Debian Science Project
Summary
Nanoscale physics
paquets Debian pour les nanosciences

Ce méta-paquet installera les paquets scientifiques Debian liés aux nanosciences. Celles-ci correspondent à l'étude des systèmes physiques dont les dimensions sont comprises entre 1 et 100 nm. Les propriétés de tels systèmes dépendent en général du nombre d'atomes qui les constituent ; ce nombre reste cependant relativement important pour en avoir une description précise.

Les nanosciences se situent au carrefour de la physique classique et de la physique quantique. les précédents efforts de recherche prenaient en compte soit des systèmes plus petits, pour lesquels chacun peut développer ses propres méthodes et logiciels indépendamment, soit des systèmes beaucoup plus grands pour lesquels il était évidemment impossible de fournir une description détaillée. Tenter de résoudre les problèmes soulevés par les nanosciences nécessite une coopération et une coordination pluridisciplinaire. Ce méta-paquet fait partie de cette entreprise.

Vous pourriez également être intéressé(e) par les paquets marqués avec « field:physics » et suivant vos attentes, par les méta-paquets « science-physics » et « education-physics ».

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Nanoscale physics packages

Official Debian packages with high relevance

Abinit
paquet pour les calculs de structure électronique
Versions of package abinit
ReleaseVersionArchitectures
sid8.10.2-1mips64el
stretch8.0.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster8.8.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid8.10.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.3.4.dfsg-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.3.4.dfsg-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie7.8.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package abinit:
fieldchemistry, physics
roleprogram
Popcon: 18 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ABINIT est un paquet dont le programme principal permet de trouver l'énergie totale, la densité de charge et la structure électronique de systèmes composés d'électrons et de noyaux (molécules et solides périodiques) dans le cadre de la théorie fonctionnelle de la densité (DFT, « Density Functional Theory ») en utilisant des pseudo-potentiels et une base d'onde plane.

ABINIT inclut également des options pour optimiser la géométrie suivant les forces et stress de la DFT, pour faire des simulations de dynamique moléculaire en utilisant ces forces ou pour créer des matrices dynamiques, des charges effectives de Born et des tenseurs diélectriques. Les états excités peuvent être calculés suivant la DFT dépendante du temps (pour les molécules) ou suivant la théorie des perturbations multicorps (l'approximation GW). En plus du code principal d'ABINIT, différents utilitaires sont fournis.

Ce paquet fournit les exécutables nécessaires aux calculs (mais les pseudo-potentiels ne sont pas fournis). Le paquet abinit-data fournit un ensemble de pseudo-potentiels.

Please cite: X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger: ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties. (eprint) Comput. Phys. Commun. 180(12):2582-2615 (2009)
Ase
environnement de simulation atomique
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
sid3.18.1-1all
bullseye3.18.1-1all
buster3.17.0-2all
Popcon: 13 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ASE est un environnement de simulation atomique écrit en Python et visant à mettre en place, piloter et analyser des simulations atomiques. ASE fait partie de CAMPOS, le projet libre CAMP.

ASE fournit les interfaces Python pour différents codes de structure électronique dont Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW et SIESTA.

Ce paquet fournit les scripts exécutables.

Please cite: S. R. Bahn and K. W. Jacobsen: An object-oriented scripting interface to a legacy electronic structure code. (2002)
Avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 98 users (42 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

 — modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
   de force automatique ;
 — mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
    conformation ;
 — visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
 — visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
 — gestion des cellules cristallographiques ;
 — création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
    MOLPRO ;
 — architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
0.8.1-5https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/732/large.png
Screenshots of package avogadro
Binoculars
réduction de données de détecteur 2D de diffraction de rayon X de surface
Versions of package binoculars
ReleaseVersionArchitectures
buster0.0.4-1all
bullseye0.0.4-1all
sid0.0.4-1all
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BINoculars est un outil pour la réduction de données et l’analyse de grands jeux de données de diffraction de surface acquises avec un détecteur de rayons X bidimensionnel. L’intensité de chaque pixel d’un détecteur bidimensionnel est projetée dans une grille tridimensionnelle en coordonnées de réseau réciproque grâce à un algorithme de groupement de données (binning). Cela permet une acquisition et un traitement rapides de jeux de données de haute résolution et a pour résultat une réduction significative de la taille du jeu de données. L’analyse suivante se fait alors en espace réciproque. Cet outil a évolué à partir des besoins spécifiques du beamline ID03 de l’ESRF, mais bénéficie d’une conception modulaire et peut être facilement ajusté et étendu pour fonctionner avec des données venant d’autres beamlines ou d’autres techniques de mesure.

Cadabra
système algébrique motivé par la théorie des champs
Versions of package cadabra
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.46-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.25-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.29-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.39-0.2amd64,armel,armhf,i386
buster1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package cadabra:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 18 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Cadabra est un système algébrique spécifiquement conçu pour la résolution de problèmes rencontrés en théorie des champs. Il dispose de fonctionnalités étendues pour la simplification polynomiale de tenseurs dont les symétries multitermes, les fermions et les variables anti-commutation, les algèbres de Clifford et les transformations de Fierz, la dépendance de coordonnées implicites, les types d'index multiples, etc. Le format d'entrée est un sous-ensemble de TeX.

Cbflib-bin
utilitaires de manipulation de fichiers CBF
Versions of package cbflib-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.7.9.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.7.9.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.9.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.9.6
Debtags of package cbflib-bin:
roleprogram
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CBFlib est une bibliothèque de fonctions en ANSI-C fournissant un mécanisme simple pour lire des fichiers binaires cristallographiques (CBF) et des fichiers d'images CIF (imgCIF).

Ce paquet fournit divers utilitaires.

Cod-tools
tools for manipulating CIF format files
Versions of package cod-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster2.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

cod-tools is a set of Perl modules and command line tools for manipulating Crystallographic Information Format (CIF) v1.1 and v2.0 files.

Please cite: Saulius Gražulis, Andrius Merkys, Antanas Vaitkus and Mykolas Okulič-Kazarinas: Computing stoichiometric molecular composition from crystal structures. Journal of Applied Crystallography 48:85-91 (2015)
Cp2k
Ab Initio Molecular Dynamics
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
sid6.1-2mipsel
wheezy2.2.426-8amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 18 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular dynamics (AIMD) simulations.

CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian calculations as well. Features include:

Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:

  • Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
  • Hartree-Fock (HF) energies and forces
  • Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
  • Random Phase Approximation (RPA) energies
  • Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
  • Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo- potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave approach (GPW/GAPW)
  • Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
  • Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5, PW92 and PADE
  • Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
  • Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including B3LYP, PBE0 and MCY3
  • Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
  • Additional XC functionals via LibXC
  • Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
  • Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW, PBE-vdW and B97X-D
  • DFT+U (Hubbard) correction
  • Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges (DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
  • Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS) matrix computation
  • Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace (DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
  • Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
  • Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear scaling of molecular systems
  • Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory (TDDFPT)

Ab-initio Molecular Dynamics:

  • Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
  • Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
  • PS extrapolation of initial wavefunction
  • Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
  • Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics)

Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:

  • Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb interactions between the QM and the MM part
  • Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary conditions
  • Adaptive QM/MM

Further Features include:

  • Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
  • Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) for minimum energy path (MEP) calculations
  • Global optimization of geometries
  • Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
  • Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without periodic boundary conditions
  • Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble (NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling through velocity rescaling (CSVR) thermostats
  • Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy calculations
  • Classical Force-Field (MM) simulations
  • Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
  • Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
  • ATOM code for pseudopotential generation
  • Integrated molecular basis set optimization

CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).

Drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 21 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

À partir d'une description basique de la structure cristallographique, incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de Fourier et la limite de la maille élémentaire.

Quatre types de dessins sont produits :

  • une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
  • un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de haute qualité destinés à des publications ;

  • le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur Internet ;

  • un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.

DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS et WIEN2k.

Screenshots of package drawxtl
Etsf-io
Binary tools to check, merge and read ETSF files
Versions of package etsf-io
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.3-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.3-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-4amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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License: DFSG free
Git

The European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) is a European network dedicated to providing support and services for ongoing research in academic, government and industrial laboratories.

The ETSF is divided into 7 beamlines, each of which is concerned with a specific scientific topic:

  • Optics ;
  • Energy Loss Spectroscopy ;
  • Quantum Transport ;
  • Time-resolved Spectroscopy ;
  • Photo-emission Spectroscopy ;
  • Vibrational Spectroscopy ;
  • X-Rays Spectroscopy.

