Debian Science Project
Summary
Chemistry
Debianpakker for Science Chemistry

Denne metapakke vil installere Debians videnskabspakker (Science) relateret til kemi (Chemistry). Du er måske også interesseret i field::chemistry debtag og - afhængig af dit fokus - i metapakken education-chemistry.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Chemistry packages

Official Debian packages with high relevance

Adun.app
Molekylær simulator for GNUstep - grafisk brugerflade
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
buster0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.81-6amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.81-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.81-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 10 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun er en biomolekulær simulator, som også inkluderer datahåndtering og analysemuligheder. Programmet blev udviklet ved Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory, en del af Research Unit on Biomedical Informatics of the UPF.

Denne pakke indeholder UL, den grafiske brugerflade for Adun.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package adun.app
Apbs
Adaptive Poisson Boltzmann Solver
Maintainer: Debichem Team
Versions of package apbs
ReleaseVersionArchitectures
buster1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.4-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye3.0.0+dfsg1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0+dfsg1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.2.1b-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package apbs:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 28 users (65 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

APBS is a software package for the numerical solution of the Poisson-Boltzmann equation (PBE), one of the most popular continuum models for describing electrostatic interactions between molecular solutes in salty, aqueous media. Continuum electrostatics plays an important role in several areas of biomolecular simulation, including:

  • simulation of diffusional processes to determine ligand-protein and protein-protein binding kinetics,
  • implicit solvent molecular dynamics of biomolecules ,
  • solvation and binding energy calculations to determine ligand-protein and protein-protein equilibrium binding constants and aid in rational drug design,
  • and biomolecular titration studies.

APBS was designed to efficiently evaluate electrostatic properties for such simulations for a wide range of length scales to enable the investigation of molecules with tens to millions of atoms.

This package contains the apbs program and utilities.

Please cite: Nathan A. Baker, David Sept, Simpson Joseph, Michael J. Holst and J. Andrew McCammon: Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome. (eprint) Proc. Natl. Acad. Sci. 98(18):10037-10041 (2001)
Avogadro
Molekulært grafik- og modelsystem
Maintainer: Debichem Team
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
sid1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 76 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

  • Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
  • Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
  • Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
  • Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
  • Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
  • Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
  • Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
0.8.1-5https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/732/large.png
Screenshots of package avogadro
Bkchem
Redigeringsprogram for kemiske strukturer
Maintainer: Debichem Team
Versions of package bkchem
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.13.0-4all
stretch0.13.0-5all
buster0.13.0-6all
sid0.13.0-6all
squeeze0.13.0-2all
jessie0.13.0-4all
Debtags of package bkchem:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 16 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bkchem er et frit kemisk tegneprogram, som er skrevet i Python.

Nogle af de funktioner du kan forvente:

  • Tegning (tegning fra binding-til-binding; skabeloner for fælles ringe; udvidelse af fælles grupper; tegner radikaler, ladninger, pile; farveunderstøttelse ...)
  • Redigering (ubegrænset fortryd og gendan; justering; skalering; rotation (2D, 3D) ...)
  • Eksport/import (fuldt understøttet SVG-, OpenOffice.org-Draw-, EPS- eksport; grundlæggende understøttelse af import og eksport af CML1 og CML2 )
Screenshots of package bkchem
Bodr
Dataarkiv for Blue Obelisk
Maintainer: Debichem Team
Versions of package bodr
ReleaseVersionArchitectures
jessie10-1all
stretch10-1all
buster10-1all
bullseye10-2all
sid10-2all
squeeze9-1all
wheezy9-1all
Debtags of package bodr:
roleapp-data
Popcon: 63 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Fælles arkiv for kemiske og fysiske fakta som forsøger at øge interoperabiliteten mellem kemiprogrammer.

https://dx.doi.org/10.1021/ci050400b

Please cite: Peter Murray-Rust: The Blue Obelisk (eprint) CDK News 2(2):43-46 (2005)
Chemeq
Fortolker for kemiske formler og ligevægte
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemeq
ReleaseVersionArchitectures
sid2.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.18-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.12-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.12-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.9-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package chemeq:
develinterpreter
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecalculating, learning, text-formatting, typesetting
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 16 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Chemeq er et grundlæggende og uafhængigt filter skrevet i C-sproget, flex og bison. Det indsætter strenge som:

 2H2 + O2 ---> 2 H2O
og giver som resultat LaTeX-kode og beskeder om ligevægten for en kemisk

reaktion.

 Eksempel:~/src$ echo "2H2 + O2 ---> 2 H2O" | chemeq -lc
 2\,H_{2}\,+\,O_{2}\,\rightarrow\,2\,H_{2}O
 OK
Chemical-mime-data
Chemical MIME- og filtype-understøttelse for skriveborde
Maintainer: Debichem Team
Versions of package chemical-mime-data
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.1.94-6all
squeeze0.1.94-3all
wheezy0.1.94-6all
stretch0.1.94-6all
buster0.1.94-7all
bullseye0.1.94-7all
sid0.1.94-7all
Debtags of package chemical-mime-data:
fieldbiology, chemistry
roleapp-data
useorganizing
Popcon: 66 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Den kemiske medietype og diverse undertyper er blevet foreslået af Henry Rzepa, Peter-Murray Rust og Benjamin Whitaker i 1996 som en tilføjelse til de eksisterende MIME-typer. Forslaget fik ikke succes men diverse programmer gør brug af disse MIME/file-typer. Denne pakke tilføjer understøttelse til Linuxskriveborde, så de kan registrere og genkende filer for chemical/*-medietypen.

Se også http://www.ch.ic.ac.uk/chemime/.

Chemical-structures
Sæt af molekylære strukturer i åbne formater
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemical-structures
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2.dfsg.0-15all
buster2.2.dfsg.0-13all
stretch2.2.dfsg.0-12all
sid2.2.dfsg.0-15all
jessie2.2.dfsg.0-12all
wheezy2.2.dfsg.0-8all
Debtags of package chemical-structures:
fieldbiology, biology:bioinformatics, chemistry
interfacecommandline, web
roledata, program
sciencevisualisation
usecomparing, converting, learning, viewing
Popcon: 13 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Hundreder af molekylære strukturer, i de følgende klasser: alkoholer, aldehyder, alkaner, alkener, amider, aminer, aminosyrer, aromater, carboxylsyrer, estere, ethere, fedtsyrer, halogenalkaner, ketoner, nitriler, nukleinbaser, vand.

Screenshots of package chemical-structures
Chemtool
Kemisk strukturtegningsprogram
Maintainer: Debichem Team
Versions of package chemtool
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.6.14-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.6.13-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.6.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.6.14-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6.14-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6.14-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package chemtool:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useediting, learning
works-withimage, image:vector
works-with-formatsvg
x11application
Popcon: 34 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Chemtool er en GTK+-baseret 2D kemisk strukturredigering i X11. Den understøtter mange bindingstyper, de fleste former for tekst, der benyttes i kemisk tegnsætning samt splines, cirkelstykker og kurvede pile.

Tegninger kan eksporteres i formaterne MOL og PDB; SVG og XFig til yderligere påtegninger eller som en PiCTeX-tegning, en bitmap- eller PostScript-fil (flere af disse gennem XFigs hjælpeprogram fig2dev).

