Debian Science Project
Summary
Cognitive neuroscience
pacchetti Debian Science per neuroscienze cognitive

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian che potrebbero essere utili per gli scienziati che fanno ricerca nel campo delle neuroscienze cognitive. Ciò comprende il completo processo di ricerca dall'esecuzione di esperimenti psicofisici, passando per l'acquisizione e l'analisi dei dati, alla visualizzazione e impaginazione di risultati scientifici.

Questa selezione di pacchetti è mirata all'applicazione di tecniche d'analisi. Gli sviluppatori dei metodi si sono riferiti ai metapacchetti science-statistics, science-imageanalysis, science-numericalcomputation, med-imaging e med-imaging-dev per una varietà di software aggiuntivi che possono essere utili nel contesto delle neuroscienze cognitive.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Cognitive neuroscience packages

Official Debian packages with high relevance

Amide
software per immagini medicali
Versions of package amide
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.5-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.5-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.5-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.5-2amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.5-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package amide:
fieldmedicine, medicine:imaging
roleprogram
Popcon: 27 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AMIDE: (Amide's a Medical Imaging Data Examiner). AMIDE è uno strumento per visualizzare e analizzare insiemi di dati di immagini medicali. Tra le sue funzionalità sono incluse: la gestione simultanea di insiemi di dati multipli importati da diversi formati di file, la fusione di immagini, il disegno e l'analisi di regioni 3D di interesse, la resa dei volumi e l'allineamento di corpi rigidi.

Amide importa la maggior parte dei file DICOM clinici (usando la libreria DCMTK).

Please cite: Andreas Markus Loening and Sanjiv Sam Gambhir: AMIDE: A Free Software Tool for Multimodality Medical Image Analysis. (PubMed) Molecular Imaging 2(3):131-7 (2003)
Caret
Computerized Anatomical Reconstruction and Editing Toolkit
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package caret
ReleaseVersionArchitectures
squeeze5.6.1.3~dfsg.1-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.6.4~dfsg.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie5.6.4~dfsg.1-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package caret:
roleprogram
uitoolkitqt
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo software permette di creare, visualizzare e manipolare ricostruzioni di superficie della corteccia cerebrale e cerebellare, di visualizzare volumi e mostrare dati sperimentali sulle superfici e sui volumi. Benché Caret sia principalmente una applicazione GUI, con "caret_command" si ha anche un versatile strumento a riga di comando che permette di accedere ad una sostanziosa porzione delle funzionalità di Caret.

Caret può scaricare e usare atlanti stereotassici (uomo, scimmia, topo e ratto) da un database aperto in rete.

Alcune funzionalità di Caret sono disponibili solamente quando sono presenti alcuni file dati aggiuntivi forniti dal pacchetto caret-data. Tra queste sono incluse:

  • mappatura di volumi su superficie attraverso atlante PALS,
  • morphing multi-risoluzione,
  • proiezione di fuochi con atlas PALS,
  • registrazione basata su superficie,
  • appiattimento di superfici.

Attualmente il pacchetto caret-data è disponibile solo dal repository NeuroDebian. Per maggiori informazioni vedere http://neuro.debian.net

Please cite: David C. Van Essen, Heather A. Drury, James Dickson, John Harwell, Donna Hanlon and Charles H. Anderson: An Integrated Software Suite for Surface-based Analyses of Cerebral Cortex. (PubMed,eprint) Journal of American Medical Informatics Association 8(5):443-459 (2001)
Dicom3tools
strumenti di manipolazione e conversione di file di immagini medicali DICOM
Versions of package dicom3tools
ReleaseVersionArchitectures
buster1.00~20180803063840-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.00~20170109062447-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.00~20140902075059-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.0~20100510-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0~20120505-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.00~20190724083540-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.00~20190724083540-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package dicom3tools:
fieldmedicine, medicine:imaging
roleprogram
useconverting
works-withimage
Popcon: 27 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Utilità a riga di comando per creare, modificare, fare il dump e convalidare file di attributi DICOM. Supporta la conversione di alcuni formati per immagini medicali proprietari in DICOM. Può gestire dati nel vecchio formato ACR/NEMA e alcune versioni proprietarie di esso come SPI.

