Debian Science Physics packages

ABINIT er en pakke, hvis vigtigste program gør det muligt at finde den samlede energi, ladningstæthed og elektronisk struktur for systemer lavet af elektroner og kerner (molekyler og periodiske faste stoffer) inden for tæthedsfunktionalteori (DFT), via pseudopotentialer og planewave-basis.

ABINIT indeholder også muligheder for at optimere geometrien ifølge DFT-kræfter og -spændinger, eller til at udføre molekylære simuleringer ved hjælp af disse kræfter, eller til at generere dynamiske matricer, Born-effektive ladninger, og dielektriske tensorer. Opløftede tilstande kan beregnes inden den tidsafhængige tæthedsfunktionalteori (for molekyler), eller inden for Many-Body-perturbationsteorien (GW-tilnærmelsen). Ud over den vigtige ABINIT-kode, tilbydes forskellige redskabsprogrammer.

Denne pakke indeholder alle de programmer, der kræves for at udføre beregninger (pseudopotentialer er dog ikke indeholdt). For et sæt af pseudopotentialer installeres pakken abinit-data.

Axiom er anvendeligt til forskning og udvikling af matematiske algoritmer. Det definerer et med stærkt typede, matematisk korrekt typehierarki. Det har et programmeringssprog og en indbygget kompiler.

Axiom har været udviklet siden 1973 og blev solgt som et kommercielt produkt. Det er blevet frigivet som et frit program.

Der er indsats undervejs for udvidelse af programmet til (a) udvikle en bedre brugergrænseflade (b) gøre det anvendeligt som undervisningsværktøj (c) udvikle en algebraisk serverprotokol (d) integrere yderligere matematik (e) ombygge algebraen i en litterær programmeringsstil (f) integrere logisk programmering (g) udvikle en Axiom Journal med godkendte bidrag.

Denne pakke indeholder hovedprogrammets binære filer og alle præ- kompilerede algebra og moduler der automatisk kan indlæses.

Cadabra er et computeralgebrasystem designet specifikt til løsningen af problemer i feltteori. Programmet har en omfattende funktionalitet for forenkling af tensor-polynomier inklusive flerledssymmetrier, fermioner og antikommutative variabler, Cliffordalgebraer, Fierz-transformationer, implicit koordinatafhængighed, flere indekstyper og meget mere. Inddataformatet er en delmængde af TeX.

CP2K er et program til at udføre simuleringer af faststof-, fluid-, molekyl- samt biologiske systemer. Det er specielt rettet mod massivt parallelle og lineært skalerende elektronstrukturmetoder og simulationer med moderne ab-initio-molekylærdynamik (AIMD).

CP2K er optimeret til den blandede Gaussfunktions- og planbølgemetode (GPW) baseret på pseudopotentialer, men er også stand til at køre fuldelektron- eller rene planbølge-/Gaussfunktionsberegninger. Inkluderede funktioner:

Ab-initio elektronstrukturmetoder med QUICKSTEP-modulet:

