Summary
Nanoscale Physics
Debian Science - pakker for nanoskalafysik
Denne metapakke vil installere Debian Science-pakker relateret til
nanoskalafysik, som svarer til studiet af fysiske systemer typisk fra 1 til
100 nm i størrelse. Egenskaber for sådanne systemer afhænger af antallet af
atomer de er lavet af, mens dette antal stadig er relativt stort for en
præcis beskrivelse.
Nanoskalaen er mødepunkt for klassisk fysik og kvantefysik. Tidligere
forskningsindsatser overvejede enten mindre systemer, hvor alle kunne
udvikle deres egne metoder og programmer uafhængigt, eller meget større
systemer, hvor det åbenlyst var umuligt at tilbyde en finkornet
beskrivelse. Adressering af problemstillingerne løftet i nanoskala kræver
dog samarbejds- og koordineringsindsatser i en kontekst med flere
discipliner. Denne metapakke er en del af denne udforskning.
Du er måske også interesseret i Debianmærket field::physics og, afhængig af
dit fokus, i metapakkerne physics (fysik) og education-physics
(undervisning-fysik).
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
|
Debian Science Nanoscale Physics packages
Official Debian packages with high relevance
abinit
Pakke for elektroniske strukturberegninger
|
Versions of package abinit |
Release | Version | Architectures |
buster | 8.8.4-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 7.8.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 8.0.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 9.2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 9.6.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 9.10.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 10.1.4 |
Debtags of package abinit: |
field | chemistry, physics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
ABINIT er en pakke, hvis vigtigste program gør det muligt at finde den
samlede energi, ladningstæthed og elektronisk struktur for systemer lavet
af elektroner og kerner (molekyler og periodiske faste stoffer) inden for
tæthedsfunktionalteori (DFT), via pseudopotentialer og planewave-basis.
ABINIT indeholder også muligheder for at optimere geometrien ifølge
DFT-kræfter og -spændinger, eller til at udføre molekylære simuleringer ved
hjælp af disse kræfter, eller til at generere dynamiske matricer,
Born-effektive ladninger, og dielektriske tensorer. Opløftede tilstande kan
beregnes inden den tidsafhængige tæthedsfunktionalteori (for molekyler),
eller inden for Many-Body-perturbationsteorien (GW-tilnærmelsen). Ud over
den vigtige ABINIT-kode, tilbydes forskellige redskabsprogrammer.
Denne pakke indeholder alle de programmer, der kræves for at udføre
beregninger (pseudopotentialer er dog ikke indeholdt). For et sæt af
pseudopotentialer installeres pakken abinit-data.
Please cite:
X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger:
ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties.
(eprint)
Comput. Phys. Commun.
180(12):2582-2615
(2009)
|
|
ase
Atomic Simulation Environment
|
Versions of package ase |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.22.1-3 | all |
trixie | 3.23.0-1 | all |
sid | 3.23.0-1 | all |
buster | 3.17.0-2 | all |
bullseye | 3.21.1-2 | all |
|
License: DFSG free
|
ASE er Atomic Simulation Environment skrevet i programmeringssproget
Python, med sigte på at opsætte, styre og analysere atomistiske
simuleringer. ASE er en del af CAMPOS, projektet CAMP Open Source.
ASE indeholder Python-grænseflader til flere forskellige elektroniske
strukturkoder, inklusive Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW og SIESTA.
Denne pakke tilbyder de kørbare skripter.
|
|
avogadro
Molekylært grafik- og modelsystem
|
Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og
biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler
eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt
molekylært byggeprogram.
Inkluderede funktioner:
- Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret
geometrioptimering
- Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og
conformersøgninger
- Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
- Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
- Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
- Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
- Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter
Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden,
samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.
|
|
binoculars
Overfladerøntgendiffraktion 2D-detektordatareduktion
|
Versions of package binoculars |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.0.19-1 | all |
sid | 0.0.19-1 | all |
bookworm | 0.0.13-1 | all |
bullseye | 0.0.6-1 | all |
buster | 0.0.4-1 | all |
bookworm-backports | 0.0.17-1~bpo12+1 | all |
|
License: DFSG free
|
BINoculars er et værktøj til datareduktion og analyse af store sæt af
overfladediffraktionsdata, som er blevet indhentet med en todimensional
røntgendetektor. Intensiteten for hvert billedpunkt på en todimensional
detektor vises på en tredimensional gitter i gensidige-gitter koordinater
ved hjælp af en binning-algoritme. Dette giver mulighed for hurtig
erhvervelse og behandling af data med høj opløsning og resulterer i en
væsentlig reduktion af dataens størrelse. Den efterfølgende analyse
fortsætter derefter i et gensidigt rum. Programmet har udviklet sig fra de
specifikke behov i ID03-strålen på ESRF, men det har et modulært design og
kan let justeres og forlænges til arbejde med data fra andre stråler eller
fra andre målingsteknikker.
|
|
cadabra
feltteoretisk motiveret computeralgebrasystem
|
Versions of package cadabra |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.46-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.39-0.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.46-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.46-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.46-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package cadabra: |
field | mathematics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Cadabra er et computeralgebrasystem designet specifikt til løsningen af
problemer i feltteori. Programmet har en omfattende funktionalitet for
forenkling af tensor-polynomier inklusive flerledssymmetrier, fermioner og
antikommutative variabler, Cliffordalgebraer, Fierz-transformationer,
implicit koordinatafhængighed, flere indekstyper og meget mere.
Inddataformatet er en delmængde af TeX.
|
|
cbflib-bin
Redskaber til at manipulere CBF-filer
|
Versions of package cbflib-bin |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.9.6+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.9.2.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.9.2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.9.5.18+dfsg1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 0.9.7+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.9.7+dfsg1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.9.7+dfsg1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package cbflib-bin: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
CBFlib er et bibliotek for ANSI-C-funktioner, der tilbyder en simpel
mekanisme for adgang til Crystallographic Binary Files (CBF-filer) og
Image-supporting CIF-filer (imgCIF).
Denne pakke indeholder diverse redskabsprogrammer.
|
|
cif-linguist
Transformerer CIF-data blandt CIF-formater og dialekter
|
Versions of package cif-linguist |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.4.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.4.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.4.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.4.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
CIF API'en tilbyder en C-grænseflade til at læse, skrive og manipulere Crystallographic Information Files (CIF'er). Den er målrettet CIF 2.0, men den tilbyder understøttelse for CIF 1.1og tidligere.
Denne pakke indeholder cif_linguist, et eksperimentelt program til at konvertere data mellem forskellige versioner af CIF-formatet.
|
|
cod-tools
Værktøjer til at manipulere CIF-formatfiler
|
Versions of package cod-tools |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.10.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.7.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.1.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.10.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Cod-tools er et sæt af Perlmoduler og værktøjer for kommandolinjen til at
manipulere Crystallographic Information Format-filer (CIF) i version 1.1 og
version 2.0.
|
|
cp2k
Ab initio-molekylærdynamik
|
Versions of package cp2k |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2023.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 8.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.5.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2023.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
buster | 6.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 2024.3 |
|
License: DFSG free
|
CP2K er et program til at udføre simuleringer af faststof-, fluid-,
molekyl- samt biologiske systemer. Det er specielt rettet mod massivt
parallelle og lineært skalerende elektronstrukturmetoder og simulationer
med moderne ab-initio-molekylærdynamik (AIMD).
CP2K er optimeret til den blandede Gaussfunktions- og planbølgemetode (GPW)
baseret på pseudopotentialer, men er også stand til at køre fuldelektron-
eller rene planbølge-/Gaussfunktionsberegninger. Inkluderede funktioner:
Ab-initio elektronstrukturmetoder med QUICKSTEP-modulet:
- Energier og kræfter fra tæthedsfunktionalteori (DFT)
- Energier og kræfter fra Hartree-Fock (HF)
- Energier og kræfter fra andenordens perturbationsteori med
Møller-Plesset (MP2)
- Energier med random phase approximation (RPA)
- Periodiske eller uperiodiske (gasfase) grænsebetingelser
- Basissæt omfatter flere standardtyper af Gaussorbitaler (GTO'er),
pseudopotentialer med planbølger, »augmented« planbølger (APW) og en
blandet Gaussmetode plus (»augmented«) planbølgemetode (GPW / GAPW)
- Normkonserverende, separable Goedecker-Teter-Hutter-pseudopotentialer
(GTJH) og pseudopotentialer med ikke-lineære kernekorrektioner (NLCC),
eller fuldelektronberegninger
- Lokaltæthedsapproksimationen (LDA) for XC inklusive SVWN3, SVWN5,
PW92 og PADE
- Gradientkorrigerede (GGA) XC-funktionaler inklusive BLYP, BP86,
PW91, PBE og HCTH120 såvel som meta-GGA-funktionalet TPSS
- Hybrid-XC-funktionaler med eksakt Hartree-Fockudveksling (HFX)
inklusive B3LYP, PBE0 og MCY3
- Dobbelthybridfunktionaler inklusive B2PLYP og B2GPPLYP
- Yderligere XC-funktionaler med LibXC
- Dispersionskorrektioner via parpotentialmodellerne DFT-D2 og DFT-D3
- Ikke-lokale van der Waals-korrektioner for XC-funktionaler inklusive
B88-vdW, PBE-vdW og B97X-D
- DFT+U-korrektion (Hubbard)
- Tæthedsfit for DFT via Blöchl eller tæthedsafledte atomare
punktladninger (DDAPC) og HFX via »auxiliary density matrix methods«
(ADMM) og for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
- Tynde (»sparse«) matrixrepræsentationer og prescreeningteknikker
for lineært skalerende udregning af Kohn-Sham-matrixelementer (KS)
- Orbitaltransformation (OT) eller direkte inversion af det iterative
underrum (DIIS) til selvkonsistent minimering (SCF)
- Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave-metode (LRIGPW)
- Energier med absolut lokaliseret molekylorbital-SCF (ALMO-SCF) til
lineært skalerende molekylsystemer
- Exciterede tilstande via tidsafhængig
tæthedsfunktionalperturbationsteori (TDDFPT)
Ab-initio-molekylærdynamik:
- Born-Oppenheimer-molekylærdynamik (BOMD)
- Ehrenfest-molekylærdynamik (EMD)
- PS-ekstrapolation af begyndelsesbølgefunktion
- Tidsreversibel altid stabil predictor-corrector-integrator (ASPC)
- Approksimativ Car-Parrinello-agtig Born-Oppenheimer-molekylærdynamik
med Langevin (Andengenerations Car-Parrinello-molekylærdynamik (SGCP))
Blandede kvante-/klassiske simulationer (QM/MM):
- Multigrid-metoder til evaluering af Coulombvekselvirkninger mellem
kvante- og klassiske dele
- Håndtering af periodiske grænsebetingelser ved hjælp af lineært
skalerende elektrostatisk kobling
- Adaptiv QM/MM
Yderligere funktioner omfatter:
- Enkeltpunktsenergier, geometrioptimeringer og frekvensberegninger
- Adskillige algoritmer til nudged elastic band (NEB) til beregning af
minimumenergivej (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
- Global optimering af geometrier.
