Debian Edu Chemistry packages

Avogadro je systém molekulárnej grafiky a modelovania cielený na molekuly a biomolekuly. Dokáže vizualizovať vlastnosti ako molekulárne orbitály alebo elektrostatické potenciály a obsahuje inovatívny nástroj na tvorbu molekúl.

Medzi jeho vlastnosti patrí:

• modelovač molekúl s automatickou optimalizáciou geometrie založenou na silovom poli
• molekulárna mechanika vrátane obmedzení a hľadaní vyhovujúcich
• vizualizácia molekulárnych orbitálov a všeobecných isopovrchov
• vizualizácia vibrácií a kreslenie vibračného spektra
• podpora jednotiek kryštalografických buniek
• generovanie vstupu pre balíky kvantovej chémie Gaussian, GAMESS a MOLPRO
• flexibilná architektúra zásuvných modulov a skriptovanie v Pythone

Avogadro dokáže čítať súborové formáty PDB, XYZ, CML, CIF, Molden a tiež zapisovať výstup do Gaussian, GAMESS a MOLPRO.

Chemtool je editor chemických štruktúr pre X11 založený na GTK+. Podporuje mnohé štýly väzieb, väčšinu tvarov textu potrebných na písanie chemických textov a krivky/oblúky/zakrivené šípky.

Kresby možno exportovať do formátov MOL a PDB, SVG alebo XFig na ďalšie pridanie poznámok, ako kresbu PiCTeX, ako bitmapu alebo ako PostScriptový súbor (niekoľko z nich pomocou transfig - sprievodného programu fig2dev).

Balík tiež obsahuje pomocný program cht na výpočet sumárneho vzorca a (presnej) molekulárnej hmotnosti zo súboru kresby chemtool. Cht je možné volať buď priamo z Chemtool alebo z konzoly.

EasyChem je program, ktorý vám pomáha tvoriť diagramy molekúl a 2D chemických vzorcov vo vysokej kvalite, ktoré je možné exportovať do PDF, PS, LaTeX a fig.

EasyChem bol pôvodne vyvinutý na tvorbu diagramov do chemických kníh a dnes sa často na tento účel používa v komerčných aj nekomerčných chemických knihách.

A package to reorganize menu branches in order to get a structure easy to use for teachers and students.

GChemPaint is an editor for 2D chemical structures with a multiple document interface. Drawn molecules can be searched at NIST Webbook and PubChem.

Program založený na GTK+ na zobrazovanie a manipuláciu s izolovanými molekulami, periodickými systémami a kryštalickými štruktúrami. Program je síce vo vývoji, ale dostatočne použiteľný. Má nasledovné rysy:

• Podpora viacerých typov súborov (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN a GULP)
• Nástroj na jednoduchú tvorbu a manipuláciu s molekulami
• Dialóg na tvorbu štartovacích konfigurácií pre molekulárne dynamické simulácie
• Rôzne nástroje na vizualizáciu (informácia o geometrii, zvýrazňovanie oblastí, atď.)
• Animácie BIOSYM súborov (tiež vykresľované animácie, pozri ďalej)

GDIS taktiež umožňuje vykonávať nasledujúce funkcie pomocou ďalších balíkov:

• Vykresľovanie modelov (vďaka POVRay)
• Minimalizácia energie (vďaka GULP)
• Kalkulácia morfológie (vďaka cdd)
• Spracovanie priestorových grúp (vďaka SgInfo)
• Zobrazenie Periodickej tabuľky (vďaka GPeriodic)
• Načítanie prídavných typov súborov, ako napríklad PDB (vďaka Babel)

GPeriodic je malý program založený na X/GTK+, ktorý vám umožňuje prehliadať periodickú tabuľku chemických prvkov a zobrazovať pomerne podrobné informácie o každom z prvkov. Momentálne obsahuje 118 prvkov.

Kalzium je plnohodnotná chemická aplikácia vrátane periodickej tabuľky prvkov, chemickej referenčnej tabuľky, riešenia chemických rovníc a 3D prehliadača molekúl.

Tento balík je súčasťou modulu Vzdelávanie KDE.

PyMOL je systém na vykresľovanie molekúl cielený na stredné až veľké biomolekuly ako sú bielkoviny. Dokáže tvoriť obrázky a animácie molekúl vo vysokej, produkčnej kvalite.

Medzi jeho vlastnosti patria:

• vizualizácia molekúl, trajektórií molekúl a povrchov kryštalografických dát alebo orbitálov
• zostavovanie a úprava molekúl
• interný raytracing a generátor videoklipov
• úplná rozšíriteľnosť a skriptovateľnosť pomocou rozhrania pre Python

Medzi formátu súborov, s ktorými PyMOL dokáže pracovať patria: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapy CCP4, mapy XPLOR a mapy Gaussian cube.

Viewmol is able to graphically aid in the generation of molecular structures for computations and to visualize their results.

At present Viewmol includes input filters for Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, and Vamp outputs as well as for PDB files. Structures can be saved as Accelrys' car-files, MDL files, and Turbomole coordinate files. Viewmol can generate input files for Gaussian 9x/03. Viewmol's file format has been added to OpenBabel so that OpenBabel can serve as an input as well as an output filter for coordinates.

RasMol je program na molekulárnu grafiku s účelom vizualizácie proteínov, nukleových kyselín a malých molekúl. Program je určený na zobrazovanie, výuku a tvorbu obrázkov v tlačovej kvalite.

Program načíta súbor so súradnicami molekúl a interaktívne zobrazuje molekulu na obrazovke v rozličných farebných schémach a reprezentáciách molekúl. Medzi momentálne dostupné reprezentácie patria hĺbkové drôtené modely, „Dreidingove“ paličky, gule vypĺňajúce priestor (CPK), gule a paličky, pevné a zreťazené biomolekulárne reťazce, označenia atómov a bodové povrchy.

Medzi podporované vstupné formáty patria Protein Data Bank (PDB), formáty Alchemy od Tripos Associates a Sybyl Mol2, formát (MDL) Mol od Molecular Design Limited, XYZ (XMol) od Minnesota Supercomputer Center (MSC), formát CHARMm, formát CIF a formát mmCIF.

Tento balík nainštaluje dve verzie RasMol, rasmol-gtk s moderným používateľským rozhraním založeným na GTK a rasmol-classic so starým rozhraním Xlib.