Summary
Workflow
Håndteringssystem til arbejdsforløb der er nyttig i videnskabelig forskning
Denne opgave viser nogle pakker, der tilbyder håndteringssystemer for
arbejdsforløb, der er nyttige i videnskabelig forskning.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
|
Debian Science Workflow packages
Official Debian packages with high relevance
capsule-nextflow
Paknings- og udrulningsværktøj for Javaprogrammer
|
Versions of package capsule-nextflow |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.1.1+dfsg-1 | all |
trixie | 1.1.1+dfsg-1 | all |
bookworm | 1.1.1+dfsg-1 | all |
|
License: DFSG free
|
En kapsel er en enlig kørbar JAR, der indeholder alt et program skal bruge for at blive afviklet enten i form af indlejrede filer eller som deklarative metadata. Den kan indeholder JAR-artefakter, afhængigheder og ressourcer, standardbiblioteker, den krævede Java Runtime Environment-version, Java Virtual Machine-flag krævet for at afvikle programmet godt, Java eller standardagenter med mere. Kort sagt, en kapsel er en uafhængig JAR, der ved alt der er at vide om hvordan programmet afvikles på den måde det er lavet til.
En måde at tænke på en kapsel er som en fed JAR på steroider (der også tillader standardbiblioteker og aldrig influerer dine afhængigheder) og et deklarativt opstartsskript rullet sammen til en enhed; en anden er at se kapslen som modparten til udrulningstidspunktet for dit byggeværktøj. Ligesom et byggeværktøj håndterer din bygning, så håndterer Capsule start af dit program.
Denne pakke indeholder en forgrening af det oprindelige capsule-projekt. Denne forgrening er egnet som en afhængighed af nextflow.
|
|
coop-computing-tools
Samarbejdende beregningsværktøjer
|
Versions of package coop-computing-tools |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 7.1.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 9.9-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 7.0.9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 9.9-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 9.9-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package coop-computing-tools: |
uitoolkit | ncurses |
|
License: DFSG free
|
Dette er en samling af programmer, som hjælper brugerne med at dele
ressourcer i en kompleks, heterogent og utroværdigt computermiljø.
Dette inkluderer:
- Chirp: Et personligt filsystem og I/O-protokol som giver upriviligerede
brugere adgang til at dele plads sikkert, effektivt og bekvemt. Når
kombineret med Parrot giver Chirp mulighed for, at brugerne kan oprette
tilpassede wide-area distribuerede filsystemer.
- Parrot: Et gennemsigtigt virtuel filsystem på brugerniveau som tillader
at alle normale programmer vedhæftes til eksterne lagerenheder såsom
en FTP-server eller en Chirp-server.
- Makeflow: Et system for arbejdsforløb for parallel og distribueret
beregning som bruger et sprog meget lig Make.
- Work Queue: Et system og en API for bygning af mesterstilprogrammer
som skalerer op til tusindvis af processorer.
- All Pairs: En beregningsmæssig abstraktion for kørsel af meget store
kartesianske produkter.
- Wavefront: En beregningsmæssig abstraktion for kørsel af meget store
dynamiske programmeringsproblemer.
- The Fault Tolerant Shell: Et programmeringssprog på højt niveau som
giver brugere mulighed for at kombinere nemheden ved skalskripter,
kraften i distribueret programmering og præcisionen i kompilerede
sprog. Grundlæggende, parallel programmering og undtagelseshåndtering
for skripter.
|
|
cwltool
Common Workflow Language - referenceimplementering
|
Versions of package cwltool |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.1.20230209161050-1 | all |
stretch | 1.0.20170114120503-1 | all |
buster | 1.0.20181217162649+dfsg-10 | all |
bullseye | 3.0.20210124104916-3+deb11u1 | all |
trixie | 3.1.20241024121129-1 | all |
sid | 3.1.20241024121129-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Dette er referenceimplementeringen for Common Workflow Language-
standarerne.
CWL Open Standards bruges til at beskrive analysearbejdsforløb og
værktøjer på en måde, som gør dem flytbare og skalerbare på tværs af
program- og udstyrsmiljøer, fra arbejdsstationer til klynge-, sky- og
høj ydelsesberegning-miljøer (HPC). CWL er designet til at møde
behovene for dataintensiv videnskab såsom bioinformatik, medicinske
billeder, astronomi, fysik og kemi.
