Debian Science Project
Summary
Cognitive neuroscience
Pakiety naukowe Debiana do neurologii poznawczej

Ten metapakiet spowoduje zainstalowanie pakietów Debiana, które mogą być przydatne dla naukowców wykonujących badania związane z neurologią poznawczą. Obejmuje to cały proces badawczy od przeprowadzania eksperymentów psychofizycznych, poprzez pozyskiwanie i analizowanie danych do składania i wyświetlania wyników badań naukowych.

Niniejszy dobór pakietów ukierunkowany jest na zastosowanie technik analizy. Metody deweloperów zostały określone w metapakietach: science-statistics, science-imageanalysis, science-numericalcomputation, med-imaging i med-imaging-dev dla wielu dodatkowych programów, które mogą być przydatne w kontekście poznawczej neurologii.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Cognitive neuroscience packages

Official Debian packages with high relevance

Amide
Oprogramowanie do obrazowania medycznego
Versions of package amide
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.5-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.0.5-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.5-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.5-2amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.5-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package amide:
fieldmedicine, medicine:imaging
roleprogram
Popcon: 32 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AMIDE: analizator zobrazowanych danych medycznych (ang. Amide's a Medical Imaging Data Examiner). AMIDE jest narzędziem do przeglądania i analizowania zestawów danych obrazów medycznych. Do jego możliwości można zaliczyć: jednoczesne przetwarzanie złożonych zbiorów danych importowanych z różnych formatów plików, łączenie obrazów, przedstawianie określonych analiz i rysunków w postaci trójwymiarowej, renderowanie objętości i wyrównywanie obrazów ciał stałych.

Amide importuje większość klinicznych plików DICOM (z wykorzystaniem biblioteki DCMTK).

Please cite: Andreas Markus Loening and Sanjiv Sam Gambhir: AMIDE: A Free Software Tool for Multimodality Medical Image Analysis. (PubMed) Molecular Imaging 2(3):131-7 (2003)
Caret
Zestaw narzędzi do edycji i komputerowych rekonstrukcji anatomicznych
Versions of package caret
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.6.4~dfsg.1-3amd64,armel,armhf,i386
squeeze5.6.1.3~dfsg.1-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.6.4~dfsg.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package caret:
roleprogram
uitoolkitqt
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Program umożliwia tworzenie, przeglądanie i zarządzanie rekonstrukcjami powierzchni kory mózgowej i móżdżkowej, przeglądanie objętości oraz wyświetlanie danych eksperymentalnych dotyczących powierzchni i objętości. Oprócz głównej aplikacji z graficznym interfejsem, pakiet caret oferuje również wszechstronne narzędzie wiersza poleceń caret_command, które daje dostęp do znacznej części funkcji obsługiwanych przez Caret.

Caret potrafi pobierać i wykorzystywać stereotaktyczne atlasy (ludzi, małp, myszy i szczurów) z otwartej bazy danych dostępnej w Internecie.

Niektóre funkcje związane z Caret dostępne są po zainstalowaniu dodatkowych plików danych, zawartych w pakiecie caret-data. Do funkcji tych należą:

  • odwzorowywanie objętości na płaską powierzchnię za pośrednictwem atlasu PALS,
  • przekształcanie (morfing) w wielu rozdzielczościach,
  • odwzorowywanie ognisk patologicznych za pośrednictwem atlasu PALS,
  • rejestrowanie w oparciu o powierzchnię,
  • spłaszczanie powierzchni.

Aktualnie pakiet caret-data znajduje się wyłącznie w repozytorium NeuroDebian. Dodatkowe informacje dostępne są na stronie: http://neuro.debian.net.

Please cite: David C. Van Essen, Heather A. Drury, James Dickson, John Harwell, Donna Hanlon and Charles H. Anderson: An Integrated Software Suite for Surface-based Analyses of Cerebral Cortex. (PubMed,eprint) Journal of American Medical Informatics Association 8(5):443-459 (2001)
Dicom3tools
Narzędzia do zarządzania i konwersji plików obrazów medycznych DICOM
Versions of package dicom3tools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.00~20190724083540-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.00~20190724083540-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0~20100510-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0~20120505-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.00~20140902075059-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.00~20170109062447-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.00~20180803063840-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package dicom3tools:
fieldmedicine, medicine:imaging
roleprogram
useconverting
works-withimage
Popcon: 22 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakiet zawiera narzędzia wiersza poleceń do tworzenia, modyfikowania, przesyłania i sprawdzania poprawności plików z atrybutami DICOM. Obsługuje przekształcanie niektórych własnościowych formatów obrazów medycznych do DICOM. Umożliwia współpracę ze starszym formatem danych ACR/NEMA i niektórymi własnościowymi wersjami tego formatu, takimi jak SPI.