- Solvation via Self-Consistent Continuum Solvation-modellen (SCCS)
- Semiempiriske beregninger med parametriseringerne AM1, RM1, PM3, MNDO,
MNDO-d, PNNL og PM6, tight-binding med tæthedsfunktionalteori (DFTB)
og tight-binding med selfkonsistent polarisering (SCP-TB) med valgfri
periodicitet
- Klassiske molekylærdynamiksimulationer (MD) i det mikrokanoniske
ensemble (NVE) eller kanoniske ensemble (NVT) med Nose-Hoover og
kanonisk sampling gennem termostater der omskalerer hastigheder (CSVR)
- Metadynamik inklusive veltempereret metadynamik til fri
energi-beregninger
- Klassiske kraftfeltsimuleringer (MM)
- Monte Carlo-simuleringer med Kohn-Sham-DFT
- Statiske (f.eks. spektra) og dynamiske (f.eks. diffusion) egenskaber
- ATOM-koden til at generere pseudopotentialer
- Integreret optimering af molekylære basissæt
CP2K implementerer ikke konventionel Car-Parinello-molekylærdynamik (CPMD).
|
|
drawxtl
Fremviser til krystalstrukturer
|
Versions of package drawxtl |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 5.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package drawxtl: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der
inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater,
termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt
som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller
ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for
enhedscellen.
Der produceres fire former for grafik:
- et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
- scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger
i publikationskvalitet
- sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse
via internettet
- en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift
i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.
De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr),
GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.
|
|
etsf-io
Binære værktøjer til at kontrollere, sammenføje og læse ETSF-filer
|
Versions of package etsf-io |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.4-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.4-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.3-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) er et europæisk netværk
dedikeret til at tilbyde understøttelse og tjenester for igangværende
forskning i akademiske laboratorier, regeringslaboratorier og
industrilaboratorier.
ETSF er opdelt i 7 områder, som hver tager sig af et specifikt
videnskabeligt emne:
- Optik
- Spektroskopi for energitab
- Kvantetransport
- Spektroskopi for tid-løst
- Spektroskopi for foto-emission
- Vibrationel spektroskopi
- Røngenspektroskopi
For at tillade adoption af dets anbefalinger om standardisering foreslår
ETSF forskellige biblioteker og værktøjer, som implementerer eller bruger
disse specifikationer, samt bredt anvendelige programstumper.
ETSF_IO er et bibliotek for F90-rutiner til at læse/skrive ETSF-filformatet.
Denne pakke indeholder brugerværktøjerne til at:
- kontroller overholdelse af filspecifikationerne
- udtræk data fra filer
- sammenføj flere filer fra parallelle kørsler, som angivet i
specifikationerne
|
|
feynmf
sæt af LaTeX-makroer for oprettelse af Feynman-diagrammer
|
Versions of package feynmf |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.08-9 | all |
bookworm | 1.08-14 | all |
trixie | 1.08-14 | all |
stretch | 1.08-10 | all |
sid | 1.08-14 | all |
bullseye | 1.08-12 | all |
buster | 1.08-11 | all |
Debtags of package feynmf: |
field | physics |
made-of | tex |
works-with | text |
works-with-format | tex |
|
License: DFSG free
|
FeynMF er en LaTeX-pakke for hurtig tegning af Feynman-diagrammer i
professionel kvalitet, illustrationer som afspejler de fundamentale
interaktioner hos underatomare partikler. Diagrammerne kan oprettes med
enten Metafont- eller MetaPost-programmerne. FeynMF opstiller de fleste
diagrammer på tilfredsstillende måde fra grafstrukturen uden behov for
manuel intervention. Men alle funktionerne i Metafont eller MetaPost er
tilgængelig for de mere afvigende tilfælde.
Bemærk at du skal bruge pakken texlive-metapost for at kunne bruge den
MetaPost-baserede version af FeynMF.
|
|
finalcif
Redigeringsprogram for krystallografisk informationsformat
|
Versions of package finalcif |
Release | Version | Architectures |
trixie | 137+dfsg-2 | all |
sid | 137+dfsg-2 | all |
bookworm | 113+dfsg-2 | all |
upstream | 143 |
|
License: DFSG free
|
Finalcif er et CIF-filredigeringsprogram med alle funktioner til at redigere og validere CIF-filer. Det samler al information fra en arbejdsmappe krævet for at færdiggøre en CIF-fil til udgivelse. Man kan også importere en gyldig CIF-fil for at fuldføre informationen. I ideelle tilfælde, kræver det et klik for at have en udgivelsesklar fil.
Grundlæggende skal man have den tilsvarende CIF-fil for FinalCif i dens oprindelige »arbejdsmappe«, der indeholder alle andre filer såsom SAINT-listefiler, SADABS-listefiler, SHELX-listefiler etc. der fører til denne CIF-fil
Kontrol af den endelige CIF-fil med IUCr CheckCIF-serveren er et et klik-problem i FinalCif. Man henter en internet- og PDF-rapport eller bare en lokal PLATON CIF-kontrol for computere uden internet.
FinalCif opretter smukke CIF-rapporter på sekunder for udgivelse som MS Word-filer (også kompatible med Openoffice etc.). Rapporten indeholder tabeller for strukturegenskaber såsom R-værdier eller atom-parametre og en
rapporttekst om eksperimentbetingelser.
Knappen »save cif file« gemmer den nuværende fil under 'name'-finalcif.cif.
FinalCif vil aldrig lave ændringer i den oprindelige CIF-fil.
|
|
fityk
Generelt anvendelig ikkelineær kurvetilpasning og dataanalyse
|
Versions of package fityk |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.3.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.3.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.3.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.1-0.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.3.1-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package fityk: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | calculation, modelling, plotting |
scope | utility |
uitoolkit | ncurses, wxwidgets |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Fityk er et fleksibelt og portabelt program til ikkelineær tilpasning af
analytiske funktioner (særligt spidsformede) af data (som regel
eksperimentelle data). Med andre ord til ikkelineær spidsadskillelse og
analyse.
Det blev udviklet til at analysere diffraktionsmønstre, men kan også
anvendes på andre felter, da begreber og operationer som er specifikke for
krystallografi er adskilt fra resten af programmet.
Fityk tilbyder forskellige ikkelineære tilpasningsmetoder,
baggrundssubtraktion, datakalibrering, nem placering af spidser og ændring
af spidsparametre, automatisering af rutineopgaver med skripter, og meget
mere. Den største fordel i programmet er fleksibilitet - parametre fra
spidser kan vilkårligt bindes til hinanden, dvs. bredden på en spids kan
være en uafhængig variabel, kan være den samme som bredden på en anden
spids eller kan være givet af en kompliceret - fælles for alle spidser -
formel.
Libjs-sphinxdoc er nødvendig for Javascript-tingene i dokumentationen.
|
|
garlic
Visualiseringsprogram for biomolekyler
|
Versions of package garlic |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.6-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package garlic: |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | xlib |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Garlic er skrevet for undersøgelse af membranproteiner. Det kan bruges til
at visualisere andre proteiner, samt nogle geometriske objekter. Denne
version af Garlic genkender PDB-formatet i version 2.1. Garlic kan også
bruges til at analysere proteinsekvenser.
Programmet afhænger kun af X-bibliotekerne, ingen andre biblioteker er krævet.
Inkluderede funktioner:
- »Slab«-placeringen og tykkelse er synlige i et lille vindue.
- Atomare bindinger samt atomer opfattes som uafhængige objekter der kan
tegnes.
