Debian Science Viewing packages

Program udostępnia interfejs graficzny do naukowej analizy rzeczywistej wartości danych punktu (x, y, z, wartość). Program ukierunkowany jest głównie na wykorzystywanie wyników badań tomografii atomowej, ale może przydać się do innych zastosowań.

camv-rnd is a modular EDA (mainly PCB) CAM file format viewer that supports gerber, excellon and g-code. The GUI features zoom, pan and measurements on multiple layers from multiple files.

Ctioga2 to program do kreślenia napisany w duchu gnuplot. Można go używać bezpośrednio w wierszu poleceń lub zapisywać pliki poleceń (lub mieszać oba sposoby). Tworzy pliki PDF w jakości nadającej się do ich publikacji. Bazuje na bibliotece kreślenia Tioga.

Ctioga2 jest przepisaną wersją ctioga i ma na celu całkowite zastąpienie go w niezbyt odległej przyszłości.

Elastyczny, zorientowany na wiersz poleceń interfejs do Gnuplot. Tworzy on wykresy z danych przychodzących ze STDIN (czyli klawiatury) lub z danego pliku przekazanego w wierszu poleceń. Obsługuje różne reprezentacje danych, podobnie jak drukowanie i strumieniowe wyświetlanie danych na żywo.

Fityk jest elastycznym i przenośnym programem do dopasowywania nieliniowych funkcji analitycznych (zwłaszcza modelowanych wierzchołkami) do danych (zwykle doświadczalnych). Innymi słowy służy do oddzielenia i analizy nieliniowych wierzchołków.

Zaprojektowany został do analizy dyfraktogramów, ale może zostać użyty do innych celów, odkąd pojęcia i operacje specyficzne dla krystalografii są oddzielone od reszty programu.

Fityk oferuje różnorodne metody dopasowywania nieliniowego, odejmowanie tła, kalibrację danych, łatwe umieszczanie wierzchołków i zmianę ich parametrów, automatyzację powszechnie używanych zadań poprzez skrypty, i dużo więcej. Główną zaletą programu jest elastyczność - parametry wierzchołków mogą być dowolnie powiązane między sobą np. szerokość wierzchołka może być niezależną zmienną, może być taka sama jak szerokość innego wierzchołka lub też może być złożoną - wspólną dla wszystkich wierzchołków - formułą.

Pakiet libjs-sphinxdoc potrzebny jest do zainstalowania plików źródłowych JavaScript w dokumentacji.

g3data używane jest do wydobywania danych z wykresów. Przykładowo, wykresy zwykle publikowane są w naukowych pismach bez tabel z danymi; g3data ułatwia proces wydobywania takich danych.

GEG jest prostym narzędziem do analizy składni oraz wykreślania funkcji 2D, np. f(x) = 3 + sin(x), oczywiście również bardziej skomplikowanych. Jest napisany w oparciu o GTK+ i posiada schludny, konfigurowalny interfejs.

Giza is a lightweight scientific plotting library built on top of cairo that provides uniform output to multiple devices. Giza also provides a drop-in, modern replacement for the PGPLOT graphics library.

This package contains the development files.

GLE to graficzny język skryptowy przeznaczony do tworzenia danych o jakości nadającej się do publikowania, takich jak: wykresy, schematy, ryciny i diagramy. Obsługuje różne typy wykresów (w tym: wykresy funkcji, histogramy, wykresy słupkowe, wykresy punktowe, wykresy konturowe, mapy kolorów i wykresy powierzchniowe) za pomocą prostego, ale elastycznego zestawu poleceń graficznych; bardziej złożone dane wyjściowe można tworzyć, opierając się na jego języku skryptowym, który jest w pełni wyposażony w podprogramy, zmienne i sterowanie logiczne.

GLE opiera się na LaTeX-ie do wyprowadzania tekstu i obsługuje formuły matematyczne na wykresach i rysunkach. Formaty wyjściowe obejmują: (E)PS, PDF, JPEG i PNG.

Gmsh jest programem generującym trójwymiarowe siatki do metody elementów skończonych z wbudowanym silnikiem CAD i procesorem końcowym. Celem projektu jest zapewnienie szybkiego, lekkiego i łatwego w obsłudze narzędzia do tworzenia siatek z parametrycznym wejściem i zaawansowanymi funkcjami wizualizacji. Gmsh opiera się na czterech modułach: geometry, mesh, solver i post-processing. Określanie wszelkich danych wejściowych do tych modułów odbywa się zarówno interaktywnie za pomocą graficznego interfejsu użytkownika, jak i w plikach tekstowych ASCII przy użyciu własnego języka skryptowego Gmsh.

Więcej informacji na temat możliwości programu Gmsh można znaleźć w jego podręczniku użytkownika.