Dicomnifti
Konwertowanie plików DICOM na format NIfTI
Versions of package dicomnifti
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.32.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.32.1-1amd64,armel,armhf,i386
sid2.33.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.33.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.33.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.28.14-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package dicomnifti:
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 14 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Program dinifti przetwarza obrazy MRI przechowywane w formacie DICOM na format NIfTI. Format NIfTI uważany jest za nowy standard formatu obrazu do obrazowania medycznego i może być używany np. z FSL, AFNI, SPM, Carey lub Freesurfer.

Dinifti konwertuje pojedyncze pliki, ale także obsługuje w pełni zautomatyzowane konwersje wsadowe kompletnych katalogów DICOM. Ponadto, konwertowane pliki NIfTI mogą być odpowiednio nazywane, dzięki informacjom * obrazach z plików DICOM.

Fslview
Przeglądarka dla danych (f)MRI i DTI
Versions of package fslview
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.0.1-4amd64,armel,armhf,i386
squeeze3.1.8+4.1.6-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fslview:
interfacex11
made-ofhtml
roledocumentation, program
scopeutility
suitedebian
uitoolkitqt
useviewing
x11application
Popcon: 13 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ten pakiet oferuje przeglądarkę dla trzy- i czterowymiarowych danych MRI, jak również obrazów DTI. FSLView jest w stanie wyświetlić pliki ANALYZE i NIFTI. Przeglądarka obsługuje wielorakie tryby wyświetlania 2d (ortogonalnie, przeźrocza albo w jednej płaszczyźnie), jak również renderowanie objętościowe 3d. Dodatkowo FSLView może wizualizować serie czasowe i nakładać metryczne i stereotaktycznie dane atlasowe.

FSLView jest częścią FSL.

Please cite: S.M. Smith, M. Jenkinson, M.W. Woolrich, C.F. Beckmann, T.E.J. Behrens, H. Johansen-Berg, P.R. Bannister, M. De Luca, I. Drobnjak, D.E. Flitney, R. Niazy, J. Saunders, J. Vickers, Y. Zhang, N. De Stefano, J.M. Brady and P.M. Matthews: Advances in functional and structural MR image analysis and implementation as FSL. (PubMed) NeuroImage 23:208-219 (2004)
Itksnap
Półautomatyczna segmentacja struktury obrazów 3D
Versions of package itksnap
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.4.0-2amd64,i386
sid3.6.0-5amd64,i386
buster3.6.0-3amd64,i386
wheezy2.2.0-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.0.0+cvs20100615-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.2.0-1.1amd64,armel,armhf,i386
bullseye3.6.0-5amd64,i386
Debtags of package itksnap:
fieldmedicine:imaging
roleprogram
Popcon: 22 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SNAP umożliwia półautomatyczną segmentację struktur w obrazach medycznych (np. obrazach rezonansu magnetycznego mózgu) przy użyciu metod aktywnych konturów, jak również ręcznego wytyczania i nawigacji w ramach obrazu. Godne uwagi cechy to:

  • połączony kursor do łatwej nawigacji 3D;
  • ręczna segmentacja w trzech prostopadłych płaszczyznach jednocześnie;
  • obsługa wielu różnych formatów obrazu 3D, w tym NIfTI;
  • obsługa równoczesnego podglądania i segmentacji wielu obrazów;
  • ograniczona obsługa kolorowych obrazów (np. map tensora dyfuzji);
  • narzędzie przycinania płaszczyzny 3D do przyspieszenia dalszego przetwarzania wyników segmentacji.
Please cite: Paul A. Yushkevich, Joseph Piven, Heather Cody Hazlett, Rachel Gimpel Smith, Sean Ho, James C. Gee and Guido Gerig: User-guided 3D active contour segmentation of anatomical structures: Significantly improved efficiency and reliability. Neuroimage 31:1116-1128 (2006)
Screenshots of package itksnap
Lipsia
analysis suite for MRI and fMRI data
Versions of package lipsia
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6.0-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Leipzig Image Processing and Statistical Inference Algorithms (LIPSIA)

This is a software package for the data processing and evaluation of functional magnetic resonance images. The analysis of fMRI data comprises various aspects including filtering, spatial transformation, statistical evaluation as well as segmentation and visualization. All these aspects are covered by LIPSIA. For the statistical evaluation, a number of well established and peer-reviewed algorithms were implemented in LIPSIA that allow an efficient and user-friendly processing of fMRI data sets. As the amount of data that must be handled is enormous, an important aspect in the development of LIPSIA was the efficiency of the software implementation.

LIPSIA operates exclusively on data in the VISTA data format. However, the package contains converters for medical image data in iBruker, ANALYZE and NIfTI format -- converting VISTA images into NIfTI files is also supported.

