Summary
Cognitive Neuroscience
Pakiety naukowe Debiana do neurologii poznawczej
Ten metapakiet spowoduje zainstalowanie pakietów Debiana, które mogą być
przydatne dla naukowców wykonujących badania związane z neurologią
poznawczą. Obejmuje to cały proces badawczy od przeprowadzania
eksperymentów psychofizycznych, poprzez pozyskiwanie i analizowanie danych
do składania i wyświetlania wyników badań naukowych.
Niniejszy dobór pakietów ukierunkowany jest na zastosowanie technik
analizy. Metody deweloperów zostały określone w metapakietach:
science-statistics, science-imageanalysis, science-numericalcomputation,
med-imaging i med-imaging-dev dla wielu dodatkowych programów, które mogą
być przydatne w kontekście poznawczej neurologii.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
|
Debian Science Cognitive Neuroscience packages
Official Debian packages with high relevance
amide
Oprogramowanie do obrazowania medycznego
|
Versions of package amide |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0.5-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.5-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.5-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0.5-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.0.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package amide: |
field | medicine, medicine:imaging |
role | program |
|
License: DFSG free
|
AMIDE: analizator zobrazowanych danych medycznych (ang. Amide's a Medical
Imaging Data Examiner). AMIDE jest narzędziem do przeglądania i
analizowania zestawów danych obrazów medycznych. Do jego możliwości można
zaliczyć: jednoczesne przetwarzanie złożonych zbiorów danych importowanych
z różnych formatów plików, łączenie obrazów, przedstawianie określonych
analiz i rysunków w postaci trójwymiarowej, renderowanie objętości i
wyrównywanie obrazów ciał stałych.
Amide importuje większość klinicznych plików DICOM (z wykorzystaniem
biblioteki DCMTK).
|
|
caret
??? missing short description for package caret :-(
|
Versions of package caret |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.6.4~dfsg.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package caret: |
role | program |
uitoolkit | qt |
|
License: DFSG free
|
|
|
dicom3tools
Narzędzia do zarządzania i konwersji plików obrazów medycznych DICOM
|
Versions of package dicom3tools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.00~20140902075059-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.00~20240118131615-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.00~20170109062447-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.00~20220618093127-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye-backports | 1.00~20220120135102-1~bpo11+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.00~20190724083540-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.00~20180803063840-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.00~20240118131615-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.00~20241114112559 |
Debtags of package dicom3tools: |
field | medicine, medicine:imaging |
role | program |
use | converting |
works-with | image |
|
License: DFSG free
|
Pakiet zawiera narzędzia wiersza poleceń do tworzenia, modyfikowania,
przesyłania i sprawdzania poprawności plików z atrybutami DICOM. Obsługuje
przekształcanie niektórych własnościowych formatów obrazów medycznych do
DICOM. Umożliwia współpracę ze starszym formatem danych ACR/NEMA i
niektórymi własnościowymi wersjami tego formatu, takimi jak SPI.
|
|
dicomnifti
Konwertowanie plików DICOM na format NIfTI
|
Versions of package dicomnifti |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.33.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.33.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.33.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.32.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.32.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package dicomnifti: |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
|
License: DFSG free
|
Program dinifti przetwarza obrazy MRI przechowywane w formacie DICOM na
format NIfTI. Format NIfTI uważany jest za nowy standard formatu obrazu do
obrazowania medycznego i może być używany np. z FSL, AFNI, SPM, Carey lub
Freesurfer.
Dinifti konwertuje pojedyncze pliki, ale także obsługuje w pełni
zautomatyzowane konwersje wsadowe kompletnych katalogów DICOM. Ponadto,
konwertowane pliki NIfTI mogą być odpowiednio nazywane, dzięki informacjom
* obrazach z plików DICOM.
|
|
fslview
??? missing short description for package fslview :-(
|
Versions of package fslview |
Release | Version | Architectures |
jessie | 4.0.1-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package fslview: |
interface | x11 |
made-of | html |
role | documentation, program |
scope | utility |
suite | debian |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Please cite:
S.M. Smith, M. Jenkinson, M.W. Woolrich, C.F. Beckmann, T.E.J. Behrens, H. Johansen-Berg, P.R. Bannister, M. De Luca, I. Drobnjak, D.E. Flitney, R. Niazy, J. Saunders, J. Vickers, Y. Zhang, N. De Stefano, J.M. Brady and P.M. Matthews:
Advances in functional and structural MR image analysis and implementation as FSL.
