Debian Science Project
Summary
Nanoscale physics
Debian Science - pakker for nanoskalafysik

Denne metapakke vil installere Debian Science-pakker relateret til nanoskalafysik, som svarer til studiet af fysiske systemer typisk fra 1 til 100 nm i størrelse. Egenskaber for sådanne systemer afhænger af antallet af atomer de er lavet af, mens dette antal stadig er relativt stort for en præcis beskrivelse.

Nanoskalaen er mødepunkt for klassisk fysik og kvantefysik. Tidligere forskningsindsatser overvejede enten mindre systemer, hvor alle kunne udvikle deres egne metoder og programmer uafhængigt, eller meget større systemer, hvor det åbenlyst var umuligt at tilbyde en finkornet beskrivelse. Adressering af problemstillingerne løftet i nanoskala kræver dog samarbejds- og koordineringsindsatser i en kontekst med flere discipliner. Denne metapakke er en del af denne udforskning.

Du er måske også interesseret i Debianmærket field::physics og, afhængig af dit fokus, i metapakkerne physics (fysik) og education-physics (undervisning-fysik).

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Nanoscale physics packages

Official Debian packages with high relevance

Abinit
Pakke for elektroniske strukturberegninger
Versions of package abinit
ReleaseVersionArchitectures
sid8.10.2-1mips64el
stretch8.0.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster8.8.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid8.10.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.3.4.dfsg-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.3.4.dfsg-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie7.8.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package abinit:
fieldchemistry, physics
roleprogram
Popcon: 18 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ABINIT er en pakke, hvis vigtigste program gør det muligt at finde den samlede energi, ladningstæthed og elektronisk struktur for systemer lavet af elektroner og kerner (molekyler og periodiske faste stoffer) inden for tæthedsfunktionalteori (DFT), via pseudopotentialer og planewave-basis.

ABINIT indeholder også muligheder for at optimere geometrien ifølge DFT-kræfter og -spændinger, eller til at udføre molekylære simuleringer ved hjælp af disse kræfter, eller til at generere dynamiske matricer, Born-effektive ladninger, og dielektriske tensorer. Opløftede tilstande kan beregnes inden den tidsafhængige tæthedsfunktionalteori (for molekyler), eller inden for Many-Body-perturbationsteorien (GW-tilnærmelsen). Ud over den vigtige ABINIT-kode, tilbydes forskellige redskabsprogrammer.

Denne pakke indeholder alle de programmer, der kræves for at udføre beregninger (pseudopotentialer er dog ikke indeholdt). For et sæt af pseudopotentialer installeres pakken abinit-data.

Please cite: X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger: ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties. (eprint) Comput. Phys. Commun. 180(12):2582-2615 (2009)
Ase
Atomic Simulation Environment
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
sid3.18.1-1all
bullseye3.18.1-1all
buster3.17.0-2all
Popcon: 13 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ASE er Atomic Simulation Environment skrevet i programmeringssproget Python, med sigte på at opsætte, styre og analysere atomistiske simuleringer. ASE er en del af CAMPOS, projektet CAMP Open Source.

ASE indeholder Python-grænseflader til flere forskellige elektroniske strukturkoder, inklusive Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW og SIESTA.

Denne pakke tilbyder de kørbare skripter.

Please cite: S. R. Bahn and K. W. Jacobsen: An object-oriented scripting interface to a legacy electronic structure code. (2002)
Avogadro
Molekulært grafik- og modelsystem
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 98 users (42 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

  • Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
  • Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
  • Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
  • Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
  • Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
  • Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
  • Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
0.8.1-5https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/732/large.png
Screenshots of package avogadro
Binoculars
Overfladerøntgendiffraktion 2D-detektordatareduktion
Versions of package binoculars
ReleaseVersionArchitectures
buster0.0.4-1all
bullseye0.0.4-1all
sid0.0.4-1all
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BINoculars er et værktøj til datareduktion og analyse af store sæt af overfladediffraktionsdata, som er blevet indhentet med en todimensional røntgendetektor. Intensiteten for hvert billedpunkt på en todimensional detektor vises på en tredimensional gitter i gensidige-gitter koordinater ved hjælp af en binning-algoritme. Dette giver mulighed for hurtig erhvervelse og behandling af data med høj opløsning og resulterer i en væsentlig reduktion af dataens størrelse. Den efterfølgende analyse fortsætter derefter i et gensidigt rum. Programmet har udviklet sig fra de specifikke behov i ID03-strålen på ESRF, men det har et modulært design og kan let justeres og forlænges til arbejde med data fra andre stråler eller fra andre målingsteknikker.

Cadabra
feltteoretisk motiveret computeralgebrasystem
Versions of package cadabra
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.46-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.25-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.29-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.39-0.2amd64,armel,armhf,i386
buster1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package cadabra:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 18 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Cadabra er et computeralgebrasystem designet specifikt til løsningen af problemer i feltteori. Programmet har en omfattende funktionalitet for forenkling af tensor-polynomier inklusive flerledssymmetrier, fermioner og antikommutative variabler, Cliffordalgebraer, Fierz-transformationer, implicit koordinatafhængighed, flere indekstyper og meget mere. Inddataformatet er en delmængde af TeX.

Cbflib-bin
Redskaber til at manipulere CBF-filer
Versions of package cbflib-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.7.9.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.7.9.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.9.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.9.6
Debtags of package cbflib-bin:
roleprogram
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CBFlib er et bibliotek for ANSI-C-funktioner, der tilbyder en simpel mekanisme for adgang til Crystallographic Binary Files (CBF-filer) og Image-supporting CIF-filer (imgCIF).

Denne pakke indeholder diverse redskabsprogrammer.

Cod-tools
Værktøjer til at manipulere CIF-formatfiler
Versions of package cod-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster2.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Cod-tools er et sæt af Perlmoduler og værktøjer for kommandolinjen til at manipulere Crystallographic Information Format-filer (CIF) i version 1.1 og version 2.0.

Please cite: Saulius Gražulis, Andrius Merkys, Antanas Vaitkus and Mykolas Okulič-Kazarinas: Computing stoichiometric molecular composition from crystal structures. Journal of Applied Crystallography 48:85-91 (2015)
Cp2k
Ab initio-molekylærdynamik
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
sid6.1-2mipsel
wheezy2.2.426-8amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 18 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CP2K er et program til at udføre simuleringer af faststof-, fluid-, molekyl- samt biologiske systemer. Det er specielt rettet mod massivt parallelle og lineært skalerende elektronstrukturmetoder og simulationer med moderne ab-initio-molekylærdynamik (AIMD).

CP2K er optimeret til den blandede Gaussfunktions- og planbølgemetode (GPW) baseret på pseudopotentialer, men er også stand til at køre fuldelektron- eller rene planbølge-/Gaussfunktionsberegninger. Inkluderede funktioner:

Ab-initio elektronstrukturmetoder med QUICKSTEP-modulet:

  • Energier og kræfter fra tæthedsfunktionalteori (DFT)
  • Energier og kræfter fra Hartree-Fock (HF)
  • Energier og kræfter fra andenordens perturbationsteori med Møller-Plesset (MP2)
  • Energier med random phase approximation (RPA)
  • Periodiske eller uperiodiske (gasfase) grænsebetingelser
  • Basissæt omfatter flere standardtyper af Gaussorbitaler (GTO'er), pseudopotentialer med planbølger, »augmented« planbølger (APW) og en blandet Gaussmetode plus (»augmented«) planbølgemetode (GPW / GAPW)
  • Normkonserverende, separable Goedecker-Teter-Hutter-pseudopotentialer (GTJH) og pseudopotentialer med ikke-lineære kernekorrektioner (NLCC), eller fuldelektronberegninger
  • Lokaltæthedsapproksimationen (LDA) for XC inklusive SVWN3, SVWN5, PW92 og PADE
  • Gradientkorrigerede (GGA) XC-funktionaler inklusive BLYP, BP86, PW91, PBE og HCTH120 såvel som meta-GGA-funktionalet TPSS
  • Hybrid-XC-funktionaler med eksakt Hartree-Fockudveksling (HFX) inklusive B3LYP, PBE0 og MCY3
  • Dobbelthybridfunktionaler inklusive B2PLYP og B2GPPLYP
  • Yderligere XC-funktionaler med LibXC
  • Dispersionskorrektioner via parpotentialmodellerne DFT-D2 og DFT-D3
  • Ikke-lokale van der Waals-korrektioner for XC-funktionaler inklusive B88-vdW, PBE-vdW og B97X-D
  • DFT+U-korrektion (Hubbard)
  • Tæthedsfit for DFT via Blöchl eller tæthedsafledte atomare punktladninger (DDAPC) og HFX via »auxiliary density matrix methods« (ADMM) og for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
  • Tynde (»sparse«) matrixrepræsentationer og prescreeningteknikker for lineært skalerende udregning af Kohn-Sham-matrixelementer (KS)
  • Orbitaltransformation (OT) eller direkte inversion af det iterative underrum (DIIS) til selvkonsistent minimering (SCF)
  • Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave-metode (LRIGPW)
  • Energier med absolut lokaliseret molekylorbital-SCF (ALMO-SCF) til lineært skalerende molekylsystemer
  • Exciterede tilstande via tidsafhængig tæthedsfunktionalperturbationsteori (TDDFPT)