Please cite: Gabriele Lohmann, Karsten Müller, Volker Bosch, Heiko Mentzel, Sven Hessler, Lin Chen, S. Zysset and D. Yves von Cramon: Lipsia—a new software system for the evaluation of functional magnetic resonance images of the human brain. Computerized Medical Imaging and Graphics 25:449-457 (2001)
Medcon
Narzędzie do konwersji formatów obrazów medycznych (DICOM, ECAT, ...)
Versions of package medcon
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.14.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.10.5-2.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.10.7-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.13.0-2amd64,armel,armhf,i386
buster0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.16.2
Debtags of package medcon:
fieldbiology
interfacecommandline
roleprogram
uitoolkitgtk
useconverting
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 23 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Program przeznaczony jest do konwertowania formatów obrazów medycznych i rozpowszechniany na podstawie licencji (L)GPL. Pakiet zawiera kompletny kod źródłowy w języku C, elastyczne narzędzie wiersza poleceń oraz przejrzysty interfejs graficzny, stworzony przy użyciu biblioteki GTK+. Aktualnie obsługuje następujące formaty: ACR/NEMA 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 i PNG.

Program umożliwia także odczytywanie nieskompresowanych, oficjalnie nieobsługiwanych plików, wyświetlanie wartości pikseli oraz wyodrębnianie/zmienianie kolejności poszczególnych obrazów. Możliwe jest również uzyskiwanie nieprzetworzonych obrazów w formatach binarnym lub ASCII oraz zapisywanie obrazów w formacie PNG, używanym w aplikacjach pulpitowych.

Jest to narzędzie wiersza poleceń do przetwarzania wsadowego.

Minc-tools
Narzędzia do formatowania obrazów medycznych MNI
Versions of package minc-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster2.3.00+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.00-6amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.1.10-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.0.18+cvs20100518-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.3.00+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.3.00+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.00+dfsg-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package minc-tools:
fieldmedicine, medicine:imaging
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, converting
works-withimage, image:raster
Popcon: 11 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakiet zawiera narzędzia do obsługi plików MINC.

Format pliku Minc to bardzo elastyczny format plików obrazów medycznych, zbudowany na bazie uogólnionego formatu danych NetCDF. Format ten jest prosty, samoopisujący się, rozszerzalny, przenośny i N-wymiarowy, z interfejsami programistycznymi zarówno do niskopoziomowego dostępu do danych, jak i do wysokopoziomowego zarządzania zawartością. Pakiet udostępnia zestaw narzędzi do obsługi plików graficznych, bazujący na bibliotekach. Format, biblioteki i narzędzia przeznaczone są do użytku w środowisku badawczym obrazowania medycznego: są proste i wydajne i nie starają się zapewnić użytkownikom ładnego interfejsu.

Mriconvert
Narzędzie do konwersji medycznych plików graficznych
Versions of package mriconvert
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.0.235-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.0.7-2amd64,armel,armhf,i386
sid2.1.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mriconvert:
fieldmedicine:imaging
roleprogram
uitoolkitwxwidgets
Popcon: 14 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MRIConvert jest narzędziem do konwersji medycznych plików graficznych, które przetwarza pliki DICOM do następujących formatów: NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99/Analyze, BrainVoyager oraz MetaImage.

Screenshots of package mriconvert
Mricron
Konwertowanie, przeglądanie i analizowanie obrazu rezonansu magnetycznego
Versions of package mricron
ReleaseVersionArchitectures
sid0.20140804.1~dfsg.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386
bullseye0.20140804.1~dfsg.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386
buster0.20140804.1~dfsg.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386
stretch0.20140804.1~dfsg.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386
jessie0.20140804.1~dfsg.1-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.20120505.1~dfsg.1-1amd64,armel,armhf,i386,powerpc,sparc
Debtags of package mricron:
uitoolkitgtk
Popcon: 51 users (28 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Jest to narzędzie z graficznym interfejsem użytkownika, służące do przeglądania i analizowania (funkcjonalnych) obrazów otrzymanych metodą rezonansu magnetycznego. MRIcron może być używany do tworzenia dwu- lub trójwymiarowych wizualizacji map statystycznych, nakładanych na zdjęcia anatomiczne mózgu. Ponadto, pomaga w rysowaniu anatomicznych obszarów zainteresowania (ROI), w odwzorowywaniu zmian oraz w podstawowej analizie funkcjonalnych szeregów czasowych (np. w tworzeniu wykresów przed i po stymulacyjnej zmiany sygnału).

Oprócz samego MRIcron, pakiet dostarcza również narzędzie dcm2nii, obsługujące konwersję obrazów DICOM i PAR/REC do formatu NIfTI oraz npm do nieparametrycznej analizy danych.