• Energier og kræfter fra tæthedsfunktionalteori (DFT)
• Energier og kræfter fra Hartree-Fock (HF)
• Energier og kræfter fra andenordens perturbationsteori med Møller-Plesset (MP2)
• Energier med random phase approximation (RPA)
• Periodiske eller uperiodiske (gasfase) grænsebetingelser
• Basissæt omfatter flere standardtyper af Gaussorbitaler (GTO'er), pseudopotentialer med planbølger, »augmented« planbølger (APW) og en blandet Gaussmetode plus (»augmented«) planbølgemetode (GPW / GAPW)
• Normkonserverende, separable Goedecker-Teter-Hutter-pseudopotentialer (GTJH) og pseudopotentialer med ikke-lineære kernekorrektioner (NLCC), eller fuldelektronberegninger
• Lokaltæthedsapproksimationen (LDA) for XC inklusive SVWN3, SVWN5, PW92 og PADE
• Gradientkorrigerede (GGA) XC-funktionaler inklusive BLYP, BP86, PW91, PBE og HCTH120 såvel som meta-GGA-funktionalet TPSS
• Hybrid-XC-funktionaler med eksakt Hartree-Fockudveksling (HFX) inklusive B3LYP, PBE0 og MCY3
• Dobbelthybridfunktionaler inklusive B2PLYP og B2GPPLYP
• Yderligere XC-funktionaler med LibXC
• Dispersionskorrektioner via parpotentialmodellerne DFT-D2 og DFT-D3
• Ikke-lokale van der Waals-korrektioner for XC-funktionaler inklusive B88-vdW, PBE-vdW og B97X-D
• DFT+U-korrektion (Hubbard)
• Tæthedsfit for DFT via Blöchl eller tæthedsafledte atomare punktladninger (DDAPC) og HFX via »auxiliary density matrix methods« (ADMM) og for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
• Tynde (»sparse«) matrixrepræsentationer og prescreeningteknikker for lineært skalerende udregning af Kohn-Sham-matrixelementer (KS)
• Orbitaltransformation (OT) eller direkte inversion af det iterative underrum (DIIS) til selvkonsistent minimering (SCF)
• Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave-metode (LRIGPW)
• Energier med absolut lokaliseret molekylorbital-SCF (ALMO-SCF) til lineært skalerende molekylsystemer
• Exciterede tilstande via tidsafhængig tæthedsfunktionalperturbationsteori (TDDFPT)

Ab-initio-molekylærdynamik:

• Born-Oppenheimer-molekylærdynamik (BOMD)
• Ehrenfest-molekylærdynamik (EMD)
• PS-ekstrapolation af begyndelsesbølgefunktion
• Tidsreversibel altid stabil predictor-corrector-integrator (ASPC)
• Approksimativ Car-Parrinello-agtig Born-Oppenheimer-molekylærdynamik med Langevin (Andengenerations Car-Parrinello-molekylærdynamik (SGCP))

Blandede kvante-/klassiske simulationer (QM/MM):

• Multigrid-metoder til evaluering af Coulombvekselvirkninger mellem kvante- og klassiske dele
• Håndtering af periodiske grænsebetingelser ved hjælp af lineært skalerende elektrostatisk kobling
• Adaptiv QM/MM

Yderligere funktioner omfatter:

• Enkeltpunktsenergier, geometrioptimeringer og frekvensberegninger
• Adskillige algoritmer til nudged elastic band (NEB) til beregning af minimumenergivej (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
• Global optimering af geometrier.
• Solvation via Self-Consistent Continuum Solvation-modellen (SCCS)
• Semiempiriske beregninger med parametriseringerne AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL og PM6, tight-binding med tæthedsfunktionalteori (DFTB) og tight-binding med selfkonsistent polarisering (SCP-TB) med valgfri periodicitet
• Klassiske molekylærdynamiksimulationer (MD) i det mikrokanoniske ensemble (NVE) eller kanoniske ensemble (NVT) med Nose-Hoover og kanonisk sampling gennem termostater der omskalerer hastigheder (CSVR)
• Metadynamik inklusive veltempereret metadynamik til fri energi-beregninger
• Klassiske kraftfeltsimuleringer (MM)
• Monte Carlo-simuleringer med Kohn-Sham-DFT
• Statiske (f.eks. spektra) og dynamiske (f.eks. diffusion) egenskaber
• ATOM-koden til at generere pseudopotentialer
• Integreret optimering af molekylære basissæt

CP2K implementerer ikke konventionel Car-Parinello-molekylærdynamik (CPMD).

DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater, termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for enhedscellen.

Der produceres fire former for grafik:

• et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
• scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger i publikationskvalitet
• sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse via internettet
• en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.

De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.

