Debian Science Project
Summary
Chemistry
paquets pour la chimie de Debian Science

Ce métapaquet installe les paquets de Debian Science concernant la chimie. L’utilisateur peut aussi être intéressé par field::chemistry de debtag et, en fonction de ses priorités, par le métapaquet education-chemistry.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Chemistry packages

Official Debian packages with high relevance

Adun.app
simulateur moléculaire pour GNUstep − interface graphique
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.81-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.81-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.81-6amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 10 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun est un simulateur bio-moléculaire qui inclut aussi une gestion des données et des capacités d'analyse. Il a été développé au « Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory », qui fait partie de l'unité de recherche sur l'informatique biomédicale de l'UPF.

Ce paquet fournit UL, le frontal graphique d'Adun.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package adun.app
Apbs
Solveur adaptatif de Poisson Boltzmann
Versions of package apbs
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.2.1b-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.4-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream1.4.2.1
Debtags of package apbs:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 42 users (20 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

APBS est un paquet pour la résolution numérique de l'équation de Poisson-Boltzmann (PBE), un des modèles continus les plus populaires décrivant les interactions entre solutés moléculaires en milieu salinaqueux. Le continuum électrostatique joue un rôle important dans plusieurs domaines de la simulation biomoléculaire, incluant :

  • la simulation des processus de diffusion pour déterminer les cinétiques de liaison ligand-protéine et protéine-protéine ;
  • la dynamique moléculaire de solvatation des biomolécules ;
  • le calcul de l'énergie de solvatation et de liaison pour déterminer les constantes d'équilibre de liaison ligand-protéine et protéine-protéine afin d'aider à la conception rationelle de médicaments ;
  • les études de biomoléculaires de titration.

APBS est conçu pour évaluer efficacement les propriétés électrostatiques pour de telles simulations dans un spectre large d'échelle de longueur pour permettre l'étude de molécules de dix à des millions d'atomes.

Please cite: Nathan A. Baker, David Sept, Simpson Joseph, Michael J. Holst and J. Andrew McCammon: Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome. (eprint) Proc. Natl. Acad. Sci. 98(18):10037-10041 (2001)
Avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1.93.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.93.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 91 users (105 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

 — modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
   de force automatique ;
 — mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
    conformation ;
 — visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
 — visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
 — gestion des cellules cristallographiques ;
 — création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
    MOLPRO ;
 — architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Bkchem
éditeur de structures chimiques
Versions of package bkchem
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.13.0-6all
buster0.13.0-6all
stretch0.13.0-5all
jessie0.13.0-4all
wheezy0.13.0-4all
squeeze0.13.0-2all
sid0.13.0-6all
Debtags of package bkchem:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 17 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BKchem est un logiciel libre de dessin de structures chimiques écrit en Python.

Quelques fonctionnalités disponibles :

 − dessin : lien par lien, patrons pour les anneaux courants, expansion
    de groupes, dessin des radicaux, charges, flèches, gestion des
    couleurs, etc. ;
 − édition : possibilité d'annuler les actions et vice versa sans limite,
    alignement, mise à l'échelle, rotation 2D et 3D, etc. ;
 − import/export : gestion complète des formats SVG et Open Office Draw,
    export en EPS, import/export basique en CML1 et CML2.
Screenshots of package bkchem
Bodr
dépôt de données Blue Obelisk
Versions of package bodr
ReleaseVersionArchitectures
squeeze9-1all
jessie10-1all
wheezy9-1all
sid10-2all
bullseye10-2all
buster10-1all
stretch10-1all
Debtags of package bodr:
roleapp-data
Popcon: 68 users (52 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il s'agit d'un dépôt commun de faits chimiques et physiques visant à augmenter l'interopérabilité entre les programmes de chimie.

Voir https://dx.doi.org/10.1021/ci050400b.

Please cite: Peter Murray-Rust: The Blue Obelisk (eprint) CDK News 2(2):43-46 (2005)
Chemeq
Évaluateur de formule chimique et de leur équilibre
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemeq
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.12-1amd64,armel,armhf,i386
sid2.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.12-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.18-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.9-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package chemeq:
develinterpreter
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecalculating, learning, text-formatting, typesetting
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 13 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

chemeq est un filtre basique indépendant écrit en C, flex et bison. Il accepte en entrée des chaînes comme :

 2H2 + O2 ---> 2 H2O
et produit en sortie du code LaTeX et des messages à propos de l'équilibre

de la réaction chimique.

 Exemple : :~/src$ echo "2H2 + O2 ---> 2 H2O" | chemeq -lc
 2\,H_{2}\,+\,O_{2}\,\rightarrow\,2\,H_{2}O
 OK
Chemical-mime-data
prise en charge de types MIME et de fichiers chimiques pour des bureaux
Versions of package chemical-mime-data
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.1.94-3all
sid0.1.94-7all
bullseye0.1.94-7all
jessie0.1.94-6all
stretch0.1.94-6all
buster0.1.94-7all
wheezy0.1.94-6all
Debtags of package chemical-mime-data:
fieldbiology, chemistry
roleapp-data
useorganizing
Popcon: 76 users (52 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Des types de composants chimiques et divers sous-types ont été proposés par Henry Rzepa, Peter-Murray Rust et Benjamin Whitaker en 1996 en complément des types MIME existants. La proposition n’a pas aboutie mais diverses applications utilisent ces types de fichiers ou MIME. Ce paquet ajoute la prise en charge par les bureaux de Linux de la détection et la reconnaissance des fichiers de type constituant chimique/*.

Consulter aussi http://www.ch.ic.ac.uk/chemime/.

Chemical-structures
jeu de structures moléculaires dans des formats ouverts
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemical-structures
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.dfsg.0-12all
bullseye2.2.dfsg.0-15all
buster2.2.dfsg.0-13all
stretch2.2.dfsg.0-12all
sid2.2.dfsg.0-15all
wheezy2.2.dfsg.0-8all
Debtags of package chemical-structures:
fieldbiology, biology:bioinformatics, chemistry
interfacecommandline, web
roledata, program
sciencevisualisation
usecomparing, converting, learning, viewing
Popcon: 10 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce paquet fournit des centaines de structures moléculaires, dans les familles suivantes : alcools, aldéhydes, alcanes, alcènes, amides, acides aminés, aromatiques, acides carboxyliques, esters, acides gras, halogénoalcanes, cétones, nitriles, bases nucléiques, eau.

Screenshots of package chemical-structures
Chemtool
programme de dessin de structures chimiques
Versions of package chemtool
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6.14-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6.14-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6.14-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.6.14-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6.14-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.6.13-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.6.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package chemtool:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useediting, learning
works-withimage, image:vector
works-with-formatsvg
x11application
Popcon: 30 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Chemtool est un éditeur de structure chimique 2D en GTK+ pour X11. Il prend en charge plusieurs types de liaisons, la plupart des formats de texte nécessaires à l'écriture en chimie et les flèches en forme de cerce, d'arc ou courbées.