Please cite: Chris Rorden, Hans-Otto Karnath, Leonardo Bonilha: Improving lesion-symptom mapping. (2007)
Other screenshots of package mricron
VersionURL
0.20120505.1~dfsg.1-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/013/148/large.png
0.20140804.1~dfsg.1-2+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/011/large.png
Screenshots of package mricron
Nifti-bin
Narzędzia dostarczane z biblioteką NIfTI
Versions of package nifti-bin
ReleaseVersionArchitectures
sid2.0.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.0-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0.0-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.0.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.0.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package nifti-bin:
fieldmedicine, medicine:imaging
interfacecommandline
roleprogram, shared-lib
scopeutility
usechecking, converting
Popcon: 13 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Niftilib jest zestawem bibliotek wejścia/wyjścia do odczytywania i zapisywania plików w formacie danych NIfTI-1. NIfTI-1 to binarny format pliku do przechowywania danych z obrazów medycznych, np. obrazów mózgu wykonanych metodą obrazowania rezonansu magnetycznego (MRI) oraz wyspecjalizowaną odmianą obrazowania rezonansu magnetycznego (fMRI).

Pakiet zawiera narzędzia, które dostarczane są z biblioteką NIfTI (nifti_tool, nifti_stats i nifti1_test).

Nifti2dicom
convert 3D medical images to DICOM 2D series
Versions of package nifti2dicom
ReleaseVersionArchitectures
sid0.4.11-1.1amd64,i386
buster0.4.11-1amd64,i386
jessie0.4.9-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.4.11-1amd64,i386
bullseye0.4.11-1.1amd64,i386
Popcon: 5 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Nifti2Dicom is a convertion tool that converts 3D NIfTI files (and other formats supported by ITK, including Analyze, MetaImage Nrrd and VTK) to DICOM. Unlike other conversion tools, it can import a DICOM file that is used to import the patient and study DICOM tags, and allows you to edit the accession number and other DICOM tags, in order to create a valid DICOM that can be imported in a PACS.

This package includes the command line tools.

Openmeeg-tools
openmeeg library -- command line tools
Versions of package openmeeg-tools
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.0.0.dfsg-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.0.0.dfsg-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package openmeeg-tools:
roleprogram
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OpenMEEG consists of state-of-the art solvers for forward problems in the field of MEG and EEG. Solvers are based on the symmetric Boundary Element method [Kybic et al, 2005], providing excellent accuracy, particularly for superficial cortical sources. OpenMEEG can compute four types of lead fields (EEG, MEG, Internal Potential and Electrical Impedence Tomography).

This package provides command line interface to openmeeg functionality.

Please cite: Alexandre Gramfort, Théodore Papadopoulo, Emmanuel Olivi and Maureen Clerc: OpenMEEG: opensource software for quasistatic bioelectromagnetics. (PubMed,eprint) BioMedical Engineering OnLine 9:45 (2010)
Openwalnut-qt4
Multi-modal medical and brain data visualization tool.
Versions of package openwalnut-qt4
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.2.5-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package openwalnut-qt4:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

OpenWalnut is a tool for multi-modal medical and brain data visualization. Its universality allows it to be easily extended and used in a large variety of application cases. It is both, a tool for the scientific user and a powerful framework for the visualization researcher. Besides others, it is able to load NIfTI data, VTK line data and RIFF-format CNT/AVR-files. OpenWalnut provides many standard visualization tools like line integral convolution (LIC), isosurface-extraction, glyph-rendering or interactive fiber-data exploration. The powerful framework of OpenWalnut allows researchers and power-users to easily extend the functionality to their specific needs.

This package contains the QT4 GUI for OpenWalnut.

Praat
Program do analizy i syntezy mowy
Versions of package praat
ReleaseVersionArchitectures
stretch6.0.23-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.3.16-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid6.1.09-1amd64,arm64,i386,ppc64el,s390x
squeeze5.1.42-1amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid6.1.08-1mips64el
bullseye6.1.08-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster6.0.48-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
jessie5.4.0-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package praat:
fieldlinguistics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
works-withaudio
x11application
Popcon: 31 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Według autorów, praat służy do obsługiwania komputerowej fonetyki. Za pośrednictwem interfejsu graficznego można uzyskać dostęp do różnych funkcji analizy mowy, dostępne są: spektrogramy, kochleogramy, wydobywanie intensywności i formatu dźwięku. Program umożliwia również syntezę artykulacji, intensywności, formatu oraz intonacji. Pozostałe funkcje to: segmentacja, znakowanie z wykorzystaniem alfabetu fonetycznego i obliczanie statystyk. Praat jest konfigurowalny i rozszerzalny poprzez własny język skryptowy, a ponadto potrafi komunikować się z innymi programami.

