Debian Science Physics-dev packages

FEniCS è una raccolta di software libero per la soluzione automatizzata ed efficiente di equazioni differenziali.

FEniCS ha una vasta gamma di funzionalità, inclusi la soluzione automatizzata di problemi variazionali, il controllo automatico e l'adattabilità per gli errori, una libreria esaustiva per gli elementi finiti, algebra lineare ad alte prestazioni e molto altro.

FEniCS è organizzata come raccolta di componenti che funzionano insieme, inclusi l'ambiente di soluzione di problemi DOLFIN, il compilatore di modelli FFC, il tabulatore di elementi finiti FIAT, il compilatore just-in-time Instant, l'interfaccia di generazione di codice UFC, il linguaggio per modelli UFL e una varietà di componenti aggiuntivi.

Questo è un metapacchetto che dipende da tutti i componenti di FEniCS.

Questa è la versione obsoleta di FEniCS. Si può voler considerare l'installazione di FEniCS-X di prossima generazione (pacchetto fenicx).

Questa libreria calcola le trasformate di Fourier veloci in una o più dimensioni. È estremamente veloce. Questo pacchetto contiene le librerie linkate staticamente e i file header.

ASL (Advanced Simulation Library) è una piattaforma di simulazione multi-fisica, accelerata in hardware, open source e gratuita (e uno strumento estensibile di uso generale per risolvere equazioni differenziali alle derivate parziali).

Il suo motore di calcolo è scritto in OpenCL e usa tecniche risolutive senza matrici che permettono prestazioni straordinariamente elevate, efficienza nell'uso della memoria e messa in produzione su una varietà di architetture massicciamente parallele, che vanno da FPGA, DSP e GPU economici fino a cluster eterogenei e supercomputer. Il motore è nascosto interamente dietro a semplici classi C++, in modo che ai programmatori delle applicazioni non è richiesta alcuna conoscenza di OpenCL. Un approccio immersed boundary, mesh-free, permette di muoversi dal CAD direttamente alla simulazione riducendo drasticamente gli sforzi di pre-elaborazione e la quantità di errori potenziali.

ASL può essere usata per modellare vari fenomeni chimici e fisici accoppiati e impiegata in una moltitudine di campi: fluido-dinamica computazionale, percezione virtuale, riconciliazione e validazione di dati di processi industriali, chirurgia guidata da immagini, ingegneria assistita dal computer, esplorazione dello spazio di progetto, cristallografia, ecc.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

Calcola le funzioni di base per FE e le derivate per i seguenti elementi:

• Lagrange (intervallo, triangolo, tetraedro, prisma, piramide, quadrilatero, esaedro)
• Nédélec (triangolo, tetraedro)
• Nédélec Second Kind (triangolo, tetraedro)
• Raviart-Thomas (triangolo, tetraedro)
• Regge (triangolo, tetraedro)
• Crouzeix-Raviart (triangolo, tetraedro)

Calcola le regole di quadratura su differenti tipi di celle.

Fornisce topologia di riferimento e geometria per celle di riferimento di ciascun tipo.

Wrapper Python fornito con pybind11.

Questo pacchetto installa i file di sviluppo per la libreria condivisa.

deal.II è una libreria C++ orientata alla soluzione computazionale di equazioni differenziali alle derivate parziali utilizzando elementi finiti adattivi. Usa tecniche di programmazione allo stato dell'arte per offrire un'interfaccia moderna alle strutture dati complesse e agli algoritmi richiesti.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

DOLFIN è l'interfaccia Python e C++ del progetto FEniCS per le soluzioni automatizzate delle equazioni differenziali, che fornisce un PSE (Problem Solving Environment, ambiente di risoluzione di problemi) coerente per risolvere equazioni differenziali ordinarie e alle derivate parziali. Le funzionalità chiave includono: un'API orientata agli oggetti, semplice, coerente e intuitiva; valutazione automatica ed efficiente delle forme variazionali; assemblaggio automatico ed efficiente dei sistemi lineari; e gestione per famiglie generiche di elementi finiti.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo comuni e dipende dal pacchetto per reali o complessi.

Questa è la versione di prossima generazione di libdolfinx-dev (DOLFIN-X). La versione precedente di DOLFIN è fornita da libdolfin-dev.

fclib is an open source collection of Frictional Contact (FC) problems stored in a specific HDF5 format, and an open source light implementation of Input/Output functions in C Language to read and write problems.

The goal of this work is to set up a collection of 2D and 3D Frictional Contact (FC) problems in order to set up a list of benchmarks; provide a standard framework for testing available and new algorithms; and share common formulations of problems in order to exchange data.

