Debian Science Simulations packages

CalculiX è un'applicazione libera e open source per l'analisi di elementi finiti che usa un formato di input simile ad Abaqus. Ha un risolutore implicito ed esplicito e un pre- e post-elaboratore (CGX). Questo pacchetto contiene il risolutore CalculiX CrunchiX (cxx).

CalculiX GraphiX (cgx) è un pre- e post-elaboratore tridimensionale per elementi finiti. I modelli agli elementi finiti di CalculiX CrunchiX possono essere costruiti, calcolati e post-elaborati. Il pre- e post-elaboratore è uno strumento 3D interattivo che usa l'API di OpenGL.

Oltre ai file di risultati di Calculix CrunchiX (frd), possono essere letti i risultati da OpenFoam, Duns (2D e 3D), Isaac (2D e 3D) e Nastran (f06). Per pre-elaborare il formato nativo di Netgen, STEP e STL possono essere importati.

ESyS-Particle is Open Source software for particle-based numerical modelling. The software implements the Discrete Element Method (DEM), a widely used technique for modelling processes involving large deformations, granular flow and/or fragmentation. ESyS-Particle is designed for execution on parallel supercomputers, clusters or multi-core PCs running a Linux-based operating system. The C++ simulation engine implements spatial domain decomposition via the Message Passing Interface (MPI). A Python wrapper API provides flexibility in the design of numerical models, specification of modelling parameters and contact logic, and analysis of simulation data. ESyS-Particle has been utilised to simulate earthquake nucleation, comminution in shear cells, silo flow, rock fragmentation, and fault gouge evolution, to name but a few applications.

Gazebo è un simulatore multi-robot per ambienti all'aria aperta. Come Stage (parte del progetto Player) è in grado di simulare una popolazione di robot, sensori e oggetti, ma lo fa in un mondo tridimensionale. Genera sia un ritorno realistico dei sensori sia interazioni fisicamente plausibili tra gli oggetti (include una simulazione accurata della fisica dei corpi rigidi).

Questo pacchetto contiene i binari principali dell'applicazione.

GetDP è un risolutore generico di elementi finiti che usa elementi misti per discretizzare complessi di tipo de Rham in una, due e tre dimensioni.

La funzionalità principale di GetDP è la vicinanza tra i dati di input che definiscono problemi discreti (scritti dall'utente in file di dati ASCII) e le espressioni matematiche simboliche di tali problemi.

Consultare il manuale di riferimento di GetDP per una panoramica più completa delle funzionalità di GetDP: http://www.geuz.org/getdp .

LAMMPS è il classico codice per dinamica molecolare e un acronimo per Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (simulatore atomico/molecolare su grande scala massicciamente parallelo).

LAMMPS ha i potenziali per materiali flessibili (biomolecole, polimeri) e materiali a stato solido (metalli, semiconduttori) e sistemi mesoscopici o a grana grossa. Può essere usato per modellare atomi o, più genericamente, come simulatore parallelo di particelle a scala atomica, meso o continua.

LAMMPS funziona su processori singoli o in parallelo usando tecniche di passaggio di messaggi e decomposizione spaziale del dominio di simulazione. Il codice è progettato per essere facile da modificare o estendere con nuove funzionalità.

Ceres Solver è una libreria C++ open source per modellare e risolvere problemi di ottimizzazione grandi e complicati. È una libreria ricca di funzionalità, matura e performante che è stata usata in produzione da Google fino dal 2010.

Ceres Solver può risolvere due tipi di problemi:

• problemi dei minimi quadrati non lineari con vincoli dei limiti;
• problemi generali di ottimizzazione senza vincoli.

Questo pacchetto contiene i file header di sviluppo.

DART è una libreria collaborativa, multipiattaforma e open source creata da Georgia Tech Graphics Lab e Humanoid Robotics Lab. La libreria fornisce algoritmi e strutture dati per applicazioni di dinamica e cinematica nella robotica e nell'animazione al computer. DART si distingue per la sua accuratezza e stabilità grazie all'uso di coordinate generalizzate per rappresentare sistemi di corpi rigidi articolati e per calcolare equazioni di Lagrange derivate dal principio di D'Alembert per descrivere le dinamiche del moto. A differenza di molti popolari motori di fisica che vedono il simulatore come una scatola nera, DART fornisce agli sviluppatori un accesso completo alle quantità dinamiche e cinematiche interne, come matrice di massa, forze centrifughe e di Coriolis, matrici di trasformazione e loro derivate. DART fornisce anche un calcolo efficiente di matrici jacobiane per frame di coordinate e punti del corpo arbitrari. Il contatto e la collisione vengono gestiti utilizzando un LCP (linear-complementarity problem) implicito basato su velocità e passi temporali per garantire la non compenetrazione, attrito in base alla direzione e condizioni approssimate del cono di attrito di Coulomb. Per il rilevamento delle collisioni, DART usa FCL sviluppata da Willow Garage e UNC Gamma Lab. DART ha applicazioni in robotica ed animazione al computer in quanto fornisce un simulatore di dinamica multicorpo e strumenti per la pianificazione del controllo e del moto. In DART la simulazione della dinamica multicorpo è un'estensione di RTQL8, un software open source creato dal Georgia Tech Graphics Lab.