Les dessins peuvent être exportés dans les formats MOL et PDB, SVG ou XFig pour des annotations ultérieures, en tant que dessin PiCTex ou comme fichier bitmap ou Postscript (plusieurs de ces formats grâce au programme fig2dev, pendant de XFig).

Le paquet contient également un programme d'aide, cht, pour calculer des formules et des masses moléculaires exactes à partir d'un fichier de dessin chemtool. Cht peut être appelé directement depuis Chemtool ou bien depuis la ligne de commande.

Please cite: Matthias Brüstle: Chemtool - Moleküle zeichnen mit dem Pinguin. (eprint) Nachr. Chem. 49(11):1310-1313 (2001)
Screenshots of package chemtool
Cp2k
Ab Initio Molecular Dynamics
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
buster6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental7.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid6.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bullseye6.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.2.426-8amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream7.1
Popcon: 18 users (9 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular dynamics (AIMD) simulations.

CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian calculations as well. Features include:

Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:

  • Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
  • Hartree-Fock (HF) energies and forces
  • Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
  • Random Phase Approximation (RPA) energies
  • Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
  • Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo- potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave approach (GPW/GAPW)
  • Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
  • Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5, PW92 and PADE
  • Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
  • Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including B3LYP, PBE0 and MCY3
  • Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
  • Additional XC functionals via LibXC
  • Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
  • Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW, PBE-vdW and B97X-D
  • DFT+U (Hubbard) correction
  • Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges (DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
  • Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS) matrix computation
  • Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace (DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
  • Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
  • Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear scaling of molecular systems
  • Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory (TDDFPT)

Ab-initio Molecular Dynamics:

  • Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
  • Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
  • PS extrapolation of initial wavefunction
  • Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
  • Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics)

Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:

  • Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb interactions between the QM and the MM part
  • Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary conditions
  • Adaptive QM/MM

Further Features include:

  • Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
  • Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) for minimum energy path (MEP) calculations
  • Global optimization of geometries
  • Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
  • Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without periodic boundary conditions
  • Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble (NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling through velocity rescaling (CSVR) thermostats
  • Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy calculations
  • Classical Force-Field (MM) simulations
  • Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
  • Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
  • ATOM code for pseudopotential generation
  • Integrated molecular basis set optimization

CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).

Drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 18 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

À partir d'une description basique de la structure cristallographique, incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de Fourier et la limite de la maille élémentaire.

Quatre types de dessins sont produits :

  • une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
  • un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de haute qualité destinés à des publications ;

  • le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur Internet ;

  • un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.

DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS et WIEN2k.

Please cite: Larry W. Finger, Martin Kroeker and Brian H. Toby: DRAWxtl, an open-source computer program to produce crystal-structure drawings. (eprint) J. Appl. Cryst. 40:188-192 (2007)
Screenshots of package drawxtl
Easychem
trace des molécules et des formules chimiques 2D de haute qualité
Versions of package easychem
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.6-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.6-8amd64,armel,armhf,i386
stretch0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.6-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package easychem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 22 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

EasyChem vous permet de créer des diagrammes de haute qualité de molécules et de formules chimiques 2D, qui peuvent être exportées en PDF, PS, LaTex et fig.

EasyChem a été développé pour créer des diagrammes pour des livres de chimie ; il est maintenant fréquemment utilisé dans des livres relatifs à la chimie, commerciaux ou non.

Screenshots of package easychem
Gabedit
interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.4.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 13 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit est une interface utilisateur graphique pour les paquets de chimie computationnelle tels que⋅:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Ces paquets logiciels Ab Initio peuvent être lancés localement ou sur un serveur distant (prenant en charge FTP, RSH et SSH). Gabedit peut afficher différents résultats de calcul comprenant la plupart des formats majeurs de fichier de molécule. Le perfectionné «⋅Molecule Builder⋅» permet d'esquisser rapidement des molécules et de les examiner en 3D. Les graphiques peuvent de plus être exportés vers divers formats, y compris ceux animés.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
Galculator
calculatrice scientifique
Maintainer: Dmitry Smirnov
Versions of package galculator
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1.3-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.3.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package galculator:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 1995 users (911 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Galculator est une calculatrice scientifique. Elle prend en charge différents systèmes de numération (décimal, hexadécimal, octal, binaire) et d’unités d'angle (degré, radian, grade) et intègre une large gamme de fonctions mathématiques (opérations arithmétiques de base, fonctions trigonométriques, etc.) et d'autres fonctions utiles (mémoire, etc.). Galculator peut être utilisé autant en mode algébrique qu'en mode de notation polonaise inverse (NPI).

Gamgi
interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.15.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.14.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 16 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GAMGI (« General Atomistic Modelling Graphic Interface ») propose une interface graphique pour construire, visualiser et analyser les structures des atomes. Le programme est destiné à la communauté scientifique et propose une interface graphique pour étudier les structures des atomes et préparer les images pour les présentations, et pour enseigner la structure de l'atome.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gamgi
Garlic
logiciel de visualisation de biomolécules
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 18 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1. Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques.

Il dépend uniquement des bibliothèque  X, aucune autre bibliothèque n'est nécessaire.

Parmi ses fonctions :

 – la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une petite
   fenêtre ;
 – les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des objets
   indépendants pour l'affichage ;
 – la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position. Cinq
   modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
 – il est capable de représenter des images stéréographiques ;
 – il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme une
   membrane ;
 – l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
   la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer le
    pointeur au-dessus ;
 – il est capable de charger plus d'une structure ;
 – il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
   hélicoïdales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité et
   les moments hydrophobes ;
 – l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
   Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Gausssum
analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.2.5-2all
jessie2.2.6.1-1all
stretch3.0.1.1-1all
bullseye3.0.2-2all
sid3.0.2-2all
buster3.0.2-1all
squeeze2.2.4-1all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 51 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum analyse les fichiers de sortie de calculs scientifiques avec ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar et PC GAMESS pour en extraire des informations utiles.

GaussSum utilise GNUPlot pour afficher l’avancement des optimisations géométriques, la densité des spectres d’états, les spectres ultraviolet-visibles (UV-VIS), les spectres infra-rouges, les spectres Raman et les cartes de différences de densité électronique. Il peut aussi afficher, entre autres, toutes les lignes contenant une phrase arbitraire.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Gchempaint
éditeur 2D de structures chimiques pour le bureau GNOME2
Versions of package gchempaint
ReleaseVersionArchitectures
sid0.14.17-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.14.17-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gchempaint:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning
x11application
Popcon: 28 users (46 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GChemPaint est un éditeur 2D de structures chimiques avec une interface multidocument. Vous pouvez retrouver les molécules tracées dans NIST Webbook et PubChem.