Please cite: Paul Boersma: Praat, a system for doing phonetics by computer. Glot International 5(9/10):341-345 (2001)
Screenshots of package praat
Psignifit
Dopasowywanie i testowanie hipotez dotyczących funkcji psychometrycznych
Versions of package psignifit
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.5.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.5.6-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.5.6-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch2.5.6-3.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.6-3amd64,armel,armhf,i386
sid2.5.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psignifit:
fieldstatistics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 10 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Psignifit umożliwia dopasowywanie funkcji psychometrycznych do zbiorów danych przy zachowaniu pełnej kontroli nad dużą liczbą parametrów. Dane mogą być odczytywane z plików tekstowych lub ze standardowego wejścia.

Psignifit wykonuje obliczenia przedziałów ufności oraz testy dokładności dopasowania.

Jest to wersja programu przeznaczona do wiersza poleceń.

Screenshots of package psignifit
Python3-nibabel
Python3 bindings to various neuroimaging data formats
Versions of package python3-nibabel
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.0-1all
buster2.3.2-1all
bullseye2.5.1-3all
sid2.5.1-3all
upstream3.0.1
Popcon: 15 users (22 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

NiBabel provides read and write access to some common medical and neuroimaging file formats, including: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, as well as PAR/REC. The various image format classes give full or selective access to header (meta) information and access to the image data is made available via NumPy arrays. NiBabel is the successor of PyNIfTI.

Python3-pydicom
DICOM medical file reading and writing (Python 3)
Versions of package python3-pydicom
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.4.1-1all
sid1.4.1-1all
buster1.2.1-1all
upstream1.4.2
Popcon: 25 users (38 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

pydicom is a pure Python module for parsing DICOM files. DICOM is a standard (http://medical.nema.org) for communicating medical images and related information such as reports and radiotherapy objects.

pydicom makes it easy to read DICOM files into natural pythonic structures for easy manipulation. Modified datasets can be written again to DICOM format files.

This package installs the module for Python 3.

Python3-statsmodels
Python3 module for the estimation of statistical models
Versions of package python3-statsmodels
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.10.2-2all
sid0.10.2-2all
experimental0.11.0-1all
sid0.11.1-1all
buster0.8.0-9all
Popcon: 17 users (83 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

statsmodels Python3 module provides classes and functions for the estimation of several categories of statistical models. These currently include linear regression models, OLS, GLS, WLS and GLS with AR(p) errors, generalized linear models for several distribution families and M-estimators for robust linear models. An extensive list of result statistics are available for each estimation problem.

Please cite: Skipper Seabold and Josef Perktold: Statsmodels: Econometric and statistical modeling with python (eprint) (2010)
Qnifti2dicom
convert 3D medical images to DICOM 2D series (gui)
Versions of package qnifti2dicom
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.4.11-1.1amd64,i386
stretch0.4.11-1amd64,i386
sid0.4.11-1.1amd64,i386
jessie0.4.9-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.4.11-1amd64,i386
Popcon: 2 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Nifti2Dicom is a convertion tool that converts 3D NIfTI files (and other formats supported by ITK, including Analyze, MetaImage Nrrd and VTK) to DICOM. Unlike other conversion tools, it can import a DICOM file that is used to import the patient and study DICOM tags, and allows you to edit the accession number and other DICOM tags, in order to create a valid DICOM that can be imported in a PACS.

This package contains the Qt4 GUI.

Slicer
software package for visualization and image analysis - main application
Versions of package slicer
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.4.0~svn10438-7amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,s390,sparc
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Slicer is an application for computer scientists and clinical researchers. The platform provides functionality for segmentation, registration and three-dimensional visualization of multi-modal image data, as well as advanced image analysis algorithms for diffusion tensor imaging, functional magnetic resonance imaging and image-guided therapy. Standard image file formats are supported, and the application integrates interface capabilities to biomedical research software and image informatics frameworks.

3D Slicer main application.

Please cite: Steven Pieper, Michael Halle, Ron Kikinis: 3D SLICER. (2004)
Voxbo
Przetwarzanie, analiza statystyczna i wyświetlanie danych obrazowych mózgu
Versions of package voxbo
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.8.5~svn1246-1.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.8.5~svn1246-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.8.5~svn1246-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.8.5~svn1246-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.8.5~svn1172-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package voxbo:
fieldmedicine:imaging
roleprogram
uitoolkitqt
Popcon: 7 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakiet zawiera zestaw narzędzi do analiz eksperymentów z zakresu funkcjonalnego obrazowania rezonansu magnetycznego (głównie fMRI) oraz mapowania zmiennych zachowawczych baz vokselowych. VoxBo obsługuje zmodyfikowany GLM (dla danych skorelowanych automatycznie) oraz standardowe GLM dla danych nieskorelowanych automatycznie. Zestaw narzędziowy przeznaczony jest do współdziałania z AFNI, FSL, SPM i innymi.

