Debian Med Project
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Summary
Physics
Debian Med packages for medical physicists

This metapackage contains dependencies for a collection of software and documentation which is useful for medical physicists in radiation oncology, diagnostics imaging and related fields.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Physics packages

Official Debian packages with high relevance

Biosig-tools
format conversion tools for biomedical data formats
Versions of package biosig-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
sid2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream2.2.1
Debtags of package biosig-tools:
interfacecommandline
roleprogram
useconverting
Popcon: 8 users (10 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Based on BioSig library, this package provides command line tools, such as

  • save2gdf: converter between different file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB.
  • biosig2gdf: converts biosig data files into GDF, to simplify parsing and loading by scripting languages (e.g. loadgdf.{py,r})
  • rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: several converter tools based on save2gdf
  • biosig_fhir: packs biosignal data into HL7/FHIR binary template file.
  • physicalunits: converter for encoding and decoding of physical units according to ISO 11073-10101
Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Gdf-tools
IO library for the GDF -- helper tools
Versions of package gdf-tools
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye0.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdf-tools:
roleprogram
Popcon: 6 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals) is intended to provide a generic storage for biosignals, such as EEG, ECG, MEG etc.

This package provides the tool shipped with the library (gdf_merger).

Please cite: Alois Schlögl: GDF – A general dataformat for BIOSIGNALS. The Computing Research Repository abs/cs/0608052 (2006)
Octave
GNU Octave language for numerical computations
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
sid6.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.2-5+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.8.2-4amd64,armel,armhf,i386
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.4.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 651 users (123 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave is a (mostly MATLAB® compatible) high-level language, primarily intended for numerical computations. It provides a convenient command-line interface for solving linear and nonlinear problems numerically.

Octave can be dynamically extended with user-supplied C++ files.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-doc texmacs
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
Paw
物理解析ワークステーション - グラフィカルな解析プログラム
Versions of package paw
ReleaseVersionArchitectures
sid2.14.04.dfsg.2-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package paw:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 13 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB は物理分野の実験で使用するために作られたデータ解析ツールおよびライ ブラリ群ですが、他のたとえば生物科学分野などにも使われています。

PAW は対話的なグラフィク表示と統計的および数学的な解析ツールを提供する 対話的なプログラムです。 物理学者が慣れ親しんでいるヒストグラム、イベントファイル (Ntuples)、ベクト ルなどといったオブジェクトに対して作業するように設計されています。

このプログラムは、設計が完全な 64 ビットクリーンではないため、 64 ビットアーキテクチャで適切に動作させるために CERN ライブラリを スタティックリンクしています。

Screenshots of package paw
Paw++
物理分析ワークステーション (Lesstif による強化版)
Versions of package paw++
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.14.04.dfsg.2-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package paw++:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
x11application
Popcon: 13 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB は物理実験で使うために作られたデータ解析ツールとライブラリの スイートですが、生物科学といった別分野向けのアプリケーションもあります。

本パッケージには分析やグラフィカルな表示に利用するための対話的な プログラムである paw++ が含まれます。paw++ は ("paw" パッケージに含まれる) paw と同じプログラムですが、よりユーザフレンドリーな Motif ベースの GUI を持ち、Debian では Lesstif を使ってコンパイルされています。

このプログラムは、設計が完全な 64 ビットクリーンではないため、 64 ビットアーキテクチャで適切に動作させるために CERN ライブラリを スタティックリンクしています。

R-base
GNU R 統計計算・グラフィックスシステム
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-base
ReleaseVersionArchitectures
buster3.5.2-1all
sid4.0.4-1all
experimental4.1.0-1all
bullseye4.0.4-1all
wheezy2.15.1-4all
squeeze2.11.1-6all
wheezy-security2.15.1-4+deb7u1all
jessie3.1.1-1+deb8u1all
jessie-security3.1.1-1+deb8u1all
stretch3.3.3-1all
upstream4.1.0
Debtags of package r-base:
devellang:r
fieldstatistics
roledummy, metapackage
suitegnu
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