Ab-initio-molekylærdynamik:

  • Born-Oppenheimer-molekylærdynamik (BOMD)
  • Ehrenfest-molekylærdynamik (EMD)
  • PS-ekstrapolation af begyndelsesbølgefunktion
  • Tidsreversibel altid stabil predictor-corrector-integrator (ASPC)
  • Approksimativ Car-Parrinello-agtig Born-Oppenheimer-molekylærdynamik med Langevin (Andengenerations Car-Parrinello-molekylærdynamik)

Blandede kvante-/klassiske simulationer (QM/MM):

  • Multigrid-metoder til evaluering af Coulombvekselvirkninger mellem kvante- og klassiske dele
  • Håndtering af periodiske grænsebetingelser ved hjælp af lineært skalerende elektrostatisk kobling
  • Adaptiv QM/MM

Yderligere funktioner omfatter:

  • Enkeltpunktsenergier, geometrioptimeringer og frekvensberegninger
  • Adskillige algoritmer til nudged elastic band (NEB) til beregning af minimumenergivej (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
  • Global optimering af geometrier.
  • Solvation via Self-Consistent Continuum Solvation-modellen (SCCS)
  • Semiempiriske beregninger med parametriseringerne AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL og PM6, tight-binding med tæthedsfunktionalteori (DFTB) og tight-binding med selfkonsistent polarisering (SCP-TB) med valgfri periodicitet
  • Klassiske molekylærdynamiksimulationer (MD) i det mikrokanoniske ensemble (NVE) eller kanoniske ensemble (NVT) med Nose-Hoover og kanonisk sampling gennem termostater der omskalerer hastigheder (CSVR)
  • Metadynamik inklusive veltempereret metadynamik til fri energi-beregninger
  • Klassiske kraftfeltsimuleringer (MM)
  • Monte Carlo-simuleringer med Kohn-Sham-DFT
  • Statiske (f.eks. spektra) og dynamiske (f.eks. diffusion) egenskaber
  • ATOM-koden til at generere pseudopotentialer
  • Integreret optimering af molekylære basissæt

CP2K implementerer ikke konventionel Car-Parinello-molekylærdynamik (CPMD).

Drawxtl
Fremviser til krystalstrukturer
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 21 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater, termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for enhedscellen.

Der produceres fire former for grafik:

  • et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
  • scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger i publikationskvalitet
  • sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse via internettet
  • en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.

De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.

Screenshots of package drawxtl
Etsf-io
Binære værktøjer til at kontrollere, sammenføje og læse ETSF-filer
Versions of package etsf-io
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.3-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.3-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-4amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 11 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) er et europæisk netværk dedikeret til at tilbyde understøttelse og tjenester for igangværende forskning i akademiske laboratorier, regeringslaboratorier og industrilaboratorier.

ETSF er opdelt i 7 områder, som hver tager sig af et specifikt videnskabeligt emne:

  • Optik
  • Spektroskopi for energitab
  • Kvantetransport
  • Spektroskopi for tid-løst
  • Spektroskopi for foto-emission
  • Vibrationel spektroskopi
  • Røngenspektroskopi

For at tillade adoption af dets anbefalinger om standardisering foreslår ETSF forskellige biblioteker og værktøjer, som implementerer eller bruger disse specifikationer, samt bredt anvendelige programstumper.

ETSF_IO er et bibliotek for F90-rutiner til at læse/skrive ETSF-filformatet. Denne pakke indeholder brugerværktøjerne til at:

  • kontroller overholdelse af filspecifikationerne
  • udtræk data fra filer
  • sammenføj flere filer fra parallelle kørsler, som angivet i specifikationerne
Extrema
powerful visualization and data analysis tool
Maintainer: Christine Spang
Versions of package extrema
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.4.5.dfsg-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.4.4.dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package extrema:
fieldastronomy, physics
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing, viewing
works-withimage:raster
x11application
Popcon: 5 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Extrema is a mature and robust data analysis application, originally developed at the TRIUMF particle physics laboratory. It is designed to be of great practical use to researchers and aims to be both powerful and easy to use.

Extrema features a rich graphical user interface, as well as an intuitive command language. It provides well-documented tools for both 2D and 3D graphing, data reduction and analysis, and data input/output.

Feynmf
sæt af LaTeX-makroer for oprettelse af Feynman-diagrammer
Maintainer: Thorsten Alteholz
Versions of package feynmf
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.08-10all
buster1.08-11all
squeeze1.08-6all
sid1.08-11all
bullseye1.08-11all
wheezy1.08-8all
jessie1.08-9all
Debtags of package feynmf:
fieldphysics
made-oftex
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 333 users (332 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FeynMF er en LaTeX-pakke for hurtig tegning af Feynman-diagrammer i professionel kvalitet, illustrationer som afspejler de fundamentale interaktioner hos underatomare partikler. Diagrammerne kan oprettes med enten Metafont- eller MetaPost-programmerne. FeynMF opstiller de fleste diagrammer på tilfredsstillende måde fra grafstrukturen uden behov for manuel intervention. Men alle funktionerne i Metafont eller MetaPost er tilgængelig for de mere afvigende tilfælde.

Bemærk at du skal bruge pakken texlive-metapost for at kunne bruge den MetaPost-baserede version af FeynMF.

Fityk
Generelt anvendelig ikkelineær kurvetilpasning og dataanalyse
Versions of package fityk
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.1-0.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.9.8-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.3.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.3.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fityk:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencecalculation, modelling, plotting
scopeutility
uitoolkitncurses, wxwidgets
x11application
Popcon: 28 users (40 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Fityk er et fleksibelt og portabelt program til ikkelineær tilpasning af analytiske funktioner (særligt spidsformede) af data (som regel eksperimentelle data). Med andre ord til ikkelineær spidsadskillelse og analyse.

Det blev udviklet til at analysere diffraktionsmønstre, men kan også anvendes på andre felter, da begreber og operationer som er specifikke for krystallografi er adskilt fra resten af programmet.

Fityk tilbyder forskellige ikkelineære tilpasningsmetoder, baggrundssubtraktion, datakalibrering, nem placering af spidser og ændring af spidsparametre, automatisering af rutineopgaver med skripter, og meget mere. Den største fordel i programmet er fleksibilitet - parametre fra spidser kan vilkårligt bindes til hinanden, dvs. bredden på en spids kan være en uafhængig variabel, kan være den samme som bredden på en anden spids eller kan være givet af en kompliceret - fælles for alle spidser - formel.

Libjs-sphinxdoc er nødvendig for Javascript-tingene i dokumentationen.

Please cite: M. Wojdyr: Fityk: a general-purpose peak fitting program. (eprint) J. Appl. Cryst. 43(5):1126-1128 (2010)
Garlic
Visualiseringsprogram for biomolekyler
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 18 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic er skrevet for undersøgelse af membranproteiner. Det kan bruges til at visualisere andre proteiner, samt nogle geometriske objekter. Denne version af Garlic genkender PDB-formatet i version 2.1. Garlic kan også bruges til at analysere proteinsekvenser.

Programmet afhænger kun af X-bibliotekerne, ingen andre biblioteker er krævet.

Inkluderede funktioner:

  • »Slab«-placeringen og tykkelse er synlige i et lille vindue.
  • Atomare bindinger samt atomer opfattes som uafhængige objekter der kan tegnes.
  • Farverne for atomer og bindinger afhænger af placering. Fem oversættelsesmodeller er tilgængelige (som for slab).
  • Kan vise stereobilleder.
  • Kan vise andre geometriske objekter, såsom membran.
  • Atomar information er tilgængelig for atom som musemarkøren placeres over. Ingen klik er krævet, bare flyt musemarkøren over strukturen!
  • Kan indlæse mere end en struktur.
  • Kan tegne Ramachandranplot, helisk hjul, Venn-diagram, gennemsnitlig hydrofobicitet og hydrofobisk momentplot.
  • Kommandoprompten er tilgængelig i bunden af hovedvinduet. Den kan vise en fejlbesked og en kommandostreng.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Gdis
Fremviser til molekylær- og krystalmodeller
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 23 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Et program baseret på GTK+ til visning og manipulation af isolerede molekyler, periodiske systemer og krystalformer. Det er under udvikling, men dog stadig rimelig funktionelt. Det har følgende funktioner:

  • Understøtter adskillige filtyper (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN og GULP)
  • Et simpelt værktøj til at skabe og manipulere molekyler
  • Et vindue til at skabe startkonfigurationer for simulationer af molekylære dynamikker
  • Et udvalg af værktøj til visualisering (information om geometri, fremhævelse af region, osv.)
  • Animation af BIOSYM-filer (også animationsgengivelser, se nedenfor)

GDIS lader dig også udføre følgende funktioner gennem andre pakker:

  • Optegning af model (takket være POVRay)
  • Minimering af energi (takket være GULP)
  • Morfologi-beregninger (takket være cdd)
  • Behandling af rumgrupper (takket være SgInfo)
  • Se den periodiske tabel (takket være GPeriodic)
  • Indlæs yderligere filtyper, såsom PDB (takket være Babel)
Screenshots of package gdis
Ggobi
Datavisualiseringssystem for højdimensionelle data
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package ggobi
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.1.10-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.1.9~20091212-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.1.11-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ggobi:
fieldstatistics
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
works-with-formatxml
Popcon: 45 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

GGobi er et open source visualiseringsprogram til undersøgelse af højdimensionelle data. Programmet tilbyder meget dynamisk og interaktiv grafik såsom ture samt almindelig grafik som plotdiagrammer, bjælker og parallelle koordinater. Diagrammer er interaktive og lænket med farvevalg og identifikation.

