Debian Edu Project
Summary
Chemistry
Debian Edu - kemirelaterede programmer

Denne metapakke afhænger af forskellige programmer, som kan bruges til at lære kemi.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Edu to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Edu mailing list

Links to other tasks

Debian Edu Chemistry packages

Official Debian packages with high relevance

Avogadro
Molekulært grafik- og modelsystem
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 80 users (46 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

  • Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
  • Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
  • Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
  • Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
  • Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
  • Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
  • Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
0.8.1-5https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/732/large.png
Screenshots of package avogadro
Chemtool
Kemisk strukturtegningsprogram
Versions of package chemtool
ReleaseVersionArchitectures
buster1.6.14-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6.14-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6.14-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.6.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6.13-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.6.14-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6.14-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package chemtool:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useediting, learning
works-withimage, image:vector
works-with-formatsvg
x11application
Popcon: 34 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Chemtool er en GTK+-baseret 2D kemisk strukturredigering i X11. Den understøtter mange bindingstyper, de fleste former for tekst, der benyttes i kemisk tegnsætning samt splines, cirkelstykker og kurvede pile.

Tegninger kan eksporteres i formaterne MOL og PDB; SVG og XFig til yderligere påtegninger eller som en PiCTeX-tegning, en bitmap- eller PostScript-fil (flere af disse gennem XFigs hjælpeprogram fig2dev).

Pakken indeholder også et hjælpeprogram, cht, der beregner sumformlen og (eksakt) molvægt af en fil tegnet i chemtool. Cht kan enten kaldes direkte af Chemtool eller fra kommandolinjen.

Please cite: Matthias Brüstle: Chemtool - Moleküle zeichnen mit dem Pinguin. (eprint) Nachr. Chem. 49(11):1310-1313 (2001)
Screenshots of package chemtool
Easychem
Tegn højkvalitets molekyler og 2D kemiske formler
Versions of package easychem
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.6-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.6-8amd64,armel,armhf,i386
stretch0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.6-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package easychem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 24 users (26 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

EasyChem er et program som hjælper dig med at oprette højkvalitetsdiagrammer af molekyler og 2D kemiske formler som kan eksporteres til PDF, PS, LaTeX og fig.

EasyChem blev oprindelig udviklet til at oprette diagrammer for kemibøger og bruges nu ofte til dette formål i kommercielle og ikkekommercielle kemirelaterede bøger.

Screenshots of package easychem
Education-menus
Omorganisering af menuen i Debian Edu
Versions of package education-menus
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.812+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
sid2.11.6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.11.6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.713+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.851amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch1.924amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.10.47amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

En pakke til at omorganisere menugrene for at få en struktur, der er nem at bruge for lærere og studenter.

Gchempaint
Redigering af 2D-kemiske strukturer til GNOME2-skrivebordet
Versions of package gchempaint
ReleaseVersionArchitectures
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.14.17-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gchempaint:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning
x11application
Popcon: 33 users (38 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GChemPaint er et redigeringsprogram til 2D-kemiske strukturer. Programmet har en flerdokument grænseflade. Tegnede molekyler kan søges på NIST Webbook og PubChem.

Screenshots of package gchempaint
Gdis
Fremviser til molekylær- og krystalmodeller
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 27 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Et program baseret på GTK+ til visning og manipulation af isolerede molekyler, periodiske systemer og krystalformer. Det er under udvikling, men dog stadig rimelig funktionelt. Det har følgende funktioner:

  • Understøtter adskillige filtyper (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN og GULP)
  • Et simpelt værktøj til at skabe og manipulere molekyler
  • Et vindue til at skabe startkonfigurationer for simulationer af molekylære dynamikker
  • Et udvalg af værktøj til visualisering (information om geometri, fremhævelse af region, osv.)
  • Animation af BIOSYM-filer (også animationsgengivelser, se nedenfor)

GDIS lader dig også udføre følgende funktioner gennem andre pakker:

  • Optegning af model (takket være POVRay)
  • Minimering af energi (takket være GULP)
  • Morfologi-beregninger (takket være cdd)
  • Behandling af rumgrupper (takket være SgInfo)
  • Se den periodiske tabel (takket være GPeriodic)
  • Indlæs yderligere filtyper, såsom PDB (takket være Babel)
Screenshots of package gdis
Gperiodic
Et periodisk system-program
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.10-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 50 users (30 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GPeriodic er et lille X/GTK+-baseret program, der gør det muligt at bladre gennem det periodiske system over kemiske grundstoffer og aflæse detaljer om hvert grundstof. Indeholder 118 grundstoffer.