Screenshots of package voxbo
Xmedcon
Graficzne narzędzie do konwersji obrazów medycznych (DICOM, ECAT, ...)
Versions of package xmedcon
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.13.0-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.14.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.10.7-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.10.5-2.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.16.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.16.2
Debtags of package xmedcon:
fieldbiology
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
useconverting
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 183 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Program przeznaczony jest do konwertowania formatów obrazów medycznych i rozpowszechniany na podstawie licencji (L)GPL. Pakiet zawiera kompletny kod źródłowy w języku C, elastyczne narzędzie wiersza poleceń oraz przejrzysty interfejs graficzny, stworzony przy użyciu biblioteki GTK+. Aktualnie obsługuje następujące formaty: ACR/NEMA 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 i PNG.

Program umożliwia także odczytywanie nieskompresowanych, oficjalnie nieobsługiwanych plików, wyświetlanie wartości pikseli oraz wyodrębnianie/zmienianie kolejności poszczególnych obrazów. Możliwe jest również uzyskiwanie nieprzetworzonych obrazów w formatach binarnym lub ASCII oraz zapisywanie obrazów w formacie PNG, używanym w aplikacjach pulpitowych.

Jest to graficzna wersja programu (działająca w środowisku X), z interfejsem opartym na bibliotece GTK+. Program przetwarza tylko jeden plik na raz.

Screenshots of package xmedcon

Official Debian packages with lower relevance

Connectomeviewer
Interactive Analysis and Visualization for MR Connectomics
Versions of package connectomeviewer
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.0+dfsg-1all
wheezy2.1.0-1all
jessie2.1.0-1all
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The Connectome Viewer is a extensible, scriptable, pythonic research environment for visualization and (network) analysis in neuroimaging and connectomics.

Employing the Connectome File Format, diverse data types such as networks, surfaces, volumes, tracks and metadata are handled and integrated. The Connectome Viewer is part of the MR Connectome Toolkit.

Please cite: Gerhard S, Daducci A, Lemkaddem A, Meuli R, Thiran J-P and Hagmann P: The Connectome Viewer Toolkit: An open source framework to manage, analyze, and visualize connectomes. (2011)
Science-psychophysics
Pakiety Naukowe Debiana do Psychofizyki
Versions of package science-psychophysics
ReleaseVersionArchitectures
buster1.10all
sid1.12all
wheezy1.0all
bullseye1.12all
stretch1.7all
jessie1.4all
Debtags of package science-psychophysics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ten metapakiet instaluje pakiety Debiana, które mogą być przydatne do przeprowadzania dowolnego eksperymentu związanego z bodźcami fizycznymi i ich skutkami psychologicznymi.

Dobór pakietów został ukierunkowany na oprogramowanie do dostarczania bodźców. Dodatkowe oprogramowanie związane z analizą pozyskanych danych odnosi się do nauki-neurologii-poznawczej, obrazowania medycznego w zależności od dziedziny zastosowania. Dodatkowo warto zapoznać się z science-bci, ponieważ często zapewnia kompletne struktury pętli, łącznie z dostarczaniem bodźców.

Science-typesetting
Pakiety naukowe Debiana do składania tekstu
Versions of package science-typesetting
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.7all
jessie1.4all
wheezy1.0all
squeeze0.12all
buster1.10all
bullseye1.12all
sid1.12all
Debtags of package science-typesetting:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 8 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Niniejszy metapakiet służy do instalowania pakietów naukowych Debiana, mających związek ze składaniem tekstu. Osoby zainteresowane mogą skorzystać z odpowiedniego znacznika Debiana.

Debian packages in contrib or non-free

Fsl
transitional dummy package
Versions of package fsl
ReleaseVersionArchitectures
sid5.0.8-6 (non-free)all
bullseye5.0.8-6 (non-free)all
buster5.0.8-6 (non-free)all
jessie5.0.7-4 (non-free)all
wheezy4.1.9-7 (non-free)all
squeeze4.1.6-4 (non-free)all
Debtags of package fsl:
fieldmedicine:imaging
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkittk
useanalysing
x11application
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: non-free
Git

The only purpose of this package is to enable upgrades to the new 'fsl-core' package which replaces 'fsl'. This package can safely be removed.

Users aiming to perform a complete FSL installation (including all data components) are advised to install the 'fsl-complete' package from NeuroDebian.

Please cite: Mark Jenkinson, Christian F. Beckmann, Timothy E. J. Behrens, Mark W. Woolrich and Stephen M. Smith: FSL. (PubMed) NeuroImage 62(2):782-790 (2012)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Bioimagesuite
integrated image analysis software suite
Versions of package bioimagesuite
ReleaseVersionArchitectures
VCS2.0-1all
Versions and Archs
License: GPL-2+
Debian package not available
Git
Version: 2.0-1

BioImage Suite has extensive capabilities for both neuro/cardiac and abdominal image analysis and state of the art visualization. Many packages are available that are highly extensible, and provide functionality for image visualization and registration, surface editing, cardiac 4D multi-slice editing, diffusion tensor image processing, mouse segmentation and registration, and much more. It can be integrated with other biomedical image processing software, such as FSL and SPM. This site provides information, downloads, documentation, and other resources for users of the software.

