Debian Science Project
Summary
Chemistry
pacchetti Debian Science per la chimica

Questo metapacchetto installa i pacchetti di Debian Science relativi alla chimica. Chi installa questo pacchetto potrebbe essere interessato anche al debtag field::chemistry e, in base alle proprie esigenze, al metapacchetto education-chemistry.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Chemistry packages

Official Debian packages with high relevance

Adun.app
simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.81-6amd64,armel,armhf,i386
sid0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.81-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.81-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 10 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun è un simulatore biomolecolare che include anche capacità di gestione e analisi di dati. È stato sviluppato presso il Laboratorio di Biofisica e Biochimica Computazionale, una sezione dell'Unità di Ricerca sull'Informatica Biomedica dell'UPF (Universitat Pompeu Fabra).

Questo pacchetto contiene UL, il frontend con interfaccia utente grafica per Adun.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package adun.app
Apbs
Adaptive Poisson Boltzmann Solver
Versions of package apbs
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.0+dfsg1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.2.1b-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.4-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0+dfsg1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package apbs:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 37 users (41 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

APBS is a software package for the numerical solution of the Poisson-Boltzmann equation (PBE), one of the most popular continuum models for describing electrostatic interactions between molecular solutes in salty, aqueous media. Continuum electrostatics plays an important role in several areas of biomolecular simulation, including:

  • simulation of diffusional processes to determine ligand-protein and protein-protein binding kinetics,
  • implicit solvent molecular dynamics of biomolecules ,
  • solvation and binding energy calculations to determine ligand-protein and protein-protein equilibrium binding constants and aid in rational drug design,
  • and biomolecular titration studies.

APBS was designed to efficiently evaluate electrostatic properties for such simulations for a wide range of length scales to enable the investigation of molecules with tens to millions of atoms.

This package contains the apbs program and utilities.

Please cite: Nathan A. Baker, David Sept, Simpson Joseph, Michael J. Holst and J. Andrew McCammon: Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome. (eprint) Proc. Natl. Acad. Sci. 98(18):10037-10041 (2001)
Avogadro
sistema di grafica e modellamento molecolare
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
sid1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 92 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

  • modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
  • meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
  • visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
  • visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
  • gestione di unità a cella cristallografiche;
  • generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
  • architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Bkchem
editor di strutture chimiche
Versions of package bkchem
ReleaseVersionArchitectures
buster0.13.0-6all
jessie0.13.0-4all
wheezy0.13.0-4all
squeeze0.13.0-2all
sid0.13.0-6all
stretch0.13.0-5all
Debtags of package bkchem:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 20 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BKchem è un programma libero di disegno chimico, che è scritto in Python.

Alcune delle sue funzionalità:

  • disegno (disegno legame-per-legame; modelli per anelli comuni; espansione di gruppi comuni; disegno di radicali, cariche, frecce; supporto per colori...);
  • modifica (capacità illimitate per operazioni annulla/ripeti; allineamento; ridimensionamento; rotazione (2D, 3D)...);
  • esportazione/importazione (esportazione in SVG, OpenOffice.org-Draw, EPS pienamente supportata; supporto di base per importazione ed esportazione CML1 e CML2).
Screenshots of package bkchem
Bodr
archivio di dati Blue Obelisk Data Repository
Versions of package bodr
ReleaseVersionArchitectures
buster10-1all
sid10-2all
bullseye10-2all
stretch10-1all
jessie10-1all
wheezy9-1all
squeeze9-1all
Debtags of package bodr:
roleapp-data
Popcon: 68 users (38 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Archivio comune di nozioni di chimica e fisica che mira a migliorare l'interoperabilità dei programmi di chimica.

https://dx.doi.org/10.1021/ci050400b

Please cite: Peter Murray-Rust: The Blue Obelisk (eprint) CDK News 2(2):43-46 (2005)
Chemeq
parser per formule e equilibri chimici
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemeq
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.12-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.12-1amd64,armel,armhf,i386
buster2.18-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.9-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package chemeq:
develinterpreter
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecalculating, learning, text-formatting, typesetting
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 15 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

chemeq è un semplice filtro scritto in linguaggio C, flex e bison. Accetta in ingresso stringhe tipo:

 2H2 + O2 ---> 2 H2O
e genera come output il codice LaTeX e messaggi sull'equilibrio di una

reazione chimica.

 esempio:~/src$ echo "2H2 + O2 ---> 2 H2O" | chemeq -lc
 2\,H_{2}\,+\,O_{2}\,\rightarrow\,2\,H_{2}O
 OK
Chemical-mime-data
gestione per tipi MIME e di file chimici per desktop
Versions of package chemical-mime-data
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.1.94-7all
squeeze0.1.94-3all
wheezy0.1.94-6all
jessie0.1.94-6all
stretch0.1.94-6all
buster0.1.94-7all
sid0.1.94-7all
Debtags of package chemical-mime-data:
fieldbiology, chemistry
roleapp-data
useorganizing
Popcon: 73 users (38 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Il tipo multimediale "chemical" e vari sottotipi sono stati proposti da Henry Rzepa, Peter-Murray Rust e Benjamin Whitaker nel 1996 come una aggiunta ai tipi MIME esistenti. La proposta non ha avuto successo, ma varie applicazioni utilizzano questi tipi MIME/file. Questo pacchetto aggiunge ai desktop Linux la capacità di rilevare e riconoscere i file multimediali di tipo chemical/*.

Vedere anche http://www.ch.ic.ac.uk/chemime/.

Chemical-structures
insieme di strutture molecolari in formati aperti
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemical-structures
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2.dfsg.0-15all
buster2.2.dfsg.0-13all
sid2.2.dfsg.0-15all
wheezy2.2.dfsg.0-8all
jessie2.2.dfsg.0-12all
stretch2.2.dfsg.0-12all
Debtags of package chemical-structures:
fieldbiology, biology:bioinformatics, chemistry
interfacecommandline, web
roledata, program
sciencevisualisation
usecomparing, converting, learning, viewing
Popcon: 14 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Centinaia di strutture molecolari delle seguenti classi: alcoli, aldeidi, alcani, alcheni, ammidi, ammine, amminoacidi, composti aromatici, acidi carbossilici, esteri, eteri, acidi grassi, alogenuri alchilici, chetoni, nitrili, basi azotate, acqua.

Screenshots of package chemical-structures
Chemtool
programma per il disegno di strutture chimiche
Versions of package chemtool
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.6.14-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6.14-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.6.14-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.6.13-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.6.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package chemtool:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useediting, learning
works-withimage, image:vector
works-with-formatsvg
x11application
Popcon: 36 users (20 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Chemtool è un editor 2D per X11 per strutture chimiche basato su GTK+. Supporta molti stili per i legami, la maggior parte dei tipi di testo necessari per impaginare testi chimici e spline/archi/frecce curve.

I disegni possono essere esportati in formato MOL e PDB, in formato SVG * XFig per ulteriori annotazioni, come disegni PiCTex, come bitmap o file PostScript (molti di questi grazie a fig2dev, il programma compagno di Xfig).

Il pacchetto contiene anche un programma di aiuto, cht, per calcolare le formule somma e il peso molecolare (esatto) a partire da un file di disegno di chemtool. Cht può essere invocato direttamente da Chemtool o dalla console.

