Summary
Workflow
sistemi di gestione dei flussi di lavoro per ricerca scientifica
Questo task elenca alcuni pacchetti che forniscono sistemi di gestione dei
flussi di lavoro utili per la ricerca scientifica.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
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Debian Science Workflow packages
Official Debian packages with high relevance
capsule-nextflow
strumento per pacchettizzare e mettere in produzione applicazioni Java
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Versions of package capsule-nextflow |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.1.1+dfsg-1 | all |
trixie | 1.1.1+dfsg-1 | all |
bookworm | 1.1.1+dfsg-1 | all |
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License: DFSG free
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Una capsula è un singolo JAR eseguibile che contiene tutto ciò di cui
un'applicazione ha bisogno per l'esecuzione sotto forma di file incorporati
* di metadati dichiarativi. Può contenere artefatti JAR, dipendenze e
risorse, librerie native, la versione necessaria del Java Runtime
Environment, le opzioni della Java Virtual Machine necessarie per eseguire
correttamente l'applicazione, agenti nativi o Java e altro.
In breve, una capsula è un JAR autosufficiente che sa tutto ciò che c'è da
sapere per eseguire l'applicazione nel modo in cui è stata pensata.
Un modo di pensare la capsula è a un grosso JAR sotto steroidi (che ammette
anche librerie native e non interferisce mai con le dipendenze del sistema)
e uno script dichiarativo d'avvio uniti insieme; un altro, è di vederla
come la controparte dello strumento di compilazione al momento della messa
in produzione. Così come uno strumento di compilazione gestisce la
compilazione, Capsule gestisce il lancio dell'applicazione.
Questo pacchetto contiene un fork del progetto Capsule originale. Questo
fork è adatto come dipendenza di nextflow.
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coop-computing-tools
strumenti per calcolo cooperativo
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Versions of package coop-computing-tools |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 7.1.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 9.9-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 7.0.9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 9.9-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 9.9-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package coop-computing-tools: |
uitoolkit | ncurses |
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License: DFSG free
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Questa è una raccolta di software che aiuta gli utenti a condividere
risorse in un ambiente di calcolo complesso, eterogeneo e inaffidabile.
Include:
- Chirp: un file system personale e un protocollo di I/O che permette
a utenti non privilegiati di condividere spazio in maniera sicura,
efficiente e comoda; combinato con Parrot, Chirp permette agli utenti
di creare file system personalizzati distribuiti su area vasta;
- Parrot: un file system virtuale, a livello utente e trasparente che
permette a qualsiasi programma ordinario di collegarsi a un device
remoto di memorizzazione come un server FTP o un server Chirp;
- Makeflow: un sistema di flusso di lavoro per calcolo parallelo e
distribuito che usa un linguaggio molto simile a Make;
- Work Queue: un sistema e un'API per costruire programmi in stile
master-worker che scalano fino a migliaia di processori;
- All Pairs: un'astrazione computazionale per eseguire prodotti
cartesiani molto grandi;
- Wavefront: un'astrazione computazionale per eseguire problemi molto
grandi di programmazione dinamica;
- The Fault Tolerant Shell: un linguaggio di programmazione di alto
livello che permette agli utenti di unire la facilità degli script
della shell, la potenza della programmazione distribuita e la
precisione dei linguaggi compilati. Praticamente, programmazione
parallela e gestione delle eccezioni per gli script.
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cwltool
implementazione di riferimento di Common Workflow Language
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Versions of package cwltool |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.1.20230209161050-1 | all |
stretch | 1.0.20170114120503-1 | all |
buster | 1.0.20181217162649+dfsg-10 | all |
bullseye | 3.0.20210124104916-3+deb11u1 | all |
trixie | 3.1.20241024121129-1 | all |
sid | 3.1.20241024121129-1 | all |
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License: DFSG free
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Questa è l'implementazione di riferimento degli standard del Common
Workflow Language.
Gli standard aperti CWL servono a descrivere flussi di lavoro e strumenti
di analisi in un modo che li renda portabili e scalabili su una varietà di
ambienti software e hardware, dalle workstation a cluster, cloud e ambienti
HPC (High Performance Computing). CWL è progettato per soddisfare le
esigenze di scienze con grande uso di dati, come la bioinformatica. le
immagini medicali, l'astronomia, la fisica e la chimica.
