DebiChem Molecular Modelling packages

Avogadro é um sistema de modelagem e gráficos moleculares para moléculas e biomoléculas. Pode visualizar propriedades como orbitais moleculares ou potenciais eletrostáticos e tem um construtor molecular intuitivo.

Inclui os seguintes recursos:

• Modelador molecular com otimização automática de geometria baseada em campo de força;

• Mecânica molecular incluindo restrições e buscas de confórmeros;

• Visualização de orbitais moleculares e isosuperfícies gerais;
• Visualização de vibrações e plotagem de espectro vibracional;
• Suporte para células unitárias cristalográficas;

• Geração de entrada para os pacotes de química quântica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;

• Arquitetura de extensões flexível e scripts em Python.

Os formatos de arquivos que o Avogadro pode ler incluem PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, assim como a saída dos pacotes Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Visualização rápida baseada em OpenGL de estruturas moleculares, métodos de mecânica molecular (minimização, simulação MD usando os campos de força Amber, Charmm e MMFF94), cálculo e visualização de propriedades eletrostáticas (FDPB) e recursos de edição molecular.

Pode ser considerada uma interface gráfica de usuário construída sobre o Ball (Biochemical Algorithms Library, Biblioteca de Algoritmos Bioquímicos), com foco nas demandas mais comuns de químicos proteicos e biofísicos em particular. Foi desenvolvido nos grupos Hans-Peter Lenhof (Universidade Saarland, Saarbruecken, Alemanha) e Oliver Kohlbacher (Universidade de Tübingen, Alemanha). O Ball é uma infraestrutura em C++ especificamente projetada para desenvolvimento rápido de programas de modelagem molecular e Biologia molecular computacional. Fornece um conjunto amplo de estruturas de dados e classes para Mecânica molecular, métodos avançados de solvatação, comparação e análise de estruturas proteicas, importação/exportação de arquivos e visualização.

O ghemical é um pacote de software para química computacional escrito em C++. Ele possui uma interface de usuário gráfica e suporta tanto modelos de mecânica quântica (semi-empírica) como modelos de mecânica molecular. Otimização geométrica, dinâmica molecular e um amplo conjunto de ferramentas de visualização usando OpenGL estão atualmente disponível.

Ghemical baseia-se em código externo para fornecer cálculos de mecânica quântica. Métodos semi-empíricos MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3 vêm do pacote MOPAC7 (Domínio Público) e estão incluídos no pacote. O pacote MPQC é usado para fornecer métodos desde o princípio: os métodos baseados na teoria Hartree-Fock são atualmente suportados com base em conjuntos variando de STO-3G a 6-31G**.

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular modelling and visualization environment. It is targeted at interested method developers in the field of structural bioinformatics.

ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational structural biology framework that can perform all steps required to generate a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.

PyMOL é um sistema de gráficos de moléculas feito para biomoléculas de médias para grandes como proteínas, por exemplo. Ele pode gerar imagens e animações de moléculas de alta qualidade e prontas para publicação.

Recursos inclusos:

• Visualização de moléculas, trajetória molecular e superfícies de dados de cristalográficos ou orbitais;
• Construtor e escultor molecular;
• "Raytracer" (traçador de raios) interno e gerador de filmes;
• Totalmente extensível e programável através de uma interface Python.

Os formatos de arquivo que o PyMOL consegue ler incluem PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapas CCP4, mapas XPLOR e mapas cúbicos gaussianos.

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.