European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) er et europæisk netværk dedikeret til at tilbyde understøttelse og tjenester for igangværende forskning i akademiske laboratorier, regeringslaboratorier og industrilaboratorier.

ETSF er opdelt i 7 områder, som hver tager sig af et specifikt videnskabeligt emne:

• Optik
• Spektroskopi for energitab
• Kvantetransport
• Spektroskopi for tid-løst
• Spektroskopi for foto-emission
• Vibrationel spektroskopi
• Røngenspektroskopi

For at tillade adoption af dets anbefalinger om standardisering foreslår ETSF forskellige biblioteker og værktøjer, som implementerer eller bruger disse specifikationer, samt bredt anvendelige programstumper.

ETSF_IO er et bibliotek for F90-rutiner til at læse/skrive ETSF-filformatet. Denne pakke indeholder brugerværktøjerne til at:

• kontroller overholdelse af filspecifikationerne
• udtræk data fra filer
• sammenføj flere filer fra parallelle kørsler, som angivet i specifikationerne

FeynMF er en LaTeX-pakke for hurtig tegning af Feynman-diagrammer i professionel kvalitet, illustrationer som afspejler de fundamentale interaktioner hos underatomare partikler. Diagrammerne kan oprettes med enten Metafont- eller MetaPost-programmerne. FeynMF opstiller de fleste diagrammer på tilfredsstillende måde fra grafstrukturen uden behov for manuel intervention. Men alle funktionerne i Metafont eller MetaPost er tilgængelig for de mere afvigende tilfælde.

Bemærk at du skal bruge pakken texlive-metapost for at kunne bruge den MetaPost-baserede version af FeynMF.

Fityk er et fleksibelt og portabelt program til ikkelineær tilpasning af analytiske funktioner (særligt spidsformede) af data (som regel eksperimentelle data). Med andre ord til ikkelineær spidsadskillelse og analyse.

Det blev udviklet til at analysere diffraktionsmønstre, men kan også anvendes på andre felter, da begreber og operationer som er specifikke for krystallografi er adskilt fra resten af programmet.

Fityk tilbyder forskellige ikkelineære tilpasningsmetoder, baggrundssubtraktion, datakalibrering, nem placering af spidser og ændring af spidsparametre, automatisering af rutineopgaver med skripter, og meget mere. Den største fordel i programmet er fleksibilitet - parametre fra spidser kan vilkårligt bindes til hinanden, dvs. bredden på en spids kan være en uafhængig variabel, kan være den samme som bredden på en anden spids eller kan være givet af en kompliceret - fælles for alle spidser - formel.

Libjs-sphinxdoc er nødvendig for Javascript-tingene i dokumentationen.

Gerris er et program til at løse partielle differentialligninger for væskestrømme.

Et kort referat af dets nuværende hovedfunktioner:

• Løser de tidsafhængige inkompressible Euler-, Stokes-

  eller Navier-Stokes-ligninger for variabel tæthed. * Adaptiv netfinhed: opløsningen tilpasses dynamisk

  strømmens egenskaber * Fuldautomatisk netgenerering for komplekse geometrier * Anden orden i rum og tid * Ubegrænset antal af passive advektions-/diffusionstracere * Fleksibel specifikation af yderligere kildetermer * Flytbar understøttelse af parallelitet med brug af MPI-biblioteket * Fluidvolumen-advektionsmetode (VOF) til grænsefladestrømme

Denne pakke har indbygget MPI-understøttelse.

Biblioteket hkl er en ramme til diffraktionsberegning og kontrol af diffraktometer, der anvendes i stor stil ved SOLEIL-synkrotonen. Den understøtter forskellige typer af diffraktometer-geometri: Eulersk 4- cirkel, Eulersk 6-cirkel, kappa 4-cirkel, kappa 6-cirkel og z-akse geometri. For hver af disse tilbyder den adskillige numerisk beregnede tilstande, såsom vinkelhalveringslinjen og konstant psi.