Pakken indeholder også et hjælpeprogram, cht, der beregner sumformlen og (eksakt) molvægt af en fil tegnet i chemtool. Cht kan enten kaldes direkte af Chemtool eller fra kommandolinjen.

Please cite: Matthias Brüstle: Chemtool - Moleküle zeichnen mit dem Pinguin. (eprint) Nachr. Chem. 49(11):1310-1313 (2001)
Screenshots of package chemtool
Cp2k
Ab initio-molekylærdynamik
Maintainer: Debichem Team
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
sid7.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
wheezy2.2.426-8amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 18 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CP2K er et program til at udføre simuleringer af faststof-, fluid-, molekyl- samt biologiske systemer. Det er specielt rettet mod massivt parallelle og lineært skalerende elektronstrukturmetoder og simulationer med moderne ab-initio-molekylærdynamik (AIMD).

CP2K er optimeret til den blandede Gaussfunktions- og planbølgemetode (GPW) baseret på pseudopotentialer, men er også stand til at køre fuldelektron- eller rene planbølge-/Gaussfunktionsberegninger. Inkluderede funktioner:

Ab-initio elektronstrukturmetoder med QUICKSTEP-modulet:

  • Energier og kræfter fra tæthedsfunktionalteori (DFT)
  • Energier og kræfter fra Hartree-Fock (HF)
  • Energier og kræfter fra andenordens perturbationsteori med Møller-Plesset (MP2)
  • Energier med random phase approximation (RPA)
  • Periodiske eller uperiodiske (gasfase) grænsebetingelser
  • Basissæt omfatter flere standardtyper af Gaussorbitaler (GTO'er), pseudopotentialer med planbølger, »augmented« planbølger (APW) og en blandet Gaussmetode plus (»augmented«) planbølgemetode (GPW / GAPW)
  • Normkonserverende, separable Goedecker-Teter-Hutter-pseudopotentialer (GTJH) og pseudopotentialer med ikke-lineære kernekorrektioner (NLCC), eller fuldelektronberegninger
  • Lokaltæthedsapproksimationen (LDA) for XC inklusive SVWN3, SVWN5, PW92 og PADE
  • Gradientkorrigerede (GGA) XC-funktionaler inklusive BLYP, BP86, PW91, PBE og HCTH120 såvel som meta-GGA-funktionalet TPSS
  • Hybrid-XC-funktionaler med eksakt Hartree-Fockudveksling (HFX) inklusive B3LYP, PBE0 og MCY3
  • Dobbelthybridfunktionaler inklusive B2PLYP og B2GPPLYP
  • Yderligere XC-funktionaler med LibXC
  • Dispersionskorrektioner via parpotentialmodellerne DFT-D2 og DFT-D3
  • Ikke-lokale van der Waals-korrektioner for XC-funktionaler inklusive B88-vdW, PBE-vdW og B97X-D
  • DFT+U-korrektion (Hubbard)
  • Tæthedsfit for DFT via Blöchl eller tæthedsafledte atomare punktladninger (DDAPC) og HFX via »auxiliary density matrix methods« (ADMM) og for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
  • Tynde (»sparse«) matrixrepræsentationer og prescreeningteknikker for lineært skalerende udregning af Kohn-Sham-matrixelementer (KS)
  • Orbitaltransformation (OT) eller direkte inversion af det iterative underrum (DIIS) til selvkonsistent minimering (SCF)
  • Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave-metode (LRIGPW)
  • Energier med absolut lokaliseret molekylorbital-SCF (ALMO-SCF) til lineært skalerende molekylsystemer
  • Exciterede tilstande via tidsafhængig tæthedsfunktionalperturbationsteori (TDDFPT)

Ab-initio-molekylærdynamik:

  • Born-Oppenheimer-molekylærdynamik (BOMD)
  • Ehrenfest-molekylærdynamik (EMD)
  • PS-ekstrapolation af begyndelsesbølgefunktion
  • Tidsreversibel altid stabil predictor-corrector-integrator (ASPC)
  • Approksimativ Car-Parrinello-agtig Born-Oppenheimer-molekylærdynamik med Langevin (Andengenerations Car-Parrinello-molekylærdynamik)

Blandede kvante-/klassiske simulationer (QM/MM):

  • Multigrid-metoder til evaluering af Coulombvekselvirkninger mellem kvante- og klassiske dele
  • Håndtering af periodiske grænsebetingelser ved hjælp af lineært skalerende elektrostatisk kobling
  • Adaptiv QM/MM

Yderligere funktioner omfatter:

  • Enkeltpunktsenergier, geometrioptimeringer og frekvensberegninger
  • Adskillige algoritmer til nudged elastic band (NEB) til beregning af minimumenergivej (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
  • Global optimering af geometrier.
  • Solvation via Self-Consistent Continuum Solvation-modellen (SCCS)
  • Semiempiriske beregninger med parametriseringerne AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL og PM6, tight-binding med tæthedsfunktionalteori (DFTB) og tight-binding med selfkonsistent polarisering (SCP-TB) med valgfri periodicitet
  • Klassiske molekylærdynamiksimulationer (MD) i det mikrokanoniske ensemble (NVE) eller kanoniske ensemble (NVT) med Nose-Hoover og kanonisk sampling gennem termostater der omskalerer hastigheder (CSVR)
  • Metadynamik inklusive veltempereret metadynamik til fri energi-beregninger
  • Klassiske kraftfeltsimuleringer (MM)
  • Monte Carlo-simuleringer med Kohn-Sham-DFT
  • Statiske (f.eks. spektra) og dynamiske (f.eks. diffusion) egenskaber
  • ATOM-koden til at generere pseudopotentialer
  • Integreret optimering af molekylære basissæt

CP2K implementerer ikke konventionel Car-Parinello-molekylærdynamik (CPMD).

Drawxtl
Fremviser til krystalstrukturer
Maintainer: Debichem Team
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 19 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater, termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for enhedscellen.

Der produceres fire former for grafik:

  • et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
  • scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger i publikationskvalitet
  • sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse via internettet
  • en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.

De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.

Please cite: Larry W. Finger, Martin Kroeker and Brian H. Toby: DRAWxtl, an open-source computer program to produce crystal-structure drawings. (eprint) J. Appl. Cryst. 40:188-192 (2007)
Screenshots of package drawxtl
Easychem
Tegn højkvalitets molekyler og 2D kemiske formler
Maintainer: Debichem Team
Versions of package easychem
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.6-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.6-8amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.6-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package easychem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 26 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

EasyChem er et program som hjælper dig med at oprette højkvalitetsdiagrammer af molekyler og 2D kemiske formler som kan eksporteres til PDF, PS, LaTeX og fig.

EasyChem blev oprindelig udviklet til at oprette diagrammer for kemibøger og bruges nu ofte til dette formål i kommercielle og ikkekommercielle kemirelaterede bøger.