Screenshots of package gchempaint
Gcrystal
visualiseur léger de structures cristallines
Versions of package gcrystal
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye0.14.17-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.14.17-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gcrystal:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 18 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNOME Crystal est un visualiseur léger de modèles de structures cristallines. Il est basé sur les utilitaires de chimie GNOME « GNOME Chemistry Utils » et devrait afficher les modèles de toutes sortes de structures cristallines en utilisant OpenGL.

Screenshots of package gcrystal
Gcu-bin
outils GNOME pour la chimie – applications auxiliaires
Versions of package gcu-bin
ReleaseVersionArchitectures
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.14.17-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gcu-bin:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 33 users (23 upd.)*
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License: DFSG free
Git

GNOME Chemistry Utils fournit des classes C++ et des objets graphiques en GTK+.2 relatifs à la chimie. Ils seront utilisés dans les versions futures de gcrystal et gchempaint.

Ce paquet fournit quatre applications :

 .
 – un visualisateur de structures moléculaires (GChem3D) ;
 – un calculateur de masse molaire (GChemCalc) ;
 – un tableau périodique des éléments (GChemTable) ;
 – un visualisateur de spectrométrie de masse (GSpectrum).
Screenshots of package gcu-bin
Gcu-plugin
GNOME chemistry utils (browser plugin)
Versions of package gcu-plugin
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gcu-plugin:
fieldchemistry
roleplugin
uitoolkitgtk
Popcon: 5 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
Svn

The GNOME Chemistry Utils provide C++ classes and Gtk+-2 widgets related to chemistry. They will be used in future versions of both gcrystal and gchempaint.

This package provides a browser plugin for Gecko-based browsers. It does not (yet) work with WebKit-based browsers.

Gdis
visualisateur de modèle de molécule et de cristal
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 25 users (15 upd.)*
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License: DFSG free
Svn

Il s’agit d’un programme basé sur GTK+ pour l’affichage et la manipulation de molécules isolées, de systèmes périodiques et de formes cristallines. Il est en développement, mais néanmoins à peu près fonctionnel. Il possède les caractéristiques suivantes :

 — prise en charge de plusieurs types de fichier (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL,
   MARVIN et GULP) ;
 — création de molécule simple et outil de manipulation ;
 — dialogue pour la création de configurations de départ pour la simulation
   de dynamique moléculaire ;
 — outils complémentaires pour la visualisation (information de géométrie,
   mise en évidence de région, etc) ;
 — animation de fichiers BIOSYM (ainsi que d’autres animations de rendu,
   voir ci-dessous).

GDIS permet aussi de réaliser les fonctions suivantes à l’aide d’autres paquets :

 — rendu de modèle (grâce à POVRay) ;
 — minimisation d’énergie (grâce à GULP) ;
 — calcul de morphologie (grâce à cdd) ;
 — traitement de groupe d’espace (grâce à SgInfo) ;
 — visualisation de la table périodique des éléments (grâce à GPeriodic) ;
 — chargement de types de fichier supplémentaires, tel PDB (grâce à Babel).
Screenshots of package gdis
Gdpc
Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire
Versions of package gdpc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2.5-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.2.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.2.5-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.2.5-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdpc:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
works-with3dmodel, image, video
works-with-formatjpg, png
x11application
Popcon: 17 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le programme gpdc est un programme graphique de visualisation de données issues de simulations de dynamique moléculaire. Il gère en entrée le format standard xyz ainsi que d'autres formats et en sortie les formats de fichiers graphiques JPG et PNG.

Registry entries: OMICtools 
Other screenshots of package gdpc
VersionURL
2.2.5-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/396/large.png
Screenshots of package gdpc
Gelemental
visionneuse de tableau périodique des éléments
Versions of package gelemental
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2.0-9amd64,armel,armhf,i386
buster1.2.0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.2.0-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gelemental:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 34 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gElemental est une visionneuse de la classification périodique qui fournit des informations détaillées sur les éléments chimiques.

Elle propose une vue du tableau qui permet la coloration thématique des éléments suivant plusieurs propriétés, une liste avec tri et une boîte de dialogue de propriétés des éléments affichant diverses informations comme les propriétés historiques, thermodynamiques, électrochimiques et cristallographiques.

Ce paquet fournit l'application principale.

Other screenshots of package gelemental
VersionURL
1.2.0-7ubuntu1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/009/116/large.png
Screenshots of package gelemental
Ghemical
environnement de modélisation moléculaire sous GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 13 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical est un logiciel de modélisation de chimie écrit en C++. Il dispose d'une interface graphique utilisateur et prend en charge des modèles de mécanique quantique (semi-empirique) et des modèles de mécanique moléculaire. L'optimisation de la géométrie, la dynamique moléculaire et un grand ensemble d'outils de visualisation, réalisés à l'aide de la technologie OpenGL, sont actuellement disponibles.

Le logiciel Ghemical repose sur un code externe pour fournir les calculs de la mécanique quantique. Les méthodes semi-empiriques MNDO (« Modified Neglect of Diatomic Overlap »), MINDO/3 (« Modified Intermediate Neglect of Differential Overlap version 3 »), AM1 (« Austin Model 1 ») et PM3 (« Parameterized Model number 3 ») viennent du paquet MOPAC7 (« Molecular Orbital PACkage 7 ») dans le domaine public et sont inclus dans le paquet. Le paquet MPQC (« Massively Parallel Quantum Chemistry ») est utilisé pour proposer des méthodes ab initio (méthodes de chimie numérique basées sur la chimie quantique) : les méthodes basées sur la théorie Hartree-Fock sont actuellement prises en charge avec des ensembles de base allant de STO-3G à 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Gperiodic
Table périodique des éléments
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.0.10-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 38 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gperiodic est un petit programme X/GTK+ qui permet de parcourir un tableau périodique des éléments chimiques et de consulter des informations détaillées sur chacun d'eux. 118 éléments sont actuellement intégrés.