Dicomnifti
converte file DICOM nel formato NIfTI
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package dicomnifti
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.28.14-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.33.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.32.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.33.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.33.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.32.1-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package dicomnifti:
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 14 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il programma dinifti converte immagini MRI memorizzate in formato DICOM nel formato NIfTI. Quest'ultimo è considerato il nuovo formato standard per le immagini medicali e può essere usato con, per esempio, FSL, AFNI, SPM, Caret o Freesurfer.

dinifti converte file singoli, ma supporta anche la conversione completamente automatica di complete directory dicom. In aggiunta, i file NIfTI convertiti possono essere rinominati in modo appropriato usando le informazioni sulle serie di immagini nei file DICOM.

Fslview
visualizzatore per dati (f)MRI e DTI
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package fslview
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.0.1-4amd64,armel,armhf,i386
squeeze3.1.8+4.1.6-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fslview:
interfacex11
made-ofhtml
roledocumentation, program
scopeutility
suitedebian
uitoolkitqt
useviewing
x11application
Popcon: 9 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto fornisce un visualizzatore sia per dati MRI in 3D e 4D che per immagini DTI. FSLView è in grado di visualizzare file ANALYZE e NIFTI. Il visualizzatore supporta modalità di visualizzazione 2D (parti ortogonali, negatoscopio o singole sezioni), ma anche la resa di volumi 3D. Inoltre FSLView è in grado di visualizzare le serie temporali e può sovrapporre dati metrici e dati da atlanti stereotassici.

FSLView è parte di FSL.

Please cite: S.M. Smith, M. Jenkinson, M.W. Woolrich, C.F. Beckmann, T.E.J. Behrens, H. Johansen-Berg, P.R. Bannister, M. De Luca, I. Drobnjak, D.E. Flitney, R. Niazy, J. Saunders, J. Vickers, Y. Zhang, N. De Stefano, J.M. Brady and P.M. Matthews: Advances in functional and structural MR image analysis and implementation as FSL. (PubMed) NeuroImage 23:208-219 (2004)
Itksnap
segmentazione semiautomatica di strutture in immagini 3D
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package itksnap
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.2.0-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid3.6.0-5amd64,i386
bullseye3.6.0-5amd64,i386
buster3.6.0-3amd64,i386
stretch3.4.0-2amd64,i386
jessie2.2.0-1.1amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.0.0+cvs20100615-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package itksnap:
fieldmedicine:imaging
roleprogram
Popcon: 15 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SNAP fornisce la segmentazione semiautomatica di strutture in immagini medicali (es. immagini di risonanza magnetica del cervello) usando metodi di contorno attivo e delineazione manuale e navigazione di immagini. Funzionalità notevoli sono:

  • cursore collegato per navigazione 3D senza interruzioni;
  • segmentazione manuale in 3 piani ortogonali contemporaneamente;
  • gestione di molti formati differenti di immagini 3D, incluso NIfTI;
  • gestione di visualizzazioni collegate concorrenti e segmentazione di immagini multiple;
  • gestione limitata di immagini a colori (es. mappe di tensori di diffusione);
  • strumento di taglio di piani 3D per post-elaborazione veloce dei risultati della segmentazione.
Please cite: Paul A. Yushkevich, Joseph Piven, Heather Cody Hazlett, Rachel Gimpel Smith, Sean Ho, James C. Gee and Guido Gerig: User-guided 3D active contour segmentation of anatomical structures: Significantly improved efficiency and reliability. Neuroimage 31:1116-1128 (2006)
Screenshots of package itksnap
Lipsia
analysis suite for MRI and fMRI data
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package lipsia
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6.0-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Leipzig Image Processing and Statistical Inference Algorithms (LIPSIA)

This is a software package for the data processing and evaluation of functional magnetic resonance images. The analysis of fMRI data comprises various aspects including filtering, spatial transformation, statistical evaluation as well as segmentation and visualization. All these aspects are covered by LIPSIA. For the statistical evaluation, a number of well established and peer-reviewed algorithms were implemented in LIPSIA that allow an efficient and user-friendly processing of fMRI data sets. As the amount of data that must be handled is enormous, an important aspect in the development of LIPSIA was the efficiency of the software implementation.

LIPSIA operates exclusively on data in the VISTA data format. However, the package contains converters for medical image data in iBruker, ANALYZE and NIfTI format -- converting VISTA images into NIfTI files is also supported.

Please cite: Gabriele Lohmann, Karsten Müller, Volker Bosch, Heiko Mentzel, Sven Hessler, Lin Chen, S. Zysset and D. Yves von Cramon: Lipsia—a new software system for the evaluation of functional magnetic resonance images of the human brain. Computerized Medical Imaging and Graphics 25:449-457 (2001)
Medcon
strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...)
Versions of package medcon
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.10.5-2.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.10.7-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.13.0-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.14.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.16.2
Debtags of package medcon:
fieldbiology
interfacecommandline
roleprogram
uitoolkitgtk
useconverting
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 18 users (17 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.

