DebiChem Project
Summary
Molecular modelling
DebiChem 3D Molecular Modelling and Visualization

This metapackage will install 3D Molecular Modelling and Visualization which might be useful for chemists.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Molecular modelling packages

Official Debian packages with high relevance

Avogadro
systém molekulárnej grafiky a modelovania
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 90 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro je systém molekulárnej grafiky a modelovania cielený na molekuly a biomolekuly. Dokáže vizualizovať vlastnosti ako molekulárne orbitály alebo elektrostatické potenciály a obsahuje inovatívny nástroj na tvorbu molekúl.

Medzi jeho vlastnosti patrí:

  • modelovač molekúl s automatickou optimalizáciou geometrie založenou na silovom poli
  • molekulárna mechanika vrátane obmedzení a hľadaní vyhovujúcich
  • vizualizácia molekulárnych orbitálov a všeobecných isopovrchov
  • vizualizácia vibrácií a kreslenie vibračného spektra
  • podpora jednotiek kryštalografických buniek
  • generovanie vstupu pre balíky kvantovej chémie Gaussian, GAMESS a MOLPRO
  • flexibilná architektúra zásuvných modulov a skriptovanie v Pythone

Avogadro dokáže čítať súborové formáty PDB, XYZ, CML, CIF, Molden a tiež zapisovať výstup do Gaussian, GAMESS a MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Ballview
slobodný nástroj na modelovanie a zobrazovanie molekúl
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 10 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BALLView poskytuje rýchlu vizualizáciu molekulárnych štruktúr založenú na OpenGL, metódy molekulárnej mechaniky (minimalizácia, simulácia MD pomocou silových polí AMBER, CHARMM a MMFF94), výpočty a vizualizácia elektrostatických vlastností (FDPB) a možnosti upravovania molekúl.

BALLView je možné považovať za grafické používateľské rozhranie založené na BALL (Biochemical Algorithms Library) so zameraním na najbežnejšie požiadavky, obzvlášť bielkovinových chemikov a biofyzikov. Vyvíjajú ho skupiny, ktoré vedú Hans-Peter Lenhof (Saarland University, Saarbruecken, nemecko) a Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen, Nemecko). BALL je aplikačná platforma v C++, ktorá bola konkrétne navrhnutá na rýchly vývoj softvéru v oblasti molekulárneho modelovania a výpočtovej molekulárnej biológie. Poskytuje rozsiahlu sadu údajových štruktúr a tried pre molekulárnu mechaniku, pokročilé procesy rozpúšťania, porovnania a analýzy bielkovinových štruktúr, import/export súborov a vizualizáciu.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Ghemical
prostredie GNOME na modelovanie molekúl
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical je balík softvéru na výpočtovú chémiu napísaný v C++. Má grafické používateľské prostredie a podporuje modely kvantovej mechaniky (semi-empirické) aj modely molekulárnej mechaniky. Momentálne sú dostupné funkcie optimalizácie geometrie, dynamiky molekúl a veľká množina vizualizačných nástrojov používajúcich OpenGL.

Ghemical využíva na kvantovo-mechanické výpočty externý kód. Semi-empirické metódy MNDO, MINDO/3, AM1 a PM3 pochádzajú z balíka MOPAC7 (voľné dielo) a sú súčasťou balíka. Balík MPQC poskytuje metódy ab initio: metódy založené na teórii Hartree-Fock sú momentálne podporované so základnými sadami od STO-3G do 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Pymol
systém na vykresľovanie molekúl
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
sid2.3.0+dfsg-1all
squeeze1.2r2-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.5.0.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.2.0+dfsg-4all
bullseye2.3.0+dfsg-1all
upstream2.4.0
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 192 users (17 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyMOL je systém na vykresľovanie molekúl cielený na stredné až veľké biomolekuly ako sú bielkoviny. Dokáže tvoriť obrázky a animácie molekúl vo vysokej, produkčnej kvalite.

Medzi jeho vlastnosti patria:

  • vizualizácia molekúl, trajektórií molekúl a povrchov kryštalografických dát alebo orbitálov
  • zostavovanie a úprava molekúl
  • interný raytracing a generátor videoklipov
  • úplná rozšíriteľnosť a skriptovateľnosť pomocou rozhrania pre Python

Medzi formátu súborov, s ktorými PyMOL dokáže pracovať patria: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapy CCP4, mapy XPLOR a mapy Gaussian cube.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package pymol
VersionURL
1.2r2-1.1+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/024/large.png
Screenshots of package pymol

No known packages available

Nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
License: unknown
Debian package not available

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200793