GNU Data Language (GDL) is a free IDL (Interactive Data Language) compatible incremental compiler. It has full syntax compatibility with IDL 7.1. IDL is a registered trademark of ITT Visual Information Solutions. From IDL 8.0, the following language elements are supported:

• FOREACH loop
• negative array indices
• garbage collection pointers and objects
• call methods on an object using "." (e. g. object.aMemberProcedure,arg1)

The file input output system is fully implemented. GUI support (widgets) is officially provided, but it's not complete yet.

This package contains the main commandline and interpreter frontend.

Gnuplot to przenośny, sterowany z wiersza poleceń, interaktywny program do tworzenia dwu i trójwymiarowych wykresów na podstawie danych i funkcji. Obsługuje wiele formatów wyjściowych, w tym sterowniki do wielu drukarek (La)TeX, (x)fig, Postscript itd. Wersja programu do środowiska X11 znajduje się w pakiecie gnuplot-x11. Wersja programu z interfejsem Qt znajduje się w pakiecie gnuplot-qt.

Pliki danych oraz samodzielnie zdefiniowane funkcje mogą być zarządzane przy użyciu wewnętrznego języka podobnego do C. Program może wykonywać wygładzanie, dopasowania krzywymi składanymi lub dopasowania nieliniowe. Może także pracować na liczbach zespolonych.

Ten metapakiet służy do instalacji w pełni funkcjonalnego programu gnuplot (-qt, -x11 lub -nox).

Grace jest narzędziem typu wskaż-i-kliknij, umożliwiającym użytkownikowi rysowanie wykresów X-Y. Program był wcześniej znany jako Xmgr.

Niektóre z jego funkcji: skalowanie zdefiniowane przez użytkownika, zaznaczanie odstępów na osi, etykiety, symbole, style linii, kolory, regresja wielomianowa, krzywe sklejane, obliczanie średnich kroczących, transformatory DFT/FFT, korelacja wzajemna/autokorelacja, tryb wsadowy pozwalający na bezobsługowe kreślenie oraz obsługa drukowania do formatu PostScript, FrameMaker i kilku formatów graficznych.

Graph drawing addresses the problem of visualizing structural information by constructing geometric representations of abstract graphs and networks. Automatic generation of graph drawings has important applications in key technologies such as database design, software engineering, VLSI and network design and visual interfaces in other domains. Situations where these tools might be particularly useful include:

• you would like to restructure a program and first need to understand the relationships between its types, procedures, and source files
• you need to find the bottlenecks in an Internet backbone - not only individual links, but their relationships
• you're debugging a protocol or microarchitecture represented as a finite state machine and need to figure out how a certain error state arises
• you would like to browse a database schema, knowledge base, or distributed program represented graphically
• you would like to see an overview of a collection of linked documents
• you would like to discover patterns and communities of interest in a database of telephone calls or e-mail messages

This package contains the command-line tools.

Gri to język typu open source do programowania grafiki naukowej. Jest sterowany przy pomocy poleceń, w przeciwieństwie do tych w rodzaju wskaż/kliknij. Niektórzy użytkownicy uważają, że Gri jest podobny do LaTeX-a, ponieważ oba zapewniają dużą ekstensywność jako nagrodę za tolerancję krzywej uczenia się. Dane wyjściowe są zgodne z wyjściowymi standardami przemysłowymi w formacie PostScript, nadającymi się do włączania do innych dokumentów.

Gri może tworzyć wykresy x-y, wykresy konturowe i wykresy graficzne. Zapewnia precyzyjną kontrolę nad wszystkimi aspektami rysowania, np. szerokością linii, kolorami, czcionkami itp. Greckie litery i symbole matematyczne dostępne są w składni podobnej do TeX-a.

Ludzie, którzy piszą 1000-liniowe skrypty Gri, zwykle zaczynają od czegoś tak prostego, jak:

  open file.dat        # Otwórz plik
  read columns x * y   # Odczytaj pierwszą kolumnę jako x, a 3-cią jako y
  draw curve           # Rysuj dane i automatycznie skaluj osie

Pełna instrukcja dostępna jest też w formacie HTML (pakiet gri-html-doc), w formacie PDF nadającym się do druku (pakiet gri-pdf-doc) oraz on-line, używając łączy ze strony domowej gri:

  http://gri.sourceforge.net/

Gwyddion jest modularnym programem do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM). Przeznaczony jest głównie do analizy danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości, otrzymanych przy pomocy następujących technik:

• Mikroskop Sił Atomowych (AFM),
• Mikroskop Sił Magnetycznych (MFM),
• Skaningowy Mikroskop Tunelowy (STM),
• Mikroskop Optyczny Bliskiego Pola (SNOM lub NSOM) i wiele innych. Może być również użyty do arbitralnej analizy obrazów danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości.