Se http://www.ggobi.org for yderligere information.

Ghemical
Modelleringsmiljø for molekyler til GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical er en beregningsmæssig kemi-programpakke skrevet i C++. Den har en grafisk brugergrænseflade og den understøtter både kvantemekaniske (semi- empiriske) modeller og molekylær-mekaniske modeller. Geometri-optimering, molekylære dynamikker og store sæt af visualiseringsværktøjer med brug af OpenGL er på nuværende tidspunkt tilgængelige.

Ghemical afhænger af ekstern kode som tilbyder de kvantemekaniske beregninger. De semi-empiriske metoder MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3 kommer fra pakken MOPAC7 (Public Domain, dvs. offentlig ejendom), og inkluderes i pakken. Pakken MPQC anvendes for at tilbyde ab initio-metoder: metoderne som er baseret på Hartee-Fock-teori understøttes aktuelt med basissæt, der strækker sig fra STO-3G til 6-31G**.

Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Gnuplot
Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram
Versions of package gnuplot
ReleaseVersionArchitectures
sid5.2.7+dfsg1-5all
buster5.2.6+dfsg1-1+deb10u1all
squeeze4.4.0-1.1all
jessie4.6.6-2all
bullseye5.2.7+dfsg1-5all
jessie-security4.6.6-2+deb8u1all
stretch5.0.5+dfsg1-6+deb9u1all
wheezy4.6.0-8all
Debtags of package gnuplot:
fieldmathematics
interfacecommandline
roledummy, metapackage
useconverting
works-withimage, image:vector
Popcon: 189 users (51 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gnuplot er et portabelt kommandolinjedrevet, interaktivt data- og funktions-plotningsredskab, der understøtter en masse uddata-formater, heriblandt drivere til mange printere, (La)TeX, (x)fig og PostScript, og så videre. X11-uddata er blevet pakket i gnuplot-x11.

Datafiler og selvdefinerede funktioner kan manipuleres med et internt, C-lignende sprog. Du kan udføre udjævning, kurvetilpasning eller ikke-lineære fits (Flexible Image Transport System), samt arbejde med komplekse tal.

Denne pakke er til at installere en gnuplot med alle funktioner (-qt, x11 eller -nox).

Other screenshots of package gnuplot
VersionURL
4.2.4-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/227/large.png
Screenshots of package gnuplot
Gpaw
DFT og derudover i den projektor-forstærket bølgemetode
Versions of package gpaw
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye19.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid19.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 51 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

En tæthedsfunktionel teori (DFT) for Pythonkode baseret på projektor- forstærket bølgemetode (PAW) og atomare simuleringsmiljø (ASE). Den bruger real-space ensartede net- og flernetsmetoder, atom-centreret basis- funktioner eller plane-bølger.

Please cite: J. J. Mortensen, L. B. Hansen and K. W. Jacobsen: Real-space grid implementation of the projector augmented wave method. (eprint) Physical Review B 71(3) (2005)
Gperiodic
Et periodisk system-program
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.10-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 40 users (28 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GPeriodic er et lille X/GTK+-baseret program, der gør det muligt at bladre gennem det periodiske system over kemiske grundstoffer og aflæse detaljer om hvert grundstof. Indeholder 118 grundstoffer.

Other screenshots of package gperiodic
VersionURL
3.0.3-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/659/large.png
Screenshots of package gperiodic
Grace
XY-graf- og plotværktøj
Maintainer: Nicholas Breen
Versions of package grace
ReleaseVersionArchitectures
wheezy5.1.22-13amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch5.1.25-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.1.25-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.1.25-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.1.22-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid5.1.25-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.1.24-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package grace:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, learning, printing
works-withimage, image:vector, text
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 233 users (92 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Grace er et peg-og-klik-værktøj, der lader brugeren tegne X-Y-grafer. Programmet er det, som tidligere gik under navnet Xmgr.

Blandt dets funktioner kan nævnes: Brugerdefineret skala, aksemarkeringer, mærkater, symboler, linjetyper, farver, polynomisk regression, kurver, løbende gennemsnit, DFT/FFT, kryds- og autokorrelation, jobtilstand for automatisk grafgenerering og udskriftsunderstøttelse til PostScript, FrameMaker og flere billedformater.

Other screenshots of package grace
VersionURL
1:5.1.22-10https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/408/large.png
Screenshots of package grace
Graphviz
rigt sæt af graftegneværktøjer
Versions of package graphviz
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.42.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.38.0-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze-security2.26.3-5+squeeze2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.42.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy-security2.26.3-14+deb7u2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.26.3-14+deb7u2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.26.3-5+squeeze2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster2.40.1-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.38.0-17amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package graphviz:
fieldmathematics
interfacecommandline, x11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeutility
uitoolkitathena, tk
useviewing
works-withgraphs, image, image:raster, image:vector
x11application
Popcon: 2328 users (2381 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Graftegninger håndterer problemet med at visualisere strukturel information ved at konstruere geometriske repræsentationer af abstrakte grafer og netværk. Automatisk oprettelse af graftegninger har en vigtig funktion i nøgleteknologier såsom databasedesign, programudvikling, VLSI og netværksdesign og i visuelle grænseflader i andre domæner. Situationer hvor disse værktøjer kan være specielt nyttige er:

  • du ønsker at restrukturere et program og først skal du forstå relationerne mellem dets typer, procedurer og kildefiler
  • du skal finde flaskehalse i en Internetmotor - ikke kun individuelle lænker, men deres relationer
  • du fejlsøger en protokol eller mikroarkitektur repræsenteret som en endelig tilstandsmaskine og har brug for at regne ud hvordan en bestemt fejltilstand opstår
  • du ønsker at gennemse et databaseskema, videndatabase eller distribueret program repræsenteret grafisk
  • du ønsker at se et overblik over en samling af lænkede dokumenter
  • du ønsker at se mønstre og interessefællesskaber i en database over telefonopkald eller e-post-beskeder

Denne pakke indeholder værktøjerne for kommandolinjen.

Screenshots of package graphviz
Gsl-bin
GNu Scientific Library (GSL) - binær pakke
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package gsl-bin
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental2.6+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.15+dfsg.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.14+dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.6
Debtags of package gsl-bin:
devellang:c
fieldmathematics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
suitegnu
Popcon: 93 users (94 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

GNU Scientific Library (GSL) er en samling af rutiner for numerisk analyse. Rutinerne er skrevet fra bunden af i C af GSL-holdet, og præsenterer en moderne API for C-programmører, mens der er mulighed for at skrive omslag for sprog på meget højt niveau.

Denne pakke tilbyder flere eksempler på binære filer.

Adresse: http://www.gnu.org/software/gsl/

Gwyddion
Værktøj til visualisering og analyse via Skanning Probe Mikroskopi
Versions of package gwyddion
ReleaseVersionArchitectures
sid2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.47-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.38-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.28-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.20-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream2.54
Debtags of package gwyddion:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useanalysing, viewing
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 43 users (16 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Gwyddion er et modulopbygget program for skanning (Skanning Probe Mikroskopi, SPM), samt visualisering og analyse af data. Det er primært beregnet til analyse af højdefeltdata indhentet via mikroskopiteknikker som

  • Atomar Force Mikroskopi (AFM),
  • Magnetisk Force Mikroskopi (MFM),
  • Skanning Tunneling Mikroskopi (STM),
  • Nær-felt Skanning Optisk Mikroskopi (SNOM eller NSOM) og andet. Det kan dog bruges til vilkårlige højdefelter og til billedanalyse.

Denne pakke indeholder det primære program og dets moduler. Den indeholder også en GNOME (og Xfce) miniaturefremstiller som opretter forhåndsvisninger af alle kendte filtyper til Gwyddion.

Gwyddions grænseflade til Python-skripting, Pygwy er også inkluderet.

Please cite: David Nečas and Petr Klapetek: Gwyddion: an open-source software for SPM data analysis. (eprint) Central European Journal of Physics 10(1):181-188 (2012)
Registry entries: RRID  OMICtools 
Screenshots of package gwyddion
Libblas3
Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek
Versions of package libblas3
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.20110419-10amd64,armel,armhf,i386
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.20110419-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package libblas3:
roleshared-lib
Popcon: 15255 users (6006 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) er et sæt af effektive rutiner, til de fleste grundlæggende vektor- og matricehandlinger. De anvendes i udbredt grad som grundlaget for andet højkvalitets- programmel for lineær algebra, eksempelvis lapack og linpack. Denne implementering er Fortran 77 reference-implementeringen, der findes i netlib.

Denne pakke indeholder en delt version af biblioteket.

