Debian Edu Project
Summary
Chemistry
Debian Edu - vzdelávacie aplikácie v oblasti chémie

Tento metabalík závisí od rôznych balíkov, ktoré sa dajú použiť pri výuke astronómie.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Edu to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Edu mailing list

Links to other tasks

Debian Edu Chemistry packages

Official Debian packages with high relevance

Avogadro
systém molekulárnej grafiky a modelovania
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.93.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 79 users (50 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro je systém molekulárnej grafiky a modelovania cielený na molekuly a biomolekuly. Dokáže vizualizovať vlastnosti ako molekulárne orbitály alebo elektrostatické potenciály a obsahuje inovatívny nástroj na tvorbu molekúl.

Medzi jeho vlastnosti patrí:

  • modelovač molekúl s automatickou optimalizáciou geometrie založenou na silovom poli
  • molekulárna mechanika vrátane obmedzení a hľadaní vyhovujúcich
  • vizualizácia molekulárnych orbitálov a všeobecných isopovrchov
  • vizualizácia vibrácií a kreslenie vibračného spektra
  • podpora jednotiek kryštalografických buniek
  • generovanie vstupu pre balíky kvantovej chémie Gaussian, GAMESS a MOLPRO
  • flexibilná architektúra zásuvných modulov a skriptovanie v Pythone

Avogadro dokáže čítať súborové formáty PDB, XYZ, CML, CIF, Molden a tiež zapisovať výstup do Gaussian, GAMESS a MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Chemtool
program na kreslenie chemických štruktúr
Versions of package chemtool
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.6.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6.13-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.6.14-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6.14-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6.14-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package chemtool:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useediting, learning
works-withimage, image:vector
works-with-formatsvg
x11application
Popcon: 34 users (26 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Chemtool je editor chemických štruktúr pre X11 založený na GTK+. Podporuje mnohé štýly väzieb, väčšinu tvarov textu potrebných na písanie chemických textov a krivky/oblúky/zakrivené šípky.

Kresby možno exportovať do formátov MOL a PDB, SVG alebo XFig na ďalšie pridanie poznámok, ako kresbu PiCTeX, ako bitmapu alebo ako PostScriptový súbor (niekoľko z nich pomocou transfig - sprievodného programu fig2dev).

Balík tiež obsahuje pomocný program cht na výpočet sumárneho vzorca a (presnej) molekulárnej hmotnosti zo súboru kresby chemtool. Cht je možné volať buď priamo z Chemtool alebo z konzoly.

Please cite: Matthias Brüstle: Chemtool - Moleküle zeichnen mit dem Pinguin. (eprint) Nachr. Chem. 49(11):1310-1313 (2001)
Screenshots of package chemtool
Easychem
kvalitné kreslenie molekúl a 2D chemických vzorcov
Versions of package easychem
ReleaseVersionArchitectures
sid0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.6-8amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.6-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.6-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package easychem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 24 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

EasyChem je program, ktorý vám pomáha tvoriť diagramy molekúl a 2D chemických vzorcov vo vysokej kvalite, ktoré je možné exportovať do PDF, PS, LaTeX a fig.

EasyChem bol pôvodne vyvinutý na tvorbu diagramov do chemických kníh a dnes sa často na tento účel používa v komerčných aj nekomerčných chemických knihách.

Screenshots of package easychem
Education-menus
Debian Edu menu reorganization
Versions of package education-menus
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.851amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.11.36all
buster2.10.47amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.924amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.812+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.713+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.11.36all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

A package to reorganize menu branches in order to get a structure easy to use for teachers and students.

Gchempaint
2D chemical structures editor for the GNOME2 desktop
Versions of package gchempaint
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gchempaint:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning
x11application
Popcon: 24 users (43 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GChemPaint is an editor for 2D chemical structures with a multiple document interface. Drawn molecules can be searched at NIST Webbook and PubChem.