Pakiet zawiera główną aplikację i jej moduły. Zawiera również program Thumbnailer do GNOME (i Xfce), który tworzy podgląd wszystkich typów plików obsługiwanych przez program Gwyddion.

IFRIT (the Ionization FRont Interactive Tool) has its origins (and hence name) in a specialized utility designed to visualize ionization fronts in cosmological numerical simulations. IFRIT, however, has outgrown its origins and now can visualize general data sets as well.

IFRIT is written in C++ and is based on two state-of-the-art toolkits: the Visualization ToolKit (VTK) and a GUI toolkit QT.

Imview to program, który umożliwia:

• wyświetlanie wielu formatów graficznych;
• wyświetlanie obrazów 2D lub 3D (jako plastrów) z bardzo dobrymi funkcjami powiększania i panoramowania;
• współpracę z wielowidmowymi szeregami czasowymi lub wielostronicowymi dokumentami (jak np.: zdjęcia satelitarne, stosy TIFF, animowane GIFy i heterogeniczne pliki wieloskładnikowe);
• wyświetlanie wszystkich rodzajów pikseli (od 1-bitowych do 64-bitowych danych, całkowitych lub zmiennoprzecinkowych);
• wyświetlanie arbitralnych profili 1-D z obrazów 2-D (lub plastrów 2-D z obrazów 3-D);
• obsługiwanie dowolnych map kolorów dla wszystkich rodzajów pikseli (tj. wyświetlanie nierzeczywistych kolorów);
• obsługiwanie standardowych funkcji do obróbki grafiki (jasność/kontrast, gamma, powiększanie, przycinanie, obracanie itp.);
• zdalną pracę za pomocą gniazd i poleceń tekstowych (dla łatwej integracji z różnymi systemami analizy obrazu);
• przesyłanie obrazów do Imview poprzez gniazda lub pamięć współdzieloną;
• dostęp do wielu innych funkcji.

Kst to szybkie narzędzie do tworzenia wykresów i przeglądania dużych zbiorów danych w czasie rzeczywistym. Posiada podstawowe funkcje do analizy danych, wiele potężnych funkcji wewnętrznych i jest rozszerzalny za pomocą wtyczek lub rozszerzeń.

LabPlot provides an easy way to create, manage and edit plots. It allows you to produce plots based on data from a spreadsheet or on data imported from external files. Plots can be exported to several pixmap and vector graphic formats.

Features include:

• project-based management of data
• project explorer for management and organization of created objects in different folders and sub-folders
• spreadsheet with basic functionality for manual data entry or for generation of uniform and non-uniform random numbers
• import of external ASCII data into the project for further editing and visualization
• export of spreadsheet to an ASCII file
• worksheet as the main parent object for plots, labels, etc; supports different layouts and zooming functions
• export of worksheet to different formats (PDF, EPS, PNG, and SVG)
• great variety of editing capabilities for properties of worksheet and its objects
• cartesian plots, created either from imported or manually created data sets or via mathematical equation
• definition of mathematical formulas is supported by syntax highlighting and completion and by the list of thematically grouped mathematical and physical constants and functions
• analysis of plotted data is supported by many zooming and navigation features
• linear and non-linear fits to data, several fit-models are predefined and custom models with arbitrary number of parameters can be provided

This interface allows gnuplot to be controlled from C++ and is designed to be the lowest hanging fruit. In other words, if you know how gnuplot works it should only take 30 seconds to learn this library. Basically it is just an iostream pipe to gnuplot with some extra functions for pushing data arrays and getting mouse clicks. Data sources include STL containers (eg. vector or map) and one or two dimensional Blitz++ arrays (of scalars or TinyVectors). Support for other data sources should be easy to add.

Basically there are two functions defined: send() sends arrays of data values (it is overloaded to do the right thing based upon what type of variable you pass) and getMouse() gets the position of a mouse click. Everything else is accomplished by sending commands manually to gnuplot via the iostream interface.

libqglviewer (also known as libQGLViewer) is a free C++ library based on Qt that enables the quick creation of OpenGL 3D viewers. It features a powerful camera trackball and simple applications simply require an implementation of the draw() function. It is a tool of choice for OpenGL beginners and assignements. It provides screenshot saving, mouse manipulated frames, stereo display, interpolated keyFrames, object selection, and much more. It is fully customizable and easy to extend to create complex applications, with a possible Qt GUI.

This package contains the shared library needed to run programs using QGLViewer. This package contains QGLViewer linked with Qt version 4.

Lybniz is a simple desktop graph plotter. It can currently plot three functions and allows you to navigate the plot. Functions are entered in Python or C-like notation.

