Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Physics
Pakiet medyczny Debiana dla fizyków medycznych

Ten metapakiet zawiera zależności dla zbioru oprogramowania oraz dokumentacji, które są pomocne fizykom medycznym w radioterapii, obrazowaniu diagnostycznym oraz w pokrewnych dziedzinach.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Physics packages

Official Debian packages with high relevance

biosig-tools
Narzędzia do konwertowania formatów danych biomedycznych
Versions of package biosig-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster1.9.3-2amd64,arm64,armhf,i386
sid2.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package biosig-tools:
interfacecommandline
roleprogram
useconverting
Popcon: 11 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakiet oparty jest na bibliotece BioSig i zawiera narzędzia wiersza poleceń, takie jak:

  • save2gdf: konwerter pomiędzy różnymi formatami plików, takimi jak: (lecz nie ograniczający się do nich) SCP-ECG (EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB.
  • biosig2gdf: konwertuje pliki danych biosig do formatu GDF, aby uprościć analizowanie i ładowanie językom skryptowym (np.loadgdf.{py,r}).
  • rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: kilka narzędzi konwertujących opartych na save2gdf.
  • biosig_fhir: pakuje dane biosygnałowe do binarnego pliku szablonu HL7/FHIR.
  • physicalunits: konwerter do kodowania i dekodowania jednostek fizycznych zgodnie z ISO 11073-10101.
Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
gdf-tools
Biblioteka wejścia/wyjścia do GDF - narzędzia pomocnicze
Versions of package gdf-tools
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.1.2-2.1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.1.3-11.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid0.1.3-11.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gdf-tools:
roleprogram
Popcon: 11 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals - powszechny format danych do biosygnałów) służy do uniwersalnego przechowywania biosygnałów, takich jak EEG, EKG, MEG itd.

Pakiet zawiera narzędzie dostarczane z biblioteką (gdf_merger).

Please cite: Alois Schlögl: GDF – A general dataformat for BIOSIGNALS. The Computing Research Repository abs/cs/0608052 (2006)
octave
Język GNU Octave do obliczeń numerycznych
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
sid9.2.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie3.8.2-4amd64,armel,armhf,i386
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch-backports4.4.0-3~bpo9+1s390x
stretch-backports4.4.1-4~bpo9+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el
buster4.4.1-5amd64,arm64,armhf,i386
buster-backports5.2.0-3~bpo10+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm7.3.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie9.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 553 users (312 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave to (głównie kompatybilny z MATLAB®) język wysokiego poziomu, przeznaczony zwłaszcza do obliczeń numerycznych. Zapewnia on wygodny interfejs wiersza poleceń do rozwiązywania liniowych oraz nieliniowych zadań metodami numerycznymi.

Octave może być dynamicznie rozszerzony o dostarczone przez użytkownika pliki C++.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-dev octave-doc
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
paw
Physics Analysis Workstation (ang. Stacja robocza do analizy dla fizyków) - program do analizy graficznej
Versions of package paw
ReleaseVersionArchitectures
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armhf,i386
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package paw:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 17 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB to zestaw narzędzi do analizy danych oraz biblioteka stworzona na potrzeby fizyki doświadczalnej, zawiera jednak również aplikacje pomocne w innych dziedzinach, takich jak nauki biologiczne.

PAW jest interaktywnym programem zawierającym narzędzia do graficznej prezentacji oraz do analizy statystycznej i matematycznej. Jest przeznaczony do pracy na obiektach bliskich fizykom takich jak histogramy, pliki zdarzeń (Ntuples), wektory itp.

W celu poprawnego funkcjonowania, na architekturach 64-bitowych, program jest łączony statycznie z biblioteką CERN, gdyż nie był projektowany na taką architekturę.

Screenshots of package paw
paw++
Physics Analysis Workstation (Lesstif-enhanced version)
Versions of package paw++
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armhf,i386
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package paw++:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
x11application
Popcon: 8 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes Paw++, an interactive program for use in analysis and graphical presentation. Paw++ is the same program as PAW (in the "paw" package), but with a more user-friendly Motif-based GUI, compiled against Lesstif in Debian.