Other screenshots of package gperiodic
VersionURL
3.0.3-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/659/large.png
Screenshots of package gperiodic
Gromacs
Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation
Versions of package gromacs
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2020-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.0.7-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2020-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gromacs:
fieldbiology, biology:structural, chemistry
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkitxlib
x11application
Popcon: 27 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Gromacs-mpich
simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec MPICH
Versions of package gromacs-mpich
ReleaseVersionArchitectures
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2020-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.0.7-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gromacs-mpich:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
Popcon: 0 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

Ce paquet fournit seulement le moteur de simulation central avec prise en charge de la parallélisation utilisant l’interface MPICH (v.3). Il convient pour les nœuds d’une grappe de calcul ou pour les machines multiprocesseurs.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Gromacs-openmpi
simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec OpenMPI
Versions of package gromacs-openmpi
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.0.7-3amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid2020-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gromacs-openmpi:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

Ce paquet fournit seulement le moteur de simulation central avec prise en charge de la parallélisation utilisant l’interface OpenMPI. Il convient pour les nœuds d’une grappe de calcul ou pour les machines multiprocesseurs.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Jmol
visualisateur moléculaire
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
sid14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
wheezy12.2.32+dfsg2-1all
jessie12.2.32+dfsg2-1all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
upstream14.30.2
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 80 users (54 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
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Jmol est un visualisateur Java moléculaire pour des structures chimiques en trois dimensions. Ses fonctions comprennent la lecture d’une variété de types de fichiers et de sorties de programmes de chimie quantique, l’animation de fichiers de multi-trames et les modes normaux calculés à partir de programmes quantiques. Il englobe des fonctions pour les produits chimiques, les cristaux, les matériaux et les biomolécules. Jmol peut être utile pour des étudiants, des enseignants ou des chercheurs en chimie et biochimie.

Les formats lus par Jmol comprennent PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton et VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package jmol
Kalzium
outil de table périodique et de chimie
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze4.4.5-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.8.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye19.08.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid19.08.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream19.08.3
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 186 users (292 upd.)*
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License: DFSG free
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Kalzium est une application de chimie comprenant une table périodique des éléments, une référence chimique, un résolveur d'équations chimiques et un visionneur de molécules en 3D.

Ce paquet fait partie du module éducatif de KDE.

Other screenshots of package kalzium
VersionURL
4:3.5.9-2https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/228/large.png
Screenshots of package kalzium
Katomic
jeu de puzzle atomix
Versions of package katomic
ReleaseVersionArchitectures
stretch16.08.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster18.04.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye18.04.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid18.04.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.8.4-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.12.4-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze4.4.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream19.08.3
Debtags of package katomic:
gamepuzzle
interfacex11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usegameplaying
x11application
Popcon: 117 users (149 upd.)*
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License: DFSG free
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KAtomic est un jeu de puzzle dans lequel les joueurs bougent des atomes pour assembler des molécules.

Ce paquet fait partie du module de jeux de KDE.

Screenshots of package katomic
Libcdk-java
Chemistry Development Kit (CDK) Java libraries
Versions of package libcdk-java
ReleaseVersionArchitectures
sid2.3-2all
wheezy1.2.10-3all
squeeze1.0.2-5all
buster1.2.10-7all
stretch1.2.10-6all
jessie1.2.10-6all
bullseye2.3-2all
Debtags of package libcdk-java:
devellang:java, library
fieldchemistry
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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The CDK is a library of Java classes used in computational and information chemistry and in bioinformatics. It includes renderers, file IO, SMILES generation/parsing, maximal common substructure algorithms, fingerprinting and much, much more.

Mmass
outil de spectrométrie de masse pour les protéomes
Versions of package mmass
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.5.0-5all
wheezy5.1.0-2all
squeeze2.4.0-4all
buster5.5.0-5all
jessie5.5.0-4all
Debtags of package mmass:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scienceplotting, visualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing
works-withbiological-sequence, db
works-with-formatxml
x11application
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Versions and Archs
License: DFSG free
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mMass est un analyseur et visualisateur de spectrométrie de masse, libre, avec lequel peuvent être réalisées les tâches suivantes relatives aux protéomes :

 — lecture des données de spectrométrie aux formats texte brut, mzXML
   et mzData ;
 — définition d’une liste de pics ;
 — visualisation de spectrométrie puissante (zoom, curseur…) ;
 — recalibration des données ;
 — simulation uniquement de protéines ;
 — recherche en ligne avec Mascot.

Ce logiciel peut être élargi facilement avec des modules supplémentaires en Python. Ce paquet fournit les parties indépendantes de l’architecture du logiciel.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Screenshots of package mmass
Mmass-modules
Mass spectrometry tool for proteomics - extension modules
Versions of package mmass-modules
ReleaseVersionArchitectures
buster5.5.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.5.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.1.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie5.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 8 users (3 upd.)*
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License: DFSG free
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mMass is a free mass spectrum viewer/analyzer in which the following proteomics-related tasks can be performed:

  • Open raw text, mzXML and mzData mass spectra;
  • Define peak lists;
  • Powerful mass spectrum viewer (zoom, cursor...);
  • Data recalibration;
  • Protein-only simulations;
  • Online Mascot searches.

The software can be easily extended by additional Python modules. This package contains the platform-dependent parts of the software.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Mopac7-bin
bibliothèque de chimie quantique semi-empirique – fichiers binaires
Versions of package mopac7-bin
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.15-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.15-6amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.15-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package mopac7-bin:
fieldchemistry
roleprogram
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License: DFSG free
Svn

MOPAC fournit des routines pour résoudre la structure électronique des molécules au niveau semi-empirique. Les méthodes disponibles incluent MNDO, MINDO/3, AM1 et PM3.

Ce paquet fournit les fichiers binaires de MOPAC7.

Mpqc
programme de chimie quantique massivement parallèle
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 18 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPQC est un programme de chimie quantique ab initio. Il est spécialement conçu pour effectuer des calculs sur les molécules de manière hautement parallélisée.

Il peut calculer des énergies et gradients avec les méthodes suivantes :

 — méthode générale de Hartree-Fock restreinte pour couche ouverte
   ou fermée ;
 — théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) ;
 — théorie de la perturbation de Møller-Plesset (MP) de second ordre pour
   couche fermée.

De plus, il peut calculer des énergies avec les méthodes suivantes :

 — théorie pour les couches ouvertes MP2 et les couches fermées
   explicitement corrélées (MP2-R12) ;
 — théorie de la perturbation de second ordre pour couche fermée
   (OPT2[2]) ;
 — théorie de la perturbation « Z-averaged » (ZAPT2).

Il comporte également un optimiseur interne de géométrie analytique.

MPQC est basé sur la boîte à outils scientifique SC (« Scientific Computing Toolkit »).

Mpqc-support
Massively Parallel Quantum Chemistry – outils d’assistance
Versions of package mpqc-support
ReleaseVersionArchitectures
sid2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mpqc-support:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
suiteemacs
uitoolkittk
x11application
Popcon: 10 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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MPQC est un programme de chimie quantique ab-inito. Il est spécialement conçu pour calculer des molécules de manière hautement parallélisée.

Ce paquet fournit les modules Perl permettant d'analyser les sorties du programme, des modes pour Emacs permettant de simplifier la modification de fichiers mpqc et enfin « molrender », un programme permettant de dessiner les molécules en format OOGL.

Msxpertsuite
suite logicielle de spectrographie de masse – métapaquet
Versions of package msxpertsuite
ReleaseVersionArchitectures
bullseye5.8.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.8.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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MsXpertSuite fournit des programmes pour modéliser la chimie des (bio)polymères linéaires, la simulation de données spectrométriques de masse, l’analyse et l’exploration de données de masse. C’est le successeur de polyXmass de GNU et ensuite de massXpert.

