DebiChem Project
Summary
Molecular Modelling
modélisation et une visualisation moléculaires en 3D de DebiChem

Ce métapaquet installe une modélisation et une visualisation moléculaires en 3D qui peuvent être utiles aux chimistes.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

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DebiChem Molecular Modelling packages

Official Debian packages with high relevance

avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 54 users (47 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

 — modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
   de force automatique ;
 — mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
    conformation ;
 — visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
 — visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
 — gestion des cellules cristallographiques ;
 — création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
    MOLPRO ;
 — architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
ballview
modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.5.0+git20220524.d85d2dd
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 8 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BALLView propose une visualisation rapide des structures moléculaires, des méthodes de mécanique moléculaire (minimisation, simulation dynamique moléculaire utilisant les champs de force « Assisted Model Building with Energy Refinement » et « Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics ») à l'aide de la technologie OpenGL, un calcul et une visualisation des propriétés électrostatiques (méthode « Finite Difference Poisson-Boltzmann ») et des fonctionnalités d'édition moléculaire.

BALLView peut être considéré comme une interface graphique utilisateur basée sur BALL (« Biochemical Algorithms Library »), en se concentrant sur les demandes les plus courantes de la chimie des protéines et des biophysiciens en particulier. Il est développé par les groupes de Hans-Peter Lenhof (Université de Saarland, Sarrebruck, Allemagne) et d'Oliver Kohlbacher (Université de Tübingen, Allemagne). BALL est un framework applicatif écrit en C++ qui a été spécifiquement conçu pour le développement rapide de logiciels pour la modélisation moléculaire et le calcul de la biologie moléculaire. Il propose de nombreuses structures de données ainsi que des cours de mécanique moléculaire, des méthodes avancées de résolution, la comparaison et l'analyse de structures de protéines, l'import/export de fichiers et la visualisation.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package ballview
ghemical
environnement de modélisation moléculaire sous GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 12 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical est un logiciel de modélisation de chimie écrit en C++. Il dispose d'une interface graphique utilisateur et prend en charge des modèles de mécanique quantique (semi-empirique) et des modèles de mécanique moléculaire. L'optimisation de la géométrie, la dynamique moléculaire et un grand ensemble d'outils de visualisation, réalisés à l'aide de la technologie OpenGL, sont actuellement disponibles.

Le logiciel Ghemical repose sur un code externe pour fournir les calculs de la mécanique quantique. Les méthodes semi-empiriques MNDO (« Modified Neglect of Diatomic Overlap »), MINDO/3 (« Modified Intermediate Neglect of Differential Overlap version 3 »), AM1 (« Austin Model 1 ») et PM3 (« Parameterized Model number 3 ») viennent du paquet MOPAC7 (« Molecular Orbital PACkage 7 ») dans le domaine public et sont inclus dans le paquet. Le paquet MPQC (« Massively Parallel Quantum Chemistry ») est utilisé pour proposer des méthodes ab initio (méthodes de chimie numérique basées sur la chimie quantique) : les méthodes basées sur la théorie Hartree-Fock sont actuellement prises en charge avec des ensembles de base allant de STO-3G à 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Screenshots of package ghemical
mmb
model the structure and dynamics of macromolecules
Versions of package mmb
ReleaseVersionArchitectures
sid4.0.0+dfsg-3.1amd64,arm64
bullseye3.2+dfsg-2+deb11u1amd64,arm64,ppc64el
bookworm4.0.0+dfsg-2amd64,arm64
trixie4.0.0+dfsg-3amd64,arm64,armhf
sid4.0.0+dfsg-3armhf
experimental4.0.0+dfsg-3.1~exp1amd64,arm64,armhf
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

openstructure
cadriciel de calcul libre pour la bioinformatique structurale
Versions of package openstructure
ReleaseVersionArchitectures
experimental2.6.1-1~expamd64,mips64el
sid2.5.0-1amd64,mips64el
bookworm2.3.1-9amd64,mips64el,mipsel
trixie2.5.0-1amd64,mips64el
bullseye2.2.0-6amd64,mips64el,mipsel
upstream2.7.0
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenStructure a pour but de fournir un environnement de modélisation moléculaire et de visualisation libre, modulaire et flexible. Il est destiné aux développeurs intéressés par la méthode dans le champ de la bioinformatique structurale.

promod3
protein homology modelling engine
Versions of package promod3
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.2.1+ds-6amd64
trixie3.4.0+ds-1all
sid3.4.0+ds-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational structural biology framework that can perform all steps required to generate a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.

Please cite: Gabriel Studer, Gerardo Tauriello, Stefan Bienert, Marco Biasini, Niklaus Johner and Torsten Schwede: ProMod3—A versatile homology modelling toolbox. PLOS Computational Biology 17(1):e1008667 (2021)
pymol
système de graphismes moléculaires
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.5.0+dfsg-1all
sid2.5.0+dfsg-1all
buster2.2.0+dfsg-4all
bullseye2.4.0+dfsg-2all
bookworm2.5.0+dfsg-1all
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 82 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMOL est un programme de visualisation de molécules ciblant la biologie structurale pour des biomolécules moyennes ou grosses telles que les protéines. Il peut produire des graphismes et des animations de molécules de qualité professionnelle.

Les fonctions incluent :

 – la visualisation de molécules, de trajectoires moléculaires et de
   structures de données cristallographiques ou d’orbitales ;
 – un « constructeur » et « sculpteur » de molécules ;
 – un lanceur de rayons et un générateur de film internes ;
 – la possibilité de toutes extensions et scripts à l’aide d’une interface
   en Python.

Les formats de fichier que PyMOL peut lire incluent PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, les « cartes » CCP4, XPLOR et Gaussian cube.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 

No known packages available

nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
License: unknown
Debian package not available

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 237446