Debian Science Project
Summary
Workflow
Håndteringssystem til arbejdsforløb der er nyttig i videnskabelig forskning

Denne opgave viser nogle pakker, der tilbyder håndteringssystemer for arbejdsforløb, der er nyttige i videnskabelig forskning.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Workflow packages

Official Debian packages with high relevance

Coop-computing-tools
Samarbejdende beregningsværktøjer
Maintainer: Alastair McKinstry
Versions of package coop-computing-tools
ReleaseVersionArchitectures
bookworm9.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid9.9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.5.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster7.0.9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.0-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye7.1.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package coop-computing-tools:
uitoolkitncurses
Popcon: 7 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dette er en samling af programmer, som hjælper brugerne med at dele ressourcer i en kompleks, heterogent og utroværdigt computermiljø. Dette inkluderer:

  • Chirp: Et personligt filsystem og I/O-protokol som giver upriviligerede brugere adgang til at dele plads sikkert, effektivt og bekvemt. Når kombineret med Parrot giver Chirp mulighed for, at brugerne kan oprette tilpassede wide-area distribuerede filsystemer.
  • Parrot: Et gennemsigtigt virtuel filsystem på brugerniveau som tillader at alle normale programmer vedhæftes til eksterne lagerenheder såsom en FTP-server eller en Chirp-server.
  • Makeflow: Et system for arbejdsforløb for parallel og distribueret beregning som bruger et sprog meget lig Make.
  • Work Queue: Et system og en API for bygning af mesterstilprogrammer som skalerer op til tusindvis af processorer.
  • All Pairs: En beregningsmæssig abstraktion for kørsel af meget store kartesianske produkter.
  • Wavefront: En beregningsmæssig abstraktion for kørsel af meget store dynamiske programmeringsproblemer.
  • The Fault Tolerant Shell: Et programmeringssprog på højt niveau som giver brugere mulighed for at kombinere nemheden ved skalskripter, kraften i distribueret programmering og præcisionen i kompilerede sprog. Grundlæggende, parallel programmering og undtagelseshåndtering for skripter.
Cwltool
Common Workflow Language - referenceimplementering
Versions of package cwltool
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.0.20210124104916-3all
sid3.0.20210124104916-3all
stretch1.0.20170114120503-1all
buster1.0.20181217162649+dfsg-10all
bullseye3.0.20210124104916-3all
upstream3.1.20210816212154
Popcon: 19 users (21 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Dette er referenceimplementeringen for Common Workflow Language- standarerne.

CWL Open Standards bruges til at beskrive analysearbejdsforløb og værktøjer på en måde, som gør dem flytbare og skalerbare på tværs af program- og udstyrsmiljøer, fra arbejdsstationer til klynge-, sky- og høj ydelsesberegning-miljøer (HPC). CWL er designet til at møde behovene for dataintensiv videnskab såsom bioinformatik, medicinske billeder, astronomi, fysik og kemi.

CWL-referenceimplementeringen (cwltool) er lavet med alle funktioner og tilbyder en omfattende validering af CWL-filer samt andre værktøjer relateret til arbejdet med CWL-beskrivelser.

Please cite: Peter Amstutz, Michael R. Crusoe, Nebojša Tijanić, Brad Chapman, John Chilton, Michael Heuer, Andrey Kartashov, Dan Leehr, Hervé Ménager, Maya Nedeljkovich, Matt Scales, Stian Soiland-Reyes and Luka Stojanovic: Common Workflow Language, v1.0. (2016)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Gearman
Distribueret jobkø
Versions of package gearman
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1.18+ds-3all
buster-backports1.1.19.1+ds-2~bpo10+1all
bullseye1.1.19.1+ds-2all
bookworm1.1.19.1+ds-2all
sid1.1.19.1+ds-2all
stretch1.0.6-9all
squeeze0.13-1all
jessie1.0.6-5all
wheezy0.33-2all
Debtags of package gearman:
rolemetapackage
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gearman er et system til udlejning af arbejde til andre maskiner, afsendelse af funktionskald til maskiner, som er bedre egnede til at udføre arbejdet, til at arbejde parallelt, til at udjævne belastning af mange funktionskald eller til at kalde funktioner mellem sprog.

Denne pakke er en tom pakke, som afhænger af både klienten og serveren.

Gearman-tools
Værktøjer for Gearmans distribuerede jobkø
Versions of package gearman-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1.18+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster-backports1.1.19.1+ds-2~bpo10+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.19.1+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.6-5amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.13-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bookworm1.1.19.1+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.1.19.1+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.33-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Popcon: 15 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gearman er et system til udlejning af arbejde til andre maskiner, afsendelse af funktionskald til maskiner, som er bedre egnede til at udføre arbejdet, til at arbejde parallelt, til at udjævne belastning af mange funktionskald eller til at kalde funktioner mellem sprog.

Denne pakke indeholder nogle kommandolinjeværktøjer for manipulering af germanjob.

Make
Redskab til at dirigere kompileringen
Versions of package make
ReleaseVersionArchitectures
bookworm4.3-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.3-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.81-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie4.0-8.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.81-8.2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch4.1-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.2.1-1.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.3-4.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package make:
develbuildtools
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
suitegnu
works-withsoftware:source
Popcon: 26089 users (10702 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNU Make er et redskab, der kontrollerer fremstillingen af et programs kørbare filer og andre målfiler ud fra programmets kildefiler. Det afgør automatisk hvilke stykker af et stort program, der har behov for at blive (gen)skabt, og udsteder kommandoerne til at (gen)skabe dem. Make kan anvendes til enhver opgave, hvor et sæt af målfiler bliver skabt med udgangspunkt i et sæt af inddatafiler når de tilsvarende inddata er nyere - redskabet er ikke afgrænset til bygning af computerprogrammer. Make er, i sandhed, en generel problemløser af afhængigheder.