L'implementazione di riferimento di CWL (cwltool) è pensata per essere
ricca di funzionalità e per fornire una validazione completa di file CWL,
oltre a fornire altri strumenti correlati al lavoro con descrizioni CWL.
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gearman
coda di compiti distribuiti
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Versions of package gearman |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.6-5 | all |
bookworm | 1.1.20+ds-1 | all |
stretch | 1.0.6-9 | all |
buster | 1.1.18+ds-3 | all |
trixie | 1.1.20+ds-1.2 | all |
sid | 1.1.20+ds-1.2 | all |
bullseye | 1.1.19.1+ds-2 | all |
buster-backports | 1.1.19.1+ds-2~bpo10+1 | all |
upstream | 1.1.21 |
Debtags of package gearman: |
role | metapackage |
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License: DFSG free
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Gearman è un sistema per dare via lavoro ad altre macchine, inviando
chiamate a funzioni a macchine che sono più adatte al lavoro, per lavorare
in parallelo, per bilanciare i carichi di molte chiamate di funzione o per
chiamare funzioni tra diversi linguaggi.
Questo è un pacchetto fittizio che dipende dal client e dal server.
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gearman-tools
strumenti per la coda dei compiti distribuiti Gearman
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Versions of package gearman-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.1.20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.1.20+ds-1.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.1.20+ds-1.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster-backports | 1.1.19.1+ds-2~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.18+ds-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.6-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.19.1+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.1.21 |
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License: DFSG free
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Gearman è un sistema per dare via lavoro ad altre macchine, inviando
chiamate a funzioni a macchine che sono più adatte al lavoro, per lavorare
in parallelo, per bilanciare i carichi di molte chiamate di funzione o per
chiamare funzioni tra diversi linguaggi.
Questo pacchetto contiene alcuni strumenti a riga di comando per manipolare
i compiti gearman.
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make
utilità per guidare la compilazione
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Versions of package make |
Release | Version | Architectures |
jessie | 4.0-8.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.1-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.2.1-1.2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 4.3-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 4.3-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.3-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.3-4.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 4.4.1 |
Debtags of package make: |
devel | buildtools |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
suite | gnu |
works-with | software:source |
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License: DFSG free
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GNU Make è un'utilità che controlla la generazione degli eseguibili e di
altre parti di un programma a partire dai file sorgente. Determina
automaticamente quali parti di un grosso programma necessitano di essere
(ri)compilate ed esegue i comandi per (ri)crearle. Make può essere usato
per organizzare compiti nei quali obiettivi (file) devono essere
automaticamente aggiornati in base a file di partenza ogni volta che le
fonti corrispondenti sono rinnovate; non è limitato a compilare programmi
eseguibili. A dire il vero, Make è un risolutore di dipendenze multiuso.
The package is enhanced by the following packages:
make-doc
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pegasus-wms
sistema di gestione di flusso di lavoro scientifico per HTCondor
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Versions of package pegasus-wms |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.4.0+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.4.0+dfsg-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 4.4.0+dfsg-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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Il progetto Pegasus comprende un insieme di tecnologie che aiutano le
applicazioni basate su flusso di lavoro ad essere eseguite in svariati
ambienti differenti, inclusi desktop, cluster universitari, griglie e ora
nuvole. I flussi di lavoro scientifici permetto agli utenti di esprimere
facilmente elaborazioni multi-passo, per esempio recuperare dati da un
database, riformattare i dati ed eseguire un'analisi. Una volta che
un'applicazione è stata formalizzato come un flusso di lavoro, il Pegasus
Workflow Management Service può mapparla nelle risorse di calcolo
disponibili ed eseguire i passi nell'ordine corretto.
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python3-nipype
catena di elaborazione dati per l'analisi di neuroimmagini in Python 3
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Versions of package python3-nipype |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.8.6-3 | all |
bullseye | 1.6.0-2 | all |
bookworm | 1.8.5-3 | all |
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License: DFSG free
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Nipype interfaccia Python con altri pacchetti per neuroimmagini e crea
un'API per specificare una completa catena di elaborazione dati per analisi
in Python. Attualmente ha interfacce per SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, ma
potrebbe essere estesa ad altri pacchetti (come lipsia).
