Debian Science Nanoscale Physics Development packages

ABINIT è un pacchetto il cui programma principale permette di trovare l'energia totale, la densità di carica e la struttura elettronica di sistemi fatti da elettroni e nuclei (molecole e solidi periodici) nella teoria del funzionale della densità (DFT), usando pseudopotenziali e basi a onda piana.

ABINIT include anche opzioni per ottimizzare la geometria secondo le forze e le sollecitazioni della DFT, o per eseguire simulazioni molecolari dinamiche usando tali forze, o per generare matrici dinamiche, cariche di Born effettive e tensori dielettrici. Gli stati eccitati possono essere calcolati nella teoria del funzionale della densità dipendente dal tempo (per le molecole), o nella teoria della perturbazione a molti corpi (l'approssimazione GW). In aggiunta al codice principale di ABINIT, sono forniti diversi programmi di utilità.

Questo pacchetto contiene la documentazione e i tutorial.

La libreria scientifica GNU (GSL) è una raccolta di funzioni per l'analisi numerica. Le funzioni sono scritte in C da zero dal gruppo GSL e presentano un'API moderna per programmatori C, consentendo al contempo la scrittura di wrapper per linguaggi di livello molto alto.

Questo pacchetto fornisce svariati binari di esempio.

URL: http://www.gnu.org/software/gsl/

Questo pacchetto è un aggiornamento binario incompatibile al pacchetto blas-dev. Sono state incorporate svariate modifiche secondarie all'interfaccia C.

BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) è un insieme di procedure efficienti per la maggior parte delle operazioni di base su matrici e vettori. È ampiamente usato come base per altri software di algebra lineare di qualità elevata, per esempio lapack e linpack. Questa implementazione è quella di riferimento per Fortran 77 che si trova dentro netlib.

Questo pacchetto contiene una versione statica della libreria.

CBFlib è una libreria di funzioni ANSI-C che fornisce un semplice meccanismo per accedere a file CBF (Crystallographic Binary File) e a file imgCIF (Image-supporting CIF). L'API di CBFLIB si basa vagamente sull'API di CIFPARSE per file mmCIF. CFBLIB non esegue alcun controllo di integrità semantica e fornisce semplicemente funzioni per creare, leggere, modificare e scrivere file di dati binari CBF e file di dati ASCII imgCIF.

Questo pacchetto contiene le librerie e i file header per lo sviluppo dei programmi.

La suite di software CCP4 è basata su una libreria di procedure che coprono compiti comuni, come apertura di file, analisi di parole chiave nell'input, lettura e scrittura di formati di dati standard, applicazione di operazioni di simmetria, ecc. I programmi nella suite chiamano tali procedure che, oltre ad evitare un po' di sforzo al programmatore, assicurano che i vari programmi nella suite abbiano lo stesso aspetto e stile.

La libreria contiene diversi sottocomponenti:

• libreria CMTZ -- contiene svariate funzioni per manipolare la struttura di dati, per esempio aggiungere cristalli, insiemi di dati o colonne; si può fare il dump della struttura di dati in un file di output MTZ.

• libreria CMAP -- funzioni che definiscono l'API a livello del C per accedere a file mappa CCP4;

• libreria CSYM -- una raccolta di funzioni centrate intorno a un file syminfo.lib che è generato automaticamente da sgtbx (lo Space Group Toolbox di cctbx);

• libreria di utilità CCP4 -- molte funzioni di utilità che danno funzionalità specifiche di CCP4 o indipendenti dalla piattaforma;

• libreria CCP4 Parser -- fornisce un'analisi in stile CCP4, come usata per elaborare parole chiave dei programmi di CCP4, intestazioni di record MTZ, ecc.;

• array ridimensionabili di CCP4 -- definisce un oggetto e dei metodi che sembrano un semplice array del C, ma possono essere ridimensionati a piacimento senza incorrere in carichi eccessivi.

Computational Crystallography Toolbox contiene i seguenti moduli:

