DebiChem Molecular Modelling packages

Avogadro는 분자 및 생체분자를 대상으로 하는 분자 그래픽 및 모델링 시스템입 니다. 분자 궤도 및 정전기 전위와 같은 특성을 시각화할 수 있으며 직관적인 분 자 빌더를 특징으로 합니다.

특징은 아래와 같습니다:

• 자동 force-field 기반에 지오메트리 최적화 기능을 갖춘 분자 모델러
• 제약 조건 및 이형태체 검색을 포함하는 분자 역학
• 분자 궤도 및 일반 등밀도면 시각화
• 진동의 시각화 및 진동 스펙트럼 플로팅
• 결정학상의 단위 세포 지원
• Gaussian, GAMESS 및 MOLPRO 양자 화학 패키지를 위한 입력 생성
• 유연한 플러그인 아키텍쳐 및 파이썬 스크립팅

Avogadro가 읽을 수 있는 파일 형식은 PDB, XYZ, CML, CIF, Molden 및 Gaussian, GAMESS, MOLPRO 출력입니다.

BALLView는 분자 구조, 분자 역학 방법 (최소화, AMBER, CHARMM, 및 MMF94 힘의 장을 사용하는 MD 시뮬레이션), 정전 속성 (FDPB) 및 분자 편집 기능의 계산 및 시각화에 대한 빠른 OpenGL 기반의 시각화를 제공합니다.

BALLView는 특히 단백질 화학자와 생물 물리학자의 가장 일반적인 요구 사항에 초점을 맞춘 BALL (Biochemical Algorithms Library)에 기반한 그래픽 사용자 인 터페이스로 간주될 수 있습니다. Hans-Peter Lenhof (Saarland University, Saarbruecken, Germany)와 Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen, Germany) 그룹에서 개발되었습니다. BALL은 분자 모델링및 전산 분자 생물학의 신속한 소프트웨어 개발을 위해 특별히 지속적으로 설계된 C++의 어플리케이션 프레임워크입니다. 분자 역학, 향상된 용매 화법, 단백질 구조의 비교 및 분석, 파일 import/export, 시각화를 위한 광범위한 데이타 구조와 클래스를 제공합니다.

Ghemical은 C++로 작성된 계산 화학 소프트웨어 패키지입니다. Ghemical은 그래 피컬 사용자 인터페이스를 가지고 있으며, 양자 역학 (반경험적) 모델과 분자 역 학 모델 양쪽을 모두 지원합니다. 구조 최적화, 분자 동력학 그리고 OpenGL을 사 용하는 여러가지 시각화 도구등이 현재 사용할 수 있습니다.

Ghemical은 양자 역학 계산을 제공하는 외부 코드에 의존합니다. 반경험적 방법 MNDO, MINDO/3, AM1 그리고 PM3은 MoPAC7 (퍼블릭 도메인)패키지에서 가져왔으 며, 이 패키지에 포함되어 있습니다. MPQC 패키지는 순이론 방법을 제공하기 위 해서 사용되고 있습니다: Hartree-Fock 이론에 근거한 이 방법은 현재 STO-3G 에 서 6-31G** 까지 범위를 기본 세트로 함께 지원됩니다.

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular modelling and visualization environment. It is targeted at interested method developers in the field of structural bioinformatics.

ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational structural biology framework that can perform all steps required to generate a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.

PyMOL is a molecular graphics system targeted at medium to large biomolecules like proteins. It can generate high-quality publication-ready molecular graphics images and animations.

Features include:

• Visualization of molecules, molecular trajectories and surfaces of crystallography data or orbitals
• Molecular builder and sculptor
• Internal raytracer and movie generator
• Fully extensible and scriptable via a Python interface

File formats PyMOL can read include PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 maps, XPLOR maps and Gaussian cube maps.

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.