- Farverne for atomer og bindinger afhænger af placering. Fem
oversættelsesmodeller er tilgængelige (som for slab).
- Kan vise stereobilleder.
- Kan vise andre geometriske objekter, såsom membran.
- Atomar information er tilgængelig for atom som musemarkøren placeres
over. Ingen klik er krævet, bare flyt musemarkøren over strukturen!
- Kan indlæse mere end en struktur.
- Kan tegne Ramachandranplot, helisk hjul, Venn-diagram, gennemsnitlig
hydrofobicitet og hydrofobisk momentplot.
- Kommandoprompten er tilgængelig i bunden af hovedvinduet. Den kan
vise en fejlbesked og en kommandostreng.
Please cite:
Damir Zucic and Davor Juretic:
Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program
(eprint)
Croatica Chemica Acta
77(1-2):397-401
(2004)
|
|
gdis
Fremviser til molekylær- og krystalmodeller
|
Versions of package gdis |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.90-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.90-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.90-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gdis: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Et program baseret på GTK+ til visning og manipulation af isolerede
molekyler, periodiske systemer og krystalformer. Det er under udvikling,
men dog stadig rimelig funktionelt. Det har følgende funktioner:
- Understøtter adskillige filtyper (CIF, BIOSYM, XYZ,
XTL, MARVIN og GULP)
- Et simpelt værktøj til at skabe og manipulere molekyler
- Et vindue til at skabe startkonfigurationer for simulationer af
molekylære dynamikker
- Et udvalg af værktøj til visualisering (information om geometri,
fremhævelse af region, osv.)
- Animation af BIOSYM-filer (også animationsgengivelser, se nedenfor)
GDIS lader dig også udføre følgende funktioner gennem andre pakker:
- Optegning af model (takket være POVRay)
- Minimering af energi (takket være GULP)
- Morfologi-beregninger (takket være cdd)
- Behandling af rumgrupper (takket være SgInfo)
- Se den periodiske tabel (takket være GPeriodic)
- Indlæs yderligere filtyper, såsom PDB (takket være Babel)
|
|
ggobi
Datavisualiseringssystem for højdimensionelle data
|
Versions of package ggobi |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.1.11-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.1.12-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.1.12-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ggobi: |
field | statistics |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
works-with-format | xml |
|
License: DFSG free
|
GGobi er et open source visualiseringsprogram til undersøgelse af
højdimensionelle data. Programmet tilbyder meget dynamisk og interaktiv
grafik såsom ture samt almindelig grafik som plotdiagrammer, bjælker og
parallelle koordinater. Diagrammer er interaktive og lænket med farvevalg
og identifikation.
Se http://www.ggobi.org for yderligere information.
|
|
ghemical
Modelleringsmiljø for molekyler til GNOME
|
Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Ghemical er en beregningsmæssig kemi-programpakke skrevet i C++. Den har en
grafisk brugergrænseflade og den understøtter både kvantemekaniske (semi-
empiriske) modeller og molekylær-mekaniske modeller. Geometri-optimering,
molekylære dynamikker og store sæt af visualiseringsværktøjer med brug af
OpenGL er på nuværende tidspunkt tilgængelige.
Ghemical afhænger af ekstern kode som tilbyder de kvantemekaniske
beregninger. De semi-empiriske metoder MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3 kommer fra
pakken MOPAC7 (Public Domain, dvs. offentlig ejendom), og inkluderes i
pakken. Pakken MPQC anvendes for at tilbyde ab initio-metoder: metoderne
som er baseret på Hartee-Fock-teori understøttes aktuelt med basissæt, der
strækker sig fra STO-3G til 6-31G**.
|
|
gnuplot
Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram
|
Versions of package gnuplot |
Release | Version | Architectures |
jessie | 4.6.6-2 | all |
jessie-security | 4.6.6-2+deb8u1 | all |
stretch | 5.0.5+dfsg1-6+deb9u1 | all |
buster | 5.2.6+dfsg1-1+deb10u1 | all |
trixie | 6.0.0+dfsg1-3 | all |
bullseye | 5.4.1+dfsg1-1+deb11u1 | all |
sid | 6.0.0+dfsg1-3 | all |
bookworm | 5.4.4+dfsg1-2 | all |
upstream | 6.0.rc3 |
Debtags of package gnuplot: |
field | mathematics |
interface | commandline |
role | dummy, metapackage |
use | converting |
works-with | image, image:vector |
|
License: DFSG free
|
Gnuplot er et portabelt kommandolinjedrevet, interaktivt data- og
funktions-plotningsredskab, der understøtter en masse uddata-formater,
heriblandt drivere til mange printere, (La)TeX, (x)fig og PostScript, og så
videre. X11-uddata er blevet pakket i gnuplot-x11.
Datafiler og selvdefinerede funktioner kan manipuleres med et internt,
C-lignende sprog. Du kan udføre udjævning, kurvetilpasning eller
ikke-lineære fits (Flexible Image Transport System), samt arbejde med
komplekse tal.
Denne pakke er til at installere en gnuplot med alle funktioner (-qt, x11
eller -nox).
|
|
gpaw
DFT og derudover i den projektor-forstærket bølgemetode
|
Versions of package gpaw |
Release | Version | Architectures |
sid | 24.6.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 24.6.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 21.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 22.8.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
En tæthedsfunktionel teori (DFT) for Pythonkode baseret på projektor-
forstærket bølgemetode (PAW) og atomare simuleringsmiljø (ASE). Den bruger
real-space ensartede net- og flernetsmetoder, atom-centreret basis-
funktioner eller plane-bølger.
|
|
gperiodic
Et periodisk system-program
|
Versions of package gperiodic |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.0.10-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0.10-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.0.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gperiodic: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GPeriodic er et lille X/GTK+-baseret program, der gør det muligt at
bladre gennem det periodiske system over kemiske grundstoffer og aflæse
detaljer om hvert grundstof. Indeholder 118 grundstoffer.
|
|
grace
|
Versions of package grace |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.1.25-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.1.25-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.1.25-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.1.25-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.1.25-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.1.24-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 5.1.25-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package grace: |
field | mathematics |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | motif |
use | editing, learning, printing |
works-with | image, image:vector, text |
works-with-format | postscript |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Grace er et peg-og-klik-værktøj, der lader brugeren tegne X-Y-grafer.
Programmet er det, som tidligere gik under navnet Xmgr.
Blandt dets funktioner kan nævnes: Brugerdefineret skala, aksemarkeringer,
mærkater, symboler, linjetyper, farver, polynomisk regression, kurver,
løbende gennemsnit, DFT/FFT, kryds- og autokorrelation, jobtilstand for
automatisk grafgenerering og udskriftsunderstøttelse til PostScript,
FrameMaker og flere billedformater.
|
|
graphviz
Rigt sæt af graftegneværktøjer
|
Versions of package graphviz |
Release | Version | Architectures |
experimental | 12.1.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch-security | 2.38.0-17+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386 |
jessie | 2.38.0-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.38.0-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.42.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.42.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.42.2-7+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.42.2-5+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-security | 2.40.1-6+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster | 2.40.1-6+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 12.1.2 |
Debtags of package graphviz: |
field | mathematics |
interface | commandline, x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | utility |
uitoolkit | athena, tk |
use | viewing |
works-with | graphs, image, image:raster, image:vector |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Graftegninger håndterer problemet med at visualisere strukturel information
ved at konstruere geometriske repræsentationer af abstrakte grafer og
netværk. Automatisk oprettelse af graftegninger har en vigtig funktion i
nøgleteknologier såsom databasedesign, programudvikling, VLSI og
netværksdesign og i visuelle grænseflader i andre domæner. Situationer hvor
disse værktøjer kan være specielt nyttige er:
- du ønsker at restrukturere et program og først skal du forstå
relationerne mellem dets typer, procedurer og kildefiler
- du skal finde flaskehalse i en Internetmotor - ikke kun individuelle
lænker, men deres relationer
- du fejlsøger en protokol eller mikroarkitektur repræsenteret som
en endelig tilstandsmaskine og har brug for at regne ud hvordan en
bestemt fejltilstand opstår
- du ønsker at gennemse et databaseskema, videndatabase eller
distribueret program repræsenteret grafisk
- du ønsker at se et overblik over en samling af lænkede dokumenter
- du ønsker at se mønstre og interessefællesskaber i en database
over telefonopkald eller e-post-beskeder
Denne pakke indeholder værktøjerne for kommandolinjen.
|
|
gsl-bin
GNu Scientific Library (GSL) - binær pakke
|
Versions of package gsl-bin |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.8+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.8+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.7.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.6+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.16+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster-security | 2.5+dfsg-6+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster | 2.5+dfsg-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gsl-bin: |
devel | lang:c |
field | mathematics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
GNU Scientific Library (GSL) er en samling af rutiner for numerisk analyse.
Rutinerne er skrevet fra bunden af i C af GSL-holdet, og præsenterer en
moderne API for C-programmører, mens der er mulighed for at skrive omslag
for sprog på meget højt niveau.
Denne pakke tilbyder flere eksempler på binære filer.