Please cite: Matthias Brüstle: Chemtool - Moleküle zeichnen mit dem Pinguin. (eprint) Nachr. Chem. 49(11):1310-1313 (2001)
Screenshots of package chemtool
Cp2k
Ab Initio Molecular Dynamics
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid7.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bullseye7.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
wheezy2.2.426-8amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 17 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular dynamics (AIMD) simulations.

CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian calculations as well. Features include:

Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:

  • Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
  • Hartree-Fock (HF) energies and forces
  • Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
  • Random Phase Approximation (RPA) energies
  • Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
  • Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo- potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave approach (GPW/GAPW)
  • Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
  • Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5, PW92 and PADE
  • Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
  • Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including B3LYP, PBE0 and MCY3
  • Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
  • Additional XC functionals via LibXC
  • Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
  • Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW, PBE-vdW and B97X-D
  • DFT+U (Hubbard) correction
  • Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges (DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
  • Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS) matrix computation
  • Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace (DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
  • Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
  • Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear scaling of molecular systems
  • Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory (TDDFPT)

Ab-initio Molecular Dynamics:

  • Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
  • Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
  • PS extrapolation of initial wavefunction
  • Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
  • Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics (SGCP))

Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:

  • Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb interactions between the QM and the MM part
  • Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary conditions
  • Adaptive QM/MM

Further Features include:

  • Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
  • Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) for minimum energy path (MEP) calculations
  • Global optimization of geometries
  • Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
  • Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without periodic boundary conditions
  • Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble (NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling through velocity rescaling (CSVR) thermostats
  • Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy calculations
  • Classical Force-Field (MM) simulations
  • Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
  • Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
  • ATOM code for pseudopotential generation
  • Integrated molecular basis set optimization

CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).

Drawxtl
visualizzatore di strutture di cristalli
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 26 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DRAWxtl legge una descrizione base della struttura del cristallo, che include parametri della cella unitaria, gruppi spaziali, coordinate atomiche, parametri termici o mappa di Fourier e produce in output un oggetto geometrico che contiene poliedri, piani, coni di coppie di elettroni, sfere o ellissoidi, legami, contorni di Fourier di iso-superfici e legami delle celle unitarie.

Vengono prodotti quattro tipi di grafica:

  • una finestra OpenGL per la visualizzazione immediata;
  • un linguaggio di scena POV-RAY (Persistence of Vision Ray Tracer) per disegni di qualità tipografica;
  • il VRML (Virtual Reality Modeling Language) per la diffusione in Internet;
  • un rendering PostScript della finestra OpenGL per coloro che desiderano un output di alta qualità ma non hanno POV-RAY installato.

I formati di file che DRAWxtl può leggere includono CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS e WIEN2k.

Please cite: Larry W. Finger, Martin Kroeker and Brian H. Toby: DRAWxtl, an open-source computer program to produce crystal-structure drawings. (eprint) J. Appl. Cryst. 40:188-192 (2007)
Screenshots of package drawxtl
Easychem
disegno di molecole e formule chimiche 2D di alta qualità
Versions of package easychem
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.6-8amd64,armel,armhf,i386
stretch0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.6-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.6-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package easychem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 29 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

EasyChem è un programma che aiuta a creare diagrammi di alta qualità di molecole e di formule chimiche 2D, i quali possono essere esportati come PDF, PS, LaTeX e fig.

EasyChem è stato originariamente sviluppato per creare diagrammi per libri di chimica ed è ora usato di frequente a questo scopo in libri relativi alla chimica commerciali e non commerciali.

Screenshots of package easychem
Gabedit
interfaccia utente grafica per pacchetti Ab Initio
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.4.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.2.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 21 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit è un'interfaccia utente grafica per pacchetti di chimica computazionale come:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Questi pacchetti software Ab Initio possono essere eseguiti localmente o su un server remoto (con gestione di FTP, RSH e SSH). Gabedit può visualizzare una varietà di risultati di calcoli, inclusa la maggior parte dei principali formati di file molecolari. L'avanzato "Molecule Builder" (creatore di molecole) permette di tratteggiare rapidamente molecole e di esaminarle in 3D. I risultati grafici possono essere esportati in vari formati, incluse animazioni.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
Galculator
calcolatrice scientifica
Maintainer: Dmitry Smirnov
Versions of package galculator
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.3.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.3.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.1.3-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package galculator:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 1680 users (714 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

galculator è una calcolatrice scientifica. Gestisce diverse basi numeriche (DEC/HEX/OCT/BIN) e unità di misura per gli angoli (DEG/RAD/GRAD); al momento mette a disposizione un ampio numero di funzioni matematiche (operazioni aritmetiche di base, funzioni trigonometriche, ecc.) e di altre utili funzioni (memoria, ecc.). galculator può essere utilizzata sia in modalità algebrica sia in notazione polacca inversa (RPN, Reverse Polish Notation).

Gamgi
GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.15.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.14.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 15 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) fornisce un'interfaccia grafica per costruire, visualizzare e analizzare strutture atomiche. Il programma è pensato per la comunità scientifica e fornisce un'interfaccia grafica per studiare le strutture atomiche, per preparare immagini per presentazioni e per insegnare le strutture atomiche della materia.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gamgi
Garlic
programma per visualizzazione di biomolecole
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 19 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic è stato scritto per lo studio di proteine della membrana. Può essere usato per visualizzare altre proteine ed anche altri oggetti geometrici. Questa versione di garlic riconosce il formato PDB versione 2.1. Garlic può anche essere usato per analizzare sequenze proteiche.

Dipende solamente dalle librerie X, non sono necessarie altre librerie.

Le sue caratteristiche includono:

  • la posizione e lo spessore del piano di sezione sono visibili in una piccola finestra;
  • i legami atomici, così come gli atomi, sono trattati come oggetti disegnabili indipendentemente;
  • i colori degli atomi e dei legami dipendono dalla posizione: sono disponibili cinque modalità di mappatura (come per i piani);
  • possibilità di visualizzare immagini stereo;
  • possibilità di visualizzare altri oggetti geometrici, come la membrana;
  • le informazioni sugli atomi sono disponibili per l'atomo su cui è posizionato il puntatore del mouse: non è necessario fare clic, semplicemente muovere il mouse sopra la struttura!;
  • capacità di caricare più di una struttura;
  • capacità di disegnare grafici di Ramachandran, strutture delle alfa-eliche, diagrammi di Venn, grafici di idrofobicità media e di momento idrofobico;
  • il prompt dei comandi è disponibile alla base della finestra principale e può visualizzare un messaggio di errore e una stringa di comando.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Gausssum
analizza e visualizza l'output di Gaussian, GAMESS, ecc.
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.2-1all
jessie2.2.6.1-1all
wheezy2.2.5-2all
squeeze2.2.4-1all
sid3.0.2-2all
bullseye3.0.2-2all
stretch3.0.1.1-1all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 18 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum analizza, per estrarre informazioni utili, i file di output generati dalle elaborazioni di ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar e PC GAMESS.