Libgsl0ldbl
GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package libgsl0ldbl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.15+dfsg.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.14+dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream2.6
Debtags of package libgsl0ldbl:
fieldmathematics
roleshared-lib
suitegnu
works-withsoftware:running
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free

GNU Scientific Library (GSL) er en samling af rutiner for numerisk analyse. Rutinerne er skrevet fra bunden af i C af GSL-holdet, og præsenterer en moderne API for C-programmører, mens der er mulighed for at skrive omslag for sprog på meget højt niveau.

GSL inkluderer datatyper og rutiner for komplekse tal, vektorer, matricer, grundlæggende lineære algebraunderrutiner (BLAS), eigensystemer, simuleret udglødning, minimering, finde rodudtryk, pseudovilkårlige tal, tilpasning til mindste firkant, hurtig Fourier-transformeringer (FFT), differentialligninger, kvadratur, Monte Carlo-integration, specielle funktioner, fysiske konstanter og meget mere.

Denne pakke tilbyder de delte biblioteker, krævet for at køre programmer kompileret med GNU GSL. For at kompilere dine egne programmer, skal du også installere libgsl0-dev.

Liblapack3
Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version
Versions of package liblapack3
ReleaseVersionArchitectures
buster3.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
sid3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.1+dfsg-1+deb70u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package liblapack3:
roleshared-lib
Popcon: 12334 users (4927 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

LAPACK version 3.X er et omfattende FORTRAN-bibliotek, som udfører lineære algebra-operationer inklusiv matrix-inversioner, løsninger af mindste kvadrater for lineære sæt af ligninger, egenvektor-analyse, singulær-værdi dekomposition etc. Det er en meget omfattende og anerkendt pakke, som har mødt omfattende brug i det videnskabelige samfund.

Denne pakke indeholder en delt version af biblioteket.

Libssm-bin
macromolecular superposition library - binaries
Versions of package libssm-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SSM is a macromolecular coordinate superposition library, written by Eugene Krissinel of the EBI.

The library implements the SSM algorithm of protein structure comparison in three dimensions, which includes an original procedure of matching graphs built on the protein's secondary-structure elements, followed by an iterative three-dimensional alignment of protein backbone Calpha atoms.

This package contains the binaries of the libraries

Please cite: E. Krissinel and K. Henrick: Secondary-structure matching (SSM), a new tool for fast protein structure alignment in three dimensions. (PubMed,eprint) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 60(1):2256-68 (2004)
Mayavi2
videnskabelig visualiseringspakke for 2-D og 3-D data
Versions of package mayavi2
ReleaseVersionArchitectures
buster4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.3.2-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.1.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.3.1-3.1amd64,armel,armhf,i386
sid4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4.7.1
Debtags of package mayavi2:
develexamples, lang:python
roleprogram
useviewing
Popcon: 51 users (33 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

MayaVi2 er et værktøj for flere platforme for 2-D og 3-D videnskabelig datavisualisering. Programmets funktioner inkluderer:

  • Visualisering for skala-, vektor- og tensordata i 2 og 3 dimensioner
  • Nem udarbejdelse af skripter med Python
  • Nem udvidelse via tilpassede kilder, moduler og datafiltre
  • Læser flere filformater: VTK (forældet og XML), PLOT3D, etc.
  • Visualiseringer kan gemmes
  • Optegnede visualiseringer kan gemmes i en række billedformater

MayaVi2 er blevet designet med tanke på skripter og udvidelser. Mens selve mayavi2-programmet kan bruges i sig selv, kan det også bruges som et Envisage-udvidelsesmodul, hvilket gør det muligt at det - som standard - kan indlejres i brugerprogrammer. Alternativt kan det bruges som en visualiseringsmotor for ethvert program.

Denne pakke tilbyder også TVTK, som omslutter VTK-objekter for at tilbyde en Pythonic API, mens den stadig understøtter Traits-attributter og NumPy/SciPy-array. TVTK implementeres hovedsagelig i ren Python med undtagelse af et lille udvidelsesmodul.

Screenshots of package mayavi2
Mpich
Implementation of the MPI Message Passing Interface standard
Versions of package mpich
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.1-5amd64,armel,armhf,i386
buster3.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.3-3armel,armhf,mipsel
sid3.3.1-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
experimental3.3.1-2amd64,i386,mips64el,s390x
stretch3.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mpich:
adminbenchmarking, monitoring
networkhiavailability, load-balancing, scanner
scopeutility
usetransmission
Popcon: 67 users (61 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the program binaries necessary to run MPICH programs.

Mpqc
Massively Parallel Quantum Chemistry Program
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 32 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPQC er et ab-inito kvantum kemiprogram. Det er specielt designet til at beregne molekyler på en meget paralleliseret måde.

Programmet kan beregne energier og gradienter for de følgende metoder:

  • Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
  • Density Functional Theory (DFT)
  • Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)

Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:

  • Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12)
  • Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
  • Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)

Programmet inkluderer også et internt optimiseringsprogram for koordinatgeometri.

MPQC er bygget oven på Scientific Computing Toolkit (SC).

Nco
Kommandolinjeoperatører til at analysere netCDF-filer
Versions of package nco
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.0.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster4.7.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.4.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid4.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.6.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package nco:
fieldmeteorology
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 40 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

NCO er et programpakke kendt som operatører. Operatørerne er uafhængige, kommandolinjeprogrammer der kan køres i en POSIX-skal. Operatører tager en eller flere netCDF-filer som inddata, udføre handlinger (f.eks. gennemsnit, hyperslabbing), og laver en netCDF-uddatafil. NCO blev oprindelig udviklet til at manipulere og analysere klimadata. Programmet virker dog på alle datasæt i netCDF-formatet.

Please cite: Charles S. Zender: Analysis of Self-describing Gridded Geoscience Data with netCDF Operators (NCO). (eprint) Environmental Modelling & Software 23(10):1338-1342 (2008)
Ncview
Visuel browser til X11 for NetCDF-formatfiler
Versions of package ncview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.93g-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.7+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.93g-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.93g-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ncview:
fieldmeteorology
interfacex11
roleprogram
uitoolkitathena
useviewing
x11application
Popcon: 73 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Du kan bruge ncview til at få et hurtigt og nemt, trykknapsudseende af dine NetCDF-filer. Du kan vise simple film over dataene, se langs med forskellige dimensioner, tage et kig på de aktuelle dataværdier, ændre farvekort, vende dataene om og andre simple visuelle handlinger.

Screenshots of package ncview
Netcdf-bin
Programmer for læsning og skrivning af NetCDF-filer
Versions of package netcdf-bin
ReleaseVersionArchitectures
experimental4.6.2.1-1~exp2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.1.1-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.1.3-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.1.3-7.2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.4.1.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4.7.1
Debtags of package netcdf-bin:
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 119 users (43 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Indeholder programmerne ncdump og ncgen, som konverterer NetCDF-filer til ASCII og tilbage igen. NetCDF (network Common Data Form) er en brugerflade for videnskabelig dataadgang og et frit distribueret programbibliotek, som tilbyder en implementering af brugerfladen. Biblioteket netCDF definerer også et maskinuafhængigt format til repræsentation af videnskabelige data. Tilsammen understøtter brugerfladen, biblioteket og formatet oprettelsen, adgangen og delingen af videnskabelige data.

Octave
GNU Octave-sprog til talberegninger
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.4.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.2-5+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.8.2-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 792 users (409 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave er et (for det meste Matlab (R)-kompatibelt) højtniveausprog, primært beregnet til numeriske beregninger. Programmet tilbyder en nem brugerflade fra kommandolinjen til løsning af lineære og ikkelineære problemer numerisk.

Octave kan udvides dynamisk med filer i C++ som leveres af brugeren.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-doc texmacs
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
Openmpi-bin
Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - binære filer
Versions of package openmpi-bin
ReleaseVersionArchitectures
buster3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6.5-9.1+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental4.0.2~rc1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.4.2-4amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
wheezy1.4.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
Debtags of package openmpi-bin:
admincluster
fieldbiology, chemistry, mathematics, physics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 1429 users (1102 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open MPI er et projekt, der kombinerer teknologier og ressourcer fra flere andre projekter (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI og PACX-MPI) for at bygge det bedste tilgængelige MPI-bibliotek. En fuldstændig ny implementering der overholder MPI-3.1. Open MPI tilbyder fordele for system- og softwareleverandører, programudviklere og computervidenskabsforskere.

Funktioner:

  • Fuld overholdelse af MPI-3.1-standarder
  • Trådsikker og samtidighed
  • Dynamisk procesdeling
  • Høj ydelse på alle platforme
  • Troværdig og fast jobhåndtering
  • Understøtter netværksheterogenitet
  • Et bibliotek understøtter alle netværk
  • Kørselstids instrumentation
  • Mange jobplanlæggere er understøttet
  • Internationaliserede fejlbeskeder
  • Komponentbaseret design, dokumenterede API'er

Denne pakke indeholder redskabsprogrammerne for Open MPI.

Openmx
Pakke for materialesimuleringer i nanoskala
Versions of package openmx
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.7.6-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.2.4.dfsg-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.7.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package openmx:
fieldchemistry, physics
Popcon: 6 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OpenMX (pakke udviklet i åben kildekode for Material eXplorer) er en programpakke for materialesimuleringer i nanoskala baseret på tæthedsfunktionelle teorier (DFT), norm-bevarende pseudopotentialer og pseudo-atomare oversatte basisfunktioner. Da koden er designet for realiseringen af ab initio-beregninger i stor skala på parallelle computere, så forventes det at OpenMX kan være et nyttigt og funktionsrigt værktøj for materialevidenskab i nanoskala indenfor en bred vifte af systemer såsom biomaterialer, kulstofnanorør, magnetiske materialer og konduktører i nanoskala.