Adresse: http://www.gnu.org/software/gsl/
|
|
gwyddion
Værktøj til visualisering og analyse via Skanning Probe Mikroskopi
|
Versions of package gwyddion |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.62-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.66-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.66-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.47-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.38-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.52-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.57-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gwyddion: |
field | physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | analysing, viewing |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Gwyddion er et modulopbygget program for skanning (Skanning Probe
Mikroskopi, SPM), samt visualisering og analyse af data. Det er primært
beregnet til analyse af højdefeltdata indhentet via mikroskopiteknikker som
- Atomar Force Mikroskopi (AFM),
- Magnetisk Force Mikroskopi (MFM),
- Skanning Tunneling Mikroskopi (STM),
- Nær-felt Skanning Optisk Mikroskopi (SNOM eller NSOM)
og andet. Det kan dog bruges til vilkårlige højdefelter og til billedanalyse.
Denne pakke indeholder det primære program og dets moduler. Den indeholder
også en GNOME (og Xfce) miniaturefremstiller som opretter forhåndsvisninger
af alle kendte filtyper til Gwyddion.
|
|
libblas3
Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek
|
Versions of package libblas3 |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.7.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.8.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.11.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.20110419-10 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.9.0-3+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package libblas3: |
role | shared-lib |
|
License: DFSG free
|
BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) er et sæt af effektive
rutiner, til de fleste grundlæggende vektor- og matricehandlinger.
De anvendes i udbredt grad som grundlaget for andet højkvalitets-
programmel for lineær algebra, eksempelvis lapack og linpack. Denne
implementering er Fortran 77 reference-implementeringen, der findes
i netlib.
Denne pakke indeholder en delt version af biblioteket.
Please cite:
E. Anderson, Z. Bai, C. Bischof, S. Blackford, J. Demmel, J. Dongarra, J. Du Croz, A. Greenbaum, S. Hammarling, A. McKenney and D. Sorensen:
LAPACK Users' Guide
(1999)
|
|
libgsl0ldbl
??? missing short description for package libgsl0ldbl :-(
|
Versions of package libgsl0ldbl |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.16+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package libgsl0ldbl: |
field | mathematics |
role | shared-lib |
suite | gnu |
works-with | software:running |
|
License: DFSG free
|
|
|
liblapack3
Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version
|
Versions of package liblapack3 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.7.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.5.0-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.9.0-3+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.11.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.8.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package liblapack3: |
role | shared-lib |
|
License: DFSG free
|
LAPACK version 3.X er et omfattende FORTRAN-bibliotek, som udfører lineære
algebra-operationer inklusiv matrix-inversioner, løsninger af mindste
kvadrater for lineære sæt af ligninger, egenvektor-analyse, singulær-værdi
dekomposition etc. Det er en meget omfattende og anerkendt pakke, som har
mødt omfattende brug i det videnskabelige samfund.
Denne pakke indeholder en delt version af biblioteket.
Please cite:
E. Anderson, Z. Bai, C. Bischof, S. Blackford, J. Demmel, J. Dongarra, J. Du Croz, A. Greenbaum, S. Hammarling, A. McKenney and D. Sorensen:
LAPACK Users' Guide
(1999)
|
|
libssm-bin
Makromolekylær superposition-bibliotek - binære filer
|
Versions of package libssm-bin |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.4.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
SSM er et makromolekylært koordinat superposition-bibliotek, skrevet af Eugene Krissinel fra EBI.
Biblioteket implementerer SSM-algoritmen for proteinstruktursammenligning i tre dimensioner, der indeholder en original procedure af matchende grafer bygget oven på proteinets sekundær-struktur elementer, fulgt af en iterativ tredimensionel sammenligning af protein backbone Calpha-atomer.
Denne pakke indeholder de binære filer for bibliotekerne.
|
|
mayavi2
videnskabelig visualiseringspakke for 2-D og 3-D data
|
Versions of package mayavi2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.5.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 4.3.1-3.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 4.7.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 4.8.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.8.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.8.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mayavi2: |
devel | examples, lang:python |
role | program |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
MayaVi2 er et værktøj for flere platforme for 2-D og 3-D videnskabelig
datavisualisering. Programmets funktioner inkluderer:
- Visualisering for skala-, vektor- og tensordata i 2 og 3 dimensioner
- Nem udarbejdelse af skripter med Python
- Nem udvidelse via tilpassede kilder, moduler og datafiltre
- Læser flere filformater: VTK (forældet og XML), PLOT3D, etc.
- Visualiseringer kan gemmes
- Optegnede visualiseringer kan gemmes i en række billedformater
MayaVi2 er blevet designet med tanke på skripter og udvidelser. Mens selve
mayavi2-programmet kan bruges i sig selv, kan det også bruges som et
Envisage-udvidelsesmodul, hvilket gør det muligt at det - som standard -
kan indlejres i brugerprogrammer. Alternativt kan det bruges som en
visualiseringsmotor for ethvert program.
Denne pakke tilbyder også TVTK, som omslutter VTK-objekter for at tilbyde
en Pythonic API, mens den stadig understøtter Traits-attributter og
NumPy/SciPy-array. TVTK implementeres hovedsagelig i ren Python med
undtagelse af et lille udvidelsesmodul.
|
|
mpich
??? missing short description for package mpich :-(
|
Versions of package mpich |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 4.2.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.0.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.4.1-5~deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.2-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.1-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 4.2.3 |
Debtags of package mpich: |
admin | benchmarking, monitoring |
network | hiavailability, load-balancing, scanner |
scope | utility |
use | transmission |
|
License: DFSG free
|
|
|
mpqc
Massively Parallel Quantum Chemistry Program
|
Versions of package mpqc |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.3.1-18+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.1-16 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.1-19 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.3.1-21 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package mpqc: |
field | chemistry, physics |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
MPQC er et ab-inito kvantum kemiprogram. Det er specielt designet til at
beregne molekyler på en meget paralleliseret måde.
Programmet kan beregne energier og gradienter for de følgende metoder:
- Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
- Density Functional Theory (DFT)
- Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)
Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:
- Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory
(MP2-R12)
- Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
- Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)
Programmet inkluderer også et internt optimiseringsprogram for
koordinatgeometri.
MPQC er bygget oven på Scientific Computing Toolkit (SC).
Please cite:
The Massively Parallel Quantum Chemistry Program (MPQC), Version 2.3.1, Curtis L. Janssen, Ida B. Nielsen, Matt L. Leininger, Edward F. Valeev, Joseph P. Kenny, Edward T. Seidl, Sandia National Laboratories, Livermore, CA.
(2008)
|
|
nco
Kommandolinjeoperatører til at analysere netCDF-filer
|
Versions of package nco |
Release | Version | Architectures |
stretch-backports | 4.7.9-1~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 5.2.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.4.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.6.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.2.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.1.4-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.9.7-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.7.9-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package nco: |
field | meteorology |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
NCO er et programpakke kendt som operatører. Operatørerne er uafhængige,
kommandolinjeprogrammer der kan køres i en POSIX-skal. Operatører tager en
eller flere netCDF-filer som inddata, udføre handlinger (f.eks. gennemsnit,
hyperslabbing), og laver en netCDF-uddatafil. NCO blev oprindelig udviklet
til at manipulere og analysere klimadata. Programmet virker dog på alle
datasæt i netCDF-formatet.
|
|
ncview
Visuel browser til X11 for NetCDF-formatfiler
|
Versions of package ncview |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.93g-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.1.10+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.1.10+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.1.8+ds-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.8+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.8+ds-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.1.7+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ncview: |
field | meteorology |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | athena |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Du kan bruge ncview til at få et hurtigt og nemt, trykknapsudseende af
dine NetCDF-filer. Du kan vise simple film over dataene, se langs med
forskellige dimensioner, tage et kig på de aktuelle dataværdier, ændre
farvekort, vende dataene om og andre simple visuelle handlinger.
|
|
netcdf-bin
Programmer for læsning og skrivning af NetCDF-filer
|
Versions of package netcdf-bin |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.7.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 4.9.3~rc1-1~exp1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.1.3-7.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.9.2-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 4.6.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.4.1.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.9.2-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.9.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.9.3~rc1 |
Debtags of package netcdf-bin: |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Indeholder programmerne ncdump og ncgen, som konverterer NetCDF-filer til
ASCII og tilbage igen. NetCDF (network Common Data Form) er en brugerflade
for videnskabelig dataadgang og et frit distribueret programbibliotek, som
tilbyder en implementering af brugerfladen. Biblioteket netCDF definerer
også et maskinuafhængigt format til repræsentation af videnskabelige
data. Tilsammen understøtter brugerfladen, biblioteket og formatet
oprettelsen, adgangen og delingen af videnskabelige data.
|
|
nexus-tools
NeXus scientific data file format - applications
|
Versions of package nexus-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.4.3-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.3.2-svn1921-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 4.4.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 4.4.3-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.4.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
NeXus is a common data format for neutron, X-ray, and muon science. It
is being developed as an international standard by scientists and
programmers representing major scientific facilities in Europe, Asia,
Australia, and North America in order to facilitate greater cooperation
in the analysis and visualization of neutron, X-ray, and muon data.
This is the package containing some applications for reading and writing
NeXus files.
|
|
octave
GNU Octave-sprog til talberegninger
|
Versions of package octave |
Release | Version | Architectures |
buster-backports | 5.2.0-3~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.2-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.0.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 4.4.0-3~bpo9+1 | s390x |
stretch-backports | 4.4.1-4~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el |
buster | 4.4.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 6.2.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.3.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 9.2.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 9.2.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package octave: |
field | mathematics |
role | program |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
Octave er et (for det meste Matlab®-kompatibelt) sprog på højt niveau, primært beregnet til numeriske beregninger. Programmet tilbyder en nem brugerflade fra kommandolinjen til løsning af lineære og ikkelineære problemer numerisk.
