DebiChem Molecular Modelling packages

Avogadro je systém molekulárnej grafiky a modelovania cielený na molekuly a biomolekuly. Dokáže vizualizovať vlastnosti ako molekulárne orbitály alebo elektrostatické potenciály a obsahuje inovatívny nástroj na tvorbu molekúl.

Medzi jeho vlastnosti patrí:

• modelovač molekúl s automatickou optimalizáciou geometrie založenou na silovom poli
• molekulárna mechanika vrátane obmedzení a hľadaní vyhovujúcich
• vizualizácia molekulárnych orbitálov a všeobecných isopovrchov
• vizualizácia vibrácií a kreslenie vibračného spektra
• podpora jednotiek kryštalografických buniek
• generovanie vstupu pre balíky kvantovej chémie Gaussian, GAMESS a MOLPRO
• flexibilná architektúra zásuvných modulov a skriptovanie v Pythone

Avogadro dokáže čítať súborové formáty PDB, XYZ, CML, CIF, Molden a tiež zapisovať výstup do Gaussian, GAMESS a MOLPRO.

BALLView poskytuje rýchlu vizualizáciu molekulárnych štruktúr založenú na OpenGL, metódy molekulárnej mechaniky (minimalizácia, simulácia MD pomocou silových polí AMBER, CHARMM a MMFF94), výpočty a vizualizácia elektrostatických vlastností (FDPB) a možnosti upravovania molekúl.

BALLView je možné považovať za grafické používateľské rozhranie založené na BALL (Biochemical Algorithms Library) so zameraním na najbežnejšie požiadavky, obzvlášť bielkovinových chemikov a biofyzikov. Vyvíjajú ho skupiny, ktoré vedú Hans-Peter Lenhof (Saarland University, Saarbruecken, nemecko) a Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen, Nemecko). BALL je aplikačná platforma v C++, ktorá bola konkrétne navrhnutá na rýchly vývoj softvéru v oblasti molekulárneho modelovania a výpočtovej molekulárnej biológie. Poskytuje rozsiahlu sadu údajových štruktúr a tried pre molekulárnu mechaniku, pokročilé procesy rozpúšťania, porovnania a analýzy bielkovinových štruktúr, import/export súborov a vizualizáciu.

Ghemical je balík softvéru na výpočtovú chémiu napísaný v C++. Má grafické používateľské prostredie a podporuje modely kvantovej mechaniky (semi-empirické) aj modely molekulárnej mechaniky. Momentálne sú dostupné funkcie optimalizácie geometrie, dynamiky molekúl a veľká množina vizualizačných nástrojov používajúcich OpenGL.

Ghemical využíva na kvantovo-mechanické výpočty externý kód. Semi-empirické metódy MNDO, MINDO/3, AM1 a PM3 pochádzajú z balíka MOPAC7 (voľné dielo) a sú súčasťou balíka. Balík MPQC poskytuje metódy ab initio: metódy založené na teórii Hartree-Fock sú momentálne podporované so základnými sadami od STO-3G do 6-31G**.

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular modelling and visualization environment. It is targeted at interested method developers in the field of structural bioinformatics.

ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational structural biology framework that can perform all steps required to generate a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.

PyMOL je systém na vykresľovanie molekúl cielený na stredné až veľké biomolekuly ako sú bielkoviny. Dokáže tvoriť obrázky a animácie molekúl vo vysokej, produkčnej kvalite.

Medzi jeho vlastnosti patria:

• vizualizácia molekúl, trajektórií molekúl a povrchov kryštalografických dát alebo orbitálov
• zostavovanie a úprava molekúl
• interný raytracing a generátor videoklipov
• úplná rozšíriteľnosť a skriptovateľnosť pomocou rozhrania pre Python

Medzi formátu súborov, s ktorými PyMOL dokáže pracovať patria: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapy CCP4, mapy XPLOR a mapy Gaussian cube.

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.