Screenshots of package openmx
Psi3
Kvantum kemisk programpakke
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.4.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
Popcon: 16 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

PSI3 er et ab-initio quantum chemistry program. Det er specielt designet til præcist at beregne egenskaber for små til mellemstørrelse molekyler, med brug af højt korrelerede teknikker.

Programmet kan beregne energier og overgange for de følgende metoder:

  • Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (RHF/ROHF) (inklusive analytiske hessianer for RHF)
  • Closed shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
  • Complete active space SCF (CASSCF)
  • Coupled-cluster singles doubles (CCSD)
  • Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T)) (kun for ubegrænsede (UHF) reference-wavefunktioner)

Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:

  • Unrestricted open shell Hartree-Fock (UHF)
  • Closed/open shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
  • Closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12) and spin- component scaled MP2 theory (SCS-MP2)
  • Multireference configuration-interaction (MRCI)
  • Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T))
  • Second/third-order approximate coupled-cluster singles doubles (CC2/CC3)
  • Multireference coupled-cluster singles doubles (MRCCSD)
  • Closed shell and general restricted open shell equation-of-motion coupled-cluster singles doubles (EOM-CCSD)

Yderligere funktioner inkluderer:

  • Fleksibelt, modulært og tilpasningsparat inddataformat
  • Spændte tilstandsberegninger med CC2/CC3-, EOM-CCSD-, CASSCF-, MRCI- og MRCCSD-metoderne
  • Internal coordinate geometry optimizer
  • Harmonic frequencies calculations
  • One-electron properties like dipole/quadrupole moments, natural orbitals, electrostatic potential, hyperfine coupling constants or spin density
  • Udnyttelse af molekylær point-group-symmetri for at øge effektivitet
Screenshots of package psi3
Python3-lmfit
Least-Squares Minimization with Constraints - Python 3
Versions of package python3-lmfit
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.9.5+dfsg-2all
jessie0.8.0+dfsg.1-1all
sid0.9.11+dfsg-2all
buster0.9.11+dfsg-2all
bullseye0.9.11+dfsg-2all
upstream0.9.14
Popcon: 15 users (25 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Pakken lmfit tilbyder en simpel, fleksibel grænseflade til ikkelineær optimering af kurvetilpasningsproblemer. Pakken udvider optimeringsfunktionerne i scipy.optimize ved at erstatte flydende kommatalsværdier for variablerne til optimering med parameterobjekterne. Disse parametre kan være faste eller varierende, have øvre og/eller lavere grænser placeret på deres værdi, eller skrevet som et algebraisk udtryk for andre parametre.

The principal advantage of using Parameters instead of simple variables is that the objective function does not have to be rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or what relationships or constraints are placed on the Parameters. This means a scientific programmer can write a general model that encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of that model to change what is varied and fixed, what range of values is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the model. The ease with which the model can be changed also allows one to easily test the significance of certain Parameters in a fitting model.

The lmfit package allows a choice of several optimization methods available from scipy.optimize. The default, and by far best tested optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method is by far the most tested and best support method in lmfit, and much of this document assumes this algorithm is used unless explicitly stated. An important point for many scientific analysis is that this is only method that automatically estimates uncertainties and correlations between fitted variables from the covariance matrix calculated during the fit.

A few other optimization routines are also supported, including Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and several others from scipy.optimize. In their native form, some of these methods setting allow upper or lower bounds on parameter variables, or adding constraints on fitted variables. By using Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of these methods, and makes it easy to swap between methods without hanging the objective function or set of Parameters.

Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned (and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute force search of the confidence intervals and correlations for sets of parameters.

Dette er Python 3-versionen af pakken.

Python3-scipy
Videnskabelige værktøjer for Python 3
Versions of package python3-scipy
ReleaseVersionArchitectures
experimental1.3.1-1exp3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.0-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.18.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.10.1+dfsg2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.1.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.3.1
Popcon: 1406 users (691 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

SciPy er et supplement til det populære NumPy-modul (pakken python-numpy), der samler en række af videnskabelige og ingeniørmæssige moduler på højt niveau i en pakke.

SciPy er et sæt af åben kildekode videnskabelige og numeriske værktøjer for Python. Den understøtter aktuelt specielle funktioner, integration, ordinære løsere af differentialligninger (ODE), gradoptimering, genetiske algoritmer, parallelle programmeringsværktøjer, en udtryk-til-C++ kompiler for hurtig udførelse og andre.

Denne pakke tilbyder Python 3-versionen.

Python3-sympy
Computer Algebra System (CAS) i Python - Python 3
Versions of package python3-sympy
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.3-2all
buster1.3-2all
sid1.3-2all
stretch1.0-3all
upstream1.4
Popcon: 475 users (82 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

SymPy er et Pythonbibliotek for symbolsk matematik (manipulering). Det forsøger at blive et computeralgebrasystem (CAS) med alle funktioner og samtidig holde koden så simpel som muligt for at være forståelig og nem at udvide. SymPy er skrevet helt i Python og kræver ikke nogle eksterne biblioteker, undtagen valgfrit for understøttelse af plot.

Denne pakke indeholder Python 3-versionen af sympy.

Pyxplot
Dataplotningsprogram i høj produktionskvalitet
Maintainer: Stuart Prescott
Versions of package pyxplot
ReleaseVersionArchitectures
buster0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.8.3-1amd64,armel,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.8.4-5amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.9.2-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.9.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package pyxplot:
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scienceplotting, visualisation
useconverting, viewing
works-withtext
works-with-formatpdf, plaintext, postscript
Popcon: 160 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyXPlot er et plotværktøj til grafer med flere formål, et videnskabeligt skriptsprog, en programpakke for vektorgrafik og en pakke for databehandling. Dets grænseflade er designet til at gøre gængse opgaver - f.eks. plot af datagrafer med etiketter - tilgængelige via korte, simple og intuitive kommandoer.

PyXPlot laver figurer i høj produktionskvalitet. Til dette formål optegnes tekst med hele skønheden og fleksibiliteten i LaTeX-opsætningsmiljøet.

Omfattende dokumentation og eksempler kan findes i pakken pyxplot-doc. Et galleri af eksempelplotninger er tilgængelige fra projektets hjemmeside.

Quantum-espresso
Programpakke for elektronikstruktur og Ab-Initio molekylære dynamikker
Versions of package quantum-espresso
ReleaseVersionArchitectures
sid6.3-4arm64,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch6.0-3amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.4.1-1amd64,i386
jessie5.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster6.3-4amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.3-4amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package quantum-espresso:
roleprogram
Popcon: 13 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Quantum ESPRESSO (tidligere kendt som PWscf) er en integreret programpakke med computerkoder til elektronstrukturberegninger og materialemodellering på nanoskala. Den er baseret på tæthedsfunktionalteori med planbølger og pseudopotentialer (både normkonserverende, ultrasoft og PAW).

Funktionalitet:

  • Grundtilstands- og båndstrukturberegning ved hjælp af planbølger med selvkonsistent totalenergi, kræfter og mekanisk spænding
  • Separable normkonserverende samt Vanderbilt-pseudopotentialer (ultrasoft) og PAW-metoden (projector augmented wave method)
  • Diverse funktionaler for elektronkorrelation og -udveksling fra LDA til den generaliserede gradientapproksimation (PW91, PBE, B88-P86, BLYP), meta-GGA, eksakt udveksling (HF) og hybridfunktionaler (PBE0, B3LYP, HSE)
  • Car-Parrinello- og Born-Oppenheimer-molekylærdynamik
  • Strukturoptimering inklusive overgangstilstande og minimumsenergikurver
  • Spin-bane-kobling og ikke-kolineær magnetisme
  • Responsegenskaber inklusive fononfrekvenser og -egenvektorer, effektive ladninger og dielektriske tensorer, infrarøde og Raman- spredningstværsnit samt kemiske skift med EPR og NMR.
  • Spektroskopiske egenskaber såsom K- og L1-edge røntgenabsorptionsspektra (XAS) og elektronexcitationer
Please cite: P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch: QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials. J. Phys. Condens. Matter 21:395502 (2009)
Science-numericalcomputation
Debian Science Numerical Computation-pakker
Versions of package science-numericalcomputation
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.7all
sid1.11all
jessie1.4all
wheezy1.0all
buster1.10all
squeeze0.12all
bullseye1.11all
Debtags of package science-numericalcomputation:
devellang:lisp
rolemetapackage, shared-lib
Popcon: 14 users (27 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne metapakke vil installere Debian Science-pakker nyttige til numerisk beregning. Pakkerne tilbyder en tabelorienteret beregning og et visualiseringssystem til videnskabelig beregning og dataanalyse. Disse pakker svarer til kommercielle systemer såsom Matlab og IDL.