Octave kan udvides dynamisk med filer i C++ som leveres af brugeren.
|
|
openkim-models
Modeller og modeldrivere for KIM-API
|
Versions of package openkim-models |
Release | Version | Architectures |
sid | 2021.01.28-2.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster-backports | 2021.01.28-2~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2021.01.28-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2021.01.28-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2021.01.28-2.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
KIM API'en er en Application Programming Interface for atomistiske simuleringer. API'en tilbyder en standard for udveksling af information mellem atomistiske simuleringskoder (molekylære dynamikker, molekylær statistikker, gitterdynamikker, Monte Carlo etc.) og interatomiske modeller (potentialer eller kraftfelter). Inkluderer også et sæt af biblioteksrutiner for brug af API'en med bindinger for:
FORTRAN 77, Fortran 90/95, Fortran 2003
C, C++
Atomistiske simuleringskoder der understøtter KIM API'en fungerer problemfrit med KIM-overholdende interatomiske modeller (KIM-modeller) distribueret på denne hjemmeside. Grænsefladen er beregningseffektiv og kræver ofte relativ mindre ændringer til eksisterende kode.
Denne pakke indeholder modeller og modeldrivere for KIM-API.
|
|
openmpi-bin
Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - binære filer
|
Versions of package openmpi-bin |
Release | Version | Architectures |
experimental | 5.0.5-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.6.5-9.1+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.1.6-13.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.1.6-13.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.1.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.1.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.1.3-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 5.0.5 |
Debtags of package openmpi-bin: |
admin | cluster |
field | biology, chemistry, mathematics, physics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Open MPI er et projekt, der kombinerer teknologier og ressourcer fra flere
andre projekter (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI og PACX-MPI) for at bygge det
bedste tilgængelige MPI-bibliotek. En fuldstændig ny implementering der
overholder MPI-3.1. Open MPI tilbyder fordele for system- og
softwareleverandører, programudviklere og computervidenskabsforskere.
Funktioner:
- Fuld overholdelse af MPI-3.1-standarder
- Trådsikker og samtidighed
- Dynamisk procesdeling
- Høj ydelse på alle platforme
- Troværdig og fast jobhåndtering
- Understøtter netværksheterogenitet
- Et bibliotek understøtter alle netværk
- Kørselstids instrumentation
- Mange jobplanlæggere er understøttet
- Internationaliserede fejlbeskeder
- Komponentbaseret design, dokumenterede API'er
Denne pakke indeholder redskabsprogrammerne for Open MPI.
|
|
openmx
Pakke for materialesimuleringer i nanoskala
|
Versions of package openmx |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.7.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.7.6-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 3.8.5+dfsg1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package openmx: |
field | chemistry, physics |
|
License: DFSG free
|
OpenMX (pakke udviklet i åben kildekode for Material eXplorer) er en
programpakke for materialesimuleringer i nanoskala baseret på
tæthedsfunktionelle teorier (DFT), norm-bevarende pseudopotentialer og
pseudo-atomare oversatte basisfunktioner. Da koden er designet for
realiseringen af ab initio-beregninger i stor skala på parallelle
computere, så forventes det at OpenMX kan være et nyttigt og funktionsrigt
værktøj for materialevidenskab i nanoskala indenfor en bred vifte af
systemer såsom biomaterialer, kulstofnanorør, magnetiske materialer og
konduktører i nanoskala.
|
|
psi3
Kvantum kemisk programpakke
|
Versions of package psi3 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.4.0-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package psi3: |
field | chemistry, physics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | suite |
use | calculating |
|
License: DFSG free
|
PSI3 er et ab-initio quantum chemistry program. Det er specielt designet
til præcist at beregne egenskaber for små til mellemstørrelse molekyler,
med brug af højt korrelerede teknikker.
Programmet kan beregne energier og overgange for de følgende metoder:
- Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (RHF/ROHF)
(inklusive analytiske hessianer for RHF)
- Closed shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
- Complete active space SCF (CASSCF)
- Coupled-cluster singles doubles (CCSD)
- Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T))
(kun for ubegrænsede (UHF) reference-wavefunktioner)
Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:
- Unrestricted open shell Hartree-Fock (UHF)
- Closed/open shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
- Closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12) and spin-
component scaled MP2 theory (SCS-MP2)
- Multireference configuration-interaction (MRCI)
- Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T))
- Second/third-order approximate coupled-cluster singles doubles (CC2/CC3)
- Multireference coupled-cluster singles doubles (MRCCSD)
- Closed shell and general restricted open shell equation-of-motion
coupled-cluster singles doubles (EOM-CCSD)
Yderligere funktioner inkluderer:
- Fleksibelt, modulært og tilpasningsparat inddataformat
- Spændte tilstandsberegninger med CC2/CC3-, EOM-CCSD-, CASSCF-, MRCI- og
MRCCSD-metoderne
- Internal coordinate geometry optimizer
- Harmonic frequencies calculations
- One-electron properties like dipole/quadrupole moments, natural
orbitals, electrostatic potential, hyperfine coupling constants or spin
density
- Udnyttelse af molekylær point-group-symmetri for at øge effektivitet
|
|
python3-lmfit
Least-Squares Minimization with Constraints - Python 3
|
Versions of package python3-lmfit |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.0.1-6 | all |
jessie | 0.8.0+dfsg.1-1 | all |
buster | 0.9.11+dfsg-2 | all |
bookworm | 1.1.0-1 | all |
stretch | 0.9.5+dfsg-2 | all |
trixie | 1.2.2-3 | all |
sid | 1.2.2-3 | all |
upstream | 1.3.2 |
|
License: DFSG free
|
Pakken lmfit tilbyder en simpel, fleksibel grænseflade til ikkelineær
optimering af kurvetilpasningsproblemer. Pakken udvider
optimeringsfunktionerne i scipy.optimize ved at erstatte flydende
kommatalsværdier for variablerne til optimering med parameterobjekterne.
Disse parametre kan være faste eller varierende, have øvre og/eller lavere
grænser placeret på deres værdi, eller skrevet som et algebraisk udtryk for
andre parametre.
The principal advantage of using Parameters instead of simple
variables is that the objective function does not have to be
rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or
what relationships or constraints are placed on the Parameters. This
means a scientific programmer can write a general model that
encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of
that model to change what is varied and fixed, what range of values
is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the
model. The ease with which the model can be changed also allows one
to easily test the significance of certain Parameters in a fitting
model.
The lmfit package allows a choice of several optimization methods
available from scipy.optimize. The default, and by far best tested
optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from
MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method
is by far the most tested and best support method in lmfit, and much
of this document assumes this algorithm is used unless explicitly
stated. An important point for many scientific analysis is that this
is only method that automatically estimates uncertainties and
correlations between fitted variables from the covariance matrix
calculated during the fit.
A few other optimization routines are also supported, including
Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential
Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and
several others from scipy.optimize. In their native form, some of
these methods setting allow upper or lower bounds on parameter
variables, or adding constraints on fitted variables. By using
Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of
these methods, and makes it easy to swap between methods without
hanging the objective function or set of Parameters.
Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the
covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned
(and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute
force search of the confidence intervals and correlations for sets of
parameters.
Dette er Python 3-versionen af pakken.
|
|
python3-scipy
Videnskabelige værktøjer for Python 3
|
Versions of package python3-scipy |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.13.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.14.0-1exp5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.6.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.10.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.0-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.13.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.18.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.14.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 1.14.1 |
|
License: DFSG free
|
SciPy er et supplement til det populære NumPy-modul (pakken python-numpy),
der samler en række af videnskabelige og ingeniørmæssige moduler på højt
niveau i en pakke.
SciPy er et sæt af åben kildekode videnskabelige og numeriske værktøjer for
Python. Den understøtter aktuelt specielle funktioner, integration,
ordinære løsere af differentialligninger (ODE), gradoptimering,
genetiske algoritmer, parallelle programmeringsværktøjer, en udtryk-til-C++
kompiler for hurtig udførelse og andre.
|
|
python3-sympy
Computer Algebra System (CAS) i Python - Python 3
|
Versions of package python3-sympy |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.3-2 | all |
trixie | 1.13.2-1 | all |
bullseye | 1.7.1-3 | all |
stretch | 1.0-3 | all |
sid | 1.13.3-1 | all |
bookworm | 1.11.1-1 | all |
|
License: DFSG free
|
SymPy er et Pythonbibliotek for symbolsk matematik (manipulering). Det
forsøger at blive et computeralgebrasystem (CAS) med alle funktioner og
samtidig holde koden så simpel som muligt for at være forståelig og nem at
udvide. SymPy er skrevet helt i Python og kræver ikke nogle eksterne
biblioteker, undtagen valgfrit for understøttelse af plot.