Screenshots of package easychem
Gabedit
grafisk brugerflade for Ab Initio-pakker
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.2.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.4.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 14 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit er en grafisk brugerflade til kemiske beregningspakker såsom:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Disse Ab Initio-programpakker kan køre lokalt eller på en ekstern server (der understøtter FTP, RSH og SSH). Gabedit kan vise en række beregningsresultater inklusiv understøttelse for de væsentligste molekulære filformater. Den avancerede »molekylebygger« tillader hurtigt optegning i molekyler og undersøgelse af dem i 3D. Grafik kan eksporteres til forskellige formater, inklusiv animationer.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
Galculator
Videnskabelig lommeregner
Maintainer: Dmitry Smirnov
Versions of package galculator
ReleaseVersionArchitectures
sid2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.3.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.3.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1.3-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package galculator:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 1578 users (666 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Galculator er en videnskabelig lommeregner. Den understøtter forskellige talbaser (DEC/HEX/OCT/BIN) og vinkelbaser (DEG/RAD/GRAD) og har en bred vifte af matematik (grundlæggende aritmetiske beregninger, trigonometriske funktioner etc.) og andre brugbare funktioner (hukommelse etc.) i øjeblikket. Galculator kan bruges i algebraisk tilstand samt i omvendt polsk notation (RPN).

Gamgi
General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI)
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
sid0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.14.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.15.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 13 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI) tilbyder en grafisk grænseflade til at bygge, se og analysere atomare strukturer. Programmet har som målgruppe det videnskabelige samfund og tilbyder en grafisk brugerflade til at studere atomare strukturer og forberede billeder til præsentationer og for undervisning i stofs atomare struktur.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gamgi
Garlic
Visualiseringsprogram for biomolekyler
Maintainer: Debichem Team
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 17 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic er skrevet for undersøgelse af membranproteiner. Det kan bruges til at visualisere andre proteiner, samt nogle geometriske objekter. Denne version af Garlic genkender PDB-formatet i version 2.1. Garlic kan også bruges til at analysere proteinsekvenser.

Programmet afhænger kun af X-bibliotekerne, ingen andre biblioteker er krævet.

Inkluderede funktioner:

  • »Slab«-placeringen og tykkelse er synlige i et lille vindue.
  • Atomare bindinger samt atomer opfattes som uafhængige objekter der kan tegnes.
  • Farverne for atomer og bindinger afhænger af placering. Fem oversættelsesmodeller er tilgængelige (som for slab).
  • Kan vise stereobilleder.
  • Kan vise andre geometriske objekter, såsom membran.
  • Atomar information er tilgængelig for atom som musemarkøren placeres over. Ingen klik er krævet, bare flyt musemarkøren over strukturen!
  • Kan indlæse mere end en struktur.
  • Kan tegne Ramachandranplot, helisk hjul, Venn-diagram, gennemsnitlig hydrofobicitet og hydrofobisk momentplot.
  • Kommandoprompten er tilgængelig i bunden af hovedvinduet. Den kan vise en fejlbesked og en kommandostreng.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Gausssum
fortolk og vis Guassian, GAMESS og anden uddata
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.2.5-2all
buster3.0.2-1all
stretch3.0.1.1-1all
jessie2.2.6.1-1all
squeeze2.2.4-1all
sid3.0.2-2all
bullseye3.0.2-2all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 11 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum fortolker uddatafilerne fra beregninger foretaget af ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussion, Jaguar og PC GAMESS, for at udtrække nyttig information.

GaussSum anvender GNUPlot til at vise forløbet for geometiske optimeringer, tætheden på tilstande for spektre, UV-VIS-spektre, IR-spektre, Raman- spektre og kort over forskelligheder i tæthed af elektroner. Det kan også vise alle linjer, som indeholder en vilkårlig frase og mere.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Gchempaint
Redigering af 2D-kemiske strukturer til GNOME2-skrivebordet
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gchempaint
ReleaseVersionArchitectures
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gchempaint:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning
x11application
Popcon: 31 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GChemPaint er et redigeringsprogram til 2D-kemiske strukturer. Programmet har en flerdokument grænseflade. Tegnede molekyler kan søges på NIST Webbook og PubChem.

Other screenshots of package gchempaint
VersionURL
0.14.17-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/052/large.png
Screenshots of package gchempaint
Gcrystal
letvægts visualisering af krystalstrukturer
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gcrystal
ReleaseVersionArchitectures
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gcrystal:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 16 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNOME Crystal er en let modelvisualisering af krystalstrukturer. Programmet er baseret på GNOME Chemistry Utils og bør vise modeller for alle slags mikroskopiske krystalstrukturer, der bruger OpenGL.

Screenshots of package gcrystal
Gcu-bin
GNOME chemistry utils (hjælpeprogrammer)
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gcu-bin
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0.14.17-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gcu-bin:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 26 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNOME Chemistry Utils tilbyder C++-klasser og Gtk+-2-kontroller relateret til kemi. De vil blive brugt i fremtidige versioner for både gcrystal og gchempaint.

Denne pakke tilbyder 4 programmer:

  • en molekylær strukturfremviser (GChem3D)
  • en lommeregner for molmasse (GChemCalc)
  • det periodiske system (GChemTable)
  • en spektrefremviser (GSpectrum)
Other screenshots of package gcu-bin
VersionURL
0.12.3-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/005/388/large.png
Screenshots of package gcu-bin
Gcu-plugin
GNOME Kemi-redskaber - browserudvidelsesmodul
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gcu-plugin
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gcu-plugin:
fieldchemistry
roleplugin
uitoolkitgtk
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

GNOME Chemistry Utils tilbyder C++-klasser og Gtk+-2-kontroller relateret til kemi. De vil blive brugt i fremtidige versioner for både gcrystal og gchempaint.

Denne pakke tilbyder et browserudvidelsesmodul for Gecko-baserede browsere. Det fungerer (endnu ikke) med WebKit-baserede browsere.

Gdis
Fremviser til molekylær- og krystalmodeller
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 26 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Et program baseret på GTK+ til visning og manipulation af isolerede molekyler, periodiske systemer og krystalformer. Det er under udvikling, men dog stadig rimelig funktionelt. Det har følgende funktioner:

  • Understøtter adskillige filtyper (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN og GULP)
  • Et simpelt værktøj til at skabe og manipulere molekyler
  • Et vindue til at skabe startkonfigurationer for simulationer af molekylære dynamikker
  • Et udvalg af værktøj til visualisering (information om geometri, fremhævelse af region, osv.)
  • Animation af BIOSYM-filer (også animationsgengivelser, se nedenfor)

GDIS lader dig også udføre følgende funktioner gennem andre pakker:

  • Optegning af model (takket være POVRay)
  • Minimering af energi (takket være GULP)
  • Morfologi-beregninger (takket være cdd)
  • Behandling af rumgrupper (takket være SgInfo)
  • Se den periodiske tabel (takket være GPeriodic)
  • Indlæs yderligere filtyper, såsom PDB (takket være Babel)
Screenshots of package gdis
Gdpc
visualiseringsprogram til simulering af molekylær dynamik
Versions of package gdpc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2.5-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.2.5-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.2.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.2.5-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdpc:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
works-with3dmodel, image, video
works-with-formatjpg, png
x11application
Popcon: 16 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gpdc er et grafisk program til visualisering af uddata, der stammer fra simuleringer af molekylær dynamik. Det læser inddata i standardformatet xyz, såvel som fra andre brugerdefinerede formater, og kan producere billeder fra hvert trin i en billedsekvens i JPG- eller PNG-format.

Registry entries: OMICtools 
Other screenshots of package gdpc
VersionURL
2.2.5-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/396/large.png
Screenshots of package gdpc
Gelemental
Fremviser for den periodiske tabel
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gelemental
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2.0-9amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.2.0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.2.0-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gelemental:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 35 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gElemental er en GTK+-fremviser for den periodiske tabel, som tilbyder detaljerede information om kemiske elementer.

