Debian Edu Chemistry packages

Avogadro is a molecular graphics and modelling system targeted at molecules and biomolecules. It can visualize properties like molecular orbitals or electrostatic potentials and features an intuitive molecular builder.

Features include:

• Molecular modeller with automatic force-field based geometry optimization
• Molecular Mechanics including constraints and conformer searches
• Visualization of molecular orbitals and general isosurfaces
• Visualization of vibrations and plotting of vibrational spectra
• Support for crystallographic unit cells
• Input generation for the Gaussian, GAMESS and MOLPRO quantum chemistry packages
• Flexible plugin architecture and Python scripting

File formats Avogadro can read include PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, as well as Gaussian, GAMESS and MOLPRO output.

Chemtool is a GTK+ based 2D chemical structure editor for X11. It supports many bond styles, most forms of text needed for chemical typesetting and splines/arcs/curved arrows.

Drawings can be exported to MOL and PDB format, SVG or XFig format for further annotation, as a PiCTeX drawing, as a bitmap or as Postscript files (several of these through XFig's companion program fig2dev).

The package also contains a helper program, cht, to calculate sum formula and (exact) molecular weight from a chemtool drawing file. Cht can either be called directly by Chemtool or on the console.

EasyChem — програма що допомагає вам створювати високо-якісні діаграми молекул та двовимірних хімічних формул, які можуть бути експортовані у формати PDF, PS, LaTeX та FIG.

EasyChem спочатку розроблявся для створення діаграм для книг з хімії і тепер він часто використовується для цього в комерційних та не-комерційних виданнях, пов’язаних з хімією.

A package to reorganize menu branches in order to get a structure easy to use for teachers and students.

GChemPaint — редактор для двовимірних хімічних структур із багатовіконним інтерфейсом. За намальованими молекулами можна шукати у NIST Webbook та PubChem.

Програма заснована на GTK+ для показу та маніпулювання окремими молекулами, періодичними системами та кристалізацією. Вона знаходиться в розробці, але, тим не менш, досить функціональна. Вона має наступні можливості:

• Підтримка різних типів файлів (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN та GULP)
• Простий інструмент для створення та маніпулювання молекулами

• Діалог для створення початкових налаштувань для динамічної молекулярної симуляції

• Різноманітні інструменти для візуалізації (геометричні дані, підсвічування й т.і.)

• Анімація файлів BIOSYM (також отримані анімації, див. нижче)

GDIS також дозволяє вам отримати наступні функції після встановлення пакунків:

• промальовка моделей (за допомогою POVRay);
• енергетична мінімізація (за допомогою GULP);
• морфологічне обчислення (за допомогою cdd);
• обробка групових просторів (за допомогою SgInfo);
• ререгляд періодичної таблиці (за допомогою GPeriodic);
• завантаження додаткових типів файлів, таких як PDB (за допомогою Babel).

GPeriodic — маленька програма, заснована на X/GTK+, що дозволяє переглядати періодичну таблицю хімічних елементів і деяку, більш детальну, інформацію про кожен елемент. На даний момент доступно 118 елементів.

Kalzium — повнофункціональний застосунок з хімії, що містить періодичну таблицю елементів, довідник з хімії, інструмент для вирішення хімічних рівнянь, а також дозволяє вивчати молекули в їх тривимірному представленні.

Цей пакунок є частиною Навчального модуля KDE.

PyMOL — графічна система відтворення молекул призначена для відтворення середніх та великих молекул, таких як протеїни. Вона може створювати високоякісні готові для публікації зображення та анімації.

Серед можливостей:

• візуалізація молекул, молекулярних траєкторій та поверхонь за даними кристалографії та орбіталей;

• інструмент для створення молекул;

• внутрішній візуалізатор та створювач анімацій;
• повністю розширюваний та підтримуючий сценарії Python інтерфейс.

Серед форматів файлів які читає PyMOL — PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 мапи, XPLOR мапи та кубічні мапи Гауса.

RasMol is a molecular graphics program intended for the visualisation of proteins, nucleic acids and small molecules. The program is aimed at display, teaching and generation of publication quality images.

The program reads in a molecule coordinate file and interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour schemes and molecule representations. Currently available representations include depth-cued wireframes, 'Dreiding' sticks, spacefilling (CPK) spheres, ball and stick, solid and strand biomolecular ribbons, atom labels and dot surfaces.

Supported input file formats include Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy and Sybyl Mol2 formats, Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XYZ (XMol) format, CHARMm format, CIF format and mmCIF format files.

This package installs two versions of RasMol, rasmol-gtk has a modern GTK-based user interface and rasmol-classic is the version with the old Xlib GUI.