• annlib_adaptbx:
• boost_adaptbx: wrapper per funzionalità Boost in CCTBX.
• cbflib_adaptbx:
• ccp4io_adaptbx:
• cctbx: librerie per applicazioni cristallografiche generali, utile per cristallografia per piccole molecole e macromolecolare.
• cma_es:
• crys3d: moduli per la visualizzazione di molecole, densità elettroniche e dati di spazi reciproci.
• dxtbx: Diffraction Image Toolbox, una libreria per gestire dati di rilevatori a raggi X di complessità arbitraria da una varietà di formati standard.
• fable: libreria per emulazione Fortran per fare il port di Fortran77 in C++.
• iotbx: lavorare con formati di file comuni per cristallografia.
• libtbx: sistema di compilazione comune a tutti gli altri moduli. Include un wrapper molto sottile per lo strumento di costruzione di software SCons. Contiene anche molte utili infrastrutture e utilità per semplificare lo sviluppo di applicazioni, inclusi strumenti per test di regressione, parallelizzazione su sistemi multiprocessore e cluster gestiti, e una sintassi di configurazione modulare e flessibile chiamata PHIL (Python Hierarchial Interface Language) usata in tutto CCTBX.
• mmtbx: funzionalità specifica per cristallografia macromolecolare. Include tutto ciò che è richiesto per impostare vincoli geometrici, correzione e scalamento bulk di solvente, analisi di dati di diffrazione macromolecolare, calcolo di coefficienti di mappa pesati e la maggior parte dei metodi implementati in phenix.refine. Qui c'è anche la maggior parte dell'infrastruttura per il server di validazione MolProbity (e l'equivalente Phenix).
• omptbx: interfaccia OpenMP.
• rstbx: toolbox per spazi reciproci per indicizzare automaticamente diffrazioni Bragg di piccole molecole, dati i vettori dello spazio reciproco.
• scitbx: calcoli scientifici generici. Include una famiglia di tipi di array C++ di alto livello, una libreria per trasformate veloci di Fourier e un port C++ del popolare minimizzatore L-BFGS quasi Newtoniano.
• smtbx: cristallografia di piccole molecole.
• spotfinder:
• tbxx:
• wxtbx: controlli wxPython usati nella GUI Phenix e in varie utilità.

Questo pacchetto fornisce tutto ciò che è necessario per fare il link alle librerie cctbx.

Wrapper per funzioni C che consentono di usare blocchi "try ... catch ..." nel linguaggio C. Tra le funzioni di cui viene fatto il wrapper ci sono: allocazione della memoria, I/O standard e strdup.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header.

Lo scopo del progetto clipper è quello di produrre un insieme di librerie orientate agli oggetti per l'organizzazione di dati cristallografici e le prestazioni di calcoli cristallografici.

Questo pacchetto contiene l'ambiente di sviluppo per programmi che useranno le librerie clipper.

COD::Precision, module for handling precision in Crystallographic Information Format (CIF) notation, expressed as standard uncertainties in parentheses next to the value.

Questo pacchetto fornisce il rilascio open source delle routine di Schroedinger per la rappresentazione in coordinate 2D di composti chimici.

Questo pacchetto fornisce i file header per sviluppare con l'API di tale libreria.

ETSF_IO is a library of F90 routines to read/write the ETSF file format.

This package contains the static libraries provided by ETSF_IO to let electronic structure codes read and write ETSF files. It also contains the module file used by the Fortran compiler.

ETSF_IO is a library of F90 routines to read/write the ETSF file format.

This Package contains the HTML documentation of the API and some tutorials on how to use the library in electronic structure codes.

La libreria FFTW calcola le trasformate di Fourier veloci (FFT) in una o più dimensioni. È estremamente veloce. Questo pacchetto contiene la libreria linkata staticamente, i file header e i programmi di test.

Questo pacchetto contiene i file header e le librerie statiche. Per la documentazione vedere libfftw3-doc.

La libreria scientifica GNU (GSL) è una raccolta di funzioni per l'analisi numerica. Le funzioni sono scritte in C da zero dal gruppo GSL e presentano un'API moderna per programmatori C, consentendo al contempo la scrittura di wrapper per linguaggi di livello molto alto.

Questo pacchetto contiene i file header, le librerie statiche ed i collegamenti simbolici di cui necessitano gli sviluppatori che usano GNU GSL.

Hierarchical Data Format 5 (HDF5) è un formato file ed una libreria per l'archiviazione di dati scientifici. HDF5 è stato pensato ed implementato per ovviare alle mancanze di HDF4.x. Ha un modello dei dati più potente e flessibile, supporta file più grandi di 2 GB e supporta l'I/O in parallelo.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo per le piattaforme seriali.

Il pacchetto HepMC è un registro di eventi orientato agli oggetti scritto in C++ per generatori Monte Carlo per la fisica delle alte energie.

Sono gestite molte estensioni da HEPEVT, lo standard Fortran per HEP: il numero di voci è illimitato, le matrici di densità degli spin possono essere memorizzate con ogni vertice, i modelli di flusso (come il colore) possono essere memorizzati e tracciati, gli interi che rappresentano gli stati dei generatori di numeri casuali possono essere memorizzati e può essere incluso un numero arbitrario di pesi per gli eventi. Particelle e vertici sono tenuti separati in una struttura a grafo, strutturalmente simile a un evento di fisica.

Le informazioni aggiunte permettono la modularizzazione dei generatori di eventi. Alle informazioni sugli eventi si accede per mezzo di iteratori forniti col pacchetto.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo per HepMC3.

