Debian Science Project
Summary
Chemistry
pacchetti Debian Science per la chimica

Questo metapacchetto installa i pacchetti di Debian Science relativi alla chimica. Chi installa questo pacchetto potrebbe essere interessato anche al debtag field::chemistry e, in base alle proprie esigenze, al metapacchetto education-chemistry.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Chemistry packages

Official Debian packages with high relevance

adun.app
simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.81-6amd64,armel,armhf,i386
bookworm0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.81-13amd64,arm64,armhf,i386
sid0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 3 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun è un simulatore biomolecolare che include anche capacità di gestione e analisi di dati. È stato sviluppato presso il Laboratorio di Biofisica e Biochimica Computazionale, una sezione dell'Unità di Ricerca sull'Informatica Biomedica dell'UPF (Universitat Pompeu Fabra).

Questo pacchetto contiene UL, il frontend con interfaccia utente grafica per Adun.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Screenshots of package adun.app
apbs
risolutore adattivo di Poisson-Boltzmann
Versions of package apbs
ReleaseVersionArchitectures
sid3.4.1-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.4.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.4-1amd64,armel,armhf,i386
trixie3.4.1-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye3.0.0+dfsg1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package apbs:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 22 users (36 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

APBS è un pacchetto software per la risoluzione numerica delle equazioni di Poisson-Boltzmann (PBE), uno dei modelli continui più popolari per descrivere le interazioni elettrostatiche di soluti molecolari in soluzioni acquose salate. L'elettrostatica del continuo gioca un ruolo importante in molte aree di simulazione biomolecolare, incluse:

  • simulazione di processi di diffusione per determinare la cinetica del legame ligando-proteina o proteina-proteina;
  • dinamica molecolare del solvente implicito di biomolecole;
  • calcolo della solvatazione e dell'energia di legame per determinare le costanti di equilibrio del legame ligando-proteina e proteina-proteina e per facilitare la progettazione razionale di farmaci;
  • studi di titolazione biomolecolare.

APBS è stato progettato per valutare in modo efficiente le proprietà elettrostatiche in tali simulazioni per un'ampia gamma di larghezze di scala per permettere lo studio di molecole con decine e fino a milioni di atomi.

Questo pacchetto contiene il programma apbs e le utilità.

Please cite: Nathan A. Baker, David Sept, Simpson Joseph, Michael J. Holst and J. Andrew McCammon: Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome. (eprint) Proc. Natl. Acad. Sci. 98(18):10037-10041 (2001)
atomes
cassetta degli attrezzi per modellazione 3D a scala atomica
Versions of package atomes
ReleaseVersionArchitectures
sid1.1.15-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm-backports1.1.14-1.1~bpo12+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.1.15-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 0 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Atomes è una cassetta degli attrezzi per analizzare (calcolo delle proprietà fisico-chimiche), visualizzare (atomi, legami, mappa dei colori, misurazioni, poliedri di coordinazione, ...), creare (costruzione di cristalli, biblioteca di molecole, creazione di superfici e passivazione, ...) modelli 3D di atomi. Atomes offre uno spazio di lavoro capace di gestire molti progetti aperti simultaneamente. I differenti progetti nello spazio di lavoro possono scambiarsi dati: risultati di analisi, coordinate atomiche, ... Atomes fornisce anche un sistema avanzato di preparazione dell'input per ulteriori calcoli usando ben noti codici di dinamica molecolare:

  • Classical MD: DLPOLY e LAMMPS
  • ab-initio MD: CPMD e CP2K
  • QM-MM MD: CPMD e CP2K Preparare i file di input per tali calcoli è probabilmente la chiave, e il passo più complicato verso le simulazioni MD. Atomes offre un assistente facile da usare per aiutare e guidare lo scienziato passo dopo passo per raggiungere questo passo cruciale.

Questo pacchetto fornisce i binari.

The package is enhanced by the following packages: atomes-data
avogadro
sistema di grafica e modellamento molecolare
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armhf,i386
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 57 users (38 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

  • modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
  • meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
  • visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
  • visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
  • gestione di unità a cella cristallografiche;
  • generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
  • architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
bkchem
editor di strutture chimiche
Versions of package bkchem
ReleaseVersionArchitectures
buster0.13.0-6all
jessie0.13.0-4all
sid0.14.0~pre4+git20211228-5all
trixie0.14.0~pre4+git20211228-5all
bookworm0.14.0~pre4+git20211228-3all
stretch0.13.0-5all
Debtags of package bkchem:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 6 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BKchem è un programma libero di disegno chimico, che è scritto in Python.

Alcune delle sue funzionalità:

  • disegno (disegno legame-per-legame; modelli per anelli comuni; espansione di gruppi comuni; disegno di radicali, cariche, frecce; supporto per colori...);
  • modifica (capacità illimitate per operazioni annulla/ripeti; allineamento; ridimensionamento; rotazione (2D, 3D)...);
  • esportazione/importazione (esportazione in SVG, OpenOffice.org-Draw, EPS pienamente supportata; supporto di base per importazione ed esportazione CML1 e CML2).
Screenshots of package bkchem
bodr
archivio di dati Blue Obelisk Data Repository
Versions of package bodr
ReleaseVersionArchitectures
buster10-1all
sid10-3all
trixie10-3all
bookworm10-2all
bullseye10-2all
stretch10-1all
jessie10-1all
Debtags of package bodr:
roleapp-data
Popcon: 63 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Archivio comune di nozioni di chimica e fisica che mira a migliorare l'interoperabilità dei programmi di chimica.

https://dx.doi.org/10.1021/ci050400b

Please cite: Peter Murray-Rust: The Blue Obelisk (eprint) CDK News 2(2):43-46 (2005)
chemeq
parser per formule e equilibri chimici
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemeq
ReleaseVersionArchitectures
sid3.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.23-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.18-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.12-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.12-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package chemeq:
develinterpreter
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecalculating, learning, text-formatting, typesetting
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 7 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

chemeq è un semplice filtro scritto in linguaggio C, flex e bison. Accetta in ingresso stringhe tipo:

 2H2 + O2 ---> 2 H2O
e genera come output il codice LaTeX e messaggi sull'equilibrio di una

reazione chimica.

 esempio:~/src$ echo "2H2 + O2 ---> 2 H2O" | chemeq -lc
 2\,H_{2}\,+\,O_{2}\,\rightarrow\,2\,H_{2}O
 OK
chemical-mime-data
gestione per tipi MIME e di file chimici per desktop
Versions of package chemical-mime-data
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.1.94-6all
sid0.1.94-7.2all
trixie0.1.94-7.2all
bookworm0.1.94-7.2all
bullseye0.1.94-7.1all
buster0.1.94-7all
stretch0.1.94-6all
Debtags of package chemical-mime-data:
fieldbiology, chemistry
roleapp-data
useorganizing
Popcon: 64 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il tipo multimediale "chemical" e vari sottotipi sono stati proposti da Henry Rzepa, Peter-Murray Rust e Benjamin Whitaker nel 1996 come una aggiunta ai tipi MIME esistenti. La proposta non ha avuto successo, ma varie applicazioni utilizzano questi tipi MIME/file. Questo pacchetto aggiunge ai desktop Linux la capacità di rilevare e riconoscere i file multimediali di tipo chemical/*.

Vedere anche http://www.ch.ic.ac.uk/chemime/.

chemical-structures
servizio web che fornisce strutture molecolari in formati aperti
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemical-structures
ReleaseVersionArchitectures
sid2.2.dfsg.0-20all
trixie2.2.dfsg.0-20all
bookworm2.2.dfsg.0-20all
bullseye2.2.dfsg.0-18all
buster2.2.dfsg.0-13all
stretch2.2.dfsg.0-12all
jessie2.2.dfsg.0-12all
Debtags of package chemical-structures:
fieldbiology, biology:bioinformatics, chemistry
interfacecommandline, web
roledata, program
sciencevisualisation
usecomparing, converting, learning, viewing
Popcon: 8 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo servizio web permette di navigare un ricco insieme di strutture molecolari fornite dal pacchetto chemical-structures-data ed eventualmente convertirle in altri formati aperti, grazie a openbabel.

Screenshots of package chemical-structures
chemtool
programma per il disegno di strutture chimiche
Versions of package chemtool
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6.14-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6.14-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6.14-3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package chemtool:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useediting, learning
works-withimage, image:vector
works-with-formatsvg
x11application
Popcon: 22 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Chemtool è un editor 2D per X11 per strutture chimiche basato su GTK+. Supporta molti stili per i legami, la maggior parte dei tipi di testo necessari per impaginare testi chimici e spline/archi/frecce curve.