Scilab
Videnskabelig softwarepakke til numeriske beregninger
Versions of package scilab
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5.1-7all
buster6.0.1-10all
wheezy5.3.3-10all
stretch5.5.2-4all
squeeze5.2.2-9all
sid6.0.1-10all
bullseye6.0.1-10all
Debtags of package scilab:
fieldelectronics, mathematics, physics, statistics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
useanalysing, learning
works-withimage
x11application
Popcon: 236 users (75 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Scilab er en matricebaseret videnskabelig softwarepakke. Scilab indeholder hundreder af indbyggede matematiske funktioner, rige datastrukturer (inklusive polynomier, rationelle lineære systemer, lister etc...) og der medfølger et antal videnskabelige værktøjsbokse for kontrol, signalprocessering...

Denne pakke tilbyder også Xcos, et grafisk redigeringsprogram til at designe hybride dynamiske systemmodeller. Modeller kan designes, indlæses, gemmes, kompileres og simuleres. Stabil og effektiv løsning for industribehov og akademiske behov, Xcos tilbyder funktionaliteter for modellering af mekaniske systemer (bilproduktion, flyproduktion...), hydrauliske kredsløb (dæmning, datakanalmodeller...), kontrolsystemer etc. Mulighed for Modelica tilbydes også.

Installer pakken »scilab-cli« for en minimal version af scilab.

Other screenshots of package scilab
VersionURL
5.2.2-2https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/950/large.png
Screenshots of package scilab
Udav
Bibliotek for videnskabelige grafer - vinduesgrænseflade
Versions of package udav
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.5.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.7.1.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.4.2.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.2.1-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package udav:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 10 users (24 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Et frit bibliotek for flere platforme af hurtige C++-rutiner for plotning af data i op til 3 dimensioner. Programmet kan eksportere til filtyperne bitmap, vector EPS, SVG og IDTF. Der er enkle vinduesbrugerflader baseret på GLUT, FLTK og/eller Qt. MathGL kan også bruges i konsollen. Der er grænseflader til opsætning af sprog såsom C, Fortran, Pascal, Forth, Python og Octave.

Denne pakke indeholder udav-vinduesmiljøet baseret på mathgl.

V-sim
Visualiser atomare strukturer
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.7.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 22 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

V_Sim visualiserer atomare strukturer såsom krystaller, korngrænser, molekyler og så videre (enten i et binært format eller i klartekst).

Optegningen udføres i pseudo-3D med sfærer (atomer) eller pile (»spins«). Brugeren kan interagere via mange funktioner for at vælge visningen, angive bindingerne, tegne klipniveauer, beregne overflader fra skalafelter, duplikere noder, måle geometri ... Derudover gør V_Sim det muligt at eksportere visningen som billeder i PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) og andre formater. Nogle værktøjer er også tilgængelige til at farvelægge atomer fra dataværdier eller til at animere - på skærmen - mange positionsfiler.

Screenshots of package v-sim

Official Debian packages with lower relevance

Axiom
Alment computeralgebrasystem - vigtigste binære fil samt moduler
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package axiom
ReleaseVersionArchitectures
buster20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy20120501-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze20100701-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,powerpc,s390,sparc
stretch20140801-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie20140801-6amd64,armel,armhf,i386
sid20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package axiom:
develcompiler, interpreter
fieldmathematics
interfacetext-mode
roleprogram
scopeutility
Popcon: 17 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Axiom er anvendeligt til forskning og udvikling af matematiske algoritmer. Det definerer et med stærkt typede, matematisk korrekt typehierarki. Det har et programmeringssprog og en indbygget kompiler.

Axiom har været udviklet siden 1973 og blev solgt som et kommercielt produkt. Det er blevet frigivet som et frit program.

Der er indsats undervejs for udvidelse af programmet til (a) udvikle en bedre brugergrænseflade (b) gøre det anvendeligt som undervisningsværktøj (c) udvikle en algebraisk serverprotokol (d) integrere yderligere matematik (e) ombygge algebraen i en litterær programmeringsstil (f) integrere logisk programmering (g) udvikle en Axiom Journal med godkendte bidrag.

Denne pakke indeholder hovedprogrammets binære filer og alle præ- kompilerede algebra og moduler der automatisk kan indlæses.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Dx
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - hovedpakke
Versions of package dx
ReleaseVersionArchitectures
buster4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.4.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.4.4-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.4.4-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze4.4.4-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package dx:
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
x11application
Popcon: 12 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Data Explorer er et system af værktøjer og brugerflader for visualisering af data. Med et generelt udtryk kan visualiseringen af data anses for en 3- delt proces:

 1. Beskrive og importere data.
 2. Behandle dataene via et visualiseringsprogram.
 3. Præsentere det resulterende billede.
Dette er hovedpakken.
Other screenshots of package dx
VersionURL
1:4.4.4-7https://screenshots.debian.net/screenshots/000/013/510/large.png
Screenshots of package dx
Dx-doc
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - dokumentation
Versions of package dx-doc
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.4.4-4all
buster4.4.4-12all
stretch4.4.4-9all
sid4.4.4-12all
bullseye4.4.4-12all
squeeze4.4.4-3all
jessie4.4.4-7all
Debtags of package dx-doc:
made-ofhtml
roledocumentation
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Data Explorer er et system af værktøjer og brugerflader for visualisering af data. Med et generelt udtryk kan visualiseringen af data anses for en 3- delt proces:

 1. Beskrive og importere data.
 2. Behandle dataene via et visualiseringsprogram.
 3. Præsentere det resulterende billede.
Dette er dokumentationspakken. Den inkluderer hjælp fra nettet og html-

dokumentation.

Dxsamples
Prøveprogrammer for OpenDX Data Explorer
Versions of package dxsamples
ReleaseVersionArchitectures
buster4.4.0-4all
jessie4.4.0-1all
wheezy4.2.0-1all
squeeze4.2.0-1all
sid4.4.0-4all
bullseye4.4.0-4all
stretch4.4.0-3all
Debtags of package dxsamples:
develexamples
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useviewing
works-withimage
Popcon: 7 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke indeholder eksempler på skripter og netværk for OpenDX Data Explorer. De har en reference i OpenDX-kursusset, men kan også bruges uafhængigt til at gennemse og undersøge.

Feel++-apps
Et bibliotek for metoden »finite element«
Versions of package feel++-apps
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.99.0-final.1-1amd64,i386
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Denne pakke tilbyder lidt programkoder (kilde og kørbare filer) såsom laplacian med cG- og dG-metoder, stokes, heat transfer, solid- mekanismer (statisk og dynamisk).

Feel++ er et alsidigt finitte elementbibliotek til løsning af delvise differentialligninger.

Understøtter 1D, 2D og 3D.

Understøtter de følgende basiselementer: Simplex (segment, trekant, tetraeder) og produkter af simplex såsom heksaeder.

Understøtter forskellige punktsæt på disse grundlæggende elementer: ækvidistante punkter, kvadraturpunkter, interpolationspunkter (Gauss- Lobatto, Fekete, WarpBlend?).

Understøtter kontinuerte og diskontinuerte Galerkinmetoder.

Understøtter forskellige polynomiumssæt:

  • Lagrange (kontinuert, diskontinuert, alle dimensioner, alle interpolationspunktmængder)

  • Dubiner (diskontinuert), randtilpasset (kontinuert)

  • Legendre (diskontinuert), randtilpasset (kontinuert)

Indeholder matematiske begreber for abstraktioner af højere orden (funktionsrum og associerede elementer, former og operatorer).

Tilbyder et sprog indlejret i C++ til variationelle formuleringer, projektion og numerisk integration.

Gpiv
Grafisk brugerfladeprogram for Particle Image Velocimetry
Versions of package gpiv
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.6.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.6.1-2.3amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.6.1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gpiv:
uitoolkitgtk
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Gpiv er et grafisk brugerfladeprogram, der bruger GTK/GNOME-biblioteker for Particle Image Velocimetry (PIV). Programmet giver et hurtigt overblik over parameteropsætningen af processer og tillader at ændre dem nemt, køre processerne, individuelt eller i en kæde, visualisere og vise resultaterne. Processerne som kan igangsættes af Gpiv er:

Billedbehandling: typiske billedmanipulationer som kan være krævet for PIV-interrogation.

Billedinterrogation der resulterer i estimater for forskydninger af billedpartikler.

Datavalidering til at teste outliere, højdelåsningseffekter og velocitetsovergange over interrogationsområdet.

Dataefterbehandling: datamanipulering, rumlig skallering og tidsskallering for at opnå et velocitetsfelt fra PIV-data, beregning af rumlige gennemsnit, vorticity og strain.