Fclib is an open-source scientific software primarily targeted at modeling and simulating nonsmooth dynamical systems

This package includes the libfclib development headers.

Fornisce i file header e le librerie statiche.

Feel++ è una libreria versatile per elementi finiti per risolvere equazioni differenziali alle derivate parziali.

Gestisce 1D, 2D e 3D.

Gestisce le seguenti entità basilari: simplessi (segmento, triangolo, tetraedro) e prodotti di simplessi (quadrangolo, esaedro).

Gestisce diversi insiemi di punti su queste entità basilari: punti equispaziati, punti di quadratura, punti di interpolazione (Gauss-Lobatto, Fekete, WarpBlend?).

Gestisce metodi di Galerkin continui e discontinui.

Gestisce diversi insiemi polinomiali:

• Lagrange (continuo, discontinuo, tutte le dimensioni, tutti gli insiemi di punti di interpolazione);

• Dubiner (discontinuo), confini adattati (continuo);

• Legendre (discontinuo), confini adattati (continuo).

Fornisce concetti matematici per astrazioni di ordine superiore (spazi di funzioni ed elementi associati, forme e operatori).

Fornisce un linguaggio inglobato nel C++ per formulazioni variazionali, proiezione e integrazione numerica.

La libreria FFTW calcola le trasformate di Fourier veloci (FFT) in una o più dimensioni. È estremamente veloce. Questo pacchetto contiene la libreria linkata staticamente, i file header e i programmi di test.

Questo pacchetto contiene i file header e le librerie statiche. Per la documentazione vedere libfftw3-doc.

NFFT3 is a software library written in C for computing nonequispaced fast Fourier and related transformations. In detail, NFFT3 implements:

1) The nonequispaced fast Fourier transform (NFFT)

• the forward transform (NFFT)
• the adjoint transform (adjoint NFFT)

2) Generalisations of the NFFT

• to arbitrary knots in time and frequency domain (NNFFT)
• to the sphere S^2 (NFSFT)
• to the hyperbolic cross (NSFFT)
• to real-valued data, i.e. (co)sine transforms, (NFCT, NFST)
• to the rotation group (NFSOFT)

3) Generalised inverses based on iterative methods, e.g. CGNR, CGNE

4) Applications in

• medical imaging (i) magnetic resonance imaging (ii) computerised tomography
• summation schemes (i) fast Gauss transform (FGT) (ii) singular kernels (iii) zonal kernels
• polar FFT, discrete Radon transform, ridgelet transform

This package provides the development files for the NFFT library.

OpenCTM, il formato di file Open Compressed Triangle Mesh, è un formato di file, una libreria software e un insieme di strumenti per comprimere griglie di triangoli 3D. La geometria è compressa a una frazione dei formati di file paragonabili e il formato è facilmente accessibile attraverso un'API semplice e portabile.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare programmi che usano OpenCTM.

The p4est software library enables the dynamic management of a collection of adaptive octrees, conveniently called a forest of octrees. p4est is designed to work in parallel and scale to hundreds of thousands of processor cores.

This package contains the development files.

A software tool for classical CFD, particle-based models and complex physical interaction, Palabos offers a powerful environment for your fluid flow simulations.

Through the innovative matrix-based interface, setting up a massively parallel simulation or developing a new physical model has become simpler than ever. The package contains development files.

SpFFT was originally intended for transforms of data with spherical cutoff in frequency domain, as required by some computational material science codes. For distributed computations, SpFFT uses a slab decomposition in space domain and pencil decomposition in frequency domain (all sparse data within a pencil must be on one rank). If desired, the library can be compiled without any parallelization (MPI, OpenMP, CUDA / ROCm).

This package contains development files.

Xray::Absorption supports access to X-ray absorption data. It is designed to be a transparent interface to absorption data from a variety of sources. Currently, the only sources of data are the 1969 McMaster tables, the 1999 Elam tables, the 1993 Henke tables, and the 1995 Chantler tables. The Brennan-Cowen implementation of the Cromer-Liberman tables is available as a drop-on-top addition to this package. More resources can be added easily.

Xray::Scattering supports access to X-ray scattering data for atoms and ions. It is designed to be a transparent interface to scattering data from a variety of sources. Currently, the only sources of data are the Cromer-Mann tables from the International Tables of Crystallography and the 1995 Waasmaier-Kirfel tables. More resources can be added easily.

Xray::SpaceGroup provides an object-oriented interface to a database of space group symmetries transcribed from volume A of the International Tables of Crystallography.