The KIM API is an Application Programming Interface for atomistic simulations. The API provides a standard for exchanging information between atomistic simulation codes (molecular dynamics, molecular statics, lattice dynamics, Monte Carlo, etc.) and interatomic models (potentials or force fields). It also includes a set of library routines for using the API with bindings for:

FORTRAN 77, Fortran 90/95, Fortran 2003 C, C++

Atomistic simulation codes that support the KIM API work seamlessly with the KIM-compliant interatomic models (KIM Models) distributed on this website. The interface is computationally efficient and often requires relatively minor changes to existing codes.

This package contains the development files (headers and documentation) for KIM-API.

LAPACK versione 3.X è una libreria FORTRAN esaustiva che effettua operazioni di algebra lineare con incluse le inversioni di matrici, le soluzioni del metodo dei minimi quadrati di insiemi lineari di equazioni, analisi di autovettori, decomposizione ai valori singolari, ecc. È un pacchetto veramente esaustivo e degno di rispetto che ha trovato un vasto uso nella comunità scientifica.

Questo pacchetto contiene una versione statica della libreria.

LAPACK versione 3.X è una libreria FORTRAN esaustiva che effettua operazioni di algebra lineare con incluse le inversioni di matrici, le soluzioni del metodo dei minimi quadrati di insiemi lineari di equazioni, analisi di autovettori, decomposizione ai valori singolari, ecc. È un pacchetto veramente esaustivo e degno di rispetto che ha trovato un vasto uso nella comunità scientifica.

Questo pacchetto contiene:

• pagine di manuale delle routine BLAS e LAPACK;
• il manuale "Lapack User's Guide" in HTML;
• il manuale per l'interfaccia C LAPACKE a LAPACK, in PDF.

This package provides header files to develop one's own software that uses a library wth an Open Source parser for Maestro (.mae) files.

Common tool chain for working with molecular structure data in various applications. This library provides a unified way to perform operations on molecular structure data, like reading and writing to common geometry file formats.

This package contains development files.

MMDB is designed to assist developers in working with macromolecular coordinate files. The library handles both PDB and mmCIF format files.

The Library also features an internal binary format, portable between different platforms. This is achieved at uniformity of the Library's interface functions, so there is no difference in handling different formats.

MMDB provides various high-level tools for working with coordinate files, including reading and writing, orthogonal-fractional transforms, generation of symmetry mates, editing the molecular structure and more.

This package contains library and header files needed for program development.

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the MPICH headers and static libraries, as well as the compiler wrappers needed to build MPICH programs.

Questa è una distribuzione sorgente di NCrystal, una libreria e strumenti associati che consentono calcoli per simulazioni Monte Carlo di neutroni termici nei cristalli.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

NetCDF (network Common Data Form) è un insieme di interfacce per l'accesso a dati orientato agli array e una raccolta liberamente distribuibile di librerie per accesso a dati per C, Fortran, C++, Java e altri linguaggi. Le librerie netCDF gestiscono un formato indipendente dalla macchina per rappresentare dati scientifici. Insieme, le interfacce, le librerie e il formato permettono la creazione, l'accesso e la condivisione di dati scientifici.

Questo pacchetto fornisce gli header.

NeXus è un formato di dati comune per la scienza di neutroni, raggi X e muoni. Esso viene sviluppato come standard internazionale da scienziati e programmatori che rappresentano le principali strutture scientifiche in Europa, Asia, Australia e Nord America per facilitare una maggiore cooperazione nell'analisi e visualizzazione di dati di neutroni, raggi X e muoni.

Questo è il pacchetto che contiene le librerie di sviluppo.

NeXus è un formato di dati comune per la scienza di neutroni, raggi X e muoni. Esso viene sviluppato come standard internazionale da scienziati e programmatori che rappresentano le principali strutture scientifiche in Europa, Asia, Australia e Nord America per facilitare una maggiore cooperazione nell'analisi e visualizzazione di dati di neutroni, raggi X e muoni.

Questo è il pacchetto che contiene le librerie Java.

OpenCASCADE è una suite per lo sviluppo veloce di applicazioni, lo scambio di dati, la visualizzazione e la modellazione di superfici e solidi 3D. È una piattaforma eccellente per lo sviluppo di software di simulazione numerica che include applicazioni CAD/CAM/CAE, AEC e GIS, così come PDM.

Questo pacchetto contiene gli header e i collegamenti simbolici per le librerie fornite da liboce-ocaf11.

OpenCASCADE è una suite per lo sviluppo veloce di applicazioni, lo scambio di dati, la visualizzazione e la modellazione di superfici e solidi 3D. È una piattaforma eccellente per lo sviluppo di software di simulazione numerica che include applicazioni CAD/CAM/CAE, AEC e GIS, così come PDM.