I disegni possono essere esportati in formato MOL e PDB, in formato SVG * XFig per ulteriori annotazioni, come disegni PiCTex, come bitmap o file PostScript (molti di questi grazie a fig2dev, il programma compagno di Xfig).

Il pacchetto contiene anche un programma di aiuto, cht, per calcolare le formule somma e il peso molecolare (esatto) a partire da un file di disegno di chemtool. Cht può essere invocato direttamente da Chemtool o dalla console.

Please cite: Matthias Brüstle: Chemtool - Moleküle zeichnen mit dem Pinguin. (eprint) Nachr. Chem. 49(11):1310-1313 (2001)
Screenshots of package chemtool
cp2k
dinamica molecolare ab initio
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
sid2023.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
buster6.1-2amd64,arm64,armhf,i386
bullseye8.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2023.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2024.3
Popcon: 10 users (9 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CP2K è un programma per fare simulazioni di sistemi allo stato solido, liquido, sistemi molecolari e biologici. È espressamente pensato per metodi per strutture elettroniche massivamente paralleli e scalabili linearmente e per simulazioni di dinamica molecolare ab-initio (AIMD) allo stato dell'arte. Le sue caratteristiche comprendono:

CP2K è ottimizzato per il metodo misto GPW (gaussiane e onde piane) basato su pseudopotenziali, ma è in grado di eseguire anche i calcoli a tutti gli elettroni oppure puramente su onde piane/gaussiane. Le sue funzionalità includono:

Metodi della teoria della struttura elettronica ab-initio usando il modulo QUICKSTEP:

  • energie e forze della teoria del funzionale della densità (DFT);
  • energie e forze Hartree-Fock (HF);
  • energie e forze della teoria della perturbazione di secondo ordine di Moeller-Plesset (MP2);
  • energie RPA (Random Phase Approximation);
  • fase gassosa e condizioni periodiche al contorno (PBC, Periodic Boundary Conditions);
  • gli insiemi base includono vari orbitali di tipo gaussiano (GTO) standard, onde piane (PW) pseudopotenziali e un approccio misto gaussiano e con onde piane (aumentate) (GPW / GAPW);
  • pseudo potenziali a norma conservata separabili GTH (Goedecker-Teter- Hutter) e NLCC (Non-Linear Core Corrected) o calcolo a tutti gli elettroni;
  • pseudopotenziali (PP) incluso il PP a norma conservata separabile Goedecker-Teter-Hutter (GTH);
  • funzionali XC di approssimazione della densità locale (LDA) inclusi SVWN3, SVWN5, PW92 e PADE;
  • funzionali XC a gradiente corretto (GGA) inclusi BLYP, BP86, PW91, PBE e HCTH120, così come il funzionale XC meta-GCA TPSS;
  • funzionali XC ibridi con scambio Hartree-Fock (HFX) esatto inclusi B3LYP, PBE0 e MCY3;
  • funzionali XC doppio-ibrido XC inclusi B2PLYP e B2GPPLYP;
  • funzionali XC aggiuntivi attraverso LibXC;
  • correzioni di dispersione attraverso modelli di potenziale di coppia DFT-D2 e DFT-D3;
  • correzioni van der Waals non locali per funzionali XC inclusi B88-vdW, PBE-vdW e B97X-D;
  • correzione DFT+U (Hubbard);
  • fitting della densità per DFT con Bloechl o DDAPC (Density Derived Atomic Point Charges), per HFX con metodi ADMM (Auxiliary Density Matrix Methods) e per MP2/RPA con RI (risoluzione all'identità);
  • tecniche per matrici sparse e prescreening per calcolo di matrici Kohn-Sham (KS) per scalamento lineare;
  • minimizzatore del campo autoconsistente (SCF) per trasformazioni di orbitale (OT) o inversione diretta del sottospazio iterativo (DIIS);
  • metodo LRIGPW (Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave);
  • energie ALMO-SCF (Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF) per scalamento lineare di sistemi molecolari;
  • stati eccitati attraverso TDDFPT (teoria della perturbazione della funzione di densità dipendente dal tempo).

Dinamica molecolare ab-initio:

  • dinamica molecolare Born-Oppenheimer (BOMD);
  • dinamica molecolare Ehrenfest (EMD);
  • estrapolazione PS di funzione d'onda iniziale;
  • integratore ASPC (Always Stable Predictor-Corrector) reversibile nel tempo;
  • dinamica molecolare approssimata Car-Parinello stile Langevin Born-Oppenheimer (dinamica molecolare Car-Parrinello di seconda generazione, SGCP).

Simulazioni miste quantistiche/classiche (QM/MM):

  • approccio multigriglia in spazio reale per la valutazione delle interazioni di Coulomb tra la parte QM e quella MM;
  • trattamento con accoppiamento elettrostatico con scalamento lineare delle condizioni periodiche al contorno;
  • QM/MM adattivo.

Ulteriori funzionalità includono:

  • calcoli di energie di singolo punto, ottimizzazioni geometriche e frequenze;
  • svariati algoritmi per NEB (Nudged-Elastic Band) (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) per calcoli del percorso a energia minima (MEP);
  • ottimizzazione globale delle geometrie;
  • solvatazione con il modello SCCS (Solvation via the Self-Consistent Continuum);
  • calcoli semi-empirici incluse le parametrizzazioni AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL e PM6, DFTB (Density-Functional Tight-Binding) e SCP-TB (Self-Consistent Polarization Tight-Binding) con o senza condizioni periodiche al contorno;
  • simulazioni di dinamica molecolare (MD) classica in insiemi microcanonici (NVE) o insiemi canonici (NVT) con campionamento Nose-Hover e canonico attraverso termostati a riscalamento di velocità (CSVR);
  • metadinamiche inclusa la metadinamica ben-temperata per calcoli dell'energia libera;
  • simulazioni classiche del campo di forza (MM);
  • simulazioni KS-DFT Monte-Carlo (MC);
  • proprietà statiche (es. spettri) e dinamiche (es. diffusione);
  • codice ATOM per generazione di pseudopotenziali;
  • ottimizzazione integrata dell'insieme di base molecolare.

CP2K non implementa la dinamica molecolare convenzionale di Car-Parrinello (CPMD).

drawxtl
visualizzatore di strutture di cristalli
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
buster5.5-3amd64,arm64,armhf,i386
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm5.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 10 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DRAWxtl legge una descrizione base della struttura del cristallo, che include parametri della cella unitaria, gruppi spaziali, coordinate atomiche, parametri termici o mappa di Fourier e produce in output un oggetto geometrico che contiene poliedri, piani, coni di coppie di elettroni, sfere o ellissoidi, legami, contorni di Fourier di iso-superfici e legami delle celle unitarie.

Vengono prodotti quattro tipi di grafica:

  • una finestra OpenGL per la visualizzazione immediata;
  • un linguaggio di scena POV-RAY (Persistence of Vision Ray Tracer) per disegni di qualità tipografica;
  • il VRML (Virtual Reality Modeling Language) per la diffusione in Internet;
  • un rendering PostScript della finestra OpenGL per coloro che desiderano un output di alta qualità ma non hanno POV-RAY installato.

I formati di file che DRAWxtl può leggere includono CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS e WIEN2k.

Please cite: Larry W. Finger, Martin Kroeker and Brian H. Toby: DRAWxtl, an open-source computer program to produce crystal-structure drawings. (eprint) J. Appl. Cryst. 40:188-192 (2007)
Screenshots of package drawxtl
easychem
disegno di molecole e formule chimiche 2D di alta qualità
Versions of package easychem
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.6-8amd64,armel,armhf,i386
bullseye0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.6-8amd64,arm64,armhf,i386
trixie0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package easychem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 18 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

EasyChem è un programma che aiuta a creare diagrammi di alta qualità di molecole e di formule chimiche 2D, i quali possono essere esportati come PDF, PS, LaTeX e fig.

EasyChem è stato originariamente sviluppato per creare diagrammi per libri di chimica ed è ora usato di frequente a questo scopo in libri relativi alla chimica commerciali e non commerciali.