Les programmes massXpert et mineXpert permettent les actions suivantes.

MassXpert :

 — faire de nouvelles définitions de la chimie des polymères ;
 — utiliser les définitions pour réaliser des calculs simples à la manière
   d'une calculatrice de bureau ;
 — réaliser la modification de séquences de polymères sophistiqués et des
   simulations ;
 — réaliser des comparaisons de listes m/z.

Les simulations chimiques incluent le clivage (chimique ou enzymatique), les fragmentations en phase gazeuse, la modification chimique d'un monomère de la séquence de polymères, la réticulation de monomères dans la séquence, les recherches massives et arbitraires, le calcul du modèle isotopique, etc.

MineXpert :

 — ouvrir les fichiers de données de spectrométrie de masse
   (mzML, mzXML, asc, xy…) ;
 — calculer et afficher le chromatogramme TIC ;
 — pour les données de mobilité, calculer et afficher une représentation
   colorée de mz=f(dt) ;
 — intégrer les données d’un chromatogramme TIC ou d’une représentation
   colorée :
   — en spectre de masse,
   — en spectre de dérive,
   — revenir à un chromatogramme TIC (chromatogramme XIC),
   — inverser les opérations,
   — en valeur unique d’intensité (pour des comparaisons
     d’intensités spectrale de masse) ;
 — modéliser des pics de centres de masse en spectre de masse en utilisant
   soit le modèle gaussien soit le modèle lorentzien ;
 — exporter les données en fichiers textuels ;
 — découper un gros fichier initial en plus petites tranches pour une
   exploration des données plus facile ;
 — définir comment l’exploration des données est enregistrée sur le disque
   pour une utilisation ultérieure ;
 — convertir les fichiers mzML dans un format privé (quoique ouvert) de
   spectrographie de masse qui permet une meilleure performance (basé
   sur SQLite3).

Ce paquet dépend à la fois des paquets massXpert et mineXpert et donc installera les deux. Pour un seul paquet, le paquet correspondant, msxpertsuite-massxpert ou msxpertsuite-minexpert est à installer.

Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Openbabel
Chemical toolbox utilities (cli)
Versions of package openbabel
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.0+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch2.3.2+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.2+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.3.1+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package openbabel:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 85 users (82 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. It allows one to search, convert, analyze, or store data from molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related areas. Features include:

  • Hydrogen addition and deletion
  • Support for Molecular Mechanics
  • Support for SMARTS molecular matching syntax
  • Automatic feature perception (rings, bonds, hybridization, aromaticity)
  • Flexible atom typer and perception of multiple bonds from atomic coordinates
  • Gasteiger-Marsili partial charge calculation

File formats Open Babel supports include PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC and MPQC.

This package includes the following utilities:

  • obabel: Convert between various chemical file formats
  • obenergy: Calculate the energy for a molecule
  • obminimize: Optimize the geometry, minimize the energy for a molecule
  • obgrep: Molecular search program using SMARTS pattern
  • obgen: Generate 3D coordinates for a molecule
  • obprop: Print standard molecular properties
  • obfit: Superimpose two molecules based on a pattern
  • obrotamer: Generate conformer/rotamer coordinates
  • obconformer: Generate low-energy conformers
  • obchiral: Print molecular chirality information
  • obrotate: Rotate dihedral angle of molecules in batch mode
  • obprobe: Create electrostatic probe grid
Screenshots of package openbabel
Openfoam
Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - binaries
Versions of package openfoam
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1906.191111+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1906.191111+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.1+dfsg1-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,s390x
buster1812+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1912.200129
Popcon: 37 users (13 upd.)*
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OpenFOAM is the free, open source CFD software released and developed primarily by OpenCFD Ltd since 2004. It has a large user base across most areas of engineering and science, from both commercial and academic organisations. OpenFOAM has an extensive range of features to solve anything from complex fluid flows involving chemical reactions, turbulence and heat transfer, to acoustics, solid mechanics and electromagnetics.

Package contains binaries.

Pdb2pqr
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
Versions of package pdb2pqr
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.1.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.9.0+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 15 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

  • Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
  • Determining side-chain pKas
  • Placing missing hydrogens
  • Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
  • Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Please cite: Todd J Dolinsky, Paul Czodrowski, Hui Li, Jens E Nielsen, Jan H Jensen, Gerhard Klebe and Nathan A Baker: PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 35:W522-5 (2007)
Registry entries: OMICtools 
Psi3
suite de programme de chimie quantique
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.4.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.4.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
Popcon: 12 users (3 upd.)*
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License: DFSG free
Svn

PSI3 est un programme de méthodes ab initio de chimie quantique. Il est spécialement conçu pour calculer avec précision les propriétés de molécules petites à moyennes en utilisant des techniques hautement corrélées.

Il peut calculer les énergies et les gradients par les méthodes suivantes :

 — méthodes de Hartree-Fock pour couche complète et restreinte pour
   couche ouverte (RHF/ROHF) (incluant les matrices analytiques
   hessiennes pour RHF) ;
 — théorie de la perturbation de Møller-Plesset (MP2) ;
 — champ auto-cohérent de l'espace actif complet (CASSCF) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » (CCSD) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
   « triples » (CCSD(T)) (seulement pour les fonctions d’onde de
   référence d’Hartree-Fock non restreinte (UHF).

De plus, il peut calculer les énergies par les méthodes suivantes :

 — méthode de Hartree-Fock non restreinte (UHF) ;
 — théorie de la perturbation de Møller-Plesset pour couche ouverte et
   complète (MP2) ;
 — théorie MP2 explicitement corrélée de couche complète (MP2-R12) et
   théorie MP2 adaptée au composant spin (SCS-MP2) ;
 — interaction de configuration multi-référence (MRCI) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
   « triples » (CCSD(T)) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » avec approximation du
   premier au second ordre (CC2/CC3) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » multiréférence
   (MRCCSD) ;
 — méthodes pour couche complète et restreinte pour couche ouverte
   d’équations de mouvement de cluster couplé « singles, doubles »
   (EOM-CCSD)

Les autres fonctions incluent :

 — format d’entrée flexible, modulaire et personnalisable ;
 — calcul d’états excités avec les méthodes CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF,
   MRCI et MRCCSD ;
 — optimiseur de géométrie de coordonnées interne ;
 — calcul des fréquences harmoniques ;
 — propriétés d’un électron tels que les moments dipolaires ou
   quadrupolaires, orbites naturelles, potentiel électrostatique,
   constantes de couplage hyperfin ou densité de spin ;
 — utilisation de groupe ponctuel de symétrie moléculaire pour une
   amélioration de l’efficacité.
Screenshots of package psi3
Pyfai
Fast Azimuthal Integration scripts
Versions of package pyfai
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.13.0+dfsg-1all
sid0.19.0+dfsg1-1all
jessie0.10.2-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.3.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.17.0+dfsg1-3all
Popcon: 52 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyFAI is a Python library for azimuthal integration; it allows the conversion of diffraction images taken with 2D detectors like CCD cameras into X-Ray powder patterns that can be used by other software like Rietveld refinement tools (i.e. FullProf), phase analysis or texture analysis.