(PubMed)
NeuroImage
23:208-219
(2004)
|
|
itksnap
Półautomatyczna segmentacja struktury obrazów 3D
|
Versions of package itksnap |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.6.0-5 | amd64,i386 |
jessie | 2.2.0-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.4.0-2 | amd64,i386 |
buster | 3.6.0-3 | amd64,i386 |
Debtags of package itksnap: |
field | medicine:imaging |
role | program |
|
License: DFSG free
|
SNAP umożliwia półautomatyczną segmentację struktur w obrazach medycznych
(np. obrazach rezonansu magnetycznego mózgu) przy użyciu metod aktywnych
konturów, jak również ręcznego wytyczania i nawigacji w ramach obrazu.
Godne uwagi cechy to:
- połączony kursor do łatwej nawigacji 3D;
- ręczna segmentacja w trzech prostopadłych płaszczyznach jednocześnie;
- obsługa wielu różnych formatów obrazu 3D, w tym NIfTI;
- obsługa równoczesnego podglądania i segmentacji wielu obrazów;
- ograniczona obsługa kolorowych obrazów (np. map tensora dyfuzji);
- narzędzie przycinania płaszczyzny 3D do przyspieszenia dalszego
przetwarzania wyników segmentacji.
|
|
medcon
Narzędzie do konwersji formatów obrazów medycznych (DICOM, ECAT, ...)
|
Versions of package medcon |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.13.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.14.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.16.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.16.3+dfsg-1+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.23.0-gtk3+dfsg-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 0.24.1-gtk3 |
Debtags of package medcon: |
field | biology |
interface | commandline |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | converting |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Program przeznaczony jest do konwertowania formatów obrazów medycznych i
rozpowszechniany na podstawie licencji (L)GPL. Pakiet zawiera kompletny kod
źródłowy w języku C, elastyczne narzędzie wiersza poleceń oraz przejrzysty
interfejs graficzny, stworzony przy użyciu biblioteki GTK+. Aktualnie
obsługuje następujące formaty: ACR/NEMA 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0,
InterFile 3.3 i PNG.
Program umożliwia także odczytywanie nieskompresowanych, oficjalnie
nieobsługiwanych plików, wyświetlanie wartości pikseli oraz
wyodrębnianie/zmienianie kolejności poszczególnych obrazów. Możliwe jest
również uzyskiwanie nieprzetworzonych obrazów w formatach binarnym lub
ASCII oraz zapisywanie obrazów w formacie PNG, używanym w aplikacjach
pulpitowych.
Jest to narzędzie wiersza poleceń do przetwarzania wsadowego.
|
|
minc-tools
Narzędzia do formatowania obrazów medycznych MNI
|
Versions of package minc-tools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.2.00-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.3.00+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.3.00+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.3.00+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.3.00+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.3.00+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.3.00+dfsg-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package minc-tools: |
field | medicine, medicine:imaging |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, converting |
works-with | image, image:raster |
|
License: DFSG free
|
Pakiet zawiera narzędzia do obsługi plików MINC.
