Debian Edu Chemistry packages

Avogadro é um sistema de modelagem e gráficos moleculares para moléculas e biomoléculas. Pode visualizar propriedades como orbitais moleculares ou potenciais eletrostáticos e tem um construtor molecular intuitivo.

Inclui os seguintes recursos:

• Modelador molecular com otimização automática de geometria baseada em campo de força;

• Mecânica molecular incluindo restrições e buscas de confórmeros;

• Visualização de orbitais moleculares e isosuperfícies gerais;
• Visualização de vibrações e plotagem de espectro vibracional;
• Suporte para células unitárias cristalográficas;

• Geração de entrada para os pacotes de química quântica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;

• Arquitetura de extensões flexível e scripts em Python.

Os formatos de arquivos que o Avogadro pode ler incluem PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, assim como a saída dos pacotes Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Chemtool is a GTK+ based 2D chemical structure editor for X11. It supports many bond styles, most forms of text needed for chemical typesetting and splines/arcs/curved arrows.

Drawings can be exported to MOL and PDB format, SVG or XFig format for further annotation, as a PiCTeX drawing, as a bitmap or as Postscript files (several of these through XFig's companion program fig2dev).

The package also contains a helper program, cht, to calculate sum formula and (exact) molecular weight from a chemtool drawing file. Cht can either be called directly by Chemtool or on the console.

EasyChem é um programa que ajuda você a criar diagramas de alta qualidade de moléculas e fórmulas 2D que podem ser exportados para PDF, PS, LaTeX e fig.

EasyChem foi originalmente desenvolvido para criar diagramas em livros de química e agora é frequentemente usado para este propósito em livros relacionados a química comerciais ou não.

Pacote para reorganizar menus para se obter uma estrutura fácil de usar para professores(as) e estudantes.

GChemPaint é um editor para estruturas químicas 2D com uma interface de múltiplos documentos. Moléculas desenhadas podem ser pesquisadas no NIST Webbook e no PubChem.

A GTK+ based program for the display and manipulation of isolated molecules, periodic systems and crystalline habits. It is in development, but is nonetheless fairly functional. It has the following features:

• Support for several file types (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN, and GULP)
• A simple molecular creation and manipulation tool
• A dialogue for creating starting configurations for molecular dynamics simulations
• Assorted tools for visualization (geometry information, region highlighting, etc.)
• Animation of BIOSYM files (also rendered animations, see below)

GDIS also allows you to perform the following functions through other packages:

• Model rendering (courtesy of POVRay)
• Energy minimization (courtesy of GULP)
• Morphology calculation (courtesy of cdd)
• Space group processing (courtesy of SgInfo)
• View the Periodic Table (courtesy of GPeriodic)
• Load additional filetypes, such as PDB (courtesy of Babel)

GPeriodic é um pequeno programa baseado em X/GTK+ que possibilita a você navegar por uma tabela periódica dos elementos químicos e ver alguma informação mais detalhada sobre cada um dos elementos. Atualmente estão listados 118 elementos.

Kalzium is a full-featured chemistry application, including a Periodic Table of Elements, chemical reference, chemical equation solver, and 3D molecule viewer.

This package is part of the KDE education module.

PyMOL é um sistema de gráficos de moléculas feito para biomoléculas de médias para grandes como proteínas, por exemplo. Ele pode gerar imagens e animações de moléculas de alta qualidade e prontas para publicação.

Recursos inclusos:

• Visualização de moléculas, trajetória molecular e superfícies de dados de cristalográficos ou orbitais;
• Construtor e escultor molecular;
• "Raytracer" (traçador de raios) interno e gerador de filmes;
• Totalmente extensível e programável através de uma interface Python.

Os formatos de arquivo que o PyMOL consegue ler incluem PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapas CCP4, mapas XPLOR e mapas cúbicos gaussianos.

RasMol is a molecular graphics program intended for the visualisation of proteins, nucleic acids and small molecules. The program is aimed at display, teaching and generation of publication quality images.

The program reads in a molecule coordinate file and interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour schemes and molecule representations. Currently available representations include depth-cued wireframes, 'Dreiding' sticks, spacefilling (CPK) spheres, ball and stick, solid and strand biomolecular ribbons, atom labels and dot surfaces.

Supported input file formats include Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy and Sybyl Mol2 formats, Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XYZ (XMol) format, CHARMm format, CIF format and mmCIF format files.

This package installs two versions of RasMol, rasmol-gtk has a modern GTK-based user interface and rasmol-classic is the version with the old Xlib GUI.