DebiChem Project
Summary
Molecular modelling
DebiChem 3D Molecular Modelling and Visualization

This metapackage will install 3D Molecular Modelling and Visualization which might be useful for chemists.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

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DebiChem Molecular modelling packages

Official Debian packages with high relevance

Avogadro
sistema de modelagem e gráficos moleculares
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.95.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.95.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 73 users (77 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro é um sistema de modelagem e gráficos moleculares para moléculas e biomoléculas. Pode visualizar propriedades como orbitais moleculares ou potenciais eletrostáticos e tem um construtor molecular intuitivo.

Inclui os seguintes recursos:

  • Modelador molecular com otimização automática de geometria baseada em campo de força;

  • Mecânica molecular incluindo restrições e buscas de confórmeros;

  • Visualização de orbitais moleculares e isosuperfícies gerais;
  • Visualização de vibrações e plotagem de espectro vibracional;
  • Suporte para células unitárias cristalográficas;
  • Geração de entrada para os pacotes de química quântica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;

  • Arquitetura de extensões flexível e scripts em Python.

Os formatos de arquivos que o Avogadro pode ler incluem PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, assim como a saída dos pacotes Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Ballview
ferramenta livre de modelagem e gráficos moleculares
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.5.0+git20180813.37fc53c-7amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-7amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 7 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Visualização rápida baseada em OpenGL de estruturas moleculares, métodos de mecânica molecular (minimização, simulação MD usando os campos de força Amber, Charmm e MMFF94), cálculo e visualização de propriedades eletrostáticas (FDPB) e recursos de edição molecular.

Pode ser considerada uma interface gráfica de usuário construída sobre o Ball (Biochemical Algorithms Library, Biblioteca de Algoritmos Bioquímicos), com foco nas demandas mais comuns de químicos proteicos e biofísicos em particular. Foi desenvolvido nos grupos Hans-Peter Lenhof (Universidade Saarland, Saarbruecken, Alemanha) e Oliver Kohlbacher (Universidade de Tübingen, Alemanha). O Ball é uma infraestrutura em C++ especificamente projetada para desenvolvimento rápido de programas de modelagem molecular e Biologia molecular computacional. Fornece um conjunto amplo de estruturas de dados e classes para Mecânica molecular, métodos avançados de solvatação, comparação e análise de estruturas proteicas, importação/exportação de arquivos e visualização.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Ghemical
Ambiente de modelagem molecular GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 22 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

O ghemical é um pacote de software para química computacional escrito em C++. Ele possui uma interface de usuário gráfica e suporta tanto modelos de mecânica quântica (semi-empírica) como modelos de mecânica molecular. Otimização geométrica, dinâmica molecular e um amplo conjunto de ferramentas de visualização usando OpenGL estão atualmente disponível.

Ghemical baseia-se em código externo para fornecer cálculos de mecânica quântica. Métodos semi-empíricos MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3 vêm do pacote MOPAC7 (Domínio Público) e estão incluídos no pacote. O pacote MPQC é usado para fornecer métodos desde o princípio: os métodos baseados na teoria Hartree-Fock são atualmente suportados com base em conjuntos variando de STO-3G a 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Mmb
model the structure and dynamics of macromolecules
Versions of package mmb
ReleaseVersionArchitectures
sid3.2+dfsg-2amd64,arm64,ppc64el
bookworm3.2+dfsg-2amd64,arm64,ppc64el
bullseye3.2+dfsg-2amd64,arm64,ppc64el
Popcon: 3 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

Openstructure
Open-Source Computational Structural Biology Framework
Versions of package openstructure
ReleaseVersionArchitectures
sid2.2.0-6mips64el,mipsel
bookworm2.2.0-6amd64,mips64el,mipsel
sid2.2.0-8amd64
bullseye2.2.0-6amd64,mips64el,mipsel
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular modelling and visualization environment. It is targeted at interested method developers in the field of structural bioinformatics.

Pymol
sistema de gráficos de moléculas
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
buster2.2.0+dfsg-4all
bullseye2.4.0+dfsg-2all
bookworm2.4.0+dfsg-3all
sid2.4.0+dfsg-3all
squeeze1.2r2-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.5.0.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.5.0
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 173 users (108 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyMOL é um sistema de gráficos de moléculas feito para biomoléculas de médias para grandes como proteínas, por exemplo. Ele pode gerar imagens e animações de moléculas de alta qualidade e prontas para publicação.

Recursos inclusos:

  • Visualização de moléculas, trajetória molecular e superfícies de dados de cristalográficos ou orbitais;
  • Construtor e escultor molecular;
  • "Raytracer" (traçador de raios) interno e gerador de filmes;
  • Totalmente extensível e programável através de uma interface Python.

Os formatos de arquivo que o PyMOL consegue ler incluem PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapas CCP4, mapas XPLOR e mapas cúbicos gaussianos.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 

No known packages available

Nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
License: unknown
Debian package not available

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 207262