CWL-referenceimplementeringen (cwltool) er lavet med alle funktioner og
tilbyder en omfattende validering af CWL-filer samt andre værktøjer
relateret til arbejdet med CWL-beskrivelser.
|
|
gearman
|
Versions of package gearman |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.6-5 | all |
bookworm | 1.1.20+ds-1 | all |
stretch | 1.0.6-9 | all |
buster | 1.1.18+ds-3 | all |
trixie | 1.1.20+ds-1.2 | all |
sid | 1.1.20+ds-1.2 | all |
bullseye | 1.1.19.1+ds-2 | all |
buster-backports | 1.1.19.1+ds-2~bpo10+1 | all |
upstream | 1.1.21 |
Debtags of package gearman: |
role | metapackage |
|
License: DFSG free
|
Gearman er et system til udlejning af arbejde til andre maskiner,
afsendelse af funktionskald til maskiner, som er bedre egnede til at udføre
arbejdet, til at arbejde parallelt, til at udjævne belastning af mange
funktionskald eller til at kalde funktioner mellem sprog.
Denne pakke er en tom pakke, som afhænger af både klienten og serveren.
|
|
gearman-tools
Værktøjer for Gearmans distribuerede jobkø
|
Versions of package gearman-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.1.20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.1.20+ds-1.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.1.20+ds-1.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster-backports | 1.1.19.1+ds-2~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.18+ds-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.6-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.19.1+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.1.21 |
|
License: DFSG free
|
Gearman er et system til udlejning af arbejde til andre maskiner,
afsendelse af funktionskald til maskiner, som er bedre egnede til at udføre
arbejdet, til at arbejde parallelt, til at udjævne belastning af mange
funktionskald eller til at kalde funktioner mellem sprog.
Denne pakke indeholder nogle kommandolinjeværktøjer for manipulering af
germanjob.
|
|
make
Redskab til at dirigere kompileringen
|
Versions of package make |
Release | Version | Architectures |
jessie | 4.0-8.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.1-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.2.1-1.2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 4.3-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 4.3-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.3-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.3-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 4.4.1 |
Debtags of package make: |
devel | buildtools |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
suite | gnu |
works-with | software:source |
|
License: DFSG free
|
GNU Make er et redskab, der kontrollerer fremstillingen af et programs
kørbare filer og andre målfiler ud fra programmets kildefiler. Det afgør
automatisk hvilke stykker af et stort program, der har behov for at blive
(gen)skabt, og udsteder kommandoerne til at (gen)skabe dem. Make kan
anvendes til enhver opgave, hvor et sæt af målfiler bliver skabt med
udgangspunkt i et sæt af inddatafiler når de tilsvarende inddata er nyere -
redskabet er ikke afgrænset til bygning af computerprogrammer. Make er, i
sandhed, en generel problemløser af afhængigheder.
The package is enhanced by the following packages:
make-doc
|
|
pegasus-wms
Videnskabeligt system til håndtering af arbejdsforløb for HTCondor
|
Versions of package pegasus-wms |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.4.0+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.4.0+dfsg-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 4.4.0+dfsg-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Pegasusprojektet omfatter et sæt af teknologier, der hjælper programmer
baseret på arbejdsforløb med at blive afviklet i et antal forskellige
miljøer inklusive skriveborde, campus-klynger, gitre og nu skyer.
Videnskabelige arbejdsforløb giver brugere mulighed for nemt at udtrykke
beregninger i flere trin, for eksempel indhentelse af data fra en database,
ny formatering af dataene og afvikling af en analyse. Når først et program
er formaliseret som et arbejdsforløb, kan Pegasus Workflow Management
Service oversætte det til tilgængelige beregningsressourcer og afvikle
trinnene i en passende rækkefølge.
|
|
python3-nipype
Datakanaler til analyse af neuroimaging-data i Python 3
|
Versions of package python3-nipype |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.8.6-3 | all |
bullseye | 1.6.0-2 | all |
bookworm | 1.8.5-3 | all |
|
License: DFSG free
|
Nipype har en grænseflade for Python til andre neuroimaging-pakker og
opretter en API til at angive en fuld analysedatakanal i Python. I
øjeblikket er der grænseflader for SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, men kan
udvides for andre pakker (såsom lipsia).