Format pliku Minc to bardzo elastyczny format plików obrazów medycznych,
zbudowany na bazie uogólnionego formatu danych NetCDF. Format ten jest
prosty, samoopisujący się, rozszerzalny, przenośny i N-wymiarowy, z
interfejsami programistycznymi zarówno do niskopoziomowego dostępu do
danych, jak i do wysokopoziomowego zarządzania zawartością. Pakiet
udostępnia zestaw narzędzi do obsługi plików graficznych, bazujący na
bibliotekach. Format, biblioteki i narzędzia przeznaczone są do użytku w
środowisku badawczym obrazowania medycznego: są proste i wydajne i nie
starają się zapewnić użytkownikom ładnego interfejsu.
|
|
mriconvert
Narzędzie do konwersji medycznych plików graficznych
|
Versions of package mriconvert |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.1.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0.7-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mriconvert: |
field | medicine:imaging |
role | program |
uitoolkit | wxwidgets |
|
License: DFSG free
|
MRIConvert jest narzędziem do konwersji medycznych plików graficznych,
które przetwarza pliki DICOM do następujących formatów: NIfTI 1.1, Analyze
7.5, SPM99/Analyze, BrainVoyager oraz MetaImage.
|
|
mricron
Konwertowanie, przeglądanie i analizowanie obrazu rezonansu magnetycznego
|
Versions of package mricron |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.2.20211006+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
jessie | 0.20140804.1~dfsg.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.20140804.1~dfsg.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.20140804.1~dfsg.1-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.20190902+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
bookworm | 1.2.20211006+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
trixie | 1.2.20211006+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
Debtags of package mricron: |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
Jest to narzędzie z graficznym interfejsem użytkownika, służące do
przeglądania i analizowania (funkcjonalnych) obrazów otrzymanych metodą
rezonansu magnetycznego. MRIcron może być używany do tworzenia dwu- lub
trójwymiarowych wizualizacji map statystycznych, nakładanych na zdjęcia
anatomiczne mózgu. Ponadto, pomaga w rysowaniu anatomicznych obszarów
zainteresowania (ROI), w odwzorowywaniu zmian oraz w podstawowej analizie
funkcjonalnych szeregów czasowych (np. w tworzeniu wykresów przed i po
stymulacyjnej zmiany sygnału).
Oprócz samego MRIcron, pakiet dostarcza również narzędzie dcm2nii,
obsługujące konwersję obrazów DICOM i PAR/REC do formatu NIfTI oraz npm do
nieparametrycznej analizy danych.
|
|
nifti-bin
Narzędzia dostarczane z biblioteką NIfTI
|
Versions of package nifti-bin |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.0.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.0.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.1-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.0.1-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.0.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package nifti-bin: |
field | medicine, medicine:imaging |
interface | commandline |
role | program, shared-lib |
scope | utility |
use | checking, converting |
|
License: DFSG free
|
Niftilib jest zestawem bibliotek wejścia/wyjścia do odczytywania i
zapisywania plików w formacie danych NIfTI-1. NIfTI-1 to binarny format
pliku do przechowywania danych z obrazów medycznych, np. obrazów mózgu
wykonanych metodą obrazowania rezonansu magnetycznego (MRI) oraz
wyspecjalizowaną odmianą obrazowania rezonansu magnetycznego (fMRI).
Pakiet zawiera narzędzia, które dostarczane są z biblioteką NIfTI
(nifti_tool, nifti_stats i nifti1_test).
|
|
nifti2dicom
convert 3D medical images to DICOM 2D series
|
Versions of package nifti2dicom |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.4.11-1 | amd64,i386 |
jessie | 0.4.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.4.11-3 | amd64,i386 |
buster | 0.4.11-1 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
Nifti2Dicom is a conversion tool that converts 3D NIfTI files (and other
formats supported by ITK, including Analyze, MetaImage Nrrd and VTK)
to DICOM.
Unlike other conversion tools, it can import a DICOM file that is used
to import the patient and study DICOM tags, and allows you to edit the
accession number and other DICOM tags, in order to create a valid DICOM
that can be imported in a PACS.
