DebiChem Molecular Modelling packages

Avogadro ist ein System für Molekülgrafiken und -modellierung, das für Moleküle und Biomoleküle gedacht ist. Es kann Eigenschaften wie Molekülorbitale oder elektrostatische Potentiale visualisieren und enthält einen intuitiven Moleküleditor.

Es verfügt über die folgenden Fähigkeiten:

• Molekülmodellierer mit automatischer kraftfeldbasierter Geometrie-Optimierung
• Molekülmechanik einschließlich der Suche mit Bedingungen und Conformern
• Visualisierung von Molekülorbitalen und allgemeinen Isoflächen
• Visualisierung von Schwingungen und Darstellung von Schwingungsspektren
• Unterstützung von kristallografischen Einheitszellen
• Eingabeerzeugung für die quantenchemischen Pakete Gaussian, GAMESS und MOLPRO
• Flexible Erweiterungsarchitektur und Python-Skripting

Avogadro kann die Dateiformate PDB, XYZ, CML, CIF und Molden sowie die Ausgabe von Gaussian, GAMESS und MOLPRO lesen.

BALLView bietet eine schnelle OpenGL-basierte Visualisierung von Molekülstrukturen, molekularmechanische Methoden (Minimierung, MD-Simulation mittels AMBER-, CHARMM- und MMFF93-Kraftfeldern), Berechnung und Darstellung von elektrostatischen Eigenschaften (FDPB) und Funktionen zum Bearbeiten von Molekülen.

BALLView kann als grafische Benutzerschnittstelle angesehen werden, deren Grundlage BALL (Biochemical Algorithms Library) ist. BALL konzentriert sich auf die gebräuchlichsten Forderungen von Proteinchemikern und Biophysikern. BALLView wird derzeit von den Gruppen um Hans-Peter Lenhof (Universität des Saarlandes, Saarbrücken, Deutschland) und Oliver Kohlbacher (Eberhard Karls Universität Tübingen, Deutschland) entwickelt. BALL ist ein Anwendungsrahmenwerk in C++, das speziell für schnelle Softwareentwicklung in Moleküldesign und computerunterstützter Molekularbiologie entwickelt wurde. Es liefert einen umfangreichen Satz an Datenstrukturen, Klassen für Molekülmechaniken, fortgeschrittene Lösungsmethoden, Vergleich und Analyse von Proteinstrukturen, Dateiimport/-export und Visualisierung.

Ghemical ist ein Paket für die rechnergestützte Chemie, das in C++ geschrieben wurde. Es hat eine grafische Benutzeroberfläche und es unterstützt sowohl quantenmechanische (semi-empirische) als auch molekularmechanische Modelle. Zurzeit bietet es geometrische Optimierungen, molekulare Dynamik und eine große Menge an Visualisierungswerkzeugen, die OpenGL benutzen.

Ghemical benötigt externen Code, um quantenmechanische Berechnungen durchführen zu können. Semi-empirische Funktionen MNDO, MINDO/3, AM1 und PM3 werden vom MOPAC7-Paket (Public Domain) erbracht und sind in diesem Paket enthalten. Das MPQC-Paket wird verwendet, um ab-initio-Methoden zur Verfügung zu stellen. Die Methoden, die auf der Hartree-Fock-Theorie basieren, werden im Moment mit Basissätzen von STO-3G bis 6-31G** unterstützt.

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular modelling and visualization environment. It is targeted at interested method developers in the field of structural bioinformatics.

ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational structural biology framework that can perform all steps required to generate a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.

PyMOL ist ein Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf mittelgroße bis große Biomoleküle wie Proteine. Es kann qualitativ hochwertige, den Anforderungen einer Publikation genügende Molekülgrafiken als Bilder oder Animationen erstellen.

Zu den Funktionen zählen:

• Visualisierung von Molekülen, molekularen Bahnen und Oberflächen von Kristallografiedaten oder Orbitalen
• Manuelle und automatisierte Erstellung von Molekülen
• Interner Raytracer und Filmerzeuger
• Voll erweiterbar und programmierbar durch eine Python-Schnittstelle

PyMOL kann unter anderem folgende Dateiformate lesen: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 Maps, XPLOR Maps und Gaussian Cube Maps.

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.