The package is enhanced by the following packages: make-doc
Pegasus-wms
Videnskabeligt system til håndtering af arbejdsforløb for HTCondor
Versions of package pegasus-wms
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.4.0+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.0.1+dfsg-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.4.0+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386
buster4.4.0+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Pegasusprojektet omfatter et sæt af teknologier, der hjælper programmer baseret på arbejdsforløb med at blive afviklet i et antal forskellige miljøer inklusive skriveborde, campus-klynger, gitre og nu skyer. Videnskabelige arbejdsforløb giver brugere mulighed for nemt at udtrykke beregninger i flere trin, for eksempel indhentelse af data fra en database, ny formatering af dataene og afvikling af en analyse. Når først et program er formaliseret som et arbejdsforløb, kan Pegasus Workflow Management Service oversætte det til tilgængelige beregningsressourcer og afvikle trinnene i en passende rækkefølge.

Screenshots of package pegasus-wms
Python3-nipype
Neuroimaging data analysis pipelines in Python3
Versions of package python3-nipype
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.6.0-2all
bullseye1.6.0-2all
sid1.6.0-2all
Popcon: 33 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Nipype interfaces Python to other neuroimaging packages and creates an API for specifying a full analysis pipeline in Python. Currently, it has interfaces for SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, but could be extended for other packages (such as lipsia).

Please cite: SS Ghosh, C Burns, D Clark, K Gorgolewski, YO Halchenko, C Madison, R Tungaraza and KJ Millman: Nipype: Opensource platform for unified and replicable interaction with existing neuroimaging tools (eprint) 16th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping :106 (2010)
Python3-wdlparse
Workflow Description Language-fortolker (WDL) for Python
Versions of package python3-wdlparse
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.1.0-2all
bullseye0.1.0-2all
sid0.1.0-2all
Popcon: 1 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

En Pythonpakke der tilbyder de oprettede Hermes- og Antlr4 WDL-fortolkere for Python.

Snakemake
Pythonisk system for håndtering af arbejdsforløb
Versions of package snakemake
ReleaseVersionArchitectures
bookworm5.24.1-2all
sid5.24.1-2all
stretch3.10.0-1all
buster5.4.0-1all
bullseye5.24.1-2all
Popcon: 13 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Byggesystemer såsom GNU Make bruges ofte til at oprette komplicerede arbejdsforløb, f.eks. i bioinformatik. Dette projekt forsøger at reducere kompleksiteten ved oprettelse af arbejdsforløb ved at tilbyde et rent og moderne domænespecifikt sprog (DSL) i Pythonstil, sammen med et hurtig og komfortabelt kørselsmiljø.

Please cite: Johannes Köster and Sven Rahmann: Snakemake-a scalable bioinformatics workflow engine. Bioinformatics (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Toil
Arbejdsforløbsmotor for flere platforme
Versions of package toil
ReleaseVersionArchitectures
bullseye5.2.0-5all
buster3.18.0-2all
sid5.2.0-5all
bookworm5.2.0-5all
Popcon: 7 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Toil er en skalerbar, effektiv og nem at anvende arbejdsforløbsmotor i ren Python. Den fungerer med flere etablerede belastningsudjævnere såsom Slurm eller Sun Grid Engine. Toil er også kompatibel med Common Workflow Language (CWL) via grænsefladen »toil-cwl-runner«, som denne pakke gør tilgængelig via Debian alternativess-systemet under aliasset »cwl- runner«.

Please cite: John Vivian, Arjun Arkal Rao, Frank Austin Nothaft, Christopher Ketchum, Joel Armstrong, Adam Novak, Jacob Pfeil, Jake Narkizian Alden D. Deran, Audrey Musselman-Brown, Hannes Schmidt, Peter Amstutz, Brian Craft, Mary Goldman, Kate Rosenbloom, Melissa Cline, Brian O'Connor, Megan Hanna, Chet Birger, W. James Kent David A. Patterson, Anthony D. Joseph, Jingchun Zhu, Sasha Zaranek, Gad Getz, David Haussler and Benedict Paten: Toil enables reproducible, open source, big biomedical data analyses. Nature Biotechnology 35(4):314–316 (2017)
Registry entries: OMICtools  Bioconda 

Official Debian packages with lower relevance

Cwlformat
Formateringsprogram til kode for Commone Workflow Language
Versions of package cwlformat
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2021.01.05-1all
sid2021.01.05-1all
bullseye2021.01.05-1all
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CWL Format er en specifikation og en referenceimplementering for et meget meningsfuldt formateringsprogram til CWL-kode.

Resultatet er Common Workflow Language (CWL) i et standardiseret YAML-format. Har ingen indstillinger eller tilvalg da du har bedre ting at gøre med dit liv. Og da CWL Format altid er korrekt.

Libbenchmark-tools
Microbenchmark-understøttelsesbibliotek - værktøjer og dokumentation
Versions of package libbenchmark-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster1.4.1-3all
stretch-backports1.3.0-1~bpo9+1all
bullseye1.5.2-2all
bookworm1.5.2-2all
sid1.5.2-2all
upstream1.6.0
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Bibliotek til at understøtte sammenligning af funktioner, svarende til unit-tests.

Denne pakke indeholder værktøjer og dokumentation.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 206052