To allow the adoption of its recommendations about standardization, the ETSF proposes different libraries and tools implementing or using these specifications, as well as widely usable pieces of software.

ETSF_IO is a library of F90 routines to read/write the ETSF file format. This package contains the user tools to:

  • check file conformance to the specifications;
  • extract data from files;
  • merge multiple files from parallel runs, as specified in the specifications.
Extrema
powerful visualization and data analysis tool
Maintainer: Christine Spang
Versions of package extrema
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.4.5.dfsg-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.4.4.dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package extrema:
fieldastronomy, physics
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing, viewing
works-withimage:raster
x11application
Popcon: 5 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Extrema is a mature and robust data analysis application, originally developed at the TRIUMF particle physics laboratory. It is designed to be of great practical use to researchers and aims to be both powerful and easy to use.

Extrema features a rich graphical user interface, as well as an intuitive command language. It provides well-documented tools for both 2D and 3D graphing, data reduction and analysis, and data input/output.

Feynmf
ensemble de macros LaTeX pour créer des diagrammes de Feynman
Maintainer: Thorsten Alteholz
Versions of package feynmf
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.08-10all
buster1.08-11all
squeeze1.08-6all
sid1.08-11all
bullseye1.08-11all
wheezy1.08-8all
jessie1.08-9all
Debtags of package feynmf:
fieldphysics
made-oftex
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 333 users (332 upd.)*
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License: DFSG free
Git

FeynMF est un paquet LaTeX pour dessiner facilement des diagrammes de Feynman, représentations graphiques des interactions fondamentales des particules subatomiques, avec une qualité professionnelle. Les diagrammes peuvent être créés en utilisant soit Metafont, soit MetaPost. FeynMF dispose la plupart des diagrammes de manière satisfaisante à partir de la structure du graphe, sans aucun besoin d'intervention manuelle. Cependant, toute la puissance de Metafont ou MetaPost est disponible pour des cas plus obscurs.

Remarquez que vous aurez besoin du paquet texlive-metapost afin d'utiliser la version de FeynMF basée sur MetaPost.

Fityk
ajustement de courbes et analyse de données non linéaires d’usage général
Versions of package fityk
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.1-0.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.9.8-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.3.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.3.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fityk:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencecalculation, modelling, plotting
scopeutility
uitoolkitncurses, wxwidgets
x11application
Popcon: 28 users (40 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Fityk est un programme flexible et portable pour la régression non linéaire de fonctions analytiques (spécialement celles en forme de pic) pour des données (habituellement des données expérimentales) – en d’autres mots pour le tri et l’analyse non linéaire.

Il a été développé pour l’analyse de modèles de diffraction, mais peut être aussi utilisé dans d’autres domaines, car les opérations et les concepts particuliers à la cristallographie sont séparés du reste du programme.

Fityk propose diverses méthodes de régression non linéaire, détection d’arrière-plan, calibration de données, positionnement aisé des pics et modifications de leurs paramètres, automatisation des tâches courantes avec des scripts et bien d’autres choses encore. Le principal avantage de ce programme est sa souplesse – les paramètres des pics peuvent être de manière arbitraire reliés les uns aux autres, par exemple, la largeur d’un pic peut être une variable indépendante, la même que celle d’un autre pic ou peut être donnée par une formule compliquée commune à tous les pics.

Libjs-sphinxdoc est nécessaire pour les éléments en Javascript dans la documentation.

Please cite: M. Wojdyr: Fityk: a general-purpose peak fitting program. (eprint) J. Appl. Cryst. 43(5):1126-1128 (2010)
Garlic
logiciel de visualisation de biomolécules
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 18 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1. Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques.

Il dépend uniquement des bibliothèque  X, aucune autre bibliothèque n'est nécessaire.

Parmi ses fonctions :

 – la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une petite
   fenêtre ;
 – les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des objets
   indépendants pour l'affichage ;
 – la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position. Cinq
   modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
 – il est capable de représenter des images stéréographiques ;
 – il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme une
   membrane ;
 – l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
   la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer le
    pointeur au-dessus ;
 – il est capable de charger plus d'une structure ;
 – il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
   hélicoïdales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité et
   les moments hydrophobes ;
 – l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
   Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Gdis
visualisateur de modèle de molécule et de cristal
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 23 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Il s’agit d’un programme basé sur GTK+ pour l’affichage et la manipulation de molécules isolées, de systèmes périodiques et de formes cristallines. Il est en développement, mais néanmoins à peu près fonctionnel. Il possède les caractéristiques suivantes :

 — prise en charge de plusieurs types de fichier (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL,
   MARVIN et GULP) ;
 — création de molécule simple et outil de manipulation ;
 — dialogue pour la création de configurations de départ pour la simulation
   de dynamique moléculaire ;
 — outils complémentaires pour la visualisation (information de géométrie,
   mise en évidence de région, etc) ;
 — animation de fichiers BIOSYM (ainsi que d’autres animations de rendu,
   voir ci-dessous).

GDIS permet aussi de réaliser les fonctions suivantes à l’aide d’autres paquets :

 — rendu de modèle (grâce à POVRay) ;
 — minimisation d’énergie (grâce à GULP) ;
 — calcul de morphologie (grâce à cdd) ;
 — traitement de groupe d’espace (grâce à SgInfo) ;
 — visualisation de la table périodique des éléments (grâce à GPeriodic) ;
 — chargement de types de fichier supplémentaires, tel PDB (grâce à Babel).
Screenshots of package gdis
Ggobi
système de visualisation de données de grande dimension
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package ggobi
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.1.10-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.1.9~20091212-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.1.11-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ggobi:
fieldstatistics
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
works-with-formatxml
Popcon: 45 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

GGobi est un programme libre de visualisation pour explorer les données de grande dimension. Il fournit des graphiques hautement dynamiques et interactifs comme des tours ainsi que des graphiques traditionnels comme le nuage de point, les diagrammes en barre et les lignes empilées. Les tracés sont interactifs et liés avec des brosses et une identification.

Pour plus d'information, veuillez consulter http://www.ggobi.org.

Ghemical
environnement de modélisation moléculaire sous GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical est un logiciel de modélisation de chimie écrit en C++. Il dispose d'une interface graphique utilisateur et prend en charge des modèles de mécanique quantique (semi-empirique) et des modèles de mécanique moléculaire. L'optimisation de la géométrie, la dynamique moléculaire et un grand ensemble d'outils de visualisation, réalisés à l'aide de la technologie OpenGL, sont actuellement disponibles.

Le logiciel Ghemical repose sur un code externe pour fournir les calculs de la mécanique quantique. Les méthodes semi-empiriques MNDO (« Modified Neglect of Diatomic Overlap »), MINDO/3 (« Modified Intermediate Neglect of Differential Overlap version 3 »), AM1 (« Austin Model 1 ») et PM3 (« Parameterized Model number 3 ») viennent du paquet MOPAC7 (« Molecular Orbital PACkage 7 ») dans le domaine public et sont inclus dans le paquet. Le paquet MPQC (« Massively Parallel Quantum Chemistry ») est utilisé pour proposer des méthodes ab initio (méthodes de chimie numérique basées sur la chimie quantique) : les méthodes basées sur la théorie Hartree-Fock sont actuellement prises en charge avec des ensembles de base allant de STO-3G à 6-31G**.

Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Gnuplot
programme de tracé interactif en ligne de commande
Versions of package gnuplot
ReleaseVersionArchitectures
sid5.2.7+dfsg1-5all
buster5.2.6+dfsg1-1+deb10u1all
squeeze4.4.0-1.1all
jessie4.6.6-2all
bullseye5.2.7+dfsg1-5all
jessie-security4.6.6-2+deb8u1all
stretch5.0.5+dfsg1-6+deb9u1all
wheezy4.6.0-8all
Debtags of package gnuplot:
fieldmathematics
interfacecommandline
roledummy, metapackage
useconverting
works-withimage, image:vector
Popcon: 189 users (51 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gnuplot est un utilitaire de tracé de données et de fonctions en ligne de commande qui prend en charge de nombreux formats de sortie, dont les pilotes pour de nombreuses imprimantes, (La)Tex, (x)fig, Postscript, etc. La version X11 est empaquetée dans gnuplot-x11.

Les fichiers de données et les fonctions définies par l'utilisateur peuvent être manipulés avec le langage interne de gnuplot (type langage C). Gnuplot peut effectuer des lissages, des régressions linéaires ou non linéaires (par splines notamment) et peut travailler avec les nombres complexes.