Può anche leggere file non supportati senza compressione, visualizzare i valori dei pixel o estrarre/riordinare le immagini specificate. È possibile recuperare i vettori grezzi delle immagini in formato binario o ASCII o produrre immagini PNG per le applicazioni desktop.

Questo è lo strumento a riga di comando per l'elaborazione di massa.

Minc-tools
strumenti per immagini medicali in formato MNI
Versions of package minc-tools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.3.00+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.3.00+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.00+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.00+dfsg-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.00-6amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.0.18+cvs20100518-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.1.10-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package minc-tools:
fieldmedicine, medicine:imaging
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, converting
works-withimage, image:raster
Popcon: 14 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto contiene strumenti per manipolare file MINC.

Il formato di file Minc è un formato per immagini medicali altamente flessibile costruito sulla base del formato dati generalizzato NetCDF. Il formato è semplice, auto-descrittivo, estensibile, portabile e a N dimensioni, con interfacce di programmazione sia per accesso di basso livello ai dati, sia per manipolazione di volumi ad alto livello. Sopra alle librerie è costruita una suite di strumenti generici per la manipolazione di file immagine. Il formato, le librerie e gli strumenti sono pensati per l'uso in ambienti di ricerca sulle immagini medicali: sono semplici e potenti e non cercano in alcun modo di fornire una bella interfaccia per gli utenti.

Mriconvert
utilità di conversione per file di immagini medicali
Versions of package mriconvert
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0.7-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0.235-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mriconvert:
fieldmedicine:imaging
roleprogram
uitoolkitwxwidgets
Popcon: 14 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MRIConvert è un'utilità di conversione per file di immagini medicali che converte i file DICOM nei formati di volumi NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99/Analyze, BrainVoyager e MetaImage.

Screenshots of package mriconvert
Mricron
conversione, visualizzazione e analisi di immagini di risonanza magnetica
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package mricron
ReleaseVersionArchitectures
sid0.20140804.1~dfsg.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386
stretch0.20140804.1~dfsg.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386
jessie0.20140804.1~dfsg.1-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye0.20140804.1~dfsg.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386
wheezy0.20120505.1~dfsg.1-1amd64,armel,armhf,i386,powerpc,sparc
buster0.20140804.1~dfsg.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386
Debtags of package mricron:
uitoolkitgtk
Popcon: 26 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo è uno strumento di visualizzazione e analisi basato su GUI per immagini di risonanza magnetica (funzionale). MRIcron può essere usato per creare rendering 2D o 3D di mappe statistiche sovrapposte su immagini dell'anatomia del cervello. Inoltre aiuta a disegnare le ROI (regions-of-interest) anatomiche o la mappatura delle lesioni, e l'analisi di base delle serie temporali funzionali (es. creando grafici dei cambiamenti di segnali peristimolo).

Oltre a "mricron", questo pacchetto fornisce anche "dcm2nii", che gestisce la conversione di immagini DICOM e PAR/REC nel formato NIfTI, e "npm", per l'analisi di dati non parametrici.

Please cite: Chris Rorden, Hans-Otto Karnath, Leonardo Bonilha: Improving lesion-symptom mapping. (2007)
Other screenshots of package mricron
VersionURL
0.20140804.1~dfsg.1-2+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/011/large.png
0.20120505.1~dfsg.1-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/013/148/large.png
Screenshots of package mricron
Nifti-bin
strumenti forniti con la libreria NIfTI
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package nifti-bin
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.0.0-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.0.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0.0-2amd64,armel,armhf,i386
sid2.0.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.0.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package nifti-bin:
fieldmedicine, medicine:imaging
interfacecommandline
roleprogram, shared-lib
scopeutility
usechecking, converting
Popcon: 12 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Niftilib è un insieme di librerie di I/O per la lettura e la scrittura di file dati nel formato NIfTI-1. NIfTI-1 è un formato binario per l'archiviazione di immagini mediche, tipo risonanza magnetica (RMN) o immagini cerebrali da RMN funzionale (fRMN).

Questo pacchetto comprende gli strumenti forniti con la libreria (nifti_tool, nifti_stats e nifti1_test).