GaussSum usa GNUPlot per visualizzare lo sviluppo di ottimizzazione geometriche, la densità di spettri di stato, spettri UV-VIS, spettri IR, spettri Raman e mappe di differenza di densità di elettroni. Può anche visualizzare tutte le righe contenenti una frase o parola arbitraria e molto altro.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Gchempaint
editor di strutture chimiche 2D per il desktop GNOME2
Versions of package gchempaint
ReleaseVersionArchitectures
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye0.14.17-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gchempaint:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning
x11application
Popcon: 30 users (32 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GChemPaint è un editor per strutture chimiche 2D con interfaccia a documenti multipli. Le molecole disegnate possono essere ricercate nel NIST Webbook e tramite PubChem.

Other screenshots of package gchempaint
VersionURL
0.14.17-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/019/283/large.png
Screenshots of package gchempaint
Gcrystal
leggero visualizzatore della struttura di cristalli
Versions of package gcrystal
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.14.17-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gcrystal:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 20 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNOME Crystal è un leggero visualizzatore della struttura di cristalli. Si appoggia alle GNOME Chemistry Utils e visualizza i modelli di tutti i tipi di strutture di cristalli microscopici usando OpenGL.

Screenshots of package gcrystal
Gcu-bin
utilità GNOME per la chimica (applicazioni ausiliarie)
Versions of package gcu-bin
ReleaseVersionArchitectures
sid0.14.17-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.14.17-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gcu-bin:
roleprogram
uitoolkitgtk
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License: DFSG free
Git

Le utilità GNOME per la chimica forniscono classi C++ e widget GTK+v2 relativi alla chimica. Saranno usate dalle versioni future sia di gcrystal che di gchempaint.

Questo pacchetto contiene quattro applicazioni:

  • un visore di strutture molecolari (GChem3D);
  • un calcolatore di massa molare (GChemCalc);
  • una tavola periodica degli elementi (GChemTable);
  • un visualizzatore di spettro (GSpectrum).
Other screenshots of package gcu-bin
VersionURL
0.14.17-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/019/282/large.png
Screenshots of package gcu-bin
Gcu-plugin
utilità GNOME per la chimica (plugin per browser)
Versions of package gcu-plugin
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gcu-plugin:
fieldchemistry
roleplugin
uitoolkitgtk
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Le utilità GNOME per la chimica forniscono classi C++ e widget GTK+v2 relativi alla chimica. Saranno usate dalle versioni future sia di gcrystal che di gchempaint.

Questo pacchetto contiene un plugin per i browser basati su Gecko. Non funziona (ancora) con quelli basati su WebKit.

Gdis
visualizzatore per modelli di molecole e cristalli
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 23 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Programma basato su GTK per la visualizzazione e la manipolazione di molecole isolate, sistemi periodici e strutture cristalline. Nonostante sia in fase di sviluppo è ragionevolmente funzionante. Ha le seguenti caratteristiche:

  • supporto per diversi tipi di file (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN e GULP);
  • semplice strumento di creazione e manipolazione di molecole;
  • finestra di dialogo per creare configurazioni di partenza per simulazioni di dinamiche molecolari;
  • strumenti assortiti per la visualizzazione (informazioni geometriche, evidenziazione di regioni, ecc.);
  • animazione di file BIOSYM (anche animazioni rendered, vedi sotto).

GDIS permette anche di svolgere le seguenti azioni attraverso altri pacchetti:

  • rendering di modelli (grazie a POVRay);
  • minimizzazione dell'energia (grazie a GULP),
  • calcoli morfologici (grazie a cdd);
  • elaborazione di gruppi spaziali (grazie a SgInfo);
  • visione della tavola periodica degli elementi (grazie a GPeriodic);
  • caricamento di tipi di file addizionali, come PDB (grazie a Babel).
Screenshots of package gdis
Gdpc
visualizzatore di simulazioni di dinamiche molecolari
Versions of package gdpc
ReleaseVersionArchitectures
buster2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.2.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.2.5-3amd64,armel,armhf,i386
sid2.2.5-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2.5-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdpc:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
works-with3dmodel, image, video
works-with-formatjpg, png
x11application
Popcon: 17 users (7 upd.)*
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License: DFSG free
Git

gdpc è un programma grafico per la visualizzazione dei dati risultanti da simulazioni di dinamiche molecolari. Legge i dati nel formato standard xyz, come anche in altri formati ad hoc, e può produrre immagini di ogni fotogramma nei formati JPG o PNG.

Registry entries: OMICtools 
Other screenshots of package gdpc
VersionURL
2.2.5-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/394/large.png
Screenshots of package gdpc
Gelemental
visualizzatore della tavola periodica
Versions of package gelemental
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.2.0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.2.0-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.2.0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2.0-9amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gelemental:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 46 users (16 upd.)*
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License: DFSG free
Git

gElemental è un visualizzatore GTK+ della tavola periodica che fornisce informazioni dettagliate sugli elementi chimici.

Ha una vista a tabella che permette di colorare gli elementi in modo tematico in base a diverse proprietà, una vista ad elenco ordinabile e finestre di dialogo con le proprietà degli elementi, che mostra molte informazioni tra le quali le notizie storiche e proprietà termodinamiche, elettrochimiche e cristallografiche.

Questo pacchetto contiene l'applicazione principale.

Other screenshots of package gelemental
VersionURL
1.2.0-12https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/660/large.png
Screenshots of package gelemental
Ghemical
ambiente di modellazione molecolare per GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 19 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical è un pacchetto software per la chimica computazionale scritto in C++. Ha un'interfaccia utente grafica e supporta sia modelli di meccanica quantistica (semi-empirici), sia modelli di meccanica molecolare. Sono attualmente disponibili l'ottimizzazione geometrica, dinamiche molecolari e un vasto insieme di strumenti di visualizzazione che usano OpenGL.

Ghemical si basa su codice esterno per fornire i calcoli di meccanica quantistica. I metodi semi-empirici MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3, che sono inclusi nel pacchetto, provengono dal pacchetto MOPAC7 (di pubblico dominio). Per i metodi ab initio è usato il pacchetto MPQC: i metodi basati sulla teoria Hartree-Fock sono attualmente supportati con i set di base da STO-3G a 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Gperiodic
applicazione con la tavola periodica
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.0.10-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 41 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GPeriodic è un piccolo programma basato su X/GTK+ che permette di sfogliare la tavola periodica degli elementi chimici e di visualizzare informazioni abbastanza dettagliate per ogni elemento. Attualmente sono elencati 118 elementi.

Other screenshots of package gperiodic
VersionURL
3.0.3-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/659/large.png
Screenshots of package gperiodic
Gromacs
simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
Versions of package gromacs
ReleaseVersionArchitectures
sid2020.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.0.7-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
experimental2021~beta2-2amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2021~beta2
Debtags of package gromacs:
fieldbiology, biology:structural, chemistry
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkitxlib
x11application
Popcon: 25 users (16 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari, ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un numero di particelle tra le centinaia e i milioni.

Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi non biologici, come ad esempio polimeri.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Gromacs-mpich
simulatore di dinamica molecolare, binari per parallelizzazione MPICH
Versions of package gromacs-mpich
ReleaseVersionArchitectures
sid2020.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental2021~beta2-2amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.0.7-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
upstream2021~beta2
Debtags of package gromacs-mpich:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari, ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un numero di particelle tra le centinaia e i milioni.

Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi non biologici, come ad esempio polimeri.

Questo pacchetto contiene solamente il motore principale di simulazione con gestione parallela usando l'interfaccia MPICH (v3). È adatto per i nodi di un cluster di elaborazione o per macchine multiprocessore.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Gromacs-openmpi
simulatore di dinamica molecolare, binari per parallelizzazione OpenMPI
Versions of package gromacs-openmpi
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.0.7-3amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2020.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental2021~beta2-2amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2021~beta2
Debtags of package gromacs-openmpi:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari, ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un numero di particelle tra le centinaia e i milioni.

Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi non biologici, come ad esempio polimeri.

Questo pacchetto contiene solamente il motore principale di simulazione con gestione parallela usando l'interfaccia OpenMPI. È adatto per i nodi di un cluster di elaborazione o per macchine multiprocessore.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Jmol
visualizzatore molecolare
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
sid14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
wheezy12.2.32+dfsg2-1all
jessie12.2.32+dfsg2-1all
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 77 users (43 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Jmol è un visualizzatore molecolare in Java per strutture chimiche tridimensionali. Le caratteristiche includono la lettura di una varietà di tipi di file e dell'output di programmi di chimica quantistica, e animazioni di file a più fotogrammi e modalità normali calcolate per programmi quantistici. Comprende funzionalità per prodotti chimici, cristalli, materiali e biomolecole. Jmol potrebbe essere utile a studenti, educatori e ricercatori in chimica e biochimica.

I formati di file letti da Jmol includono PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton e VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package jmol
Kalzium
tavola periodica degli elementi e strumenti di chimica
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.4.5-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy4.8.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid20.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye20.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 188 users (416 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Kalzium è un'applicazione per chimica completa che include una tavola periodica degli elementi, documenti di consultazione per la chimica, un risolutore di equazioni chimiche e un visualizzatore di molecole 3D.

Questo pacchetto fa parte del modulo educativo di KDE.

Katomic
gioco rompicapo atomix
Versions of package katomic
ReleaseVersionArchitectures
stretch16.08.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid20.08.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.12.4-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye20.08.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster18.04.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.8.4-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.4.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream20.08.3
Debtags of package katomic:
gamepuzzle
interfacex11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usegameplaying
x11application
Popcon: 134 users (182 upd.)*
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License: DFSG free
Git

KAtomic è un gioco rompicapo in cui il giocatore sposta atomi nel campo di gioco per assemblare una molecola.

Questo pacchetto fa parte del modulo giochi di KDE.

Screenshots of package katomic
Libcdk-java
Chemistry Development Kit (CDK) Java libraries
Versions of package libcdk-java
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.3.134.g1bb9a64587-2all
wheezy1.2.10-3all
jessie1.2.10-6all
stretch1.2.10-6all
sid2.3.134.g1bb9a64587-2all
squeeze1.0.2-5all
buster1.2.10-7all
upstream2.3.206.gb02a79efd8
Debtags of package libcdk-java:
devellang:java, library
fieldchemistry
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

The CDK is a library of Java classes used in computational and information chemistry and in bioinformatics. It includes renderers, file IO, SMILES generation/parsing, maximal common substructure algorithms, fingerprinting and much, much more.

Mmass
strumento per spettrometria di massa per proteomica
Versions of package mmass
ReleaseVersionArchitectures
wheezy5.1.0-2all
squeeze2.4.0-4all
jessie5.5.0-4all
stretch5.5.0-5all
buster5.5.0-5all
Debtags of package mmass:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scienceplotting, visualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing
works-withbiological-sequence, db
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 10 users (3 upd.)*
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License: DFSG free
Git

mMass è un visualizzatore/analizzatore libero per spettrografia di massa con cui possono essere eseguiti i seguenti compiti relativi alla proteomica:

  • aprire spettri di massa in puro testo, mzXML e mzData;
  • definire elenchi di picchi;
  • potente visualizzatore di spettri di massa (zoom, cursore, ...);
  • ricalibrare dati;
  • simulazioni solo-proteine;
  • ricerche Mascot online.

Il software può essere facilmente esteso con moduli aggiuntivi Python. Questo pacchetto contiene le parti del software indipendenti dalla piattaforma.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Screenshots of package mmass
Mmass-modules
strumento per spettrometria di massa per la proteomica - moduli di estensione
Versions of package mmass-modules
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.5.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.1.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
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License: DFSG free
Git

mMass è un visualizzatore/analizzatore libero per spettrografia di massa con cui possono essere eseguiti i seguenti compiti relativi alla proteomica:

  • aprire spettri di massa in puro testo, mzXML e mzData;
  • definire elenchi di picchi;
  • potente visualizzatore di spettri di massa (zoom, cursore, ...);
  • ricalibrare dati;
  • simulazioni solo-proteine;
  • ricerche Mascot online.

Il software può essere facilmente esteso con moduli Python aggiuntivi. Questo pacchetto contiene le parti dipendenti dalla piattaforma del software.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Mopac7-bin
libreria per chimica quantistica semi-empirica (binari)
Versions of package mopac7-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.15-6amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.15-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.15-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mopac7-bin:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 15 users (2 upd.)*
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License: DFSG free
Svn

MOPAC fornisce routine per risolvere la struttura elettronica di molecole ad un livello semi-empirico. I metodi disponibili includono MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3.

Questo pacchetto contiene gli eseguibili MOPAC7.

Mpqc
programma MPQC (Massively Parallel Quantum Chemistry)
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.3.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 34 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPQC è un programma di chimica quantistica ab-initio. È specificamente progettato per elaborare molecole in modo altamente parallelo.

Può calcolare energie e gradienti per i seguenti metodi:

  • Hartree-Fock (HF) closed shell e Hartree-Fock open shell ristretto;
  • teoria del funzionale della densità (DFT);
  • teoria perturbativa closed shell di Moeller-Plesset del secondo ordine (MP2).

In aggiunta può calcolare le energie per i seguenti metodi:

  • teoria open shell MP2 e closed shell MP2 esplicitamente correlate (MP2-R12);
  • teoria perturbativa open shell di secondo ordine (OPT2[2]);
  • ZAPT2 (Z-averaged pertubation theory).

Include anche un ottimizzatore interno di coordinate geometriche.

MPQC è costruito sulla base del toolkit SC (Scientific Computing).

Mpqc-support
programma MPQC (Massively Parallel Quantum Chemistry) (strumenti ausiliari)
Versions of package mpqc-support
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package mpqc-support:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
suiteemacs
uitoolkittk
x11application
Popcon: 24 users (3 upd.)*
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License: DFSG free
Git

MPQC è un programma di chimica quantistica ab-initio. È specificamente progettato per elaborare molecole in modo altamente parallelo.

Questo pacchetto include i moduli Perl per analizzare l'output, modalità Emacs per facilitare la modifica di file mpqc e molrender, un programma per creare output in formato OOGL dalle molecole.

Msxpertsuite
suite software per spettrometria di massa - metapacchetto
Versions of package msxpertsuite
ReleaseVersionArchitectures
bullseye5.8.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.8.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

msXpertSuite fornisce programmi per modellare la chimica dei (bio-)polimeri lineari, simulare dati di spettrometria di massa, analizzare e fare data-mining sulla massa. È l'erede di GNU polyXmass, prima, e poi di massXpert.