Other screenshots of package gperiodic
VersionURL
2.0.10-5https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/421/large.png
Screenshots of package gperiodic
Kalzium
Periodisk tabel og kemiværktøjer
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
sid19.08.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.4.5-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.8.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye19.08.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream19.08.3
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 195 users (210 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Kalzium er et kemiprogram med alle funktioner, inklusiv en periodisk tabel, kemisk reference, kemisk ligningsløser og 3D-molekylefremviser.

Denne pakke er en del af KDE-undervisningsmodulet.

Other screenshots of package kalzium
VersionURL
4:4.4.5-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/862/large.png
Screenshots of package kalzium
Pymol
System til molekylærgrafik
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.2r2-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.0+dfsg-1all
bullseye2.3.0+dfsg-1all
buster2.2.0+dfsg-4all
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.5.0.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 422 users (55 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMOL er et system til molekylærgrafik målrettet mellemstore til store biomolekyler som proteiner. Det kan fremstille udgivelsesklare billeder og animationer af molekylærgrafik i høj kvalitet.

Egenskaber inkluderer:

  • Visualisering af molekyler, molekylærbaner og overflader af data fra krystallografi eller orbitaler
  • Molekylærbygger og -skulptør
  • Intern strålesporing og filmgenerator
  • Fuldt udvidelig og skriptbar via en Python-grænseflade

Filformater som PyMOL kan læse inkluderer PDB, XYZ, CIF, »MDL Molfile«, ChemDraw, CCP4-kort, XPLOR-kort og »Gaussian cube«-kort.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package pymol
VersionURL
1.2r2-1.1+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/024/large.png
Screenshots of package pymol
Viewmol
Grafisk brugerflade for bregningskemiprogrammer
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 42 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Viewmol kan hjælpe grafisk med oprettelsen af molekylære strukturer for beregninger og med at visualisere resultaterne.

I øjeblikket inkluderer Viewmol inddatafiltre for resultaterne Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole og Vamp samt PDB-filer. Strukturer kan gemmes som Accelrys' car-filer, MDL-filer og Turbomolekoordinatfiler. Viewmol kan oprette inddatafiler for Gaussian 9x/03. Viewmols filformat er blevet tilføjet til OpenBabel, så at OpenBabel kan fungere som inddata samt resultatfilter for koordinater.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol

Official Debian packages with lower relevance

Rasmol
Visualisering af biologiske makromolekyler
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
sid2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.7.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.7.5.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 170 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

RasMol er et molekylært grafikprogram lavet til visualisering af proteiner, xxx syrer og små molekyler. Programmet har som formål at vise, lære og oprette billeder i udgivelseskvalitet.

Programmet læser i en molekylær koordinatfil og viser interaktivt molekylet på skærmen i forskellige farveskemaer og molekylerepræsentationer. Blandt de tilgængelige repræsentationer findes trådgitter med dybdeeffekt, Dreiding-pinde, kalotmodeller (CPK), kugler og pinde, biomolekylære bånd (eller »ribbons«; massive og som tråde), atometiketter samt prikoverflader.

Understøttede filformater inkluderer Protein Data Bank (PDB), Tripos Asscociates' Alchemy- og Sybyl Mo12-formater, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-filformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ-format (XMol), CHARMm-format, CIF-format og mmCIF-formatfiler.

Denne pakke installerer to versioner af RasMol: rasmol-gtk har en moderne GTK-baseret brugerflade og rasmol-classic har versionen med den gamle Xlib-grafiske brugerflade.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package rasmol
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203196