Debian Edu Project
Summary
Chemistry
applicazioni relative alla chimica per Debian Edu

Questo metapacchetto dipende su varie applicazioni che possono essere utilizzate per insegnare la chimica.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Edu to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Edu mailing list

Links to other tasks

Debian Edu Chemistry packages

Official Debian packages with high relevance

avogadro
sistema di grafica e modellamento molecolare
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 66 users (47 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

  • modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
  • meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
  • visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
  • visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
  • gestione di unità a cella cristallografiche;
  • generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
  • architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
chemtool
programma per il disegno di strutture chimiche
Versions of package chemtool
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.6.14-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6.14-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6.14-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package chemtool:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useediting, learning
works-withimage, image:vector
works-with-formatsvg
x11application
Popcon: 28 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Chemtool è un editor 2D per X11 per strutture chimiche basato su GTK+. Supporta molti stili per i legami, la maggior parte dei tipi di testo necessari per impaginare testi chimici e spline/archi/frecce curve.

I disegni possono essere esportati in formato MOL e PDB, in formato SVG * XFig per ulteriori annotazioni, come disegni PiCTex, come bitmap o file PostScript (molti di questi grazie a fig2dev, il programma compagno di Xfig).

Il pacchetto contiene anche un programma di aiuto, cht, per calcolare le formule somma e il peso molecolare (esatto) a partire da un file di disegno di chemtool. Cht può essere invocato direttamente da Chemtool o dalla console.

Please cite: Matthias Brüstle: Chemtool - Moleküle zeichnen mit dem Pinguin. (eprint) Nachr. Chem. 49(11):1310-1313 (2001)
Screenshots of package chemtool
easychem
disegno di molecole e formule chimiche 2D di alta qualità
Versions of package easychem
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.6-8amd64,armel,armhf,i386
buster0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package easychem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 22 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

EasyChem è un programma che aiuta a creare diagrammi di alta qualità di molecole e di formule chimiche 2D, i quali possono essere esportati come PDF, PS, LaTeX e fig.

EasyChem è stato originariamente sviluppato per creare diagrammi per libri di chimica ed è ora usato di frequente a questo scopo in libri relativi alla chimica commerciali e non commerciali.

Screenshots of package easychem
education-menus
riorganizzazione del menu per Debian Edu
Versions of package education-menus
ReleaseVersionArchitectures
sid2.12.15all
bookworm2.12.15all
bullseye2.11.37all
buster2.10.47amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.924amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.812+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
trixie2.12.15all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Un pacchetto per riorganizzare le ramificazioni del menu al fine di ottenere una struttura facile da usare per insegnanti e studenti.

gchempaint
editor di strutture chimiche 2D per il desktop GNOME2
Versions of package gchempaint
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.14.17-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-6.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gchempaint:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning
x11application
Popcon: 27 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GChemPaint è un editor per strutture chimiche 2D con interfaccia a documenti multipli. Le molecole disegnate possono essere ricercate nel NIST Webbook e tramite PubChem.

gdis
visualizzatore per modelli di molecole e cristalli
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 19 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Programma basato su GTK per la visualizzazione e la manipolazione di molecole isolate, sistemi periodici e strutture cristalline. Nonostante sia in fase di sviluppo è ragionevolmente funzionante. Ha le seguenti caratteristiche:

  • supporto per diversi tipi di file (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN e GULP);
  • semplice strumento di creazione e manipolazione di molecole;
  • finestra di dialogo per creare configurazioni di partenza per simulazioni di dinamiche molecolari;
  • strumenti assortiti per la visualizzazione (informazioni geometriche, evidenziazione di regioni, ecc.);
  • animazione di file BIOSYM (anche animazioni rendered, vedi sotto).

GDIS permette anche di svolgere le seguenti azioni attraverso altri pacchetti:

  • rendering di modelli (grazie a POVRay);
  • minimizzazione dell'energia (grazie a GULP),
  • calcoli morfologici (grazie a cdd);
  • elaborazione di gruppi spaziali (grazie a SgInfo);
  • visione della tavola periodica degli elementi (grazie a GPeriodic);
  • caricamento di tipi di file addizionali, come PDB (grazie a Babel).
Screenshots of package gdis
gperiodic
applicazione con la tavola periodica
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 38 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GPeriodic è un piccolo programma basato su X/GTK+ che permette di sfogliare la tavola periodica degli elementi chimici e di visualizzare informazioni abbastanza dettagliate per ogni elemento. Attualmente sono elencati 118 elementi.

kalzium
tavola periodica degli elementi e strumenti di chimica
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
sid22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye20.12.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
upstream24.02.1
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 175 users (157 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Kalzium è un'applicazione per chimica completa che include una tavola periodica degli elementi, documenti di consultazione per la chimica, un risolutore di equazioni chimiche e un visualizzatore di molecole 3D.

Questo pacchetto fa parte del modulo educativo di KDE.

Other screenshots of package kalzium
VersionURL
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-7ac385be3f63bd95d07fa6b5ed246c93.png
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-b337656907b2f4c884df0e2fef25b617.png
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-797c6653a678dee1d38a271cd31facd2.png
21.08.0https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-3714f02b9e759819c082b9d19227dccd.png
22.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/24823/simage/large-b37a5de92bf3698c7145844e1ea4a4bd.png
4:4.4.5-1https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/4862/simage/large-e344f66fe538f46bc890f8ed79d12678.png
4:3.5.9-2https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/1228/simage/large-6d015b0dadb288a0cc6f6e5d5d3331fa.png
Screenshots of package kalzium
pymol
sistema di grafica per molecole
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.0+dfsg-1all
trixie2.5.0+dfsg-1all
bookworm2.5.0+dfsg-1all
bullseye2.4.0+dfsg-2all
buster2.2.0+dfsg-4all
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 81 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMOL è un sistema di grafica per molecole pensato per biomolecole medie o grandi, come proteine. Può generare immagini grafiche e animazioni di molecole di alta qualità pronte per la pubblicazione.

Le funzionalità includono:

  • visualizzazione di molecole, traiettorie molecolari e superfici di dati di cristallografia o orbitali;
  • costruttore e scultore molecolare;
  • raytracer e generatore di filmati interno;
  • completamente estensibile e gestibile da script tramite interfaccia Python.

Tra i formati file che PyMOL può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mappe CCP4, mappe XPLOR e mappe gaussiane cubiche.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 

Official Debian packages with lower relevance

rasmol
visualizza macromolecole biologiche
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
bookworm2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.7.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 20 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

RasMol è un programma di disegno molecolare progettato per visualizzare proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma è volto a fini illustrativi, didattici e alla produzione di immagini di qualità per la pubblicazione.

Il programma legge da un file le coordinate molecolari e visualizza interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di colori e di rappresentazioni. Attualmente le rappresentazioni disponibili includono insiemi di linee, con segmenti cilindrici rappresentanti i legami, con sfere solide (CPK), con palline e bastoncini, con nastri macromolecolari (sia nastri solidi ombreggiati che filamenti paralleli), con etichette per gli atomi e superfici punteggiate.

I formati di input attualmente supportati comprendono: Protein Data Bank (BPD), i formati Mol2 per Alchemy e Sybyl della Tripos, il formato Mol della Molecular Design Limited (MDL), il formato XMol XYZ del Minnesota Supercomputer Center (MSC), il formato CHARMm, il formato CIF e il formato mmCIF.

Questo pacchetto installa due versioni di RasMol, rasmol-gtk ha una moderna interfaccia basata su GTK e rasmol-classic è la vecchia versione con la GUI Xlib.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.tools 
Screenshots of package rasmol
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 236909