Summary
Molecular Modelling
DebiChem - Modelowanie molekularne i wizualizacja 3D
Ten metapakiet zapewnia chemikom użyteczne pakiety do trójwymiarowego
modelowania molekularnego i wizualizacji.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
|
DebiChem Molecular Modelling packages
Official Debian packages with high relevance
avogadro
System do molekularnego modelowania i wizualizacji
|
Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Avogadro jest systemem do molekularnego modelowania oraz wizualizacji
cząsteczek i biocząsteczek. Może wizualizować właściwości cząsteczek, takie
jak orbitale lub potencjały elektrostatyczne, a ponadto udostępnia
intuicyjne narzędzie do budowania cząsteczek.
Podstawowe możliwości:
- molekularne modelowanie z automatyczną optymalizacją opartą na
geometrii pól siłowych;
- mechanika molekularna obejmująca wyszukiwanie według ograniczeń i
konformacji;
- wizualizacja orbitali molekularnych oraz ogólnych izopowierzchni;
- wizualizacja drgań i kreślenie widm oscylacyjnych;
- obsługa krystalograficznych komórek elementarnych;
- generowanie wejścia dla pakietów chemii kwantowej Gaussian, GAMESS
i MOLPRO;
- elastyczna architektura wtyczek i skryptów Pythona.
Avogadro odczytuje formaty plików takie jak: PDB, XYZ, CML, CIF, Molden
oraz dane wyjściowe: Gaussian, GAMESS i MOLPRO.
|
|
ballview
free molecular modeling and molecular graphics tool
|
Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
BALLView provides fast OpenGL-based visualization of molecular structures,
molecular mechanics methods (minimization, MD simulation using the
AMBER, CHARMM, and MMFF94 force fields), calculation and visualization
of electrostatic properties (FDPB) and molecular editing features.
BALLView can be considered a graphical user interface on the basis of
BALL (Biochemical Algorithms Library) with a focus on the most common
demands of protein chemists and biophysicists in particular. It is
developed in the groups of Hans-Peter Lenhof (Saarland University,
Saarbruecken, Germany) and Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen,
Germany). BALL is an application framework in C++ that has been
specifically designed for rapid software development in Molecular
Modeling and Computational Molecular Biology. It provides an extensive
set of data structures as well as classes for Molecular Mechanics,
advanced solvation methods, comparison and analysis of protein
structures, file import/export, and visualization.
|
|
ghemical
Środowisko modelowania molekularnego do GNOME
|
Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Ghemical jest pakietem oprogramowania stosowanym w chemii obliczeniowej,
napisanym w języku C++. Posiada graficzny interfejs użytkownika i obsługuje
zarówno modele mechaniki kwantowej (na wpół doświadczalne) jak i modele
mechaniki molekularnej. Zapewnia optymalizację geometrii, dynamikę
molekularną oraz zawiera duży zestaw narzędzi wizualnych wspieranych przez
OpenGL.
Ghemical opiera się na kodzie zewnętrznym, umożliwiającym dokonywanie
obliczeń w mechanice kwantowej. Zawiera, pochodzące z pakietu MOPAC7,
semiempiryczne metody MNDO, MINDO/3, AM1 i PM3. Pakiet MPQC dostarcza,
opartych na teorii Hartree-Focka, metod ab initio, obsługiwanych obecnie w
podstawowym zakresie od STO-3G do 6-31G**.
|
|
mmb
model the structure and dynamics of macromolecules
|
Versions of package mmb |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.0+dfsg-5 | amd64,arm64,riscv64 |
bullseye | 3.2+dfsg-2+deb11u1 | amd64,arm64,ppc64el |
bookworm | 4.0.0+dfsg-2 | amd64,arm64 |
experimental | 4.0.0+dfsg-3.1~exp1 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 4.0.0+dfsg-5 | amd64,arm64,riscv64 |
|
License: DFSG free
|
MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing,
homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning
complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local
rearrangements upon mutation, and many other applications.
|
|
openstructure
Open-Source Computational Structural Biology Framework
|
Versions of package openstructure |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.2.0-6 | amd64,mips64el,mipsel |
trixie | 2.9.0-2 | amd64,i386,mips64el |
sid | 2.9.0-2 | amd64,i386,mips64el |
bookworm | 2.3.1-9 | amd64,mips64el,mipsel |
|
License: DFSG free
|
OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular
modelling and visualization environment. It is targeted at interested method
developers in the field of structural bioinformatics.
|
|
promod3
protein homology modelling engine
|
Versions of package promod3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.2.1+ds-6 | amd64 |
sid | 3.4.0+ds-2 | all |
upstream | 3.4.1 |
|
License: DFSG free
|
ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational
structural biology framework that can perform all steps required to generate
a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible
modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.
|
|
pymol
Molekularny system graficzny
|
Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5.0+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.4.0+dfsg-2 | all |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.0+dfsg-1 | all |
sid | 3.0.0+dfsg-1 | all |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
PyMOL jest systemem grafiki molekularnej, ukierunkowanym na średnie i duże
biocząsteczki takie jak białka. Potrafi tworzyć wysokiej jakości, gotowe do
opublikowania, molekularne grafiki i animacje.
Wśród możliwości:
- wizualizowanie molekuł, trajektorii molekularnych i powierzchnii danych
krystalograficznych lub orbitalnych;
- budowanie i rzeźbienie molekularne;
- kreślenie wewnętrznej grafiki i generowanie filmów;
- pełna rozszerzalność i obsługa skryptów za pośrednictwem interfejsu
Pythona.
PyMOL umożliwia odczytywanie następujących formatów plików: PDB, XYZ, CIF,
MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 maps, XPLOR maps i Gaussian cube maps.
|
|
No known packages available
nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
|
|
License: unknown
Debian package not available
|
nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron
scattering spectra, but also computes other quantities.
|
|