Ce métapaquet permet d’installer gnuplot avec toutes ses possibilités (-qt, -x11 ou -nox).

Other screenshots of package gnuplot
VersionURL
4.2.4-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/227/large.png
Screenshots of package gnuplot
Gpaw
DFT and beyond within the projector-augmented wave method
Versions of package gpaw
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye19.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid19.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 51 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

A density-functional theory (DFT) Python code based on the projector-augmented wave (PAW) method and the atomic simulation environment (ASE). It uses real-space uniform grids and multigrid methods, atom-centered basis-functions or plane-waves.

Please cite: J. J. Mortensen, L. B. Hansen and K. W. Jacobsen: Real-space grid implementation of the projector augmented wave method. (eprint) Physical Review B 71(3) (2005)
Gperiodic
Table périodique des éléments
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.10-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 40 users (28 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gperiodic est un petit programme X/GTK+ qui permet de parcourir un tableau périodique des éléments chimiques et de consulter des informations détaillées sur chacun d'eux. 118 éléments sont actuellement intégrés.

Other screenshots of package gperiodic
VersionURL
3.0.3-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/659/large.png
Screenshots of package gperiodic
Grace
outil de tracé graphique en XY
Maintainer: Nicholas Breen
Versions of package grace
ReleaseVersionArchitectures
wheezy5.1.22-13amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch5.1.25-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.1.25-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.1.25-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.1.22-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid5.1.25-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.1.24-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package grace:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, learning, printing
works-withimage, image:vector, text
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 233 users (92 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Grace est un outil de pointage-cliquage permettant à l’utilisateur de dessiner des graphiques X-Y. Il s’agit du programme précédemment connu comme Xmgr.

Quelques-unes de ses caractéristiques sont : mise à l’échelle définie par l’utilisateur, marques de graduation, étiquettes, symboles, styles de ligne, couleurs, régression polynomiale, cerces (spline), moyenne mobile, transformation de Fourier discrète et rapide, corrélation croisée ou automatique, traitement par lots pour un tracé automatique et prise en charge de l’impression pour PostScript, FrameMaker et plusieurs formats d’image.

Other screenshots of package grace
VersionURL
1:5.1.22-10https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/408/large.png
Screenshots of package grace
Graphviz
ensemble complet d'outils pour tracer des graphes
Versions of package graphviz
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.42.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.38.0-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze-security2.26.3-5+squeeze2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.42.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy-security2.26.3-14+deb7u2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.26.3-14+deb7u2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.26.3-5+squeeze2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster2.40.1-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.38.0-17amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package graphviz:
fieldmathematics
interfacecommandline, x11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeutility
uitoolkitathena, tk
useviewing
works-withgraphs, image, image:raster, image:vector
x11application
Popcon: 2328 users (2381 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Le dessin de graphes aborde le problème de la visualisation d'informations structurées par la construction de représentations géométriques de schémas abstraits et de réseaux. La génération automatique de graphes a d'importantes applications dans certaines technologies clés comme la conception de base de données, l'ingénierie logicielle, la conception VLSI et réseau ou encore les interfaces graphiques, dans d'autres domaines. Les situations dans lesquelles ces outils peuvent être particulièrement utiles sont :

  - Vous voulez restructurer un programme, mais vous devez d'abord
     comprendre les relations entre types, procédures et fichiers source ;
  - Vous devez identifier les goulets d'étranglement dans une dorsale
     Internet - les liens individuels et leurs relations ;
  - Vous devez déboguer un protocole ou une micro-architecture représentée
     par une machine à états finis et vous avez besoin de comprendre
     comment certains états d'erreur se produisent ;
  - Vous voulez naviguer dans un schéma de base de données, une base de
     connaissances, ou un programme distribué représentés graphiquement ;
  - Vous voulez avoir une représentation graphique d'un ensemble de
     documents liés ;
  - Vous voulez découvrir des types et des centres d'intérêts communs dans
     une base de données d'appels téléphoniques ou de messages
     électroniques.

Ce paquet contient les outils en ligne de commande.

Screenshots of package graphviz
Gsl-bin
Bibliothèque scientifique GNU (GSL, GNU Scientific Library) : binaires
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package gsl-bin
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental2.6+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.15+dfsg.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.14+dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.6
Debtags of package gsl-bin:
devellang:c
fieldmathematics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
suitegnu
Popcon: 93 users (94 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

La bibliothèque scientifique GNU (GSL, GNU Scientific Library) est une collection de routines pour l'analyse numérique. Les routines sont écrites en totalité par l'équipe GSL en C et présentent une interface de programmation (API) moderne pour les programmeurs C, tout en permettant d'écrire des adaptateurs pour des langages de très haut niveau.

Ce paquet fournit plusieurs exemples de binaires.

Page d'accueil : http://www.gnu.org/software/gsl/

Gwyddion
outil d'analyse et de visualisation de données SPM (« Scanning Probe Microscopy »)
Versions of package gwyddion
ReleaseVersionArchitectures
sid2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.47-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.38-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.28-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.20-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream2.54
Debtags of package gwyddion:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useanalysing, viewing
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 43 users (16 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Gwyddion est un programme modulaire pour la visualisation et l’analyse des données de microscopie à sonde locale (SPM – Scanning Probe Microscopy (SPM). Il est principalement conçu pour l’analyse des données du champ de hauteur obtenues par des techniques telles que (entre autres) :

 – le microscope à force atomique (AFM – Atomic Force Microscopy) ;
 – le microscope à force magnétique (MFM – Magnetic Force Microscopy) ;
 – le microscope à effet tunnel (STM – Scanning Tunneling Microscopy) ;
 – le microscope optique en champ proche (SNOM ou NSOM – Near-field
   Scanning Optical Microscopy).
Il peut aussi être utilisé pour n’importe quelle analyse de champ de

hauteur et d’image.

Ce paquet fournit l'application principale et ses modules. Il contient également un générateur d'aperçu pour GNOME (et Xfce) permettant de créer des aperçus pour tous les types de fichier pris en charge par Gwyddion.

Pygwy, l'interface de scriptage en Python pour Gwyddion, est également inclus.

Please cite: David Nečas and Petr Klapetek: Gwyddion: an open-source software for SPM data analysis. (eprint) Central European Journal of Physics 10(1):181-188 (2012)
Registry entries: RRID  OMICtools 
Screenshots of package gwyddion
Libblas3
implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée
Versions of package libblas3
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.20110419-10amd64,armel,armhf,i386
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.20110419-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package libblas3:
roleshared-lib
Popcon: 15255 users (6006 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) est un ensemble de sous-programmes performants permettant d'effectuer la plupart des opérations de base sur les vecteurs et les matrices. Ces sous-programmes sont largement utilisés comme base par d'autres logiciels d'algèbre linéaire de haute qualité, par exemple lapack et linpack. Cette mise en œuvre est celle de référence trouvée sur netlib.org et codée en Fortran 77.

Ce paquet contient une version partagée de la bibliothèque.

Libgsl0ldbl
GNU Scientific Library (GSL) -- library package
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package libgsl0ldbl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.15+dfsg.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.14+dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream2.6
Debtags of package libgsl0ldbl:
fieldmathematics
roleshared-lib
suitegnu
works-withsoftware:running
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free

The GNU Scientific Library (GSL) is a collection of routines for numerical analysis. The routines are written from scratch by the GSL team in C, and present a modern API for C programmers, while allowing wrappers to be written for very high level languages.

GSL includes data types and routines for complex numbers, vectors, matrices, basic linear algebra subroutines (BLAS), eigensystems, simulated annealing, minimization, root finding, pseudo-random numbers, least-squares fitting, fast Fourier transforms (FFT), differential equations, quadrature, Monte Carlo integration, special functions, physical constants, and much more.

This package provides the shared libraries required to run programs compiled with GNU GSL. To compile your own programs you also need to install libgsl0-dev.

Liblapack3
bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée
Versions of package liblapack3
ReleaseVersionArchitectures
buster3.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
sid3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.1+dfsg-1+deb70u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package liblapack3:
roleshared-lib
Popcon: 12334 users (4927 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

LAPACK version⋅3.x est une bibliothèque FORTRAN complète qui effectue des opérations d'algèbre linéaire, y compris l'inversion de matrice, la résolution de la méthode des moindres carrés d'ensembles linéaires d'équations, l'analyse de valeurs propres, la décomposition en valeurs singulières, etc. Ce paquet très complet et reconnu est intensivement utilisé dans la communauté scientifique.