BioImage Suite was developed at Yale University and has been extensively used at different labs at Yale since 2004.

Please cite: X. Papademetris, M. Jackowski, N. Rajeevan, R. T. Constable and L. Staib: BioImage Suite: An integrated medical image analysis suite. (eprint) Insight Journal (2005)
Remark of Debian Science team: How to work together with upstream

There is a forum at BioImage Suite site for discussion of compiling it from source and packaging issues at http://research.yale.edu/bioimagesuite/forum/index.php?board=12.0

Debruijn
De Bruijn cycle generator
Versions of package debruijn
ReleaseVersionArchitectures
VCS1.6-2all
Versions and Archs
License: BSD-4-clause
Git
Version: 1.6-2

Stimulus counter-balance is important for many experimental designs. This command-line software creates De Bruijn cycles, which are pseudo-random sequences with arbitrary levels of counterbalance. "Path-guided" de Bruijn cycles may also be created. These sequences encode a hypothesized neural modulation at specified temporal frequencies, and have enhanced detection power for BOLD fMRI experiments.

Freesurfer
analysis and visualization of functional brain imaging data
Versions of package freesurfer
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.1.0+dev+cvs20120104-1all
Versions and Archs
License: FreeSurfer-Software-License-Agreement
Git
Version: 5.1.0+dev+cvs20120104-1

FreeSurfer is a set of tools for analysis and visualization of structural and functional brain imaging data. It contains a fully automatic structural stream for processing cross sectional and longitudinal data.

FreeSurfer provides many anatomical analysis tools, including: representation of the cortical surface between white and gray matter, representation of the pial surface, segmentation of white matter from the rest of the brain, skull stripping, B1 bias field correction, nonlinear registration of the cortical surface of an individual with an sterotaxic atlas, labeling of regions of the cortical surface, statistical analysis of group morphometry differences, and labeling of subcortical brain structures, etc.

This package depends upon the latest version of freesurfer.

Please cite: A. M. Dale, B. Fischl and M. I. Sereno: Cortical surface-based analysis. I. Segmentation and surface reconstruction. (PubMed) Neuroimage 9(2):179-94 (1999)
Remark of Debian Science team: The 'tktools' (tkmedit, tksurfer and tkregister2) under the
 CorTechs license are not readily redistributable thus excluded.
Xnat
platform for data management and productivity tasks in neuroimaging
Versions of package xnat
ReleaseVersionArchitectures
VCS1.7.5.1-1all
Versions and Archs
License: XNAT_SLA
Debian package not available
Git
Version: 1.7.5.1-1

The primary functionality of XNAT is to provide a place to store and control access to neuroimaging data. This includes sophisticated user control, search and retrieval, and archiving capabilities. As open-source software, XNAT also supports a wide variety of research-based processing pipelines, and is able to link up with supercomputer processing power to dramatically shorten image processing time.

Please cite: Daniel S. Marcus, Timothy R. Olsen, Mohana Ramaratnam and Randy L. Buckner: The Extensible Neuroimaging Archive Toolkit (XNAT): An informatics platform for managing, exploring, and sharing neuroimaging data.. (PubMed,eprint) Neuroinformatics 5(1):11-34 (2007)

Unofficial packages built by somebody else

Eeglab
toolbox for processing and visualization of electrophysiological data
Responsible: NeuroDebian Team
License: GPL-2+
Language: C, Matlab/Octave

EEGLAB is an interactive Matlab toolbox for processing continuous and event-related EEG, MEG and other electrophysiological data incorporating independent component analysis (ICA), time/frequency analysis, artifact rejection, event-related statistics, and several useful modes of visualization of the averaged and single-trial data.

Please register by following this link if you are using eeglab.
Please cite: Delorme A and Makeig S: EEGLAB: an open source toolbox for analysis of single-trial EEG dynamics (2004)
Mni-autoreg
MNI average brain (305 MRI) stereotaxic registration model
Responsible: Michael Hanke
License: no-free, but GPLed parts

This package provides a version of the MNI Average Brain (an average of 305 T1-weighted MRI scans, linearly transformed to Talairach space) specially adapted for use with the MNI Linear Registration Package.

  • average_305.mnc - a version of the average MRI that covers the whole brain (unlike the original Talairach atlas), sampled with 1mm cubic voxels
  • average_305_mask.mnc - a mask of the brain in average_305.mnc
  • average_305_headmask.mnc - another mask, required for nonlinear mode

Remark: Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-autoreg and http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-autoreg-model to Debian Med svn and start group maintenance.