PyFAI è una libreria Python per integrazione azimutale; permette la conversione di immagini di diffrazione riprese con rilevatori 2D come telecamere CCD in pattern di diffrazione da polveri dei raggi X che possono essere usati da altri software come gli strumenti di raffinamento Rietveld (cioè FullProf), analisi di fase o analisi di texture.

Siccome PyFAI è una libreria, il suo obiettivo principale è di essere integrata in altri strumenti come PyMca, LiMa o EDNA. Per eseguire analisi di dati in linea, la descrizione precisa delle condizioni sperimentali deve essere conosciuta. Questa è la ragione per cui PyFAI include codice per l'ottimizzazione delle geometrie che lavora su "powder ring" dei campioni di riferimento. Alternativamente, PyFAI può anche importare geometrie di cui si è fatto il fit con altri strumenti come Fit2D.

PyFAI è stata progettata per funzionare con qualsiasi tipo di rivelatore con qualsiasi geometria (trasmissione, riflessione, fuori asse, ...). Usa la libreria FabIO Python per leggere la maggior parte delle immagini riprese dai diffrattometri.

Calcola le funzioni di base per FE e le derivate per i seguenti elementi:

• Lagrange (intervallo, triangolo, tetraedro, prisma, piramide, quadrilatero, esaedro)
• Nédélec (triangolo, tetraedro)
• Nédélec Second Kind (triangolo, tetraedro)
• Raviart-Thomas (triangolo, tetraedro)
• Regge (triangolo, tetraedro)
• Crouzeix-Raviart (triangolo, tetraedro)

Calcola le regole di quadratura su differenti tipi di celle.

Fornisce topologia di riferimento e geometria per celle di riferimento di ciascun tipo.

Wrapper Python fornito con pybind11.

Questo pacchetto installa la libreria per Python 3.

dmsh: "Il peggior generatore di mesh che si possa usare".

Ispirato da distmesh, dmsh è lento, ha bisogno di un sacco di memoria e non è nemmeno terribilmente robusto.

Tra i lati positivi, ha un'interfaccia usabile, è in puro Python (e perciò facilmente installabile su qualsiasi sistema) e, se funziona, produce mesh di qualità piuttosto alta.

Insieme a optimesh, dmsh produce le mesh 2D con la qualità più alta nel west.

Funzionalità di esempio:

• Primitive
• cerchio, rettangolo, poligono
• semispazio
• Combinazioni
• differenza
• lunghezza non costante degli spigoli
• unione
• intersezione
• Trasformazioni
• rotazione, traslazione, cambiamento di scala
• raffinamento locale

DOLFIN è l'interfaccia Python e C++ del progetto FEniCS per le soluzioni automatizzate delle equazioni differenziali, che fornisce un PSE (Problem Solving Environment, ambiente di risoluzione di problemi) coerente per risolvere equazioni differenziali ordinarie e alle derivate parziali. Le funzionalità chiave includono: un'API orientata agli oggetti, semplice, coerente e intuitiva; valutazione automatica ed efficiente delle forme variazionali; assemblaggio automatico ed efficiente dei sistemi lineari; e gestione per famiglie generiche di elementi finiti.

Questo è il pacchetto base che dipende dalle specifiche compilazioni di dolfin. In modo predefinito viene selezionata la versione compilata con la versione preferita di PETSc in /usr/lib/petsc (con indicizzazione a 32 bit), ma la versione alternativa (PETSc a 64 bit) può essere selezionata impostando la variabile d'ambiente PETSC_DIR.

Questa è la versione obsoleta di DOLFIN, si può voler installare invece python3-dolfinx di prossima generazione (DOLFIN-X).

DOLFIN è l'interfaccia Python e C++ del progetto FEniCS per le soluzioni automatizzate delle equazioni differenziali, che fornisce un PSE (Problem Solving Environment, ambiente di risoluzione di problemi) coerente per risolvere equazioni differenziali ordinarie e alle derivate parziali. Le funzionalità chiave includono: un'API orientata agli oggetti, semplice, coerente e intuitiva; valutazione automatica ed efficiente delle forme variazionali; assemblaggio automatico ed efficiente dei sistemi lineari; e gestione per famiglie generiche di elementi finiti.

Questa è la versione di prossima generazione di libdolfinx-dev (DOLFIN-X). La versione obsoleta di DOLFIN è fornita da python3-dolfin.