Screenshots of package gpiv
Gpivtools
Kommandolinjeprogrammer for Particle Image Velocimetry
Versions of package gpivtools
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.6.0-3.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.6.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.6.0-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gpivtools:
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

En samling af programmer for billeder som oprettes under et Particle Image Velocimetry-eksperiment (PIV). Dette er en teknik for at opnå et hastighedsfelt for væskegennemløb kvantitativt og udføres ved at spore sporingspartikler som er blevet tilføjet til en væske. Teknikken anvendes også for observering af deformationer på overflader af (faste) kroppe. Denne pakke indeholder:

  • Et billedbehandlingsproram for typiske filtrerings- og manipuleringsrutiner som er passende for PIV.
  • Et billedundersøgelsesprogram der resulterer i estimater for forskydninger af partikler i billeder.
  • Valideringsprogrammer til at teste på omkredse, højdelåsningseffekter og hastighedsovergange.
  • Efterbehandlingsprogrammer for datamanipulering (vend, rotation etc.), rumlig skalering og tidsskalering, beregning af rumlige gennemsnit og afledte kvantiteter fra PIV-dataene, såsom vorticity og strain.
  • diverse programmer og skripter til at udføre konvertering mellem billedformater, jobkørsel, datakanalbehandling (billedevaluering, validering og efterbehandling på en gang), beregning af tidsgennemsnit fra en serie af PIV-datasæt, datavisualisering og datamanipulering.

Alle programmer starter med gpiv_.

Denne pakke indeholder alle filer brugt af gpivtools og gpivtools-mpi, såsom manualsiderne.

Hdf5-helpers
Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - hjælpeværktøjer
Versions of package hdf5-helpers
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy-security1.8.8-9+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.8.8-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.10.5+repack-1~exp8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.10.5
Popcon: 380 users (308 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

HDF5 er et filformat og bibliotek til at gemme videnskabelige data. HDF5 blev designet og implementeret til at tage højde for svaghederne ved HDF4.x. Filformatet har en meget funktionsrig og fleksibel datamodel, understøtter filer større end 2 GB og understøtter parallel I/O.

Denne pakke indeholder hjælpeværktøjer for HDF5.

Hdf5-tools
Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - Kørselstidsværktøjer
Versions of package hdf5-tools
ReleaseVersionArchitectures
sid1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.8.4-patch1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.8.8-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
wheezy-security1.8.8-9+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.10.5+repack-1~exp8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.10.5
Debtags of package hdf5-tools:
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useconverting
Popcon: 87 users (85 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

HDF5 er et filformat og bibliotek til at gemme videnskabelige data. HDF5 blev designet og implementeret til at tage højde for svaghederne ved HDF4.x. Filformatet har en meget funktionsrig og fleksibel datamodel, understøtter filer større end 2 GB og understøtter parallel I/O.

Denne pakke indeholder kørselstidsværktøjer for HDF5.

Libgraphviz-perl
Perlgrænseflade til GraphViz-grafværktøjet
Versions of package libgraphviz-perl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.10-1all
squeeze2.04-1all
jessie2.16-1all
stretch2.22-1all
buster2.22-1all
bullseye2.22-1all
sid2.22-1all
upstream2.24
Debtags of package libgraphviz-perl:
devellang:perl, library
works-withimage, image:raster, image:vector
Popcon: 170 users (81 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Dette modul tilbyder en grænseflade til layout og billedoprettelse for rettede og ikke-rettede grafer i en række formater (PostScript, PNG etc.) via programmerne »dot«, »neato«, »twopi«, »circo« og »fdt« fra GraphViz-projektet (http://www.graphviz.org/ eller http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/).

Maxima
Computeralgrebasystem - grundlæggende system
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package maxima
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.38.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.34.1-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.27.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.21.1-2squeezeamd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream5.43.0
Debtags of package maxima:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 396 users (133 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free

Maxima er et fuldt ud symbolsk computerprogram. Det er fuldt udrustet til symbolsk manipulation af polynomier, matricer, rationelle funktioner, integration, Todd-coxeter-metoder til analyse af begrænsede grupper, at danne graf, foretage beregninger med flere præcise flydepunkter. Det kan fejlsøge maxima-kode på et symbolsk kildeniveau. Maxima er baseret på det oprindelige Macsyma, som blev udviklet ved MIT i 1970'erne. Det er ganske pålideligt, indeholder en god spilopsamler og ingen hukommelseslæk. Der medfølger hundreder af selvtest.

Denne pakke indeholder de primære eksekvérbare filer og de grundlæggende systemfiler.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Mpich-doc
Dokumentation for MPICH
Versions of package mpich-doc
ReleaseVersionArchitectures
sid3.3.1-1all
jessie3.1-5all
buster3.3-3all
experimental3.3.1-2all
bullseye3.3-3all
sid3.3-3all
stretch3.2-7all
Debtags of package mpich-doc:
networkhiavailability, load-balancing, service
roledocumentation
works-withnetwork-traffic
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPICH er en højtydende og meget mobil implementering af standarden MPI-3.1 fra Argonne National Laboratory. Den understøtter effektivt forskellige beregnings- og kommunikationsplatforme inklusive klynger af forbrugerelektronik, SMP'er, massive parallelle systemer og højhastighedsnetværk. Denne udgivelse har alle MPI 3.1-funktioner kræver af standarden med undtagelse af understøttelse for »external32« flytbart I/O-format og brugerdefinerede datarepræsentationer for I/O.

Denne pakke indeholder MPICH-dokumentationen.

Netcdf-doc
Documentation for NetCDF
Versions of package netcdf-doc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.1.1-5all
bullseye4.6.2-1all
wheezy4.1.3-6all
stretch4.4.1.1-2all
jessie4.1.3-7.2all
experimental4.6.2.1-1~exp2all
sid4.6.2-1all
buster4.6.2-1all
upstream4.7.1
Debtags of package netcdf-doc:
made-ofhtml, info, postscript
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

NetCDF (network Common Data Form) is an interface for scientific data access and a freely-distributed software library that provides an implementation of the interface. The netCDF library also defines a machine-independent format for representing scientific data. Together, the interface, library, and format support the creation, access, and sharing of scientific data.

This package contains documentation for the NetCDF library in a variety of formats.

Openmpi-doc
Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - manualsider
Versions of package openmpi-doc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.1.3-11all
jessie1.6.5-9.1+deb8u1all
wheezy1.4.5-1all
sid3.1.3-11all
stretch2.0.2-2all
experimental4.0.2~rc1-1all
buster3.1.3-11all
squeeze1.4.2-4all
Debtags of package openmpi-doc:
develdoc, examples
made-ofman
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open MPI er et projekt, der kombinerer teknologier og ressourcer fra flere andre projekter (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI og PACX-MPI) for at bygge det bedste tilgængelige MPI-bibliotek. En fuldstændig ny implementering der overholder MPI-3.1. Open MPI tilbyder fordele for system- og softwareleverandører, programudviklere og computervidenskabsforskere.

Denne pakke indeholder manualsider, der beskriver Message Passing Interface-standarden.

Pymca
Programmer og værktøjssæt for røntgenfluorescensanalyse - skripter
Versions of package pymca
ReleaseVersionArchitectures
sid5.5.2+dfsg-3all
wheezy4.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.7.4+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch5.1.3+dfsg-1all
buster5.4.3+dfsg-1all
bullseye5.5.2+dfsg-3all
Popcon: 14 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMca er et sæt af programmer og Pythonbiblioteker for analyse af røntgenfluorescens spektre.

Programmerne inkluderet i denne pakke er:

  • edfviewer - vis og inspicer datafiler i ESRF-dataformatet
  • elementsinfo - viser elementspecifikke røntgendata
  • mca2edf - konverterer filer fra SPEC MCA-formatet til EDF
  • peakidentifier - Viser røntgenfluorescens toppe i et givent energiinterval
  • pymcabatch - jobtilpasning af spektra
  • pymcapostbatch - efterbehandling af jobtilpasningsresultater
  • pymca - interaktiv dataanalyse
  • pymcaroitool - billedværktøj til Region-of-interest (ROI)

PyMca-værktøjssættet kan læse datafiler i formaterne SPEC, ESRF-datafil (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA og SupaVisio.

Dette er skripterne for pakken.

Screenshots of package pymca
Python3-pygraphviz
Python interface to the Graphviz graph layout and visualization package (Python 3)
Maintainer: Sandro Tosi
Versions of package python3-pygraphviz
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4~rc1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 22 users (34 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pygraphviz is a Python interface to the Graphviz graph layout and visualization package.

With Pygraphviz you can create, edit, read, write, and draw graphs using Python to access the Graphviz graph data structure and layout algorithms.

This package contains the Python 3 version of python-pygraphviz.

Qtiplot
dataanalyse og videnskabelig plotning
Versions of package qtiplot
ReleaseVersionArchitectures
buster0.9.8.9-18amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.8.9-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.9.8.9-9amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.9.8.8-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package qtiplot:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 76 users (39 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Qtiplot er et fuldt udbygget plotteprogram, som ligner programmet fra OriginLab Origin (Se http://www.originlab.com for yderligere information om Origin).

Det kan danne to- og tre-dimensionale plotninger i trykkvalitet, både fra datasæt og funktioner. Det kan danne ikkelineære tilpasninger og tilpasninger for flere toppunkter.