Programmet har en tabelvisning, som tillader at elementerne bliver vist tematisk med farve via flere egenskaber, en sorteret listevisning og en dialog for elementegenskaber, viser en mængde information, inklusiv historiske, termodynamiske, elektrokemiske og krystallografiske egenskaber.

Denne pakke indeholder selve programmet.

Other screenshots of package gelemental
VersionURL
1.2.0-7ubuntu1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/009/116/large.png
Screenshots of package gelemental
Ghemical
Modelleringsmiljø for molekyler til GNOME
Maintainer: Debichem Team
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical er en beregningsmæssig kemi-programpakke skrevet i C++. Den har en grafisk brugergrænseflade og den understøtter både kvantemekaniske (semi- empiriske) modeller og molekylær-mekaniske modeller. Geometri-optimering, molekylære dynamikker og store sæt af visualiseringsværktøjer med brug af OpenGL er på nuværende tidspunkt tilgængelige.

Ghemical afhænger af ekstern kode som tilbyder de kvantemekaniske beregninger. De semi-empiriske metoder MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3 kommer fra pakken MOPAC7 (Public Domain, dvs. offentlig ejendom), og inkluderes i pakken. Pakken MPQC anvendes for at tilbyde ab initio-metoder: metoderne som er baseret på Hartee-Fock-teori understøttes aktuelt med basissæt, der strækker sig fra STO-3G til 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Gperiodic
Et periodisk system-program
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.10-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 38 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GPeriodic er et lille X/GTK+-baseret program, der gør det muligt at bladre gennem det periodiske system over kemiske grundstoffer og aflæse detaljer om hvert grundstof. Indeholder 118 grundstoffer.

Other screenshots of package gperiodic
VersionURL
2.0.10-5https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/421/large.png
Screenshots of package gperiodic
Gromacs
Simulator af molekyldynamik med bygge- og analyseværktøjer
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gromacs
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.0.7-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2020.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gromacs:
fieldbiology, biology:structural, chemistry
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkitxlib
x11application
Popcon: 20 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs. simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til millioner partikler.

GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger (som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Gromacs-mpich
Molekylær dynamisk simulator - binære filer for MPICH-parallelisering
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gromacs-mpich
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2020.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2020.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze4.0.7-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gromacs-mpich:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs. simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til millioner partikler.

GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger (som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.

Denne pakke indeholder kun den grundlæggende simuleringsmotor med parallel understøttelse, der bruger MPICH (v3)-grænsefladen. Den er egnet for knuder for en behandlingsklynge, eller for maskiner med flere processorer.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Gromacs-openmpi
Molekylær dynamisk simulator - binære filer for OpenMPI-parallelisering
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gromacs-openmpi
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
bullseye2020.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.0.7-3amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2020.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gromacs-openmpi:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
Popcon: 1 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs. simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til millioner partikler.

GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger (som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.

Denne pakke indeholder kun simuleringens grundmotor med parallel understøttelse via OpenMPI-grænsefladen. Den er egnet for knuder i en behandlingsklynge eller for maskiner med flere processorer.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Jmol
Molekulær fremviser
Maintainer: Debichem Team
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
jessie12.2.32+dfsg2-1all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
sid14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
wheezy12.2.32+dfsg2-1all
upstream14.30.2
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 66 users (53 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Jmol er en Javamolekulær fremviser for tredimensionelle kemiske strukturer. Funktioner inkluderer læsning af en række filtyper og resultater fra quantum-kemiprogrammer og animation af filer med flere rammer samt beregnede normale tilstande fra quantum-programmer. Fremviseren inkluderer funktioner for kemikalier, krystaller, materialer og biomolekyler. Jmol kan være nyttigt for studenter, undervisere og forskere indenfor kemi og biokemi.

Filformater som kan læses af Jmol inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton og VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package jmol
Kalzium
Periodisk tabel og kemiværktøjer
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.4.5-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.8.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid20.04.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye20.04.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
upstream20.04.3
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 163 users (140 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Kalzium er et kemiprogram med alle funktioner, inklusiv en periodisk tabel, kemisk reference, kemisk ligningsløser og 3D-molekylefremviser.

Denne pakke er en del af KDE-undervisningsmodulet.

Katomic
Atomix - puslespil
Versions of package katomic
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.4.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye20.04.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.12.4-1amd64,armel,armhf,i386
stretch16.08.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid20.04.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.8.4-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster18.04.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package katomic:
gamepuzzle
interfacex11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usegameplaying
x11application
Popcon: 93 users (206 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

KAtomic er et puslespil, hvori spilleren rykker atomer rundt på brættet for at samle et molekyle.

Pakken er en del af KDE's spilmodul.

Screenshots of package katomic
Libcdk-java
Chemistry Development Kit (CDK) Java libraries
Versions of package libcdk-java
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.10-7all
jessie1.2.10-6all
wheezy1.2.10-3all
squeeze1.0.2-5all
sid2.3.134.g1bb9a64587-2all
bullseye2.3.134.g1bb9a64587-2all
stretch1.2.10-6all
upstream2.3.139.g61f80bd775
Debtags of package libcdk-java:
devellang:java, library
fieldchemistry
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

The CDK is a library of Java classes used in computational and information chemistry and in bioinformatics. It includes renderers, file IO, SMILES generation/parsing, maximal common substructure algorithms, fingerprinting and much, much more.

Mmass
Massespektrometriværktøj for proteomik
Maintainer: The Debichem Group
Versions of package mmass
ReleaseVersionArchitectures
buster5.5.0-5all
jessie5.5.0-4all
stretch5.5.0-5all
wheezy5.1.0-2all
squeeze2.4.0-4all
Debtags of package mmass:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scienceplotting, visualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing
works-withbiological-sequence, db
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 10 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

mMass er en fri massespektrum fremviser/analyseprogram hvor de følgende proteomikrelaterede opgaver kan udføres:

  • Åbn rå tekst, mzXML- og mzData-massespektra
  • Definer højdelister
  • Funktionsrig massespektrumsfremviser (zoom, markør ...)
  • Omkalibrering af data
  • Simulationer kun med proteiner
  • Mascot-søgninger på nettet

Programmet kan nemt udvides med yderligere Pythonmoduler. Denne pakke indeholder de platformsuafhængige dele af programmet.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Screenshots of package mmass
Mmass-modules
Mass spectrometry tool for proteomics - extension modules
Maintainer: The Debichem Group
Versions of package mmass-modules
ReleaseVersionArchitectures
wheezy5.1.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster5.5.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
stretch5.5.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 10 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

mMass is a free mass spectrum viewer/analyzer in which the following proteomics-related tasks can be performed:

  • Open raw text, mzXML and mzData mass spectra;
  • Define peak lists;
  • Powerful mass spectrum viewer (zoom, cursor...);
  • Data recalibration;
  • Protein-only simulations;
  • Online Mascot searches.

The software can be easily extended by additional Python modules. This package contains the platform-dependent parts of the software.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Mopac7-bin
Semiempirisk kvantekemibibliotek (binære filer)
Maintainer: Debichem Team
Versions of package mopac7-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.15-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.15-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.15-6amd64,armel,armhf,i386
stretch1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mopac7-bin:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 12 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

MOPAC tilbyder rutiner til at løse de elektroniske strukturer for molekyler på et semiempirisk niveau. Tilgængelige metoder inkluderer MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3.

