Debian Science Project
Summary
Tools
Debian Science generic tools for scientific work

This task lists Debian Science some packages which are providing some generic tools for sciences and to enhance scientific work.

Note that there is no according metapackage created since the packages might be to different to make sense to install all on one machine.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Tools packages

Official Debian packages with high relevance

hdf-compass
Fremviser for HDF4 og relaterede formater
Versions of package hdf-compass
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.6.0-1all
sid0.7~b8-3all
trixie0.7~b8-3all
bookworm0.7~b8-3all
bullseye0.7~b8-3all
buster0.6.0-1all
Popcon: 8 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HDF Compass er et eksperimentelt fremviserprogram for HDF5 og relaterede formater, designet til at komplementere andre mere komplekse programmer såsom HDFView. Stærk vægt er lagt på et rent minimalt design og maksimal mulighed for udvidelse via et system for udvidelsesmoduler for nye formater.

Denne pakke tilbyder HDF Compass-programmet.

mrcal
Kalibrering og SFM-bibliotek
Versions of package mrcal
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Et fotogrammetrisk værktøjssæt der tilbyder forbedrede metoder til at lave og bruge kameramodeller (kalibrering, registrering, oversættelse etc.). Fokus er på kalibrering og usikkerhedsudbredelse for at fremstille de mest præcise mulige modeller. Denne pakke tilbyder de brugerrettede værktøjer.

openstereogram
Stereogram ("Magic Eye") generator with GUI
Versions of package openstereogram
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.1+20080921-3all
trixie0.1+20080921-3all
sid0.1+20080921-3all
stretch0.1+20080921-2all
bullseye0.1+20080921-3all
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

A desktop application written in Java to generate autosterograms, made popular through the book "Magic Eye." Users create images which appear to pop out in 3D when looked at cross-eyed or wall-eyed (parallel vision).

Other screenshots of package openstereogram
VersionURL
0.1+20080921-3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-c53e9f0957017451d8391d1b419cb2bb.png
Screenshots of package openstereogram
python3-h5netcdf
NetCDF4-understøttelse via h5py for Python 3
Versions of package python3-h5netcdf
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.8.1-2all
sid1.3.0-1all
bookworm1.1.0-1all
trixie1.3.0-1all
Popcon: 47 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

En Pythongrænseflade for netCDF4-filformatet, der læser og skriver lokale eller eksterne HDF5-filer direkte via h5py eller h5pyd, uden at afhænge af Unidata netCDF-biblioteket.

Denne pakke tilbyder modulerne for Python 3.

python3-h5py
Almene Pythongrænseflader til hdf5
Versions of package python3-h5py
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.1-1.1amd64,armel,armhf,i386
buster2.8.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.10.0-9all
bookworm3.7.0-8all
trixie3.10.0-1all
stretch2.7.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.10.0-1all
Popcon: 244 users (128 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HDF5 for Python (h5py) er en almen Pythongrænseflade til Hierarchical Data Format-biblioteket, version 5. HDF5 er et alsidigt, modent videnskabeligt programbibliotek designet for hurtig, fleksibel lagring af enorme mængder af data.

Fra en Pythonprogrammørs perspektiv så tilbyder HDF5 en robust måde at lagre data, organiseret efter navn i en trælignende metode. Du kan oprette datasæt (tabeller på disk) på hundredvis af gigabyte i størrelse og udføre vilkårlig-adgang I/O på ønskede sektioner. Datasæt er organiseret i et filsystemlignende hierarki, der bruger containere kaldt »grupper« og tilgået via den traditionelle POSIX /sti/til/ressource-syntaks.

H5py tilbyder en simpel, robust læs/skriv grænseflade til HDF5-data fra Python. Eksisterende Python- og Numpy-koncepter bruges for grænsefladen; for eksempel er datasæt repræsenteret af en proxyklasse, som understøtter opdeling og har dtype- og shape-attributter. HDF5-grupper præsenteres via en ordbogsmetafor, indekseret efter navn.

Dette er en simpel afhængighedspakke, der afhænger af den serielle bygning eller MPI-bygningen af h5py samt tilbyder filer med testdata.

python3-hdf5plugin
Python library to make HDF5 compression filters usable from h5py
Versions of package python3-hdf5plugin
ReleaseVersionArchitectures
bookworm4.0.1-3all
sid4.0.1-3all
trixie4.0.1-3all
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

hdf5plugin provides h5py extensions to control HDF5 compression filters plugins installed in the system.

The package supports providing options to: * blosc * bitshuffle * lz4 * FCIDECOMP * ZFP * zstd

These filter plugins are not provided by this package and need to be installed using their own packages.

python3-hdf5storage
high-level utilities to read from and write to HDF5 (Python 3)
Versions of package python3-hdf5storage
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.1.19-1all
stretch0.1.14-1all
sid0.1.19-1all
trixie0.1.19-1all
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides high level utilities to read/write a variety of Python types to/from HDF5 (Heirarchal Data Format) formatted files. This package also provides support for MATLAB MAT v7.3 formatted files, which are just HDF5 files with a different extension and some extra meta-data.

