Debian Science Project
Summary
Tools
Debian Science generic tools for scientific work

This task lists Debian Science some packages which are providing some generic tools for sciences and to enhance scientific work.

Note that there is no according metapackage created since the packages might be to different to make sense to install all on one machine.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Tools packages

Official Debian packages with high relevance

Hdf-compass
visualizzatore per HDF5 e formati relativi
Versions of package hdf-compass
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.7~b8-3all
sid0.7~b8-3all
stretch0.6.0-1all
buster0.6.0-1all
Popcon: 20 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HDF Compass è un programma sperimentale di visualizzazione per HDF5 e formati relativi, progettato per complementare altre applicazioni più complesse come HDFView. Viene posta un'attenzione particolare su un design minimale e pulito e sulla massima estensibilità attraverso un sistema a plugin per nuovi formati.

Questo pacchetto fornisce l'applicazione HDF Compass.

Openstereogram
generatore di stereogrammi ("Occhio magico") con GUI
Versions of package openstereogram
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.1+20080921-2all
stretch0.1+20080921-2all
bullseye0.1+20080921-3all
sid0.1+20080921-3all
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Un'applicazione per il desktop, scritta in Java, per generare degli autostereogrammi resi popolari dal libro "L'occhio magico". Gli utenti creano immagini che sembrano sollevarsi in 3D quando guardate con gli occhi convergenti o paralleli (visione parallela).

Python3-h5netcdf
gestione di netCDF4 per Python 3 tramite h5py
Versions of package python3-h5netcdf
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.8.1-1all
sid0.8.1-1all
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Un'interfaccia Python per il formato di file netCDF4 che legge e scrive file HDF5 locali o remoti direttamente tramite h5py o h5pyd, senza affidarsi alla libreria Unidata netCDF.

Questo pacchetto fornisce i moduli per Python 3.

Python3-h5py
general-purpose Python interface to hdf5
Versions of package python3-h5py
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.7.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.1-1.1amd64,armel,armhf,i386
buster2.8.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.10.0-9all
experimental3.1.0-1exp1all
bullseye2.10.0-9all
upstream3.1.0
Popcon: 185 users (46 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

HDF5 for Python (h5py) is a general-purpose Python interface to the Hierarchical Data Format library, version 5. HDF5 is a versatile, mature scientific software library designed for the fast, flexible storage of enormous amounts of data.

From a Python programmer's perspective, HDF5 provides a robust way to store data, organized by name in a tree-like fashion. You can create datasets (arrays on disk) hundreds of gigabytes in size, and perform random-access I/O on desired sections. Datasets are organized in a filesystem-like hierarchy using containers called "groups", and accessed using the tradional POSIX /path/to/resource syntax.

H5py provides a simple, robust read/write interface to HDF5 data from Python. Existing Python and Numpy concepts are used for the interface; for example, datasets on disk are represented by a proxy class that supports slicing, and has dtype and shape attributes. HDF5 groups are presented using a dictionary metaphor, indexed by name.

This is a dummy package which depends on the serial or MPI build of h5py.

Python3-hdf5storage
utilità di alto livello per leggere e scrivere HDF5 (Python 3)
Versions of package python3-hdf5storage
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.1.14-1all
sid0.1.15+git20200608.09dfc5f-1all
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto fornisce utilità di alto livello per leggere e scrivere una varietà di tipi Python da e verso file formattati in HDF5 (Hierarchical Data Format). Questo pacchetto fornisce anche il supporto per file nel formato MATLAB MAT v7.3, che sono semplicemente file HDF5 con una diversa estensione e alcuni metadati aggiuntivi.

Questo pacchetto fornisce hdf5storage per l'interprete Python 3.

Python3-pybind11
modulo ausiliario pybind11 per Python 3
Versions of package python3-pybind11
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.6.1-1all
stretch2.0.1-3all
buster2.2.4-2all
sid2.6.1-1all
Popcon: 25 users (70 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

pybind11 è una libreria header leggera che espone tipi C++ in Python e viceversa, principalmente per creare collegamenti Python di codice C++ esistente. I suoi obiettivi e la sua sintassi sono simili all'eccellente libreria Boost.Python di David Abrahams: minimizzare il codice ripetuto nei tradizionali moduli di estensione inferendo le informazioni sui tipi usando l'introspezione al momento della compilazione.

Questo pacchetto fornisce pybind11 per Python 3.

Reprounzip
strumento per riprodurre esperimenti scientifici (spacchettatore)
Versions of package reprounzip
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.16-2all
buster1.0.10-1all
Popcon: 5 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ReproZip è uno strumento che ha lo scopo di semplificare il procedimento di creazione di esperimenti riproducibili da esecuzioni dalla riga di comando, un denominatore comune frequentemente usato nelle scienze computazionali.