Questo è il pacchetto base che dipende dai pacchetti di dolfinx con gestione dei numeri reali o complessi. In modo predefinito viene selezionata la versione compilata con la versione preferita di PETSc in /usr/lib/petsc, ma la versione alternativa può essere selezionata impostando la variabile d'ambiente PETSC_DIR.

FFC, il FEniCS Form Compiler, fornisce una valutazione allo stato dell'arte, automatica e efficiente per forme multilineari generiche (formulazioni variazionali) per FEniCS. FFC funziona da sistema di valutazione delle forme per DOLFIN, ma può anche essere usato per compilare forme per altri sistemi.

FFC funziona da compilatore per forme multilineari generando codice (C o C++) per la valutazione di una forma multilineare fornita in notazione matematica. Questo nuovo approccio alla valutazione delle forme rende possibile combinare la generalità con l'efficienza; la forma può essere data in notazione matematica e il codice generato è efficiente tanto quanto il codice ottimizzato a mano.

Questo pacchetto installa la libreria FFC-X di prossima generazione per Python 3.

Questo wrapper Python è progettato per integrarsi strettamente con PyOpenCL. Consiste di un wrapper di basso livello basato su Cython con un'interfaccia simile alla libreria C sottostante. Al di sopra di essa offre un'interfaccia di alto livello progettata per lavorare su dati contenuti in istanze di pyopencl.array.Array, una classe di array per calcoli con GPU che funziona come numpy. L'interfaccia di alto livello prende ispirazione da pyFFTW. Per i dettagli sull'interfaccia di alto livello vedere fft.py.

Questo pacchetto installa la libreria per Python 3.

Il pacchetto ltfatpy è un port parziale in Python del Large Time/Frequency Analysis Toolbox (LTFAT), una cassetta degli attrezzi per lavorare con sintesi e analisi tempo-frequenza in MATLAB®/Octave.

È pensato sia come strumento educativo che di calcolo.

Il pacchetto fornisce un gran numero di trasformazioni lineari incluse le trasformazioni di Gabor insieme alle routine per costruire finestre (prototipi di filtri) e routine per manipolare coefficienti.

Questo pacchetto fornisce i moduli per Python 3.

Compute all sorts of interesting points, areas, and volumes in triangular and tetrahedral meshes, with a focus on efficiency. Useful in many contexts, e.g., finite-element and finite-volume computations.

This package installs the library for Python 3.

When generating meshes for FEM/FVM computations, sometimes your geometry is so simple that you don't need a complex mesh generator (like pygmsh, MeshPy, mshr, pygalmesh, dmsh), but something simple and fast that makes use of the structure of the domain. Enter meshzoo.

Examples: Triangle, Rectangle, Regular polygon, Disk, Möbius strip, Sphere (surface), Ball (solid), Tube, Cube.

This package installs the module for Python 3.

La correlazione multiple-tau è calcolata su scala logaritmica (vengono calcolati meno punti dati) ed è perciò molto più veloce della correlazione convenzionale su scala lineare come "numpy.correlate".

Un riferimento online è disponibile su http://paulmueller.github.io/multipletau

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

Wrapper Python per FFTW, la veloce libreria FFT. Il fine ultimo è presentare un'interfaccia unitaria per tutte le possibili trasformazioni che FFTW può effettuare.

Sono gestite sia la DFT complessa che quella reale, così come assi arbitrari di array di forma e passo arbitrari, che la rendono quasi funzionalmente equivalente alle funzioni FFT standard e reali di numpy.fft (inoltre, gestisce il dtype clongdouble, mentre numpy.fft non lo fa).

pyFFTW ha una licenza BSD e non dovrebbe essere confuso con python-fftw, un modulo Python con licenza GPL che ha lo stesso intento di fornire collegamenti Python a FFTW3. Non deve nemmeno essere confuso con python3-gpyfft che fornisce collegamenti alla libreria OpenCL FFT clFFT.

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Python 3.

pygalmesh makes it easy to create high-quality 3D volume and surface meshes.

CGAL offers two different approaches for mesh generation:

• Meshes defined implicitly by level sets of functions.
• Meshes defined by a set of bounding planes.

pygalmesh provides a front-end to the first approach, which has the following advantages and disadvantages:

• All boundary points are guaranteed to be in the level set within any specified residual. This results in smooth curved surfaces.
• Sharp intersections of subdomains (e.g., in unions or differences of sets) need to be specified manually (via feature edges, see below), which can be tedious.