Gdis
prehliadač modelov molekúl a kryštálov
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 28 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Program založený na GTK+ na zobrazovanie a manipuláciu s izolovanými molekulami, periodickými systémami a kryštalickými štruktúrami. Program je síce vo vývoji, ale dostatočne použiteľný. Má nasledovné rysy:

  • Podpora viacerých typov súborov (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN a GULP)
  • Nástroj na jednoduchú tvorbu a manipuláciu s molekulami
  • Dialóg na tvorbu štartovacích konfigurácií pre molekulárne dynamické simulácie
  • Rôzne nástroje na vizualizáciu (informácia o geometrii, zvýrazňovanie oblastí, atď.)
  • Animácie BIOSYM súborov (tiež vykresľované animácie, pozri ďalej)

GDIS taktiež umožňuje vykonávať nasledujúce funkcie pomocou ďalších balíkov:

  • Vykresľovanie modelov (vďaka POVRay)
  • Minimalizácia energie (vďaka GULP)
  • Kalkulácia morfológie (vďaka cdd)
  • Spracovanie priestorových grúp (vďaka SgInfo)
  • Zobrazenie Periodickej tabuľky (vďaka GPeriodic)
  • Načítanie prídavných typov súborov, ako napríklad PDB (vďaka Babel)
Screenshots of package gdis
Gperiodic
aplikácia periodickej tabuľky
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.10-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 47 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GPeriodic je malý program založený na X/GTK+, ktorý vám umožňuje prehliadať periodickú tabuľku chemických prvkov a zobrazovať pomerne podrobné informácie o každom z prvkov. Momentálne obsahuje 118 prvkov.

Kalzium
periodická tabuľka a chemické nástroje
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.8.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid20.12.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye20.12.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze4.4.5-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream20.12.3
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 216 users (183 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Kalzium je plnohodnotná chemická aplikácia vrátane periodickej tabuľky prvkov, chemickej referenčnej tabuľky, riešenia chemických rovníc a 3D prehliadača molekúl.

Tento balík je súčasťou modulu Vzdelávanie KDE.

Pymol
systém na vykresľovanie molekúl
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.5.0.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.2r2-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster2.2.0+dfsg-4all
bullseye2.4.0+dfsg-1all
sid2.4.0+dfsg-1all
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 207 users (28 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMOL je systém na vykresľovanie molekúl cielený na stredné až veľké biomolekuly ako sú bielkoviny. Dokáže tvoriť obrázky a animácie molekúl vo vysokej, produkčnej kvalite.

Medzi jeho vlastnosti patria:

  • vizualizácia molekúl, trajektórií molekúl a povrchov kryštalografických dát alebo orbitálov
  • zostavovanie a úprava molekúl
  • interný raytracing a generátor videoklipov
  • úplná rozšíriteľnosť a skriptovateľnosť pomocou rozhrania pre Python

Medzi formátu súborov, s ktorými PyMOL dokáže pracovať patria: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapy CCP4, mapy XPLOR a mapy Gaussian cube.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 

Official Debian packages with lower relevance

Rasmol
vizualizácia biologických makromolekúl
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
sid2.7.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.7.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.7.5.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.7.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 65 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

RasMol je program na molekulárnu grafiku s účelom vizualizácie proteínov, nukleových kyselín a malých molekúl. Program je určený na zobrazovanie, výuku a tvorbu obrázkov v tlačovej kvalite.

Program načíta súbor so súradnicami molekúl a interaktívne zobrazuje molekulu na obrazovke v rozličných farebných schémach a reprezentáciách molekúl. Medzi momentálne dostupné reprezentácie patria hĺbkové drôtené modely, „Dreidingove“ paličky, gule vypĺňajúce priestor (CPK), gule a paličky, pevné a zreťazené biomolekulárne reťazce, označenia atómov a bodové povrchy.

Medzi podporované vstupné formáty patria Protein Data Bank (PDB), formáty Alchemy od Tripos Associates a Sybyl Mol2, formát (MDL) Mol od Molecular Design Limited, XYZ (XMol) od Minnesota Supercomputer Center (MSC), formát CHARMm, formát CIF a formát mmCIF.

Tento balík nainštaluje dve verzie RasMol, rasmol-gtk s moderným používateľským rozhraním založeným na GTK a rasmol-classic so starým rozhraním Xlib.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package rasmol
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 204248