This package includes the command line tools.
|
|
praat
Program do analizy i syntezy mowy
|
Versions of package praat |
Release | Version | Architectures |
sid | 6.4.24+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 5.4.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 6.0.23-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.0.48-1 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 6.1.38-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 6.3.07-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 6.4.24+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package praat: |
field | linguistics |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | motif |
works-with | audio |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Według autorów, praat służy do obsługiwania komputerowej fonetyki. Za
pośrednictwem interfejsu graficznego można uzyskać dostęp do różnych
funkcji analizy mowy, dostępne są: spektrogramy, kochleogramy, wydobywanie
intensywności i formatu dźwięku. Program umożliwia również syntezę
artykulacji, intensywności, formatu oraz intonacji. Pozostałe funkcje to:
segmentacja, znakowanie z wykorzystaniem alfabetu fonetycznego i obliczanie
statystyk. Praat jest konfigurowalny i rozszerzalny poprzez własny język
skryptowy, a ponadto potrafi komunikować się z innymi programami.
|
|
psignifit
Fitting and testing hypotheses about psychometric functions
|
Versions of package psignifit |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.5.6-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.5.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.5.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.5.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.5.6-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.5.6-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.5.6-3.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package psignifit: |
field | statistics |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Psignifit allows fitting of psychometric functions to datasets while
maintaining full control over a large number of parameters. Data
can either be read from text files or passed through a pipe.
Psignifit performs the calculation of confidence intervals as well as
goodness-of-fit tests.
This is the command line version.
Please note: This is the legacy version 2.x of psignifit.
|
|
python3-nibabel
Python3 bindings to various neuroimaging data formats
|
Versions of package python3-nibabel |
Release | Version | Architectures |
trixie | 5.3.2-2 | all |
bookworm | 5.0.0-2 | all |
stretch | 2.1.0-1 | all |
bullseye | 3.2.1-2 | all |
buster | 2.3.2-1 | all |
sid | 5.3.2-2 | all |
|
License: DFSG free
|
NiBabel provides read and write access to some common medical and
neuroimaging file formats, including: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI,
NIfTI1, MINC, as well as PAR/REC. The various image format classes give full
or selective access to header (meta) information and access to the image data
is made available via NumPy arrays. NiBabel is the successor of PyNIfTI.
|
|
python3-pydicom
DICOM medical file reading and writing (Python 3)
|
Versions of package python3-pydicom |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.3.1-1 | all |
buster | 1.2.1-1 | all |
bullseye | 2.0.0-1 | all |
trixie | 2.4.3-1 | all |
sid | 2.4.3-1 | all |
upstream | 3.0.1 |
|
License: DFSG free
|
pydicom is a pure Python module for parsing DICOM files. DICOM is a
standard (http://medical.nema.org) for communicating medical images
and related information such as reports and radiotherapy objects.
pydicom makes it easy to read DICOM files into natural pythonic
structures for easy manipulation. Modified datasets can be written
again to DICOM format files.
This package installs the module for Python 3.
|
|
python3-pyxnat
Interface to access neuroimaging data on XNAT servers
|
Versions of package python3-pyxnat |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.6.2-3 | all |
bookworm | 1.5-2 | all |
trixie | 1.6.2-3 | all |
bullseye | 1.4-1 | all |
|
License: DFSG free
|
pyxnat is a simple Python library that relies on the REST API provided
by the XNAT platform since its 1.4 version. XNAT is an extensible
database for neuroimaging data. The main objective is to ease
communications with an XNAT server to plug-in external tools or Python
scripts to process the data. It features:
- resources browsing capabilities
- read and write access to resources
- complex searches
- disk-caching of requested files and resources
|
|
python3-statsmodels
Python3 module for the estimation of statistical models
|
Versions of package python3-statsmodels |
Release | Version | Architectures |
stretch-backports | 0.8.0-9~bpo9+1 | all |
trixie | 0.14.4+dfsg-1 | all |
sid | 0.14.4+dfsg-1 | all |
bookworm | 0.13.5+dfsg-7 | all |
bullseye | 0.12.2-1 | all |
buster | 0.8.0-9 | all |
|
License: DFSG free
|
statsmodels Python3 module provides classes and functions for the
estimation of several categories of statistical models. These
currently include linear regression models, OLS, GLS, WLS and GLS
with AR(p) errors, generalized linear models for several distribution
families and M-estimators for robust linear models. An extensive list
of result statistics are available for each estimation problem.