Denne pakke indeholder Python 3-versionen af sympy.
|
|
pyxplot
Dataplotningsprogram i høj produktionskvalitet
|
Versions of package pyxplot |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.9.2-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.9.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.9.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.9.2-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.9.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.9.2-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.9.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package pyxplot: |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
science | plotting, visualisation |
use | converting, viewing |
works-with | text |
works-with-format | pdf, plaintext, postscript |
|
License: DFSG free
|
PyXPlot er et plotværktøj til grafer med flere formål, et videnskabeligt
skriptsprog, en programpakke for vektorgrafik og en pakke for
databehandling. Dets grænseflade er designet til at gøre gængse opgaver -
f.eks. plot af datagrafer med etiketter - tilgængelige via korte, simple og
intuitive kommandoer.
PyXPlot laver figurer i høj produktionskvalitet. Til dette formål optegnes tekst med hele skønheden og fleksibiliteten i LaTeX-opsætningsmiljøet.
Omfattende dokumentation og eksempler kan findes i pakken pyxplot-doc. Et
galleri af eksempelplotninger er tilgængelige fra projektets hjemmeside.
|
|
quantum-espresso
Programpakke for elektronikstruktur og Ab-Initio molekylære dynamikker
|
Versions of package quantum-espresso |
Release | Version | Architectures |
sid | 6.7-2 | riscv64 |
stretch | 6.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 6.7-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package quantum-espresso: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Quantum ESPRESSO (tidligere kendt som PWscf) er en integreret programpakke
med computerkoder til elektronstrukturberegninger og materialemodellering
på nanoskala. Den er baseret på tæthedsfunktionalteori med planbølger og
pseudopotentialer (både normkonserverende, ultrasoft og PAW).
Funktionalitet:
- Grundtilstands- og båndstrukturberegning ved hjælp af planbølger
med selvkonsistent totalenergi, kræfter og mekanisk spænding
- Separable normkonserverende samt Vanderbilt-pseudopotentialer
(ultrasoft) og PAW-metoden (projector augmented wave method)
- Diverse funktionaler for elektronkorrelation og -udveksling fra
LDA til den generaliserede gradientapproksimation
(PW91, PBE, B88-P86, BLYP), meta-GGA, eksakt udveksling (HF) og
hybridfunktionaler (PBE0, B3LYP, HSE)
- Car-Parrinello- og Born-Oppenheimer-molekylærdynamik
- Strukturoptimering inklusive overgangstilstande og minimumsenergikurver
- Spin-bane-kobling og ikke-kolineær magnetisme
- Responsegenskaber inklusive fononfrekvenser og -egenvektorer, effektive
ladninger og dielektriske tensorer, infrarøde og Raman-
spredningstværsnit samt kemiske skift med EPR og NMR.
- Spektroskopiske egenskaber såsom K- og L1-edge røntgenabsorptionsspektra
(XAS) og elektronexcitationer
Please cite:
P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch:
QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials.
J. Phys. Condens. Matter
21:395502
(2009)
|
|
sasview
Small Angle Scattering Analysis-programpakke
|
Versions of package sasview |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.2.1-1 | all |
bullseye | 5.0.3-3 | all |
experimental | 5.0.5-2 | all |
bookworm | 5.0.5-5 | all |
trixie | 5.0.6-4 | all |
sid | 5.0.6-4 | all |
|
License: DFSG free
|
SasView er et program til analyse af Small-Angle Scattering-data (SAS).
Det passer til analytiske funktioner, der beskriver forskellige slags
materiel mikrostruktur til eksperimentelle data for at kunne bestemme
formen, størrelsen og graden af ordning.
SasView indeholder også værktøjer for beregning af spredte længdetætheder,
opdelingsstørrelser, opløsning, fringe-tykkelser/d-mellemrum, (Porod)
invariant (»total spredning«) og distributionsfunktioner for afstande.
SasView er en Small Angle Scattering Analysis-programpakke, oprindelig
udviklet dom en del af NSF DANSE-projektet under navnet SansView, nu
håndteret af en international samling af faciliteter.
Denne pakke installerer det kørbare skript sasview.
|
|
science-numericalcomputation
Debian Science Numerical Computation-pakker
|
Versions of package science-numericalcomputation |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.7 | all |
buster | 1.10 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
bookworm | 1.14.5 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
jessie | 1.4 | all |
sid | 1.14.6 | all |
Debtags of package science-numericalcomputation: |
devel | lang:lisp |
role | metapackage, shared-lib |
|
License: DFSG free
|
Denne metapakke vil installere Debian Science-pakker nyttige til numerisk
beregning. Pakkerne tilbyder en tabelorienteret beregning og et
visualiseringssystem til videnskabelig beregning og dataanalyse. Disse
pakker svarer til kommercielle systemer såsom Matlab og IDL.
|
|
scilab
Videnskabelig softwarepakke til numeriske beregninger
|
Versions of package scilab |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2024.1.0+dfsg-5 | all |
bullseye | 6.1.0+dfsg1-7 | all |
jessie | 5.5.1-7 | all |
stretch | 5.5.2-4 | all |
stretch-security | 5.5.2-4+deb9u1 | all |
sid | 2024.1.0+dfsg-6 | all |
buster | 6.0.1-10+deb10u1 | all |
bookworm | 6.1.1+dfsg2-6 | all |
Debtags of package scilab: |
field | electronics, mathematics, physics, statistics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | analysing, learning |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Scilab er en matricebaseret videnskabelig softwarepakke.
Scilab indeholder hundreder af indbyggede matematiske funktioner, rige
datastrukturer (inklusive polynomier, rationelle lineære systemer, lister
etc...) og der medfølger et antal videnskabelige værktøjsbokse for
kontrol, signalprocessering...
Denne pakke tilbyder også Xcos, et grafisk redigeringsprogram til at
designe hybride dynamiske systemmodeller. Modeller kan designes, indlæses,
gemmes, kompileres og simuleres.
Stabil og effektiv løsning for industribehov og akademiske behov, Xcos
tilbyder funktionaliteter for modellering af mekaniske systemer
(bilproduktion, flyproduktion...), hydrauliske kredsløb (dæmning,
datakanalmodeller...), kontrolsystemer etc. Mulighed for Modelica tilbydes
også.
Installer pakken »scilab-cli« for en minimal version af scilab.
|
|
udav
Bibliotek for videnskabelige grafer - vinduesgrænseflade
|
Versions of package udav |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.2.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.3.4-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.2.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 8.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 8.0.1-8 | riscv64 |
bullseye | 2.4.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 8.0.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package udav: |
field | mathematics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Et frit bibliotek for flere platforme af hurtige C++-rutiner for plotning
af data i op til 3 dimensioner. Programmet kan eksportere til filtyperne
bitmap, vector EPS, SVG og IDTF. Der er enkle vinduesbrugerflader baseret
på GLUT, FLTK og/eller Qt. MathGL kan også bruges i konsollen. Der er
grænseflader til opsætning af sprog såsom C, Fortran, Pascal, Forth, Python
og Octave.
Denne pakke indeholder udav-vinduesmiljøet baseret på mathgl.
|
|
v-sim
Visualiser atomare strukturer
|
Versions of package v-sim |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.7.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.7.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package v-sim: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
V_Sim visualiserer atomare strukturer såsom krystaller, korngrænser,
molekyler og så videre (enten i et binært format eller i klartekst).
Optegningen udføres i pseudo-3D med sfærer (atomer) eller pile (»spins«).
Brugeren kan interagere via mange funktioner for at vælge visningen,
angive bindingerne, tegne klipniveauer, beregne overflader fra
skalafelter, duplikere noder, måle geometri ... Derudover gør V_Sim det
muligt at eksportere visningen som billeder i PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG
(scheme) og andre formater. Nogle værktøjer er også tilgængelige til at
farvelægge atomer fra dataværdier eller til at animere - på skærmen -
mange positionsfiler.
|
|
voronota
Voronoi-diagrambaseret værktøj til at finde atomkontakter
|
Versions of package voronota |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.22.3149-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.22.3149-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.22.3149-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.22.3149-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.19.2352-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 1.27.3834 |
|
License: DFSG free
|
Analysen af makromolekylære strukturer kræver ofte en omfattende
definition af atomare naboskaber. Sådan en definition kan baseres på
Voronoidiagrammet med bolde, hvor hver bold repræsenterer et atom med
en van der Waals-radius. Voronota er et programværktøj til at finde
alle knuderne for Voronoidiagrammet. Sådanne knuder svarer til centrene
for den tomme tangentsfære defineret af firdoblinger af bolde. Voronota
er specielt egnet til behandling af tredimensionelle strukturer med
biologiske makromolekyler såsom proteiner og RNA.
Siden version 1.2 bruger Voronota også Voronoiknuder til at konstruere
inter-atom kontaktoverflader og solvente tilgængelige overflader.
Voronota tilbyder værktøjer til at forespørge kontakter, oprette
kontaktgrafik, sammenligne kontakter og evaluere kvaliteten på
proteinstrukturelle modeller via kontakter.
|
|
Official Debian packages with lower relevance
axiom
Alment computeralgebrasystem - vigtigste binære fil samt moduler
|
Versions of package axiom |
Release | Version | Architectures |
sid | 20170501-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 20170501-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 20170501-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 20170501-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 20140801-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 20140801-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 20170501-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package axiom: |
devel | compiler, interpreter |
field | mathematics |
interface | text-mode |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Axiom er anvendeligt til forskning og udvikling af matematiske algoritmer.
Det definerer et med stærkt typede, matematisk korrekt typehierarki. Det
har et programmeringssprog og en indbygget kompiler.
