Debian Med Project
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Summary
Typesetting
gestion de Debian Med pour la composition et la publication

Ce méta-paquet installera des paquets Debian qui peuvent être utiles pour la composition et la publication dans le champs de la médecine et de la biologie structurale.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Typesetting packages

Official Debian packages with high relevance

king
système interactif pour des graphismes vectoriels 3D
Versions of package king
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.21.120420+dfsg-1all
buster2.23.161103+dfsg1-3all
bullseye2.23.161103+dfsg1-4all
bookworm2.24+dfsg2-1all
trixie2.24+dfsg2-2all
sid2.24+dfsg2-2all
stretch2.23.161103+dfsg1-1all
Popcon: 8 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

KiNG (Kinemage, Next Generation) est un système interactif pour des graphismes vectoriels en trois dimensions. Il prend en charge un ensemble de primitives de graphisme qui le rendent adapté à beaucoup de types de graphe, de tracé et à d’autres illustrations, bien que son but premier était d’afficher des structures de macromolécules pour la recherche biophysique. KiNG est construit sur Mage, JavaMage et le concept de « kinemage » (image cinétique) pour fournir une application Java pleine de possibilités avec une interface conviviale et des fonctionnalités d’édition intégrées. Le fichier jar de KiNG peut être utilisé dans une page web sous forme d’appliquette Java, ou d’un objet Java pour fournir un accès aisé aux kinemages ou aux fichiers de coordonnées à partir d’un navigateur web.

texlive-latex-extra
??? missing short description for package texlive-latex-extra :-(
Versions of package texlive-latex-extra
ReleaseVersionArchitectures
sid2024.20240706-2all
jessie2014.20141024-1all
stretch2016.20170123-5all
buster2018.20190227-2all
bullseye2020.20210202-3all
bookworm2022.20230122-4all
trixie2024.20240706-2all
Debtags of package texlive-latex-extra:
made-offont, tex
roleapp-data
usetypesetting
works-withfont, text
works-with-formatpdf, tex
Popcon: 4186 users (1149 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Screenshots of package texlive-latex-extra
Remark of Debian Med team: For biologists specifically texshade.sty is interesting

The texlive-latex-extra package contains a lot of interesting LaTeX styles for different purposes. As a biologist you are most probably interested in

 TeXShade: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/texshade.htm

You might like to install texlive-latex-extra-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-latex-extra-doc/latex/texshade/
texlive-science
??? missing short description for package texlive-science :-(
Versions of package texlive-science
ReleaseVersionArchitectures
jessie2014.20141024-1all
sid2024.20240706-2all
bookworm2022.20230122-4all
stretch2016.20170123-5all
trixie2024.20240706-2all
buster2018.20190227-2all
bullseye2020.20210202-3all
Debtags of package texlive-science:
fieldbiology, chemistry, electronics, mathematics, physics
made-oftex
roleapp-data
sciencepublishing
usetypesetting
works-withgraphs, text
works-with-formattex
Popcon: 2775 users (549 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically biotex.sty and textopo.sty are interesting

The texlive-science package contains a lot of interesting LaTeX styles for different sciences. As a biologist you are most probably interested in

 TeXTopo: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/textopo.htm

You might like to install texlive-science-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-science-doc/latex/textopo/

Official Debian packages with lower relevance

biber
remplaçant amélioré de BibTex pour les utilisateurs de BibLaTeX
Versions of package biber
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.9-3+deb8u1all
buster2.12-2all
bullseye2.16-1all
bookworm2.18-1all
trixie2.20-2all
sid2.20-2all
stretch2.7-2all
Popcon: 427 users (658 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le paquet biblatex de Philipp Lehman est en train de devenir l'outil ultime de gestion de citations pour les utilisateurs de LaTeX. Biblatex s'est reposé sur le vénérable programme BibTex uniquement pour trier et créer un fichier .bbl très générique sans aucune instruction de mise en forme. Tout le reste est pris en charge par biblatex, qui fournit une interface de macros puissante et flexible pour les auteurs de styles de citation.

Biber propose un important surensemble des fonctionnalités de BibTex pour les utilisateurs de BibLaTeX. De plus, il propose une prise en charge complète d'UTF-8 (Unicode 6.0), un tri entièrement personnalisable, une sortie en GraphViz pour aider à visualiser les références croisées complexes, la prise en charge de sources de données distantes, la validation structurelle des données par un modèle de données (personnalisable) et bien plus.

bibus
base de données bibliographiques
Versions of package bibus
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.2-4all
buster1.5.2+dfsg-1all
jessie1.5.2-4all
Debtags of package bibus:
interfacex11
roleprogram
sciencebibliography, publishing
uitoolkitwxwidgets
useorganizing, typesetting
works-with-formatbib, odf
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bibus est une base de données bibliographiques développée pour fonctionner avec LibreOffice et OpenOffice.org. Elle permet d'insérer directement des citations et de mettre en forme un index bibliographique dans un document du traitement de texte OpenOffice.org. Ses principales fonctionnalités sont :

 − organisation hiérarchique des références avec tris personnalisés ;
 − adaptation au travail collaboratif (base de données partagée entre
   utilisateurs) ;
 − moteur de recherche gérant les requêtes en direct ;
 − accès à la base de données en ligne PubMed ;
 − importation des enregistrements PubMed (Medline), EndNote/Refer, RIS et
   BibTeX.

Bibus utilisera par défaut le système de gestion de bases de données SQLite (via le module SQLite3 de Python >2.5). MySQL est également pris en charge. Pour l'utiliser, le paquet python-mysqldb doit être installé.

Screenshots of package bibus

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

jabref-plugin-oo
LibreOffice plugin for JabRef (transitional dummy package)
Maintainer: gregor herrmann
Versions of package jabref-plugin-oo
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.10+ds-3all
upstream5.15
Debtags of package jabref-plugin-oo:
roleplugin
sciencebibliography
suiteopenoffice
works-with-formatbib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This is a transitional dummy package to upgrade to a newer jabref package, which now includes the LibreOffice plugin.

It can safely be removed after upgrading jabref to at least 2.9~beta1.

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

kbibtex
éditeur BibTeX pour KDE
Versions of package kbibtex
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.10.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid0.10.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.9.90-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.90-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.1-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package kbibtex:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting
works-withdtp, text
works-with-formatbib
x11application
Popcon: 37 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il s’agit d’une application pour gérer des bases de données bibliographiques au format BibTeX. KBibTeX peut être utilisé comme programme autonome mais peut aussi être incorporé dans d’autres applications de KDE (par exemple, comme éditeur bibliographique dans Kile).

KBibTeX peut rechercher des ressources en ligne (par exemple, Google scholar) à l’aide d’URL de recherche personnalisés. Il est aussi capable d’importer des ensembles de données complets de NCBI Pubmed. Il prend en charge l’étiquetage de références avec des mots-clefs et gère les références vers des fichiers locaux.

Les fichiers BibTeX peuvent être exportés dans le format HTML, XML, PDF, PS ou RTF en utilisant un certain nombre de styles de citation.

r-cran-qqman
R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots
Versions of package r-cran-qqman
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.9+dfsg-1all
buster0.1.4-6all
bullseye0.1.4-7all
bookworm0.1.8+dfsg-1all
trixie0.1.9+dfsg-1all
stretch0.1.2-1all
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

qqman is an add-on package for the R statistical environment. This package provides functions for visualizing Genome-Wide Association Studies (GWAS) results using Manhattan plots and Quantile-Quantile plots.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 234344