DebiChem Project
Summary
Molecular Modelling
modellazione e visualizzazione 3D di molecole di DebiChem

Questo metapacchetto installa la modellazione e visualizzazione 3D di molecole che potrebbero essere utili ai chimici.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

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DebiChem Molecular Modelling packages

Official Debian packages with high relevance

avogadro
sistema di grafica e modellamento molecolare
Maintainer: Debichem Team
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 49 users (30 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

  • modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
  • meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
  • visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
  • visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
  • gestione di unità a cella cristallografiche;
  • generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
  • architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
ballview
strumento libero per modelli e grafici molecolari
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.5.0+git20220524.d85d2dd
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 3 users (15 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BALLView fornisce una veloce visualizzazione delle strutture molecolari basata sulle OpenGL, metodi per meccanismi molecolari (minimizzazione, simulazione MD tramite i campi di forze AMBER, CHARMM, e MMFF94), calcolo e visualizzazione delle proprietà elettrostatiche (FDPB) e funzionalità di modifica molecolare.

BALLView può essere considerato un'interfaccia utente grafica basata su BALL (Biochemical Algorithms Library - libreria di algoritmi biochimici), con una particolare attenzione specialmente verso le richieste più comuni dei chimici delle proteine e dei biofisici. È stato sviluppato dal gruppo di Hans-Peter Lenhof (Università del Saarland, Saarbruecken, Germania) e Oliver Kohlbacher (Università di Tubinga, Germania). BALL è un'infrastruttura per applicazioni C++ che è stata progettata specificatamente per lo sviluppo veloce del software nel modellamento molecolare e nella biologia molecolare computazionale. Fornisce un ampio insieme di strutture di dati come anche classi per la meccanica molecolare, metodi di solvatazione avanzati, confronto e analisi delle strutture proteiche, importazione ed esportazione dei file e visualizzazione.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package ballview
ghemical
ambiente di modellazione molecolare per GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 11 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical è un pacchetto software per la chimica computazionale scritto in C++. Ha un'interfaccia utente grafica e supporta sia modelli di meccanica quantistica (semi-empirici), sia modelli di meccanica molecolare. Sono attualmente disponibili l'ottimizzazione geometrica, dinamiche molecolari e un vasto insieme di strumenti di visualizzazione che usano OpenGL.

Ghemical si basa su codice esterno per fornire i calcoli di meccanica quantistica. I metodi semi-empirici MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3, che sono inclusi nel pacchetto, provengono dal pacchetto MOPAC7 (di pubblico dominio). Per i metodi ab initio è usato il pacchetto MPQC: i metodi basati sulla teoria Hartree-Fock sono attualmente supportati con i set di base da STO-3G a 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Screenshots of package ghemical
mmb
modella la struttura e la dinamica di macromolecole
Versions of package mmb
ReleaseVersionArchitectures
experimental4.0.0+dfsg-3.1~exp1amd64,arm64,armhf
bullseye3.2+dfsg-2+deb11u1amd64,arm64,ppc64el
bookworm4.0.0+dfsg-2amd64,arm64
trixie4.0.0+dfsg-3amd64,arm64,armhf
sid4.0.0+dfsg-3amd64,arm64,armhf
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MacroMoleculeBuilder, precedentemente conosciuto come RNABuilder, può essere usato per trasformazione, modellazione di omologie, ripiegamento (es. usando i contatti delle coppie di basi), ridisegno dei complessi, fit su mappe di densità a bassa risoluzione, predire riarrangiamenti locali in seguito a mutazione e molte altre applicazioni.

openstructure
infrastruttura open source per biologia strutturale computazionale
Versions of package openstructure
ReleaseVersionArchitectures
experimental2.6.1-1~expamd64,mips64el
sid2.5.0-1amd64,mips64el
bullseye2.2.0-6amd64,mips64el,mipsel
bookworm2.3.1-9amd64,mips64el,mipsel
trixie2.5.0-1amd64,mips64el
upstream2.7.0
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenStructure ha l'obiettivo di fornire un ambiente open source, modulare, e flessibile per modellazione e visualizzazione molecolare. È destinato agli sviluppatori di metodi interessati al campo della bioinformatica strutturale.

promod3
motore di modellazione di omologia di proteine
Versions of package promod3
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.4.0+ds-1all
sid3.4.0+ds-1all
bookworm3.2.1+ds-6amd64
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ProMod3 è un motore di modellazione basato sull'infrastruttura OpenStructure per biologia strutturale computazionale che può eseguire tutti i passi necessari per generare un modello di proteina per omologia. Il suo design modulare ha l'obiettivo di implementare catene flessibili di pipe di modellazione e prototipazione veloce di algoritmi innovativi.

Please cite: Gabriel Studer, Gerardo Tauriello, Stefan Bienert, Marco Biasini, Niklaus Johner and Torsten Schwede: ProMod3—A versatile homology modelling toolbox. PLOS Computational Biology 17(1):e1008667 (2021)
pymol
sistema di grafica per molecole
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.5.0+dfsg-1all
bullseye2.4.0+dfsg-2all
buster2.2.0+dfsg-4all
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
bookworm2.5.0+dfsg-1all
sid2.5.0+dfsg-1all
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 67 users (28 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMOL è un sistema di grafica per molecole pensato per biomolecole medie o grandi, come proteine. Può generare immagini grafiche e animazioni di molecole di alta qualità pronte per la pubblicazione.

Le funzionalità includono:

  • visualizzazione di molecole, traiettorie molecolari e superfici di dati di cristallografia o orbitali;
  • costruttore e scultore molecolare;
  • raytracer e generatore di filmati interno;
  • completamente estensibile e gestibile da script tramite interfaccia Python.

Tra i formati file che PyMOL può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mappe CCP4, mappe XPLOR e mappe gaussiane cubiche.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 

No known packages available

nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
License: unknown
Debian package not available

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 236780