Debian Med Project
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Summary
Physics
pacchetti Debian Med per fisici medici

Questo metapacchetto contiene dipendenze per una raccolta di software e documentazione che sono utili per i fisici medici che lavorano nella radiologia oncologica, la diagnostica per immagini e i campi collegati.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Physics packages

Official Debian packages with high relevance

Biosig-tools
strumenti di conversione di formato per formati di dati biomedici
Versions of package biosig-tools
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
experimental1.4.1-1.1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.9.0.win
Debtags of package biosig-tools:
interfacecommandline
roleprogram
useconverting
Popcon: 5 users (18 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto, basato sulla libreria BioSig, fornisce strumenti a riga di comando, come:

  • save2gdf: converte tra diversi formati di file inclusi, ma non limitati a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB. save2gdf può essere usato anche per caricare o recuperare dati da un server bscs.
Gdf-tools
libreria di IO per GDF - strumenti ausiliari
Versions of package gdf-tools
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.1.2-2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
buster0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package gdf-tools:
roleprogram
Popcon: 3 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals, formato di dati generico per biosegnali) è pensato per fornire un'archiviazione generica per segnali biologici come EEG, ECG, MEG, ecc.

Questo pacchetto fornisce lo strumento incluso con la libreria (gdf_merger).

Octave
linguaggio GNU Octave per il calcolo numerico
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.2.1-4hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
wheezy3.6.2-5+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster4.4.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.4.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.8.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 848 users (586 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave è un linguaggio di alto livello (per la maggior parte compatibile con Matlab®) orientato principalmente al calcolo numerico. Fornisce una comoda interfaccia a riga di comando per risolvere numericamente problemi lineari e non.

Octave può essere esteso dinamicamente con file C++ forniti dall'utente.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-doc texmacs
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Other screenshots of package octave
VersionURL
4.0.3-2+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/015/189/large.png
Screenshots of package octave
Paw
Physics Analysis Workstation - un programma di analisi grafica
Versions of package paw
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package paw:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 24 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

PAW è un programma interattivo che fornisce strumenti per presentazioni grafiche interattive e per analisi matematiche e statistiche. È progettato per lavorare su oggetti familiari per i fisici, come istogrammi, file evento (n-tuple), vettori, ecc.

Il programma, per funzionare in modo corretto su architetture a 64 bit, include le librerie CERN statiche poiché il modo in cui è stato progettato non è totalmente compatibile con tale architettura.

Screenshots of package paw
Paw++
Physics Analysis Workstation (versione migliorata con Lesstif)
Versions of package paw++
ReleaseVersionArchitectures
sid2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package paw++:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
x11application
Popcon: 22 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni fisiche ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo pacchetto include Paw++, un programma interattivo per l'uso nelle analisi e nelle presentazioni grafiche. Paw++ è lo stesso programma di PAW (nel pacchetto "paw"), ma con un'interfaccia grafica più gradevole, basata su Motif, compilata con Lesstif in Debian.

Il programma è staticamente collegato alle librerie CERN su architetture a 64 bit per poter funzionare correttamente, poiché il suo disegno non è propriamente un 64 bit pulito.

R-base
sistema per calcoli e grafici statistici GNU R
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-base
ReleaseVersionArchitectures
buster3.5.1-1all
sid3.5.1-1all
squeeze2.11.1-6all
wheezy-security2.15.1-4+deb7u1all
wheezy2.15.1-4all
jessie3.1.1-1+deb8u1all
jessie-security3.1.1-1+deb8u1all
stretch3.3.3-1all
Debtags of package r-base:
devellang:r
fieldstatistics
roledummy, metapackage
suitegnu
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

R è un sistema per il calcolo statistico e per la grafica. Consiste di un linguaggio e di un ambiente eseguibile con grafica, un debugger, l'accesso a certe funzioni di sistema e la capacità di eseguire programmi memorizzati in file script.