Please cite:
Skipper Seabold and Josef Perktold:
Statsmodels: Econometric and statistical modeling with python
(eprint)
(2010)
|
|
qnifti2dicom
convert 3D medical images to DICOM 2D series (gui)
|
Versions of package qnifti2dicom |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.4.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.4.11-3 | amd64,i386 |
buster | 0.4.11-1 | amd64,i386 |
stretch | 0.4.11-1 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
Nifti2Dicom is a conversion tool that converts 3D NIfTI files (and other
formats supported by ITK, including Analyze, MetaImage Nrrd and VTK)
to DICOM.
Unlike other conversion tools, it can import a DICOM file that is used
to import the patient and study DICOM tags, and allows you to edit the
accession number and other DICOM tags, in order to create a valid DICOM
that can be imported in a PACS.
This package contains the Qt5 GUI.
|
|
voxbo
Przetwarzanie, analiza statystyczna i wyświetlanie danych obrazowych mózgu
|
Versions of package voxbo |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.8.5~svn1246-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.8.5~svn1246-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.8.5~svn1246-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package voxbo: |
field | medicine:imaging |
role | program |
uitoolkit | qt |
|
License: DFSG free
|
Pakiet zawiera zestaw narzędzi do analiz eksperymentów z zakresu
funkcjonalnego obrazowania rezonansu magnetycznego (głównie fMRI) oraz
mapowania zmiennych zachowawczych baz vokselowych.
VoxBo obsługuje zmodyfikowany GLM (dla danych skorelowanych automatycznie)
oraz standardowe GLM dla danych nieskorelowanych automatycznie.
Zestaw narzędziowy przeznaczony jest do współdziałania z AFNI, FSL, SPM i
innymi.
|
|
xmedcon
Graficzne narzędzie do konwersji obrazów medycznych (DICOM, ECAT, ...)
|
Versions of package xmedcon |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.23.0-gtk3+dfsg-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.16.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.14.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.13.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.16.3+dfsg-1+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 0.24.1-gtk3 |
Debtags of package xmedcon: |
field | biology |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | converting |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Program przeznaczony jest do konwertowania formatów obrazów medycznych i
rozpowszechniany na podstawie licencji (L)GPL. Pakiet zawiera kompletny kod
źródłowy w języku C, elastyczne narzędzie wiersza poleceń oraz przejrzysty
interfejs graficzny, stworzony przy użyciu biblioteki GTK+. Aktualnie
obsługuje następujące formaty: ACR/NEMA 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0,
InterFile 3.3 i PNG.
Program umożliwia także odczytywanie nieskompresowanych, oficjalnie
nieobsługiwanych plików, wyświetlanie wartości pikseli oraz
wyodrębnianie/zmienianie kolejności poszczególnych obrazów. Możliwe jest
również uzyskiwanie nieprzetworzonych obrazów w formatach binarnym lub
ASCII oraz zapisywanie obrazów w formacie PNG, używanym w aplikacjach
pulpitowych.
Jest to graficzna wersja programu (działająca w środowisku X), z
interfejsem opartym na bibliotece GTK+. Program przetwarza tylko jeden plik
na raz.
|
|
Official Debian packages with lower relevance
connectomeviewer
Interactive Analysis and Visualization for MR Connectomics
|
Versions of package connectomeviewer |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1.0+dfsg-1 | all |
jessie | 2.1.0-1 | all |
|
License: DFSG free
|
The Connectome Viewer is a extensible, scriptable, pythonic research
environment for visualization and (network) analysis in neuroimaging
and connectomics.
Employing the Connectome File Format, diverse data types such as
networks, surfaces, volumes, tracks and metadata are handled and
integrated. The Connectome Viewer is part of the MR Connectome Toolkit.
|
|
python-mvpa2
??? missing short description for package python-mvpa2 :-(
|
Versions of package python-mvpa2 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.6.0-1 | all |
jessie | 2.3.1-2 | all |
|
License: DFSG free
|
|
|
python3-bioxtasraw
process biological small angle scattering data
|
Versions of package python3-bioxtasraw |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.3.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.1.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
BioXTAS RAW is a GUI based, Python program for reduction and
analysis of small-angle X-ray solution scattering (SAXS) data.