Nifti2dicom
converte immagini medicali 3D in serie di DICOM 2D
Versions of package nifti2dicom
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.4.11-1amd64,i386
buster0.4.11-1amd64,i386
jessie0.4.9-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.4.11-1.1amd64,i386
bullseye0.4.11-1.1amd64,i386
Popcon: 4 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Nifti2Dicom è uno strumento di conversione che converte file 3D NIfTI (e altri formati gestiti da ITK, inclusi Analyze, MetaImage Nrrd e VTK) in DICOM. A differenza di altri strumenti di conversione, può importare un file DICOM che viene usato per importare il paziente e studiare i tag DICOM, e permette di modificare il numero di accrescimento e altri tag DICOM per creare un DICOM valido che può essere importato in PACS.

Questo pacchetto include gli strumenti a riga di comando.

Openmeeg-tools
openmeeg library -- command line tools
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package openmeeg-tools
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.0.0.dfsg-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.0.0.dfsg-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package openmeeg-tools:
roleprogram
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OpenMEEG consists of state-of-the art solvers for forward problems in the field of MEG and EEG. Solvers are based on the symmetric Boundary Element method [Kybic et al, 2005], providing excellent accuracy, particularly for superficial cortical sources. OpenMEEG can compute four types of lead fields (EEG, MEG, Internal Potential and Electrical Impedence Tomography).

This package provides command line interface to openmeeg functionality.

Please cite: Alexandre Gramfort, Théodore Papadopoulo, Emmanuel Olivi and Maureen Clerc: OpenMEEG: opensource software for quasistatic bioelectromagnetics. (PubMed,eprint) BioMedical Engineering OnLine 9:45 (2010)
Openwalnut-qt4
Multi-modal medical and brain data visualization tool.
Versions of package openwalnut-qt4
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.2.5-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package openwalnut-qt4:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

OpenWalnut is a tool for multi-modal medical and brain data visualization. Its universality allows it to be easily extended and used in a large variety of application cases. It is both, a tool for the scientific user and a powerful framework for the visualization researcher. Besides others, it is able to load NIfTI data, VTK line data and RIFF-format CNT/AVR-files. OpenWalnut provides many standard visualization tools like line integral convolution (LIC), isosurface-extraction, glyph-rendering or interactive fiber-data exploration. The powerful framework of OpenWalnut allows researchers and power-users to easily extend the functionality to their specific needs.

This package contains the QT4 GUI for OpenWalnut.

Praat
programma per l'analisi e la sintesi del linguaggio
Versions of package praat
ReleaseVersionArchitectures
sid6.1.16-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.1.42-1amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.3.16-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie5.4.0-1amd64,armel,armhf,i386
stretch6.0.23-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.0.48-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bullseye6.1.16-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package praat:
fieldlinguistics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
works-withaudio
x11application
Popcon: 27 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Secondo i suoi autori, praat è "fonetica tramite il computer". Molteplici funzionalità di analisi del linguaggio sono disponibili tramite la sua interfaccia grafica: spettrogrammi, cocleogrammi, estrazione del tono e della formante. Sono altresì disponibili sintesi articolatorie, dal tono, dalla formante e dall'intensità. Fra le altre funzionalità si segnalano segmentazione, etichettatura con uso dell'alfabeto fonetico e computazione statistica. Praat è configurabile ed estensibile attraverso il suo linguaggio di script ed è inoltre predisposto per poter comunicare con altri programmi.

Please cite: Paul Boersma: Praat, a system for doing phonetics by computer. Glot International 5(9/10):341-345 (2001)
Screenshots of package praat
Psignifit
interpolazione e test delle ipotesi di funzioni psicometriche
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package psignifit
ReleaseVersionArchitectures
sid2.5.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.5.6-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.5.6-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.5.6-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.5.6-3.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psignifit:
fieldstatistics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 16 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Psignifit permette l'adattamento di funzioni psicometriche a insiemi di dati mantenendo il controllo completo su un gran numero di parametri. I dati possono essere letti da file di testo o passati tramite una pipe.

Psignifit effettua il calcolo degli intervalli di fiducia ma anche dei test della bontà dell'adattamento.

Questa è la versione a riga di comando.