I programmi massXpert e mineXpert permettono quanto segue:

massXpert:

  • creare definizioni chimiche di polimeri completamente nuove;
  • usare le definizioni per eseguire facili calcoli in maniera simile a una calcolatrice da tavolo;
  • eseguire sofisticate modifiche e simulazioni su sequenze polimeriche;
  • eseguire confronti di elenchi m/z.

Le simulazioni chimiche comprendono scissione (chimica o enzimatica), frammentazioni gas-fase, modifiche chimiche di qualsiasi monomero nella sequenza polimerica, collegamenti incrociati di monomeri nella sequenza, ricerche arbitrarie di massa, calcoli del modello isotopico...

mineXpert:

  • file di dati open mass spectrometry (mzML, mzXML, asc, xy, ...);
  • calcolo e visualizzazione di cromatogrammi TIC;
  • per dati di mobilità, calcolo e visualizzazione di una mappa mz=f(dt) a colori;
  • integrazione dei dati dal cromatogramma TIC o dalla mappa a colori
  • allo spettro di massa,
  • allo spettro del drift;
  • di nuovo al cromatogramma TIC (cromatogramma XIC);
  • operazioni inverse;
  • al singolo valore di intensità TIC (per confronti di intensità degli spettri di massa);
  • modellare i picchi dei centroidi in uno spettro di massa usando il modello gaussiano o il modello lorentziano;
  • esportare i dati in file di testo;
  • dividere un grande file iniziale in pezzi più piccoli per un mining più facile;
  • definire come l'attività di mining è registrata su disco per un uso successivo;
  • convertire file mzML in un formato di spettrometria privato (ma aperto) che permette prestazioni migliori (basato su SQLite3).

Questo pacchetto dipende sia dal pacchetto di massXpert sia da quello di mineXpert e perciò li installerà entrambi. Per installare solo uno dei pacchetti, si installi il corrispondente pacchetto, msxpertsuite-massxpert o msxpertsuite-minexpert.

Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Openbabel
cassetta degli attrezzi con utilità per la chimica (cli)
Versions of package openbabel
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.3.1+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.3.2+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3.2+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.1.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package openbabel:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 79 users (82 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

  • aggiunta e cancellazione di idrogeni;
  • supporto per meccanica molecolare;
  • supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
  • rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami, ibridizzazioni, aromaticità);
  • tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle coordinate atomiche;
  • calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto include le seguenti utilità:

  • obabel: converte tra diversi formati di file relativi alla chimica;
  • obenergy: calcola l'energia di una molecola;
  • obminimize: ottimizza la geometria, minimizza l'energia di una molecola;
  • obgrep: programma di ricerca di molecole che usa modelli SMARTS;
  • obgen: genera le coordinate 3D per una molecola;
  • obprop: stampa proprietà standard delle molecole;
  • obfit: sovrappone due molecole in base ad un modello;
  • obrotamer: genera coordinate conformero/rotamero;
  • obconformer: genera conformeri a bassa energia;
  • obchiral: stampa informazioni sulla chiralità delle molecole;
  • obrotate: ruota gli angoli diedri delle molecole in modalità non interattiva;
  • obprobe: crea una griglia di sonde elettrostatiche.
Screenshots of package openbabel
Openfoam
insieme di strumenti open source per CFD (Computational Fluid Dynamics) - binari
Versions of package openfoam
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1906.191111+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.1+dfsg1-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,s390x
buster1812+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1906.191111+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1912.200626
Popcon: 41 users (9 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenFOAM è il software CFD (dinamica dei fluidi al computer) libero e open source sviluppato principalmente da OpenCFD Ltd. a partire dal 2004. Ha una vasta base di utenti provenienti dalla maggior parte delle aree di ingegneria e scienze, da organizzazioni sia commerciali sia accademiche. OpenFOAM ha una gamma esaustiva di funzionalità per risolvere tutto, da flussi di fluidi complessi che comportano reazioni chimiche, turbolenza e trasferimento di calore ad acustica, meccanica dei solidi ed elettromagnetismo.

Questo pacchetto contiene i binari.

Pdb2pqr
preparazione di strutture di proteine per calcoli elettrostatici
Versions of package pdb2pqr
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.1.1+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.1+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.9.0+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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License: DFSG free
Git

PDB2PQR è un pacchetto software Python che automatizza molti dei compiti comuni nella preparazione di strutture per calcoli elettrostatici in continuo. Per questo fornisce un'utilità indipendente dalla piattaforma per convertire file di proteine in formato PDB al formato PQR. Questi compiti includono:

  • aggiungere un numero limitato di atomi pesanti mancanti a strutture biomolecolari;
  • determinare i pKa di catene laterali;
  • posizionare idrogeni mancanti;
  • ottimizzare la proteina per legami idrogeno favorevoli;
  • assegnare parametri di carica e raggio da una varietà di campi di forza.

Questo pacchetto include anche PropKa, uno strumento per modificare lo stato di protonazione di strutture proteiche nel formato PDB (Protein Data Bank) per corrispondere ad un determinato valore di pKa. Può anche essere usato per rifinire strutture NMR che spesso hanno valori di pKa inaccurati per alcuni residui.

Please cite: Todd J Dolinsky, Paul Czodrowski, Hui Li, Jens E Nielsen, Jan H Jensen, Gerhard Klebe and Nathan A Baker: PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 35:W522-5 (2007)
Registry entries: OMICtools 
Psi3
insieme di programmi di chimica quantistica
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.4.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.4.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
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License: DFSG free
Svn

PSI3 è un programma di chimica quantistica ab-initio. È progettato specialmente per calcolare accuratamente le proprietà di molecole piccole o medie usando tecniche ad alta correlazione.

Può calcolare energie e gradienti con i seguenti metodi:

  • Hartree-Fock closed shell e open shell ristretto (RHF/ROHF) (inclusi gli hessiani per RHF);
  • teoria perturbativa di Møller-Plesset (MP2) per closed shell;
  • Complete Active Space SCF (CASSCF);
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni (CCSD);
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni e triple eccitazioni perturbative (CCSD(T)) (solo con funzioni d'onda di riferimento non-ristrette (UHF)).

Inoltre può calcolare le energie con i seguenti metodi:

  • Hartree-Fock open shell non ristretto (UHF);
  • Teoria perturbativa di Møller-Plesset closed/open shell (MP2);
  • Teoria MP2 correlata esplicitamente (MP2-R12) per closed shell e teoria MP2 scalata per componente di spin (SCS-MP2);
  • Multireference configuration-interaction (MRCI);
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni e triple eccitazioni perturbative (CCSD(T));
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni con approssimazione del secondo e terzo ordine (CC2/CC3);
  • Multireference coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni (MRCCSD);
  • Equazione coupled-cluster del moto con singole e doppie eccitazioni closed shell e open shell ristretto (EOM-CCSD).