Denne pakke tilbyder en grafisk brugerflade oven på biblioteket hkl.

En tæthedsfunktionel teori (DFT) for Pythonkode baseret på projektor- forstærket bølgemetode (PAW) og atomare simuleringsmiljø (ASE). Den bruger real-space ensartede net- og flernetsmetoder, atom-centreret basis- funktioner eller plane-bølger.

Gwyddion er et modulopbygget program for skanning (Skanning Probe Mikroskopi, SPM), samt visualisering og analyse af data. Det er primært beregnet til analyse af højdefeltdata indhentet via mikroskopiteknikker som

• Atomar Force Mikroskopi (AFM),
• Magnetisk Force Mikroskopi (MFM),
• Skanning Tunneling Mikroskopi (STM),
• Nær-felt Skanning Optisk Mikroskopi (SNOM eller NSOM) og andet. Det kan dog bruges til vilkårlige højdefelter og til billedanalyse.

Denne pakke indeholder det primære program og dets moduler. Den indeholder også en GNOME (og Xfce) miniaturefremstiller som opretter forhåndsvisninger af alle kendte filtyper til Gwyddion.

Maxima er et fuldt ud symbolsk computerprogram. Det er fuldt udrustet til symbolsk manipulation af polynomier, matricer, rationelle funktioner, integration, Todd-coxeter-metoder til analyse af begrænsede grupper, at danne graf, foretage beregninger med flere præcise flydepunkter. Det kan fejlsøge maxima-kode på et symbolsk kildeniveau. Maxima er baseret på det oprindelige Macsyma, som blev udviklet ved MIT i 1970'erne. Det er ganske pålideligt, indeholder en god spilopsamler og ingen hukommelseslæk. Der medfølger hundreder af selvtest.

Denne pakke indeholder de primære eksekvérbare filer og de grundlæggende systemfiler.

MPQC er et ab-inito kvantum kemiprogram. Det er specielt designet til at beregne molekyler på en meget paralleliseret måde.

Programmet kan beregne energier og gradienter for de følgende metoder:

• Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
• Density Functional Theory (DFT)
• Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)

Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:

• Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12)
• Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
• Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)

Programmet inkluderer også et internt optimiseringsprogram for koordinatgeometri.

MPQC er bygget oven på Scientific Computing Toolkit (SC).

OpenCASCADE er en programpakke for 3D-overflade og fast modellering, visualisering, dataudveksling og hurtig programudvikling. Det er en glimrende platform for udvikling af numerisk simulationssoftware inklusive CAD/CAM/CAE, AEC og GIS samt PDM-programmer.

Denne pakke er baseret på OCE, OpenCASCADE Community Edition, som vedligeholdes af et udviklerfællesskab og ikke af OpenCASCADE SAS.

Denne pakke indeholder DRAW-testens håndtering.

OpenFOAM er det førende, frie program til at beregne væskedynamik (CFD), ejet af OpenFOAM Foundation og distribueret eksklusivt under General Public Licence (GPL).

Denne pakke indeholder de binære filer.

OpticalRayTracer er et program, der analyserer systemer af linser og spejle. Det bruger optiske principper og en virtuel optisk bænk til at forudsige opførelsen for mange slags ordinære og eksotiske linsetyper. OpticalRayTracer inkluderer en avanceret, en nem at anvende grænseflade, der giver brugeren mulighed for at ændre på den optiske konfiguration ved at trække linser omkring med musen.

OpticalRayTracer analyserer fuldt ud linsers optiske egenskaber, inklusive brydning og spredning. Spredningsvisningen bruger farvekodede lysstråler til at forenkle fortolkningen af resultaterne.

OpticalRayTracer gør det muligt at oprette spejle, flade og kurvede. I moderne optiske design, spejle giver ofte bedre resultater end linser, for eksempel i astronomiske instrumenter. Sådanne instrumenter kan udskæres i OpticalRays virtuelle arbejdsbænk.