Please cite:
SS Ghosh, C Burns, D Clark, K Gorgolewski, YO Halchenko, C Madison, R Tungaraza and KJ Millman:
Nipype: Opensource platform for unified and replicable interaction with existing neuroimaging tools
(eprint)
16th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping
:106
(2010)
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python3-wdlparse
analizzatore di WDL (Workflow Description Language) per Python
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Versions of package python3-wdlparse |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.1.0-3 | all |
bullseye | 0.1.0-2 | all |
sid | 0.1.0-3 | all |
trixie | 0.1.0-3 | all |
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License: DFSG free
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Pacchetto Python che fornisce gli analizzatori WDL Antlr4 e Hermes generati
per Python.
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snakemake
sistema di gestione dei flussi di lavoro in Python
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Versions of package snakemake |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.4.0-1 | all |
sid | 7.32.4-6 | all |
stretch | 3.10.0-1 | all |
bookworm | 7.21.0-1 | all |
bullseye | 5.24.1-2 | all |
trixie | 7.32.4-6 | all |
upstream | 8.25.0 |
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License: DFSG free
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I sistemi di compilazione come GNU Make sono usati frequentemente per
creare flussi di lavoro complicati, ad esempio in bioinformatica. Questo
progetto ha lo scopo di ridurre la complessità di creare flussi di lavoro
fornendo un linguaggio specifico di dominio (DSL) pulito e moderno in stile
Python, insieme a un ambiente di esecuzione veloce e confortevole.
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toil
motore per flusso di lavoro multipiattaforma
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Versions of package toil |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.18.0-2 | all |
bookworm | 5.9.2-2+deb12u1 | all |
sid | 6.1.0-4 | all |
bullseye | 5.2.0-5 | all |
upstream | 7.0.0 |
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License: DFSG free
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Toil è un motore per flusso di lavoro in Python puro scalabile, efficiente,
multipiattaforma e facile da usare. Funziona con svariati bilanciatori del
carico di comune utilizzo, come Slurm o Sun Grid Engine. Toil è anche
compatibile con CWL (Common Workflow Language) attraverso l'interfaccia
"toil-cwl-runner", che questo pacchetto rende disponibile per mezzo del
sistema delle alternative di Debian sotto l'alias "cwl-runner".
Please cite:
John Vivian, Arjun Arkal Rao, Frank Austin Nothaft, Christopher Ketchum, Joel Armstrong, Adam Novak, Jacob Pfeil, Jake Narkizian Alden D. Deran, Audrey Musselman-Brown, Hannes Schmidt, Peter Amstutz, Brian Craft, Mary Goldman, Kate Rosenbloom, Melissa Cline, Brian O'Connor, Megan Hanna, Chet Birger, W. James Kent David A. Patterson, Anthony D. Joseph, Jingchun Zhu, Sasha Zaranek, Gad Getz, David Haussler and Benedict Paten:
Toil enables reproducible, open source, big biomedical data analyses.
Nature Biotechnology
35(4):314–316
(2017)
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Official Debian packages with lower relevance
cwlformat
strumento per formattare codice per Common Workflow Language
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Versions of package cwlformat |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2022.02.18-3 | all |
sid | 2022.02.18-3 | all |
bookworm | 2022.02.18-2 | all |
bullseye | 2021.01.05-1 | all |
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License: DFSG free
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CWL Format è una specifica e un'implementazione di riferimento per uno
strumento molto presuntuoso per formattare codice CWL.
Emette in output il CWL (Common Workflow Language) in un formato YAML
standardizzato. Non ha impostazioni o opzioni perché le persone hanno di
meglio da fare con il proprio tempo. E perché CWL Format ha sempre ragione.
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libbenchmark-tools
libreria di supporto per microbenchmark, strumenti e documentazione
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Versions of package libbenchmark-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.7.1-1 | all |
buster | 1.4.1-3 | all |
stretch-backports | 1.3.0-1~bpo9+1 | all |
sid | 1.8.3-3 | all |
experimental | 1.8.4-1~exp1 | all |
bullseye | 1.5.2-2 | all |
trixie | 1.8.3-3 | all |
upstream | 1.9.0 |
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License: DFSG free
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Libreria per supportare il benchmarking delle funzioni, simile ai test di
unità.
Questo pacchetto contiene gli strumenti e la documentazione.
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