Screenshots of package easychem
feff85exafs
calcoli EXAFS teorici open source
Versions of package feff85exafs
ReleaseVersionArchitectures
sid0.2+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.2+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.2+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 10 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il progetto feff85exafs ha l'obiettivo di fornire standard teorici di alta qualità per analisi EXAFS all'interno di un'infrastruttura open source, liberamente ridistribuibile.

gabedit
interfaccia utente grafica per pacchetti Ab Initio
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.1+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.5.1+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 13 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit è un'interfaccia utente grafica per pacchetti di chimica computazionale come:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Questi pacchetti software Ab Initio possono essere eseguiti localmente o su un server remoto (con gestione di FTP, RSH e SSH). Gabedit può visualizzare una varietà di risultati di calcoli, inclusa la maggior parte dei principali formati di file molecolari. L'avanzato "Molecule Builder" (creatore di molecole) permette di tratteggiare rapidamente molecole e di esaminarle in 3D. I risultati grafici possono essere esportati in vari formati, incluse animazioni.

slurm-wlm-torque e gridengine-client sono gestori del carico di lavoro che forniscono wrapper per comandi PBS. Gabedit può anche essere configurato per qualsiasi altro gestore di carico di lavoro.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
galculator
calcolatrice scientifica
Versions of package galculator
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.4-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.1.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1.3-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.1.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.1.4-1.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package galculator:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 1040 users (682 upd.)*
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License: DFSG free
Git

galculator è una calcolatrice scientifica. Gestisce diverse basi numeriche (DEC/HEX/OCT/BIN) e unità di misura per gli angoli (DEG/RAD/GRAD); al momento mette a disposizione un ampio numero di funzioni matematiche (operazioni aritmetiche di base, funzioni trigonometriche, ecc.) e di altre utili funzioni (memoria, ecc.). galculator può essere utilizzata sia in modalità algebrica sia in notazione polacca inversa (RPN, Reverse Polish Notation).

gamgi
GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.17.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.17.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.17.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armhf,i386
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 9 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) fornisce un'interfaccia grafica per costruire, visualizzare e analizzare strutture atomiche. Il programma è pensato per la comunità scientifica e fornisce un'interfaccia grafica per studiare le strutture atomiche, per preparare immagini per presentazioni e per insegnare le strutture atomiche della materia.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package gamgi
garlic
programma per visualizzazione di biomolecole
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
buster1.6-3amd64,arm64,armhf,i386
bookworm1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 12 users (20 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic è stato scritto per lo studio di proteine della membrana. Può essere usato per visualizzare altre proteine ed anche altri oggetti geometrici. Questa versione di garlic riconosce il formato PDB versione 2.1. Garlic può anche essere usato per analizzare sequenze proteiche.

Dipende solamente dalle librerie X, non sono necessarie altre librerie.

Le sue caratteristiche includono:

  • la posizione e lo spessore del piano di sezione sono visibili in una piccola finestra;
  • i legami atomici, così come gli atomi, sono trattati come oggetti disegnabili indipendentemente;
  • i colori degli atomi e dei legami dipendono dalla posizione: sono disponibili cinque modalità di mappatura (come per i piani);
  • possibilità di visualizzare immagini stereo;
  • possibilità di visualizzare altri oggetti geometrici, come la membrana;
  • le informazioni sugli atomi sono disponibili per l'atomo su cui è posizionato il puntatore del mouse: non è necessario fare clic, semplicemente muovere il mouse sopra la struttura!;
  • capacità di caricare più di una struttura;
  • capacità di disegnare grafici di Ramachandran, strutture delle alfa-eliche, diagrammi di Venn, grafici di idrofobicità media e di momento idrofobico;
  • il prompt dei comandi è disponibile alla base della finestra principale e può visualizzare un messaggio di errore e una stringa di comando.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.tools 
gausssum
analizza e visualizza l'output di Gaussian, GAMESS, ecc.
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.2-2all
stretch3.0.1.1-1all
bookworm3.0.2-2all
bullseye3.0.2-2all
jessie2.2.6.1-1all
buster3.0.2-1all
trixie3.0.2-2all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum analizza, per estrarre informazioni utili, i file di output generati dalle elaborazioni di ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar e PC GAMESS.

GaussSum usa GNUPlot per visualizzare lo sviluppo di ottimizzazione geometriche, la densità di spettri di stato, spettri UV-VIS, spettri IR, spettri Raman e mappe di differenza di densità di elettroni. Può anche visualizzare tutte le righe contenenti una frase o parola arbitraria e molto altro.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
gchempaint
editor di strutture chimiche 2D per il desktop GNOME2
Versions of package gchempaint
ReleaseVersionArchitectures
sid0.14.17-6.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
bookworm0.14.17-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gchempaint:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning
x11application
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GChemPaint è un editor per strutture chimiche 2D con interfaccia a documenti multipli. Le molecole disegnate possono essere ricercate nel NIST Webbook e tramite PubChem.

gcrystal
leggero visualizzatore della struttura di cristalli
Versions of package gcrystal
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-6.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm0.14.17-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gcrystal:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 11 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNOME Crystal è un leggero visualizzatore della struttura di cristalli. Si appoggia alle GNOME Chemistry Utils e visualizza i modelli di tutti i tipi di strutture di cristalli microscopici usando OpenGL.

Screenshots of package gcrystal
gcu-bin
utilità GNOME per la chimica (applicazioni ausiliarie)
Versions of package gcu-bin
ReleaseVersionArchitectures
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armhf,i386
sid0.14.17-6.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
bookworm0.14.17-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gcu-bin:
roleprogram
uitoolkitgtk
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License: DFSG free
Git

Le utilità GNOME per la chimica forniscono classi C++ e widget GTK+v2 relativi alla chimica. Saranno usate dalle versioni future sia di gcrystal che di gchempaint.

Questo pacchetto contiene quattro applicazioni:

  • un visore di strutture molecolari (GChem3D);
  • un calcolatore di massa molare (GChemCalc);
  • una tavola periodica degli elementi (GChemTable);
  • un visualizzatore di spettro (GSpectrum).
gcu-plugin
??? missing short description for package gcu-plugin :-(
Versions of package gcu-plugin
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gcu-plugin:
fieldchemistry
roleplugin
uitoolkitgtk
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Svn
gdis
visualizzatore per modelli di molecole e cristalli
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
sid0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
buster0.90-5amd64,arm64,armhf,i386
bookworm0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
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Git

Programma basato su GTK per la visualizzazione e la manipolazione di molecole isolate, sistemi periodici e strutture cristalline. Nonostante sia in fase di sviluppo è ragionevolmente funzionante. Ha le seguenti caratteristiche:

  • supporto per diversi tipi di file (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN e GULP);
  • semplice strumento di creazione e manipolazione di molecole;
  • finestra di dialogo per creare configurazioni di partenza per simulazioni di dinamiche molecolari;
  • strumenti assortiti per la visualizzazione (informazioni geometriche, evidenziazione di regioni, ecc.);
  • animazione di file BIOSYM (anche animazioni rendered, vedi sotto).

GDIS permette anche di svolgere le seguenti azioni attraverso altri pacchetti:

  • rendering di modelli (grazie a POVRay);
  • minimizzazione dell'energia (grazie a GULP),
  • calcoli morfologici (grazie a cdd);
  • elaborazione di gruppi spaziali (grazie a SgInfo);
  • visione della tavola periodica degli elementi (grazie a GPeriodic);
  • caricamento di tipi di file addizionali, come PDB (grazie a Babel).
Screenshots of package gdis
gdpc
visualizzatore di simulazioni di dinamiche molecolari
Versions of package gdpc
ReleaseVersionArchitectures
buster2.2.5-9amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.5-3amd64,armel,armhf,i386
sid2.2.5-16amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64
trixie2.2.5-16amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64
bookworm2.2.5-15amd64,arm64,mips64el,ppc64el
bullseye2.2.5-14amd64,arm64,mips64el,ppc64el
Debtags of package gdpc:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
works-with3dmodel, image, video
works-with-formatjpg, png
x11application
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Git

gdpc è un programma grafico per la visualizzazione dei dati risultanti da simulazioni di dinamiche molecolari. Legge i dati nel formato standard xyz, come anche in altri formati ad hoc, e può produrre immagini di ogni fotogramma nei formati JPG o PNG.

gelemental
visualizzatore della tavola periodica
Versions of package gelemental
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.0-12amd64,arm64,armhf,i386
jessie1.2.0-9amd64,armel,armhf,i386
bullseye2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.0.2-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2.0.2-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch1.2.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gelemental:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 34 users (21 upd.)*
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gElemental è un visualizzatore GTK+ della tavola periodica che fornisce informazioni dettagliate sugli elementi chimici.

Ha una vista a tabella che permette di colorare gli elementi in modo tematico in base a diverse proprietà, una vista ad elenco ordinabile e finestre di dialogo con le proprietà degli elementi, che mostra molte informazioni tra le quali le notizie storiche e proprietà termodinamiche, elettrochimiche e cristallografiche.