Denne pakke indeholder de MOPAC7-binære filer.

Mpqc
Massively Parallel Quantum Chemistry Program
Maintainer: Debichem Team
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 21 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPQC er et ab-inito kvantum kemiprogram. Det er specielt designet til at beregne molekyler på en meget paralleliseret måde.

Programmet kan beregne energier og gradienter for de følgende metoder:

  • Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
  • Density Functional Theory (DFT)
  • Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)

Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:

  • Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12)
  • Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
  • Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)

Programmet inkluderer også et internt optimiseringsprogram for koordinatgeometri.

MPQC er bygget oven på Scientific Computing Toolkit (SC).

Mpqc-support
Massively Parallel Quantum Chemistry Program (understøttelsesværktøjer)
Maintainer: Debichem Team
Versions of package mpqc-support
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package mpqc-support:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
suiteemacs
uitoolkittk
x11application
Popcon: 13 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPQC er et ab-inito kvantum kemiprogram. Det er specielt designet til at beregne molekyler på en meget paralleliseret måde.

Denne pakke inkluderer Perlmoduler til at fortolke uddata, Emacs-tilstande til at facilitere redigering af mpqc-filer og molrender der er et program til at vise molekyler i OOGL-format.

Msxpertsuite
Programpakke til massespektrometri - metapakke
Maintainer: The Debichem Group
Versions of package msxpertsuite
ReleaseVersionArchitectures
sid5.8.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.8.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

msXpertSuite tilbyder programmer til at modelopbygge lineær (bio-) polymer kemi, simulere massespektrale data, analyse og data-mine masse. Det er efterfølgeren til GNU plyXmass, først, og så massXpert.

Programmerne massXpert og mineXpert gør følgende muligt:

massXpert:

  • lav helt nye kemidefinitioner for polymerer
  • brug definitionerne til at udføre nemme beregninger som i en lommeregner fra skrivebordet
  • udfør sofistikeret sekvensredigering og simuleringer for polymerer
  • udfør m/z-listesammenligninger

Kemiske simuleringer omfatter spaltning (enten kemisk eller enzymatiske), gas-fase fragmentationer, kemisk modifikation af enhver monomer i polymersekvensen, tværbinding af monomerer i sekvensen, vilkårlige massesøgninger, beregning af det isotopiske mønster ...

mineXpert:

  • Åbn datafiler med massespektrometri (mzML, mzXML, asc, xy ...)
  • Beregn og vis TIC-kromatogram
  • For mobile data, beregn og vis et mz=f(dt)-farvekort
  • Integrer dataene fra TIC-kromatogrammet eller farvekortet
  • med massespektrum
  • med driftspektrum
  • tilbage til TIC-kromatogram (XIC-kromatogram)
  • vendte operationer
  • til enkelt TIC-intensistetsværdi
  • Modelcentroidetoppe til massespektra via enten gaussisk model eller lorentziansk model
  • Eksporter dataene til tekstfiler
  • Opdel en stor fil til mindre dele for nemmere undersøgelse
  • Definer hvordan undersøgelsesaktivitet optages på disken for senere brug
  • Konverter mzML-filer til et privat (men dog åbent) format for massespektrometri, som tillader bedre ydelse (baseret på SQLite3)

Denne pakke afhænger af både massXpert og mineXpert og vil derfor installere begge. For kun at installere en af dem, så installer henholdsvis msxpertsuite-massxpert eller msxpertsuite-minexpert.

Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Openbabel
Redskaber til kemisk værktøjskasse - kommandolinje
Maintainer: Debichem Team
Versions of package openbabel
ReleaseVersionArchitectures
sid3.1.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.3.1+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.3.2+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.3.2+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package openbabel:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 78 users (34 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:

  • Indsættelse og fjernelse af hydrogen
  • Understøttelse af molekylær-mekanik
  • Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
  • Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering, aromaticitet)
  • Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare koordinater med flere bånd
  • Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning

Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.

Denne pakke inkluderer følgende redskaber:

  • obabel: Konverter mellem forskellige kemiske filformater
  • obenergy: Beregn energien for et molekyle
  • obminimize: Optimer geometrien, minimer energien for et molekyle
  • obgrep: Molekylært søgeprogram som anvender mønstre fra SMARTS
  • obgen: Opret 3D-koordinater for et molekyle
  • obprop: Udskriv standardegenskaber for molekyler
  • obfit: Læg to molekyler oveni hinanden baseret på et mønster
  • obrotamer: Opret konformer/rotamer-koordinater
  • obconformer: Opret konformere med lavt energiniveau
  • obchiral: Udskriv informationer om molekylær kiralitet
  • obrotate: Roter torsionsvinkel for molekyler i stakkevis tilstand
  • obprobe: Opret elektrostatisk sondegitter
Screenshots of package openbabel
Openfoam
Programsæt for Computational Fluid Dynamics (CFD) - binære filer
Versions of package openfoam
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1906.191111+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1812+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.1+dfsg1-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,s390x
sid1906.191111+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1912.200626
Popcon: 31 users (16 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenFOAM er det førende, frie program til at beregne væskedynamik (CFD), ejet af OpenFOAM Foundation og distribueret eksklusivt under General Public Licence (GPL).

Denne pakke indeholder de binære filer.

Pdb2pqr
Præparation af proteinstrukturer for elektrostatiske beregninger
Versions of package pdb2pqr
ReleaseVersionArchitectures
sid2.1.1+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.9.0+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.1.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.1+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 12 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PDB2PQR er en Pythonprogrampakke, som automatiserer mange af de fælles opgaver med at forberede strukturer for kontinuum elektrostatik beregninger. Det giver således et af platformen uafhængigt værktøj til konvertering af proteinfiler i PDB-format til PQR-format. Disse opgaver omfatter:

  • Tilføjelse af et begrænset antal manglende tunge atomer til biomolekylære strukturer
  • Bestemmelse af sidekæde pKas
  • Placering af manglende hydrogener
  • Optimering af proteinet til gunstig hydrogenbinding
  • Tildele ladnings- og radiusparametre fra en række kraftfelter

Denne pakke indeholder også PropKa, et værktøj til at ændre protonationstilstanden hos proteinstrukturer i Protein Data Bank-formatet (PDB) for at matche en given pKa-værdi. Det kan også bruges til at præcisere NMR-strukturer, som ofte giver unøjagtige pKa-værdier for nogle rester.

Please cite: Todd J Dolinsky, Paul Czodrowski, Hui Li, Jens E Nielsen, Jan H Jensen, Gerhard Klebe and Nathan A Baker: PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 35:W522-5 (2007)
Registry entries: OMICtools 
Psi3
Kvantum kemisk programpakke
Maintainer: Debichem Team
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
buster3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.4.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.4.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
Popcon: 12 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

PSI3 er et ab-initio quantum chemistry program. Det er specielt designet til præcist at beregne egenskaber for små til mellemstørrelse molekyler, med brug af højt korrelerede teknikker.