Screenshots of package psignifit
Python3-nibabel
collegamenti Python 3 a vari formati di dati per neuroimmagini
Versions of package python3-nibabel
ReleaseVersionArchitectures
buster2.3.2-1all
sid3.1.1-1all
stretch2.1.0-1all
bullseye3.1.1-1all
Popcon: 20 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

NiBabel fornisce accesso in lettura e scrittura ad alcuni formati di file comuni per neuroimmagini e file medicali, inclusi: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, così come PAR/REC. Le varie classi per formato per immagini danno accesso pieno o selettivo alle informazioni delle intestazioni (metainformazioni) e l'accesso ai dati dell'immagine è reso disponibile attraverso matrici NumPy. NiBabel è il successore di PyNIfTI.

Python3-pydicom
lettura e scrittura di file medicali DICOM (Python 3)
Versions of package python3-pydicom
ReleaseVersionArchitectures
sid2.0.0-1all
buster1.2.1-1all
bullseye2.0.0-1all
Popcon: 21 users (56 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

pydicom è un modulo in Python puro per l'analisi di file DICOM. DICOM è uno standard (http://medical.nema.org) per comunicare le immagini medicali e le informazioni relative, come rapporti e oggetti di radioterapia.

pydicom rende facile la lettura di file DICOM in naturali strutture pythoniche per una facile manipolazione. Gli insiemi di dati modificati posso essere nuovamente scritti su file in formato DICOM.

Questo pacchetto installa il modulo per Python 3.

Python3-statsmodels
modulo Python 3 per la stima di modelli statistici
Versions of package python3-statsmodels
ReleaseVersionArchitectures
sid0.11.1-4all
sid0.11.1-3all
bullseye0.11.1-3all
buster0.8.0-9all
Popcon: 25 users (92 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il modulo Python 3 statsmodels fornisce classi e funzioni per la stima di diverse categorie di modelli statistici. Tra questi attualmente sono inclusi: modelli di regressione lineare, OLS, GLS, WLS e GLS con errori AR(p), modelli lineari generalizzati per diverse famiglie di distribuzione ed M stimatori per modelli lineari robusti. È disponibile un'ampia lista di statistiche dei risultati per ciascun problema di stima.

Please cite: Skipper Seabold and Josef Perktold: Statsmodels: Econometric and statistical modeling with python (eprint) (2010)
Qnifti2dicom
converte immagini medicali 3D in serie di DICOM 2D (GUI)
Versions of package qnifti2dicom
ReleaseVersionArchitectures
buster0.4.11-1amd64,i386
bullseye0.4.11-1.1amd64,i386
jessie0.4.9-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.4.11-1amd64,i386
sid0.4.11-1.1amd64,i386
Popcon: 4 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Nifti2Dicom è uno strumento di conversione che converte file 3D NIfTI (e altri formati gestiti da ITK, inclusi Analyze, MetaImage Nrrd e VTK) in DICOM. A differenza di altri strumenti di conversione, può importare un file DICOM che viene usato per importare il paziente e studiare i tag DICOM, e permette di modificare il numero di accrescimento e altri tag DICOM per creare un DICOM valido che può essere importato in PACS.

Questo pacchetto contiene l'interfaccia utente grafica Qt4.

Slicer
software package for visualization and image analysis - main application
Maintainer: Debian Science Team
Versions of package slicer
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.4.0~svn10438-7amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,s390,sparc
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Slicer is an application for computer scientists and clinical researchers. The platform provides functionality for segmentation, registration and three-dimensional visualization of multi-modal image data, as well as advanced image analysis algorithms for diffusion tensor imaging, functional magnetic resonance imaging and image-guided therapy. Standard image file formats are supported, and the application integrates interface capabilities to biomedical research software and image informatics frameworks.

3D Slicer main application.

Please cite: Steven Pieper, Michael Halle, Ron Kikinis: 3D SLICER. (2004)
Voxbo
elaborazione, analisi statistica e visualizzazione di dati di immagini del cervello
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package voxbo
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.8.5~svn1172-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.8.5~svn1246-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.8.5~svn1246-1.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.8.5~svn1246-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.8.5~svn1246-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package voxbo:
fieldmedicine:imaging
roleprogram
uitoolkitqt
Popcon: 6 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo è un toolkit per l'analisi di esperimenti di neuroimmagini funzionali (principalmente fMRI) e mappatura lesione-comportamento basata su voxel. VoxBo gestisce GLM modificato (per dati autocorrelati), oltre a GLM standard per dati non autocorrelati. Il toolkit è progettato per poter funzionare insieme a AFNI, FSL, SPM e altri.

Screenshots of package voxbo
Xmedcon
strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...) (GUI)
Versions of package xmedcon
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.10.5-2.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.10.7-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.13.0-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.14.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.16.2
Debtags of package xmedcon:
fieldbiology
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
useconverting
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 71 users (17 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.

