Summary
Molecular Modelling
DebiChem 3D Molecular Modelling and Visualization
This metapackage will install 3D Molecular Modelling and Visualization
which might be useful for chemists.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Molecular Modelling packages
Official Debian packages with high relevance
avogadro
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro는 분자 및 생체분자를 대상으로 하는 분자 그래픽 및 모델링 시스템입
니다. 분자 궤도 및 정전기 전위와 같은 특성을 시각화할 수 있으며 직관적인 분
자 빌더를 특징으로 합니다.
특징은 아래와 같습니다:
- 자동 force-field 기반에 지오메트리 최적화 기능을 갖춘 분자 모델러
- 제약 조건 및 이형태체 검색을 포함하는 분자 역학
- 분자 궤도 및 일반 등밀도면 시각화
- 진동의 시각화 및 진동 스펙트럼 플로팅
- 결정학상의 단위 세포 지원
- Gaussian, GAMESS 및 MOLPRO 양자 화학 패키지를 위한 입력 생성
- 유연한 플러그인 아키텍쳐 및 파이썬 스크립팅
Avogadro가 읽을 수 있는 파일 형식은 PDB, XYZ, CML, CIF, Molden 및 Gaussian,
GAMESS, MOLPRO 출력입니다.
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ballview
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Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
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License: DFSG free
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BALLView는 분자 구조, 분자 역학 방법 (최소화, AMBER, CHARMM, 및 MMF94 힘의
장을 사용하는 MD 시뮬레이션), 정전 속성 (FDPB) 및 분자 편집 기능의 계산 및
시각화에 대한 빠른 OpenGL 기반의 시각화를 제공합니다.
BALLView는 특히 단백질 화학자와 생물 물리학자의 가장 일반적인 요구 사항에
초점을 맞춘 BALL (Biochemical Algorithms Library)에 기반한 그래픽 사용자 인
터페이스로 간주될 수 있습니다. Hans-Peter Lenhof (Saarland University,
Saarbruecken, Germany)와 Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen,
Germany) 그룹에서 개발되었습니다. BALL은 분자 모델링및 전산 분자 생물학의
신속한 소프트웨어 개발을 위해 특별히 지속적으로 설계된 C++의 어플리케이션
프레임워크입니다. 분자 역학, 향상된 용매 화법, 단백질 구조의 비교 및 분석,
파일 import/export, 시각화를 위한 광범위한 데이타 구조와 클래스를 제공합니다.
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ghemical
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Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Ghemical은 C++로 작성된 계산 화학 소프트웨어 패키지입니다. Ghemical은 그래
피컬 사용자 인터페이스를 가지고 있으며, 양자 역학 (반경험적) 모델과 분자 역
학 모델 양쪽을 모두 지원합니다. 구조 최적화, 분자 동력학 그리고 OpenGL을 사
용하는 여러가지 시각화 도구등이 현재 사용할 수 있습니다.
Ghemical은 양자 역학 계산을 제공하는 외부 코드에 의존합니다. 반경험적 방법
MNDO, MINDO/3, AM1 그리고 PM3은 MoPAC7 (퍼블릭 도메인)패키지에서 가져왔으
며, 이 패키지에 포함되어 있습니다. MPQC 패키지는 순이론 방법을 제공하기 위
해서 사용되고 있습니다: Hartree-Fock 이론에 근거한 이 방법은 현재 STO-3G 에
서 6-31G** 까지 범위를 기본 세트로 함께 지원됩니다.
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mmb
model the structure and dynamics of macromolecules
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Versions of package mmb |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.0+dfsg-5 | amd64,arm64,riscv64 |
bullseye | 3.2+dfsg-2+deb11u1 | amd64,arm64,ppc64el |
bookworm | 4.0.0+dfsg-2 | amd64,arm64 |
experimental | 4.0.0+dfsg-3.1~exp1 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 4.0.0+dfsg-5 | amd64,arm64,riscv64 |
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License: DFSG free
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MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing,
homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning
complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local
rearrangements upon mutation, and many other applications.
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openstructure
Open-Source Computational Structural Biology Framework
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Versions of package openstructure |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.2.0-6 | amd64,mips64el,mipsel |
trixie | 2.9.0-2 | amd64,i386,mips64el |
sid | 2.9.0-2 | amd64,i386,mips64el |
bookworm | 2.3.1-9 | amd64,mips64el,mipsel |
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License: DFSG free
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OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular
modelling and visualization environment. It is targeted at interested method
developers in the field of structural bioinformatics.
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promod3
protein homology modelling engine
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Versions of package promod3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.2.1+ds-6 | amd64 |
sid | 3.4.0+ds-2 | all |
upstream | 3.4.1 |
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License: DFSG free
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ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational
structural biology framework that can perform all steps required to generate
a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible
modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.
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pymol
Molecular Graphics System
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Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5.0+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.4.0+dfsg-2 | all |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.0+dfsg-1 | all |
sid | 3.0.0+dfsg-1 | all |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
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License: DFSG free
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PyMOL is a molecular graphics system targeted at medium to large
biomolecules like proteins. It can generate high-quality publication-ready
molecular graphics images and animations.
Features include:
- Visualization of molecules, molecular trajectories and surfaces
of crystallography data or orbitals
- Molecular builder and sculptor
- Internal raytracer and movie generator
- Fully extensible and scriptable via a Python interface
File formats PyMOL can read include PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw,
CCP4 maps, XPLOR maps and Gaussian cube maps.
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No known packages available
nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
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License: unknown
Debian package not available
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nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron
scattering spectra, but also computes other quantities.
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