A free cross-platform library of fast C++ routines for plotting data in up to 3 dimensions. It can export plots to bitmaps and vector EPS, SVG, IDTF files. There are simple window interfaces based on GLUT, FLTK and/or Qt. MathGL can also be used in the console. There are interfaces to a set of languages, such as, C, Fortran, Pascal, Forth, Python, Octave.

This package contains MathGL utilities and examples.

matlab2tikz is an Octave script for converting Octave figures into native TikZ/Pgfplots figures, which can then easily be incorporated into a LaTeX document. It supports the conversion of most Octave figures, including 2D and 3D plots.

This package is also compatible with the (nonfree) MATLAB software.

MayaVi2 is a cross-platform tool for 2-D and 3-D scientific data visualization. Its features include:

• Visualization of scalar, vector and tensor data in 2 and 3 dimensions
• Easy scriptability using Python
• Easy extendability via custom sources, modules, and data filters
• Reading several file formats: VTK (legacy and XML), PLOT3D, etc.
• Saving of visualizations
• Saving rendered visualization in a variety of image formats.

MayaVi2 has been designed with scriptability and extensibility in mind. While the mayavi2 application is usable by itself, it may be used as an Envisage plugin which allows it to be embedded in user applications natively. Alternatively, it may be used as a visualization engine for any application.

This package also provides TVTK, which wraps VTK objects to provide a convenient, Pythonic API, while supporting Traits attributes and NumPy/SciPy arrays. TVTK is implemented mostly in pure Python, except for a small extension module.

Open3D is an open-source library that supports rapid development of software that deals with 3D data. The Open3D frontend exposes a set of carefully selected data structures and algorithms in both C++ and Python. The backend is highly optimized and is set up for parallelization.

This package provides the stand-alone viewer for data visualization.

Open3D is an open-source library that supports rapid development of software that deals with 3D data. The Open3D frontend exposes a set of carefully selected data structures and algorithms in both C++ and Python. The backend is highly optimized and is set up for parallelization.

This package provides additional tools for data processing.

OVITO is a visualization and analysis software for atomistic simulation data. Being a single integrated application it covers both the analysis and the visualization of large-scale atomistic datasets produced by molecular dynamics/statics and Monte-Carlo simulation codes. Its name is an acronym for Open Visualization Tool, emphasizing that the software has been designed with flexibility and extensibility in mind.

ParaView to otwartoźródłowa, wieloplatformowa aplikacja zaprojektowana do wizualizacji zestawów danych o rozmiarach począwszy od małych do bardzo dużych. Cele projektu ParaView obejmują:

* Opracowywanie otwartoźródłowych, wieloplatformowych aplikacji do
  wizualizacji.
* Obsługiwanie rozprowadzanych modeli obliczeniowych do przetwarzania
  dużych zbiorów danych.
* Tworzenie otwartego, elastycznego i intuicyjnego interfejsu
  użytkownika.
* Opracowywanie rozszerzalnej architektury w oparciu o otwarte
  standardy.

ParaView działa na rozproszonych i równoległych pamięciach współdzielonych jak również na pojedynczych systemach procesorowych. Został z powodzeniem przetestowany na Windows, Mac OS X, Linux oraz różnych stacjach roboczych Uniksa, klastrach i superkomputerach. Pod maską ParaView używa zestawu narzędzi do wizualizacji jako silnika do renderowania i przetwarzania danych oraz posiada interfejs użytkownika napisany przy użyciu Qt.

PDL gives standard perl the ability to COMPACTLY store and SPEEDILY manipulate the large N-dimensional data arrays which are the bread and butter of scientific computing. The idea is to turn perl in to a free, array-oriented, numerical language in the same sense as commercial packages like IDL and MatLab. One can write simple perl expressions to manipulate entire numerical arrays all at once. For example, using PDL the perl variable $a can hold a 1024x1024 floating point image, it only takes 4Mb of memory to store it and expressions like $a=sqrt($a)+2 would manipulate the whole image in a few seconds.

A simple interactive shell (perldl) is provided for command line use together with a module (PDL) for use in perl scripts.

PlotDrop is designed for quick simple visualisation of 2D data series. It is intended to be used in tandem with an external filesystem browser such as GNOME's nautilus or KDE's konqueror. Files containing data are added by dragging them from the browser to the file list.

Gnuplot.py is a Python module that interfaces to gnuplot, the popular plotting program. It allows you to use gnuplot from within Python to plot arrays of data from memory, data files, or mathematical functions. If you use Python to perform computations or as glue' for numerical programs, you can use this module to plot data on the fly as they are computed. And the combination with Python makes it is easy to automate things, including to create crudeanimations' by plotting different datasets one after another.