The package is designed for biological SAXS data.
BioXTAS RAW provides an alternative to closed source programs
such as Primus and Scatter for primary data analysis. Because
it can calibrate, mask, and integrate images it also provides
an alternative to synchrotron beamline pipelines that scientists
can install on their own computers and use both at home and at
the beamline.
|
|
science-psychophysics
Pakiety Naukowe Debiana do Psychofizyki
|
Versions of package science-psychophysics |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.4 | all |
bookworm | 1.14.5 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
sid | 1.14.7 | all |
buster | 1.10 | all |
trixie | 1.14.7 | all |
stretch | 1.7 | all |
Debtags of package science-psychophysics: |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Ten metapakiet instaluje pakiety Debiana, które mogą być przydatne do
przeprowadzania dowolnego eksperymentu związanego z bodźcami fizycznymi i
ich skutkami psychologicznymi.
Dobór pakietów został ukierunkowany na oprogramowanie do dostarczania
bodźców. Dodatkowe oprogramowanie związane z analizą pozyskanych danych
odnosi się do nauki-neurologii-poznawczej, obrazowania medycznego w
zależności od dziedziny zastosowania. Dodatkowo warto zapoznać się z
science-bci, ponieważ często zapewnia kompletne struktury pętli, łącznie z
dostarczaniem bodźców.
|
|
science-typesetting
Pakiety naukowe Debiana do składania tekstu
|
Versions of package science-typesetting |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.14.5 | all |
trixie | 1.14.7 | all |
sid | 1.14.7 | all |
jessie | 1.4 | all |
stretch | 1.7 | all |
buster | 1.10 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
Debtags of package science-typesetting: |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Niniejszy metapakiet służy do instalowania pakietów naukowych Debiana,
mających związek ze składaniem tekstu. Osoby zainteresowane mogą skorzystać
z odpowiedniego znacznika Debiana.
|
|
Debian packages in contrib or non-free
fsl
transitional dummy package
|
Versions of package fsl |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.0.7-4 (non-free) | all |
buster | 5.0.8-6 (non-free) | all |
Debtags of package fsl: |
field | medicine:imaging |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | tk |
use | analysing |
x11 | application |
|
License: non-free
|
The only purpose of this package is to enable upgrades to the new 'fsl-core'
package which replaces 'fsl'. This package can safely be removed.
Users aiming to perform a complete FSL installation (including all data
components) are advised to install the 'fsl-complete' package from
NeuroDebian.
Please cite:
Mark Jenkinson, Christian F. Beckmann, Timothy E. J. Behrens, Mark W. Woolrich and Stephen M. Smith:
FSL.
(PubMed)
NeuroImage
62(2):782-790
(2012)
|
Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
bioimagesuite
integrated image analysis software suite
|
Versions of package bioimagesuite |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.0-1 | all |
|
License: GPL-2+
Debian package not available
Version: 2.0-1
|
BioImage Suite has extensive capabilities for both neuro/cardiac
and abdominal image analysis and state of the art visualization.
Many packages are available that are highly extensible, and provide
functionality for image visualization and registration, surface
editing, cardiac 4D multi-slice editing, diffusion tensor image
processing, mouse segmentation and registration, and much more. It
can be integrated with other biomedical image processing software,
such as FSL and SPM. This site provides information, downloads,
documentation, and other resources for users of the software.
BioImage Suite was developed at Yale University and has been
extensively used at different labs at Yale since 2004.
|
debruijn
De Bruijn cycle generator
|
Versions of package debruijn |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.6-2 | all |
|
License: BSD-4-clause
Version: 1.6-2
|
Stimulus counter-balance is important for many experimental designs. This
command-line software creates De Bruijn cycles, which are pseudo-random
sequences with arbitrary levels of counterbalance. "Path-guided" de Bruijn
cycles may also be created. These sequences encode a hypothesized neural
modulation at specified temporal frequencies, and have enhanced detection
power for BOLD fMRI experiments.
|
freesurfer
analysis and visualization of functional brain imaging data
|
Versions of package freesurfer |
Release | Version | Architectures |
VCS | 5.1.0+dev+cvs20120104-1 | all |
|
License: FreeSurfer-Software-License-Agreement
Version: 5.1.0+dev+cvs20120104-1
|
FreeSurfer is a set of tools for analysis and visualization of
structural and functional brain imaging data. It contains a fully
automatic structural stream for processing cross sectional and
longitudinal data.