PSI3 er et ab-initio quantum chemistry program. Det er specielt designet til præcist at beregne egenskaber for små til mellemstørrelse molekyler, med brug af højt korrelerede teknikker.

Programmet kan beregne energier og overgange for de følgende metoder:

• Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (RHF/ROHF) (inklusive analytiske hessianer for RHF)
• Closed shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
• Complete active space SCF (CASSCF)
• Coupled-cluster singles doubles (CCSD)
• Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T)) (kun for ubegrænsede (UHF) reference-wavefunktioner)

Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:

• Unrestricted open shell Hartree-Fock (UHF)
• Closed/open shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
• Closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12) and spin- component scaled MP2 theory (SCS-MP2)
• Multireference configuration-interaction (MRCI)
• Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T))
• Second/third-order approximate coupled-cluster singles doubles (CC2/CC3)
• Multireference coupled-cluster singles doubles (MRCCSD)
• Closed shell and general restricted open shell equation-of-motion coupled-cluster singles doubles (EOM-CCSD)

Yderligere funktioner inkluderer:

• Fleksibelt, modulært og tilpasningsparat inddataformat
• Spændte tilstandsberegninger med CC2/CC3-, EOM-CCSD-, CASSCF-, MRCI- og MRCCSD-metoderne
• Internal coordinate geometry optimizer
• Harmonic frequencies calculations
• One-electron properties like dipole/quadrupole moments, natural orbitals, electrostatic potential, hyperfine coupling constants or spin density
• Udnyttelse af molekylær point-group-symmetri for at øge effektivitet

PyFR er en Pythonbaseret ramme til at løse advektion-diffusion typeproblemer på strømarkitekturer via Flux Reconstruction-fremgangsmåden for Huynh. Rammen er designet til at løse en række styrende systemer på blandede ustrukturerede gitre indeholdende diverse elementtyper. Det er også designet til at målrette et interval af udstyrsplatforme via brug af et indbygget domænespecifikt sprog afledt fra Mako-skabelonmotoren.

Denne pakke tilbyder PyFR-programmet.

PyMca er et sæt af programmer og Pythonbiblioteker for analyse af røntgenfluorescens spektre.

Programmerne inkluderet i denne pakke er:

• edfviewer - vis og inspicer datafiler i ESRF-dataformatet
• elementsinfo - viser elementspecifikke røntgendata
• mca2edf - konverterer filer fra SPEC MCA-formatet til EDF
• peakidentifier - Viser røntgenfluorescens toppe i et givent energiinterval
• pymcabatch - jobtilpasning af spektra
• pymcapostbatch - efterbehandling af jobtilpasningsresultater
• pymca - interaktiv dataanalyse
• pymcaroitool - billedværktøj til Region-of-interest (ROI)

PyMca-værktøjssættet kan læse datafiler i formaterne SPEC, ESRF-datafil (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA og SupaVisio.

Dette er skripterne for pakken.

DEAP er en ny evolutionær beregningsramme for hurtig prototyping og afprøvning af ideer. Den søger at gøre algoritmer eksplicitte og datastrukturer gennemsigtige. Den fungerer i perfekt harmoni med paralleliseringmekanismer, som f.eks multiprocessing og SCOOP.

Denne pakke indeholder modulerne for Python 3.

SymPy er et Pythonbibliotek for symbolsk matematik (manipulering). Det forsøger at blive et computeralgebrasystem (CAS) med alle funktioner og samtidig holde koden så simpel som muligt for at være forståelig og nem at udvide. SymPy er skrevet helt i Python og kræver ikke nogle eksterne biblioteker, undtagen valgfrit for understøttelse af plot.

Denne pakke indeholder Python 3-versionen af sympy.

Quantum ESPRESSO (tidligere kendt som PWscf) er en integreret programpakke med computerkoder til elektronstrukturberegninger og materialemodellering på nanoskala. Den er baseret på tæthedsfunktionalteori med planbølger og pseudopotentialer (både normkonserverende, ultrasoft og PAW).

