Debian Edu Chemistry packages

Avogadro jest systemem do molekularnego modelowania oraz wizualizacji cząsteczek i biocząsteczek. Może wizualizować właściwości cząsteczek, takie jak orbitale lub potencjały elektrostatyczne, a ponadto udostępnia intuicyjne narzędzie do budowania cząsteczek.

Podstawowe możliwości:

• molekularne modelowanie z automatyczną optymalizacją opartą na geometrii pól siłowych;
• mechanika molekularna obejmująca wyszukiwanie według ograniczeń i konformacji;
• wizualizacja orbitali molekularnych oraz ogólnych izopowierzchni;
• wizualizacja drgań i kreślenie widm oscylacyjnych;
• obsługa krystalograficznych komórek elementarnych;
• generowanie wejścia dla pakietów chemii kwantowej Gaussian, GAMESS i MOLPRO;
• elastyczna architektura wtyczek i skryptów Pythona.

Avogadro odczytuje formaty plików takie jak: PDB, XYZ, CML, CIF, Molden oraz dane wyjściowe: Gaussian, GAMESS i MOLPRO.

Chemtool to dwuwymiarowy, bazujący na GTK+, edytor struktur chemicznych do X11. Obsługuje wiele typów wiązań, większość rodzajów tekstu potrzebnych do oznaczania składu chemicznego oraz krzywe/łukowe/zakrzywione strzałki.

Rysunki mogą być eksportowane do formatu MOL oraz PDB, SVG lub XFig - do dalszych adnotacji, jako rysunek PiCTeX, bitmapa lub pliki Postscript (kilka z nich przez fig2dev towarzyszący programowi XFig).

Pakiet zawiera również program pomocniczy - cht, do obliczania sumy wzoru i (dokładnej) masy cząsteczkowej z rysunku stworzonego przez Chemtool. Cht może być wywoływany bezpośrednio przez Chemtool lub poprzez konsolę.

EasyChem to program, który pomaga tworzyć wysokiej jakości diagramy molekularne i dwuwymiarowe formuły chemiczne, które można eksportować do formatów PDF, PS, LaTeX i FIG.

EasyChem został pierwotnie zaprojektowany w celu tworzenia diagramów do książek związanych z chemią i jest obecnie często wykorzystywany pod tym względem w komercyjnych i niekomercyjnych książkach tego rodzaju.

Pakiet umożliwiający reorganizację gałęzi menu w celu uzyskania struktury łatwej w obsłudze dla nauczycieli i uczniów.

GChemPaint is an editor for 2D chemical structures with a multiple document interface. Drawn molecules can be searched at NIST Webbook and PubChem.

A GTK+ based program for the display and manipulation of isolated molecules, periodic systems and crystalline habits. It is in development, but is nonetheless fairly functional. It has the following features:

• Support for several file types (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN, and GULP)
• A simple molecular creation and manipulation tool
• A dialogue for creating starting configurations for molecular dynamics simulations
• Assorted tools for visualization (geometry information, region highlighting, etc.)
• Animation of BIOSYM files (also rendered animations, see below)

GDIS also allows you to perform the following functions through other packages:

• Model rendering (courtesy of POVRay)
• Energy minimization (courtesy of GULP)
• Morphology calculation (courtesy of cdd)
• Space group processing (courtesy of SgInfo)
• View the Periodic Table (courtesy of GPeriodic)
• Load additional filetypes, such as PDB (courtesy of Babel)

GPeriodic jest małym programem X napisanym w GTK+, który pozwala na przeszukiwanie tablicy okresowej pierwiastków oraz wyświetlanie szczegółowych informacji o każdym jej elemencie. Obecnie jest obsługiwanych 118 pierwiastków.

Kalzium jest w pełni funkcjonalną aplikacją chemiczną, obejmującą układ okresowy pierwiastków, opis zagadnień z zakresu chemii, rozwiązywanie równań chemicznych oraz podgląd cząsteczek w 3D.

Pakiet jest częścią modułu edukacyjnego KDE.

PyMOL jest systemem grafiki molekularnej, ukierunkowanym na średnie i duże biocząsteczki takie jak białka. Potrafi tworzyć wysokiej jakości, gotowe do opublikowania, molekularne grafiki i animacje.

Wśród możliwości:

• wizualizowanie molekuł, trajektorii molekularnych i powierzchnii danych krystalograficznych lub orbitalnych;
• budowanie i rzeźbienie molekularne;
• kreślenie wewnętrznej grafiki i generowanie filmów;
• pełna rozszerzalność i obsługa skryptów za pośrednictwem interfejsu Pythona.

PyMOL umożliwia odczytywanie następujących formatów plików: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 maps, XPLOR maps i Gaussian cube maps.

RasMol is a molecular graphics program intended for the visualisation of proteins, nucleic acids and small molecules. The program is aimed at display, teaching and generation of publication quality images.

The program reads in a molecule coordinate file and interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour schemes and molecule representations. Currently available representations include depth-cued wireframes, 'Dreiding' sticks, spacefilling (CPK) spheres, ball and stick, solid and strand biomolecular ribbons, atom labels and dot surfaces.

Supported input file formats include Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy and Sybyl Mol2 formats, Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XYZ (XMol) format, CHARMm format, CIF format and mmCIF format files.

This package installs two versions of RasMol, rasmol-gtk has a modern GTK-based user interface and rasmol-classic is the version with the old Xlib GUI.