FreeSurfer provides many anatomical analysis tools, including:
representation of the cortical surface between white and gray matter,
representation of the pial surface, segmentation of white matter from
the rest of the brain, skull stripping, B1 bias field correction,
nonlinear registration of the cortical surface of an individual with
an sterotaxic atlas, labeling of regions of the cortical surface,
statistical analysis of group morphometry differences, and labeling of
subcortical brain structures, etc.
This package depends upon the latest version of freesurfer.
|
openmeeg-tools
openmeeg library -- command line tools
|
Versions of package openmeeg-tools |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.4.2-1 | all |
|
License: CeCILL-B
Debian package not available
Version: 2.4.2-1
|
OpenMEEG consists of state-of-the art solvers for forward problems in
the field of MEG and EEG. Solvers are based on the symmetric
Boundary Element method [Kybic et al, 2005], providing excellent
accuracy, particularly for superficial cortical sources. OpenMEEG can
compute four types of lead fields (EEG, MEG, Internal Potential and
Electrical Impedence Tomography).
This package provides command line interface to openmeeg functionality.
|
slicer
software package for visualization and image analysis - main application
|
Versions of package slicer |
Release | Version | Architectures |
VCS | 4.10.2-1 | all |
|
License: free
Debian package not available
Version: 4.10.2-1
|
Slicer is an application for computer scientists and clinical researchers. The
platform provides functionality for segmentation, registration and
three-dimensional visualization of multi-modal image data, as well as advanced
image analysis algorithms for diffusion tensor imaging, functional magnetic
resonance imaging and image-guided therapy. Standard image file formats are
supported, and the application integrates interface capabilities to biomedical
research software and image informatics frameworks.
3D Slicer main application.
Please cite:
Steven Pieper, Michael Halle, Ron Kikinis:
3D SLICER.
(2004)
|
xnat
platform for data management and productivity tasks in neuroimaging
|
Versions of package xnat |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.7.5.1-1 | all |
|
License: XNAT_SLA
Debian package not available
Version: 1.7.5.1-1
|
The primary functionality of XNAT is to provide a place to store and
control access to neuroimaging data. This includes sophisticated user
control, search and retrieval, and archiving capabilities. As
open-source software, XNAT also supports a wide variety of
research-based processing pipelines, and is able to link up with
supercomputer processing power to dramatically shorten image
processing time.
|
Unofficial packages built by somebody else
eeglab
toolbox for processing and visualization of electrophysiological data
|
|
License: GPL-2+
Language: C, Matlab/Octave
|
EEGLAB is an interactive Matlab toolbox for processing continuous and
event-related EEG, MEG and other electrophysiological data
incorporating independent component analysis (ICA), time/frequency
analysis, artifact rejection, event-related statistics, and several
useful modes of visualization of the averaged and single-trial data.
Please register by following this link if you are using eeglab.
Please cite:
Delorme A and Makeig S:
EEGLAB: an open source toolbox for analysis of single-trial EEG dynamics
(2004)
|
mni-autoreg
MNI average brain (305 MRI) stereotaxic registration model
|
|
License: no-free, but GPLed parts
|
This package provides a version of the MNI Average Brain (an average of 305
T1-weighted MRI scans, linearly transformed to Talairach space) specially
adapted for use with the MNI Linear Registration Package.