Questo pacchetto contiene l'applicazione principale.

ghemical
ambiente di modellazione molecolare per GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-4amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 12 users (20 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Ghemical è un pacchetto software per la chimica computazionale scritto in C++. Ha un'interfaccia utente grafica e supporta sia modelli di meccanica quantistica (semi-empirici), sia modelli di meccanica molecolare. Sono attualmente disponibili l'ottimizzazione geometrica, dinamiche molecolari e un vasto insieme di strumenti di visualizzazione che usano OpenGL.

Ghemical si basa su codice esterno per fornire i calcoli di meccanica quantistica. I metodi semi-empirici MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3, che sono inclusi nel pacchetto, provengono dal pacchetto MOPAC7 (di pubblico dominio). Per i metodi ab initio è usato il pacchetto MPQC: i metodi basati sulla teoria Hartree-Fock sono attualmente supportati con i set di base da STO-3G a 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Screenshots of package ghemical
gperiodic
applicazione con la tavola periodica
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.0.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.0.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 37 users (37 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GPeriodic è un piccolo programma basato su X/GTK+ che permette di sfogliare la tavola periodica degli elementi chimici e di visualizzare informazioni abbastanza dettagliate per ogni elemento. Attualmente sono elencati 118 elementi.

gromacs
simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
Versions of package gromacs
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2022.5-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armhf,i386
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
experimental2025.0~beta-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2024.4-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2024.4-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream2025.0~beta
Debtags of package gromacs:
fieldbiology, biology:structural, chemistry
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkitxlib
x11application
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Newer upstream!
License: DFSG free
Git

GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari, ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un numero di particelle tra le centinaia e i milioni.

Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi non biologici, come ad esempio polimeri.

Il pacchetto contiene varianti sia per l'esecuzione su una macchina singola sia per l'uso dell'interfaccia MPI su più macchine.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
gromacs-mpich
simulatore di dinamica molecolare, binari per parallelizzazione MPICH
Versions of package gromacs-mpich
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armhf,i386
upstream2025.0~beta
Debtags of package gromacs-mpich:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari, ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un numero di particelle tra le centinaia e i milioni.

Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi non biologici, come ad esempio polimeri.

Questo pacchetto contiene solamente il motore principale di simulazione con gestione parallela usando l'interfaccia MPICH (v3). È adatto per i nodi di un cluster di elaborazione o per macchine multiprocessore.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
gromacs-openmpi
simulatore di dinamica molecolare, binari per parallelizzazione OpenMPI
Versions of package gromacs-openmpi
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
upstream2025.0~beta
Debtags of package gromacs-openmpi:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
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GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari, ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un numero di particelle tra le centinaia e i milioni.

Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi non biologici, come ad esempio polimeri.

Questo pacchetto contiene solamente il motore principale di simulazione con gestione parallela usando l'interfaccia OpenMPI. È adatto per i nodi di un cluster di elaborazione o per macchine multiprocessore.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
jmol
visualizzatore molecolare
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
jessie12.2.32+dfsg2-1all
bookworm14.32.83+dfsg-2all
trixie16.2.33+dfsg-1all
sid16.2.33+dfsg-1all
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
upstream16.2.37
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 58 users (53 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
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Jmol è un visualizzatore molecolare in Java per strutture chimiche tridimensionali. Le caratteristiche includono la lettura di una varietà di tipi di file e dell'output di programmi di chimica quantistica, e animazioni di file a più fotogrammi e modalità normali calcolate per programmi quantistici. Comprende funzionalità per prodotti chimici, cristalli, materiali e biomolecole. Jmol potrebbe essere utile a studenti, educatori e ricercatori in chimica e biochimica.

I formati di file letti da Jmol includono PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton e VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package jmol
kalzium
tavola periodica degli elementi e strumenti di chimica
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
buster17.08.3-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
experimental24.08.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid23.08.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie23.08.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye20.12.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream24.08.3
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 192 users (170 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
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Kalzium è un'applicazione per chimica completa che include una tavola periodica degli elementi, documenti di consultazione per la chimica, un risolutore di equazioni chimiche e un visualizzatore di molecole 3D.

Questo pacchetto fa parte del modulo educativo di KDE.

Other screenshots of package kalzium
VersionURL
4:20.04.0-1https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/19284/simage/large-c4639dd58a0b434a43f09b7bd601a95e.png
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-b337656907b2f4c884df0e2fef25b617.png
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-7ac385be3f63bd95d07fa6b5ed246c93.png
21.08.0https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-3714f02b9e759819c082b9d19227dccd.png
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-797c6653a678dee1d38a271cd31facd2.png
4:4.4.5-1https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/4862/simage/large-e344f66fe538f46bc890f8ed79d12678.png
4:3.5.9-2https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/1228/simage/large-6d015b0dadb288a0cc6f6e5d5d3331fa.png
Screenshots of package kalzium
katomic
gioco rompicapo atomix
Versions of package katomic
ReleaseVersionArchitectures
bullseye20.12.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie4.12.4-1amd64,armel,armhf,i386
stretch16.08.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental24.08.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster18.04.1-1amd64,arm64,armhf,i386
upstream24.08.3
Debtags of package katomic:
gamepuzzle
interfacex11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usegameplaying
x11application
Popcon: 85 users (174 upd.)*
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KAtomic è un gioco rompicapo in cui il giocatore sposta atomi nel campo di gioco per assemblare una molecola.

Questo pacchetto fa parte del modulo giochi di KDE.

Screenshots of package katomic
libcdk-java
librerie Java Chemistry Development Kit (CDK)
Versions of package libcdk-java
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.8-2all
trixie2.9-2all
sid2.9-2all
jessie1.2.10-6all
stretch1.2.10-6all
buster1.2.10-7all
bullseye2.3.134.g1bb9a64587-2all
Debtags of package libcdk-java:
devellang:java, library
fieldchemistry
roledevel-lib
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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CDK è una libreria di classi Java utilizzate in chimica computazionale e informatica, e in bioinformatica. Include strumenti per rendering, IO su file, generazione/analisi di SMILES, algoritmi per sottostruttura massima comune, fingerprinting e molto, molto altro.

mmass
strumento per spettrometria di massa per proteomica
Versions of package mmass
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5.0-4all
buster5.5.0-5all
stretch5.5.0-5all
Debtags of package mmass:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scienceplotting, visualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing
works-withbiological-sequence, db
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
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mMass è un visualizzatore/analizzatore libero per spettrografia di massa con cui possono essere eseguiti i seguenti compiti relativi alla proteomica:

  • aprire spettri di massa in puro testo, mzXML e mzData;
  • definire elenchi di picchi;
  • potente visualizzatore di spettri di massa (zoom, cursore, ...);
  • ricalibrare dati;
  • simulazioni solo-proteine;
  • ricerche Mascot online.

Il software può essere facilmente esteso con moduli aggiuntivi Python. Questo pacchetto contiene le parti del software indipendenti dalla piattaforma.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Screenshots of package mmass
mmass-modules
strumento per spettrometria di massa per la proteomica - moduli di estensione
Versions of package mmass-modules
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
buster5.5.0-5amd64,arm64,armhf,i386
stretch5.5.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 4 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
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mMass è un visualizzatore/analizzatore libero per spettrografia di massa con cui possono essere eseguiti i seguenti compiti relativi alla proteomica:

  • aprire spettri di massa in puro testo, mzXML e mzData;
  • definire elenchi di picchi;
  • potente visualizzatore di spettri di massa (zoom, cursore, ...);
  • ricalibrare dati;
  • simulazioni solo-proteine;
  • ricerche Mascot online.

Il software può essere facilmente esteso con moduli Python aggiuntivi. Questo pacchetto contiene le parti dipendenti dalla piattaforma del software.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
mopac7-bin
libreria per chimica quantistica semi-empirica (binari)
Versions of package mopac7-bin
ReleaseVersionArchitectures
sid1.15-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.15-6amd64,armel,armhf,i386
stretch1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.15-6amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.15-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package mopac7-bin:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 10 users (7 upd.)*
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MOPAC fornisce routine per risolvere la struttura elettronica di molecole ad un livello semi-empirico. I metodi disponibili includono MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3.

Questo pacchetto contiene gli eseguibili MOPAC7.

Please cite: James J. P. Stewart: MOPAC: A semiempirical molecular orbital program. (eprint) J. Comput.-Aided Mol. Design 4(1):1-103 (1990)
mpqc
programma MPQC (Massively Parallel Quantum Chemistry)
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.3.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armhf,i386
bookworm2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
sid2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
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MPQC è un programma di chimica quantistica ab-initio. È specificamente progettato per elaborare molecole in modo altamente parallelo.