On the other hand, the bounding-plane approach (realized by mshr), has the following properties:

• Smooth, curved domains are approximated by a set of bounding planes, resulting in more of less visible edges.
• Intersections of domains can be computed automatically, so domain unions etc. have sharp edges where they belong.

pygalmesh and mshr are therefore complementary.

pygalmesh also interfaces CGAL's 3D periodic mesh generation.

This package installs the pygalmesh module for Python 3.

It also provides the utility scripts pygalmesh-from-inr and pygalmesh-volume-from-surface for generating volume meshes from INR or surface meshes.

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Python alla libreria NFFT, utile per effettuare trasformate di Fourier su dati campionati in maniera non uniforme con velocità efficiente. I collegamenti sono stati generati usando Cython ed astraggono la creazione ed esecuzione di piani NFFT usando classi.

Questo pacchetto fornisce la versione Python 3 dei collegamenti.

PyODE è un insieme di collegamenti Python open source per Open Dynamics Engine, un motore per fisica open source. PyODE include anche un analizzatore XODE.

Questo pacchetto fornisce PyODE per le versioni gestite di Python.

Quantities is designed to handle arithmetic and conversions of physical quantities, which have a magnitude, dimensionality specified by various units, and possibly an uncertainty. Quantities builds on the popular numpy library and is designed to work with numpy ufuncs, many of which are already supported.

Questa libreria calcola le trasformate di Fourier veloci in una o più dimensioni. È estremamente veloce. Questo pacchetto contiene le librerie linkate staticamente e i file header.

The Trilinos Project is an effort to develop algorithms and enabling technologies within an object-oriented software framework for the solution of large-scale, complex multi-physics engineering and scientific problems. A unique design feature of Trilinos is its focus on packages.

This package depends on all Trilinos development packages.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

This package contains the shared buildsystem of all OPM modules, the headers for input, parsing, and output of files in Eclipse format, a format widely used in the reservoir simulation community, and generic utilities used in other OPM modules.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-grid provides implementations of grids for reservoir simulation, corner point or more general pillar grids, following the DUNE grid interface: CpGrid, a parallel corner point grid, and PolyhedralGrid a more general serial grid implementation of an unstructured, legacy, grid.

A standard grid type in the petroleum industry, corner-point grids fills the domain with a relatively low number of cells while still providing sufficient flexibility to model faults, fractures and erosion. The grid format was originally designed with an eye towards geological modeling rather than numerical simulation, but is still suitable for e.g. low order finite volume discretizations.

This package provides the development files for the grid implementations, i.e. the headers and shared library links.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

This header-only library contains the generic code for calculating material properties used when simulating porous media flow. It includes utilities for calculating relative-permeability/capillary pressure laws, thermodynamic relations, flash solvers, empirical heat conduction laws, et cetera.It uses automatic differentiation for calculating the properties.

This package contains the development files (headers) needed.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-models is a header-only simulation framework which is primary focused on fully implicit models for flow and transport in porous media. It uses finite volume schemes for discretization and automatic differentiation for calculating the Jacobians. Its main objectives is to provide an easily usable, well maintainable, high performance framework which is capable of capturing all macro-scale scenarios relevant for academic research and industrial applications involving flow and transport processes in porous media.

This package provides the development files (headers) needed to build applications based on opm-models.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-simulators provides a research (ebos) and a production (flow) fully implicit black-oil simulators, supporting one to three phases and supporting solvent and polymer options. It uses cell centered finite volume schemes with two point flux approximation and automatic differentiation for the discretization and uses state of the art linear and nonlinear solvers. It supports standard and multi segment well models and reading and writing file in Eclipse format, a very common format used in the oil reservoir simulation community.

Package provides the development files (headers and shared library links).

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-upscaling provides tools for single phase and relative permeability upscaling. During upscaling effective parameters (like porosity, permeability, and capillary pressure) for a simulation on a coarser scale are computed from properties of a simulation on a fine scale.

Package provides the development files (headers and shared library links).

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

This package contains the Python wrappers for reading, parsing, and writing files in Eclipse format, a format widely used in the reservoir simulation community.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-simulators provides a research (ebos) and a production (flow) fully implicit black-oil simulators, supporting one to three phases and supporting solvent and polymer options. It uses cell centered finite volume schemes with two point flux approximation and automatic differentiation for the discretization and uses state of the art linear and nonlinear solvers. It supports standard and multi segment well models and reading and writing file in Eclipse format, a very common format used in the oil reservoir simulation community.

Package provides Python wrappers for the simulators.

Triangle is a library/program for meshing 2-D surfaces and manifolds.

This package contains its static library, headers, and shared library symbolic link, which are needed to compile programs using the triangle library.