DebiChem Molecular Modelling packages

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

• Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
• Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
• Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
• Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
• Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
• Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
• Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

BALLView tilbyder hurtig OpenGL-baseret visualisering af molekylære strukturer, molekylærmekaniske metoder (minimering, MD-simulering med brug af AMBER-, CHARMM- og MMFF94-kraffelter), beregning og visualisering af elektrostatiske egenskaber (FDPB) og funktioner til redigering af molekyler.

BALLView kan betragtes som en grafisk brugergrænseflade baseret på BALL (Biochemical Algoritms Library), med fokus på de mest almindelige krav fra proteinkemikere, og i særdeleshed fra biofysikere. Det bliver udviklet i grupper under Hans-Peter Lenhof (Saarland Universitetet, Saarbruecken, Tyskland) og Oliver Kohlbacher (Tübingen Universitet, Tyskland). BALL er et applikationsrammeværktøj i C++, som er specifikt designet til hurtig programudvikling i molekylærmodellering og biologisk molekylærberegning. Det tilbyder et udvidet sæt af datastrukturer såvel som klasser til molekylærmekanik, avanceret opløsningsmetoder, sammenligning og analyse af proteinstrukturer, import/eksport af filer, og visualisering.

Ghemical er en beregningsmæssig kemi-programpakke skrevet i C++. Den har en grafisk brugergrænseflade og den understøtter både kvantemekaniske (semi- empiriske) modeller og molekylær-mekaniske modeller. Geometri-optimering, molekylære dynamikker og store sæt af visualiseringsværktøjer med brug af OpenGL er på nuværende tidspunkt tilgængelige.

Ghemical afhænger af ekstern kode som tilbyder de kvantemekaniske beregninger. De semi-empiriske metoder MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3 kommer fra pakken MOPAC7 (Public Domain, dvs. offentlig ejendom), og inkluderes i pakken. Pakken MPQC anvendes for at tilbyde ab initio-metoder: metoderne som er baseret på Hartee-Fock-teori understøttes aktuelt med basissæt, der strækker sig fra STO-3G til 6-31G**.

MacroMoleculeBuilder, tidligere kendt som RNABuilder, kan bruges for morfing, homologi-opbygning, foldning (f.eks. brug af baseparrende kontakter), nyt design af komplekser, tilpasning til lavopløste tæthedskort, forudsigelse af lokale omorganiseringer ved mutation og mange andre anvendelser.

OpenStructure forsøger at tilbyde et fleksibelt, molekylært modellerings- og visualiseringsmiljø, der er opbygget i moduler. Det er målrettet interesserede metodeudviklere i feltet strukturel bioinformatik.

ProMod3 er en modelleringsmotor baseret på OpenStructure-rammen til strukturel biologiberegning, der kan udføre alle trin krævet for at oprette en proteinmodel efter homologi. Dets modulopbyggede design forsøger at implementere fleksible modelleringsdatakanaler og hurtige prototyper for nye algoritmer.

PyMOL er et system til molekylærgrafik målrettet mellemstore til store biomolekyler som proteiner. Det kan fremstille udgivelsesklare billeder og animationer af molekylærgrafik i høj kvalitet.

Egenskaber inkluderer:

• Visualisering af molekyler, molekylærbaner og overflader af data fra krystallografi eller orbitaler
• Molekylærbygger og -skulptør
• Intern strålesporing og filmgenerator
• Fuldt udvidelig og skriptbar via en Python-grænseflade

Filformater som PyMOL kan læse inkluderer PDB, XYZ, CIF, »MDL Molfile«, ChemDraw, CCP4-kort, XPLOR-kort og »Gaussian cube«-kort.

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.