Summary
Chemistry
Debian Edu - vzdelávacie aplikácie v oblasti chémie
Tento metabalík závisí od rôznych balíkov, ktoré sa dajú použiť pri výuke
astronómie.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Edu
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Edu mailing list
Links to other tasks
|
Debian Edu Chemistry packages
Official Debian packages with high relevance
Avogadro
systém molekulárnej grafiky a modelovania
|
Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
squeeze | 1.0.1-3 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
wheezy | 1.0.3-5 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Avogadro je systém molekulárnej grafiky a modelovania cielený na molekuly
a biomolekuly. Dokáže vizualizovať vlastnosti ako molekulárne orbitály
alebo elektrostatické potenciály a obsahuje inovatívny nástroj na tvorbu
molekúl.
Medzi jeho vlastnosti patrí:
- modelovač molekúl s automatickou optimalizáciou geometrie založenou
na silovom poli
- molekulárna mechanika vrátane obmedzení a hľadaní vyhovujúcich
- vizualizácia molekulárnych orbitálov a všeobecných isopovrchov
- vizualizácia vibrácií a kreslenie vibračného spektra
- podpora jednotiek kryštalografických buniek
- generovanie vstupu pre balíky kvantovej chémie Gaussian, GAMESS a MOLPRO
- flexibilná architektúra zásuvných modulov a skriptovanie v Pythone
Avogadro dokáže čítať súborové formáty PDB, XYZ, CML, CIF, Molden a tiež
zapisovať výstup do Gaussian, GAMESS a MOLPRO.
|
|
Chemtool
program na kreslenie chemických štruktúr
|
Versions of package chemtool |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.6.14-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.6.14-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6.14-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.6.14-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.6.14-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
wheezy | 1.6.13-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
squeeze | 1.6.12-1 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
Debtags of package chemtool: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning |
works-with | image, image:vector |
works-with-format | svg |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Chemtool je editor chemických štruktúr pre X11 založený na GTK+. Podporuje
mnohé štýly väzieb, väčšinu tvarov textu potrebných na písanie chemických
textov a krivky/oblúky/zakrivené šípky.
Kresby možno exportovať do formátov MOL a PDB, SVG alebo XFig na ďalšie
pridanie poznámok, ako kresbu PiCTeX, ako bitmapu alebo ako PostScriptový
súbor (niekoľko z nich pomocou transfig - sprievodného programu fig2dev).
Balík tiež obsahuje pomocný program cht na výpočet sumárneho vzorca a
(presnej) molekulárnej hmotnosti zo súboru kresby chemtool. Cht je možné
volať buď priamo z Chemtool alebo z konzoly.
|
|
Easychem
kvalitné kreslenie molekúl a 2D chemických vzorcov
|
Versions of package easychem |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.6-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
wheezy | 0.6-7 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
bullseye | 0.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
squeeze | 0.6-6 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
Debtags of package easychem: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
EasyChem je program, ktorý vám pomáha tvoriť diagramy molekúl a 2D
chemických vzorcov vo vysokej kvalite, ktoré je možné exportovať do PDF, PS,
LaTeX a fig.
EasyChem bol pôvodne vyvinutý na tvorbu diagramov do chemických kníh a dnes
sa často na tento účel používa v komerčných aj nekomerčných chemických
knihách.
|
|
Education-menus
Debian Edu menu reorganization
|
|
License: DFSG free
|
A package to reorganize menu branches in order to get a structure
easy to use for teachers and students.
|
|
Gchempaint
2D chemical structures editor for the GNOME2 desktop
|
Versions of package gchempaint |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.14.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
squeeze | 0.12.4-1 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
wheezy | 0.12.12-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
sid | 0.14.17-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.14.17-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.14.17-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.14.15-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gchempaint: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GChemPaint is an editor for 2D chemical structures with a multiple
document interface. Drawn molecules can be searched at NIST Webbook
and PubChem.
|
|
Gdis
prehliadač modelov molekúl a kryštálov
|
Versions of package gdis |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.90-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
wheezy | 0.90-4 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
squeeze | 0.90-3 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
sid | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.90-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.90-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gdis: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Program založený na GTK+ na zobrazovanie a manipuláciu s izolovanými
molekulami, periodickými systémami a kryštalickými štruktúrami. Program je
síce vo vývoji, ale dostatočne použiteľný. Má nasledovné rysy:
- Podpora viacerých typov súborov (CIF, BIOSYM, XYZ,
XTL, MARVIN a GULP)
- Nástroj na jednoduchú tvorbu a manipuláciu s molekulami
- Dialóg na tvorbu štartovacích konfigurácií pre molekulárne
dynamické simulácie
- Rôzne nástroje na vizualizáciu (informácia o geometrii, zvýrazňovanie
oblastí, atď.)