Questo pacchetto contiene gli header principali e altri strumenti per lo sviluppo.

The KIM API is an Application Programming Interface for atomistic simulations. The API provides a standard for exchanging information between atomistic simulation codes (molecular dynamics, molecular statics, lattice dynamics, Monte Carlo, etc.) and interatomic models (potentials or force fields). It also includes a set of library routines for using the API with bindings for:

FORTRAN 77, Fortran 90/95, Fortran 2003 C, C++

Atomistic simulation codes that support the KIM API work seamlessly with the KIM-compliant interatomic models (KIM Models) distributed on this website. The interface is computationally efficient and often requires relatively minor changes to existing codes.

This package contains models and model-drivers for KIM-API

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

The Eclipse file format is widely used in the reservoir simulation community. This package provides utility programs to process files in this format, like for comparing two files, converting between binary version and formatted text file format, etc.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-grid provides implementations of grids for reservoir simulation, corner point or more general pillar grids, following the DUNE grid interface: CpGrid, a parallel corner point grid, and PolyhedralGrid a more general serial grid implementation of an unstructured, legacy, grid.

A standard grid type in the petroleum industry, corner-point grids fills the domain with a relatively low number of cells while still providing sufficient flexibility to model faults, fractures and erosion. The grid format was originally designed with an eye towards geological modeling rather than numerical simulation, but is still suitable for e.g. low order finite volume discretizations.

This package provides programs to mirror corner point grids specified in Eclipse file format and convert the corner point grid representation of an Eclipse together with permeability/porosity to file suitable for visualization with Paraview.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-simulators provides a research (ebos) and a production (flow) fully implicit black-oil simulators, supporting one to three phases and supporting solvent and polymer options. It uses cell centered finite volume schemes with two point flux approximation and automatic differentiation for the discretization and uses state of the art linear and nonlinear solvers. It supports standard and multi segment well models and reading and writing file in Eclipse format, a defacto industry standard in the oil reservoir simulation community.

Package provides the simulation programs.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-upscaling provides tools for single phase and relative permeability upscaling. During upscaling effective parameters (like porosity, permeability, and capillary pressure) for a simulation on a coarser scale are computed from properties of a simulation on a fine scale.

Package provides the upscaling applications.

LIGGGHTS stands for LAMMPS improved for general granular and granular heat transfer simulations.

LAMMPS is a classical molecular dynamics simulator. It is widely used in the field of Molecular Dynamics. Thanks to physical and algorithmic analogies, LAMMPS is a very good platform for DEM simulations. LAMMPS offers a GRANULAR package to perform these kind of simulations. LIGGGHTS aims to improve those capability with the goal to apply it to industrial applications. Development version.

mbpoll usa libmodbus (http://libmodbus.org/). Sebbene la sintassi di tali opzioni sia molto vicina, modpoll è un progetto completamente indipendente dal programma proconX.

mbpoll può:

• leggere input discreti;
• leggere e scrivere output binari (coil);
• leggere registri di input;
• leggere e scrivere registri di output (holding register).

La lettura e la scrittura dei registri può essere in decimale, esadecimale * virgola mobile a precisione singola.

MUSIC consente la comunicazione di eventi di spike e serie temporali continue tra applicazioni parallele all'interno dello stesso lavoro MPI in un computer su cluster. Tipici casi d'uso consistono nel connettere modelli sviluppati per diversi simulatori e nel connettere un simulatore parallelo ad uno strumento di post-elaborazione.

Questo pacchetto contiene l'utilità per avviare MUSIC.

NEURON è un ambiente di simulazione per modellare neuroni individuali e reti di neuroni. Fornisce strumenti comodi per costruire, gestire e usare modelli in un modo che è numericamente solido e computazionalmente efficiente. È particolarmente bene adatto ai problemi che sono strettamente collegati a dati sperimentali, specialmente quelli che coinvolgono celle con proprietà biofisiche e anatomiche complesse.