Può anche leggere file non supportati senza compressione, visualizzare i valori dei pixel o estrarre/riordinare le immagini specificate. È possibile recuperare i vettori grezzi delle immagini in formato binario o ASCII o produrre immagini PNG per le applicazioni desktop.

Questa è la versione per X del programma, basata su GTK+. Elabora un solo file alla volta.

Screenshots of package xmedcon

Official Debian packages with lower relevance

Connectomeviewer
Interactive Analysis and Visualization for MR Connectomics
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package connectomeviewer
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.1.0-1all
buster2.1.0+dfsg-1all
jessie2.1.0-1all
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The Connectome Viewer is a extensible, scriptable, pythonic research environment for visualization and (network) analysis in neuroimaging and connectomics.

Employing the Connectome File Format, diverse data types such as networks, surfaces, volumes, tracks and metadata are handled and integrated. The Connectome Viewer is part of the MR Connectome Toolkit.

Please cite: Gerhard S, Daducci A, Lemkaddem A, Meuli R, Thiran J-P and Hagmann P: The Connectome Viewer Toolkit: An open source framework to manage, analyze, and visualize connectomes. (2011)
Science-psychophysics
pacchetti Debian Science per la psicofisica
Maintainer: Debian Science Team
Versions of package science-psychophysics
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.7all
sid1.13all
bullseye1.13all
jessie1.4all
buster1.10all
wheezy1.0all
Debtags of package science-psychophysics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian che possono essere utili per effettuare qualsiasi esperimento relativo a stimoli fisici e ai loro effetti psicologici.

La selezione dei pacchetti è focalizzata su software per la somministrazione di stimoli. Per software aggiuntivo relativo all'analisi dei dati acquisiti guardare science-neuroscience-cognitive e med-imaging, a seconda del campo di applicazione. In aggiunta guardare science-bci dato che quei pacchetti spesso forniscono infrastrutture per il ciclo completo di lavoro compresa la somministrazione degli stimoli.

Science-typesetting
pacchetti Debian Science per la composizione tipografica
Maintainer: Debian Science Team
Versions of package science-typesetting
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.13all
buster1.10all
stretch1.7all
jessie1.4all
wheezy1.0all
squeeze0.12all
sid1.13all
Debtags of package science-typesetting:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 11 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian Science relativi alla composizione tipografica. Chi installa questo pacchetto potrebbe essere interessato al debtag use::typesetting.

Debian packages in contrib or non-free

Fsl
transitional dummy package
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package fsl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.1.6-4 (non-free)all
jessie5.0.7-4 (non-free)all
buster5.0.8-6 (non-free)all
sid5.0.8-6 (non-free)all
wheezy4.1.9-7 (non-free)all
Debtags of package fsl:
fieldmedicine:imaging
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkittk
useanalysing
x11application
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: non-free
Git

The only purpose of this package is to enable upgrades to the new 'fsl-core' package which replaces 'fsl'. This package can safely be removed.

Users aiming to perform a complete FSL installation (including all data components) are advised to install the 'fsl-complete' package from NeuroDebian.

Please cite: Mark Jenkinson, Christian F. Beckmann, Timothy E. J. Behrens, Mark W. Woolrich and Stephen M. Smith: FSL. (PubMed) NeuroImage 62(2):782-790 (2012)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Bioimagesuite
integrated image analysis software suite
Versions of package bioimagesuite
ReleaseVersionArchitectures
VCS2.0-1all
Versions and Archs
License: GPL-2+
Debian package not available
Git
Version: 2.0-1

BioImage Suite has extensive capabilities for both neuro/cardiac and abdominal image analysis and state of the art visualization. Many packages are available that are highly extensible, and provide functionality for image visualization and registration, surface editing, cardiac 4D multi-slice editing, diffusion tensor image processing, mouse segmentation and registration, and much more. It can be integrated with other biomedical image processing software, such as FSL and SPM. This site provides information, downloads, documentation, and other resources for users of the software.

BioImage Suite was developed at Yale University and has been extensively used at different labs at Yale since 2004.