Axiom har været udviklet siden 1973 og blev solgt som et kommercielt
produkt. Det er blevet frigivet som et frit program.
Der er indsats undervejs for udvidelse af programmet til (a) udvikle en
bedre brugergrænseflade (b) gøre det anvendeligt som undervisningsværktøj
(c) udvikle en algebraisk serverprotokol (d) integrere yderligere matematik
(e) ombygge algebraen i en litterær programmeringsstil (f) integrere logisk
programmering (g) udvikle en Axiom Journal med godkendte bidrag.
Denne pakke indeholder hovedprogrammets binære filer og alle præ-
kompilerede algebra og moduler der automatisk kan indlæses.
|
|
dx
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - hovedpakke
|
Versions of package dx |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.4.4-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 4.4.4-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 4.4.4-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 4.4.4-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.4.4-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.4.4-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.4.4-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package dx: |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | motif |
use | viewing |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Data Explorer er et system af værktøjer og brugerflader for visualisering
af data. Med et generelt udtryk kan visualiseringen af data anses for en 3-
delt proces:
1. Beskrive og importere data.
2. Behandle dataene via et visualiseringsprogram.
3. Præsentere det resulterende billede.
Dette er hovedpakken.
|
|
dx-doc
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - dokumentation
|
Versions of package dx-doc |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.4.4-17 | all |
sid | 4.4.4-17 | all |
jessie | 4.4.4-7 | all |
stretch | 4.4.4-9 | all |
buster | 4.4.4-12 | all |
bullseye | 4.4.4-13 | all |
bookworm | 4.4.4-15 | all |
Debtags of package dx-doc: |
made-of | html |
role | documentation |
uitoolkit | motif |
use | viewing |
works-with | image |
|
License: DFSG free
|
Data Explorer er et system af værktøjer og brugerflader for visualisering
af data. Med et generelt udtryk kan visualiseringen af data anses for en 3-
delt proces:
1. Beskrive og importere data.
2. Behandle dataene via et visualiseringsprogram.
3. Præsentere det resulterende billede.
Dette er dokumentationspakken. Den inkluderer hjælp fra nettet og html-
dokumentation.
|
|
dxsamples
Prøveprogrammer for OpenDX Data Explorer
|
Versions of package dxsamples |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.4.0-5 | all |
jessie | 4.4.0-1 | all |
buster | 4.4.0-4 | all |
stretch | 4.4.0-3 | all |
sid | 4.4.0-5 | all |
trixie | 4.4.0-5 | all |
bookworm | 4.4.0-5 | all |
Debtags of package dxsamples: |
devel | examples |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | viewing |
works-with | image |
|
License: DFSG free
|
Denne pakke indeholder eksempler på skripter og netværk for OpenDX Data
Explorer. De har en reference i OpenDX-kursusset, men kan også bruges
uafhængigt til at gennemse og undersøge.
|
|
feel++-apps
??? missing short description for package feel++-apps :-(
|
Versions of package feel++-apps |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.99.0-final.1-1 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
|
|
gpiv
??? missing short description for package gpiv :-(
|
Versions of package gpiv |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.6.1-2.3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gpiv: |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
|
|
gpivtools
??? missing short description for package gpivtools :-(
|
Versions of package gpivtools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.6.0-3.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gpivtools: |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
|
|
hdf5-helpers
|
Versions of package hdf5-helpers |
Release | Version | Architectures |
jessie-security | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.10.4+repack-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster-security | 1.10.4+repack-10+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.10.6+repack-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.10.8+repack1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 1.14.4.3+repack-1~exp3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.14.3 |
|
License: DFSG free
|
Hierarchical Data Format 5 (HDF5) er et filformat og bibliotek til at gemme videnskabelige data. HDF5 blev designet og implementeret til at tage højde for svaghederne ved HDF4.x. Filformatet har en meget funktionsrig og fleksibel datamodel, understøtter filer større end 2 GB og understøtter parallel I/O.
Denne pakke indeholder hjælpeværktøjer for HDF5.
|
|
hdf5-tools
HDF5 - kørselstidsværktøjer
|
Versions of package hdf5-tools |
Release | Version | Architectures |
jessie-security | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.10.8+repack1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.10.6+repack-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-security | 1.10.4+repack-10+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.10.4+repack-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
experimental | 1.14.4.3+repack-1~exp3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 1.14.3 |
Debtags of package hdf5-tools: |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | converting |
|
License: DFSG free
|
Hierarchical Data Format 5 (HDF5) er et filformat og bibliotek til at gemme videnskabelige data. HDF5 blev designet og implementeret til at tage højde for svaghederne ved HDF4.x. Filformatet har en meget funktionsrig og fleksibel datamodel, understøtter filer større end 2 GB og understøtter parallel I/O.
Denne pakke indeholder kørselstidsværktøjer for HDF5.
|
|
libgraphviz-perl
Perlgrænseflade til GraphViz-grafværktøjet
|
Versions of package libgraphviz-perl |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.24-1 | all |
trixie | 2.24-1 | all |
sid | 2.24-1 | all |
stretch | 2.22-1 | all |
buster | 2.22-1 | all |
jessie | 2.16-1 | all |
bullseye | 2.24-1 | all |
upstream | 2.26 |
Debtags of package libgraphviz-perl: |
devel | lang:perl, library |
works-with | image, image:raster, image:vector |
|
License: DFSG free
|
Dette modul tilbyder en grænseflade til layout og billedoprettelse for
rettede og ikke-rettede grafer i en række formater (PostScript, PNG etc.)
via programmerne »dot«, »neato«, »twopi«, »circo« og »fdt« fra
GraphViz-projektet (http://www.graphviz.org/ eller
http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/).
|
|
maxima
Computeralgrebasystem - grundlæggende system
|
Versions of package maxima |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.34.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 5.38.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.42.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.44.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.46.0-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.47.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.47.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package maxima: |
field | mathematics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Maxima er et fuldt ud symbolsk computerprogram. Det er fuldt udrustet til
symbolsk manipulation af polynomier, matricer, rationelle funktioner,
integration, Todd-coxeter-metoder til analyse af begrænsede grupper, at
danne graf, foretage beregninger med flere præcise flydepunkter. Det kan
fejlsøge maxima-kode på et symbolsk kildeniveau. Maxima er baseret på det
oprindelige Macsyma, som blev udviklet ved MIT i 1970'erne. Det er ganske
pålideligt, indeholder en god spilopsamler og ingen hukommelseslæk. Der
medfølger hundreder af selvtest.
Denne pakke indeholder de primære eksekvérbare filer og de grundlæggende
systemfiler.
|
|
mpich-doc
??? missing short description for package mpich-doc :-(
|
Versions of package mpich-doc |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.2-7 | all |
buster | 3.3-3 | all |
jessie | 3.1-5 | all |
bookworm | 4.0.2-3 | all |
bullseye | 3.4.1-5~deb11u1 | all |
trixie | 4.2.0-14 | all |
sid | 4.2.0-14 | all |
experimental | 4.2.1-3 | all |
upstream | 4.2.3 |
Debtags of package mpich-doc: |
network | hiavailability, load-balancing, service |
role | documentation |
works-with | network-traffic |
|
License: DFSG free
|
|
|
netcdf-doc
|
Versions of package netcdf-doc |
Release | Version | Architectures |
experimental | 4.9.3~rc1-1~exp1 | all |
trixie | 4.9.2-7 | all |
bullseye | 4.7.4-1 | all |
sid | 4.9.2-7 | all |
jessie | 4.1.3-7.2 | all |
bookworm | 4.9.0-3 | all |
stretch | 4.4.1.1-2 | all |
buster | 4.6.2-1 | all |
upstream | 4.9.3~rc1 |
Debtags of package netcdf-doc: |
made-of | html, info, postscript |
role | documentation |
|
License: DFSG free
|
NetCDF (network Common Data Form) er en grænseflade til videnskabelig
dataadgang og et frit distrubuerbart programbibliotek, der implementerer
denne grænseflade. netCDF-biblioteket definerer også et maskinuafhængigt
format til at repræsentere videnskabelige data.
Samen understøtter grænsefladen og biblioteket oprettelse, adgang og
deling af videnskabelige data.
Denne pakke indeholder dokumentationen for NetCDF-biblioteket i en række formater.
|
|
openmpi-doc
Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - manualsider
|
Versions of package openmpi-doc |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.6.5-9.1+deb8u1 | all |
stretch | 2.0.2-2 | all |
sid | 4.1.6-13.3 | all |
trixie | 4.1.6-13.3 | all |
bookworm | 4.1.4-3 | all |
experimental | 5.0.3-2 | all |
bullseye | 4.1.0-10 | all |
buster | 3.1.3-11 | all |
experimental | 5.0.5-1 | all |
upstream | 5.0.5 |
Debtags of package openmpi-doc: |
devel | doc, examples |
made-of | man |
role | documentation |
|
License: DFSG free
|
Open MPI er et projekt, der kombinerer teknologier og ressourcer fra flere
andre projekter (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI og PACX-MPI) for at bygge det
bedste tilgængelige MPI-bibliotek. En fuldstændig ny implementering der
overholder MPI-3.1. Open MPI tilbyder fordele for system- og
softwareleverandører, programudviklere og computervidenskabsforskere.
