Debian Science Biology packages

Critterding er et »petriskål«-univers i 3D, som demonstrerer udvikling af kunstig liv. Dyrene starter med fuldstændig vilkårlig hjerne og krop, men vil automatisk begynde en evolution mod bedre overlevelsesevner.

Denne metapakke vil installere Debianpakker til brug indenfor molekylær biologi, strukturel biologi og andre biologiske videnskaber.

NMODL Framework er en kodeoprettelsesmotor for NEURON MODeling Language (NMODL). Er designet med moderne kompiler og kodeoprettelsesteknikker for at:

• tilbyde modulopbyggede værktøjer til at fortolke, analyse og transformere NMODL
• tilbyde nem Python API på højt niveau
• Oprette optimeret kode for moderne beregningsarkitekturer inklusive CPU'er, GPU'er
• Fleksibilitet til at implementere nye simulatormotorer
• Understøtte den fulde NMODL-specifikation

MOD2C er NMODL til C tilpasset for CoreNEURON-simulatoren.

NMOD1 er et beskrivelsessprog til at specificere en model for en fysisk neuron i form af samtidige ikkelineære algebraiske ligninger, differentialligninger eller kinetiske skemaer.

InterViews er et bibliotek for den C++-grafiske brugerflade fra Stanford University og Silicon Graphics med et Motif-udseende.

Bruges af NEURON-simulatoren for forældet brugerfladeunderstøttelse, og bør ikke bruges med ny kode.

Denne metapakke vil installere Debianpakker, som kan være nyttige til udvikling af programmer indenfor biologisk forskning.

NMODL-rammen er en kodeoprettelsesmotor for NEURON MODeling Language (NMODL).

Denne pakke indeholder understøttelse for brug af nmodl fra Python.

Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:

• Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik, multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
• Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter, faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
• Systemer til glidende tilstand
• Biologi (genregulerende netværk) Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.

Denne pakke indeholder værktøjet »siconos«, der gør det muligt at kompilere og afvikle Siconos-programmer/skripter via en enkelt kommando.

Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:

• Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik, multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
• Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter, faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
• Systemer til glidende tilstand
• Biologi (genregulerende netværk) Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.

Denne pakke indeholder værktøjer til kørsel, analyse, manipulering, eksport og visning af resultatet af mekaniske simuleringer.

GENESIS is a general purpose simulation platform which was developed to support the simulation of neural systems ranging from complex models of single neurons to simulations of large networks made up of more abstract neuronal components.

GENESIS has provided the basis for laboratory courses in neural simulation at both Caltech and the Marine Biological Laboratory in Woods Hole, MA. Most current GENESIS applications involve realistic simulations of biological neural systems. Although the software can also model more abstract networks, other simulators are more suitable for backpropagation and similar connectionist modeling.