R は、統計計算とグラフィクスのためのシステムです。R は言語、グラフィックを サポートするランタイム環境、デバッガから構成され、一部のシステム関数に アクセスでき、スクリプトファイルに保存したプログラムを実行することができます。

R の設計は、Becker, Chambers & Wilks の S と、Sussman の Scheme に非常に 強く影響を受けています。外見的には S によく似ており、一方で基礎部分の実装と セマンティクスは Scheme に由来しています。

R の中核はインタープリタ式コンピュータ言語で、分岐、ループが可能で、関数を 使ったモジュール型プログラミングもできます。R のユーザから見える 関数のほとんどは、R で書かれています。R のコアの多くの関数と同様に、 効率を良くするために C, C++ または FORTRAN で書かれた手続きに 接続することができます。R のディストリビューションには、膨大な統計の手続きと、 その基礎となる応用数学の計算アルゴリズムが含まれています。さらに、多種にわたる データを表現するため、柔軟性のあるグラフィック環境を提供する多くの関数群が 存在します。

また、数千もの拡張「パッケージ」が CRAN (Comprehensive R Archive Network) から入手可能で、その多くが 'r-cran-' という名前の Debian パッケージにもなっています。

このパッケージは、バージョン 1.5.0 より前の、サイズの大きな r-base パッケージからの移行を容易にするメタパッケージです。一度インストールした後は、 このパッケージは安全に削除できます。apt-get は今後のアップグレード時に、 このコンポーネントを自動的にアップグレードします。必要であれば、 r-base-core パッケージだけをインストールするといったことができます。

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Screenshots of package r-base

Official Debian packages with lower relevance

Libbiosig-dev
生物医学データフォーマット用 I/O ライブラリ - 開発用ファイル
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.2.1
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BioSig はいくつかの生物医学データフォーマット (EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG,SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32 など) のファイルにアクセスするための ライブラリです。サポートされるファイルフォーマットの完全なリストについては、 http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED をご覧ください。

本パッケージはヘッダーファイルと静的ライブラリを提供します。

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Octave-biosig
Octave bindings for BioSig library
Versions of package octave-biosig
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
upstream2.2.1
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This package provides Octave bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Paw-demos
物理分析ワークステーションのサンプルおよびテストスクリプト
Versions of package paw-demos
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.14.04.dfsg.2-8all
sid2.14.04.dfsg.2-10all
jessie2.14.04.dfsg.2-9all
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1all
buster2.14.04.dfsg.2-9.1all
Debtags of package paw-demos:
develexamples, testing-qa
fieldphysics
interfacecommandline, x11
roleprogram
x11application
Popcon: 10 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB は物理実験で使うために作られたデータ解析ツールとライブラリの スイートですが、生物科学といった別分野向けのアプリケーションもあります。

本パッケージには、PAW または Paw++ で使うサンプルスクリプト、および PAW ま たは Paw++ プログラムが正しく動作していることを確認するためのテストスクリプ トが含まれます。このサンプルやテストスクリプトを同梱のプログラム paw-demos で実行しても構いません。

Python3-biosig
Python3 bindings for BioSig library
Versions of package python3-biosig
ReleaseVersionArchitectures
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.2.1
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This package provides Python3 bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Python3-multipletau
multiple-tau algorithm for Python3/NumPy
Versions of package python3-multipletau
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.1.7+ds-1all
buster0.3.3+ds-1all
bullseye0.3.3+ds-3all
sid0.3.3+ds-3all
jessie0.1.4-1all
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Multiple-tau correlation is computed on a logarithmic scale (less data points are computed) and is thus much faster than conventional correlation on a linear scale such as numpy.correlate

An online reference is available at http://paulmueller.github.io/multipletau

This is the Python 3 version of the package

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Gate - wnpp
Geant4 Application for Emission Tomography
Responsible: Nicolas Spalinger
License: LGPL
Debian package not available

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

Openvibe - wnpp
platform for the design, test and use of BCI
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203033