The guiqwt Python library provides efficient 2D data-plotting features (curve/image visualization and related tools) for signal/image processing application development and interactive computing. It's based on the scientific modules NumPy and SciPy, and the PyQwt plotting widgets for PyQt4 graphical user interfaces.

This is the Python 3 version of the package.

PyQtGraph is a pure-python graphics and GUI library built on PyQt4 and numpy. It is intended for use in mathematics / scientific / engineering applications. Despite being written entirely in Python, the library is very fast due to its heavy leverage of numpy for number crunching and Qt's GraphicsView framework for fast display.

This is the Python 3 version of the package.

Seaborn is a library for making attractive and informative statistical graphics in Python. It is built on top of matplotlib and tightly integrated with the PyData stack, including support for numpy and pandas data structures and statistical routines from scipy and statsmodels.

Some of the features that seaborn offers are

• Several built-in themes that improve on the default matplotlib aesthetics
• Tools for choosing color palettes to make beautiful plots that reveal patterns in your data
• Functions for visualizing univariate and bivariate distributions or for comparing them between subsets of data
• Tools that fit and visualize linear regression models for different kinds of independent and dependent variables
• A function to plot statistical timeseries data with flexible estimation and representation of uncertainty around the estimate
• High-level abstractions for structuring grids of plots that let you easily build complex visualizations

This is the Python 3 version of the package.

Pyxplot is a multi-purpose graph plotting tool, scientific scripting language, vector graphics suite, and data processing package. Its interface is designed to make common tasks -- e.g., plotting labelled graphs of data -- accessible via short, simple, intuitive commands.

Pyxplot produces publication-quality figures. To this end, text is rendered with all of the beauty and flexibility of the LaTeX typesetting environment.

Extensive documentation and examples can be found in the pyxplot-doc package. A gallery of sample plots is available from the project's web site.

Qtiplot jest w pełni rozwiniętym oprogramowaniem do kreślenia wykresów, podobnym do programu Origin z OriginLab (więcej informacji na temat Origin można znaleźć na stronie: http://www.originlab.com).

Program może kreślić dwu- lub trójwymiarowe wykresy o wysokiej jakości, zarówno ze zbiorów danych, jak i funkcji. Może pracować stosując dopasowania nieliniowe i wielowierzchołkowe.

Niektóre funkcje:

• wieloplatformowość: działa natywnie w systemie Windows, Mac OS X i Linux/Unix;
• pełna obsługa skryptów Pythona;
• kreślenie 3D oparte na OpenGL;
• publikowanie wykresów o wysokiej jakości i łatwe eksportowanie do różnych formatów graficznych (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, itp.);
• łatwa integracja z systemem składu tekstu LaTeXa;
• wydajne i wszechstronne tworzenie arkuszy kalkulacyjnych i obliczeń w kolumnie logicznej oraz łatwy import/eksport wielu plików;
• szybki dostęp do ekstensywnych, wbudowanych funkcji analizy danych;
• zaawansowana analiza statystyczna: test t studenta, ANOVA, test chi-kwadrat dla wariancji, test normalności (Shapiro-Wilka);
• liniowe i nieliniowe dopasowywanie krzywej z rozważania i oszacowywania statystycznych błędów określonych parametrów;
• wielowierzchołkowe dopasowywanie;
• narzędzia do analizowania obrazu;
• obsługa szablonów: wszystkie ustawienia dla wykresów, tabel i macierzy mogą być zapisane i przywrócone później dla szybkiego procesu edytowania;
• pliki projektu oparte na folderach, funkcjonalny eksplorator projektu z wbudowanymi funkcjami przeciągania i upuszczania oraz wyszukiwania;
• pełny import skoroszytów programu Excel oraz arkuszy kalkulacyjnych Open Document Format, baz danych dBase, SQLite i Microsoft Access.

Collection of plotting and table output functions for data visualization. Results of various statistical analyses (that are commonly used in social sciences) can be visualized using this package, including simple and cross tabulated frequencies, histograms, box plots, (generalized) linear models, mixed effects models, principal component analysis and correlation matrices, cluster analyses, scatter plots, stacked scales, effects plots of regression models (including interaction terms) and much more. This package supports labelled data.

RLPlot is a GUI based program for displaying scientific data in standard formats. It has full support for all error-bar types and it has greater flexibility with displaying colour and texture in charts than gnuplot (filled bar chart boxes are possible without any additional programs). Output is generated on the X display where further changes can be made to the graph using point and click methods. Images can be exported as scalable vector graphics (SVG) as well as EPS, WMF and TIFF formats.