Funktionalitet:

• Grundtilstands- og båndstrukturberegning ved hjælp af planbølger med selvkonsistent totalenergi, kræfter og mekanisk spænding
• Separable normkonserverende samt Vanderbilt-pseudopotentialer (ultrasoft) og PAW-metoden (projector augmented wave method)
• Diverse funktionaler for elektronkorrelation og -udveksling fra LDA til den generaliserede gradientapproksimation (PW91, PBE, B88-P86, BLYP), meta-GGA, eksakt udveksling (HF) og hybridfunktionaler (PBE0, B3LYP, HSE)
• Car-Parrinello- og Born-Oppenheimer-molekylærdynamik
• Strukturoptimering inklusive overgangstilstande og minimumsenergikurver
• Spin-bane-kobling og ikke-kolineær magnetisme
• Responsegenskaber inklusive fononfrekvenser og -egenvektorer, effektive ladninger og dielektriske tensorer, infrarøde og Raman- spredningstværsnit samt kemiske skift med EPR og NMR.
• Spektroskopiske egenskaber såsom K- og L1-edge røntgenabsorptionsspektra (XAS) og elektronexcitationer

Debian-Electronics er nu en separat Debian Pure Blend og den tillader finjusteret kontrol over emner at installere. For at gøre overgangen nemmere vil denne pakke installere alle brugerrelaterede opgaver fra Debian-Electronics.

Denne metapakke vil installere Debian Science-pakker nyttige til numerisk beregning. Pakkerne tilbyder en tabelorienteret beregning og et visualiseringssystem til videnskabelig beregning og dataanalyse. Disse pakker svarer til kommercielle systemer såsom Matlab og IDL.

Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:

• Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik, multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
• Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter, faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
• Systemer til glidende tilstand
• Biologi (genregulerende netværk) Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.

Denne pakke indeholder værktøjet »siconos«, der gør det muligt at kompilere og afvikle Siconos-programmer/skripter via en enkelt kommando.

Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:

• Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik, multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
• Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter, faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
• Systemer til glidende tilstand
• Biologi (genregulerende netværk) Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.

Denne pakke indeholder værktøjer til kørsel, analyse, manipulering, eksport og visning af resultatet af mekaniske simuleringer.

Toulbar2 er et præcist diskret optimeringsværktøj for grafiske modeller såsom Cost Function Networks, Markov Random Fields, Weighted Constraint Satisfaction Problems og Bayesian Nets.

V_Sim visualiserer atomare strukturer såsom krystaller, korngrænser, molekyler og så videre (enten i et binært format eller i klartekst).

Optegningen udføres i pseudo-3D med sfærer (atomer) eller pile (»spins«). Brugeren kan interagere via mange funktioner for at vælge visningen, angive bindingerne, tegne klipniveauer, beregne overflader fra skalafelter, duplikere noder, måle geometri ... Derudover gør V_Sim det muligt at eksportere visningen som billeder i PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) og andre formater. Nogle værktøjer er også tilgængelige til at farvelægge atomer fra dataværdier eller til at animere - på skærmen - mange positionsfiler.

Surface Evolver er et interaktivt program for modelopbygning af væskeoverflader formet af forskellige energier og begrænsninger.

Denne pakke indeholder evolver-varianter bygget med forskellige kommatalsformater (dobbelt, lang dobbelt, firdobbelt) men uden X-understøttelse.

Surface Evolver er et interaktivt program for modelopbygning af væskeoverflader formet af forskellige energier og begrænsninger.

Denne pakke tilbyder evolvervarianter bygget med forskellige kommatalsformater (dobbelt, lang dobbelt, firdobbelt) og med en OpenGL/GLUT-visning.