Può calcolare energie e gradienti per i seguenti metodi:

  • Hartree-Fock (HF) closed shell e Hartree-Fock open shell ristretto;
  • teoria del funzionale della densità (DFT);
  • teoria perturbativa closed shell di Moeller-Plesset del secondo ordine (MP2).

In aggiunta può calcolare le energie per i seguenti metodi:

  • teoria open shell MP2 e closed shell MP2 esplicitamente correlate (MP2-R12);
  • teoria perturbativa open shell di secondo ordine (OPT2[2]);
  • ZAPT2 (Z-averaged pertubation theory).

Include anche un ottimizzatore interno di coordinate geometriche.

MPQC è costruito sulla base del toolkit SC (Scientific Computing).

mpqc-support
programma MPQC (Massively Parallel Quantum Chemistry) (strumenti ausiliari)
Versions of package mpqc-support
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.3.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package mpqc-support:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
suiteemacs
uitoolkittk
x11application
Popcon: 5 users (7 upd.)*
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MPQC è un programma di chimica quantistica ab-initio. È specificamente progettato per elaborare molecole in modo altamente parallelo.

Questo pacchetto include i moduli Perl per analizzare l'output, modalità Emacs per facilitare la modifica di file mpqc e molrender, un programma per creare output in formato OOGL dalle molecole.

msxpertsuite
suite software per spettrometria di massa - metapacchetto
Versions of package msxpertsuite
ReleaseVersionArchitectures
bullseye5.8.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
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msXpertSuite fornisce programmi per modellare la chimica dei (bio-)polimeri lineari, simulare dati di spettrometria di massa, analizzare e fare data-mining sulla massa. È l'erede di GNU polyXmass, prima, e poi di massXpert.

I programmi massXpert e mineXpert permettono quanto segue:

massXpert:

  • creare definizioni chimiche di polimeri completamente nuove;
  • usare le definizioni per eseguire facili calcoli in maniera simile a una calcolatrice da tavolo;
  • eseguire sofisticate modifiche e simulazioni su sequenze polimeriche;
  • eseguire confronti di elenchi m/z.

Le simulazioni chimiche comprendono scissione (chimica o enzimatica), frammentazioni gas-fase, modifiche chimiche di qualsiasi monomero nella sequenza polimerica, collegamenti incrociati di monomeri nella sequenza, ricerche arbitrarie di massa, calcoli del modello isotopico...

mineXpert:

  • file di dati open mass spectrometry (mzML, mzXML, asc, xy, ...);
  • calcolo e visualizzazione di cromatogrammi TIC;
  • per dati di mobilità, calcolo e visualizzazione di una mappa mz=f(dt) a colori;
  • integrazione dei dati dal cromatogramma TIC o dalla mappa a colori
  • allo spettro di massa,
  • allo spettro del drift;
  • di nuovo al cromatogramma TIC (cromatogramma XIC);
  • operazioni inverse;
  • al singolo valore di intensità TIC (per confronti di intensità degli spettri di massa);
  • modellare i picchi dei centroidi in uno spettro di massa usando il modello gaussiano o il modello lorentziano;
  • esportare i dati in file di testo;
  • dividere un grande file iniziale in pezzi più piccoli per un mining più facile;
  • definire come l'attività di mining è registrata su disco per un uso successivo;
  • convertire file mzML in un formato di spettrometria privato (ma aperto) che permette prestazioni migliori (basato su SQLite3).

Questo pacchetto dipende sia dal pacchetto di massXpert sia da quello di mineXpert e perciò li installerà entrambi. Per installare solo uno dei pacchetti, si installi il corrispondente pacchetto, msxpertsuite-massxpert o msxpertsuite-minexpert.

Registry entries: Bio.tools 
openbabel
cassetta degli attrezzi con utilità per la chimica (cli)
Versions of package openbabel
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.1.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.1.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1+dfsg-3amd64,arm64,armhf,i386
jessie2.3.2+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
trixie3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch2.3.2+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package openbabel:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 78 users (42 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

  • aggiunta e cancellazione di idrogeni;
  • supporto per meccanica molecolare;
  • supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
  • rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami, ibridizzazioni, aromaticità);
  • tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle coordinate atomiche;
  • calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto include le seguenti utilità:

  • obabel: converte tra diversi formati di file relativi alla chimica;
  • obenergy: calcola l'energia di una molecola;
  • obminimize: ottimizza la geometria, minimizza l'energia di una molecola;
  • obgrep: programma di ricerca di molecole che usa modelli SMARTS;
  • obgen: genera le coordinate 3D per una molecola;
  • obprop: stampa proprietà standard delle molecole;
  • obfit: sovrappone due molecole in base ad un modello;
  • obrotamer: genera coordinate conformero/rotamero;
  • obconformer: genera conformeri a bassa energia;
  • obchiral: stampa informazioni sulla chiralità delle molecole;
  • obrotate: ruota gli angoli diedri delle molecole in modalità non interattiva;
  • obprobe: crea una griglia di sonde elettrostatiche.
Screenshots of package openbabel
openfoam
insieme di strumenti open source per CFD (Computational Fluid Dynamics) - binari
Versions of package openfoam
ReleaseVersionArchitectures
buster1812+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386
bookworm1912.200626-1amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1912.200626-3amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch4.1+dfsg1-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,s390x
sid1912.200626-3amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1912.200626-1amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2406
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OpenFOAM è il software CFD (dinamica dei fluidi al computer) libero e open source sviluppato principalmente da OpenCFD Ltd. a partire dal 2004. Ha una vasta base di utenti provenienti dalla maggior parte delle aree di ingegneria e scienze, da organizzazioni sia commerciali sia accademiche. OpenFOAM ha una gamma esaustiva di funzionalità per risolvere tutto, da flussi di fluidi complessi che comportano reazioni chimiche, turbolenza e trasferimento di calore ad acustica, meccanica dei solidi ed elettromagnetismo.

Questo pacchetto contiene i binari.

pdb2pqr
preparazione di strutture di proteine per calcoli elettrostatici
Versions of package pdb2pqr
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.1.1+dfsg-7+deb11u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.5.2+dfsg-3all
jessie1.9.0+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
trixie3.6.1+dfsg-1all
sid3.6.1+dfsg-1all
upstream3.6.2
Popcon: 8 users (15 upd.)*
Newer upstream!
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Git

PDB2PQR è un pacchetto software Python che automatizza molti dei compiti comuni nella preparazione di strutture per calcoli elettrostatici in continuo. Per questo fornisce un'utilità indipendente dalla piattaforma per convertire file di proteine in formato PDB al formato PQR. Questi compiti includono:

  • aggiungere un numero limitato di atomi pesanti mancanti a strutture biomolecolari;
  • determinare i pKa di catene laterali;
  • posizionare idrogeni mancanti;
  • ottimizzare la proteina per legami idrogeno favorevoli;
  • assegnare parametri di carica e raggio da una varietà di campi di forza.
Please cite: Todd J Dolinsky, Paul Czodrowski, Hui Li, Jens E Nielsen, Jan H Jensen, Gerhard Klebe and Nathan A Baker: PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 35:W522-5 (2007)
psi3
insieme di programmi di chimica quantistica
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
bookworm3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.4.0-6amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
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Svn

PSI3 è un programma di chimica quantistica ab-initio. È progettato specialmente per calcolare accuratamente le proprietà di molecole piccole o medie usando tecniche ad alta correlazione.

Può calcolare energie e gradienti con i seguenti metodi:

  • Hartree-Fock closed shell e open shell ristretto (RHF/ROHF) (inclusi gli hessiani per RHF);
  • teoria perturbativa di Møller-Plesset (MP2) per closed shell;
  • Complete Active Space SCF (CASSCF);
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni (CCSD);
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni e triple eccitazioni perturbative (CCSD(T)) (solo con funzioni d'onda di riferimento non-ristrette (UHF)).

Inoltre può calcolare le energie con i seguenti metodi:

  • Hartree-Fock open shell non ristretto (UHF);
  • Teoria perturbativa di Møller-Plesset closed/open shell (MP2);
  • Teoria MP2 correlata esplicitamente (MP2-R12) per closed shell e teoria MP2 scalata per componente di spin (SCS-MP2);
  • Multireference configuration-interaction (MRCI);
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni e triple eccitazioni perturbative (CCSD(T));
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni con approssimazione del secondo e terzo ordine (CC2/CC3);
  • Multireference coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni (MRCCSD);
  • Equazione coupled-cluster del moto con singole e doppie eccitazioni closed shell e open shell ristretto (EOM-CCSD).