Questo pacchetto contiene gli header e i collegamenti simbolici per le librerie fornite da liboce-visualization11.

Open MPI è un progetto che combina tecnologie e risorse da parecchi altri progetti (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI e PACX-MPI) per poter costruire la miglior libreria MPI disponibile. Open MPI è un'implementazione conforme con MPI-3 completamente nuova e offre vantaggi per venditori di sistemi e di software, sviluppatori di applicazioni e ricercatori nel campo dell'informatica.

Questo pacchetto contiene i file header e i wrapper per i compilatori che sono necessari per compilare e linkare i programmi usando libopenmpi.

Il sistema ROOT fornisce un insieme di infrastrutture OO con tutte le funzionalità necessarie per gestire ed analizzare in modo efficiente una grande mole di dati.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo per il plugin mlp per ROOT, fornisce un pacchetto per reti neurali per percettroni multilivello per ROOT.

Il sistema ROOT fornisce un insieme di infrastrutture OO con tutte le funzionalità necessarie per gestire ed analizzare in modo efficiente una grande mole di dati.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo della libreria Vmc per ROOT.

The ROOT system provides a set of OO frameworks with all the functionality needed to handle and analyze large amounts of data efficiently.

The Toolkit for Multivariate Analysis (TMVA) provides a ROOT-integrated environment for the parallel processing and evaluation of MVA techniques to discriminate signal from background samples. It presently includes (ranked by complexity):

• Rectangular cut optimisation
• Correlated likelihood estimator (PDE approach)
• Multi-dimensional likelihood estimator (PDE - range-search approach)
• Fisher (and Mahalanobis) discriminant
• H-Matrix (chi-squared) estimator
• Artificial Neural Network (two different implementations)
• Boosted Decision Trees

The TMVA package includes an implementation for each of these discrimination techniques, their training and testing (performance evaluation). In addition all these methods can be tested in parallel, and hence their performance on a particular data set may easily be compared.

This package provides development files of TMVA package for ROOT.

ScaLAPACK è la versione parallela di LAPACK usata su cluster.

Ci sono pacchetti per le librerie condivise, per le librerie statiche e i file di sviluppo (questo) e per i programmi di test.

Sono inclusi anche:

• PBLAS, Parallel Basic Linear Algebra Subprograms
• BLACS, Basic Linear Algebra Communication Subprograms

Questo è un pacchetto fittizio che dipende dal pacchetto di sviluppo di scalapack compatibile con l'implementazione predefinita di MPI su questa architettura.

JHDF5 è un collegamento Java alla libreria HDF Group per HDF5 focalizzata alla facilità d'uso che è stata sviluppata da CISD ed è ora mantenuta da ETH SIS. La libreria usa HDF5 1.8 di HDF Group e i file creati con JHDF5 sono pienamente compatibili con HDF5 1.6/1.8 (a scelta dell'utente).

SpFFT was originally intended for transforms of data with spherical cutoff in frequency domain, as required by some computational material science codes. For distributed computations, SpFFT uses a slab decomposition in space domain and pencil decomposition in frequency domain (all sparse data within a pencil must be on one rank). If desired, the library can be compiled without any parallelization (MPI, OpenMP, CUDA / ROCm).

This package contains development files.

SSM is a macromolecular coordinate superposition library, written by Eugene Krissinel of the EBI.

The library implements the SSM algorithm of protein structure comparison in three dimensions, which includes an original procedure of matching graphs built on the protein's secondary-structure elements, followed by an iterative three-dimensional alignment of protein backbone Calpha atoms.

This package contains libraries and header files needed for program development.

Spglib è una libreria C per determinare la simmetria dei cristalli. Operazioni di simmetria, gruppi spaziali e altri dati possono essere ottenuti usando questo strumento.

Le funzionalità includono:

• identificazione del tipo di gruppo spaziale;
• ricerca delle operazioni di simmetria;
• ricerca di una cella elementare;
• ricerca di punti k irriducibili;
• affinamento della struttura del cristallo;
• assegnazione della posizione di Wyckoff.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header.

L'infrastruttura UFO per elaborazione dati è una libreria C fornita per creare elaborazioni di dati di flusso di scopo generico su piattaforme eterogenee quali CPU, GPU o cluster. Viene utilizzata in modo estensivo dall'Istituto di Tecnologia di Karlsruhe per immagini ultra veloci ai raggi X (radiografia, tomografia e laminografia).

Viene fornito anche un collegamento a gobject-introspection per scrivere script o interfacce utente.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo per libufo.

LibXC is a library of exchange-correlation (XC) functionals for density-functional theory (DFT). The aim is to provide a portable, well tested and reliable set of exchange and correlation functionals that can be used by other codes.

This package contains the static library, the C headers and the Fortran modules necessary for developers.

