Debian Science Biology packages

Bauble è un'applicazione software per aiutare a gestire una collezione di campioni botanici. È pensata per essere usata da giardini botanici, erbari, arboreti, ecc. per gestire le informazioni sulle loro collezioni. È un'alternativa open source, libera e interpiattaforma a BG-Base e software simili.

Critterding è un universo 3D in una "piastra Petri" che mostra l'evoluzione di vita artificiale. All'inizio ci sono creaturine con cervelli e corpi completamente casuali, ma esse iniziano automaticamente ad evolvere in qualcosa con capacità di sopravvivenza molto migliori.

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian per l'uso in biologia molecolare, biologia strutturale e altre scienze biologiche.

L'infrastruttura NMODL è un motore di generazione di codice per NMODL (NEURON MODeling Language). È progettata con tecniche di generazione e compilatori moderni per:

• fornire strumenti modulari per scansionare, analizzare e trasformare NMODL;
• fornire un'API Python di alto livello facile da usare;
• generare codice ottimizzato per le architetture di calcolo moderne incluse CPU e GPU;
• flessibilità per implementare nuovi backend di simulazione;
• supportare tutta la specifica NMODL.

MOD2C è NMODL in C adattato per il simulatore CoreNEURON.

NMODl è un linguaggio descrittivo per specificare un modello per un neurone fisico in termini simultanei di equazioni algebriche non lineari, equazioni differenziali o schemi cinetici.

InterViews è una libreria C++ per GUI di Stanford University e Silicon Graphics con l'aspetto e lo stile di Motif.

È usata dal simulatore NEURON per la compatibilità con UI obsolete e non dovrebbe essere usata per il nuovo codice.

Questo metapacchetto installa pacchetti Debian che possono essere utili per lo sviluppo di applicazioni per la ricerca biologica.

L'infrastruttura NMODL è un motore di generazione di codice per NMODL (NEURON MODeling Language).

Questo pacchetto contiene il supporto per usare nmodl da Python.

Siconos è un software scientifico open-source indirizzato principalmente alla modellazione e alla simulazione in C++ e Python di sistemi dinamici non-smooth:

• sistemi meccanici (rigidi o solidi) con contatto unilaterale e collisione e attrito di Coulomb (meccanica non-smooth, dinamica del contatto, dinamica dei sistemi a molti corpi o materiali granulari);
• circuiti elettrici con interruttori come circuiti elettrici con componenti lineari a tratti e ideali: convertitori di potenza, raddrizzatori, PLL (Phase-Locked Loop) o convertitori analogico-digitale;
• sistemi di controllo sliding mode;
• biologia (reti di regolazione genetica). Altre applicazioni si trovano in sistemi e controllo (sistemi ibridi, inclusioni differenziali, controllo ottimo con vincoli di stato), ottimizzazione (sistemi di complementarità e disuguaglianze variazionali), meccanica dei fluidi e computer grafica.

Questo pacchetto contiene lo strumento "siconos" che permette di compilare ed eseguire in un singolo comando programmi/script di Siconos.

Siconos è un software scientifico open-source indirizzato principalmente alla modellazione e alla simulazione in C++ e Python di sistemi dinamici non-smooth:

• sistemi meccanici (rigidi o solidi) con contatto unilaterale e collisione e attrito di Coulomb (meccanica non-smooth, dinamica del contatto, dinamica dei sistemi a molti corpi o materiali granulari);
• circuiti elettrici con interruttori come circuiti elettrici con componenti lineari a tratti e ideali: convertitori di potenza, raddrizzatori, PLL (Phase-Locked Loop) o convertitori analogico-digitale;
• sistemi di controllo sliding mode;
• biologia (reti di regolazione genetica). Altre applicazioni si trovano in sistemi e controllo (sistemi ibridi, inclusioni differenziali, controllo ottimo con vincoli di stato), ottimizzazione (sistemi di complementarità e disuguaglianze variazionali), meccanica dei fluidi e computer grafica.

Questo pacchetto contiene strumenti che permettono di eseguire, analizzare, manipolare, esportare e visualizzare l'output di simulazioni meccaniche.

GENESIS is a general purpose simulation platform which was developed to support the simulation of neural systems ranging from complex models of single neurons to simulations of large networks made up of more abstract neuronal components.

GENESIS has provided the basis for laboratory courses in neural simulation at both Caltech and the Marine Biological Laboratory in Woods Hole, MA. Most current GENESIS applications involve realistic simulations of biological neural systems. Although the software can also model more abstract networks, other simulators are more suitable for backpropagation and similar connectionist modeling.