La progettazione di R è stata pesantemente influenzata da due linguaggi già esistenti: S di Becker, Chambers e Wilks e Scheme di Sussman. Di conseguenza il linguaggio risulta avere un aspetto molto simile a S e l'implementazione e la semantica sottostanti sono derivate da Scheme.

Il cuore di R è un linguaggio interpretato che permette salti e cicli ma anche la programmazione modulare tramite le funzioni. La maggior parte delle funzioni visibili all'utente sono scritte in R. L'utente può interfacciarsi con procedure scritte in C, C++ o FORTRAN per l'efficienza, come fanno molte delle funzioni principali di R. La distribuzione di R contiene funzionalità per un gran numero di procedure statistiche e per i calcoli matematici applicati sottostanti. C'è anche un ampio insieme di funzioni che forniscono un ambiente grafico flessibile per la creazione di diversi tipi di rappresentazione dei dati.

Inoltre, diverse migliaia di "pacchetti" d'estensione sono disponibili dal CRAN, Comprehensive R Archive Network, molti dei quali sono disponibili come pacchetti Debian con nome "r-cran-".

Questo è un metapacchetto che facilita la transizione dall'organizzazione dei pacchetti pre-1.5.0 con il pacchetto r-base più grande. Una volta installato, questo pacchetto può essere tranquillamente rimosso e apt-get aggiornerà automaticamente i suoi componenti in futuro. Questo pacchetto è fornito per dare la possibilità agli utenti di installare poi solo r-base-core se preferiscono così.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Screenshots of package r-base

Official Debian packages with lower relevance

Libbiosig-dev
libreria di I/O per dati biomedici - file di sviluppo
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
sid1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.4.1-1.1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.9.0.win
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 1 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BioSig è una libreria per accedere a file in svariati formati di dati biomedici (inclusi EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). L'elenco completo dei formati di file gestiti è disponibile all'indirizzo http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Questo pacchetto fornisce i file header e la libreria statica.

Octave-biosig
collegamenti Octave per la libreria BioSig
Versions of package octave-biosig
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.4.1-1.1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.9.0.win
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto contiene i collegamenti Octave per la libreria BioSig. Il suo scopo principale è un'interfaccia di I/O per svariati formati di file biomedici compresi, ma non limitati a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Paw-demos
Physics Analysis Workstation - esempi e test
Versions of package paw-demos
ReleaseVersionArchitectures
sid2.14.04.dfsg.2-9.1all
buster2.14.04.dfsg.2-9.1all
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1all
wheezy2.14.04.dfsg.2-8all
jessie2.14.04.dfsg.2-9all
Debtags of package paw-demos:
develexamples, testing-qa
fieldphysics
interfacecommandline, x11
roleprogram
x11application
Popcon: 16 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni fisiche ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo pacchetto include script d'esempio da usare con PAW o Paw++ e script test per assicurarsi che i programmi PAW o Paw++ funzionino correttamente. Si possono eseguire gli esempi e i test con il programma incluso paw-demos.

Python-biosig
collegamenti Python per la libreria BioSig
Versions of package python-biosig
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.4.1-1.1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.9.0.win
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto contiene i collegamenti Python per la libreria BioSig. Il suo scopo principale è un'interfaccia di I/O per svariati formati di file biomedici compresi, ma non limitati a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Python-multipletau
algoritmo multiple-tau per Python/NumPy
Versions of package python-multipletau
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.9+ds-1all
buster0.1.9+ds-1all
jessie0.1.4-1all
stretch0.1.7+ds-1all
Popcon: 45 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

La correlazione multiple-tau è calcolata su scala logaritmica (vengono calcolati meno punti dati) ed è perciò molto più veloce della correlazione convenzionale su scala lineare come "numpy.correlate".

Un riferimento online è disponibile su http://paulmueller.github.io/multipletau

Questa è la versione per Python 2 del pacchetto.

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Gate - wnpp
Geant4 Application for Emission Tomography
Responsible: Nicolas Spalinger
License: LGPL
Debian package not available

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

Openvibe - wnpp
platform for the design, test and use of BCI
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 195255