Le altre funzionalità:

  • formato di input flessibile, modulare e personalizzabile;
  • calcolo degli stati d'eccitamento con i metodi CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF, MRCI e MRCCSD;
  • ottimizzatore delle coordinate geometriche interne;
  • calcoli delle frequenze armoniche;
  • proprietà di un elettrone quali momento del dipolo/quadripolo, orbitali naturali, potenziale elettrostatico, costanti di accoppiamento iperfine
  • densità di spin;
  • utilizzo della simmetria molecolare punto-gruppo per aumentare l'efficienza.
Screenshots of package psi3
Pyfai
script per integrazione azimutale veloce
Versions of package pyfai
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.13.0+dfsg-1all
wheezy0.3.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.17.0+dfsg1-3all
jessie0.10.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.19.0+dfsg1-3all
Popcon: 17 users (4 upd.)*
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License: DFSG free
Git

PyFAI è una libreria Python per integrazione azimutale; permette la conversione di immagini di diffrazione riprese con rilevatori 2D come telecamere CCD in pattern di diffrazione da polveri dei raggi X che possono essere usati da altri software come gli strumenti di raffinamento Rietveld (cioè FullProf), analisi di fase o analisi di texture.

Siccome PyFAI è una libreria, il suo obiettivo principale è di essere integrata in altri strumenti come PyMca, LiMa o EDNA. Per eseguire analisi di dati in linea, la descrizione precisa delle condizioni sperimentali deve essere conosciuta. Questa è la ragione per cui PyFAI include codice per l'ottimizzazione delle geometrie che lavora su "powder ring" dei campioni di riferimento. Alternativamente, PyFAI può anche importare geometrie di cui si è fatto il fit con altri strumenti come Fit2D.

PyFAI è stata progettata per funzionare con qualsiasi tipo di rivelatore con qualsiasi geometria (trasmissione, riflessione, fuori asse, ...). Usa la libreria FabIO Python per leggere la maggior parte delle immagini riprese dai diffrattometri.

Pymol
sistema di grafica per molecole
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
buster2.2.0+dfsg-4all
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.5.0.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.2r2-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.3.0+dfsg-1all
sid2.3.0+dfsg-1all
upstream2.4.0
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
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Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyMOL è un sistema di grafica per molecole pensato per biomolecole medie o grandi, come proteine. Può generare immagini grafiche e animazioni di molecole di alta qualità pronte per la pubblicazione.

Le funzionalità includono:

  • visualizzazione di molecole, traiettorie molecolari e superfici di dati di cristallografia o orbitali;
  • costruttore e scultore molecolare;
  • raytracer e generatore di filmati interno;
  • completamente estensibile e gestibile da script tramite interfaccia Python.

Tra i formati file che PyMOL può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mappe CCP4, mappe XPLOR e mappe gaussiane cubiche.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package pymol
VersionURL
1.2r2-1.1+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/024/large.png
Screenshots of package pymol
Python3-pymzml
analisi di dati di spettrometria di massa mzML (Python 3.x)
Versions of package python3-pymzml
ReleaseVersionArchitectures
sid2.4.7-3all
bullseye2.4.7-3all
stretch0.7.6-dfsg-4all
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Git

python-pymzml è un'estensione per Python che offre:

  • facile accesso a dati di spettrometria di massa (MS) che permette lo sviluppo rapido di strumenti;
  • un analizzatore veramente veloce di dati mzML, lo standard per ciò che riguarda i formati di dati di spettrometria di massa;
  • un insieme di funzioni per confrontare o gestire spettri.

Questo pacchetto contiene python-pymzml per Python 3.

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
Qutemol
visualizzazione interattiva di macromolecole
Versions of package qutemol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4.1~cvs20081111-3.2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.4.1~cvs20081111-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.4.1~cvs20081111-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package qutemol:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut, wxwidgets
x11application
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License: DFSG free
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QuteMol è un sistema interattivo di alta qualità per la visualizzazione di molecole. Sfrutta le attuali capacità della GPU attraverso shader OpenGL per offrire una varietà di effetti visivi innovativi. Le tecniche di visualizzazione di QuteMol sono mirate a migliorare la chiarezza e la facilità di comprensione della forma tridimensionale e della struttura di molecole grandi o proteine complesse.

QuteMol usa tecniche OpenGL avanzate e potrebbe non funzionare in modo corretto con tutte le schede video e i driver.

Le funzionalità offerte da QuteMol includono:

  • occlusione di ambienti in tempo reale;
  • evidenziazione dei contorni tenendo conto delle profondità;
  • modalità di visualizzazione a sfere e bastoncini, con riempimento dello spazio e "liquorice";
  • istantanee con anti-aliasing ad alta risoluzione per creare disegni di qualità tipografica;
  • generazione automatica di gif animate di molecole che ruotano per le animazioni in pagine web;
  • rendering interattivo di macromolecole (>100k atomi).

QuteMol legge in input file PDB.

Please cite: Marco Tarini, Paolo Cignoni and Claudio Montani: Ambient Occlusion and Edge Cueing for Enhancing Real Time Molecular Visualization. (eprint) IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 12(5):1237-1244 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package qutemol
Rasmol
visualizza macromolecole biologiche
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.7.5.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.7.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.7.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
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RasMol è un programma di disegno molecolare progettato per visualizzare proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma è volto a fini illustrativi, didattici e alla produzione di immagini di qualità per la pubblicazione.

Il programma legge da un file le coordinate molecolari e visualizza interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di colori e di rappresentazioni. Attualmente le rappresentazioni disponibili includono insiemi di linee, con segmenti cilindrici rappresentanti i legami, con sfere solide (CPK), con palline e bastoncini, con nastri macromolecolari (sia nastri solidi ombreggiati che filamenti paralleli), con etichette per gli atomi e superfici punteggiate.

I formati di input attualmente supportati comprendono: Protein Data Bank (BPD), i formati Mol2 per Alchemy e Sybyl della Tripos, il formato Mol della Molecular Design Limited (MDL), il formato XMol XYZ del Minnesota Supercomputer Center (MSC), il formato CHARMm, il formato CIF e il formato mmCIF.

Questo pacchetto installa due versioni di RasMol, rasmol-gtk ha una moderna interfaccia basata su GTK e rasmol-classic è la vecchia versione con la GUI Xlib.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package rasmol
Tandem-mass
software per spettrometria di massa per identificare proteine
Versions of package tandem-mass
ReleaseVersionArchitectures
jessie2013.09.01-2amd64,armel,armhf,i386
stretch20151215-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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X! Tandem può trovare la corrispondenza tra spettri di massa tandem e sequenze peptidiche, in un processo che viene comunemente usato per effettuare l'identificazione delle proteine.

Questo software ha una API (interfaccia per programmazione di applicazioni) molto semplice e non sofisticata: accetta semplicemente nella riga di comando un file XML con le istruzioni e produce in output i risultati in un file XML che è stato specificato nel file XML di input. Il formato del file di output è descritto all'indirizzo http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

A differenza di alcuni motori di ricerca delle generazioni precedenti, tutta la serie X! dei motori di ricerca calcola l'intervallo statistico di confidenza (valori attesi) per tutte le singole assegnazioni spettro-sequenza. Riassemblano anche tutti le assegnazioni dei peptidi in un insieme di dati nelle sequenze proteiche conosciute e assegnano la confidenza statistica che questo assemblaggio e allineamento non siano casuali. È possibile trovare la formula all'interno; perciò non è necessario utilizzare un software separato per l'assemblaggio e l'analisi statistica, come ad esempio PeptideProphet e ProteinProphet.