This package provides hdf5storage for the Python 3 interpreter.

python3-pybind11
Pybind11-hjælpemodul for Python 3
Versions of package python3-pybind11
ReleaseVersionArchitectures
buster2.2.4-2all
stretch2.0.1-3all
trixie2.11.1-2all
bookworm2.10.3-1all
bullseye2.6.2-1all
sid2.11.1-2all
Popcon: 97 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pybind11 er et simpelt teksthovedbibliotek, der aktiverer C++-typer i Python og omvendt, hovedsagelig for at oprette Pythonbindinger for eksisterende C++-kode. Dets formål og syntaks svarer til det glimrende Boost.Python-bibliotek af David Abrahams_ at minimere boilerplate-kode i traditionelle udvidelsesmoduler ved at nedarve typeinformation via introspektion på kompileringstidspunktet.

Denne pakke tilbyder pybind11 for Python 3.

reprounzip
Værktøj til at reproducere videnskabelige eksperimenter - udpakker
Versions of package reprounzip
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.3-2all
bullseye1.0.16-2all
bookworm1.0.16-2all
sid1.3-2all
buster1.0.10-1all
Popcon: 2 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ReproZip er et værktøj rettet mod at forenkle processen med at oprette reproducerbare eksperimenter fra kørsler på kommandolinjen, en ofte anvendt fælles nævner indenfor beregningsvidenskab.

Værktøjet registrerer systemkald fra operativsystemet og opretter en pakke, som indeholder alle de binære filer, filer og afhængigheder krævet for at afvikle en given kommando på forfatterens beregningsmiljø (pakketrin). En korrekturlæser kan så udtrække eksperimentet i sit miljø for at genskabe resultaterne (udpakningstrin).

Denne pakke tilbyder udpakkeren ReproZip.

reprozip
Værktøj til at reproducere videnskabelige eksperimenter - pakkeprogram
Versions of package reprozip
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.1-2all
trixie1.3-2amd64,i386
bullseye1.0.16-1all
buster1.0.14-2all
sid1.3-2amd64,i386
Popcon: 1 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ReproZip er et værktøj rettet mod at forenkle processen med at oprette reproducerbare eksperimenter fra kørsler på kommandolinjen, en ofte anvendt fælles nævner indenfor beregningsvidenskab.

Værktøjet registrerer systemkald fra operativsystemet og opretter en pakke, som indeholder alle de binære filer, filer og afhængigheder krævet for at afvikle en given kommando på forfatterens beregningsmiljø (pakketrin). En korrekturlæser kan så udtrække eksperimentet i sit miljø for at genskabe resultaterne (udpakningstrin).

Denne pakke tilbyder pakkeprogrammet ReproZip.

science-workflow
Håndteringssystem til arbejdsforløb der er nyttig i videnskabelig forskning
Versions of package science-workflow
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.14.5all
stretch1.7all
buster1.10all
bullseye1.14.2all
trixie1.14.5all
sid1.14.5all
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne opgave viser nogle pakker, der tilbyder håndteringssystemer for arbejdsforløb, der er nyttige i videnskabelig forskning.

xoscope
Digitalt oscilloskop
Versions of package xoscope
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0-3.2amd64,armel,armhf,i386
sid2.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xoscope:
fieldelectronics
interfacex11
roleprogram
usechecking, learning
x11application
Popcon: 31 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Xoscope er et oscilloskop, der bruger inddata fra et lydkort eller EsounD- server og/eller COMEDI-udstyr. Inkluderer 8 signalenheder, variabel tidsskala, matematik, hukommelse, målinger og gem/hent fil.

Screenshots of package xoscope

Official Debian packages with lower relevance

libmemtailor-dev
C++-bibliotek for specielle hukommelsesmålere - udviklerværktøjer
Versions of package libmemtailor-dev
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.0~git20220104-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0~git20200526-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0~git20160311-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0~git20160302-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0~git20230916-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.0~git20230916-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Memtailer er et C++-bibliotek med specielle hukommelsesmålere. Biblioteket tilbyder i øjeblikket en arena-måler og en hukommelseskø.

Denne pakke indeholder udviklerværktøjerne.

libmrcal-dev
Kalibrering og SFM-bibliotek
Versions of package libmrcal-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid2.4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Et fotogrammetrisk værktøjssæt der tilbyder forbedrede metoder til at lave og bruge kameramodeller (kalibrering, registrering, oversættelse etc.). Fokus er på kalibrering og usikkerhedsudbredelse for at fremstille de mest præcise mulige modeller. Denne pakke tilbyder C-bibliotekerne for udvikling.

libmrmpi-dev
Implements MapReduce operation on top of standard MPI message - development
Versions of package libmrmpi-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0~20140404-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0~20140404-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0~20140404-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0~20140404-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.0~20140404-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.0~20140404-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid1.0~20140404-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package libmrmpi-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The MapReduce-MPI (MR-MPI) library is open-source software that implements the MapReduce operation popularized by Google on top of standard MPI message passing.