NEURON offre

• "sintassi naturale", che permette di specificare proprietà del modello in idiomi familiari;
• discretizzazione efficiente e indolore, spaziale e temporale;
• svariati metodi numerici di integrazione differenti, selezionabili dall'utente;
• interfaccia utente comoda (interpreti + GUI);
• libreria di meccanismi biofisici ampliabile dall'utente.

Open CASCADE Technology è una suite per la modellazione di solidi e superfici 3D, la visualizzazione, lo scambio di dati e lo sviluppo rapido di applicazioni. È un'eccellente piattaforma per lo sviluppo di software per la simulazione numerica inclusi CAD/CAM/CAE, AEC e GIS, come anche di applicazioni PDM.

Draw è un interprete di comandi basato su Tcl e un sistema grafico utilizzato per testare e dimostrare le librerie di modellazione di Open CASCADE Technology.

Open CASCADE Technology è una suite per la modellazione di solidi e superfici 3D, la visualizzazione, lo scambio di dati e lo sviluppo rapido di applicazioni. È un'eccellente piattaforma per lo sviluppo di software per la simulazione numerica inclusi CAD/CAM/CAE, AEC e GIS, come anche di applicazioni PDM.

Questo pacchetto contiene i file di risorsa.

OpenFOAM è il software CFD (dinamica dei fluidi al computer) libero e open source sviluppato principalmente da OpenCFD Ltd. a partire dal 2004. Ha una vasta base di utenti provenienti dalla maggior parte delle aree di ingegneria e scienze, da organizzazioni sia commerciali sia accademiche. OpenFOAM ha una gamma esaustiva di funzionalità per risolvere tutto, da flussi di fluidi complessi che comportano reazioni chimiche, turbolenza e trasferimento di calore ad acustica, meccanica dei solidi ed elettromagnetismo.

Questo pacchetto contiene i binari.

È implementato in Python e le parti critiche per le prestazioni sono implementate in Cython.

PySPH è implementata in modo tale da permettere all'utente di specificare l'intera simulazione SPH in puro Python. A partire da questo codice Python ad alto livello viene generato il codice ad alte prestazioni, compilato al volo ed eseguito. PySPH permette anche il parallelismo automatico opzionale che usa mpi4py e Zoltan.

Il pacchetto contiene il visualizzatore per PySPH.

DEAP (Distributed Evolutionary Algorithms in Python) è un'infrastruttura innovativa di calcolo evolutivo per prototipizzare e testare velocemente idee. Mira a rendere espliciti gli algoritmi e trasparenti le strutture dati. Funziona in perfetta armonia con meccanismi di parallelizzazione come il multiprocessing e SCOOP.

Questo pacchetto contiene i moduli per Python3.

Escript is a programming tool for implementing mathematical models in Python using the finite element method (FEM). Because users do not access the data structures it is very easy to use and scripts can run on desktop computers as well as highly parallel supercomputer without changes. Application areas for escript include earth mantle convection, geophysical inversion, earthquakes, porous media flow, reactive transport, plate subduction, erosion, and tsunamis.

Scripts can be executed in parallel (on varying numbers of threads or nodes) without any special modifications.

Escript now includes the esys.downunder module for 3D inversion of geophysical data sets. The current version supports gravity, magnetic and joint inversion.

This package contains the commands and libraries for Python3 with both OpenMP threading and MPI multiprocess support.

È implementato in Python e le parti critiche per le prestazioni sono implementate in Cython.

PySPH è implementata in modo tale da permettere all'utente di specificare l'intera simulazione SPH in puro Python. A partire da questo codice Python ad alto livello viene generato il codice ad alte prestazioni, compilato al volo ed eseguito. PySPH permette anche il parallelismo automatico opzionale che usa mpi4py e Zoltan.

QuTiP is open-source software for simulating the dynamics of open quantum systems. The QuTiP library depends on the excellent Numpy, Scipy, and Cython numerical packages. In addition, graphical output is provided by Matplotlib. QuTiP aims to provide user-friendly and efficient numerical simulations of a wide variety of Hamiltonians, including those with arbitrary time-dependence, commonly found in a wide range of physics applications such as quantum optics, trapped ions, superconducting circuits, and quantum nanomechanical resonators.

This package installs the library for Python 3.