SciDAVis to program do analizy i wysokiej jakości wizualizacji danych (np. do wykorzystania w publikacjach naukowych). Posiada łatwy do nauki, intuicyjny, graficzny interfejs użytkownika, zachowując przy tym funkcjonalność i rozszerzalność przy użyciu np. skryptów Pythona.

SciDAVis jest podobny pod względem zastosowania do zastrzeżonych aplikacji systemu Windows, takich jak: Origin i SigmaPlot oraz do wolnego oprogramowania, takiego jak: QtiPlot, Labplot i Gnuplot.

Tym co wyróżnia SciDAVis od wyżej wymienionych programów jest położenie nacisku na zapewnienie przyjaznego i otwartego środowiska dla zarówno nowych, jak i doświadczonych użytkowników.

SolveSpace is a parametric 2d/3d CAD program. Applications include:

• modeling 3d parts — draw with extrudes, revolves, helix creation, and Boolean (union / difference / intersection) operations;
• modeling 2d parts — draw the part as a single section, and export DXF, PDF, SVG; use 3d assembly to verify fit;
• 3d-printed parts — export the STL or other triangle mesh expected by most 3d printers;
• preparing CAM data — export 2d vector art for a waterjet machine or laser cutter; or generate STEP or STL, for import into third-party CAM software for machining;
• mechanism design — use the constraint solver to simulate planar or spatial linkages, with pin, ball, or slide joints;
• plane and solid geometry — replace hand-solved trigonometry and spreadsheets with a live dimensioned drawing.

Trend to uniwersalny, wydajny wykres trendu dla danych odczytywanych "na żywo". Dane odczytywane są w formacie ASCII z pliku lub w sposób ciągły z FIFO i wyświetlane w czasie rzeczywistym w trendzie wieloprzebiegowym (podobnie jak w oscyloskopie kineskopowym). Trend może być używany jako narzędzie do szybkiej analizy progresywnych lub opartych na czasie serii danych wraz z trywialnymi skryptami.

Tulip is an information visualization framework dedicated to the analysis and visualization of relational data. It aims to provide the developer with a complete library, supporting the design of interactive information visualization applications for relational data that can be tailored to the problems he or she is addressing.

It includes the following features:

• 3D visualizations
• 3D modifications
• Plug-in support for easy evolution
• Building of clusters and navigation into them
• Automatic drawing of graphs
• Automatic clustering of graphs
• Automatic selection of elements
• Automatic metric coloration of graphs

Wolna, wieloplatformowa biblioteka szybkich funkcji języka C++ do kreślenia danych nawet w 3 wymiarach. Umożliwia eksportowanie wykresów do plików bitmap i grafiki wektorowej w formatach: EPS, SVG i IDTF. Istnieją proste interfejsy okienkowe, oparte na GLUT, FLTK lub Qt. Mathgl może być również stosowane w konsoli. Istnieją interfejsy do następujących języków: C, Fortran, Pascal, Forth, Python i Octave.

Pakiet zawiera środowisko okienkowe udav, oparte na mathgl.

Veusz is a 2D and 3D scientific plotting and graphing package, designed to produce publication-ready PDF, SVG, Postscript and bitmap output. Veusz provides a GUI, command line and scripting interface (based on Python) to its plotting facilities. The plots are built using an object-based system to provide a consistent interface.

This package includes the main executable, documentation and examples.

VisTrails is an open-source scientific workflow and provenance management system developed at the University of Utah that provides support for data exploration and visualization. Whereas workflows have been traditionally used to automate repetitive tasks, for applications that are exploratory in nature, such as simulations, data analysis and visualization, very little is repeated---change is the norm. As an engineer or scientist generates and evaluates hypotheses about data under study, a series of different, albeit related, workflows are created while a workflow is adjusted in an interactive process. VisTrails was designed to manage these rapidly-evolving workflows.

Yorick to skryptowy język programowania służący do:

• naukowych symulacji i obliczeń;
• obróbki danych i sterowania dużymi symulacjami;
• tworzenia interaktywnych, naukowych wizualizacji;
• odczytywania, zapisywania i tłumaczenia plików zawierających duże ilości liczb.

Zaletą tego języka jest spójna składnia dla operacji na macierzach, co pozwala na bardzo szybkie i efektywne obliczenia tego typu. Na pierwszy rzut oka składnia Yoricka przypomina C, ale zmienne nigdy nie są wyraźnie deklarowane, a zasięg ich ważności jest dynamiczny podobnie jak w niektórych odmianach języka Lisp. Yorick został zaprojektowany zarówno do używania go w sposób interaktywny z poziomu klawiatury, jak i do tworzenia skryptów, które później zostaną uruchomione.

Pakiet zawiera środowisko programistyczne oparte na edytorze Emacs, które można uruchomić poprzez naciśnięcie kombinacji klawiszy M-x i wpisanie polecenia yorick.

