Debian Med Project
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Summary
Typesetting
gestion de Debian Med pour la composition et la publication

Ce méta-paquet installera des paquets Debian qui peuvent être utiles pour la composition et la publication dans le champs de la médecine et de la biologie structurale.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Typesetting packages

Official Debian packages with high relevance

King
interactive system for three-dimensional vector graphics
Versions of package king
ReleaseVersionArchitectures
sid2.23.161103+dfsg1-3all
jessie2.21.120420+dfsg-1all
stretch2.23.161103+dfsg1-1all
buster2.23.161103+dfsg1-3all
bullseye2.23.161103+dfsg1-3all
wheezy2.21.120420-2all
Popcon: 14 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

KiNG (Kinemage, Next Generation) is an interactive system for three-dimensional vector graphics. It supports a set of graphics primitives that make it suitable for many types of graphs, plots, and other illustrations; although its first use was to display macromolecular structures for biophysical research. KiNG builds on Mage, JavaMage, and the "kinemage" (kinetic image) concept to deliver a full-featured Java application with a user-friendly interface and integrated editing features. The KiNG jar file can be used within a web page as a Java applet or Java object to promote easy access to kinemages or coordinate files from a web browser.

Texlive-latex-extra
??? missing short description for package texlive-latex-extra :-(
Versions of package texlive-latex-extra
ReleaseVersionArchitectures
sid2019.20190824-1all
squeeze2009-10+squeeze1all
wheezy2012.20120611-2all
jessie2014.20141024-1all
stretch2016.20170123-5all
buster2018.20190227-2all
bullseye2019.20190710-1all
Debtags of package texlive-latex-extra:
made-offont, tex
roleapp-data
usetypesetting
works-withfont, text
works-with-formatpdf, tex
Popcon: 3815 users (1837 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically texshade.sty is interesting

The texlive-latex-extra package contains a lot of interesting LaTeX styles for different purposes. As a biologist you are most probably interested in

 TeXShade: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/texshade.htm

You might like to install texlive-latex-extra-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-latex-extra-doc/latex/texshade/
Texlive-science
??? missing short description for package texlive-science :-(
Versions of package texlive-science
ReleaseVersionArchitectures
stretch2016.20170123-5all
sid2019.20190824-1all
wheezy2012.20120611-2all
buster2018.20190227-2all
jessie2014.20141024-1all
squeeze2009-10+squeeze1all
bullseye2019.20190710-1all
Debtags of package texlive-science:
fieldbiology, chemistry, electronics, mathematics, physics
made-oftex
roleapp-data
sciencepublishing
usetypesetting
works-withgraphs, text
works-with-formattex
Popcon: 3454 users (885 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically biotex.sty and textopo.sty are interesting

The texlive-science package contains a lot of interesting LaTeX styles for different sciences. As a biologist you are most probably interested in

 TeXTopo: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/textopo.htm

You might like to install texlive-science-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-science-doc/latex/textopo/

Official Debian packages with lower relevance

Biber
remplaçant amélioré de BibTex pour les utilisateurs de BibLaTeX
Versions of package biber
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.7-2all
sid2.12-3all
wheezy0.9.9+release-1all
bullseye2.12-3all
buster2.12-2all
jessie1.9-3+deb8u1all
upstream2.13
Popcon: 411 users (728 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Le paquet biblatex de Philipp Lehman est en train de devenir l'outil ultime de gestion de citations pour les utilisateurs de LaTeX. Biblatex s'est reposé sur le vénérable programme BibTex uniquement pour trier et créer un fichier .bbl très générique sans aucune instruction de mise en forme. Tout le reste est pris en charge par biblatex, qui fournit une interface de macros puissante et flexible pour les auteurs de styles de citation.

Biber propose un important surensemble des fonctionnalités de BibTex pour les utilisateurs de BibLaTeX. De plus, il propose une prise en charge complète d'UTF-8 (Unicode 6.0), un tri entièrement personnalisable, une sortie en GraphViz pour aider à visualiser les références croisées complexes, la prise en charge de sources de données distantes, la validation structurelle des données par un modèle de données (personnalisable) et bien plus.

Bibus
base de données bibliographiques
Versions of package bibus
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.5.2-4all
stretch1.5.2-4all
buster1.5.2+dfsg-1all
bullseye1.5.2+dfsg-1all
sid1.5.2+dfsg-1all
squeeze1.5.1-3all
wheezy1.5.2-1all
Debtags of package bibus:
interfacex11
roleprogram
sciencebibliography, publishing
uitoolkitwxwidgets
useorganizing, typesetting
works-with-formatbib, odf
x11application
Popcon: 14 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bibus est une base de données bibliographiques développée pour fonctionner avec LibreOffice et OpenOffice.org. Elle permet d'insérer directement des citations et de mettre en forme un index bibliographique dans un document du traitement de texte OpenOffice.org. Ses principales fonctionnalités sont :

 − organisation hiérarchique des références avec tris personnalisés ;
 − adaptation au travail collaboratif (base de données partagée entre
   utilisateurs) ;
 − moteur de recherche gérant les requêtes en direct ;
 − accès à la base de données en ligne PubMed ;
 − importation des enregistrements PubMed (Medline), EndNote/Refer, RIS et
   BibTeX.

Bibus utilisera par défaut le système de gestion de bases de données SQLite (via le module SQLite3 de Python >2.5). MySQL est également pris en charge. Pour l'utiliser, le paquet python-mysqldb doit être installé.

Screenshots of package bibus

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

Jabref-plugin-oo
LibreOffice plugin for JabRef (transitional dummy package)
Maintainer: gregor herrmann
Versions of package jabref-plugin-oo
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.7.4+ds-3all
jessie2.10+ds-3all
wheezy0.9+ds-2all
upstream4.3.1
Debtags of package jabref-plugin-oo:
roleplugin
sciencebibliography
suiteopenoffice
works-with-formatbib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This is a transitional dummy package to upgrade to a newer jabref package, which now includes the LibreOffice plugin.

It can safely be removed after upgrading jabref to at least 2.9~beta1.

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

Kbibtex
éditeur BibTeX pour KDE
Versions of package kbibtex
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.2.3.90-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.4-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.4-4amd64,armel,armhf,i386
stretch0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.9
Debtags of package kbibtex:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting
works-withdtp, text
works-with-formatbib
x11application
Popcon: 62 users (31 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Il s’agit d’une application pour gérer des bases de données bibliographiques au format BibTeX. KBibTeX peut être utilisé comme programme autonome mais peut aussi être incorporé dans d’autres applications de KDE (par exemple, comme éditeur bibliographique dans Kile).

KBibTeX peut rechercher des ressources en ligne (par exemple, Google scholar) à l’aide d’URL de recherche personnalisés. Il est aussi capable d’importer des ensembles de données complets de NCBI Pubmed. Il prend en charge l’étiquetage de références avec des mots-clefs et gère les références vers des fichiers locaux.

Les fichiers BibTeX peuvent être exportés dans le format HTML, XML, PDF, PS ou RTF en utilisant un certain nombre de styles de citation.

Screenshots of package kbibtex
R-cran-qqman
R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots
Versions of package r-cran-qqman
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.4-6all
bullseye0.1.4-6all
buster0.1.4-6all
stretch0.1.2-1all
Popcon: 6 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

qqman is an add-on package for the R statistical environment. This package provides functions for visualizing Genome-Wide Association Studies (GWAS) results using Manhattan plots and Quantile-Quantile plots.

Registry entries: OMICtools 
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 196119