V-sim
visualizzatore di strutture atomiche
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
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Git

V_Sim visualizza strutture atomiche come cristalli, bordi di granuli, molecole e così via; tanto in formato binario quanto in formato puro testo.

La resa è ottenuta in pseudo-3D con sfere (atomi) e frecce (spin). L'utente può interagire tramite molte funzioni per scegliere la visualizzazione, impostare i legami, disegnare piani di sezione, calcolare superfici da campi scalari, duplicare nodi, misurare la geometria... Inoltre V_Sim permette di esportare le visualizzazioni come immagini PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (schema) ed altri formati. Ci sono anche alcuni strumenti per colorare gli atomi secondo valori dati o per animare sullo schermo diversi file posizione.

Screenshots of package v-sim
Viewmol
interfaccia grafica per programmi di chimica computazionale
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.1-26amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 33 users (11 upd.)*
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Git

Viewmol è in grado di aiutare graficamente nella generazione di strutture molecolari per la computazione e la visualizzazione dei loro risultati.

Attualmente Viewvol include filtri in input per Discover, DMo13, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, output di Vamp e file PDB. Le strutture possono essere salvate come file car di Accelrys, file MDL e file di coordinate Turbomole. Viewmol può generare file di input per Gaussian 9x/03. Il formato dei file di Viewmol è stato aggiunto a OpenBabel in modo che OpenBabel possa servire da filtro di input o di output per le coordinate.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol
Xbs
modelli 3D e animazioni di molecole
Maintainer: Matthew Vernon
Versions of package xbs
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0-8amd64,armel,armhf,i386
squeeze0-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xbs:
fieldchemistry
interface3d
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitxlib
useprinting, viewing
works-withtext
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 15 users (4 upd.)*
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Il programma di disegno palle-e-stecche xbs può creare modelli tridimensionali di molecole, fermi o in movimento. È possibile ottenere il risultato su X11 o in PostScript. I modelli possono essere ruotati, scalati, ecc. Sono disponibili varie opzioni di etichettatura, ombreggiatura, illuminazione e colorazione.

Screenshots of package xbs
Xdrawchem
editor per strutture e reazioni chimiche
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package xdrawchem
ReleaseVersionArchitectures
sid1.11.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0-3amd64,armel,armhf,i386
bullseye1.11.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.9.9-4.1amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.10.2.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xdrawchem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 17 users (3 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Xdrawchem è un editor 2D per strutture e reazioni chimiche. Ha funzionalità corrispondenti a quelle della suite commerciale ChemDraw, ha inoltre la compatibilità dei file con essa, così come con altri formati relativi alla chimica grazie a OpenBabel.

Screenshots of package xdrawchem
Xmakemol
programma per visualizzare sistemi atomici e molecolari
Versions of package xmakemol
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.16-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.16-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xmakemol:
fieldchemistry
hardwareinput, input:mouse
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, viewing
x11application
Popcon: 14 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

XMakemol è un programma usabile con il mouse, scritto utilizzando la libreria grafica LessTif, che serve per visualizzare e manipolare sistemi atomici e altri sistemi chimici. Legge in input il formato XYZ e rappresenta atomi, legami e legami idrogeno.

Le funzionalità incluse sono:

  • animazione di file composti da molteplici fotogrammi;
  • misurazione interattiva delle lunghezze dei legami, degli angoli dei legami e degli angoli di torsione;
  • controllo delle dimensioni di atomi e legami;
  • esportazione nei formati XPM, Encapsulated ProstScript e XYZ;
  • commutazione della visibilità di gruppi di atomi;
  • modifica delle posizioni di sottoinsiemi di atomi.
Screenshots of package xmakemol
Xmakemol-gl
programma per visualizzare sistemi atomici e molecolari (OpenGL)
Versions of package xmakemol-gl
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
sid5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.16-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.16-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package xmakemol-gl:
uitoolkitmotif
Popcon: 11 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

XMakemol è un programma usabile con il mouse, scritto utilizzando la libreria grafica LessTif, che serve per visualizzare e manipolare sistemi atomici e altri sistemi chimici. Legge in input il formato XYZ e rappresenta atomi, legami e legami idrogeno.

Le funzionalità incluse sono:

  • animazione di file composti da molteplici fotogrammi;
  • misurazione interattiva delle lunghezze dei legami, degli angoli dei legami e degli angoli di torsione;
  • controllo delle dimensioni di atomi e legami;
  • esportazione nei formati XPM, Encapsulated ProstScript e XYZ;
  • commutazione della visibilità di gruppi di atomi;
  • modifica delle posizioni di sottoinsiemi di atomi.

Questo pacchetto contiene la versione di XMakemol abilitata per le librerie OpenGL. Le immagini sono generate (rendering) tramite primitive grafiche 3D pure e possono essere esportate usando il formato XPM; possono anche essere prodotte immagini stereo rosso/blu. Il pacchetto OpenGL fornisce ulteriori opzioni di visualizzazione, insieme a un supporto migliore per la visualizzazione di vettori. Possono anche essere generate delle ellissi.

Other screenshots of package xmakemol-gl
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Screenshots of package xmakemol-gl

Official Debian packages with lower relevance

Gdpc-examples
file di esempio per il programma gdpc
Versions of package gdpc-examples
ReleaseVersionArchitectures
buster2.2.5-9all
stretch2.2.5-6all
sid2.2.5-10all
bullseye2.2.5-10all
jessie2.2.5-3all
wheezy2.2.5-2all
squeeze2.2.5-1all
Debtags of package gdpc-examples:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gdpc è un programma grafico per la visualizzazione dei dati risultanti da simulazioni di dinamiche molecolari. Legge i dati nel formato standard xyz, come anche in altri formati ad hoc, e può produrre immagini di ogni fotogramma nei formati JPG o PNG.

Questo pacchetto contiene esempi da usare col programma gdpc.

Registry entries: OMICtools 
Libschroedinger-coordgenlibs-dev
2D coordinate generation for chemical compounds - header files
Versions of package libschroedinger-coordgenlibs-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides the Open Source release of Schroedinger's routines for the 2D coordinate representation of chemical compounds.

This package provides header files for developing against the API of that library.

Python-pymzml-doc
analisi di dati di spettrometria di massa mzML - documentazione
Versions of package python-pymzml-doc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.4.7-3all
stretch0.7.6-dfsg-4all
sid2.4.7-3all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

python-pymzml è un'estensione per Python che offre:

  • facile accesso a dati di spettrometria di massa (MS) che permette lo sviluppo rapido di strumenti;
  • un analizzatore veramente veloce di dati mzML, lo standard per ciò che riguarda i formati di dati di spettrometria di massa;
  • un insieme di funzioni per confrontare o gestire spettri.

Questo pacchetto contiene la documentazione nei formati PDF e HTML, insieme ai sorgenti di testo (elaborati con sphinx).

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
Python3-periodictable
Extensible periodic table of the elements (Python 3)
Versions of package python3-periodictable
ReleaseVersionArchitectures
sid1.5.3-1all
bullseye1.5.3-1all
buster1.5.0-7all
Popcon: 2 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides a periodic table of the elements with support for mass, density and xray/neutron scattering information.