As PyFAI is a library, its main goal is to be integrated in other tools like PyMca, LiMa or EDNA. To perform online data analysis, the precise description of the experimental setup has to be known. This is the reason why PyFAI includes geometry optimization code working on "powder rings" of reference samples. Alternatively, PyFAI can also import geometries fitted with other tools like Fit2D.

PyFAI has been designed to work with any kind of detector with any geometry (transmission, reflection, off-axis, ...). It uses the Python library FabIO to read most images taken by diffractometer.

Pymol
système de graphismes moléculaires
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
sid2.3.0+dfsg-1all
squeeze1.2r2-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.3.0+dfsg-1all
wheezy1.5.0.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2.0+dfsg-4all
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
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License: DFSG free
Git

PyMOL est un programme de visualisation de molécules ciblant la biologie structurale pour des biomolécules moyennes ou grosses telles que les protéines. Il peut produire des graphismes et des animations de molécules de qualité professionnelle.

Les fonctions incluent :

 – la visualisation de molécules, de trajectoires moléculaires et de
   structures de données cristallographiques ou d’orbitales ;
 – un « constructeur » et « sculpteur » de molécules ;
 – un lanceur de rayons et un générateur de film internes ;
 – la possibilité de toutes extensions et scripts à l’aide d’une interface
   en Python.

Les formats de fichier que PyMOL peut lire incluent PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, les « cartes » CCP4, XPLOR et Gaussian cube.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package pymol
VersionURL
1.2r2-1.1+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/024/large.png
Screenshots of package pymol
Python3-pymzml
mzML mass spectrometric data parsing (Python 3.x)
Versions of package python3-pymzml
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.7.6-dfsg-4all
bullseye0.7.6-dfsg-5.2all
sid0.7.6-dfsg-5.2all
Popcon: 1 users (2 upd.)*
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License: DFSG free
Git

python-pymzml is an extension to Python that offers:

  • easy access to mass spectrometry (MS) data that allows the rapid development of tools;
  • a very fast parser for mzML data, the standard in mass spectrometry data format;
  • a set of functions to compare or handle spectra.

This package contains python-pymzml for Python 3.

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
Qutemol
visualisation interactive de macromolécules
Versions of package qutemol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.4.1~cvs20081111-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.4.1~cvs20081111-3.2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.4.1~cvs20081111-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package qutemol:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut, wxwidgets
x11application
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License: DFSG free
Git

QuteMol est un système de visualisation moléculaire interactif et de haute qualité. Il exploite les capacités des GPU actuels grâce aux shaders OpenGL pour proposer un ensemble d'effets visuels innovants. Les techniques de visualisation de QuteMole sont destinées à améliorer la clarté et la compréhension de la forme en 3D et de la structure de grandes molécules ou de protéines complexes.

QuteMol utilise des techniques évoluées d'OpenGL et pourrait ne pas fonctionner correctement avec toutes les cartes graphiques et tous les pilotes.

Les fonctionnalités proposées par QuteMol incluent :

 − occlusion ambiante en temps réel ;
 − amélioration de la silhouette prenant en compte la profondeur ;
 − modes de visualisation en boule et bâton, remplissage de l'espace et
    « liquorice » ;
 − création automatique de gifs animés de molécules en rotation pour les
    animations de pages web ;
 − rendu interactif de macromolécules (plus de 100 atomes).

QuteMol lit les fichiers PDB en entrée.

Please cite: Marco Tarini, Paolo Cignoni and Claudio Montani: Ambient Occlusion and Edge Cueing for Enhancing Real Time Molecular Visualization. (eprint) IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 12(5):1237-1244 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package qutemol
Rasmol
visualisation de macromolécules biologiques
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.7.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.7.5.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
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RasMol est un programme graphique moléculaire destiné à la visualisation de protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules. Le programme est destiné à l'affichage, l'apprentissage et la génération d'images de la qualité des publications.

Le programme lit un fichier de coordonnées de molécule et l'affiche interactivement à l'écran avec diverses couleurs et représentations. Les molécules chargées peuvent être montrées comme des structures filaires, des liaisons cylindriques (drieding), des sphères remplissant l'espace (CPK), des rubans macromoléculaires, des boules avec des liaisons, des rubans de biomoléculaires solides et en brins, des étiquettes d'atomes et des surfaces de points.

Sont actuellement pris en charge les formats Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos' Alchemy et Sybyl Mol2, les formats de fichiers Molecular Design Limited's (MDL) Mol, le format Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ et les formats de fichiers CHARMm, CIF et mmCIF.

Ce paquet installe deux versions de RasMol : rasmol-gtk possède une interface moderne en GTK et rasmol-classic est la version avec l'ancienne interface graphique Xlib.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package rasmol
Tandem-mass
mass spectrometry software for protein identification
Versions of package tandem-mass
ReleaseVersionArchitectures
buster201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch20151215-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2013.09.01-2amd64,armel,armhf,i386
sid201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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X! Tandem can match tandem mass spectra with peptide sequences, in a process that is commonly used to perform protein identification.

This software has a very simple, unsophisticated application programming interface (API): it simply takes an XML file of instructions on its command line, and outputs the results into an XML file, which has been specified in the input XML file. The output file format is described at http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

Unlike some earlier generation search engines, all of the X! Series search engines calculate statistical confidence (expectation values) for all of the individual spectrum-to-sequence assignments. They also reassemble all of the peptide assignments in a data set onto the known protein sequences and assign the statistical confidence that this assembly and alignment is non-random. The formula for which can be found here. Therefore, separate assembly and statistical analysis software, e.g. PeptideProphet and ProteinProphet, do not need to be used.

V-sim
visualisation de structures atomiques
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
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V_Sim visualise des structures atomiques telles que cristaux, joints de grain, molécules, etc. (au format binaire ou texte pur).

Le rendu est réalisé en pseudo-3D avec des sphères (atomes) ou des flèches (spins). L’utilisateur peut interagir à l’aide de plusieurs fonctions pour choisir la vue, définir les liaisons, dessiner les plans de coupe, calculer les surfaces à partir de champs scalaires, dupliquer des nœuds, mesurer la géométrie… De plus, V_Sim permet d’exporter les vues sous forme d’images PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (schéma) ou d’autres formats. D’autres outils sont aussi disponibles pour colorer les atomes à partir des valeurs de données ou réaliser une animation sur l’écran de plusieurs fichiers de position.

