Summary
Molecular Modelling
modélisation et une visualisation moléculaires en 3D de DebiChem
Ce métapaquet installe une modélisation et une visualisation moléculaires
en 3D qui peuvent être utiles aux chimistes.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Molecular Modelling packages
Official Debian packages with high relevance
avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les
molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme
les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un
constructeur de molécules intuitif.
Fonctions disponibles :
— modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
de force automatique ;
— mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
conformation ;
— visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
— visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
— gestion des cellules cristallographiques ;
— création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
MOLPRO ;
— architecture de greffon flexible et script Python.
Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF,
Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.
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ballview
modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire
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Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
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License: DFSG free
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BALLView propose une visualisation rapide des structures moléculaires, des
méthodes de mécanique moléculaire (minimisation, simulation dynamique
moléculaire utilisant les champs de force « Assisted Model Building with
Energy Refinement » et « Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics ») à
l'aide de la technologie OpenGL, un calcul et une visualisation des
propriétés électrostatiques (méthode « Finite Difference Poisson-Boltzmann »)
et des fonctionnalités d'édition moléculaire.
BALLView peut être considéré comme une interface graphique utilisateur
basée sur BALL (« Biochemical Algorithms Library »), en se concentrant sur les
demandes les plus courantes de la chimie des protéines et des biophysiciens
en particulier. Il est développé par les groupes de Hans-Peter Lenhof
(Université de Saarland, Sarrebruck, Allemagne) et d'Oliver Kohlbacher
(Université de Tübingen, Allemagne). BALL est un framework applicatif
écrit en C++ qui a été spécifiquement conçu pour le développement rapide de
logiciels pour la modélisation moléculaire et le calcul de la biologie
moléculaire. Il propose de nombreuses structures de données ainsi que des
cours de mécanique moléculaire, des méthodes avancées de résolution, la
comparaison et l'analyse de structures de protéines, l'import/export de
fichiers et la visualisation.
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ghemical
environnement de modélisation moléculaire sous GNOME
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Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Ghemical est un logiciel de modélisation de chimie écrit en C++. Il dispose
d'une interface graphique utilisateur et prend en charge des modèles de
mécanique quantique (semi-empirique) et des modèles de mécanique
moléculaire. L'optimisation de la géométrie, la dynamique moléculaire et
un grand ensemble d'outils de visualisation, réalisés à l'aide de la
technologie OpenGL, sont actuellement disponibles.
Le logiciel Ghemical repose sur un code externe pour fournir les calculs de
la mécanique quantique. Les méthodes semi-empiriques MNDO (« Modified
Neglect of Diatomic Overlap »), MINDO/3 (« Modified Intermediate Neglect of
Differential Overlap version 3 »), AM1 (« Austin Model 1 ») et PM3
(« Parameterized Model number 3 ») viennent du paquet MOPAC7 (« Molecular
Orbital PACkage 7 ») dans le domaine public et sont inclus dans le paquet.
Le paquet MPQC (« Massively Parallel Quantum Chemistry ») est utilisé pour
proposer des méthodes ab
initio (méthodes de chimie numérique basées sur la chimie quantique) : les
méthodes basées sur la théorie Hartree-Fock sont actuellement prises en charge
avec des ensembles de base allant de STO-3G à 6-31G**.
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mmb
model the structure and dynamics of macromolecules
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Versions of package mmb |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
bullseye | 3.2+dfsg-2+deb11u1 | amd64,arm64,ppc64el |
bookworm | 4.0.0+dfsg-2 | amd64,arm64 |
experimental | 4.0.0+dfsg-3.1~exp1 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
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License: DFSG free
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MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing,
homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning
complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local
rearrangements upon mutation, and many other applications.
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openstructure
cadriciel de calcul libre pour la bioinformatique structurale
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Versions of package openstructure |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
bookworm | 2.3.1-9 | amd64,mips64el,mipsel |
experimental | 2.6.1-1~exp | amd64,mips64el |
bullseye | 2.2.0-6 | amd64,mips64el,mipsel |
sid | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
upstream | 2.8.0 |
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License: DFSG free
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OpenStructure a pour but de fournir un environnement de modélisation moléculaire et de visualisation libre, modulaire et flexible. Il est destiné aux développeurs intéressés par la méthode dans le champ de la bioinformatique structurale.
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promod3
protein homology modelling engine
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Versions of package promod3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.2.1+ds-6 | amd64 |
sid | 3.4.0+ds-1 | all |
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License: DFSG free
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ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational
structural biology framework that can perform all steps required to generate
a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible
modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.
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pymol
système de graphismes moléculaires
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Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.0+dfsg-1 | all |
sid | 3.0.0+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.4.0+dfsg-2 | all |
bookworm | 2.5.0+dfsg-1 | all |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
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License: DFSG free
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PyMOL est un programme de visualisation de molécules ciblant la biologie
structurale pour des biomolécules moyennes ou grosses telles que les
protéines. Il peut produire des graphismes et des animations de molécules
de qualité professionnelle.
Les fonctions incluent :
– la visualisation de molécules, de trajectoires moléculaires et de
structures de données cristallographiques ou d’orbitales ;
– un « constructeur » et « sculpteur » de molécules ;
– un lanceur de rayons et un générateur de film internes ;
– la possibilité de toutes extensions et scripts à l’aide d’une interface
en Python.
Les formats de fichier que PyMOL peut lire incluent PDB, XYZ, CIF,
MDL Molfile, ChemDraw, les « cartes » CCP4, XPLOR et Gaussian cube.
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No known packages available
nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
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License: unknown
Debian package not available
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nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron
scattering spectra, but also computes other quantities.
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