Programmet kan beregne energier og overgange for de følgende metoder:

  • Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (RHF/ROHF) (inklusive analytiske hessianer for RHF)
  • Closed shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
  • Complete active space SCF (CASSCF)
  • Coupled-cluster singles doubles (CCSD)
  • Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T)) (kun for ubegrænsede (UHF) reference-wavefunktioner)

Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:

  • Unrestricted open shell Hartree-Fock (UHF)
  • Closed/open shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
  • Closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12) and spin- component scaled MP2 theory (SCS-MP2)
  • Multireference configuration-interaction (MRCI)
  • Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T))
  • Second/third-order approximate coupled-cluster singles doubles (CC2/CC3)
  • Multireference coupled-cluster singles doubles (MRCCSD)
  • Closed shell and general restricted open shell equation-of-motion coupled-cluster singles doubles (EOM-CCSD)

Yderligere funktioner inkluderer:

  • Fleksibelt, modulært og tilpasningsparat inddataformat
  • Spændte tilstandsberegninger med CC2/CC3-, EOM-CCSD-, CASSCF-, MRCI- og MRCCSD-metoderne
  • Internal coordinate geometry optimizer
  • Harmonic frequencies calculations
  • One-electron properties like dipole/quadrupole moments, natural orbitals, electrostatic potential, hyperfine coupling constants or spin density
  • Udnyttelse af molekylær point-group-symmetri for at øge effektivitet
Screenshots of package psi3
Pyfai
Fast Azimuthal Integration-skripter
Versions of package pyfai
ReleaseVersionArchitectures
buster0.17.0+dfsg1-3all
sid0.19.0+dfsg1-3all
stretch0.13.0+dfsg-1all
jessie0.10.2-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.3.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye0.19.0+dfsg1-3all
Popcon: 11 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyFAI er et Pythonbibliotek for azimuthal integration; biblioteket giver mulighed for konvertering af diffraktionsbilleder taget med 2D-detektorer såsom CCD-kameraer til X-røntgen pulverbilleder, som kan bruges af andre programmer såsom Rietvelds forfiningsværktøjer (dvs. FullPorf), faseanalyse eller teksturanalyse.

Da PyFAI er et bibliotek, dets hovedformål er at være integreret i andre værktøjer såsom PyMca, LiMa eller EDNA. For at udføre dataanalyse på nettet skal den præcise beskrivelse af den eksperimentelle opsætning være kendt. Dette er årsagen til, at PyFAI inkluderer optimeringskode for geometri der arbejder på »powder rings« fra referenceprøver. Alternativt kan PyFAI også importere geometrier tilpasset med andre værktøjer såsom Fit2D.

PyFAI er blevet designet til at fungere med enhver slags detektor med enhver geometri (transmission, reflektion, off-axis ...). Den bruger Pythonbiblioteket FabIO til at læse de fleste billeder taget af diffractometer.

Pymol
System til molekylærgrafik
Maintainer: Debichem Team
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.2r2-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.0+dfsg-1all
bullseye2.3.0+dfsg-1all
buster2.2.0+dfsg-4all
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.5.0.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream2.4.0
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 203 users (21 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyMOL er et system til molekylærgrafik målrettet mellemstore til store biomolekyler som proteiner. Det kan fremstille udgivelsesklare billeder og animationer af molekylærgrafik i høj kvalitet.

Egenskaber inkluderer:

  • Visualisering af molekyler, molekylærbaner og overflader af data fra krystallografi eller orbitaler
  • Molekylærbygger og -skulptør
  • Intern strålesporing og filmgenerator
  • Fuldt udvidelig og skriptbar via en Python-grænseflade

Filformater som PyMOL kan læse inkluderer PDB, XYZ, CIF, »MDL Molfile«, ChemDraw, CCP4-kort, XPLOR-kort og »Gaussian cube«-kort.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package pymol
VersionURL
1.2r2-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/276/large.png
Screenshots of package pymol
Python3-pymzml
mzML mass spectrometric data parsing (Python 3.x)
Maintainer: The Debichem Group
Versions of package python3-pymzml
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.4.7-3all
stretch0.7.6-dfsg-4all
sid2.4.7-3all
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

python-pymzml is an extension to Python that offers:

  • easy access to mass spectrometry (MS) data that allows the rapid development of tools;
  • a very fast parser for mzML data, the standard in mass spectrometry data format;
  • a set of functions to compare or handle spectra.

This package contains python-pymzml for Python 3.

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
Qutemol
interaktiv visualisering af makromolekyler
Maintainer: Debichem Team
Versions of package qutemol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4.1~cvs20081111-3.2amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.4.1~cvs20081111-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.4.1~cvs20081111-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package qutemol:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut, wxwidgets
x11application
Popcon: 12 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

QuteMol er et interaktivt, højkvalitetssystem til visualisering af molekyler. Det udnytter de aktuelle GPU-kapaciteter via OpenGL-skygger til at tilbyde en vifte af innovative visuelle effekter. QuteMols visualiseringsteknikker har som mål at skabe klarere og lettere forståelse af 3D-formen og strukturen i store molekyler eller komplekse proteiner.

Qutemol bruger avancerede OpenGL-teknikker og virker måske ikke korrekt med alle videokort og drivere.

Funktioner der tilbydes i QuteMol:

  • Omgivende okklusion i realtid
  • Dybdebevidst silhuet-forbedring
  • Kugler-og-pinde, rumudfylding og »liquorice«-visualiseringstilstande
  • Højopløste, udjævnede øjebliksbilleder til optegninger i trykkvalitet
  • Automatisk oprettelse af animerede gif-billeder af roterende molekyler for animationer på internetsider
  • Interaktiv optegning af makromolekyler (>100k atomer)

QuteMol læser PDB-filer som inddata.

Please cite: Marco Tarini, Paolo Cignoni and Claudio Montani: Ambient Occlusion and Edge Cueing for Enhancing Real Time Molecular Visualization. (eprint) IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 12(5):1237-1244 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package qutemol
Rasmol
Visualisering af biologiske makromolekyler
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.7.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
wheezy2.7.5.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 77 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

RasMol er et molekylært grafikprogram lavet til visualisering af proteiner, xxx syrer og små molekyler. Programmet har som formål at vise, lære og oprette billeder i udgivelseskvalitet.

Programmet læser i en molekylær koordinatfil og viser interaktivt molekylet på skærmen i forskellige farveskemaer og molekylerepræsentationer. Blandt de tilgængelige repræsentationer findes trådgitter med dybdeeffekt, Dreiding-pinde, kalotmodeller (CPK), kugler og pinde, biomolekylære bånd (eller »ribbons«; massive og som tråde), atometiketter samt prikoverflader.

Understøttede filformater inkluderer Protein Data Bank (PDB), Tripos Asscociates' Alchemy- og Sybyl Mo12-formater, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-filformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ-format (XMol), CHARMm-format, CIF-format og mmCIF-formatfiler.

Denne pakke installerer to versioner af RasMol: rasmol-gtk har en moderne GTK-baseret brugerflade og rasmol-classic har versionen med den gamle Xlib-grafiske brugerflade.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package rasmol
Tandem-mass
Massespektrometriprogram for proteinidentifikation
Maintainer: The Debichem Group
Versions of package tandem-mass
ReleaseVersionArchitectures
sid201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch20151215-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2013.09.01-2amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 15 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

X! Tandem kan matche tandem-massespektre med peptidsekvenser, i en proces, der er almindeligt anvendt til at udføre proteinidentifikation.