Masses, densities and natural abundances come from the NIST Physics Laboratory, but do not represent a critical evaluation by NIST scientists.

Neutron scattering calculations use values collected by the Atomic Institute of the Austrian Universities. These values do corresponding to those from other packages, though there are some differences depending to the tables used. Bound coherent neutron scattering for gold in particular is significantly different from older value: 7.63(6) as measured in 1974 compared to 7.90(7) as measured in 1990.

X-ray scattering calculations use a combination of empirical and theoretical values from the LBL Center for X-ray Optics. These values differ from those given in other sources such as the International Tables for Crystallography, Volume C, and so may give different results from other packages.

This package installs the library for Python 3.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

Molden
processing program of molecular and electronic structure
Versions of package molden
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.2-1all
Versions and Archs
License: non-free
Git
Version: 5.2-1

MOLDEN is a package for displaying Molecular Density from the Ab Initio packages GAMESS-UK , GAMESS-US and GAUSSIAN and the Semi-Empirical packages Mopac/Ampac, it also supports a number of other programs via the MOLDEN Format. MOLDEN reads all the required information from the GAMESS / GAUSSIAN outputfile. MOLDEN is capable of displaying Molecular Orbitals, the electron density and the Molecular minus Atomic density. Either the spherically averaged atomic density or the oriented ground state atomic density can be subtracted for a number of standard basis sets. MOLDEN supports contour plots, 3-d grid plots with hidden lines and a combination of both. It can write a variety of graphics instructions; postscript, X, VRML, povray, OpenGL, tekronix4014, hpgl, hp2392 and Figure. The X version of MOLDEN is also capable of importing and displaying of chemx, PDB, and a variety of mopac/ampac files and lots of other formats. It also can animate reaction paths and molecular vibrations. It can calculate and display the true or Multipole Derived Electrostatic Potential and atomic charges can be fitted to the Electrostatic Potential calculated on a Connolly surface. MOLDEN has a powerful Z-matrix editor which give full control over the geometry and allows you to build molecules from scratch, including polypeptides. MOLDEN was also submitted to the QCPE (QCPE619), allthough the X version is considerably running behind on the current one.

Molekel
Advanced Interactive 3D-Graphics for Molecular Sciences
Versions of package molekel
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.4-1all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 5.4-1

Molekel is an open-source multi-platform molecular visualization program.

Some of the features are:

  • Different methods to speed-up rendering of molecules with support for billboards and view-dependent level of detail techniques
  • Programmable shaders; standard shaders to enhance rendering quality, outline contours and perform sketch-like renderings are provided
  • Visualization of residues (ribbon or schematic)
  • Complete control over the generation of molecular surfaces (bounding box and resolution)
  • Visualization of the following surfaces:
  • Orbitals
  • Iso-surface from density matrix
  • Iso-surface from Gaussian cube grid data
  • SAS
  • SES
  • Van der Waals
  • Animation of molecular surfaces
  • Animation of vibrational modes
  • Export high resolution images for 300+ DPI printing
  • Export to PostScript and PDF
  • Export animation
  • Plane widget to visualize a scalar field: the plane can be freely moved in 3d space and the points on the plane surface will be colored according to the value of the scalar field: a cursor can be moved on the plane surface to show the exact value of the field at a specific point in space.
Tinker
Software Tools for Molecular Design
Responsible: LI Daobing (LI Daobing)
Versions of package tinker
ReleaseVersionArchitectures
VCS4.2-5~devall
Versions and Archs
License: free
Git
Version: 4.2-5~dev

The TINKER molecular modeling software is a complete and general package for molecular mechanics and dynamics, with some special features for biopolymers. TINKER has the ability to use any of several common parameter sets, such as Amber (ff94, ff96, ff98 and ff99), CHARMM (19 and 27), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA and OPLS-AA/L), Liam Dang's polarizable potentials, and our own AMOEBA polarizable atomic multipole force field. Parameter sets for other standard force fields such as GROMOS, UFF, ENCAD and MM4 are under consideration for future releases.

The TINKER package includes a variety of novel algorithms such as a new distance geometry metrization method that has greater speed and better sampling than standard methods, Elber's reaction path methods, several of our Potential Smoothing and Search (PSS) methods for global optimization, an efficient potential surface scanning procedure, a flexible implementation of atomic multipole-based electrostatics with explicit dipole polarizability, a selection of continuum solvation treatments including several variants of the generalized Born (GB/SA) model, an efficient truncated Newton (TNCG) local optimizer, surface areas and volumes with derivatives, a simple free energy perturbation facility, normal mode analysis, minimization in Cartesian, torsional or rigid body space, velocity Verlet stochastic dynamics, an improved spherical energy cutoff method, Particle Mesh Ewald summation for partial charges and regular Ewald for polarizable multipoles, a novel reaction field treatment of long range electrostatics, and more....

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Libegad - wnpp
rational protein design library
Responsible: LI Daobing
License: LGPL
Debian package not available

The EGAD Library is a modular, object oriented approach to rational protein design. It is platform-independent, written in C++ and, most importantly, free. Its raison d'etre is to serve as a tool for building protein design applications. It can also be used as a test-bed for the comparison of different energy functions and minimization algorithms under the same physical model.

Citations of EGAD Library should reference the paper in the Journal of Computational Chemistry. doi:10.1002/jcc.20727

Libint - wnpp
Evaluate the integrals in modern atomic and molecular theory
Responsible: Daniel Leidert
License: GPL
Debian package not available

Libint library is used to evaluate the traditional (electron repulsion) and certain novel two-body matrix elements (integrals) over Cartesian Gaussian functions used in modern atomic and molecular theory. The idea of the library is to let computer write optimized code for computing such integrals. There are two primary advantages to this: much less human effort is required to write code for computing new integrals, and code can be optimized specifically for a particular computer architecture (e.g., vector processor).

Libint has been utilized to implement methods such as Hartree-Fock (HF) and Kohn-Sham density functional theory (KS DFT), second-order Moller-Plesset perturbation theory (MP2), coupled cluster singles and doubles (CCSD) method, as well as explicitly correlated R12 methods. The following software packages use Libint:

Improves mpqc (#409025) and psi3.

No known packages available

Openchrom
process chromatographic and mass spectrometric data
License: EPL
Debian package not available

OpenChrom is an open source software for chromatography based on the Eclipse Rich Client Platform (RCP). Its focus is to handle mass spectrometry systems (e.g. GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS) data files natively. OpenChrom is able to import binary and textual chromatographic data files, such as *.D chromatograms from Agilent Technologies or NetCDF. Moreover, it offers a nice graphical user interface and is available for various operating systems, e.g. Windows, Linux, Solaris and Mac OSX. A basis set of methods to detect baselines, peaks and to integrate peaks in a chromatogram are implemented. Preprocessing steps, e.g. to remove certain mass fragments (m/z) such as nitrogen (28) or water (18), are supported by applying filter on the chromatogram or mass spectrum. Extensions are welcome, as OpenChrom is open source and uses a flexible approach, which allows others to implement their own methods, algorithms, filters, detectors or integrators. Therefore, OpenChrom shall be an efficiently system to process chromatographic and mass spectrometric data using an extensible and flexible plugin approach.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200937