- Animácie BIOSYM súborov (tiež vykresľované animácie,
pozri ďalej)
GDIS taktiež umožňuje vykonávať nasledujúce funkcie
pomocou ďalších balíkov:
- Vykresľovanie modelov (vďaka POVRay)
- Minimalizácia energie (vďaka GULP)
- Kalkulácia morfológie (vďaka cdd)
- Spracovanie priestorových grúp (vďaka SgInfo)
- Zobrazenie Periodickej tabuľky (vďaka GPeriodic)
- Načítanie prídavných typov súborov, ako napríklad
PDB (vďaka Babel)
|
|
Gperiodic
aplikácia periodickej tabuľky
|
Versions of package gperiodic |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.0.10-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
squeeze | 2.0.10-5 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
sid | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
wheezy | 2.0.10-7 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
jessie | 2.0.10-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gperiodic: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GPeriodic je malý program založený na X/GTK+, ktorý vám umožňuje prehliadať
periodickú tabuľku chemických prvkov a zobrazovať pomerne podrobné
informácie o každom z prvkov.
Momentálne obsahuje 118 prvkov.
|
|
Kalzium
periodická tabuľka a chemické nástroje
|
Versions of package kalzium |
Release | Version | Architectures |
sid | 20.08.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
squeeze | 4.4.5-2 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
wheezy | 4.8.4-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
jessie | 4.14.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 16.08.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 17.08.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 20.08.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 20.12.0 |
Debtags of package kalzium: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | kde |
uitoolkit | qt |
use | browsing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Kalzium je plnohodnotná chemická aplikácia vrátane periodickej tabuľky
prvkov, chemickej referenčnej tabuľky, riešenia chemických rovníc a 3D
prehliadača molekúl.
Tento balík je súčasťou modulu Vzdelávanie KDE.
|
|
Pymol
systém na vykresľovanie molekúl
|
Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
squeeze | 1.2r2-1.1 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
sid | 2.3.0+dfsg-1 | all |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
wheezy | 1.5.0.1-2 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
upstream | 2.4.0 |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
PyMOL je systém na vykresľovanie molekúl cielený na stredné až veľké
biomolekuly ako sú bielkoviny. Dokáže tvoriť obrázky a animácie molekúl vo
vysokej, produkčnej kvalite.
Medzi jeho vlastnosti patria:
- vizualizácia molekúl, trajektórií molekúl a povrchov kryštalografických
dát alebo orbitálov
- zostavovanie a úprava molekúl
- interný raytracing a generátor videoklipov
- úplná rozšíriteľnosť a skriptovateľnosť pomocou rozhrania pre Python
Medzi formátu súborov, s ktorými PyMOL dokáže pracovať patria: PDB, XYZ,
CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapy CCP4, mapy XPLOR a mapy Gaussian cube.
|
|
Viewmol
graphical front end for computational chemistry programs
|
Versions of package viewmol |
Release | Version | Architectures |
wheezy | 2.4.1-18 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
jessie | 2.4.1-22 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-24 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.1-26 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
squeeze | 2.4.1-15 | amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
Debtags of package viewmol: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | motif |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Viewmol is able to graphically aid in the generation of molecular
structures for computations and to visualize their results.
At present Viewmol includes input filters for Discover, DMol3, Gamess,
Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, and Vamp outputs as well as
for PDB files. Structures can be saved as Accelrys' car-files, MDL files,
and Turbomole coordinate files. Viewmol can generate input files for
Gaussian 9x/03. Viewmol's file format has been added to OpenBabel so that
OpenBabel can serve as an input as well as an output filter for
coordinates.
|
|
Official Debian packages with lower relevance
Rasmol
vizualizácia biologických makromolekúl
|
Versions of package rasmol |
Release | Version | Architectures |
squeeze | 2.7.5-1 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
jessie | 2.7.5.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.7.5.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x |
buster | 2.7.6.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.7.6.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.7.6.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
wheezy | 2.7.5.2-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
Debtags of package rasmol: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
RasMol je program na molekulárnu grafiku s účelom vizualizácie proteínov,
nukleových kyselín a malých molekúl. Program je určený na zobrazovanie,
výuku a tvorbu obrázkov v tlačovej kvalite.
Program načíta súbor so súradnicami molekúl a interaktívne zobrazuje
molekulu na obrazovke v rozličných farebných schémach a reprezentáciách
molekúl. Medzi momentálne dostupné reprezentácie patria hĺbkové drôtené
modely, „Dreidingove“ paličky, gule vypĺňajúce priestor (CPK), gule a
paličky, pevné a zreťazené biomolekulárne reťazce, označenia atómov a
bodové povrchy.
Medzi podporované vstupné formáty patria Protein Data Bank (PDB), formáty
Alchemy od Tripos Associates a Sybyl Mol2, formát (MDL) Mol od Molecular
Design Limited, XYZ (XMol) od Minnesota Supercomputer Center (MSC), formát
CHARMm, formát CIF a formát mmCIF.
Tento balík nainštaluje dve verzie RasMol, rasmol-gtk s moderným
používateľským rozhraním založeným na GTK a rasmol-classic so starým
rozhraním Xlib.
The package is enhanced by the following packages:
rasmol-doc
|
|
|