SfePy (Simple Finite Elements in Python) è un software per risolvere sistemi di equazioni differenziali alle derivate parziali (PDE) accoppiate, tramite il metodo degli elementi finiti in 1D, 2D e 3D. Può essere visto sia come una scatola nera che risolve PDE, sia come pacchetto Python che può essere usato per costruire applicazioni personalizzate. La parola "semplice" significa che problemi FEM complessi possono essere codificati molto facilmente e rapidamente.

Siconos è un software scientifico open-source indirizzato principalmente alla modellazione e alla simulazione in C++ e Python di sistemi dinamici non-smooth:

• sistemi meccanici (rigidi o solidi) con contatto unilaterale e collisione e attrito di Coulomb (meccanica non-smooth, dinamica del contatto, dinamica dei sistemi a molti corpi o materiali granulari);
• circuiti elettrici con interruttori come circuiti elettrici con componenti lineari a tratti e ideali: convertitori di potenza, raddrizzatori, PLL (Phase-Locked Loop) o convertitori analogico-digitale;
• sistemi di controllo sliding mode;
• biologia (reti di regolazione genetica). Altre applicazioni si trovano in sistemi e controllo (sistemi ibridi, inclusioni differenziali, controllo ottimo con vincoli di stato), ottimizzazione (sistemi di complementarità e disuguaglianze variazionali), meccanica dei fluidi e computer grafica.

Questo pacchetto contiene lo strumento "siconos" che permette di compilare ed eseguire in un singolo comando programmi/script di Siconos.

Siconos è un software scientifico open-source indirizzato principalmente alla modellazione e alla simulazione in C++ e Python di sistemi dinamici non-smooth:

• sistemi meccanici (rigidi o solidi) con contatto unilaterale e collisione e attrito di Coulomb (meccanica non-smooth, dinamica del contatto, dinamica dei sistemi a molti corpi o materiali granulari);
• circuiti elettrici con interruttori come circuiti elettrici con componenti lineari a tratti e ideali: convertitori di potenza, raddrizzatori, PLL (Phase-Locked Loop) o convertitori analogico-digitale;
• sistemi di controllo sliding mode;
• biologia (reti di regolazione genetica). Altre applicazioni si trovano in sistemi e controllo (sistemi ibridi, inclusioni differenziali, controllo ottimo con vincoli di stato), ottimizzazione (sistemi di complementarità e disuguaglianze variazionali), meccanica dei fluidi e computer grafica.

Questo pacchetto contiene strumenti che permettono di eseguire, analizzare, manipolare, esportare e visualizzare l'output di simulazioni meccaniche.

SUMO (Simulation of Urban MObility) è un pacchetto di simulazione del traffico stradale microscopico, open source e altamente portabile, progettato per gestire grosse reti stradali. Binario principale.

TkGate è un editor e simulatore di circuiti digitali con un'interfaccia basata su Tcl/Tk. TkGate include un vasto numero di dispositivi incorporati, incluse porte logiche di base, memorie, tty e moduli per progettazione gerarchica. Il simulatore può essere controllato in modo interattivo o attraverso uno script di simulazione. Il contenuto della memoria può essere caricato da file ed è incluso un compilatore di microcodice/macrocodice (gmac) per creare file di memoria di tkgate a partire da una descrizione di alto livello. Il simulatore gestisce la simulazione continua, la simulazione passo-passo (con orologio o epoca) e punti di interruzione. I file salvati sono in formato simile a Verilog.

TkGate include anche svariati tutorial e circuiti di esempio che possono essere caricati attraverso il menu "Help". Gli esempi vanno da un semplice sommatore a 3 bit a livello di porte logiche fino ad una CPU a 16 bit programmata per giocare al gioco "Animals".

TkGate ha un'interfaccia multilingua con gestione di inglese, giapponese, francese e spagnolo.

Yet Another Dynamic Engine, ennesimo motore dinamico.

Infrastruttura open source estensibile per modellazione numerica discreta, focalizzata sul metodo degli elementi discreti. Le parti di calcolo sono scritte in C++ usando un modello ad oggetti flessibile, permettendo l'implementazione indipendente di nuovi algoritmi e interfacce. Python viene usato per costruzione rapida e concisa di scene, controllo della simulazione, postelaborazione e debug.

Questo pacchetto contiene la compilazione di yade ottimizzata per la velocità.

CalculiX è un'applicazione libera e open source per l'analisi di elementi finiti che usa un formato di input simile ad Abaqus. Ha un risolutore implicito ed esplicito e un pre- e post-elaboratore (CGX).