Please cite: X. Papademetris, M. Jackowski, N. Rajeevan, R. T. Constable and L. Staib: BioImage Suite: An integrated medical image analysis suite. (eprint) Insight Journal (2005)
Remark of Debian Science team: How to work together with upstream

There is a forum at BioImage Suite site for discussion of compiling it from source and packaging issues at http://research.yale.edu/bioimagesuite/forum/index.php?board=12.0

Debruijn
De Bruijn cycle generator
Versions of package debruijn
ReleaseVersionArchitectures
VCS1.6-2all
Versions and Archs
License: BSD-4-clause
Git
Version: 1.6-2

Stimulus counter-balance is important for many experimental designs. This command-line software creates De Bruijn cycles, which are pseudo-random sequences with arbitrary levels of counterbalance. "Path-guided" de Bruijn cycles may also be created. These sequences encode a hypothesized neural modulation at specified temporal frequencies, and have enhanced detection power for BOLD fMRI experiments.

Freesurfer
analysis and visualization of functional brain imaging data
Versions of package freesurfer
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.1.0+dev+cvs20120104-1all
Versions and Archs
License: FreeSurfer-Software-License-Agreement
Git
Version: 5.1.0+dev+cvs20120104-1

FreeSurfer is a set of tools for analysis and visualization of structural and functional brain imaging data. It contains a fully automatic structural stream for processing cross sectional and longitudinal data.

FreeSurfer provides many anatomical analysis tools, including: representation of the cortical surface between white and gray matter, representation of the pial surface, segmentation of white matter from the rest of the brain, skull stripping, B1 bias field correction, nonlinear registration of the cortical surface of an individual with an sterotaxic atlas, labeling of regions of the cortical surface, statistical analysis of group morphometry differences, and labeling of subcortical brain structures, etc.

This package depends upon the latest version of freesurfer.

Please cite: A. M. Dale, B. Fischl and M. I. Sereno: Cortical surface-based analysis. I. Segmentation and surface reconstruction. (PubMed) Neuroimage 9(2):179-94 (1999)
Remark of Debian Science team: The 'tktools' (tkmedit, tksurfer and tkregister2) under the
 CorTechs license are not readily redistributable thus excluded.
Xnat
platform for data management and productivity tasks in neuroimaging
Versions of package xnat
ReleaseVersionArchitectures
VCS1.7.5.1-1all
Versions and Archs
License: XNAT_SLA
Debian package not available
Git
Version: 1.7.5.1-1

The primary functionality of XNAT is to provide a place to store and control access to neuroimaging data. This includes sophisticated user control, search and retrieval, and archiving capabilities. As open-source software, XNAT also supports a wide variety of research-based processing pipelines, and is able to link up with supercomputer processing power to dramatically shorten image processing time.

Please cite: Daniel S. Marcus, Timothy R. Olsen, Mohana Ramaratnam and Randy L. Buckner: The Extensible Neuroimaging Archive Toolkit (XNAT): An informatics platform for managing, exploring, and sharing neuroimaging data.. (PubMed,eprint) Neuroinformatics 5(1):11-34 (2007)

Unofficial packages built by somebody else

Eeglab
toolbox for processing and visualization of electrophysiological data
Responsible: NeuroDebian Team
License: GPL-2+
Language: C, Matlab/Octave

EEGLAB is an interactive Matlab toolbox for processing continuous and event-related EEG, MEG and other electrophysiological data incorporating independent component analysis (ICA), time/frequency analysis, artifact rejection, event-related statistics, and several useful modes of visualization of the averaged and single-trial data.

Please register by following this link if you are using eeglab.
Please cite: Delorme A and Makeig S: EEGLAB: an open source toolbox for analysis of single-trial EEG dynamics (2004)
Mni-autoreg
MNI average brain (305 MRI) stereotaxic registration model
Responsible: Michael Hanke
License: no-free, but GPLed parts

This package provides a version of the MNI Average Brain (an average of 305 T1-weighted MRI scans, linearly transformed to Talairach space) specially adapted for use with the MNI Linear Registration Package.

  • average_305.mnc - a version of the average MRI that covers the whole brain (unlike the original Talairach atlas), sampled with 1mm cubic voxels
  • average_305_mask.mnc - a mask of the brain in average_305.mnc
  • average_305_headmask.mnc - another mask, required for nonlinear mode

Remark: Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-autoreg and http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-autoreg-model to Debian Med svn and start group maintenance.

Mni-n3
MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization
Responsible: Michael Hanke
License: BSDish

MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization (N3). This package provides the 'nu_correct' tool for unsupervised correction of radio frequency (RF) field inhomogenities in MR volumes. Two packages are provided:

  • mni-n3 - provides 'nu_correct'
  • libebtks-dev - MNI support library with numerical types and algorithms

Remark: Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-n3 to Debian Med svn and start group maintenance.