Le altre funzionalità:

  • formato di input flessibile, modulare e personalizzabile;
  • calcolo degli stati d'eccitamento con i metodi CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF, MRCI e MRCCSD;
  • ottimizzatore delle coordinate geometriche interne;
  • calcoli delle frequenze armoniche;
  • proprietà di un elettrone quali momento del dipolo/quadripolo, orbitali naturali, potenziale elettrostatico, costanti di accoppiamento iperfine
  • densità di spin;
  • utilizzo della simmetria molecolare punto-gruppo per aumentare l'efficienza.
Screenshots of package psi3
pyfai
script per integrazione azimutale veloce
Versions of package pyfai
ReleaseVersionArchitectures
sid2024.05-3all
stretch-backports0.15.0+dfsg1-1~bpo9+1all
buster0.17.0+dfsg1-3all
bookworm-backports2023.9.0-1~bpo12+1all
stretch0.13.0+dfsg-1all
jessie0.10.2-1amd64,armel,armhf,i386
bookworm0.21.3+dfsg1-4all
bullseye0.20.0+dfsg1-3all
buster-backports0.19.0+dfsg1-3~bpo10+1all
trixie2024.05-3all
upstream2024.09
Popcon: 7 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyFAI è una libreria Python per integrazione azimutale; permette la conversione di immagini di diffrazione riprese con rilevatori 2D come telecamere CCD in pattern di diffrazione da polveri dei raggi X che possono essere usati da altri software come gli strumenti di raffinamento Rietveld (cioè FullProf), analisi di fase o analisi di texture.

Siccome PyFAI è una libreria, il suo obiettivo principale è di essere integrata in altri strumenti come PyMca, LiMa o EDNA. Per eseguire analisi di dati in linea, la descrizione precisa delle condizioni sperimentali deve essere conosciuta. Questa è la ragione per cui PyFAI include codice per l'ottimizzazione delle geometrie che lavora su "powder ring" dei campioni di riferimento. Alternativamente, PyFAI può anche importare geometrie di cui si è fatto il fit con altri strumenti come Fit2D.

PyFAI è stata progettata per funzionare con qualsiasi tipo di rivelatore con qualsiasi geometria (trasmissione, riflessione, fuori asse, ...). Usa la libreria FabIO Python per leggere la maggior parte delle immagini riprese dai diffrattometri.

pymol
sistema di grafica per molecole
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.0+dfsg-1all
buster2.2.0+dfsg-4all
sid3.0.0+dfsg-1all
trixie3.0.0+dfsg-1all
bullseye2.4.0+dfsg-2all
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 55 users (37 upd.)*
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License: DFSG free
Git

PyMOL è un sistema di grafica per molecole pensato per biomolecole medie o grandi, come proteine. Può generare immagini grafiche e animazioni di molecole di alta qualità pronte per la pubblicazione.

Le funzionalità includono:

  • visualizzazione di molecole, traiettorie molecolari e superfici di dati di cristallografia o orbitali;
  • costruttore e scultore molecolare;
  • raytracer e generatore di filmati interno;
  • completamente estensibile e gestibile da script tramite interfaccia Python.

Tra i formati file che PyMOL può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mappe CCP4, mappe XPLOR e mappe gaussiane cubiche.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Topics:
python3-mpiplus
Python GPU framework for alchemical free energy calculations (Python 3)
Versions of package python3-mpiplus
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.0.2+ds-1all
sid0.0.2+ds-1all
bookworm0.0.1-2all
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License: DFSG free
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GPU-accelerated Python framework for exploring algorithms for alchemical free energy calculations.

python3-openbabel
libreria della cassetta degli attrezzi per la chimica (collegamenti Python)
Versions of package python3-openbabel
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.1.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 13 users (18 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

  • aggiunta e cancellazione di idrogeni;
  • supporto per meccanica molecolare;
  • supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
  • rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami, ibridizzazioni, aromaticità);
  • tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle coordinate atomiche;
  • calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto contiene i collegamenti per Python.

python3-pymzml
analisi di dati di spettrometria di massa mzML (Python 3.x)
Versions of package python3-pymzml
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.2+repack1-1all
stretch0.7.6-dfsg-4all
bullseye2.4.7-3all
sid2.5.10+repack1-1all
trixie2.5.10+repack1-1all
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License: DFSG free
Git

python-pymzml (pymzML) è un'estensione per Python che offre:

  • facile accesso a dati di spettrometria di massa (MS) che permette lo sviluppo rapido di strumenti;
  • un analizzatore veramente veloce di dati mzML, lo standard per ciò che riguarda i formati di dati di spettrometria di massa;
  • un insieme di funzioni per confrontare o gestire spettri.

Questo pacchetto contiene python-pymzml per Python 3.

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
qutemol
visualizzazione interattiva di macromolecole
Versions of package qutemol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.1~cvs20081111-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch0.4.1~cvs20081111-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4.1~cvs20081111-3.2amd64,armel,armhf,i386
trixie0.4.1~cvs20081111-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.4.1~cvs20081111-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package qutemol:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut, wxwidgets
x11application
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License: DFSG free
Git

QuteMol è un sistema interattivo di alta qualità per la visualizzazione di molecole. Sfrutta le attuali capacità della GPU attraverso shader OpenGL per offrire una varietà di effetti visivi innovativi. Le tecniche di visualizzazione di QuteMol sono mirate a migliorare la chiarezza e la facilità di comprensione della forma tridimensionale e della struttura di molecole grandi o proteine complesse.

QuteMol usa tecniche OpenGL avanzate e potrebbe non funzionare in modo corretto con tutte le schede video e i driver.

Le funzionalità offerte da QuteMol includono:

  • occlusione di ambienti in tempo reale;
  • evidenziazione dei contorni tenendo conto delle profondità;
  • modalità di visualizzazione a sfere e bastoncini, con riempimento dello spazio e "liquorice";
  • istantanee con anti-aliasing ad alta risoluzione per creare disegni di qualità tipografica;
  • generazione automatica di gif animate di molecole che ruotano per le animazioni in pagine web;
  • rendering interattivo di macromolecole (>100k atomi).

QuteMol legge in input file PDB.

Please cite: Marco Tarini, Paolo Cignoni and Claudio Montani: Ambient Occlusion and Edge Cueing for Enhancing Real Time Molecular Visualization. (eprint) IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 12(5):1237-1244 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package qutemol
rasmol
visualizza macromolecole biologiche
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.7.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
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License: DFSG free
Git

RasMol è un programma di disegno molecolare progettato per visualizzare proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma è volto a fini illustrativi, didattici e alla produzione di immagini di qualità per la pubblicazione.

Il programma legge da un file le coordinate molecolari e visualizza interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di colori e di rappresentazioni. Attualmente le rappresentazioni disponibili includono insiemi di linee, con segmenti cilindrici rappresentanti i legami, con sfere solide (CPK), con palline e bastoncini, con nastri macromolecolari (sia nastri solidi ombreggiati che filamenti paralleli), con etichette per gli atomi e superfici punteggiate.

I formati di input attualmente supportati comprendono: Protein Data Bank (BPD), i formati Mol2 per Alchemy e Sybyl della Tripos, il formato Mol della Molecular Design Limited (MDL), il formato XMol XYZ del Minnesota Supercomputer Center (MSC), il formato CHARMm, il formato CIF e il formato mmCIF.

Questo pacchetto installa due versioni di RasMol, rasmol-gtk ha una moderna interfaccia basata su GTK e rasmol-classic è la vecchia versione con la GUI Xlib.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.tools 
Screenshots of package rasmol
tandem-mass
software per spettrometria di massa per identificare proteine
Versions of package tandem-mass
ReleaseVersionArchitectures
trixie201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie2013.09.01-2amd64,armel,armhf,i386
bookworm201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster201702011-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch20151215-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
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X! Tandem può trovare la corrispondenza tra spettri di massa tandem e sequenze peptidiche, in un processo che viene comunemente usato per effettuare l'identificazione delle proteine.