The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit architectures in order to function properly, as its design is not very 64-bit clean.

r-base
System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-base
ReleaseVersionArchitectures
buster3.5.2-1all
stretch3.3.3-1all
sid4.4.1-1all
bullseye4.0.4-1all
bookworm4.2.2.20221110-2all
trixie4.4.0-2all
jessie3.1.1-1+deb8u1all
jessie-security3.1.1-1+deb8u1all
Debtags of package r-base:
devellang:r
fieldstatistics
roledummy, metapackage
suitegnu
Popcon: 47 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

R to system do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej. Składa się on z języka oraz środowiska wykonawczego z grafiką, debuggerem, dostępem do niektórych funkcji systemowych oraz możliwością uruchamiania programów zapisanych w plikach skryptów.

Na pojawienie się R duży wpływ miały dwa istniejące języki: S (Becker, Chambers & Wilks) i Scheme (Sussman). Rezultatem jest język bardzo podobny do S z implementacją i semantyką odziedziczoną po Scheme.

Rdzeniem R jest interpretowany język komputerowy, umożliwiający tworzenie rozgałęzień i pętli oraz programowanie modułowe z użyciem funkcji. Większość funkcji R dostępnych dla użytkowników została napisana w R. R pozwala użytkownikom wywoływać procedury napisane w C, C++ lub Fortran w celu poprawy wydajności, a większość podstawowych funkcji R pozwala to zrobić. Rozkład R zawiera funkcje dla dużej liczby procedur statystycznych i leżących u ich podstaw obliczeń matematycznych. Ponadto, zawiera duży zestaw funkcji zapewniających elastyczne środowisko do graficznej prezentacji danych i wyników obliczeń.

Dodatkowo w CRAN (Comprehensive R Archive Network) dostępnych jest kilka tysięcy pakietów rozszerzeń, z których wiele to także pakiety Debiana o nazwie "r-cran-".

Ten pakiet jest pakietem zbiorczym ułatwiającym przejście z instalacji pakietu wcześniejszego niż 1.5.0 do większego pakietu r-base. Po jego zainstalowaniu można go bezpiecznie usunąć, a apt-get automatycznie zaktualizuje jego komponenty podczas przyszłych aktualizacji. Po zainstalowaniu tego pakietu użytkownicy będą mogli, jeśli będą sobie tego życzyć, zainstalować pakiet r-base-core.

Screenshots of package r-base

Official Debian packages with lower relevance

libbiosig-dev
I/O library for biomedical data - development files
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster1.9.3-2amd64,arm64,armhf,i386
sid2.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
trixie2.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 0 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BioSig is a library for accessing files in several biomedical data formats (including EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). The complete list of supported file formats is available at http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

This package provides header files and static library.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
octave-biosig
Dowiązania Octave do biblioteki BioSig
Versions of package octave-biosig
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.9.3-2amd64,arm64,armhf,i386
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
trixie2.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakiet zawiera dowiązania Octave do biblioteki BioSig. Główny cel - interfejs I/O (wejścia/wyjścia danych) do różnych formatów plików biomedycznych, w tym: SCP-ECG (EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF itd.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
paw-demos
Physics Analysis Workstation examples and tests
Versions of package paw-demos
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1all
jessie2.14.04.dfsg.2-9all
buster2.14.04.dfsg.2-9.1all
Debtags of package paw-demos:
develexamples, testing-qa
fieldphysics
interfacecommandline, x11
roleprogram
x11application
Popcon: 9 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes example scripts for use by PAW or Paw++, and test scripts to make sure that the PAW or Paw++ programs behave correctly. You may run the examples and tests with the included paw-demos program.

python3-biosig
Python3 bindings for BioSig library
Versions of package python3-biosig
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid2.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.9.3-2amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides Python3 bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
python3-multipletau
multiple-tau algorithm for Python3/NumPy
Versions of package python3-multipletau
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.3.3+ds-4all
stretch0.1.7+ds-1all
buster0.3.3+ds-1all
bullseye0.3.3+ds-3all
sid0.3.3+ds-6all
trixie0.3.3+ds-6all
jessie0.1.4-1all
Popcon: 8 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Multiple-tau correlation is computed on a logarithmic scale (less data points are computed) and is thus much faster than conventional correlation on a linear scale such as numpy.correlate

An online reference is available at http://paulmueller.github.io/multipletau

This is the Python 3 version of the package

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

gate - wnpp
Geant4 Application for Emission Tomography
Responsible: Nicolas Spalinger
License: LGPL
Debian package not available

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

openvibe - wnpp
platform for the design, test and use of BCI
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 237110