- average_305.mnc - a version of the average MRI that covers the whole brain
(unlike the original Talairach atlas), sampled with 1mm cubic voxels
- average_305_mask.mnc - a mask of the brain in average_305.mnc
- average_305_headmask.mnc - another mask, required for nonlinear mode
Remark: Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors
http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-autoreg
and
http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-autoreg-model
to Debian Med svn and start group maintenance.
|
mni-n3
MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization
|
|
License: BSDish
|
MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization (N3). This package provides
the 'nu_correct' tool for unsupervised correction of radio frequency (RF)
field inhomogenities in MR volumes. Two packages are provided:
- mni-n3 - provides 'nu_correct'
- libebtks-dev - MNI support library with numerical types and algorithms
Remark: Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors
http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-n3
to Debian Med svn and start group maintenance.
|
No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
toolbox for MEG and EEG analysis
|
|
License: GPL-2+
Debian package not available
Language: Matlab/Octave
|
The software includes algorithms for simple and advanced analysis of MEG and
EEG data, such as time-frequency analysis, source reconstruction using dipoles,
distributed sources and beamformers and non-parametric statistical testing. It
supports the data formats of all major MEG systems (CTF, Neuromag, BTi) and of
the most popular EEG systems, and new formats can be added easily. FieldTrip
contains high-level functions that you can use to construct your own analysis
protocols in Matlab. Furthermore, it easily allows developers to incorporate
low-level algorithms for new EEG/MEG analysis methods.
|
visualize Freesurfer's data in Python
|
|
License: BSD-3
Debian package not available
Language: Python
|
This is a Python package for visualization and interaction with cortical
surface representations of neuroimaging data from Freesurfer. It
extends Mayavi’s powerful visualization engine with a high-level interface for
working with MRI and MEG data.
PySurfer offers both a command-line interface designed to broadly replicate
Freesurfer’s Tksurfer program as well as a Python library for writing scripts
to efficiently explore complex datasets.
|
analysis of brain imaging data sequences
|
|
License: GPL-2+
Debian package not available
|
Statistical Parametric Mapping (SPM) refers to the construction and assessment
of spatially extended statistical processes used to test hypotheses about
functional imaging data. These ideas have been instantiated in software that is
called SPM. It is designed for the analysis of fMRI, PET, SPECT, EEG and MEG.
Please register by following this link if you are using spm8.
|
No known packages available
brainvisa
image processing factory for MR images
|
|
License: Free? (CeCill License)
Debian package not available
|
BrainVISA is a software, which embodies an image processing
factory. A simple control panel allows the user to trigger some
sequences of treatments on series of images. These treatments are
performed by calls to command lines provided by different
laboratories. These command lines, hence, are the building blocks on
which are built the assembly lines of the factory. BrainVISA is
distributed with a toolbox of building blocks dedicated to the
segmentation of T1-weighted MR images. The product of the main
assembly line made up from this toolbox is the following: grey/white
classification for Voxel Based Morphometry, Meshes of each hemisphere
surface for visualization purpose, Spherical meshes of each
hemisphere white matter surface, a graph of the cortical folds, a
labeling of the cortical folds according to a nomenclature of the
main sulci.
|
hid
database management system for clinical imaging
|
|
License: BSD, BIRN
Debian package not available
Language: java
|
The Human Imaging Database (HID) is an extensible database management
system developed to handle the increasingly large and diverse
datasets collected as part of the MBIRN and FBIRN collaboratories and
throughout clinical imaging communities at large.
Please register by following this link if you are using hid.
Please cite:
Keator, D.B.; Grethe, J.S.; Marcus, D.; Ozyurt, B.;
Gadde, S.; Murphy, S.; Pieper, S.; Greve, D.;Notestine, R.; Bockholt,
H.J.; Papadopoulos, P.:
A National Human Neuroimaging Collaboratory Enabled
By The Biomedical Informatics Research Network (BIRN)
(2008)
|
iqr
large-scale multi-level neuronal systems simulator
|
|
License: GPL-3+
Debian package not available
|
This graphical environment allows for designing large-scale multi-level
neuronal systems that can control real-world devices, such as cameras and
mobile robots, in real-time. iqr is an extensible framework with the ability
to handle new, user-provided, neuron and synapse types, as well as custom
interfaces to other hardware systems. iqr employes an XML-based format for
system descriptions.
|
|