Please cite:
SS Ghosh, C Burns, D Clark, K Gorgolewski, YO Halchenko, C Madison, R Tungaraza and KJ Millman:
Nipype: Opensource platform for unified and replicable interaction with existing neuroimaging tools
(eprint)
16th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping
:106
(2010)
|
|
python3-wdlparse
Workflow Description Language-fortolker (WDL) for Python
|
Versions of package python3-wdlparse |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.1.0-3 | all |
bullseye | 0.1.0-2 | all |
sid | 0.1.0-3 | all |
trixie | 0.1.0-3 | all |
|
License: DFSG free
|
En Pythonpakke der tilbyder de oprettede Hermes- og Antlr4 WDL-fortolkere for Python.
|
|
snakemake
Pythonisk system for håndtering af arbejdsforløb
|
Versions of package snakemake |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.4.0-1 | all |
sid | 7.32.4-6 | all |
stretch | 3.10.0-1 | all |
bookworm | 7.21.0-1 | all |
bullseye | 5.24.1-2 | all |
trixie | 7.32.4-6 | all |
upstream | 8.25.0 |
|
License: DFSG free
|
Byggesystemer såsom GNU Make bruges ofte til at oprette komplicerede
arbejdsforløb, f.eks. i bioinformatik. Dette projekt forsøger at reducere
kompleksiteten ved oprettelse af arbejdsforløb ved at tilbyde et rent og
moderne domænespecifikt sprog (DSL) i Pythonstil, sammen med et hurtig og
komfortabelt kørselsmiljø.
|
|
toil
Arbejdsgangsmotor for flere platforme
|
Versions of package toil |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.18.0-2 | all |
bookworm | 5.9.2-2+deb12u1 | all |
sid | 6.1.0-4 | all |
bullseye | 5.2.0-5 | all |
upstream | 7.0.0 |
|
License: DFSG free
|
Toil er en skalerbar, effektiv og nem at anvende arbejdsgangsmotor i
ren Python. Den fungerer med flere etablerede belastningsudjævnere såsom
Slurm eller Sun Grid Engine. Toil er også kompatibel med Common Workflow
Language (CWL) via grænsefladen »toil-cwl-runner«, som denne pakke gør
tilgængelig via Debian alternativess-systemet under aliasset »cwl-
runner«.
Please cite:
John Vivian, Arjun Arkal Rao, Frank Austin Nothaft, Christopher Ketchum, Joel Armstrong, Adam Novak, Jacob Pfeil, Jake Narkizian Alden D. Deran, Audrey Musselman-Brown, Hannes Schmidt, Peter Amstutz, Brian Craft, Mary Goldman, Kate Rosenbloom, Melissa Cline, Brian O'Connor, Megan Hanna, Chet Birger, W. James Kent David A. Patterson, Anthony D. Joseph, Jingchun Zhu, Sasha Zaranek, Gad Getz, David Haussler and Benedict Paten:
Toil enables reproducible, open source, big biomedical data analyses.
Nature Biotechnology
35(4):314–316
(2017)
|
|
Official Debian packages with lower relevance
cwlformat
Formateringsprogram til kode for Commone Workflow Language
|
Versions of package cwlformat |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2022.02.18-3 | all |
sid | 2022.02.18-3 | all |
bookworm | 2022.02.18-2 | all |
bullseye | 2021.01.05-1 | all |
|
License: DFSG free
|
CWL Format er en specifikation og en referenceimplementering for et meget meningsfuldt formateringsprogram til CWL-kode.
Resultatet er Common Workflow Language (CWL) i et standardiseret YAML-format. Har ingen indstillinger eller tilvalg da du har bedre ting at gøre med dit liv. Og da CWL Format altid er korrekt.
|
|
libbenchmark-tools
Microbenchmark-understøttelsesbibliotek - værktøjer og dokumentation
|
Versions of package libbenchmark-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.7.1-1 | all |
buster | 1.4.1-3 | all |
stretch-backports | 1.3.0-1~bpo9+1 | all |
sid | 1.8.3-3 | all |
experimental | 1.8.4-1~exp1 | all |
bullseye | 1.5.2-2 | all |
trixie | 1.8.3-3 | all |
upstream | 1.9.0 |
|
License: DFSG free
|
Bibliotek til at understøtte sammenligning af funktioner, svarende til
unit-tests.
Denne pakke indeholder værktøjer og dokumentation.
|
|
|