Ce paquet fournit une version partagée de la bibliothèque.

Libssm-bin
macromolecular superposition library - binaries
Versions of package libssm-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SSM is a macromolecular coordinate superposition library, written by Eugene Krissinel of the EBI.

The library implements the SSM algorithm of protein structure comparison in three dimensions, which includes an original procedure of matching graphs built on the protein's secondary-structure elements, followed by an iterative three-dimensional alignment of protein backbone Calpha atoms.

This package contains the binaries of the libraries

Please cite: E. Krissinel and K. Henrick: Secondary-structure matching (SSM), a new tool for fast protein structure alignment in three dimensions. (PubMed,eprint) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 60(1):2256-68 (2004)
Mayavi2
paquet de visualisation scientifique de données 2D ou 3D
Versions of package mayavi2
ReleaseVersionArchitectures
buster4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.3.2-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.1.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.3.1-3.1amd64,armel,armhf,i386
sid4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4.7.1
Debtags of package mayavi2:
develexamples, lang:python
roleprogram
useviewing
Popcon: 51 users (33 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

MayaVi2 est un outil multiplateformes de visualisation de donnée scientifiques 2D et 3D. Ses fonctionnalités incluent :

  • Visualisation de données scalaires, en vecteur et de tenseur en 2 et 3 dimensions
  • Scriptabilité simple en Python
  • Extensitivé simple via des sources personnalisée, des modules et des filtres de données
  • lecture de divers formats de fichiers : VTK (de base et XML), PLOT3D, etc.
  • Enregistrement des visualisations
  • Enregistrement des visualisations affichées dans divers formats d'image.

MayaVi2 a été conçu pour être scriptable et extensible. Si vous pouvez utiliser l'application mayavi2 elle-même, vous pouvez l'utiliser comme greffon Envisage, ce qui vous permet de l'embarquer nativement dans des applications utilisateur. Vous pouvez aussi l'utiliser comme un moteur de

 visualisation pour une application.

Ce paquet fournit également TVTK, qui englobe des objets VTK pour offrir une API pratique et en Python, tout en supportant les attributs Traits et les palettes NumPy/SciPy. TVTK est en général implémenté en pur Python, sauf pour un petit module complémentaire.

Screenshots of package mayavi2
Mpich
Implementation of the MPI Message Passing Interface standard
Versions of package mpich
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.1-5amd64,armel,armhf,i386
buster3.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.3-3armel,armhf,mipsel
sid3.3.1-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
experimental3.3.1-2amd64,i386,mips64el,s390x
stretch3.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mpich:
adminbenchmarking, monitoring
networkhiavailability, load-balancing, scanner
scopeutility
usetransmission
Popcon: 67 users (61 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the program binaries necessary to run MPICH programs.

Mpqc
Massively Parallel Quantum Chemistry Program
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 32 users (23 upd.)*
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Git

MPQC is an ab-inito quantum chemistry program. It is especially designed to compute molecules in a highly parallelized fashion.

It can compute energies and gradients for the following methods:

  • Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
  • Density Functional Theory (DFT)
  • Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)

Additionally, it can compute energies for the following methods:

  • Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12)
  • Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
  • Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)

It also includes an internal coordinate geometry optimizer.

MPQC is built upon the Scientific Computing Toolkit (SC).

Nco
opérateurs en ligne de commandes pour analyser des fichiers netCDF
Versions of package nco
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.0.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster4.7.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.4.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid4.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.6.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package nco:
fieldmeteorology
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 40 users (9 upd.)*
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Git

NCO est un ensemble de programmes connus sous le nom d’opérateurs. Ceux-ci sont des programmes autonomes en ligne de commande, exécutables dans un interpréteur de commandes POSIX. Ils prennent un ou plusieurs fichiers netCDF en entrée, réalisent des opérations (par exemple, moyenne, hyperslabbing), et produisent un fichier de sortie netCDF. NCO a été conçu au départ pour analyser et manipuler des données climatiques, quoiqu’il puisse fonctionner avec n’importe quel ensemble de données au format netCDF.

Please cite: Charles S. Zender: Analysis of Self-describing Gridded Geoscience Data with netCDF Operators (NCO). (eprint) Environmental Modelling & Software 23(10):1338-1342 (2008)
Ncview
X11 visual browser for NetCDF format files
Versions of package ncview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.93g-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.7+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.93g-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.93g-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ncview:
fieldmeteorology
interfacex11
roleprogram
uitoolkitathena
useviewing
x11application
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You would use ncview to get a quick and easy, push-button look at your NetCDF files. You can view simple movies of the data, view along various dimensions, take a look at the actual data values, change color maps, invert the data and other simple visual operations.

Screenshots of package ncview
Netcdf-bin
Programmes pour lire et écrire des fichiers NetCDF
Versions of package netcdf-bin
ReleaseVersionArchitectures
experimental4.6.2.1-1~exp2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.1.1-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.1.3-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.1.3-7.2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.4.1.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4.7.1
Debtags of package netcdf-bin:
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
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Newer upstream!
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Contient les programmes ncdump et ncgen qui convertissent des fichiers NetCDF en fichiers ASCII et inversement. NetCDF (tetwork Common Data Form, format de données commun réseau) est une interface pour accèder à des données scientifiques et une bibliothèque logicielle librement distribuable qui fournissent une mise en oeuvre de l'interface. La bibliothèque NetCDF définit également un format indépendant de la machine pour représenter des données scientifiques. Ensemble, l'interface, la bibliothèque et le format supportent la création, l'accès et le partage de données scientifiques.

Octave
langage GNU Octave pour calculs numériques
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.4.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.2-5+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.8.2-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
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Octave est un langage de haut niveau (presque entièrement compatible avec Matlab®), d'abord destiné aux calculs numériques. Il fournit une interface pratique en ligne de commande, pour résoudre de façon numérique les problèmes linéaires et non linéaires.

Octave peut être étendu à l’aide de fichiers C++.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-doc texmacs
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
Openmpi-bin
high performance message passing library -- binaries
Versions of package openmpi-bin
ReleaseVersionArchitectures
buster3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6.5-9.1+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental4.0.2~rc1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.4.2-4amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
wheezy1.4.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
Debtags of package openmpi-bin:
admincluster
fieldbiology, chemistry, mathematics, physics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
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Open MPI is a project combining technologies and resources from several other projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open MPI offers advantages for system and software vendors, application developers and computer science researchers.

Features:

  • Full MPI-3.1 standards conformance
  • Thread safety and concurrency
  • Dynamic process spawning
  • High performance on all platforms
  • Reliable and fast job management
  • Network and process fault tolerance
  • Support network heterogeneity
  • Single library supports all networks
  • Run-time instrumentation
  • Many job schedulers supported
  • Internationalized error messages
  • Component-based design, documented APIs

This package contains the Open MPI utility programs.

Openmx
paquet de simulations nanométriques
Versions of package openmx
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.7.6-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.2.4.dfsg-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.7.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package openmx:
fieldchemistry, physics
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OpenMX (Open source package for Material eXplorer) est un paquet de programmes pour des simulations de matériaux nanométriques basées sur la théorie de la fonctionnelle de la densité, le pseudopotentiel à norme conservée et des fonctions de base localisées au pseudo-atome. Puisque le code est conçu pour la réalisation de calculs ab initio à très grande échelle sur des ordinateurs parallélisés, il est prévu qu’OpenMX puisse être un outil utile et puissant pour les sciences des matériaux nanométriques pour une large diversité de systèmes tels que les biomatériaux, les nanotubes de carbone, les matériaux magnétiques et les conducteurs nanométriques.

Screenshots of package openmx
Psi3
suite de programme de chimie quantique
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.4.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
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License: DFSG free
Svn

PSI3 est un programme de méthodes ab initio de chimie quantique. Il est spécialement conçu pour calculer avec précision les propriétés de molécules petites à moyennes en utilisant des techniques hautement corrélées.

Il peut calculer les énergies et les gradients par les méthodes suivantes :

 — méthodes de Hartree-Fock pour couche complète et restreinte pour
   couche ouverte (RHF/ROHF) (incluant les matrices analytiques
   hessiennes pour RHF) ;
 — théorie de la perturbation de Møller-Plesset (MP2) ;
 — champ auto-cohérent de l'espace actif complet (CASSCF) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » (CCSD) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
   « triples » (CCSD(T)) (seulement pour les fonctions d’onde de
   référence d’Hartree-Fock non restreinte (UHF).

