Debian Edu Chemistry packages

Avogadro ist ein System für Molekülgrafiken und -modellierung, das für Moleküle und Biomoleküle gedacht ist. Es kann Eigenschaften wie Molekülorbitale oder elektrostatische Potentiale visualisieren und enthält einen intuitiven Moleküleditor.

Es verfügt über die folgenden Fähigkeiten:

• Molekülmodellierer mit automatischer kraftfeldbasierter Geometrie-Optimierung
• Molekülmechanik einschließlich der Suche mit Bedingungen und Conformern
• Visualisierung von Molekülorbitalen und allgemeinen Isoflächen
• Visualisierung von Schwingungen und Darstellung von Schwingungsspektren
• Unterstützung von kristallografischen Einheitszellen
• Eingabeerzeugung für die quantenchemischen Pakete Gaussian, GAMESS und MOLPRO
• Flexible Erweiterungsarchitektur und Python-Skripting

Avogadro kann die Dateiformate PDB, XYZ, CML, CIF und Molden sowie die Ausgabe von Gaussian, GAMESS und MOLPRO lesen.

Chemtool is a GTK+ based 2D chemical structure editor for X11. It supports many bond styles, most forms of text needed for chemical typesetting and splines/arcs/curved arrows.

Drawings can be exported to MOL and PDB format, SVG or XFig format for further annotation, as a PiCTeX drawing, as a bitmap or as Postscript files (several of these through XFig's companion program fig2dev).

The package also contains a helper program, cht, to calculate sum formula and (exact) molecular weight from a chemtool drawing file. Cht can either be called directly by Chemtool or on the console.

EasyChem ist ein Programm, welches Ihnen hilft, hochqualitative Diagramme von Molekülen und zweidimensionale chemische Formeln zu erstellen, welche nach PDF, PS, LaTeX und fig exportiert werden können.

EasyChem wurde ursprünglich entwickelt, um Diagramme für Chemiebücher zu erstellen, und wird mittlerweile für kommerzielle und nichtkommerzielle Chemiebücher eingesetzt.

Ein Paket zur Reorganisation von Menüzweigen, um eine für Schüler und Lehrer einfach verwendbare Struktur einzurichten.

GChemPaint ist ein Editor für chemische 2D-Strukturen mit einer Schnittstelle für mehrere Dokumente. Gezeichnete Moleküle können im NIST Webbook und in PubChem gesucht werden.

Ein auf GTK beruhendes Programm für die Anzeige und Manipulation von isolierten Molekülen, des Periodensystems und der Beschaffenheit von Kristallen. Es wird noch entwickelt, ist aber dennoch recht gut benutzbar. Es bietet die folgenden Fähigkeiten:

• Unterstützung für mehrere Dateitypen (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN und GULP)
• Ein einfaches Werkzeug zur Erzeugung und Manipulation von Molekülen
• Ein Dialog für die Erstellung von Anfangskonfigurationen für Molekulardynamik-Simulationen
• Diverse Werkzeuge für die Visualisierung (geometrische Informationen, Hervorhebung von Regionen usw.)
• Animation von BIOSYM-Dateien (auch gerenderten Animationen, siehe unten)

Mit Hilfe anderer Pakete kann GDIS auch die folgenden Aufgaben ausführen:

• Darstellung von Modellen (Hilfestellung durch Povray)
• Energieminimierung (Hilfestellung durch GULP)
• Berechnung der Molekülgestalt (Hilfestellung durch CDD)
• Verarbeitung räumlicher Gruppen (Hilfestellung durch SgInfo)
• Betrachtung des Periodensystems (Hilfestellung durch GPeriodic)
• Lesen zusätzlicher Dateitypen, wie PDB (Hilfestellung durch Babel)

GPeriodic ist ein kleines X/GTK+-basiertes Programm, welches das Periodensystem der Elemente darstellt und auch ausführlichere Informationen zu jedem Element liefert. Es umfasst z.Z. 118 Elemente.

Kalzium ist eine voll funktionsfähige Chemieanwendung. Sie beinhaltet ein Periodensystem der Elemente, Chemie-Referenzen, einen Löser für chemische Gleichungen und einen Betrachter für 3D-Moleküle.

Dieses Paket ist Teil des KDE-Bildungsmoduls.

PyMOL ist ein Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf mittelgroße bis große Biomoleküle wie Proteine. Es kann qualitativ hochwertige, den Anforderungen einer Publikation genügende Molekülgrafiken als Bilder oder Animationen erstellen.

Zu den Funktionen zählen:

• Visualisierung von Molekülen, molekularen Bahnen und Oberflächen von Kristallografiedaten oder Orbitalen
• Manuelle und automatisierte Erstellung von Molekülen
• Interner Raytracer und Filmerzeuger
• Voll erweiterbar und programmierbar durch eine Python-Schnittstelle

PyMOL kann unter anderem folgende Dateiformate lesen: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 Maps, XPLOR Maps und Gaussian Cube Maps.

RasMol ist ein Grafikprogramm zur Moleküldarstellung, das die dreidimensionale Anordnung von Proteinen, Nukleinsäuren und beliebigen kleinen Molekülen visualisiert. Hierbei wird auf die Verwendbarkeit in der Forschung und Lehre Wert gelegt und auch auf eine druckreife Qualität der Darstellungen.

Das Programm liest eine Datei mit Koordinaten ein und zeigt das Molekül interaktiv am Bildschirm an, mit der Möglichkeit zur Veränderung von Farben und der Gestalt der Atome. Derzeit verfügbare Abbildungen sind »depth-cued«-Drahtmodelle, »Dreiding«-Sticks, raumfüllende (CPK-)Kugeln, Stäbchenmodell, sekundäre Strukturen wie Faltblätter und Helices, Atombeschriftungen und Punktoberflächen.

Unterstützt werden Dateien aus der Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy und Sybyl-Mol2-Formate, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-Dateiformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ- (XMol-)Format, CHARMm-Format, CIF-Format und mmCIF formatierte Dateien.

Dieses Paket installiert zwei Versionen von RasMol, rasmol-gtk hat eine moderne GTK-basierte Bedienoberfläche und rasmol-classic die Xlib-GUI.