Screenshots of package v-sim
Viewmol
interface graphique pour les programmes de calculs de chimie
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.4.1-26amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.4.1-26amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 32 users (39 upd.)*
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Git

Viewmol peut aider graphiquement à la génération de structures moléculaires pour les calculs et à visualiser les résultats.

Actuellement, Viewmol inclut des filtres d'entrée pour les sorties Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole et Vamp de même que pour les fichiers PDB. Les structures peuvent être sauvegardées comme fichiers .car d'Accelrys, fichiers MDL et fichiers de coordonnées Turbomole. Viewmol peut générer des fichiers d'entrée pour Gaussian 9x/03. Le format de fichier viewmol a été ajouté à OpenBabel de telle manière que ce dernier puisse servir aussi bien comme filtre d'entrée que comme filtre de sortie pour les coordonnées.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol
Xbs
modèles 3D et animations de molécules
Maintainer: Matthew Vernon
Versions of package xbs
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0-8amd64,armel,armhf,i386
wheezy0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package xbs:
fieldchemistry
interface3d
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitxlib
useprinting, viewing
works-withtext
works-with-formatpostscript
x11application
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Ce programme peut créer des modèles tridimensionnels fixes et animés de molécules. Des sorties X11 et PostScript sont disponibles. Les modèles peuvent être tournés, agrandis, etc. Différentes options d'étiquetage, d'ombres, de lumières et de colorations sont disponibles.

Screenshots of package xbs
Xdrawchem
éditeur de structures chimiques et de réactions
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package xdrawchem
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye1.10.2.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.10.2.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.10.2.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.9.9-4.1amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package xdrawchem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 14 users (18 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Xdrawchem est un éditeur 2D de structures chimiques et de réactions. Il possède des fonctionnalités similaires à la suite propriétaire ChemDraw et possède une compatibilité de fichier avec ce logiciel, ainsi que d'autres formats grâce à OpenBabel.

Screenshots of package xdrawchem
Xmakemol
programme pour visualiser les systèmes atomiques et moléculaires
Versions of package xmakemol
ReleaseVersionArchitectures
sid5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.16-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.16-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package xmakemol:
fieldchemistry
hardwareinput, input:mouse
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, viewing
x11application
Popcon: 10 users (10 upd.)*
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License: DFSG free
Svn

XMakemol est un programme basé sur la souris, écrit en se servant des accessoires graphiques LessTif, pour visualiser et manipuler les systèmes atomiques ou chimiques. Il lit une entrée au format XYZ et affiche les atomes, les liaisons et les liaisons hydrogène.

Fonctions incluses :

 – animation de plusieurs fichiers de vues ;
 – mesure interactive des longueurs de liaison, angles des liaisons et
   torsions ;
 – contrôle des dimensions des atomes et des liaisons ;
 – exportation vers les formats Xpm, Encapsulated PostScript et XYZ ;
 – basculement de l’affichage de groupes d’atomes ;
 – édition des positions de sous-ensembles d’atomes.
Screenshots of package xmakemol
Xmakemol-gl
programme pour visualiser les systèmes atomiques et moléculaires – OpenGL
Versions of package xmakemol-gl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze5.16-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
buster5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.16-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xmakemol-gl:
uitoolkitmotif
Popcon: 8 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

XMakemol est un programme basé sur la souris, écrit en se servant des accessoires graphiques LessTif, pour visualiser et manipuler les systèmes atomiques ou chimiques. Il lit une entrée au format XYZ et affiche les atomes, les liaisons et les liaisons hydrogène.

Fonctions incluses :

 – animation de plusieurs fichiers de vues ;
 – mesure interactive des longueurs de liaison, angles des liaisons et
   torsions ;
 – contrôle des dimensions des atomes et des liaisons ;
 – exportation vers les formats Xpm, Encapsulated PostScript et XYZ ;
 – basculement de l’affichage de groupes d’atomes ;
 – édition des positions de sous-ensembles d’atomes.

Ce paquet active OpenGL pour XMakemol. Les images sont rendues en utilisant de vraies primitives graphiques 3D et peuvent être exportées au format Xpm. Des images stéréoscopiques rouges et bleues peuvent aussi être produites. Le paquet OpenGL fournit plus d’options d’affichage avec une meilleure prise en charge de l’affichage des vecteurs. Des ellipses peuvent être aussi rendues.

Other screenshots of package xmakemol-gl
VersionURL
https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/872/large.png
Screenshots of package xmakemol-gl

Official Debian packages with lower relevance

Gdpc-examples
fichiers d’exemples pour le programme gdpc
Versions of package gdpc-examples
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2.5-10all
wheezy2.2.5-2all
squeeze2.2.5-1all
buster2.2.5-9all
stretch2.2.5-6all
jessie2.2.5-3all
sid2.2.5-10all
Debtags of package gdpc-examples:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le programme gpdc est un programme graphique de visualisation de données issues de simulations de dynamique moléculaire. Il gère en entrée le format standard xyz ainsi que d'autres formats et en sortie les formats de fichiers graphiques JPG et PNG.

Ce paquet renferme des exemples d’utilisation du programme gdpc.

Registry entries: OMICtools 
Libschroedinger-coordgenlibs-dev
2D coordinate generation for chemical compounds - header files
Versions of package libschroedinger-coordgenlibs-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.3.2
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This package provides the Open Source release of Schroedinger's routines for the 2D coordinate representation of chemical compounds.

This package provides header files for developing against the API of that library.

Python-pymzml-doc
mzML mass spectrometric data parsing - documentation
Versions of package python-pymzml-doc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.7.6-dfsg-5.2all
sid0.7.6-dfsg-5.2all
stretch0.7.6-dfsg-4all
Popcon: users ( upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

python-pymzml is an extension to Python that offers:

  • easy access to mass spectrometry (MS) data that allows the rapid development of tools;
  • a very fast parser for mzML data, the standard in mass spectrometry data format;
  • a set of functions to compare or handle spectra.

This package contains the documentation in PDF and HTML format, along with the text sources (process with sphinx).

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
Python3-periodictable
Extensible periodic table of the elements (Python 3)
Versions of package python3-periodictable
ReleaseVersionArchitectures
sid1.5.2-1all
buster1.5.0-7all
bullseye1.5.2-1all
Popcon: 1 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides a periodic table of the elements with support for mass, density and xray/neutron scattering information.

Masses, densities and natural abundances come from the NIST Physics Laboratory, but do not represent a critical evaluation by NIST scientists.

Neutron scattering calculations use values collected by the Atomic Institute of the Austrian Universities. These values do corresponding to those from other packages, though there are some differences depending to the tables used. Bound coherent neutron scattering for gold in particular is significantly different from older value: 7.63(6) as measured in 1974 compared to 7.90(7) as measured in 1990.

