Debian Edu Chemistry packages

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

 — modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
   de force automatique ;
 — mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
    conformation ;
 — visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
 — visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
 — gestion des cellules cristallographiques ;
 — création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
    MOLPRO ;
 — architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

Chemtool est un éditeur de structure chimique 2D en GTK+ pour X11. Il prend en charge plusieurs types de liaisons, la plupart des formats de texte nécessaires à l'écriture en chimie et les flèches en forme de cerce, d'arc ou courbées.

Les dessins peuvent être exportés dans les formats MOL et PDB, SVG ou XFig pour des annotations ultérieures, en tant que dessin PiCTex ou comme fichier bitmap ou Postscript (plusieurs de ces formats grâce au programme fig2dev, pendant de XFig).

Le paquet contient également un programme d'aide, cht, pour calculer des formules et des masses moléculaires exactes à partir d'un fichier de dessin chemtool. Cht peut être appelé directement depuis Chemtool ou bien depuis la ligne de commande.

EasyChem vous permet de créer des diagrammes de haute qualité de molécules et de formules chimiques 2D, qui peuvent être exportées en PDF, PS, LaTex et fig.

EasyChem a été développé pour créer des diagrammes pour des livres de chimie ; il est maintenant fréquemment utilisé dans des livres relatifs à la chimie, commerciaux ou non.

Ce paquet réorganise les branches du menu pour avoir une structure facile d'utilisation pour les enseignants et étudiants.

GChemPaint est un éditeur 2D de structures chimiques avec une interface multidocument. Vous pouvez retrouver les molécules tracées dans NIST Webbook et PubChem.

Il s’agit d’un programme basé sur GTK+ pour l’affichage et la manipulation de molécules isolées, de systèmes périodiques et de formes cristallines. Il est en développement, mais néanmoins à peu près fonctionnel. Il possède les caractéristiques suivantes :

 — prise en charge de plusieurs types de fichier (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL,
   MARVIN et GULP) ;
 — création de molécule simple et outil de manipulation ;
 — dialogue pour la création de configurations de départ pour la simulation
   de dynamique moléculaire ;
 — outils complémentaires pour la visualisation (information de géométrie,
   mise en évidence de région, etc) ;
 — animation de fichiers BIOSYM (ainsi que d’autres animations de rendu,
   voir ci-dessous).

GDIS permet aussi de réaliser les fonctions suivantes à l’aide d’autres paquets :

 — rendu de modèle (grâce à POVRay) ;
 — minimisation d’énergie (grâce à GULP) ;
 — calcul de morphologie (grâce à cdd) ;
 — traitement de groupe d’espace (grâce à SgInfo) ;
 — visualisation de la table périodique des éléments (grâce à GPeriodic) ;
 — chargement de types de fichier supplémentaires, tel PDB (grâce à Babel).

Gperiodic est un petit programme X/GTK+ qui permet de parcourir un tableau périodique des éléments chimiques et de consulter des informations détaillées sur chacun d'eux. 118 éléments sont actuellement intégrés.

Kalzium est une application de chimie comprenant une table périodique des éléments, une référence chimique, un résolveur d'équations chimiques et un visionneur de molécules en 3D.

Ce paquet fait partie du module éducatif de KDE.

PyMOL est un programme de visualisation de molécules ciblant la biologie structurale pour des biomolécules moyennes ou grosses telles que les protéines. Il peut produire des graphismes et des animations de molécules de qualité professionnelle.

Les fonctions incluent :

 – la visualisation de molécules, de trajectoires moléculaires et de
   structures de données cristallographiques ou d’orbitales ;
 – un « constructeur » et « sculpteur » de molécules ;
 – un lanceur de rayons et un générateur de film internes ;
 – la possibilité de toutes extensions et scripts à l’aide d’une interface
   en Python.

Les formats de fichier que PyMOL peut lire incluent PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, les « cartes » CCP4, XPLOR et Gaussian cube.

RasMol est un programme graphique moléculaire destiné à la visualisation de protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules. Le programme est destiné à l'affichage, l'apprentissage et la génération d'images de la qualité des publications.

Le programme lit un fichier de coordonnées de molécule et l'affiche interactivement à l'écran avec diverses couleurs et représentations. Les molécules chargées peuvent être montrées comme des structures filaires, des liaisons cylindriques (drieding), des sphères remplissant l'espace (CPK), des rubans macromoléculaires, des boules avec des liaisons, des rubans de biomoléculaires solides et en brins, des étiquettes d'atomes et des surfaces de points.

Sont actuellement pris en charge les formats Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos' Alchemy et Sybyl Mol2, les formats de fichiers Molecular Design Limited's (MDL) Mol, le format Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ et les formats de fichiers CHARMm, CIF et mmCIF.

Ce paquet installe deux versions de RasMol : rasmol-gtk possède une interface moderne en GTK et rasmol-classic est la version avec l'ancienne interface graphique Xlib.