De plus, il peut calculer les énergies par les méthodes suivantes :

 — méthode de Hartree-Fock non restreinte (UHF) ;
 — théorie de la perturbation de Møller-Plesset pour couche ouverte et
   complète (MP2) ;
 — théorie MP2 explicitement corrélée de couche complète (MP2-R12) et
   théorie MP2 adaptée au composant spin (SCS-MP2) ;
 — interaction de configuration multi-référence (MRCI) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
   « triples » (CCSD(T)) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » avec approximation du
   premier au second ordre (CC2/CC3) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » multiréférence
   (MRCCSD) ;
 — méthodes pour couche complète et restreinte pour couche ouverte
   d’équations de mouvement de cluster couplé « singles, doubles »
   (EOM-CCSD)

Les autres fonctions incluent :

 — format d’entrée flexible, modulaire et personnalisable ;
 — calcul d’états excités avec les méthodes CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF,
   MRCI et MRCCSD ;
 — optimiseur de géométrie de coordonnées interne ;
 — calcul des fréquences harmoniques ;
 — propriétés d’un électron tels que les moments dipolaires ou
   quadrupolaires, orbites naturelles, potentiel électrostatique,
   constantes de couplage hyperfin ou densité de spin ;
 — utilisation de groupe ponctuel de symétrie moléculaire pour une
   amélioration de l’efficacité.
Screenshots of package psi3
Python3-lmfit
Least-Squares Minimization with Constraints (Python 3)
Versions of package python3-lmfit
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.9.5+dfsg-2all
jessie0.8.0+dfsg.1-1all
sid0.9.11+dfsg-2all
buster0.9.11+dfsg-2all
bullseye0.9.11+dfsg-2all
upstream0.9.14
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Newer upstream!
License: DFSG free
Git

The lmfit Python package provides a simple, flexible interface to non-linear optimization or curve fitting problems. The package extends the optimization capabilities of scipy.optimize by replacing floating pointing values for the variables to be optimized with Parameter objects. These Parameters can be fixed or varied, have upper and/or lower bounds placed on its value, or written as an algebraic expression of other Parameters.

The principal advantage of using Parameters instead of simple variables is that the objective function does not have to be rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or what relationships or constraints are placed on the Parameters. This means a scientific programmer can write a general model that encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of that model to change what is varied and fixed, what range of values is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the model. The ease with which the model can be changed also allows one to easily test the significance of certain Parameters in a fitting model.

The lmfit package allows a choice of several optimization methods available from scipy.optimize. The default, and by far best tested optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method is by far the most tested and best support method in lmfit, and much of this document assumes this algorithm is used unless explicitly stated. An important point for many scientific analysis is that this is only method that automatically estimates uncertainties and correlations between fitted variables from the covariance matrix calculated during the fit.

A few other optimization routines are also supported, including Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and several others from scipy.optimize. In their native form, some of these methods setting allow upper or lower bounds on parameter variables, or adding constraints on fitted variables. By using Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of these methods, and makes it easy to swap between methods without hanging the objective function or set of Parameters.

Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned (and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute force search of the confidence intervals and correlations for sets of parameters.

This is the Python 3 version of the package.

Python3-scipy
outils scientifiques pour Python 3
Versions of package python3-scipy
ReleaseVersionArchitectures
experimental1.3.1-1exp3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.0-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.18.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.10.1+dfsg2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.1.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.3.1
Popcon: 1406 users (691 upd.)*
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License: DFSG free
Git

SciPy complète le module NumPy populaire (paquet python-numpy), rassemblant une grande variété de modules de haut niveau technique dans un seul paquet.

SciPy est un ensemble d’outils scientifiques et numériques pour Python. Il prend en charge, entre autres, les fonctions spéciales, la résolution d’intégrales et d’équations différentielles ordinaires, l’optimisation par gradient, des algorithmes génétiques, des outils de programmation parallèle, un compilateur expression-vers-C++ pour une exécution rapide.

Ce paquet fournit la version en Python 3.

Python3-sympy
Computer Algebra System (CAS) en Python (Python 3)
Versions of package python3-sympy
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.3-2all
buster1.3-2all
sid1.3-2all
stretch1.0-3all
upstream1.4
Popcon: 475 users (82 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

SymPy est une bibliothèque de Python pour le calcul symbolique (manipulation). Il vise à être un système de calcul formel (CAS — computer algebra system) complet tout en gardant le code aussi simple que possible pour être facilement compréhensible et extensible. SymPy est entièrement écrit en Python et ne demande pas de bibliothèques externes, à l’exception éventuelle de la prise en charge du tracé.

Ce paquet contient la version Python 3 de sympy.

Pyxplot
programme de traçage de données de qualité publiable
Maintainer: Stuart Prescott
Versions of package pyxplot
ReleaseVersionArchitectures
buster0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.8.3-1amd64,armel,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.8.4-5amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.9.2-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.9.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package pyxplot:
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scienceplotting, visualisation
useconverting, viewing
works-withtext
works-with-formatpdf, plaintext, postscript
Popcon: 160 users (10 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Pyxplot est un paquet contenant un outil polyvalent de traçage de graphes, un langage de script pour scientifique, une suite pour graphisme vectoriel et un traitement de données. L’interface est conçue pour que les tâches courantes – par exemple, le traçage de graphes étiquetés de données – soient réalisables à l’aide de commandes courtes, simples et intuitives.

Pyxplot produit des figures pouvant être publiées. À cette fin, les textes sont créés avec toute la beauté et flexibilité de l’environnement de composition LaTex.

Une documentation complète et des exemples sont disponibles dans le paquet pyxplot-doc. Une galerie d’exemples de traçages est disponible sur le site web du projet.

Quantum-espresso
suite Electronic-Structure et Ab-Initio Molecular Dynamics
Versions of package quantum-espresso
ReleaseVersionArchitectures
sid6.3-4arm64,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch6.0-3amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.4.1-1amd64,i386
jessie5.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster6.3-4amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.3-4amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package quantum-espresso:
roleprogram
Popcon: 13 users (14 upd.)*
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License: DFSG free
Git

ESPRESSO Quantum (anciennement connu sous le nom PWscf) est une suite intégrée de codes informatiques pour les calculs de structure électronique et de modélisation de matériaux à l'échelle nanométrique. Elle est basée sur la théorie de la densité fonctionnelle, les ondes planes et les pseudopotentiels (tous conservant les normes, ultrasoft et PAW).

Please cite: P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch: QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials. J. Phys. Condens. Matter 21:395502 (2009)
Science-numericalcomputation
paquets pour le calcul numérique de Debian Science
Versions of package science-numericalcomputation
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.7all
sid1.11all
jessie1.4all
wheezy1.0all
buster1.10all
squeeze0.12all
bullseye1.11all
Debtags of package science-numericalcomputation:
devellang:lisp
rolemetapackage, shared-lib
Popcon: 14 users (27 upd.)*
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License: DFSG free
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Ce métapaquet installe les paquets de Debian Science concernant le calcul numérique. Les paquets fournissent un système de calcul et visualisation orienté matrice pour le calcul scientifique et l’analyse de données. Ces paquets sont similaires aux systèmes commerciaux tels que Matlab et IDL.

Scilab
paquet logiciel scientifique pour le calcul numérique
Versions of package scilab
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5.1-7all
buster6.0.1-10all
wheezy5.3.3-10all
stretch5.5.2-4all
squeeze5.2.2-9all
sid6.0.1-10all
bullseye6.0.1-10all
Debtags of package scilab:
fieldelectronics, mathematics, physics, statistics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
useanalysing, learning
works-withimage
x11application
Popcon: 236 users (75 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Scilab est paquet logiciel scientifique basé sur le calcul matriciel. Scilab fournit en interne des centaines de fonctions mathématiques, des structures puissantes (incluant les polynômes, les fonctions rationnelles, les systèmes linéaires, les listes…), ainsi qu’un certain nombre de boîtes à outils spécifiques au contrôle, traitement de signal…

Ce paquet fournit aussi Xcos, un éditeur graphique pour concevoir des modèles de système dynamique hybride. Ces modèles peuvent être conçus, chargés, enregistrés, compilés ou simulés. Solution stable et efficiente pour les besoins industriels et académiques, Xcos fournit des fonctions pour la modélisation de système mécanique (automobile, aéronautique…), de circuit hydraulique (modélisation de barrage, canalisation…), etc. Des fonctions Modelica sont aussi fournies.

Pour une version minimale de scilab, le paquet « scilab-cli » est à installer.