Denne pakke indeholder manualsider, der beskriver Message Passing
Interface-standarden.
|
|
pymca
Programmer og værktøjssæt for røntgenfluorescensanalyse - skripter
|
Versions of package pymca |
Release | Version | Architectures |
bookworm-backports | 5.8.7+dfsg-2~bpo12+1 | all |
trixie | 5.9.3+dfsg-1 | all |
stretch | 5.1.3+dfsg-1 | all |
bookworm | 5.8.0+dfsg-2 | all |
bullseye | 5.6.3+dfsg-1 | all |
buster | 5.4.3+dfsg-1 | all |
sid | 5.9.3+dfsg-1 | all |
jessie | 4.7.4+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
PyMca er et sæt af programmer og Pythonbiblioteker for analyse af
røntgenfluorescens spektre.
Programmerne inkluderet i denne pakke er:
- edfviewer - vis og inspicer datafiler i ESRF-dataformatet
- elementsinfo - viser elementspecifikke røntgendata
- mca2edf - konverterer filer fra SPEC MCA-formatet til EDF
- peakidentifier - Viser røntgenfluorescens toppe i et givent
energiinterval
- pymcabatch - jobtilpasning af spektra
- pymcapostbatch - efterbehandling af jobtilpasningsresultater
- pymca - interaktiv dataanalyse
- pymcaroitool - billedværktøj til Region-of-interest (ROI)
PyMca-værktøjssættet kan læse datafiler i formaterne SPEC, ESRF-datafil
(EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA og SupaVisio.
Dette er skripterne for pakken.
|
|
python3-pygraphviz
Pythongrænseflade til graflayout og visualiseringspakke for Graphviz - Python 3
|
Versions of package python3-pygraphviz |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.13-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.4~rc1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.7-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.13-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.14 |
|
License: DFSG free
|
Pygraphviz er en Pythongrænseflade til Graphviz-graflayout- og
visualiseringspakken.
Med Pygraphviz kan du oprette, redigere, læse, skrive og tegne grafer med
brug af Python til at tilgå Graphviz-grafs datastruktur og layoutalgoritmer.
Denne pakke indeholder Python 3-versionen for python-pygraphviz.
|
|
qtiplot
dataanalyse og videnskabelig plotning
|
Versions of package qtiplot |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.9.8.9-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.9.8.9-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.9.8.9-18 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package qtiplot: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Qtiplot er et fuldt udbygget plotteprogram, som ligner programmet fra
OriginLab Origin (Se http://www.originlab.com for yderligere information
om Origin).
Det kan danne to- og tre-dimensionale plotninger i trykkvalitet, både fra
datasæt og funktioner. Det kan danne ikkelineære tilpasninger og
tilpasninger for flere toppunkter.
En række funktioner:
- For flere platforme: Virker som standard på Windows-, Mac OS X- og
Linux/Unix-systemer
- Skripter kan udarbejdes i Python
- OpenGL-baseret 3D-plotning
- Plotninger i trykkvalitet og nem eksport til forskellige billedformater
(EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF etc ...)
- Nem integration med LaTeX-opsætningssystemet
- Kraftfulde og smidige regneark med søjle-logisk beregning og nem
import/eksport af flere filer
- Et klik adgang til omfattende indbyggede rutiner for dataanalyse
- Avanceret statistisk analyse: Students t-Test, ANOVA, chi-square test
for varians, normalitetstest (Shapiro-Wilk)
- Lineær og ikkelineær kurvetilpasning med vægte og estimat for
statistiske fejl fra tilpasningsparametre
- Tilpasning af flere toppunkter
- Værktøjer for billedanalyse
- Skabelon-understøttelse: Alle indstillinger for plotninger,
tabeller og matricer kan gemmes og genskabes senere til brug for en
hurtig redigeringsproces
- Projektfiler baseret på mapper, en stærk projekthåndtering
med udvidede, indbyggede funktioner: træk-og-slip, søgefaciliteter.
- Fuld import af Excelarbejdsark og Open Document Format-regneark, dBase-,
SQLite- og Microsoft Access-databaser
|
|
scidavis
??? missing short description for package scidavis :-(
|
Versions of package scidavis |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.D13-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package scidavis: |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | qt |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
|
|
science-mathematics
Debians videnskabelige matematikpakker
|
Versions of package science-mathematics |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.7 | all |
bookworm | 1.14.5 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
buster | 1.10 | all |
sid | 1.14.6 | all |
jessie | 1.4 | all |
Debtags of package science-mathematics: |
field | mathematics |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Denne metapakke vil installere Debians videnskabelige pakker relateret til
matematik. Du vil måske også være interesseret i field::mathematics debtag
og, afhængig af dit fokusområde, i education-mathematics-metapakken.
|
|
science-statistics
Debians videnskabelige statistikpakker
|
Versions of package science-statistics |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.4 | all |
stretch | 1.7 | all |
buster | 1.10 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
bookworm | 1.14.5 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
sid | 1.14.6 | all |
Debtags of package science-statistics: |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Denne metapakke er en del af Debians Pure Blend »Debian Science« og
installerer pakker relateret til statistik. Denne opgave er en generel
opgave, som kan være nyttig for videnskabelig arbejde. Den afhænger af en
masse R-pakker samt andre værktøjer, som er nyttige til at udføre
statistik. Derudover foreslås Videnskabelig matematik-opgaven som valgfri
installation af alle matematikrelaterede programmer.
|
|
Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
|
Versions of package fdmnes |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.0.20120607-1 | all |
|
License: To-be-clarified
Version: 0.0.20120607-1
|
FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to
the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the
absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is
in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed
with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same
way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or
resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the
comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help
of objective criteria.
|
Unofficial packages built by somebody else
octaviz
3D visualization system for Octave
|
|
License: unknown
|
Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that
makes all VTK classes accessible from within Octave using the same
object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides
high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those
functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour
plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.
|
No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
All-electron full-potential electronic-structure code
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
exciting is a full-potential all-electron Density-Functional-Theory
(DFT) package based on the Linearized Augmented Plane-Wave (LAPW)
method.
It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic
species involved, and also allows for the investigation of the
atomic-core region.
We particularly focus on excited state properties, within the framework
of time-dependent DFT (TDDFT) as well as within many-body perturbation
theory (MBPT).
|
No known packages available
ape
Atomic pseudopotential generator
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
APE (Atomic Pseudopotential Engine) is a tool for generating atomic
pseudopotentials within the Density-Functional Theory framework. It
produces pseudopotential files suitable for use with SIESTA, OCTOPUS
and ABINIT.
|
atompaw
PAW atomic dataset generator
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
The computer program atompaw generates projector and basis functions
which are needed for performing electronic structure calculations based
on the Projector-Augmented Wave (PAW) method. The program is applicable
to materials throughout the periodic table. It produces an output file
containing the projector and basis functions and the corresponding
matrix elements in a form which can be read be the PWPAW and ABINIT
codes. Additional data files are also produced which can be used to
help evaluate the accuracy and efficiency of the generated functions.
|
bigdft
Wavelet-based electronic-structure calculations
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
BigDFT is a DFT-based massively parallel electronic structure code using
a wavelet basis set. Wavelets constitute a real space basis set
distributed on an adaptive mesh (two levels of resolution in our
implementation).
Thanks to our Poisson solver based on a Green function formalism,
periodic systems, surfaces and isolated systems can be simulated with
the proper boundary conditions. GTH or HGH pseudopotentials are used to
remove the core electrons.
The Poisson solver is also integrated in ABINIT, OCTOPUS and CP2K.
Please cite:
L. Genovese, A. Neelov, S. Goedecker, T. Deutsch, S. A. Ghasemi, A. Willand, D. Caliste, O. Zilberberg, M. Rayson, A. Bergman, R. Schneider:
Daubechies wavelets as a basis set for density functional pseudopotential calculations.
(2008)
|
liblevmar-2-6
Levenberg-Marquardt nonlinear least squares algorithms
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
The Levenberg-Marquardt (LM) algorithm is an iterative technique that finds
a local minimum of a function that is expressed as the sum of squares of
nonlinear functions. It has become a standard technique for nonlinear
least-squares problems and can be thought of as a combination of steepest
descent and the Gauss-Newton method.
This library provides native ANSI C implementations of the Levenberg-Marquardt
optimization algorithm, usable also from C++, Matlab, Perl, Python, Haskell
and Tcl. Both unconstrained and constrained (under linear equations,
inequality and box constraints) Levenberg-Marquardt variants are included.
|
octopus
Real-space TDDFT-based electronic-structure code
|
|
License: LGPL
Debian package not available
|
Octopus is a scientific program aimed at the ab initio virtual
experimentation on a hopefully ever-increasing range of system types.
Electrons are described quantum-mechanically within Density-Functional
Theory (DFT), in its Time-Dependent form (TDDFT) when doing simulations
in time. Nuclei are described classically as point particles.
Electron-nucleus interaction is described within the pseudopotential
approximation.
|
wannier90-1
Maximally Localized Wannier Functions
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
Wannier90 is an electronic-structure software computing
maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other
electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.
This is an old version still used by several packages. A patched version
compatible with the ETSF Software Suite is available from
https://launchpad.net/wannier90.
|
wannier90-2
Maximally Localized Wannier Functions
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
Wannier90 is an electronic-structure software computing
maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other
electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.
|
|