NetCDF (network Common Data Form) è un'interfaccia per l'acceso a dati scientifici e una libreria software liberamente distribuibile che fornisce un'implementazione dell'interfaccia. La libreria netCDF definisce anche un formato indipendente dall'architettura per rappresentare dati scientifici. Insieme, interfaccia, libreria e formato permettono la creazione, l'accesso e la condivisione di dati scientifici.

Questo pacchetto contiene la documentazione per la libreria NetCDF in vari formati.

PyFAI è una libreria Python per integrazione azimutale; permette la conversione di immagini di diffrazione riprese con rilevatori 2D come telecamere CCD in pattern di diffrazione da polveri dei raggi X che possono essere usati da altri software come gli strumenti di raffinamento Rietveld (cioè FullProf), analisi di fase o analisi di texture.

Siccome PyFAI è una libreria, il suo obiettivo principale è di essere integrata in altri strumenti come PyMca, LiMa o EDNA. Per eseguire analisi di dati in linea, la descrizione precisa delle condizioni sperimentali deve essere conosciuta. Questa è la ragione per cui PyFAI include codice per l'ottimizzazione delle geometrie che lavora su "powder ring" dei campioni di riferimento. Alternativamente, PyFAI può anche importare geometrie di cui si è fatto il fit con altri strumenti come Fit2D.

PyFAI è stata progettata per funzionare con qualsiasi tipo di rivelatore con qualsiasi geometria (trasmissione, riflessione, fuori asse, ...). Usa la libreria FabIO Python per leggere la maggior parte delle immagini riprese dai diffrattometri.

BINoculars è uno strumento per la riduzione di dati e per l'analisi di grandi insiemi di dati diffrazione di superficie che sono stati acquisiti con un rilevatore bidimensionale di raggi X. L'intensità di ciascun pixel di un rilevatore bidimensionale è proiettata su una griglia tridimensionale in coordinate reciproche di griglia usando un algoritmo di classificazione. Ciò permette una veloce acquisizione ed elaborazione di insiemi di dati ad alta risoluzione e ha come risultato una significativa riduzione delle dimensioni dell'insieme di dati. L'analisi successiva procede poi nello spazio reciproco. È evoluto dalle necessità specifiche del beamline ID03 allo ESRF, ma è una progettazione modulare e può essere facilmente adattato ed esteso per funzionare con dati da altri beamline o da altre tecniche di misurazione.

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

Computational Crystallography Toolbox contiene i seguenti moduli:

• annlib_adaptbx:
• boost_adaptbx: wrapper per funzionalità Boost in CCTBX.
• cbflib_adaptbx:
• ccp4io_adaptbx:
• cctbx: librerie per applicazioni cristallografiche generali, utile per cristallografia per piccole molecole e macromolecolare.
• cma_es:
• crys3d: moduli per la visualizzazione di molecole, densità elettroniche e dati di spazi reciproci.
• dxtbx: Diffraction Image Toolbox, una libreria per gestire dati di rilevatori a raggi X di complessità arbitraria da una varietà di formati standard.
• fable: libreria per emulazione Fortran per fare il port di Fortran77 in C++.
• iotbx: lavorare con formati di file comuni per cristallografia.
• libtbx: sistema di compilazione comune a tutti gli altri moduli. Include un wrapper molto sottile per lo strumento di costruzione di software SCons. Contiene anche molte utili infrastrutture e utilità per semplificare lo sviluppo di applicazioni, inclusi strumenti per test di regressione, parallelizzazione su sistemi multiprocessore e cluster gestiti, e una sintassi di configurazione modulare e flessibile chiamata PHIL (Python Hierarchial Interface Language) usata in tutto CCTBX.
• mmtbx: funzionalità specifica per cristallografia macromolecolare. Include tutto ciò che è richiesto per impostare vincoli geometrici, correzione e scalamento bulk di solvente, analisi di dati di diffrazione macromolecolare, calcolo di coefficienti di mappa pesati e la maggior parte dei metodi implementati in phenix.refine. Qui c'è anche la maggior parte dell'infrastruttura per il server di validazione MolProbity (e l'equivalente Phenix).
• omptbx: interfaccia OpenMP.
• rstbx: toolbox per spazi reciproci per indicizzare automaticamente diffrazioni Bragg di piccole molecole, dati i vettori dello spazio reciproco.
• scitbx: calcoli scientifici generici. Include una famiglia di tipi di array C++ di alto livello, una libreria per trasformate veloci di Fourier e un port C++ del popolare minimizzatore L-BFGS quasi Newtoniano.
• smtbx: cristallografia di piccole molecole.
• spotfinder:
• tbxx:
• wxtbx: controlli wxPython usati nella GUI Phenix e in varie utilità.