The MR-MPI library is written in C++ and is callable from hi-level languages such as C++, C, Fortran. A Python wrapper is also included, so MapReduce programs can be written in Python, including map() and reduce() user callback methods. A hi-level scripting interface to the MR-MPI library, called OINK, is also included which can be used to develop and chain MapReduce algorithms together in scripts with commands that simplify data management tasks. OINK has its own manual and doc pages.

This package contains development files needed to build MapReduce-MPI applications.

python3-mrcal
Kalibrering og SFM-bibliotek
Versions of package python3-mrcal
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid2.4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Et værktøjssæt for fotogrammetri der tilbyder forbedrede metoder til at lave og bruge kameramodeller (kalibrering, registrering, oversættelse etc.). Fokus er på kalibrering og udbredelse af usikkerhed for at fremstille de mest præcise modeller muligt. Denne pakke tilbyder Pythongrænsefladerne.

python3-opcodes
Database for processorinstruktioner/-Opcodes - Python 3
Versions of package python3-opcodes
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.0~git20180424.6e2b0cd-3all
bookworm0.0~git20180424.6e2b0cd-3all
trixie0.0~git20180424.6e2b0cd-3all
sid0.0~git20180424.6e2b0cd-3all
upstream0.0~git20240108.b606dde
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Projektet tilbyder beskrivelser for de fleste brugertilstands x86-, x86-64- og k1om-instruktioner op til AVX-512 og SHA (inklusive 3dnow!+, XOP, FMA3, FMA4, TBM og BMI2).

Denne pakke installerer biblioteket for Python 3.

python3-pweave
Videnskabelig rapportopretter for Python
Versions of package python3-pweave
ReleaseVersionArchitectures
sid0.30.3-1all
trixie0.30.3-1all
buster0.25-1all
bullseye0.25-3all
bookworm0.30.3-1all
Popcon: 5 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pweave er en videnskabelig rapportopretter og et bogstaveligt programmeringsværktøj for Python. Pweave kan optage resultaterne og plotte fra dataanalyse og fungerer godt med NumPy, SciPy og matplotlib. Kan afvikle Pythonkode fra kildedokument og inkluderer resultaterne og optager matplotlib-plot i resultatet.

spacenavd
Dæmon for brug af 3D-inddataenheder fra 3Dconnexion
Versions of package spacenavd
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.7.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.5-1amd64,armel,armhf,i386
bookworm1.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid1.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package spacenavd:
hardwareinput
interfacedaemon
roleprogram
Popcon: 165 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

En normal computermus eller rullebold er besværlig at bruge for 3D-programmer - en dimension mangler, flere hvis man ønsker at skelne vipning fra bevægelse eller ønsker at udføre begge operationer på samme tid.

Spacenavd er et frit programudviklingssæt og en brugerrumsdriver (dæmon), for disse enheder. Den er kompatibel med den originale proprietære dæmon tilbudt af 3Dconnexion og virker perfekt med alle programmer skrevet for 3Dconnexion-driveren. Den tilbyder også en anden metode til at tilgå enheden via en ny ikke-X11-afhængig protokol.

tiemu-skinedit
Temaredigeringsværktøj til TiEmu
Versions of package tiemu-skinedit
ReleaseVersionArchitectures
sid1.28~git20220826.cda2db4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.28~git20220826.cda2db4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm1.28~git20220826.cda2db4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.28~20200818-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.27-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.27-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.27-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package tiemu-skinedit:
hardwareemulation
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useediting
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Skinedit er et temaredigeringsværktøj der følger med TiEmu, Texas Instruments-emulatoren. Ved at benytte et andet tema, ændrer du emulatorens udseende.

Skinedit kan også håndtere VTi-overflader (VTi er en anden emulator, der kører på Windows), hvilket tillader dig at konvertere temaerne mellem VTi-formaterne og TiEmu-formatet.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

python3-pydap
implementation of the Data Access Protocol in Python
Versions of package python3-pydap
ReleaseVersionArchitectures
VCS3.2.2+ds1-1all
Versions and Archs
License: Expat
Debian package not available
Git
Version: 3.2.2+ds1-1

Pydap is an implementation of the Opendap/DODS protocol, written from scratch. You can use Pydap to access scientific data on the internet without having to download it; instead, you work with special array and iterable objects that download data on-the-fly as necessary, saving bandwidth and time. The module also comes with a robust-but-lightweight Opendap server, implemented as a WSGI application.

This package provides the modules for Python 3.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 237410