Dostępnych jest wiele dodatkowych pakietów i wtyczek do Yoricka (nazwy pakietów zaczynają się od "yorick-"). Warto zainstalować metapakiet yorick-full, który zależy od zdecydowanej większości z nich.

Circos służy do wizualizacji danych w układzie kołowym — jest idealny do eksploracji relacji między obiektami lub pozycjami, oraz tworzenia grafiki nadającej się do publikowania o wysokiej jakości informacyjnej.

Pakiet udostępnia mechanizm plotujący Circos, który jest uruchamiany z wiersza poleceń (tak jak gnuplot) i w pełni obsługujący skrypty.

Circos służy do wizualizacji danych w układzie kołowym — jest idealny do eksploracji relacji między obiektami lub pozycjami, oraz tworzenia grafiki nadającej się do publikowania o wysokiej jakości informacyjnej.

Pakiet zawiera następujący zestaw narzędzi pomagających w przetwarzaniu danych: binlinks, bundlelinks, categoryviewer, colorinterpolate, filterlinks, maketutorialimages, orderchr, randomlinks, resample, i tableviewer.

Program findimagedupes to narzędzie wiersza poleceń, które wykonuje wstępne wizualne porównanie dwóch obrazów. Umożliwia porównanie dwóch obrazów lub całego ich drzewa i określenie, czy są do siebie podobne lub identyczne. W przypadku popularnych typów obrazów jego dokładność może sięgać nawet 98%.

JEuclid is a complete MathML rendering solution, consisting of:

• A MathViewer application
• Command line converters from MathML to other formats
• An ant task for automated conversion
• Display components for AWT and Swing
• A component for Apache Cocoon

This package contains the Swing MathViewer application.

Coin is an OpenGL-based, retain-mode 3D graphics library that implements the Open Inventor 2.1 API. It also includes support for VRML97 and 3D audio.

Grits is a "Virtual Globe" library which uses OpenGL to render an image of the earth using satellite and terrain data from publicly accessible servers. This is similar in concept to Google Earth and NASA World Wind, except implemented as a library.

This package contains the header files and libraries which are needed for developing programs that use grits.

GtkMathView is a C++ rendering engine for MathML documents. It provides an interactive view that can be used for browsing and editing MathML markup.

GtkMathView reads MathML documents by means of a frontend whose purpose is to traverse the MathML document (or part of it) and to appropriately instantiate GtkMathView's internal data structures that are suitable for rendering it. Currently the following frontends are supported: libxml2 (tree view using libxml2 API), libxml2 reader (event view using libxml2 reader API), GMetaDOM (tree view using DOM API), custom (application-specific view with application-provided callbacks).

GtkMathView renders MathML documents through a backend whose purpose is to provide an interface between the portable rendering engine and the platform-specific capabilities (like retrieving fonts, drawing on the screen, and so on). Currently the following backends are provided: GTK+, GTK+ widget, PostScript, SVG, AbiWord.

This package includes utilities to view and render MathML documents.

The GTS Library is intended to provide a set of useful functions to deal with 3D surfaces meshed with interconnected triangles.

This package contains some utility binaries.

The Puzzle library is designed to quickly find visually similar images (GIF, PNG, JPG), even if they have been resized, recompressed, recolored or slightly modified.

This package contains the command-line tool: puzzle-diff.

libqglviewer (also known as libQGLViewer) is a free C++ library based on Qt that enables the quick creation of OpenGL 3D viewers. It features a powerful camera trackball and simple applications simply require an implementation of the draw() function. It is a tool of choice for OpenGL beginners and assignements. It provides screenshot saving, mouse manipulated frames, stereo display, interpolated keyFrames, object selection, and much more. It is fully customizable and easy to extend to create complex applications, with a possible Qt GUI.

This package contains the files needed to develop and compile programs using QGLViewer linked with Qt version 4.

SoQt is a Qt GUI component toolkit library for Coin, based on the API of the InventorXt GUI component toolkit. SoQt is also compatible with OpenInventor of SGI and TGS.

SoQt provides a class-hierarchy of viewer classes that ranges from a simple render canvas (the SoQtRenderArea), providing only the basic synchronization and device input conversion routines between Qt and Coin, up to 3 different full-featured viewer classes (SoQtExaminerViewer, SoQtPlaneViewer and SoQtFlyViewer) with input device handling logic and user interfaces to let the application programmer do Rapid Application Development.

This library is linked against Qt version 5.

The Visualization Toolkit (VTK) is an open-source software system for 3D computer graphics, image processing, and visualization.

This package provides the VTK header files required to compile C++ programs that use VTK to do 3D visualisation.