Questo pacchetto contiene file d'esempio per CalculiX CrunchiX.

CalculiX GraphiX (cgx) è un pre- e post-elaboratore tridimensionale per elementi finiti. I modelli agli elementi finiti di CalculiX CrunchiX possono essere costruiti, calcolati e post-elaborati. Il pre- e post-elaboratore è uno strumento 3D interattivo che usa l'API di OpenGL.

Oltre ai file di risultati di Calculix CrunchiX (frd), possono essere letti i risultati da OpenFoam, Duns (2D e 3D), Isaac (2D e 3D) e Nastran (f06). Per pre-elaborare il formato nativo di Netgen, STEP e STL possono essere importati.

Questo pacchetto contiene gli esempi.

Ceres Solver è una libreria C++ open source per modellare e risolvere problemi di ottimizzazione grandi e complicati. È una libreria ricca di funzionalità, matura e performante che è stata usata in produzione da Google fino dal 2010.

Ceres Solver può risolvere due tipi di problemi:

• problemi dei minimi quadrati non lineari con vincoli dei limiti;
• problemi generali di ottimizzazione senza vincoli.

Questo pacchetto contiene la documentazione che si trovava all'indirizzo http://ceres-solver.org/ e gli esempi che erano inclusi con il rilascio.

OpenSurgSim è un toolkit in C++ per sviluppare simulazioni chirurgiche in tempo reale. Permette di creare simulatori utilizzando i blocchi costruttivi inclusi, come gestione dei dispositivi di input, risposta al tatto, grafica, rilevamento delle collisioni e simulazione della fisica.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare proprie applicazioni OpenSurgSim.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

This package contains the shared buildsystem of all OPM modules, the headers for input, parsing, and output of files in Eclipse format, a format widely used in the reservoir simulation community, and generic utilities used in other OPM modules.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-grid provides implementations of grids for reservoir simulation, corner point or more general pillar grids, following the DUNE grid interface: CpGrid, a parallel corner point grid, and PolyhedralGrid a more general serial grid implementation of an unstructured, legacy, grid.

A standard grid type in the petroleum industry, corner-point grids fills the domain with a relatively low number of cells while still providing sufficient flexibility to model faults, fractures and erosion. The grid format was originally designed with an eye towards geological modeling rather than numerical simulation, but is still suitable for e.g. low order finite volume discretizations.

This package provides the development files for the grid implementations, i.e. the headers and shared library links.

Questo è un pacchetto di transizione. Può essere rimosso senza problemi.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-simulators provides a research (ebos) and a production (flow) fully implicit black-oil simulators, supporting one to three phases and supporting solvent and polymer options. It uses cell centered finite volume schemes with two point flux approximation and automatic differentiation for the discretization and uses state of the art linear and nonlinear solvers. It supports standard and multi segment well models and reading and writing file in Eclipse format, a very common format used in the oil reservoir simulation community.

Package provides the development files (headers and shared library links).

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-upscaling provides tools for single phase and relative permeability upscaling. During upscaling effective parameters (like porosity, permeability, and capillary pressure) for a simulation on a coarser scale are computed from properties of a simulation on a fine scale.

Package provides the development files (headers and shared library links).

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

This package contains the Python wrappers for reading, parsing, and writing files in Eclipse format, a format widely used in the reservoir simulation community.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-simulators provides a research (ebos) and a production (flow) fully implicit black-oil simulators, supporting one to three phases and supporting solvent and polymer options. It uses cell centered finite volume schemes with two point flux approximation and automatic differentiation for the discretization and uses state of the art linear and nonlinear solvers. It supports standard and multi segment well models and reading and writing file in Eclipse format, a very common format used in the oil reservoir simulation community.

Package provides Python wrappers for the simulators.

PySwarms is an extensible research toolkit for particle swarm optimization (PSO) in Python.

It is intended for swarm intelligence researchers, practitioners, and students who prefer a high-level declarative interface for implementing PSO in their problems. PySwarms enables basic optimization with PSO and interaction with swarm optimizations.

Features:

• High-level module for Particle Swarm Optimization
• Built-in objective functions to test optimization algorithms
• Plotting environment for cost histories and particle movement
• Hyperparameter search tools to optimize swarm behaviour

This package contains the Python 3.x version of PySwarms.

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

G+Smo (Geometry + Simulation Modules, pronounced "gismo") is a new open-source C++ library that brings together mathematical tools for geometric design and numerical simulation. This package contains inlude headers, cmake configuration files and other development utils.