Other screenshots of package scilab
VersionURL
5.2.2-2https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/950/large.png
Screenshots of package scilab
Udav
bibliothèque pour des graphiques scientifiques – interface graphique
Versions of package udav
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.5.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.7.1.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.4.2.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.2.1-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package udav:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 10 users (24 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Il s’agit d’une bibliothèque, libre et multi-plateforme, de routines C++ rapides pour un tracé de données jusqu’en trois dimensions. Elle peut exporter les graphiques dans des fichiers matriciels ou vectoriels EPS, SVG ou IDTF. Ces routines sont de simples interfaces graphiques basées sur GLUT, FLTK ou Qt. MathGL peut être aussi utilisé en console. Il existe des interfaces pour quelques langages comme C, Fortran, Pascal, Forth, Python ou Octave.

Ce paquet fournit l’environnement graphique basée sur mathgl.

V-sim
visualisation de structures atomiques
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.7.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 22 users (5 upd.)*
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License: DFSG free
Git

V_Sim visualise des structures atomiques telles que cristaux, joints de grain, molécules, etc. (au format binaire ou texte pur).

Le rendu est réalisé en pseudo-3D avec des sphères (atomes) ou des flèches (spins). L’utilisateur peut interagir à l’aide de plusieurs fonctions pour choisir la vue, définir les liaisons, dessiner les plans de coupe, calculer les surfaces à partir de champs scalaires, dupliquer des nœuds, mesurer la géométrie… De plus, V_Sim permet d’exporter les vues sous forme d’images PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (schéma) ou d’autres formats. D’autres outils sont aussi disponibles pour colorer les atomes à partir des valeurs de données ou réaliser une animation sur l’écran de plusieurs fichiers de position.

Screenshots of package v-sim

Official Debian packages with lower relevance

Axiom
système généraliste d'algèbre : programme principal et modules
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package axiom
ReleaseVersionArchitectures
buster20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy20120501-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze20100701-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,powerpc,s390,sparc
stretch20140801-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie20140801-6amd64,armel,armhf,i386
sid20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package axiom:
develcompiler, interpreter
fieldmathematics
interfacetext-mode
roleprogram
scopeutility
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License: DFSG free

Axiom est un programme utile pour l'enseignement et la recherche d'algorithmes mathématiques. Il définit une hiérarchie de types mathématiquement correcte et fortement typée. Il comporte un langage de programmation et un compilateur interne.

Axiom est développé depuis 1973 et était précédemment commercialisé. Il a été depuis publié comme logiciel libre.

Des efforts sont en cours pour :

  • étendre le logiciel afin de développer une meilleure interface utilisateur ;
  • le rendre utile pour l'enseignement ;
  • développer un protocole pour serveur d'algèbre ;
  • intégrer d'autres aspects des mathématiques ;
  • reconstruire l'algèbre dans un style de programmation littéraire (« literate programming ») ;
  • intégrer la programmation logique ;
  • développer un « Axiom Journal » comportant des articles d'un comité de lecture.

Ce paquet fournit le programme principal et tous les modules précompilés d'algèbre, qui peuvent être automatiquement chargés.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Dx
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) : paquet principal
Versions of package dx
ReleaseVersionArchitectures
buster4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.4.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.4.4-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.4.4-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze4.4.4-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package dx:
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
x11application
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License: DFSG free
Git

Data Explorer est un système d'outils et d'interfaces utilisateur pour visualiser des données. En termes généraux, la visualisation de données peut être divisé en trois étapes :

 1. Décrire et importer les données ;
 2. Traiter les données avec un programme de visualisation ;
 3. Présenter le résultat.
Ceci est le paquet principal.
Other screenshots of package dx
VersionURL
1:4.4.4-7https://screenshots.debian.net/screenshots/000/013/510/large.png
Screenshots of package dx
Dx-doc
OpenDX (explorateur IBM de visualisation de données) - documentation
Versions of package dx-doc
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.4.4-4all
buster4.4.4-12all
stretch4.4.4-9all
sid4.4.4-12all
bullseye4.4.4-12all
squeeze4.4.4-3all
jessie4.4.4-7all
Debtags of package dx-doc:
made-ofhtml
roledocumentation
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
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License: DFSG free
Git

L'explorateur de données est un ensemble d'outils et d'interfaces utilisateur pour visualiser des données. En termes généraux, la visualisation de données peut être considérée comme un processus en trois étapes :

  • décrire et importer des données ;
  • traiter ces données avec un programme de visualisation ;
  • soumettre l'image résultante. Ceci est le paquet de documentation. Il inclut une aide en ligne et une documentation html.
Dxsamples
Programmes d'exemples pour OpenDX Data Explorer
Versions of package dxsamples
ReleaseVersionArchitectures
buster4.4.0-4all
jessie4.4.0-1all
wheezy4.2.0-1all
squeeze4.2.0-1all
sid4.4.0-4all
bullseye4.4.0-4all
stretch4.4.0-3all
Debtags of package dxsamples:
develexamples
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useviewing
works-withimage
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License: DFSG free
Git

Ce paquet contient des exemples de scripts et de réseaux pour OpenDX Data Explorer. Ils sont référencés dans le tutoriel OpenDX mais peuvent aussi être utilisés indépendamment pour naviguer et investiguer.

Feel++-apps
A library for the finite element method
Versions of package feel++-apps
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.99.0-final.1-1amd64,i386
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License: DFSG free
Svn

Provides some applications codes(source and executables) such as laplacian with cG and dG methods, stokes, heat transfer, solid mechanics(static and dynamic).

Feel++ is a versatile finite element library to solve partial differential equations

Support 1D, 2D, 3D

Support the following basic entities: simplices (segment, triangle, tetrahedron) and product of simplices (quadrangle, hexahedron)

Support various point sets on these basic entities: equispaced points, quadrature points, interpolation points (Gauss-Lobatto, Fekete, WarpBlend?)

Support continuous and discontinuous Galerkin methods

Support various polynomial sets:

  • Lagrange(continuous,discontinuous,all dimensions,all interpolation point sets)

  • Dubiner(discontinuous), boundary adapted(continuous)

  • Legendre(discontinuous), boundary adapted(continuous)

Provide mathematical concept for higher order abstraction (Function spaces and associated elements, forms and operators)

Provide a language embedded in C++ for variational formulations, projection and numerical integration

Gpiv
GUI program for Particle Image Velocimetry
Versions of package gpiv
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.6.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.6.1-2.3amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.6.1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gpiv:
uitoolkitgtk
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License: DFSG free

Gpiv is a Graphic User Interface program using the GTK/GNOME libraries for Particle Image Velocimetry (PIV). The program gives a quick overview of the parameter settings of the processes and allows to change them easy, running the processes, individually or in a chain, visualizes and displays the results. The processes that may be invoked by Gpiv are:

Image processing: typical image manipulations that might be needed for PIV interrogation.

Image interrogation, resulting into estimators of particle image displacements.

Data validation to test on outliers, peak-locking effect and velocity gradients over the interrogation area's.

Data post-processing: data manipulation, spatial and time scaling to obtain a velocity field from the PIV data, calculation of spatial averages, vorticity and strain.

Screenshots of package gpiv
Gpivtools
command line programs for Particle Image Velocimetry
Versions of package gpivtools
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.6.0-3.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.6.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.6.0-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gpivtools:
interfacecommandline
roleprogram
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License: DFSG free

A collection of programs for images that are generated during a Particle Image Velocimetry (PIV) experiment. This is a technique to obtain the velocity field of a fluid flow quantitatively and is performed by tracking tracer particles that have been seeded to a fluid. The technique is also applied for observing deformations at surfaces of (solid) bodies. The package contains:

  • an image processing program for typical filtering and manipulation routines that may be convenient for PIV.
  • an image interrogation program resulting into estimators of particle image displacements.
  • validation programs to test on outliers, peak-locking effect and velocity gradients.
  • post-processing programs for data manipulation (flipping, rotation etc), spatial and time scaling, calculation of spatial averages and derivative quantities from the PIV data, like vorticity and strain.
  • miscellaneous programs and scripts to perform image format conversion, batch-processing, pipeline processing (image evaluation, validation and post-processing at once), calculation of time averages from a series of PIV data sets, data-visualization and data-manipulation.

All programs start with gpiv_.

This package contains all files used by gpivtools and gpivtools-mpi, like the man pages.