Tiene traccia delle chiamate al sistema operativo e crea un pacchetto che contiene tutti i binari, i file e le dipendenze richieste per eseguire un dato comando nell'ambiente computazionale dell'autore (passo di impacchettamento). Un revisore può in seguito estrarre l'esperimento nel proprio ambiente per riprodurre i risultati (passo di spacchettamento).

Questo pacchetto fornisce lo spacchettatore di ReproZip.

Reprozip
strumento per riprodurre esperimenti scientifici (impacchettatore)
Versions of package reprozip
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0.16-1all
sid1.0.16-1all
buster1.0.14-2all
Popcon: 6 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ReproZip è uno strumento che ha lo scopo di semplificare il procedimento di creazione di esperimenti riproducibili da esecuzioni dalla riga di comando, un denominatore comune frequentemente usato nelle scienze computazionali.

Tiene traccia delle chiamate al sistema operativo e crea un pacchetto che contiene tutti i binari, i file e le dipendenze richieste per eseguire un dato comando nell'ambiente computazionale dell'autore (passo di impacchettamento). Un revisore può in seguito estrarre l'esperimento nel proprio ambiente per riprodurre i risultati (passo di spacchettamento).

Questo pacchetto fornisce l'impacchettatore ReproZip.

Science-workflow
sistemi di gestione dei flussi di lavoro per ricerca scientifica
Versions of package science-workflow
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.13all
stretch1.7all
sid1.13all
buster1.10all
Popcon: 9 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo task elenca alcuni pacchetti che forniscono sistemi di gestione dei flussi di lavoro utili per la ricerca scientifica.

Xoscope
oscilloscopio digitale
Versions of package xoscope
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.0-3.1amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0-3.2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.0-3.2amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package xoscope:
fieldelectronics
interfacex11
roleprogram
usechecking, learning
x11application
Popcon: 34 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Xoscope è un oscilloscopio che usa l'input da una scheda sonora o server EsounD o hardware COMEDI. Include display per 8 segnali, scala dei tempi variabile, funzioni matematiche, memoria, misurazioni e salvataggio/caricamento di file.

Screenshots of package xoscope

Official Debian packages with lower relevance

Libmemtailor-dev
libreria C++ di allocatori di memoria per scopi speciali (strumenti di sviluppo)
Versions of package libmemtailor-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0~git20200526-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0~git20200526-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0~git20160311-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0~git20160302-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.0~git20200709
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Memtailor è una libreria C++ di allocatori di memoria per scopi speciali. Attualmente offre un allocatore di arena e un pool di memoria.

Questo pacchetto contiene gli strumenti per sviluppatori.

Libmrmpi-dev
Implements MapReduce operation on top of standard MPI message - development
Versions of package libmrmpi-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0~20140404-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0~20110620.dfsg-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0~20140404-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0~20140404-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0~20140404-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0~20140404-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libmrmpi-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The MapReduce-MPI (MR-MPI) library is open-source software that implements the MapReduce operation popularized by Google on top of standard MPI message passing.

The MR-MPI library is written in C++ and is callable from hi-level languages such as C++, C, Fortran. A Python wrapper is also included, so MapReduce programs can be written in Python, including map() and reduce() user callback methods. A hi-level scripting interface to the MR-MPI library, called OINK, is also included which can be used to develop and chain MapReduce algorithms together in scripts with commands that simplify data management tasks. OINK has its own manual and doc pages.

This package contains development files needed to build MapReduce-MPI applications.

Python3-pweave
generatore di report scientifici per Python
Versions of package python3-pweave
ReleaseVersionArchitectures
sid0.25-3all
buster0.25-1all
bullseye0.25-3all
upstream0.30.3
Popcon: 13 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Pweave è un generatore di report scientifici per Python e uno strumento di literate programming per Python. Pweave può catturare risultati e grafici dall'analisi dei dati e funziona bene con NumPy, SciPy e matplotlib. È in grado di eseguire codice Python dal documento sorgente e includere i risultati e catturare i grafici di matplotlib nell'output.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Python3-pydap
implementation of the Data Access Protocol in Python
Versions of package python3-pydap
ReleaseVersionArchitectures
VCS3.2.2+ds1-1all
Versions and Archs
License: Expat
Debian package not available
Git
Version: 3.2.2+ds1-1

Pydap is an implementation of the Opendap/DODS protocol, written from scratch. You can use Pydap to access scientific data on the internet without having to download it; instead, you work with special array and iterable objects that download data on-the-fly as necessary, saving bandwidth and time. The module also comes with a robust-but-lightweight Opendap server, implemented as a WSGI application.

This package provides the modules for Python 3.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 201026