Dette program har en meget enkel og ukompliceret programmeringsgrænseflade: Det tager simpelthen en XML-fil med instruktioner på sin kommandolinje, og viser resultaterne i en XML-fil, der er specificeret i den anvendte XML-fil. Resultatfilens format er beskrevet på http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf

I modsætning til nogle tidligere søgemaskiner beregner alle X!-seriens søgemaskiner statistisk tillid (forventningsværdier) for alle de individuelle spektrum-til-sekvens opgaver. De samler også alle peptidopgaverne i et datasæt på de kendte proteinsekvenser og tildeler den statistiske tillid at denne samling og justering ikke er tilfældig. Formlen for dette kan findes her. Derfor er der ikke brug for separate samlings- og statistiske analyseprogrammer, f.eks. PeptideProphet og ProteinProphet.

V-sim
Visualiser atomare strukturer
Maintainer: Debian Science Team
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 19 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

V_Sim visualiserer atomare strukturer såsom krystaller, korngrænser, molekyler og så videre (enten i et binært format eller i klartekst).

Optegningen udføres i pseudo-3D med sfærer (atomer) eller pile (»spins«). Brugeren kan interagere via mange funktioner for at vælge visningen, angive bindingerne, tegne klipniveauer, beregne overflader fra skalafelter, duplikere noder, måle geometri ... Derudover gør V_Sim det muligt at eksportere visningen som billeder i PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) og andre formater. Nogle værktøjer er også tilgængelige til at farvelægge atomer fra dataværdier eller til at animere - på skærmen - mange positionsfiler.

Screenshots of package v-sim
Viewmol
Grafisk brugerflade for bregningskemiprogrammer
Maintainer: Debichem Team
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.1-26amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 35 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Viewmol kan hjælpe grafisk med oprettelsen af molekylære strukturer for beregninger og med at visualisere resultaterne.

I øjeblikket inkluderer Viewmol inddatafiltre for resultaterne Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole og Vamp samt PDB-filer. Strukturer kan gemmes som Accelrys' car-filer, MDL-filer og Turbomolekoordinatfiler. Viewmol kan oprette inddatafiler for Gaussian 9x/03. Viewmols filformat er blevet tilføjet til OpenBabel, så at OpenBabel kan fungere som inddata samt resultatfilter for koordinater.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol
Xbs
3d-modeller og film af molekyler
Maintainer: Matthew Vernon
Versions of package xbs
ReleaseVersionArchitectures
sid0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0-8amd64,armel,armhf,i386
squeeze0-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package xbs:
fieldchemistry
interface3d
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitxlib
useprinting, viewing
works-withtext
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 13 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

xbs kugler-og-pinde-optegningsprogram kan lave faste og bevægelige tredimensionelle modeller af molekyler. Uddata kan fås i X11 og PostScript. Modellerne kan roteres, skaleres osv. Diverse funktioner som mærkater, skygger, lyssætning og farver er tilgængelige.

Screenshots of package xbs
Xdrawchem
Redigeringsprogram for kemiske strukturer og reaktioner
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package xdrawchem
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.10.2.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.2.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.10.2.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.9.9-4.1amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package xdrawchem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 17 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Xdrawchem er et 2D-redigeringsprogram for kemiske strukturer og reaktioner. Programmet spejler mulighederne i den kommercielle ChemDraw-programpakke og har filkompatibilitet med dette program samt andre kemiske formater via OpenBabel.

Screenshots of package xdrawchem
Xmakemol
Program til visualisering af atomare og molekylære systemer
Maintainer: Debichem Team
Versions of package xmakemol
ReleaseVersionArchitectures
buster5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.16-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.16-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xmakemol:
fieldchemistry
hardwareinput, input:mouse
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, viewing
x11application
Popcon: 7 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

XMakemol er et musebaseret program, skrevet med brug af LessTif-kontrolsættet, til at se og manipulere atomare og andre kemiske systemer. Programmet læser XYZ-inddata og optegner atomer, bindinger og hydrogen-bindinger.

Inkluderede funktioner:

  • Animering af flere billedfiler
  • Interaktiv måling af bindingslængder, bindingsvinkler og torsionsvinkler
  • Kontrol over atom/bindings-størrelser
  • Eksport til Xpm, Encapsulated PostScript og XYZ-formater
  • Skift af synligheden for atomgrupper
  • Redigering af positionen for atomundersæt
Screenshots of package xmakemol
Xmakemol-gl
Program til visualisering af atomare og molekylære systemer - OpenGL
Maintainer: Debichem Team
Versions of package xmakemol-gl
ReleaseVersionArchitectures
sid5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.16-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze5.16-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xmakemol-gl:
uitoolkitmotif
Popcon: 10 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

XMakemol er et musebaseret program, skrevet med brug af LessTif-kontrolsættet, til at se og manipulere atomare og andre kemiske systemer. Programmet læser XYZ-inddata og optegner atomer, bindinger og hydrogen-bindinger.

Inkluderede funktioner:

  • Animering af flere billedfiler
  • Interaktiv måling af bindingslængder, bindingsvinkler og torsionsvinkler
  • Kontrol over atom/bindings-størrelser
  • Eksport til Xpm, Encapsulated PostScript og XYZ-formater
  • Skift af synligheden for atomgrupper
  • Redigering af positionen for atomundersæt

Dette er den OpenGL-aktiverede XMakemol-pakke. Billederne optegnes via rigtig 3D-grafikprimitiver og kan eksporteres via formatet Xpm; rød/blå stereobilleder kan også fremstilles. Pakken OpenGL tilbyder flere visningsindstillinger, sammen med bedre understøttelse for visning af vektorer. Ellipser kan også optegnes.

Other screenshots of package xmakemol-gl
VersionURL
https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/872/large.png
Screenshots of package xmakemol-gl

Official Debian packages with lower relevance

Gdpc-examples
Eksempler på filer for programmet gdpc
Versions of package gdpc-examples
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.5-3all
bullseye2.2.5-10all
buster2.2.5-9all
squeeze2.2.5-1all
stretch2.2.5-6all
sid2.2.5-10all
wheezy2.2.5-2all
Debtags of package gdpc-examples:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gpdc er et grafisk program til visualisering af uddata, der stammer fra simuleringer af molekylær dynamik. Det læser inddata i standardformatet xyz, såvel som fra andre brugerdefinerede formater, og kan producere billeder fra hvert trin i en billedsekvens i JPG- eller PNG-format.

Denne pakke indeholder eksempler, som kan bruges med programmet gdpc.

Registry entries: OMICtools 
Libschroedinger-coordgenlibs-dev
2D coordinate generation for chemical compounds - header files
Maintainer: Debian Science Team
Versions of package libschroedinger-coordgenlibs-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides the Open Source release of Schroedinger's routines for the 2D coordinate representation of chemical compounds.

This package provides header files for developing against the API of that library.

Python-pymzml-doc
mzML mass spectrometric data parsing - documentation
Maintainer: The Debichem Group
Versions of package python-pymzml-doc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.4.7-3all
stretch0.7.6-dfsg-4all
sid2.4.7-3all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

python-pymzml is an extension to Python that offers:

  • easy access to mass spectrometry (MS) data that allows the rapid development of tools;
  • a very fast parser for mzML data, the standard in mass spectrometry data format;
  • a set of functions to compare or handle spectra.

This package contains the documentation in PDF and HTML format, along with the text sources (process with sphinx).