OpenCTM - Open Compressed Triangle Mesh-filformatet - er et filformat, et programbibliotek og et værktøjssæt for komprimering af 3D-trekantsmesher. Geometrien er komprimeret til en fraktion af sammenlignelige filformater, og formater kan nemt tilgås via en simpel, flytbar API.

Denne pakke indeholder programmerne ctmconv og ctmview, brugt til at konvertere og se OpenCTM-filer.

Denne metapakke vil installere Debians videnskabelige pakker relateret til matematik. Du vil måske også være interesseret i field::mathematics debtag og, afhængig af dit fokusområde, i education-mathematics-metapakken.

Denne metapakke er en del af Debians Pure Blend »Debian Science« og installerer pakker relateret til statistik. Denne opgave er en generel opgave, som kan være nyttig for videnskabelig arbejde. Den afhænger af en masse R-pakker samt andre værktøjer, som er nyttige til at udføre statistik. Derudover foreslås Videnskabelig matematik-opgaven som valgfri installation af alle matematikrelaterede programmer.

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This metapackage provides almost all of the programs and libraries contained in CERNLIB. Most people will likely want only a subset of these. A few extra CERNLIB programs, not of interest to many people, may be obtained via the cernlib-extras metapackage.

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

GEANT is a framework for simulating the passage of subatomic particles through matter, for instance, particle detectors. For maximum flexibility, GEANT simulations are performed by linking FORTRAN code supplied by the user with the GEANT library, then running the resulting executable.

This package includes gxint, a script that makes this linking step more convenient.

Geant4 is a toolkit for the simulation of the passage of particles through matter. Its areas of application include high energy, nuclear and accelerator physics, as well as studies in medical and space science.

This is a metapackage depending on all libraries.

A collection of programs for images that are generated during a Particle Image Velocimetry (PIV) experiment. This is a technique to obtain the velocity field of a fluid flow quantitatively and is performed by tracking tracer particles that have been seeded to a fluid. The technique is also applied for observing deformations at surfaces of (solid) bodies. The package contains:

an image processing program for typical filtering and manipulation routines that may be convenient for PIV.

an image interrogation program resulting into estimators of particle image displacements.

validation programs to test on outliers, peak-locking effect and velocity gradients.

post-processing programs for data manipulation (flipping, rotation etc), spatial and time scaling, calculation of spatial averages and derivative quantities from the PIV data, like vorticity and strain.

miscellaneous programs and scripts to perform image format conversion, batch-processing, pipeline processing (image evaluation, validation and post-processing at once), calculation of time averages from a series of PIV data sets, data-visualization and data-manipulation.

All programs start with gpiv_.

This package contains all files used by gpivtools and gpivtools-mpi, like the man pages.

The ROOT system provides a set of OO frameworks with all the functionality needed to handle and analyze large amounts of data efficiently.

This package contains development files of the mlp plug-in for ROOT, provides a Multi Layer Perceptron Neural Network package for ROOT.

The ROOT system provides a set of OO frameworks with all the functionality needed to handle and analyze large amounts of data efficiently.

This package contains development files of the Vmc library for ROOT.

The ROOT system provides a set of OO frameworks with all the functionality needed to handle and analyze large amounts of data efficiently.

The Toolkit for Multivariate Analysis (TMVA) provides a ROOT-integrated environment for the parallel processing and evaluation of MVA techniques to discriminate signal from background samples. It presently includes (ranked by complexity):

• Rectangular cut optimisation
• Correlated likelihood estimator (PDE approach)
• Multi-dimensional likelihood estimator (PDE - range-search approach)
• Fisher (and Mahalanobis) discriminant
• H-Matrix (chi-squared) estimator
• Artificial Neural Network (two different implementations)
• Boosted Decision Trees

The TMVA package includes an implementation for each of these discrimination techniques, their training and testing (performance evaluation). In addition all these methods can be tested in parallel, and hence their performance on a particular data set may easily be compared.

This package provides development files of TMVA package for ROOT.