Hdf5-helpers
HDF5 (Hierarchical Data Format 5) – assistants
Versions of package hdf5-helpers
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy-security1.8.8-9+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.8.8-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.10.5+repack-1~exp8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.10.5
Popcon: 380 users (308 upd.)*
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HDF5 est un format de fichier et une bibliothèque pour stocker des données scientifiques. HDF5 a été conçu et mis en œuvre pour corriger les faiblesses de HDF4.x. Il possède un modèle de données plus puissant et souple, prend en charge les fichiers de plus de 2 Go et les E/S parallèles.

Ce paquet fourni des assistants pour HDF5.

Hdf5-tools
Format de données hiérarchique 5 (HDF5) - outils d'exécution
Versions of package hdf5-tools
ReleaseVersionArchitectures
sid1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.8.4-patch1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.8.8-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
wheezy-security1.8.8-9+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.10.5+repack-1~exp8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.10.5
Debtags of package hdf5-tools:
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useconverting
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License: DFSG free
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HDF5 est un format de fichier et une bibliothèque pour stocker des données scientifiques. HDF5 a été conçu et mis en oeuvre pour corriger les faiblesses de HDF4.x. Il possède un modèle de données plus puissant et souple, supporte les fichiers de plus de 2 Go et les E/S parallèles.

Ce paquet contient les outils d'exécution pour HDF5.

Libgraphviz-perl
Perl interface to the GraphViz graphing tool
Versions of package libgraphviz-perl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.10-1all
squeeze2.04-1all
jessie2.16-1all
stretch2.22-1all
buster2.22-1all
bullseye2.22-1all
sid2.22-1all
upstream2.24
Debtags of package libgraphviz-perl:
devellang:perl, library
works-withimage, image:raster, image:vector
Popcon: 170 users (81 upd.)*
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License: DFSG free
Git

This module provides an interface to layout and image generation of directed and undirected graphs in a variety of formats (PostScript, PNG, etc.) using the "dot", "neato", "twopi", "circo" and "fdp" programs from the GraphViz project (http://www.graphviz.org/ or http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/).

Maxima
système de calcul formel - système de base
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package maxima
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.38.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.34.1-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.27.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.21.1-2squeezeamd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream5.43.0
Debtags of package maxima:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 396 users (133 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free

Maxima est un programme de calcul symbolique. Il dispose de toutes les fonctionnalités pour le calcul formel de polynômes, matrices et fonctions rationnelles, l'intégration, les méthodes de Todd-coxeter d'analyse de groupes finis, les graphiques, le calcul sur flottants à précision arbitraire. Il possède un débogueur symbolique au niveau source pour le code maxima. Maxima est basé sur le programme Macsyma originel développé au MIT dans les années 1970. Il est assez fiable, possède un bon ramasse-miettes et n'a pas de fuites de mémoire. Il est livré avec des centaines de tests.

Ce paquet contient les principaux exécutables et les fichiers du système de base.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Mpich-doc
Documentation for MPICH
Versions of package mpich-doc
ReleaseVersionArchitectures
sid3.3.1-1all
jessie3.1-5all
buster3.3-3all
experimental3.3.1-2all
bullseye3.3-3all
sid3.3-3all
stretch3.2-7all
Debtags of package mpich-doc:
networkhiavailability, load-balancing, service
roledocumentation
works-withnetwork-traffic
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the MPICH documentation.

Netcdf-doc
Documentation for NetCDF
Versions of package netcdf-doc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.1.1-5all
bullseye4.6.2-1all
wheezy4.1.3-6all
stretch4.4.1.1-2all
jessie4.1.3-7.2all
experimental4.6.2.1-1~exp2all
sid4.6.2-1all
buster4.6.2-1all
upstream4.7.1
Debtags of package netcdf-doc:
made-ofhtml, info, postscript
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

NetCDF (network Common Data Form) is an interface for scientific data access and a freely-distributed software library that provides an implementation of the interface. The netCDF library also defines a machine-independent format for representing scientific data. Together, the interface, library, and format support the creation, access, and sharing of scientific data.

This package contains documentation for the NetCDF library in a variety of formats.

Openmpi-doc
high performance message passing library -- man pages
Versions of package openmpi-doc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.1.3-11all
jessie1.6.5-9.1+deb8u1all
wheezy1.4.5-1all
sid3.1.3-11all
stretch2.0.2-2all
experimental4.0.2~rc1-1all
buster3.1.3-11all
squeeze1.4.2-4all
Debtags of package openmpi-doc:
develdoc, examples
made-ofman
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open MPI is a project combining technologies and resources from several other projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open MPI offers advantages for system and software vendors, application developers and computer science researchers.

This package contains man pages describing the Message Passing Interface standard.

Pymca
applications et boite à outils pour l’analyse de fluorescence de rayons X – scripts
Versions of package pymca
ReleaseVersionArchitectures
sid5.5.2+dfsg-3all
wheezy4.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.7.4+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch5.1.3+dfsg-1all
buster5.4.3+dfsg-1all
bullseye5.5.2+dfsg-3all
Popcon: 14 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMca est un ensemble d’applications et de bibliothèques de Python pour l’analyse de spectre de fluorescence des rayons X.

Les applications incluses dans ce paquet sont :

 – edfviewer : affichage et inspection de fichiers de données au
               format de données ESRF ;
 – elementsinfo : affichage de données de rayons X d’élément spécifique ;
 – mca2edf : conversion des fichiers MCA SPEC vers EDF ;
 – peakidentifier : affichage de pics de fluorescence X dans une gamme
                    d’énergie donnée ;
 – pymcabatch : ajustement par lot de spectre ;
 – pymcapostbatch : post-traitement des résultats d’ajustement par lot ;
 – pymca : analyse de données interactive ;
 – pymcaroitool : outil de zone d’intérêt (ROI) d’imagerie.

La boîte à outils PyMca peut lire les fichiers de données aux formats SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA et SupaVisio.

Il s’agit des scripts du paquet.

Screenshots of package pymca
Python3-pygraphviz
interface Python pour le paquet de composition de graphes et de visualisation, Graphviz –⋅Python⋅3
Maintainer: Sandro Tosi
Versions of package python3-pygraphviz
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4~rc1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 22 users (34 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pygraphviz est une interface à Python pour le paquet de composition de graphes et de visualisation, Graphviz.

Avec Pygraphviz, il est possible de créer, éditer, lire, écrire et dessiner des graphes en utilisant Python, pour accéder à la structure de graphes de Graphviz et de ses algorithmes de mise en page.

Ce paquet fournit la version Python⋅3 de python-pygraphviz.

Qtiplot
analyse de données et tracé scientifique
Versions of package qtiplot
ReleaseVersionArchitectures
buster0.9.8.9-18amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.8.9-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.9.8.9-9amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.9.8.8-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package qtiplot:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 76 users (39 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Qtiplot est un grapheur complet similaire à Origin d'OriginLab (plus d'informations à propos d'Origin sur http://www.originlab.com).

Il peut tracer des données en deux et trois dimensions en qualité publication, aussi bien à partir de jeux de données que de fonctions. Il peut faire de la régression non linéaire et du multi-pic.

Quelques fonctionnalités :

 –⋅multi-plateforme⋅: fonctionne nativement sur les systèmes Windows, Mac
OS⋅X et Linux/Unix⋅;
 –⋅compatibilité complète aux scripts Python⋅;
 –⋅graphes 3D basés sur OpenGL⋅;
 –⋅graphes en qualité publication et export aisé dans divers formats
d'image (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, etc.)⋅;
 –⋅intégration facile au système de composition LaTeX⋅;
 –⋅feuilles de calculs puissantes et souples avec calculs avec une logique
en colonnes et import et export de fichiers multiples⋅;
 –⋅accès en un clic à des routines variées d'analyses de données internes⋅;
 –⋅analyses statistiques avancées⋅: test de Student, analyse de la
variance, test de variance du χ², test de normalité (Shapiro-Wilk)⋅;
 –⋅régressions en courbe linéaires ou non linéaires avec pondération et
estimation des erreurs statistiques des paramètres de régressions⋅;
 –⋅régression multi-pic⋅;
 –⋅outils d'analyse d'image⋅;
 –⋅prise en charge de modèles⋅: tous les réglages pour les graphes, les
tables et les matrices peuvent être sauvegardés et restaurés ultérieurement

dans un processus d'édition rapide⋅;

 –⋅fichiers de projets fondées sur les répertoires, un explorateur de
projets puissant avec des fonctionnalités internes de glisser/déposer et

outils de recherche⋅;

 –⋅importation complète de classeurs Excel et de tableurs au format Open
Document, de bases de données dBase, SQLite et Access Microsoft.
Screenshots of package qtiplot
Scidavis
application for scientific data analysis and visualization
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package scidavis
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.D13-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.2.4-3.3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.2.4-1amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package scidavis:
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitqt
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 20 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

SciDAVis is a free interactive application aimed at data analysis and publication-quality plotting. It combines a shallow learning curve and an intuitive, easy-to-use graphical user interface with powerful features such as scriptability and extensibility.