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Fieldtrip - wnpp
toolbox for MEG and EEG analysis
License: GPL-2+
Debian package not available
Language: Matlab/Octave

The software includes algorithms for simple and advanced analysis of MEG and EEG data, such as time-frequency analysis, source reconstruction using dipoles, distributed sources and beamformers and non-parametric statistical testing. It supports the data formats of all major MEG systems (CTF, Neuromag, BTi) and of the most popular EEG systems, and new formats can be added easily. FieldTrip contains high-level functions that you can use to construct your own analysis protocols in Matlab. Furthermore, it easily allows developers to incorporate low-level algorithms for new EEG/MEG analysis methods.

Remark of Debian Science team: The NIMH distributes a "port" of fieldtrip to Octave (at

http://kurage.nimh.nih.gov/meglab/Meg/Software). It needs to be figured out whether this port can be incorporated into the official version, and to what degree it is complete. Packaging fieldtrip is required to complete the packaging of SPM8.

Pysurfer - wnpp
visualize Freesurfer's data in Python
Responsible: NeuroDebian Team
License: BSD-3
Debian package not available
Language: Python

This is a Python package for visualization and interaction with cortical surface representations of neuroimaging data from Freesurfer. It extends Mayavi’s powerful visualization engine with a high-level interface for working with MRI and MEG data.

PySurfer offers both a command-line interface designed to broadly replicate Freesurfer’s Tksurfer program as well as a Python library for writing scripts to efficiently explore complex datasets.

Spm8 - wnpp
analysis of brain imaging data sequences
Responsible: NeuroDebian team
License: GPL-2+
Debian package not available

Statistical Parametric Mapping (SPM) refers to the construction and assessment of spatially extended statistical processes used to test hypotheses about functional imaging data. These ideas have been instantiated in software that is called SPM. It is designed for the analysis of fMRI, PET, SPECT, EEG and MEG.

Please register by following this link if you are using spm8.
Please cite: Karl J. Friston, John T. Ashburner, Stephen Kiebel, Thomas E. Nichols and William D. Penny: Statistical Parametric Mapping: The Analysis of Functional Brain Images.. (2007)
Remark of Debian Science team: This software is written for matlab, but initial tests indicate that

some (significant) portion of it might also work with octave. More tests are pending...

No known packages available

Brainvisa
image processing factory for MR images
License: Free? (CeCill License)
Debian package not available

BrainVISA is a software, which embodies an image processing factory. A simple control panel allows the user to trigger some sequences of treatments on series of images. These treatments are performed by calls to command lines provided by different laboratories. These command lines, hence, are the building blocks on which are built the assembly lines of the factory. BrainVISA is distributed with a toolbox of building blocks dedicated to the segmentation of T1-weighted MR images. The product of the main assembly line made up from this toolbox is the following: grey/white classification for Voxel Based Morphometry, Meshes of each hemisphere surface for visualization purpose, Spherical meshes of each hemisphere white matter surface, a graph of the cortical folds, a labeling of the cortical folds according to a nomenclature of the main sulci.

Hid
database management system for clinical imaging
License: BSD, BIRN
Debian package not available
Language: java

The Human Imaging Database (HID) is an extensible database management system developed to handle the increasingly large and diverse datasets collected as part of the MBIRN and FBIRN collaboratories and throughout clinical imaging communities at large.

Please register by following this link if you are using hid.
Please cite: Keator, D.B.; Grethe, J.S.; Marcus, D.; Ozyurt, B.; Gadde, S.; Murphy, S.; Pieper, S.; Greve, D.;Notestine, R.; Bockholt, H.J.; Papadopoulos, P.: A National Human Neuroimaging Collaboratory Enabled By The Biomedical Informatics Research Network (BIRN) (2008)
Iqr
large-scale multi-level neuronal systems simulator
Responsible: NeuroDebian team
License: GPL-3+
Debian package not available

This graphical environment allows for designing large-scale multi-level neuronal systems that can control real-world devices, such as cameras and mobile robots, in real-time. iqr is an extensible framework with the ability to handle new, user-provided, neuron and synapse types, as well as custom interfaces to other hardware systems. iqr employes an XML-based format for system descriptions.

Please cite: Ulysses Bernardet, Paul F.M.J. Verschure: iqr: A tool for the construction of multi-level simulations of brain and behaviour.. (2010)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 193646