OpenMX (Open source package for Material eXplorer) is a program package for nano-scale material simulations based on density functional theories (DFT), norm-conserving pseudopotentials and pseudo-atomic localized basis functions. Since the code is designed for the realization of large-scale ab initio calculations on parallel computers, it is anticipated that OpenMX can be a useful and powerful tool for nano-scale material sciences in a wide variety of systems such as biomaterials, carbon nanotubes, magnetic materials, and nanoscale conductors.

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

PAW is an interactive program providing interactive graphical presentation and statistical and mathematical analysis tools. It is designed to work on objects familiar to physicists such as histograms, event files (Ntuples), vectors, etc.

The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit architectures in order to function properly, as its design is not very 64-bit clean.

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes Paw++, an interactive program for use in analysis and graphical presentation. Paw++ is the same program as PAW (in the "paw" package), but with a more user-friendly Motif-based GUI, compiled against Lesstif in Debian.

The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit architectures in order to function properly, as its design is not very 64-bit clean.

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes example scripts for use by PAW or Paw++, and test scripts to make sure that the PAW or Paw++ programs behave correctly. You may run the examples and tests with the included paw-demos program.

The ROOT system provides a set of OO frameworks with all the functionality needed to handle and analyze large amounts of data efficiently.

With the data defined as a set of objects, specialized storage methods can give direct access to the separate attributes of the selected objects, without having to touch the bulk of the data. Included are histogramming methods in 1, 2 and 3 dimensions, curve fitting, function evaluation, minimization, graphics and visualization classes to allow the easy creation of an analysis system that can query and process the data interactively or in batch mode.

The command language, the scripting (or macro) language, and the programming language are all C++, thanks to the built-in CINT C++ interpreter. This interpreter removes the time consuming compile/link cycle, allowing for fast prototyping of the macros, and providing a good environment to learn C++. If more performance is needed, the interactively developed macros can be compiled using a C++ compiler.

The system has been designed in such a way that it can query its databases in parallel on MPP machines or on clusters of workstations or high-end PCs. ROOT is an open system that can be dynamically extended by linking external libraries. This makes ROOT a premier platform on which to build data acquisition, simulation and data analysis systems.

This package is a metapackage to ensure the installation of all possible ROOT packages on a system.

Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that makes all VTK classes accessible from within Octave using the same object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.

BLZPACK (for Block LancZos PACKage, release 04/00) is a standard Fortran 77 implementation of the block Lanczos algorithm intended for the solution of the standard eigenvalue problem Ax=µx or the generalized eigenvalue problem Ax=µBx, where A and B are real, sparse symmetric matrices, µ an eigenvalue and x an eigenvector.

The development of this eigensolver was motivated by the need to solve large, sparse, generalized problems from free vibration analyses in structural engineering. Several upgrades were performed afterwards aiming at the solution of eigenvalues problems from a wider range of applications.

Documentation: user's guide, technical report and comprehensive bibliography.

Install this package if you need to compile or link against BLZPACK.

The CLHEP package is a set of High Energy Physics specific foundation and utility classes such as random generators, physics vectors, geometry and linear algebra.

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

ESPResSo is a highly versatile software package for the scientific simulation and analysis of coarse-grained atomistic or bead-spring models as they are used in soft matter research, with emphasis on charged systems.

JFreeMesh is a 3D mesh library written in Java and providing a high level API for mesh manipulation. JFreeMesh is based on a descending mesh data structure but simulate a full connectivity mesh by providing optimized method to access to any upper mesh element by using the global mesh methods. Therefore,

 JFreeMesh allows to load a large amount of mesh elements for a small memory
foot print. JFreeMesh comes with a default mesh loader based on the GMSH file

format and provides, through the JFreeMesh-VTK package, an exporter to VTK.

JSPIS stands for Spacecraft Plasma Interaction System. SPIS project aims at developing a software toolkit for spacecraft-plasma interactions modelling.