En række funktioner:

  • For flere platforme: Virker som standard på Windows-, Mac OS X- og Linux/Unix-systemer
  • Skripter kan udarbejdes i Python
  • OpenGL-baseret 3D-plotning
  • Plotninger i trykkvalitet og nem eksport til forskellige billedformater (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF etc ...)
  • Nem integration med LaTeX-opsætningssystemet
  • Kraftfulde og smidige regneark med søjle-logisk beregning og nem import/eksport af flere filer
  • Et klik adgang til omfattende indbyggede rutiner for dataanalyse
  • Avanceret statistisk analyse: Students t-Test, ANOVA, chi-square test for varians, normalitetstest (Shapiro-Wilk)
  • Lineær og ikkelineær kurvetilpasning med vægte og estimat for statistiske fejl fra tilpasningsparametre
  • Tilpasning af flere toppunkter
  • Værktøjer for billedanalyse
  • Skabelon-understøttelse: Alle indstillinger for plotninger, tabeller og matricer kan gemmes og genskabes senere til brug for en hurtig redigeringsproces
  • Projektfiler baseret på mapper, en stærk projekthåndtering med udvidede, indbyggede funktioner: træk-og-slip, søgefaciliteter.
  • Fuld import af Excelarbejdsark og Open Document Format-regneark, dBase-, SQLite- og Microsoft Access-databaser
Screenshots of package qtiplot
Scidavis
Program for videnskabelig dataanalyse og visualisering
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package scidavis
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.D13-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.2.4-3.3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.2.4-1amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package scidavis:
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitqt
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 20 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

SciDAVis er et frit interaktivt program rettet mod dataanalyse og plotning i udgivelseskvalitet. Det kombinerer en lille indlæringskurve og en intuitiv grafisk brugergrænseflade med gode funktioner såsom muligheden for at lave skripter og udvide programmet.

SciDAVis er indenfor sit programområde meget lig proprietære Windowsprogrammer såsom Origin og SigmaPlot samt frie programmer såsom QtiPlot, Labplot og Gnuplot.

Det der adskiller SciDAVis fra ovenstående er dets vægt på at tilbyde et venligt og åbent miljø for nye samt erfarne brugere på samme tid.

Screenshots of package scidavis
Science-mathematics
Debians videnskabelige matematikpakker
Versions of package science-mathematics
ReleaseVersionArchitectures
buster1.10all
wheezy1.0all
jessie1.4all
sid1.11all
bullseye1.11all
squeeze0.12all
stretch1.7all
Debtags of package science-mathematics:
fieldmathematics
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 11 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne metapakke vil installere Debians videnskabelige pakker relateret til matematik. Du vil måske også være interesseret i field::mathematics debtag og, afhængig af dit fokusområde, i education-mathematics-metapakken.

Science-statistics
Debians videnskabelige statistikpakker
Versions of package science-statistics
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.4all
sid1.11all
wheezy1.0all
bullseye1.11all
buster1.10all
stretch1.7all
squeeze0.12all
Debtags of package science-statistics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 13 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne metapakke er en del af Debians Pure Blend »Debian Science« og installerer pakker relateret til statistik. Denne opgave er en generel opgave, som kan være nyttig for videnskabelig arbejde. Den afhænger af en masse R-pakker samt andre værktøjer, som er nyttige til at udføre statistik. Derudover foreslås Videnskabelig matematik-opgaven som valgfri installation af alle matematikrelaterede programmer.

Debian packages in contrib or non-free

Horae
interactive graphical processing and analysis of EXAFS data
Versions of package horae
ReleaseVersionArchitectures
squeeze071~svn533-1 (contrib)all
buster071~svn537-2.1 (contrib)all
bullseye071~svn537-2.1 (contrib)all
sid071~svn537-2.1 (contrib)all
stretch071~svn537-2.1 (contrib)all
wheezy071~svn536-1 (contrib)all
Debtags of package horae:
fieldchemistry, physics
roleprogram
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

ATHENA is an interactive graphical utility for processing EXAFS data. It handles most of the common data handling chores of interest, including deglitching, aligning, merging, background removal, and Fourier transforms.

ARTEMIS is an interactive graphical utility for fitting EXAFS data using theoretical standards from FEFF and sophisticated data modelling along with flexible data visualization and statistical analysis.

HEPHAESTUS is a souped up periodic table for the x-ray absorption spectroscopist. It provides a number of utilities involving tables of absorption coefficients and other chemical data.

Ifeffit
Interactive XAFS analysis program
Versions of package ifeffit
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
stretch1.2.11d-10.1 (contrib)amd64,i386
jessie1.2.11d-9.1 (contrib)amd64,i386
wheezy1.2.11d-8 (contrib)amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.2.11d-6 (contrib)amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
bullseye1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
Debtags of package ifeffit:
scopeapplication
uitoolkitncurses
x11application
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

IFEFFIT is an interactive program for XAFS analysis. It combines the high-quality analysis algorithms of AUTOBK and FEFFIT with graphical display of XAFS data and general data manipulation.

IFEFFIT comes as a command-line program, but the underlying functionality is available as a programming library. The IFEFFIT library can be used from C, Fortran, Tcl, Perl, and Python. This allows a variety of user interfaces (both graphical and non-graphical) to be written around IFEFFIT. Currently, three graphical user interfaces: G.I.FEFFIT, ATHENA/ARTEMIS, and SIXPACK are built on the underlying IFEFFIT library. IFEFFIT and all three GUIs are under active development, but are fairly well tested and ready for use.

Sixpack
full-featured package for XAS analysis
Maintainer: Carlo Segre
Versions of package sixpack
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.68-1 (contrib)all
squeeze0.66-3 (contrib)all
wheezy0.68-1 (contrib)all
Debtags of package sixpack:
roleprogram
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

Sam's Interface for XAS Package, or SIXPack for short, is the unification of the previously named SamXAS and SamView programs into a single analysis package. Thus the package can guide the user through data averaging and calibration, background removal, and many aspects of fitting.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

Unofficial packages built by somebody else

Octaviz
3D visualization system for Octave
License: unknown

Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that makes all VTK classes accessible from within Octave using the same object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.

Remark of Debian Science team: Removed from Debian

This package was removed from Debian but some versions are available from http://snapshot.debian.org/

Reasons are given here: http://bugs.debian.org/535537

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Exciting - wnpp
All-electron full-potential electronic-structure code
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

exciting is a full-potential all-electron Density-Functional-Theory (DFT) package based on the Linearized Augmented Plane-Wave (LAPW) method.

It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic species involved, and also allows for the investigation of the atomic-core region.

We particularly focus on excited state properties, within the framework of time-dependent DFT (TDDFT) as well as within many-body perturbation theory (MBPT).

No known packages available

Ape
Atomic pseudopotential generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

APE (Atomic Pseudopotential Engine) is a tool for generating atomic pseudopotentials within the Density-Functional Theory framework. It produces pseudopotential files suitable for use with SIESTA, OCTOPUS and ABINIT.

Atompaw
PAW atomic dataset generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The computer program atompaw generates projector and basis functions which are needed for performing electronic structure calculations based on the Projector-Augmented Wave (PAW) method. The program is applicable to materials throughout the periodic table. It produces an output file containing the projector and basis functions and the corresponding matrix elements in a form which can be read be the PWPAW and ABINIT codes. Additional data files are also produced which can be used to help evaluate the accuracy and efficiency of the generated functions.

Bigdft
Wavelet-based electronic-structure calculations
Responsible: Damien Caliste
License: GPL
Debian package not available

BigDFT is a DFT-based massively parallel electronic structure code using a wavelet basis set. Wavelets constitute a real space basis set distributed on an adaptive mesh (two levels of resolution in our implementation).

Thanks to our Poisson solver based on a Green function formalism, periodic systems, surfaces and isolated systems can be simulated with the proper boundary conditions. GTH or HGH pseudopotentials are used to remove the core electrons.

The Poisson solver is also integrated in ABINIT, OCTOPUS and CP2K.

Please cite: L. Genovese, A. Neelov, S. Goedecker, T. Deutsch, S. A. Ghasemi, A. Willand, D. Caliste, O. Zilberberg, M. Rayson, A. Bergman, R. Schneider: Daubechies wavelets as a basis set for density functional pseudopotential calculations. (2008)
Liblevmar-2-6
Levenberg-Marquardt nonlinear least squares algorithms
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The Levenberg-Marquardt (LM) algorithm is an iterative technique that finds a local minimum of a function that is expressed as the sum of squares of nonlinear functions. It has become a standard technique for nonlinear least-squares problems and can be thought of as a combination of steepest descent and the Gauss-Newton method.

This library provides native ANSI C implementations of the Levenberg-Marquardt optimization algorithm, usable also from C++, Matlab, Perl, Python, Haskell and Tcl. Both unconstrained and constrained (under linear equations, inequality and box constraints) Levenberg-Marquardt variants are included.

Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/levmar
Octopus
Real-space TDDFT-based electronic-structure code
Responsible: Miguel Marques
License: LGPL
Debian package not available

Octopus is a scientific program aimed at the ab initio virtual experimentation on a hopefully ever-increasing range of system types. Electrons are described quantum-mechanically within Density-Functional Theory (DFT), in its Time-Dependent form (TDDFT) when doing simulations in time. Nuclei are described classically as point particles. Electron-nucleus interaction is described within the pseudopotential approximation.

Please cite: A. Castro, H. Appel, M. Oliveira, C.A. Rozzi, X. Andrade, F. Lorenzen, M. A. L. Marques, E. K. U. Gross, A. Rubio: octopus: a tool for the application of time-dependent density functional theory. (2006)
Wannier90-1
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

This is an old version still used by several packages. A patched version compatible with the ETSF Software Suite is available from https://launchpad.net/wannier90.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/wannier90
Wannier90-2
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203432