Questo software ha una API (interfaccia per programmazione di applicazioni) molto semplice e non sofisticata: accetta semplicemente nella riga di comando un file XML con le istruzioni e produce in output i risultati in un file XML che è stato specificato nel file XML di input. Il formato del file di output è descritto all'indirizzo http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

A differenza di alcuni motori di ricerca delle generazioni precedenti, tutta la serie X! dei motori di ricerca calcola l'intervallo statistico di confidenza (valori attesi) per tutte le singole assegnazioni spettro-sequenza. Riassemblano anche tutti le assegnazioni dei peptidi in un insieme di dati nelle sequenze proteiche conosciute e assegnano la confidenza statistica che questo assemblaggio e allineamento non siano casuali. È possibile trovare la formula all'interno; perciò non è necessario utilizzare un software separato per l'assemblaggio e l'analisi statistica, come ad esempio PeptideProphet e ProteinProphet.

v-sim
visualizzatore di strutture atomiche
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
sid3.7.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.7.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
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V_Sim visualizza strutture atomiche come cristalli, bordi di granuli, molecole e così via; tanto in formato binario quanto in formato puro testo.

La resa è ottenuta in pseudo-3D con sfere (atomi) e frecce (spin). L'utente può interagire tramite molte funzioni per scegliere la visualizzazione, impostare i legami, disegnare piani di sezione, calcolare superfici da campi scalari, duplicare nodi, misurare la geometria... Inoltre V_Sim permette di esportare le visualizzazioni come immagini PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (schema) ed altri formati. Ci sono anche alcuni strumenti per colorare gli atomi secondo valori dati o per animare sullo schermo diversi file posizione.

Screenshots of package v-sim
viewmol
interfaccia grafica per programmi di chimica computazionale
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
buster2.4.1-25amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
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Git

Viewmol è in grado di aiutare graficamente nella generazione di strutture molecolari per la computazione e la visualizzazione dei loro risultati.

Attualmente Viewvol include filtri in input per Discover, DMo13, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, output di Vamp e file PDB. Le strutture possono essere salvate come file car di Accelrys, file MDL e file di coordinate Turbomole. Viewmol può generare file di input per Gaussian 9x/03. Il formato dei file di Viewmol è stato aggiunto a OpenBabel in modo che OpenBabel possa servire da filtro di input o di output per le coordinate.

Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package viewmol
xbs
3-d models and movies of molecules
Maintainer: Matthew Vernon
Versions of package xbs
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster0-10amd64,arm64,armhf,i386
stretch0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0-8amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package xbs:
fieldchemistry
interface3d
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitxlib
useprinting, viewing
works-withtext
works-with-formatpostscript
x11application
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License: DFSG free

xbs ball-and-sticks plotting program can create still and moving three dimensional models of molecules. X11 and PostScript output are available. Models can be rotated, scaled, etc. Various labeling, shading, lighting, coloring options are available.

Screenshots of package xbs
xdrawchem
editor per strutture e reazioni chimiche
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package xdrawchem
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.11.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.11.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.11.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.11.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie2.0-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.10.2.1-2amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package xdrawchem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting, learning, viewing
x11application
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License: DFSG free
Git

Xdrawchem è un editor 2D per strutture e reazioni chimiche. Ha funzionalità corrispondenti a quelle della suite commerciale ChemDraw, ha inoltre la compatibilità dei file con essa, così come con altri formati relativi alla chimica grazie a OpenBabel.

Questa versione pacchettizzata proviene da un fork disponibile su https://gitlab.com/yamanq/xdrawchem, dato che la versione precedente non era più mantenuta attivamente. Ulteriori informazioni su di essa sono nel file copyright.

Screenshots of package xdrawchem
xmakemol
programma per visualizzare sistemi atomici e molecolari
Versions of package xmakemol
ReleaseVersionArchitectures
sid5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armhf,i386
bullseye5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package xmakemol:
fieldchemistry
hardwareinput, input:mouse
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, viewing
x11application
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License: DFSG free
Git

XMakemol è un programma usabile con il mouse, scritto utilizzando la libreria grafica LessTif, che serve per visualizzare e manipolare sistemi atomici e altri sistemi chimici. Legge in input il formato XYZ e rappresenta atomi, legami e legami idrogeno.

Le funzionalità incluse sono:

  • animazione di file composti da molteplici fotogrammi;
  • misurazione interattiva delle lunghezze dei legami, degli angoli dei legami e degli angoli di torsione;
  • controllo delle dimensioni di atomi e legami;
  • esportazione nei formati XPM, Encapsulated PostScript e XYZ;
  • commutazione della visibilità di gruppi di atomi;
  • modifica delle posizioni di sottoinsiemi di atomi.
Screenshots of package xmakemol
xmakemol-gl
programma per visualizzare sistemi atomici e molecolari (OpenGL)
Versions of package xmakemol-gl
ReleaseVersionArchitectures
sid5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package xmakemol-gl:
uitoolkitmotif
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License: DFSG free
Git

XMakemol è un programma usabile con il mouse, scritto utilizzando la libreria grafica LessTif, che serve per visualizzare e manipolare sistemi atomici e altri sistemi chimici. Legge in input il formato XYZ e rappresenta atomi, legami e legami idrogeno.

Le funzionalità incluse sono:

  • animazione di file composti da molteplici fotogrammi;
  • misurazione interattiva delle lunghezze dei legami, degli angoli dei legami e degli angoli di torsione;
  • controllo delle dimensioni di atomi e legami;
  • esportazione nei formati XPM, Encapsulated ProstScript e XYZ;
  • commutazione della visibilità di gruppi di atomi;
  • modifica delle posizioni di sottoinsiemi di atomi.

Questo pacchetto contiene la versione di XMakemol abilitata per le librerie OpenGL. Le immagini sono generate (rendering) tramite primitive grafiche 3D pure e possono essere esportate usando il formato XPM; possono anche essere prodotte immagini stereo rosso/blu. Il pacchetto OpenGL fornisce ulteriori opzioni di visualizzazione, insieme a un supporto migliore per la visualizzazione di vettori. Possono anche essere generate delle ellissi.

Official Debian packages with lower relevance

gdpc-examples
file di esempio per il programma gdpc
Versions of package gdpc-examples
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.2.5-15all
sid2.2.5-16all
trixie2.2.5-16all
jessie2.2.5-3all
bullseye2.2.5-14all
buster2.2.5-9all
stretch2.2.5-6all
Debtags of package gdpc-examples:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
roledocumentation
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gdpc è un programma grafico per la visualizzazione dei dati risultanti da simulazioni di dinamiche molecolari. Legge i dati nel formato standard xyz, come anche in altri formati ad hoc, e può produrre immagini di ogni fotogramma nei formati JPG o PNG.

Questo pacchetto contiene esempi da usare col programma gdpc.

libcoordgen-dev
generazione di coordinate 2D per composti chimici - file header
Versions of package libcoordgen-dev
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.0.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.4.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto fornisce il rilascio open source delle routine di Schroedinger per la rappresentazione in coordinate 2D di composti chimici.

Questo pacchetto fornisce i file header per sviluppare con l'API di tale libreria.

libmaeparser-dev
Development files to parse Schrödinger Maestro files
Versions of package libmaeparser-dev
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.3.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.3.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides header files to develop one's own software that uses a library wth an Open Source parser for Maestro (.mae) files.

libschroedinger-coordgenlibs-dev
2D coordinate generation for chemical compounds - header files
Versions of package libschroedinger-coordgenlibs-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1-3amd64,arm64,armhf,i386
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides the Open Source release of Schroedinger's routines for the 2D coordinate representation of chemical compounds.

This package provides header files for developing against the API of that library.

python-pymzml-doc
analisi di dati di spettrometria di massa mzML - documentazione
Versions of package python-pymzml-doc
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.2+repack1-1all
stretch0.7.6-dfsg-4all
sid2.5.10+repack1-1all
bullseye2.4.7-3all
trixie2.5.10+repack1-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

python-pymzml (pymzML) è un'estensione per Python che offre:

  • facile accesso a dati di spettrometria di massa (MS) che permette lo sviluppo rapido di strumenti;
  • un analizzatore veramente veloce di dati mzML, lo standard per ciò che riguarda i formati di dati di spettrometria di massa;
  • un insieme di funzioni per confrontare o gestire spettri.

Questo pacchetto contiene la documentazione nei formati PDF e HTML, insieme ai sorgenti di testo (elaborati con sphinx).

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
python3-amp
Atomistic Machine-learning Package (python 3)
Versions of package python3-amp
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.6.1-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream4878fc892f2cbc5cd9f29f7a367d7b05bdeb6ee9
Popcon: 7 users (7 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Amp is an open-source package designed to easily bring machine-learning to atomistic calculations. This project is being developed at Brown University in the School of Engineering, primarily by Andrew Peterson and Alireza Khorshidi, and is released under the GNU General Public License. Amp allows for the modular representation of the potential energy surface, allowing the user to specify or create descriptor and regression methods.

