Debian Science Project
Summary
Data management
Debian Science Data Management packages

This metapackage will install packages to assist with data management tasks, such as obtaining data from remote resources, keeping data under version control, etc.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Data management packages

Official Debian packages with high relevance

Datalad
data files management and distribution platform
Versions of package datalad
ReleaseVersionArchitectures
buster0.11.2-2all
sid0.13.5-1all
stretch0.4.1-1all
Popcon: 28 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DataLad is a data management and distribution platform providing access to a wide range of data resources already available online. Using git-annex as its backend for data logistics it provides following facilities built-in or available through additional extensions

  • command line and Python interfaces for manipulation of collections of datasets (install, uninstall, update, publish, save, etc.) and separate files/directories (add, get)

  • extract, aggregate, and search through various sources of metadata (xmp, EXIF, etc; install datalad-neuroimaging for DICOM, BIDS, NIfTI support)

  • crawl web sites to automatically prepare and update git-annex repositories with content from online websites, S3, etc (install datalad-crawler)
Datalad-container
DataLad extension for working with containerized environments
Maintainer: Yaroslav Halchenko
Versions of package datalad-container
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.1-1all
buster0.2.2-2all
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

This extension enhances DataLad (http://datalad.org) for working with computational containers.

Git-annex
Gestion de fichiers avec git, sans vérification de leur contenu dans git
Versions of package git-annex
ReleaseVersionArchitectures
stretch-security6.20170101-1+deb9u1amd64,i386
stretch6.20170101-1+deb9u2amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster7.20190129-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye8.20200908-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid8.20200908-1ppc64el
sid8.20201103-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,s390x
wheezy3.20120629amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
wheezy-security3.20120629+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
jessie5.20141125+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie-security5.20141125+oops-1+deb8u2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package git-annex:
develrcs
roleprogram
works-withfile
Popcon: 493 users (93 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Git-annex permet la gestion de fichiers avec git, sans vérification de leur contenu dans git. Bien que cela puisse sembler paradoxal, cela se révèle utile lors de la gestion de fichiers plus importants que ce que git puisse gérer aisément, à cause des limitations de mémoire, de temps ou d'espace disque.

Il peut stocker de gros fichiers à divers endroits, depuis les disques durs locaux à un grand nombre de services de stockage en ligne, y compris S3, WebDAV ou rsync et des douzaines de fournisseurs de stockage en ligne utilisables à partir de greffons. Les fichiers peuvent être stockés chiffrés avec gpg, de telle sorte que le fournisseur de stockage en ligne ne puisse voir vos données. Git-annex conserve la trace de l'endroit où est stocké chaque fichier, afin de savoir combien de copies sont disponibles, et possède de nombreuses fonctionnalités pour assurer la préservation de vos données.

Git-annex peut aussi être utilisé pour assurer la synchronisation d'un dossier entre plusieurs ordinateurs, en détectant les modifications de fichier et en les transmettant automatiquement à git pour transfert aux autres ordinateurs. L'application web de git-annex facilite la configuration et l'utilisation de git-annex à cette fin.

The package is enhanced by the following packages: elpa-git-annex elpa-magit-annex keysafe
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200793