X-ray scattering calculations use a combination of empirical and theoretical values from the LBL Center for X-ray Optics. These values differ from those given in other sources such as the International Tables for Crystallography, Volume C, and so may give different results from other packages.

This package installs the library for Python 3.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

Molden
processing program of molecular and electronic structure
Versions of package molden
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.2-1all
Versions and Archs
License: non-free
Git
Version: 5.2-1

MOLDEN is a package for displaying Molecular Density from the Ab Initio packages GAMESS-UK , GAMESS-US and GAUSSIAN and the Semi-Empirical packages Mopac/Ampac, it also supports a number of other programs via the MOLDEN Format. MOLDEN reads all the required information from the GAMESS / GAUSSIAN outputfile. MOLDEN is capable of displaying Molecular Orbitals, the electron density and the Molecular minus Atomic density. Either the spherically averaged atomic density or the oriented ground state atomic density can be subtracted for a number of standard basis sets. MOLDEN supports contour plots, 3-d grid plots with hidden lines and a combination of both. It can write a variety of graphics instructions; postscript, X, VRML, povray, OpenGL, tekronix4014, hpgl, hp2392 and Figure. The X version of MOLDEN is also capable of importing and displaying of chemx, PDB, and a variety of mopac/ampac files and lots of other formats. It also can animate reaction paths and molecular vibrations. It can calculate and display the true or Multipole Derived Electrostatic Potential and atomic charges can be fitted to the Electrostatic Potential calculated on a Connolly surface. MOLDEN has a powerful Z-matrix editor which give full control over the geometry and allows you to build molecules from scratch, including polypeptides. MOLDEN was also submitted to the QCPE (QCPE619), allthough the X version is considerably running behind on the current one.

Molekel
Advanced Interactive 3D-Graphics for Molecular Sciences
Versions of package molekel
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.4-1all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 5.4-1

Molekel is an open-source multi-platform molecular visualization program.

Some of the features are:

  • Different methods to speed-up rendering of molecules with support for billboards and view-dependent level of detail techniques
  • Programmable shaders; standard shaders to enhance rendering quality, outline contours and perform sketch-like renderings are provided
  • Visualization of residues (ribbon or schematic)
  • Complete control over the generation of molecular surfaces (bounding box and resolution)
  • Visualization of the following surfaces:
  • Orbitals
  • Iso-surface from density matrix
  • Iso-surface from Gaussian cube grid data
  • SAS
  • SES
  • Van der Waals
  • Animation of molecular surfaces
  • Animation of vibrational modes
  • Export high resolution images for 300+ DPI printing
  • Export to PostScript and PDF
  • Export animation
  • Plane widget to visualize a scalar field: the plane can be freely moved in 3d space and the points on the plane surface will be colored according to the value of the scalar field: a cursor can be moved on the plane surface to show the exact value of the field at a specific point in space.
Tinker
Software Tools for Molecular Design
Responsible: LI Daobing (LI Daobing)
Versions of package tinker
ReleaseVersionArchitectures
VCS4.2-5~devall
Versions and Archs
License: free
Git
Version: 4.2-5~dev

The TINKER molecular modeling software is a complete and general package for molecular mechanics and dynamics, with some special features for biopolymers. TINKER has the ability to use any of several common parameter sets, such as Amber (ff94, ff96, ff98 and ff99), CHARMM (19 and 27), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA and OPLS-AA/L), Liam Dang's polarizable potentials, and our own AMOEBA polarizable atomic multipole force field. Parameter sets for other standard force fields such as GROMOS, UFF, ENCAD and MM4 are under consideration for future releases.

The TINKER package includes a variety of novel algorithms such as a new distance geometry metrization method that has greater speed and better sampling than standard methods, Elber's reaction path methods, several of our Potential Smoothing and Search (PSS) methods for global optimization, an efficient potential surface scanning procedure, a flexible implementation of atomic multipole-based electrostatics with explicit dipole polarizability, a selection of continuum solvation treatments including several variants of the generalized Born (GB/SA) model, an efficient truncated Newton (TNCG) local optimizer, surface areas and volumes with derivatives, a simple free energy perturbation facility, normal mode analysis, minimization in Cartesian, torsional or rigid body space, velocity Verlet stochastic dynamics, an improved spherical energy cutoff method, Particle Mesh Ewald summation for partial charges and regular Ewald for polarizable multipoles, a novel reaction field treatment of long range electrostatics, and more....

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Libegad - wnpp
rational protein design library
Responsible: LI Daobing
License: LGPL
Debian package not available

The EGAD Library is a modular, object oriented approach to rational protein design. It is platform-independent, written in C++ and, most importantly, free. Its raison d'etre is to serve as a tool for building protein design applications. It can also be used as a test-bed for the comparison of different energy functions and minimization algorithms under the same physical model.

Citations of EGAD Library should reference the paper in the Journal of Computational Chemistry. doi:10.1002/jcc.20727

Libint - wnpp
Evaluate the integrals in modern atomic and molecular theory
Responsible: Daniel Leidert
License: GPL
Debian package not available

Libint library is used to evaluate the traditional (electron repulsion) and certain novel two-body matrix elements (integrals) over Cartesian Gaussian functions used in modern atomic and molecular theory. The idea of the library is to let computer write optimized code for computing such integrals. There are two primary advantages to this: much less human effort is required to write code for computing new integrals, and code can be optimized specifically for a particular computer architecture (e.g., vector processor).

Libint has been utilized to implement methods such as Hartree-Fock (HF) and Kohn-Sham density functional theory (KS DFT), second-order Moller-Plesset perturbation theory (MP2), coupled cluster singles and doubles (CCSD) method, as well as explicitly correlated R12 methods. The following software packages use Libint:

Improves mpqc (#409025) and psi3.

No known packages available

Openchrom
process chromatographic and mass spectrometric data
License: EPL
Debian package not available

OpenChrom is an open source software for chromatography based on the Eclipse Rich Client Platform (RCP). Its focus is to handle mass spectrometry systems (e.g. GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS) data files natively. OpenChrom is able to import binary and textual chromatographic data files, such as *.D chromatograms from Agilent Technologies or NetCDF. Moreover, it offers a nice graphical user interface and is available for various operating systems, e.g. Windows, Linux, Solaris and Mac OSX. A basis set of methods to detect baselines, peaks and to integrate peaks in a chromatogram are implemented. Preprocessing steps, e.g. to remove certain mass fragments (m/z) such as nitrogen (28) or water (18), are supported by applying filter on the chromatogram or mass spectrum. Extensions are welcome, as OpenChrom is open source and uses a flexible approach, which allows others to implement their own methods, algorithms, filters, detectors or integrators. Therefore, OpenChrom shall be an efficiently system to process chromatographic and mass spectrometric data using an extensible and flexible plugin approach.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203169