Amp is designed to integrate closely with the Atomic Simulation Environment (ASE). As such, the interface is in pure python, although several compute-heavy parts of the underlying code also have fortran versions to accelerate the calculations. The close integration with ASE means that any calculator that works with ASE ─ including EMT, GPAW, DACAPO, VASP, NWChem, and Gaussian ─ can easily be used as the parent method.

This package provides the python 3 modules.

python3-periodictable
Extensible periodic table of the elements (Python 3)
Versions of package python3-periodictable
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.0.1-1all
bookworm1.6.0-1all
sid2.0.1-1all
bullseye1.5.3-1all
buster1.5.0-7all
Popcon: 61 users (109 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides a periodic table of the elements with support for mass, density and xray/neutron scattering information.

Masses, densities and natural abundances come from the NIST Physics Laboratory, but do not represent a critical evaluation by NIST scientists.

Neutron scattering calculations use values collected by the Atomic Institute of the Austrian Universities. These values do corresponding to those from other packages, though there are some differences depending to the tables used. Bound coherent neutron scattering for gold in particular is significantly different from older value: 7.63(6) as measured in 1974 compared to 7.90(7) as measured in 1990.

X-ray scattering calculations use a combination of empirical and theoretical values from the LBL Center for X-ray Optics. These values differ from those given in other sources such as the International Tables for Crystallography, Volume C, and so may give different results from other packages.

This package installs the library for Python 3.

refmac-dictionary
dictionary for macromolecular refinement and model building
Versions of package refmac-dictionary
ReleaseVersionArchitectures
trixie5.41-3all
bookworm5.41-2all
bullseye5.41-2all
buster5.41-1all
sid5.41-3all
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dictionary of ligands and constituent blocks (e.g. amino acids, nucleic acids, sugars) contains necessary stereochemical information (e.g. bond lengths, angles, torsion angles) about small molecules used in refinement and model building. Values in the dictionary are for an abstract form of monomers, i.e there is no conformational/configurational or environment dependence.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

molden
processing program of molecular and electronic structure
Versions of package molden
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.2-1all
Versions and Archs
License: non-free
Debian package not available
Git
Version: 5.2-1

MOLDEN is a package for displaying Molecular Density from the Ab Initio packages GAMESS-UK , GAMESS-US and GAUSSIAN and the Semi-Empirical packages Mopac/Ampac, it also supports a number of other programs via the MOLDEN Format. MOLDEN reads all the required information from the GAMESS / GAUSSIAN outputfile. MOLDEN is capable of displaying Molecular Orbitals, the electron density and the Molecular minus Atomic density. Either the spherically averaged atomic density or the oriented ground state atomic density can be subtracted for a number of standard basis sets. MOLDEN supports contour plots, 3-d grid plots with hidden lines and a combination of both. It can write a variety of graphics instructions; postscript, X, VRML, povray, OpenGL, tekronix4014, hpgl, hp2392 and Figure. The X version of MOLDEN is also capable of importing and displaying of chemx, PDB, and a variety of mopac/ampac files and lots of other formats. It also can animate reaction paths and molecular vibrations. It can calculate and display the true or Multipole Derived Electrostatic Potential and atomic charges can be fitted to the Electrostatic Potential calculated on a Connolly surface. MOLDEN has a powerful Z-matrix editor which give full control over the geometry and allows you to build molecules from scratch, including polypeptides. MOLDEN was also submitted to the QCPE (QCPE619), allthough the X version is considerably running behind on the current one.

molekel
Advanced Interactive 3D-Graphics for Molecular Sciences
Versions of package molekel
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.4-1all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 5.4-1

Molekel is an open-source multi-platform molecular visualization program.

Some of the features are:

  • Different methods to speed-up rendering of molecules with support for billboards and view-dependent level of detail techniques
  • Programmable shaders; standard shaders to enhance rendering quality, outline contours and perform sketch-like renderings are provided
  • Visualization of residues (ribbon or schematic)
  • Complete control over the generation of molecular surfaces (bounding box and resolution)
  • Visualization of the following surfaces:
  • Orbitals
  • Iso-surface from density matrix
  • Iso-surface from Gaussian cube grid data
  • SAS
  • SES
  • Van der Waals
  • Animation of molecular surfaces
  • Animation of vibrational modes
  • Export high resolution images for 300+ DPI printing
  • Export to PostScript and PDF
  • Export animation
  • Plane widget to visualize a scalar field: the plane can be freely moved in 3d space and the points on the plane surface will be colored according to the value of the scalar field: a cursor can be moved on the plane surface to show the exact value of the field at a specific point in space.
tinker
Software Tools for Molecular Design
Responsible: LI Daobing (LI Daobing)
Versions of package tinker
ReleaseVersionArchitectures
VCS4.2-5~devall
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 4.2-5~dev

The TINKER molecular modeling software is a complete and general package for molecular mechanics and dynamics, with some special features for biopolymers. TINKER has the ability to use any of several common parameter sets, such as Amber (ff94, ff96, ff98 and ff99), CHARMM (19 and 27), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA and OPLS-AA/L), Liam Dang's polarizable potentials, and our own AMOEBA polarizable atomic multipole force field. Parameter sets for other standard force fields such as GROMOS, UFF, ENCAD and MM4 are under consideration for future releases.

The TINKER package includes a variety of novel algorithms such as a new distance geometry metrization method that has greater speed and better sampling than standard methods, Elber's reaction path methods, several of our Potential Smoothing and Search (PSS) methods for global optimization, an efficient potential surface scanning procedure, a flexible implementation of atomic multipole-based electrostatics with explicit dipole polarizability, a selection of continuum solvation treatments including several variants of the generalized Born (GB/SA) model, an efficient truncated Newton (TNCG) local optimizer, surface areas and volumes with derivatives, a simple free energy perturbation facility, normal mode analysis, minimization in Cartesian, torsional or rigid body space, velocity Verlet stochastic dynamics, an improved spherical energy cutoff method, Particle Mesh Ewald summation for partial charges and regular Ewald for polarizable multipoles, a novel reaction field treatment of long range electrostatics, and more....

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

libegad - wnpp
rational protein design library
Responsible: LI Daobing
License: LGPL
Debian package not available

The EGAD Library is a modular, object oriented approach to rational protein design. It is platform-independent, written in C++ and, most importantly, free. Its raison d'etre is to serve as a tool for building protein design applications. It can also be used as a test-bed for the comparison of different energy functions and minimization algorithms under the same physical model.

Citations of EGAD Library should reference the paper in the Journal of Computational Chemistry. doi:10.1002/jcc.20727

libint - wnpp
Evaluate the integrals in modern atomic and molecular theory
Responsible: Daniel Leidert
License: GPL
Debian package not available

Libint library is used to evaluate the traditional (electron repulsion) and certain novel two-body matrix elements (integrals) over Cartesian Gaussian functions used in modern atomic and molecular theory. The idea of the library is to let computer write optimized code for computing such integrals. There are two primary advantages to this: much less human effort is required to write code for computing new integrals, and code can be optimized specifically for a particular computer architecture (e.g., vector processor).

Libint has been utilized to implement methods such as Hartree-Fock (HF) and Kohn-Sham density functional theory (KS DFT), second-order Moller-Plesset perturbation theory (MP2), coupled cluster singles and doubles (CCSD) method, as well as explicitly correlated R12 methods. The following software packages use Libint:

Improves mpqc (#409025) and psi3.

No known packages available

openchrom
process chromatographic and mass spectrometric data
License: EPL
Debian package not available

OpenChrom is an open source software for chromatography based on the Eclipse Rich Client Platform (RCP). Its focus is to handle mass spectrometry systems (e.g. GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS) data files natively. OpenChrom is able to import binary and textual chromatographic data files, such as *.D chromatograms from Agilent Technologies or NetCDF. Moreover, it offers a nice graphical user interface and is available for various operating systems, e.g. Windows, Linux, Solaris and Mac OSX. A basis set of methods to detect baselines, peaks and to integrate peaks in a chromatogram are implemented. Preprocessing steps, e.g. to remove certain mass fragments (m/z) such as nitrogen (28) or water (18), are supported by applying filter on the chromatogram or mass spectrum. Extensions are welcome, as OpenChrom is open source and uses a flexible approach, which allows others to implement their own methods, algorithms, filters, detectors or integrators. Therefore, OpenChrom shall be an efficiently system to process chromatographic and mass spectrometric data using an extensible and flexible plugin approach.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 247405