Questo pacchetto fornisce una raccolta selezionata di moduli Python dal progetto cctbx.

cif2cell è uno strumento per generare l'impostazione geometrica per vari codici di struttura elettronica da un file CIF (Crystallographic Information Framework). Il codice genererà la struttura cristallina per la cella primitiva o per la cella convenzionale.

FabIO è una libreria di I/O per immagini prodotte con rilevatori 2D a raggi X e scritta in Python. FabIO gestisce rilevatori di immagini di dozzine di produttori (inclusi Mar, Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford, ...), per un totale di 20 diversi formati di file (come CBF, EDF, TIFF, ...) e offre un'interfaccia unificata alle loro intestazioni (come un dizionario Python) e insiemi di dati (come un ndarray numpy di numeri interi o a virgola mobile).

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

Questo wrapper Python è progettato per integrarsi strettamente con PyOpenCL. Consiste di un wrapper di basso livello basato su Cython con un'interfaccia simile alla libreria C sottostante. Al di sopra di essa offre un'interfaccia di alto livello progettata per lavorare su dati contenuti in istanze di pyopencl.array.Array, una classe di array per calcoli con GPU che funziona come numpy. L'interfaccia di alto livello prende ispirazione da pyFFTW. Per i dettagli sull'interfaccia di alto livello vedere fft.py.

Questo pacchetto installa la libreria per Python 3.

NeXus è un formato di dati comune per la scienza di neutroni, raggi X e muoni. Esso viene sviluppato come standard internazionale da scienziati e programmatori che rappresentano le principali strutture scientifiche in Europa, Asia, Australia e Nord America per facilitare una maggiore cooperazione nell'analisi e visualizzazione di dati di neutroni, raggi X e muoni.

Questo è il pacchetto che contiene i collegamenti Python 3.

This package provides a periodic table of the elements with support for mass, density and xray/neutron scattering information.

Masses, densities and natural abundances come from the NIST Physics Laboratory, but do not represent a critical evaluation by NIST scientists.

Neutron scattering calculations use values collected by the Atomic Institute of the Austrian Universities. These values do corresponding to those from other packages, though there are some differences depending to the tables used. Bound coherent neutron scattering for gold in particular is significantly different from older value: 7.63(6) as measured in 1974 compared to 7.90(7) as measured in 1990.

X-ray scattering calculations use a combination of empirical and theoretical values from the LBL Center for X-ray Optics. These values differ from those given in other sources such as the International Tables for Crystallography, Volume C, and so may give different results from other packages.

This package installs the library for Python 3.

Collegamenti Python per analizzatore di CIF (Crystallographic Information Format) v1.1 e v2.0, che è scritto in linguaggio C e sviluppato dal Crystallography Open Database. Un file in formato CIF è rappresentato da una lista di blocchi di dati in cui ciascun blocco è rappresentato da un dizionario.

Questo pacchetto installa la libreria per Python 3.

Wrapper Python per FFTW, la veloce libreria FFT. Il fine ultimo è presentare un'interfaccia unitaria per tutte le possibili trasformazioni che FFTW può effettuare.

Sono gestite sia la DFT complessa che quella reale, così come assi arbitrari di array di forma e passo arbitrari, che la rendono quasi funzionalmente equivalente alle funzioni FFT standard e reali di numpy.fft (inoltre, gestisce il dtype clongdouble, mentre numpy.fft non lo fa).

pyFFTW ha una licenza BSD e non dovrebbe essere confuso con python-fftw, un modulo Python con licenza GPL che ha lo stesso intento di fornire collegamenti Python a FFTW3. Non deve nemmeno essere confuso con python3-gpyfft che fornisce collegamenti alla libreria OpenCL FFT clFFT.

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Python 3.

QuTiP is open-source software for simulating the dynamics of open quantum systems. The QuTiP library depends on the excellent Numpy, Scipy, and Cython numerical packages. In addition, graphical output is provided by Matplotlib. QuTiP aims to provide user-friendly and efficient numerical simulations of a wide variety of Hamiltonians, including those with arbitrary time-dependence, commonly found in a wide range of physics applications such as quantum optics, trapped ions, superconducting circuits, and quantum nanomechanical resonators.

This package installs the library for Python 3.

The sasdata Python module provides utilities for importing and operating on reduced small angle scattering data. The module may be used in standalone code to build custom fitters, in conjunction with the sasmodels modules to analyse data from custom scripts, or as part of the sasview analysis package.

This package contains the Python 3 module.

sasmodels is a Python module for calculating theoretical Small Angle Scattering patterns. The models provided are usable directly in the bumps fitting package and in the sasview analysis package.

This package contains the Python 3 version of the module.