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
Python3-periodictable
Extensible periodic table of the elements (Python 3)
Versions of package python3-periodictable
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5.0-7all
sid1.5.2-3all
bullseye1.5.2-3all
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides a periodic table of the elements with support for mass, density and xray/neutron scattering information.

Masses, densities and natural abundances come from the NIST Physics Laboratory, but do not represent a critical evaluation by NIST scientists.

Neutron scattering calculations use values collected by the Atomic Institute of the Austrian Universities. These values do corresponding to those from other packages, though there are some differences depending to the tables used. Bound coherent neutron scattering for gold in particular is significantly different from older value: 7.63(6) as measured in 1974 compared to 7.90(7) as measured in 1990.

X-ray scattering calculations use a combination of empirical and theoretical values from the LBL Center for X-ray Optics. These values differ from those given in other sources such as the International Tables for Crystallography, Volume C, and so may give different results from other packages.

This package installs the library for Python 3.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

Molden
processing program of molecular and electronic structure
Versions of package molden
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.2-1all
Versions and Archs
License: non-free
Git
Version: 5.2-1

MOLDEN is a package for displaying Molecular Density from the Ab Initio packages GAMESS-UK , GAMESS-US and GAUSSIAN and the Semi-Empirical packages Mopac/Ampac, it also supports a number of other programs via the MOLDEN Format. MOLDEN reads all the required information from the GAMESS / GAUSSIAN outputfile. MOLDEN is capable of displaying Molecular Orbitals, the electron density and the Molecular minus Atomic density. Either the spherically averaged atomic density or the oriented ground state atomic density can be subtracted for a number of standard basis sets. MOLDEN supports contour plots, 3-d grid plots with hidden lines and a combination of both. It can write a variety of graphics instructions; postscript, X, VRML, povray, OpenGL, tekronix4014, hpgl, hp2392 and Figure. The X version of MOLDEN is also capable of importing and displaying of chemx, PDB, and a variety of mopac/ampac files and lots of other formats. It also can animate reaction paths and molecular vibrations. It can calculate and display the true or Multipole Derived Electrostatic Potential and atomic charges can be fitted to the Electrostatic Potential calculated on a Connolly surface. MOLDEN has a powerful Z-matrix editor which give full control over the geometry and allows you to build molecules from scratch, including polypeptides. MOLDEN was also submitted to the QCPE (QCPE619), allthough the X version is considerably running behind on the current one.

Molekel
Advanced Interactive 3D-Graphics for Molecular Sciences
Versions of package molekel
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.4-1all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 5.4-1

Molekel is an open-source multi-platform molecular visualization program.

Some of the features are:

  • Different methods to speed-up rendering of molecules with support for billboards and view-dependent level of detail techniques
  • Programmable shaders; standard shaders to enhance rendering quality, outline contours and perform sketch-like renderings are provided
  • Visualization of residues (ribbon or schematic)
  • Complete control over the generation of molecular surfaces (bounding box and resolution)
  • Visualization of the following surfaces:
  • Orbitals
  • Iso-surface from density matrix
  • Iso-surface from Gaussian cube grid data
  • SAS
  • SES
  • Van der Waals
  • Animation of molecular surfaces
  • Animation of vibrational modes
  • Export high resolution images for 300+ DPI printing
  • Export to PostScript and PDF
  • Export animation
  • Plane widget to visualize a scalar field: the plane can be freely moved in 3d space and the points on the plane surface will be colored according to the value of the scalar field: a cursor can be moved on the plane surface to show the exact value of the field at a specific point in space.
Tinker
Software Tools for Molecular Design
Responsible: LI Daobing (LI Daobing)
Versions of package tinker
ReleaseVersionArchitectures
VCS4.2-5~devall
Versions and Archs
License: free
Git
Version: 4.2-5~dev

The TINKER molecular modeling software is a complete and general package for molecular mechanics and dynamics, with some special features for biopolymers. TINKER has the ability to use any of several common parameter sets, such as Amber (ff94, ff96, ff98 and ff99), CHARMM (19 and 27), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA and OPLS-AA/L), Liam Dang's polarizable potentials, and our own AMOEBA polarizable atomic multipole force field. Parameter sets for other standard force fields such as GROMOS, UFF, ENCAD and MM4 are under consideration for future releases.

The TINKER package includes a variety of novel algorithms such as a new distance geometry metrization method that has greater speed and better sampling than standard methods, Elber's reaction path methods, several of our Potential Smoothing and Search (PSS) methods for global optimization, an efficient potential surface scanning procedure, a flexible implementation of atomic multipole-based electrostatics with explicit dipole polarizability, a selection of continuum solvation treatments including several variants of the generalized Born (GB/SA) model, an efficient truncated Newton (TNCG) local optimizer, surface areas and volumes with derivatives, a simple free energy perturbation facility, normal mode analysis, minimization in Cartesian, torsional or rigid body space, velocity Verlet stochastic dynamics, an improved spherical energy cutoff method, Particle Mesh Ewald summation for partial charges and regular Ewald for polarizable multipoles, a novel reaction field treatment of long range electrostatics, and more....

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Libegad - wnpp
rational protein design library
Responsible: LI Daobing
License: LGPL
Debian package not available

The EGAD Library is a modular, object oriented approach to rational protein design. It is platform-independent, written in C++ and, most importantly, free. Its raison d'etre is to serve as a tool for building protein design applications. It can also be used as a test-bed for the comparison of different energy functions and minimization algorithms under the same physical model.

Citations of EGAD Library should reference the paper in the Journal of Computational Chemistry. doi:10.1002/jcc.20727

Libint - wnpp
Evaluate the integrals in modern atomic and molecular theory
Responsible: Daniel Leidert
License: GPL
Debian package not available

Libint library is used to evaluate the traditional (electron repulsion) and certain novel two-body matrix elements (integrals) over Cartesian Gaussian functions used in modern atomic and molecular theory. The idea of the library is to let computer write optimized code for computing such integrals. There are two primary advantages to this: much less human effort is required to write code for computing new integrals, and code can be optimized specifically for a particular computer architecture (e.g., vector processor).

Libint has been utilized to implement methods such as Hartree-Fock (HF) and Kohn-Sham density functional theory (KS DFT), second-order Moller-Plesset perturbation theory (MP2), coupled cluster singles and doubles (CCSD) method, as well as explicitly correlated R12 methods. The following software packages use Libint:

Improves mpqc (#409025) and psi3.

No known packages available

Openchrom
process chromatographic and mass spectrometric data
License: EPL
Debian package not available

OpenChrom is an open source software for chromatography based on the Eclipse Rich Client Platform (RCP). Its focus is to handle mass spectrometry systems (e.g. GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS) data files natively. OpenChrom is able to import binary and textual chromatographic data files, such as *.D chromatograms from Agilent Technologies or NetCDF. Moreover, it offers a nice graphical user interface and is available for various operating systems, e.g. Windows, Linux, Solaris and Mac OSX. A basis set of methods to detect baselines, peaks and to integrate peaks in a chromatogram are implemented. Preprocessing steps, e.g. to remove certain mass fragments (m/z) such as nitrogen (28) or water (18), are supported by applying filter on the chromatogram or mass spectrum. Extensions are welcome, as OpenChrom is open source and uses a flexible approach, which allows others to implement their own methods, algorithms, filters, detectors or integrators. Therefore, OpenChrom shall be an efficiently system to process chromatographic and mass spectrometric data using an extensible and flexible plugin approach.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 193693