DebiChem Project
Summary
Molecular modelling
DebiChem - Modelowanie molekularne i wizualizacja 3D

Ten metapakiet zapewnia chemikom użyteczne pakiety do trójwymiarowego modelowania molekularnego i wizualizacji.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Molecular modelling packages

Official Debian packages with high relevance

Avogadro
System do molekularnego modelowania i wizualizacji
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 90 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro jest systemem do molekularnego modelowania oraz wizualizacji cząsteczek i biocząsteczek. Może wizualizować właściwości cząsteczek, takie jak orbitale lub potencjały elektrostatyczne, a ponadto udostępnia intuicyjne narzędzie do budowania cząsteczek.

Podstawowe możliwości:

  • molekularne modelowanie z automatyczną optymalizacją opartą na geometrii pól siłowych;
  • mechanika molekularna obejmująca wyszukiwanie według ograniczeń i konformacji;
  • wizualizacja orbitali molekularnych oraz ogólnych izopowierzchni;
  • wizualizacja drgań i kreślenie widm oscylacyjnych;
  • obsługa krystalograficznych komórek elementarnych;
  • generowanie wejścia dla pakietów chemii kwantowej Gaussian, GAMESS i MOLPRO;
  • elastyczna architektura wtyczek i skryptów Pythona.

Avogadro odczytuje formaty plików takie jak: PDB, XYZ, CML, CIF, Molden oraz dane wyjściowe: Gaussian, GAMESS i MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Ballview
free molecular modeling and molecular graphics tool
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 10 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BALLView provides fast OpenGL-based visualization of molecular structures, molecular mechanics methods (minimization, MD simulation using the AMBER, CHARMM, and MMFF94 force fields), calculation and visualization of electrostatic properties (FDPB) and molecular editing features.

BALLView can be considered a graphical user interface on the basis of BALL (Biochemical Algorithms Library) with a focus on the most common demands of protein chemists and biophysicists in particular. It is developed in the groups of Hans-Peter Lenhof (Saarland University, Saarbruecken, Germany) and Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen, Germany). BALL is an application framework in C++ that has been specifically designed for rapid software development in Molecular Modeling and Computational Molecular Biology. It provides an extensive set of data structures as well as classes for Molecular Mechanics, advanced solvation methods, comparison and analysis of protein structures, file import/export, and visualization.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Ghemical
Środowisko modelowania molekularnego do GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical jest pakietem oprogramowania stosowanym w chemii obliczeniowej, napisanym w języku C++. Posiada graficzny interfejs użytkownika i obsługuje zarówno modele mechaniki kwantowej (na wpół doświadczalne) jak i modele mechaniki molekularnej. Zapewnia optymalizację geometrii, dynamikę molekularną oraz zawiera duży zestaw narzędzi wizualnych wspieranych przez OpenGL.

Ghemical opiera się na kodzie zewnętrznym, umożliwiającym dokonywanie obliczeń w mechanice kwantowej. Zawiera, pochodzące z pakietu MOPAC7, semiempiryczne metody MNDO, MINDO/3, AM1 i PM3. Pakiet MPQC dostarcza, opartych na teorii Hartree-Focka, metod ab initio, obsługiwanych obecnie w podstawowym zakresie od STO-3G do 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Pymol
Molekularny system graficzny
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
sid2.3.0+dfsg-1all
squeeze1.2r2-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.5.0.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.2.0+dfsg-4all
bullseye2.3.0+dfsg-1all
upstream2.4.0
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 192 users (17 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyMOL jest systemem grafiki molekularnej, ukierunkowanym na średnie i duże biocząsteczki takie jak białka. Potrafi tworzyć wysokiej jakości, gotowe do opublikowania, molekularne grafiki i animacje.

Wśród możliwości:

  • wizualizowanie molekuł, trajektorii molekularnych i powierzchnii danych krystalograficznych lub orbitalnych;
  • budowanie i rzeźbienie molekularne;
  • kreślenie wewnętrznej grafiki i generowanie filmów;
  • pełna rozszerzalność i obsługa skryptów za pośrednictwem interfejsu Pythona.

PyMOL umożliwia odczytywanie następujących formatów plików: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 maps, XPLOR maps i Gaussian cube maps.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package pymol
VersionURL
1.2r2-1.1+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/024/large.png
Screenshots of package pymol

No known packages available

Nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
License: unknown
Debian package not available

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200793