Questo pacchetto fornisce un'interfaccia R alle funzioni della libreria NetCDF di Unidata. NetCDF (Network Common Data Form) è un insieme di interfacce per accesso a dati orientati agli array. In aggiunta all'interfaccia alle funzioni della libreria NetCDF, sono fornite interfacce R per accedere alle conversioni di calendario UDUNITS di Unidata.

Il sistema ROOT fornisce un insieme di infrastrutture OO con tutte le funzionalità necessarie per gestire ed analizzare in modo efficiente una grande mole di dati.

Definiti i dati come un insieme di oggetti, vengono utilizzati metodi di memorizzazione specializzati per ottenere accesso diretto ai singoli attributi degli oggetti selezionati senza dover toccare tutto l'insieme dei dati. Sono inclusi metodi per disegnare istogrammi in 1, 2 e 3 dimensioni, approssimare curve, valutare funzioni, minimizzazioni, grafici e classi di visualizzazione le quali permettono di approntare facilmente un sistema di analisi che può interrogare ed elaborare i dati interattivamente o in modalità non interattiva.

Grazie all'interprete integrato CINT C++, il linguaggio dei comandi, il linguaggio degli script o delle macro ed il linguaggio di programmazione sono tutti C++. Eliminando il tempo necessario per la compilazione ed il link, l'interprete permette la prototipazione veloce delle macro. Fornisce anche un buon ambiente per l'apprendimento del C++. Se si necessita di maggiori prestazioni, le macro sviluppate interattivamente possono essere compilate utilizzando un compilatore C++.

Il sistema è stato progettato in modo che, su macchine MPP, su cluster di workstation o su PC ad alte prestazioni, possa interrogare le proprie basi di dati in parallelo. ROOT è un sistema aperto che può essere esteso dinamicamente tramite link a librerie esterne. Questo rende ROOT una piattaforma di spicco su cui sviluppare sistemi di acquisizione, simulazione ed analisi di dati.

Questo è un metapacchetto per assicurare l'installazione in un sistema di tutti i possibili pacchetti ROOT.

ScaLAPACK è la versione parallela di LAPACK. Dipende da PVM e MPI.

Questo pacchetto fornisce le pagine man per le routine nella libreria ScaLAPACK (si veda il pacchetto sclapack1-pvm, scalapack1-mpich o scalapack1-lam) e una guida rapida per PBLAS e ScaLAPACK. PBLAS è la libreria per il calcolo parallelo di routine fondamentali dell'algebra lineare inclusa in ScaLAPACK.

Sono inclusi anche: guida utente di ScaLAPACK (SLUG) e le FAQ di ScaLAPACK.

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian Science che potrebbero essere utili per lo sviluppo di applicazioni relative alla matematica.

Si potrebbe essere interessati anche al metapacchetto science-mathematics.

L'infrastruttura UFO per elaborazione dati è una libreria C fornita per creare elaborazioni di dati di flusso di scopo generico su piattaforme eterogenee quali CPU, GPU o cluster. Viene utilizzata in modo estensivo dall'Istituto di Tecnologia di Karlsruhe per immagini ultra veloci ai raggi X (radiografia, tomografia e laminografia).

Questo pacchetto contiene i plugin "average", "backproject", "bin", "blur", "buffer", "calculate", "camera", "clip", "contrast", "crop", "denoise", "duplicate", "fftmult", "fft", "filter", "flatten", "flip", "forwardproject", "gemm", "ifft", "interpolate", "loop", "measure", "merge", "metaballs", "monitor", "null", "opencl", "ordfilt", "pad", "read", "reduce", "refeed", "replicate", "rescale", "ringwriter", "sleep", "slice", "stack", "stdin", "stdout", "subtract", "transpose", "write" e "zeropad".

VecGeom is a vectorized geometry modeller library with hit-detection features as needed by particle detector simulation at the LHC and beyond.

This package includes the development files for VecGeom.

Fornisce i file header e le librerie statiche.

Feel++ è una libreria versatile per elementi finiti per risolvere equazioni differenziali alle derivate parziali.

Gestisce 1D, 2D e 3D.

Gestisce le seguenti entità basilari: simplessi (segmento, triangolo, tetraedro) e prodotti di simplessi (quadrangolo, esaedro).

Gestisce diversi insiemi di punti su queste entità basilari: punti equispaziati, punti di quadratura, punti di interpolazione (Gauss-Lobatto, Fekete, WarpBlend?).

Gestisce metodi di Galerkin continui e discontinui.

Gestisce diversi insiemi polinomiali:

• Lagrange (continuo, discontinuo, tutte le dimensioni, tutti gli insiemi di punti di interpolazione);

• Dubiner (discontinuo), confini adattati (continuo);

• Legendre (discontinuo), confini adattati (continuo).

Fornisce concetti matematici per astrazioni di ordine superiore (spazi di funzioni ed elementi associati, forme e operatori).