The Visualization Toolkit (VTK) is an object oriented, high level library that allows one to easily write C++ programs, Tcl, Python and Java scripts that do 3D visualization.

This package provides the VTK Java language support.

The Visualization Toolkit (VTK) is an open-source software system for 3D computer graphics, image processing, and visualization.

This package provides the VTK header files required to compile C++ programs that use VTK to do 3D visualisation. Qt files

Metapakiet instalujący pakiety Debiana, które mogą być przydatne w przetwarzaniu i wizualizacji obrazów medycznych.

Z jednej strony instaluje kilka pakietów obsługujących różne formaty plików graficznych oraz zarządzanie obrazami, takie jak DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine - pol. Cyfrowe obrazowanie i komunikacja w medycynie), który jest de facto standardem zarządzania obrazami medycznymi, oraz NIFTI. Z drugiej strony zapewnia różnorodne pakiety oprogramowania, które można wykorzystać do wizualizacji i przetwarzania obrazów - z graficznego interfejsu użytkownika, z wiersza poleceń lub zaimplementowane w przepływach pracy.

Matplotlib is a pure Python plotting library designed to bring publication quality plotting to Python with a syntax familiar to Matlab users. All of the plotting commands in the pylab interface can be accessed either via a functional interface familiar to Matlab users or an object oriented interface familiar to Python users.

This package contains the Python 3 version of matplotlib.

Pivy is a Coin binding for Python. Coin is a high-level 3D graphics library with a C++ API. Coin uses scene-graph data structures to render real-time graphics suitable for mostly all kinds of scientific and engineering visualization applications. Pivy allows:

• Development of Coin applications and extensions in Python
• Interactive modification of Coin programs from within the Python interpreter at runtime
• Incorporation of Scripting Nodes into the scene graph which are capable of executing Python code and callbacks
• Use of Coin within PyQt4 applications with the quarter module

This package contains the Python 3 bindings.

The Visualization Toolkit (VTK) is an open-source software system for 3D computer graphics, image processing, and visualization.

This package provides the python3 bindings for VTK.

This GNU R package provided a set of functions for drawing some special plots:

• stem.leaf plots a stem and leaf plot,
• stem.leaf.backback plots back-to-back versions of stem and leafs,
• bagplot plots a bagplot,
• skyline.hist plots several histgramm in one plot of a one dimensional data set,
• plotsummary plots a graphical summary of a data set with one or more variables,
• plothulls plots sequentially hulls of a bivariate data set,
• faces plots chernoff faces,
• spin3R for an inspection of a 3-dim point cloud,
• slider functions for interactive graphics.

Carries out mapping between assorted color spaces including RGB, HSV, HLS, CIEXYZ, CIELUV, HCL (polar CIELUV), CIELAB and polar CIELAB. Qualitative, sequential, and diverging color palettes based on HCL colors are provided.

ggplot2 combines the advantages of both base and lattice graphics. Conditioning and shared axes are handled automatically, and you can still build up a plot step by step from multiple data sources. It also implements a sophisticated multidimensional conditioning system and a consistent interface to map data to aesthetic attributes.

This system extends Wilkinsons optimization-based labeling approach to create a more robust, full-featured axis labeler.

This R package provides lots of plots, various labeling, axis and color scaling functions. Some of them are:

 arctext:          Display text on a circular arc.
 barhier:          Display a set of hierarchically associated variables
 barp:             A bar plotting routine
 bin.wind.records: Classify wind direction and speed records.
 centipede.plot:   Display a centipede plot
 clock24.plot:     Plot values on a 24 hour "clockface".
 color.legend:     Legend matching categories or values to colors
 dotplot.mtb:      Minitab style dotplots.
 gantt.chart:      Display a Gantt chart
 intersectDiagram: Display set intersections
 multhist:         Plot a multiple histogram, as a barplot
 polar.plot:       Plot values on a circular grid of 0 to 360 degrees.
 vectorField:      Display magnitude/direction vectors
 weighted.hist:    Display a weighted histogram

and many more. Read more about this package at http://cran.r-project.org/web/packages/plotrix/plotrix.pdf

qqman is an add-on package for the R statistical environment. This package provides functions for visualizing Genome-Wide Association Studies (GWAS) results using Manhattan plots and Quantile-Quantile plots.

Graphical scales map data to aesthetics, and provide methods for automatically determining breaks and labels for axes and legends.

Scatterplot3d is an GNU R package for the visualization of multivariate data in a three dimensional space. Basically scatterplot3d generates a scatter plot in the 3D space using a parallel projection. Higher dimensions (fourth, fifth, etc.) of the data can be visualized to some extent using, e.g. different colors, symbol types or symbol sizes.

This GNU R package provides functions for plotting graphical shapes such as ellipses, circles, cylinders, arrows, ...