis and graphical presentation. Paw++ is the same program as PAW (in the "paw" package), but with a more user-friendly Motif-based GUI, compiled against Lesstif in Debian.

The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit architectures in order to function properly, as its design is not very 64-bit clean.

R-base
GNU R — система для статистичних обчислень та представлення даних в графічному вигляді
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-base
ReleaseVersionArchitectures
sid3.4.2-1all
buster3.4.4-1all
sid3.4.4-1all
experimental3.4.4.20180405-1all
experimental3.4.4.20180411-1all
experimental3.4.4.20180417-1all
squeeze2.11.1-6all
wheezy-security2.15.1-4+deb7u1all
wheezy2.15.1-4all
jessie3.1.1-1+deb8u1all
jessie-security3.1.1-1+deb8u1all
stretch3.3.3-1all
Debtags of package r-base:
devellang:r
fieldstatistics
roledummy, metapackage
suitegnu
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

R — система для статистичних обчислень та представлення даних в графічному вигляді. Вона складається з мови з виконавчим середовищем для графічного відтворення даних, відлагоджувача, доступу до певних системних функцій та можливості виконувати програми, що містяться у файлах сценаріїв.

На вигляд R значною мірою вплинули дві існуючі мови: S (Becker, Chambers & Wilks) та Scheme (Sussman). Отже в результаті вийшла мова, що дуже схожа на S з реалізацією та семантикою, успадкованою з Scheme.

Ядром R є інтерпретована комп’ютерна мова, яка дозволяє створювати розгалуження та цикли так само, як і модульні програми з використанням функцій. Більшість доступних користувачам функцій R написані на R. R дає можливість користувачам звертатись до процедур, написаних на Сі, Сі++ або Фортран, для підвищення ефективності, і більшість із основних функцій R дозволяють робити це. Дистрибутив R містить функції для великої кількості статистичних завдань та математичних розрахунків, на які вони спираються. В ньому також міститься великий набір функцій, що надають гнучке середовище для графічного подання даних та результатів обчислень.

На додачу, кілька тисяч пакунків розширень доступні на CRAN (Comprehensive R Archive Network) багато з них також є пакунками Debian, що мають назву 'r-cran-'.

Цей пакунок є збірним пакунком, який полегшує перехід з встановлення пакунків pre-1.5.0 до використання великого пакунка r-base. Після встановлення його можна безпечно вилучити, а apt-get буде виконувати автоматичне оновлення його компонентів в майбутньому. Встановивши цей пакунок, користувачам потім буде потрібно лише встановити пакунок r-base- core, якщо вони забажають.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Screenshots of package r-base

Official Debian packages with lower relevance

Libbiosig-dev
I/O library for biomedical data - development files
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
experimental1.4.1-1.1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream1.9.0.win
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BioSig is a library for accessing files in several biomedical data formats (including EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). The complete list of supported file formats is available at http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

This package provides header files and static library.

Octave-biosig
Octave bindings for BioSig library
Versions of package octave-biosig
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
experimental1.4.1-1.1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream1.9.0.win
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This package provides Octave bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Paw-demos
Physics Analysis Workstation examples and tests
Versions of package paw-demos
ReleaseVersionArchitectures
buster2.14.04.dfsg.2-9.1all
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1all
sid2.14.04.dfsg.2-9.1all
wheezy2.14.04.dfsg.2-8all
jessie2.14.04.dfsg.2-9all
Debtags of package paw-demos:
develexamples, testing-qa
fieldphysics
interfacecommandline, x11
roleprogram
x11application
Popcon: 19 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes example scripts for use by PAW or Paw++, and test scripts to make sure that the PAW or Paw++ programs behave correctly. You may run the examples and tests with the included paw-demos program.

Python-biosig
Python bindings for BioSig library
Versions of package python-biosig
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
experimental1.4.1-1.1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream1.9.0.win
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This package provides Python bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Python-multipletau
multiple-tau algorithm for Python/NumPy
Versions of package python-multipletau
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.1.4-1all
stretch0.1.7+ds-1all
buster0.1.9+ds-1all
sid0.1.9+ds-1all
Popcon: 47 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Multipe-tau correlation is computed on a logarithmic scale (less data points are computed) and is thus much faster than conventional correlation on a linear scale such as numpy.correlate

An online reference is available at http://paulmueller.github.io/multipletau

This is the Python 2 version of the package

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Gate - wnpp
Geant4 Application for Emission Tomography
Responsible: Nicolas Spalinger
License: LGPL
Debian package not available

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

Openvibe - wnpp
platform for the design, test and use of BCI
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 199588