Fornisce un linguaggio inglobato nel C++ per formulazioni variazionali, proiezione e integrazione numerica.

La libreria FFTW calcola le trasformate di Fourier veloci (FFT) in una o più dimensioni. È estremamente veloce. Questo pacchetto contiene la documentazione per la libreria fftw3.

OpenCASCADE è una suite per lo sviluppo veloce di applicazioni, lo scambio di dati, la visualizzazione e la modellazione di superfici e solidi 3D. È una piattaforma eccellente per lo sviluppo di software di simulazione numerica che include applicazioni CAD/CAM/CAE, AEC e GIS, così come PDM.

Questo pacchetto è basato su OCE, OpenCASCADE Community Edition, che è mantenuta da una comunità di sviluppatori e non da OpenCASCADE SAS.

Questo pacchetto contiene la suite di test per DRAW.

HDF5 per Python (h5py) è un'interfaccia Python di uso generico per la versione 5 della libreria Hierarchical Data Format. HDF5 è una libreria per software scientifico versatile e matura progettata per l'archiviazione veloce e flessibile di quantità enormi di dati.

Dal punto di vista del programmatore Python, HDF5 fornisce un modo robusto per memorizzare i dati, organizzati per nome in un modo in stile albero. Si possono creare insiemi di dati (array su disco) grandi centinaia di gigabyte ed effettuare l'accesso casuale in I/O nelle sezioni volute. Gli insiemi di dati sono organizzati in una gerarchia in stile file system usando contenitori chiamati "gruppi" e a cui si accede attraverso la sintassi POSIX tradizionale /percorso/alla/risorsa.

h5py fornisce un'interfaccia in lettura/scrittura semplice e robusta ai dati HDF5 da Python. Per l'interfaccia vengono usati i concetti esistenti di Python e Numpy; per esempio, gli insiemi di dati su disco sono rappresentati da una classe proxy che gestisce lo slicing e ha attributi dtype e shape. I gruppi HDF5 sono presentati usando una metafora dizionario, indicizzati per nome.

Questo è un semplice pacchetto di dipendenze, che dipende dalla versione seriale o MPI di h5py e fornisce file dati di test.

La versione 4 di netCDF ha molte funzionalità che non erano presenti nelle versioni precedenti della libreria ed è implementata sulla base di HDF5. Questo modulo può leggere e scrivere file sia nel nuovo formato netCDF 4 sia nel vecchio netCDF 3, e può creare file che sono leggibili dai client HDF5. L'API è modellata sull'esempio di Scientific.IO.NetCDF e dovrebbe risultare familiare agli utenti di quel modulo.

È implementata la maggior parte delle nuove funzionalità di netCDF 4, come dimensioni multiple illimitate, gruppi e compressione dei dati con zlib. Sono implementati tutti i nuovi tipi di dato numerici (come i tipi di interi senza segno e a 64 bit). Sono gestiti i tipi di dato composti e a lunghezza variabile (vlen), ma i tipi di dato enum e opaque non lo sono. Misture di tipi di dato composti e vlen (tipi composti contenenti vlen e vlen contenenti tipi composti) non sono gestite.

Questo pacchetto contiene il modulo netCDF 4 per Python 3.

Thread-pool Controls provides Python helpers to limit the number of threads used in the threadpool-backed of common native libraries used for scientific computing and data science (e.g. BLAS and OpenMP).

Fine control of the underlying thread-pool size can be useful in workloads that involve nested parallelism so as to mitigate oversubscription issues.

This package provides info files with the reference manual for the GNU Scientific Library (GSL), a collection of routines for numerical analysis.

The reference manual is also available in postscript and html formats in the packages gsl-ref-psdoc and gsl-ref-html, respectively.

This package provides a pdf file with the reference manual for the GNU Scientific Library (GSL), a collection of routines for numerical analysis.

The reference manual is also available in postscript and html formats in the packages gsl-ref-psdoc and gsl-ref-html, respectively.

This package provides html files with the reference manual for the GNU Scientific Library (GSL), a collection of routines for numerical analysis.

This package provides a ps file with the reference manual for the GNU Scientific Library (GSL), a collection of routines for numerical analysis.

This package is a binary incompatible upgrade to the blas-dev package. Several minor changes to the C interface have been incorporated.

BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) is a set of efficient routines for most of the basic vector and matrix operations. They are widely used as the basis for other high quality linear algebra software, for example lapack and linpack. This implementation is the Fortran 77 reference implementation found at netlib.

This implementation of the library belongs to the CLAPACK distribution.

This package contains a static version of the library.

Pseudopotentials consist in atomic data used for atomic-scale electronic structure calculations. Libpspio is a library to read and write pseudopotentials in various formats, allowing as well for conversion in some cases.

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

This package contains the development files needed to interface other software with Wannier90.