Mni-n3
MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization
Responsible: Michael Hanke
License: BSDish

MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization (N3). This package provides the 'nu_correct' tool for unsupervised correction of radio frequency (RF) field inhomogenities in MR volumes. Two packages are provided:

  • mni-n3 - provides 'nu_correct'
  • libebtks-dev - MNI support library with numerical types and algorithms

Remark: Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-n3 to Debian Med svn and start group maintenance.

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Fieldtrip - wnpp
toolbox for MEG and EEG analysis
License: GPL-2+
Debian package not available
Language: Matlab/Octave

The software includes algorithms for simple and advanced analysis of MEG and EEG data, such as time-frequency analysis, source reconstruction using dipoles, distributed sources and beamformers and non-parametric statistical testing. It supports the data formats of all major MEG systems (CTF, Neuromag, BTi) and of the most popular EEG systems, and new formats can be added easily. FieldTrip contains high-level functions that you can use to construct your own analysis protocols in Matlab. Furthermore, it easily allows developers to incorporate low-level algorithms for new EEG/MEG analysis methods.

Remark of Debian Science team: The NIMH distributes a "port" of fieldtrip to Octave (at

http://kurage.nimh.nih.gov/meglab/Meg/Software). It needs to be figured out whether this port can be incorporated into the official version, and to what degree it is complete. Packaging fieldtrip is required to complete the packaging of SPM8.

Pysurfer - wnpp
visualize Freesurfer's data in Python
Responsible: NeuroDebian Team
License: BSD-3
Debian package not available
Language: Python

This is a Python package for visualization and interaction with cortical surface representations of neuroimaging data from Freesurfer. It extends Mayavi’s powerful visualization engine with a high-level interface for working with MRI and MEG data.

PySurfer offers both a command-line interface designed to broadly replicate Freesurfer’s Tksurfer program as well as a Python library for writing scripts to efficiently explore complex datasets.

Spm8 - wnpp
analysis of brain imaging data sequences
Responsible: NeuroDebian team
License: GPL-2+
Debian package not available

Statistical Parametric Mapping (SPM) refers to the construction and assessment of spatially extended statistical processes used to test hypotheses about functional imaging data. These ideas have been instantiated in software that is called SPM. It is designed for the analysis of fMRI, PET, SPECT, EEG and MEG.

Please register by following this link if you are using spm8.
Please cite: Karl J. Friston, John T. Ashburner, Stephen Kiebel, Thomas E. Nichols and William D. Penny: Statistical Parametric Mapping: The Analysis of Functional Brain Images.. (2007)
Remark of Debian Science team: This software is written for matlab, but initial tests indicate that

some (significant) portion of it might also work with octave. More tests are pending...

No known packages available

Brainvisa
image processing factory for MR images
License: Free? (CeCill License)
Debian package not available

BrainVISA is a software, which embodies an image processing factory. A simple control panel allows the user to trigger some sequences of treatments on series of images. These treatments are performed by calls to command lines provided by different laboratories. These command lines, hence, are the building blocks on which are built the assembly lines of the factory. BrainVISA is distributed with a toolbox of building blocks dedicated to the segmentation of T1-weighted MR images. The product of the main assembly line made up from this toolbox is the following: grey/white classification for Voxel Based Morphometry, Meshes of each hemisphere surface for visualization purpose, Spherical meshes of each hemisphere white matter surface, a graph of the cortical folds, a labeling of the cortical folds according to a nomenclature of the main sulci.

Hid
database management system for clinical imaging
License: BSD, BIRN
Debian package not available
Language: java

The Human Imaging Database (HID) is an extensible database management system developed to handle the increasingly large and diverse datasets collected as part of the MBIRN and FBIRN collaboratories and throughout clinical imaging communities at large.

Please register by following this link if you are using hid.
Please cite: Keator, D.B.; Grethe, J.S.; Marcus, D.; Ozyurt, B.; Gadde, S.; Murphy, S.; Pieper, S.; Greve, D.;Notestine, R.; Bockholt, H.J.; Papadopoulos, P.: A National Human Neuroimaging Collaboratory Enabled By The Biomedical Informatics Research Network (BIRN) (2008)
Iqr
large-scale multi-level neuronal systems simulator
Responsible: NeuroDebian team
License: GPL-3+
Debian package not available

This graphical environment allows for designing large-scale multi-level neuronal systems that can control real-world devices, such as cameras and mobile robots, in real-time. iqr is an extensible framework with the ability to handle new, user-provided, neuron and synapse types, as well as custom interfaces to other hardware systems. iqr employes an XML-based format for system descriptions.

Please cite: Ulysses Bernardet, Paul F.M.J. Verschure: iqr: A tool for the construction of multi-level simulations of brain and behaviour.. (2010)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203169