SciDAVis is similar in its field of application to proprietary Windows applications like Origin and SigmaPlot as well as free applications like QtiPlot, Labplot and Gnuplot.

What sets SciDAVis apart from the above is its emphasis on providing a friendly and open environment for new and experienced users alike.

Screenshots of package scidavis
Science-mathematics
Paquets Debian pour les Sciences Mathématiques
Versions of package science-mathematics
ReleaseVersionArchitectures
buster1.10all
wheezy1.0all
jessie1.4all
sid1.11all
bullseye1.11all
squeeze0.12all
stretch1.7all
Debtags of package science-mathematics:
fieldmathematics
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 11 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce méta-paquet installera les « Paquets Debian pour les Sciences Mathématiques » liés aux mathématiques. Vous serez peut-être aussi intéressé par le debtag field::mathematics et, selon vos intérêts, par le méta-paquet education-mathematics.

Science-statistics
paquets pour les statistiques de Debian Science
Versions of package science-statistics
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.4all
sid1.11all
wheezy1.0all
bullseye1.11all
buster1.10all
stretch1.7all
squeeze0.12all
Debtags of package science-statistics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 13 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce paquet fait partie du mélange exclusif « Debian Science » et installe les paquets concernant les statistiques. Cette tâche est une tâche générale pouvant être utile pour n’importe quels travaux scientifiques. Elle dépend de beaucoup de paquets R ainsi que d’autres outils utiles pour faire des statistiques. De plus la tâche « Science Mathematics » est suggérée pour installer facultativement tous les logiciels relatifs aux mathématiques.

Debian packages in contrib or non-free

Horae
interactive graphical processing and analysis of EXAFS data
Versions of package horae
ReleaseVersionArchitectures
squeeze071~svn533-1 (contrib)all
buster071~svn537-2.1 (contrib)all
bullseye071~svn537-2.1 (contrib)all
sid071~svn537-2.1 (contrib)all
stretch071~svn537-2.1 (contrib)all
wheezy071~svn536-1 (contrib)all
Debtags of package horae:
fieldchemistry, physics
roleprogram
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

ATHENA is an interactive graphical utility for processing EXAFS data. It handles most of the common data handling chores of interest, including deglitching, aligning, merging, background removal, and Fourier transforms.

ARTEMIS is an interactive graphical utility for fitting EXAFS data using theoretical standards from FEFF and sophisticated data modelling along with flexible data visualization and statistical analysis.

HEPHAESTUS is a souped up periodic table for the x-ray absorption spectroscopist. It provides a number of utilities involving tables of absorption coefficients and other chemical data.

Ifeffit
Interactive XAFS analysis program
Versions of package ifeffit
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
stretch1.2.11d-10.1 (contrib)amd64,i386
jessie1.2.11d-9.1 (contrib)amd64,i386
wheezy1.2.11d-8 (contrib)amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.2.11d-6 (contrib)amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
bullseye1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
Debtags of package ifeffit:
scopeapplication
uitoolkitncurses
x11application
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

IFEFFIT is an interactive program for XAFS analysis. It combines the high-quality analysis algorithms of AUTOBK and FEFFIT with graphical display of XAFS data and general data manipulation.

IFEFFIT comes as a command-line program, but the underlying functionality is available as a programming library. The IFEFFIT library can be used from C, Fortran, Tcl, Perl, and Python. This allows a variety of user interfaces (both graphical and non-graphical) to be written around IFEFFIT. Currently, three graphical user interfaces: G.I.FEFFIT, ATHENA/ARTEMIS, and SIXPACK are built on the underlying IFEFFIT library. IFEFFIT and all three GUIs are under active development, but are fairly well tested and ready for use.

Sixpack
full-featured package for XAS analysis
Maintainer: Carlo Segre
Versions of package sixpack
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.68-1 (contrib)all
squeeze0.66-3 (contrib)all
wheezy0.68-1 (contrib)all
Debtags of package sixpack:
roleprogram
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

Sam's Interface for XAS Package, or SIXPack for short, is the unification of the previously named SamXAS and SamView programs into a single analysis package. Thus the package can guide the user through data averaging and calibration, background removal, and many aspects of fitting.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

Unofficial packages built by somebody else

Octaviz
3D visualization system for Octave
License: unknown

Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that makes all VTK classes accessible from within Octave using the same object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.

Remark of Debian Science team: Removed from Debian

This package was removed from Debian but some versions are available from http://snapshot.debian.org/

Reasons are given here: http://bugs.debian.org/535537

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Exciting - wnpp
All-electron full-potential electronic-structure code
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

exciting is a full-potential all-electron Density-Functional-Theory (DFT) package based on the Linearized Augmented Plane-Wave (LAPW) method.

It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic species involved, and also allows for the investigation of the atomic-core region.

We particularly focus on excited state properties, within the framework of time-dependent DFT (TDDFT) as well as within many-body perturbation theory (MBPT).

No known packages available

Ape
Atomic pseudopotential generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

APE (Atomic Pseudopotential Engine) is a tool for generating atomic pseudopotentials within the Density-Functional Theory framework. It produces pseudopotential files suitable for use with SIESTA, OCTOPUS and ABINIT.

Atompaw
PAW atomic dataset generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The computer program atompaw generates projector and basis functions which are needed for performing electronic structure calculations based on the Projector-Augmented Wave (PAW) method. The program is applicable to materials throughout the periodic table. It produces an output file containing the projector and basis functions and the corresponding matrix elements in a form which can be read be the PWPAW and ABINIT codes. Additional data files are also produced which can be used to help evaluate the accuracy and efficiency of the generated functions.

Bigdft
Wavelet-based electronic-structure calculations
Responsible: Damien Caliste
License: GPL
Debian package not available

BigDFT is a DFT-based massively parallel electronic structure code using a wavelet basis set. Wavelets constitute a real space basis set distributed on an adaptive mesh (two levels of resolution in our implementation).

Thanks to our Poisson solver based on a Green function formalism, periodic systems, surfaces and isolated systems can be simulated with the proper boundary conditions. GTH or HGH pseudopotentials are used to remove the core electrons.

The Poisson solver is also integrated in ABINIT, OCTOPUS and CP2K.

Please cite: L. Genovese, A. Neelov, S. Goedecker, T. Deutsch, S. A. Ghasemi, A. Willand, D. Caliste, O. Zilberberg, M. Rayson, A. Bergman, R. Schneider: Daubechies wavelets as a basis set for density functional pseudopotential calculations. (2008)
Liblevmar-2-6
Levenberg-Marquardt nonlinear least squares algorithms
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The Levenberg-Marquardt (LM) algorithm is an iterative technique that finds a local minimum of a function that is expressed as the sum of squares of nonlinear functions. It has become a standard technique for nonlinear least-squares problems and can be thought of as a combination of steepest descent and the Gauss-Newton method.

This library provides native ANSI C implementations of the Levenberg-Marquardt optimization algorithm, usable also from C++, Matlab, Perl, Python, Haskell and Tcl. Both unconstrained and constrained (under linear equations, inequality and box constraints) Levenberg-Marquardt variants are included.

Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/levmar
Octopus
Real-space TDDFT-based electronic-structure code
Responsible: Miguel Marques
License: LGPL
Debian package not available

Octopus is a scientific program aimed at the ab initio virtual experimentation on a hopefully ever-increasing range of system types. Electrons are described quantum-mechanically within Density-Functional Theory (DFT), in its Time-Dependent form (TDDFT) when doing simulations in time. Nuclei are described classically as point particles. Electron-nucleus interaction is described within the pseudopotential approximation.

Please cite: A. Castro, H. Appel, M. Oliveira, C.A. Rozzi, X. Andrade, F. Lorenzen, M. A. L. Marques, E. K. U. Gross, A. Rubio: octopus: a tool for the application of time-dependent density functional theory. (2006)
Wannier90-1
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

This is an old version still used by several packages. A patched version compatible with the ETSF Software Suite is available from https://launchpad.net/wannier90.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/wannier90
Wannier90-2
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203432