DebiChem Project
Summary
Molecular modelling
DebiChem 3D Molecular Modelling and Visualization

This metapackage will install 3D Molecular Modelling and Visualization which might be useful for chemists.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Molecular modelling packages

Official Debian packages with high relevance

Avogadro
분자 그래픽 및 모델링 시스템
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 90 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro는 분자 및 생체분자를 대상으로 하는 분자 그래픽 및 모델링 시스템입 니다. 분자 궤도 및 정전기 전위와 같은 특성을 시각화할 수 있으며 직관적인 분 자 빌더를 특징으로 합니다.

특징은 아래와 같습니다:

  • 자동 force-field 기반에 지오메트리 최적화 기능을 갖춘 분자 모델러
  • 제약 조건 및 이형태체 검색을 포함하는 분자 역학
  • 분자 궤도 및 일반 등밀도면 시각화
  • 진동의 시각화 및 진동 스펙트럼 플로팅
  • 결정학상의 단위 세포 지원
  • Gaussian, GAMESS 및 MOLPRO 양자 화학 패키지를 위한 입력 생성
  • 유연한 플러그인 아키텍쳐 및 파이썬 스크립팅

Avogadro가 읽을 수 있는 파일 형식은 PDB, XYZ, CML, CIF, Molden 및 Gaussian, GAMESS, MOLPRO 출력입니다.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Ballview
자유 분자 모델링 및 분자 그래픽 도구
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 10 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BALLView는 분자 구조, 분자 역학 방법 (최소화, AMBER, CHARMM, 및 MMF94 힘의 장을 사용하는 MD 시뮬레이션), 정전 속성 (FDPB) 및 분자 편집 기능의 계산 및 시각화에 대한 빠른 OpenGL 기반의 시각화를 제공합니다.

BALLView는 특히 단백질 화학자와 생물 물리학자의 가장 일반적인 요구 사항에 초점을 맞춘 BALL (Biochemical Algorithms Library)에 기반한 그래픽 사용자 인 터페이스로 간주될 수 있습니다. Hans-Peter Lenhof (Saarland University, Saarbruecken, Germany)와 Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen, Germany) 그룹에서 개발되었습니다. BALL은 분자 모델링및 전산 분자 생물학의 신속한 소프트웨어 개발을 위해 특별히 지속적으로 설계된 C++의 어플리케이션 프레임워크입니다. 분자 역학, 향상된 용매 화법, 단백질 구조의 비교 및 분석, 파일 import/export, 시각화를 위한 광범위한 데이타 구조와 클래스를 제공합니다.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Ghemical
그놈 분자 모델링 환경
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical은 C++로 작성된 계산 화학 소프트웨어 패키지입니다. Ghemical은 그래 피컬 사용자 인터페이스를 가지고 있으며, 양자 역학 (반경험적) 모델과 분자 역 학 모델 양쪽을 모두 지원합니다. 구조 최적화, 분자 동력학 그리고 OpenGL을 사 용하는 여러가지 시각화 도구등이 현재 사용할 수 있습니다.

Ghemical은 양자 역학 계산을 제공하는 외부 코드에 의존합니다. 반경험적 방법 MNDO, MINDO/3, AM1 그리고 PM3은 MoPAC7 (퍼블릭 도메인)패키지에서 가져왔으 며, 이 패키지에 포함되어 있습니다. MPQC 패키지는 순이론 방법을 제공하기 위 해서 사용되고 있습니다: Hartree-Fock 이론에 근거한 이 방법은 현재 STO-3G 에 서 6-31G** 까지 범위를 기본 세트로 함께 지원됩니다.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Pymol
Molecular Graphics System
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
sid2.3.0+dfsg-1all
squeeze1.2r2-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.5.0.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.2.0+dfsg-4all
bullseye2.3.0+dfsg-1all
upstream2.4.0
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 192 users (17 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyMOL is a molecular graphics system targeted at medium to large biomolecules like proteins. It can generate high-quality publication-ready molecular graphics images and animations.

Features include:

  • Visualization of molecules, molecular trajectories and surfaces of crystallography data or orbitals
  • Molecular builder and sculptor
  • Internal raytracer and movie generator
  • Fully extensible and scriptable via a Python interface

File formats PyMOL can read include PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 maps, XPLOR maps and Gaussian cube maps.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package pymol
VersionURL
1.2r2-1.1+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/024/large.png
Screenshots of package pymol

No known packages available

Nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
License: unknown
Debian package not available

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200793