Summary
Nanoscale Physics
paquets Debian pour les nanosciences
Ce méta-paquet installera les paquets scientifiques Debian liés aux
nanosciences. Celles-ci correspondent à l'étude des systèmes physiques
dont
les dimensions sont comprises entre 1 et 100 nm. Les propriétés de tels
systèmes dépendent en général du nombre d'atomes qui les constituent ; ce
nombre reste cependant relativement important pour en avoir une
description
précise.
Les nanosciences se situent au carrefour de la physique classique et de la
physique quantique. les précédents efforts de recherche prenaient en
compte
soit des systèmes plus petits, pour lesquels chacun peut développer ses
propres méthodes et logiciels indépendamment, soit des systèmes beaucoup
plus grands pour lesquels il était évidemment impossible de fournir une
description détaillée. Tenter de résoudre les problèmes soulevés par les
nanosciences nécessite une coopération et une coordination
pluridisciplinaire. Ce méta-paquet fait partie de cette entreprise.
Vous pourriez également être intéressé(e) par les paquets marqués avec
« field:physics » et suivant vos attentes, par les méta-paquets
« science-physics » et « education-physics ».
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
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Debian Science Nanoscale Physics packages
Official Debian packages with high relevance
abinit
paquet pour les calculs de structure électronique
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Versions of package abinit |
Release | Version | Architectures |
sid | 9.10.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 7.8.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 8.0.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 8.8.4-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 9.2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 9.6.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 10.3.0 |
Debtags of package abinit: |
field | chemistry, physics |
role | program |
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License: DFSG free
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ABINIT est un paquet dont le programme principal permet de trouver
l'énergie totale, la densité de charge et la structure électronique de
systèmes composés d'électrons et de noyaux (molécules et solides
périodiques) dans le cadre de la théorie fonctionnelle de la densité
(DFT, « Density Functional Theory ») en utilisant des pseudo-potentiels et
une base d'onde plane.
ABINIT inclut également des options pour optimiser la géométrie suivant les
forces et stress de la DFT, pour faire des simulations de dynamique
moléculaire en utilisant ces forces ou pour créer des matrices
dynamiques, des charges effectives de Born et des tenseurs diélectriques.
Les états excités peuvent être calculés suivant la DFT dépendante du temps
(pour les molécules) ou suivant la théorie des perturbations multicorps
(l'approximation GW). En plus du code principal d'ABINIT, différents
utilitaires sont fournis.
Ce paquet fournit les exécutables nécessaires aux calculs (mais les
pseudo-potentiels ne sont pas fournis). Le paquet abinit-data fournit un
ensemble de pseudo-potentiels.
Please cite:
X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger:
ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties.
(eprint)
Comput. Phys. Commun.
180(12):2582-2615
(2009)
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ase
environnement de simulation atomique
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Versions of package ase |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.22.1-3 | all |
bullseye | 3.21.1-2 | all |
sid | 3.23.0-1 | all |
trixie | 3.23.0-1 | all |
buster | 3.17.0-2 | all |
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License: DFSG free
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ASE est un environnement de simulation atomique écrit en Python et visant à
mettre en place, piloter et analyser des simulations atomiques. ASE fait
partie de CAMPOS, le projet libre CAMP.
ASE fournit les interfaces Python pour différents codes de structure
électronique dont Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW et SIESTA.
Ce paquet fournit les scripts exécutables.
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avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les
molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme
les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un
constructeur de molécules intuitif.
Fonctions disponibles :
— modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
de force automatique ;
— mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
conformation ;
— visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
— visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
— gestion des cellules cristallographiques ;
— création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
MOLPRO ;
— architecture de greffon flexible et script Python.
Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF,
Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.
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binoculars
réduction de données de détecteur 2D de diffraction de rayon X de surface
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Versions of package binoculars |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0.4-1 | all |
sid | 0.0.19-1 | all |
bullseye | 0.0.6-1 | all |
bookworm | 0.0.13-1 | all |
bookworm-backports | 0.0.19-1~bpo12+1 | all |
trixie | 0.0.19-1 | all |
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License: DFSG free
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BINoculars est un outil pour la réduction de données et l’analyse de grands
jeux de données de diffraction de surface acquises avec un détecteur de
rayons X bidimensionnel. L’intensité de chaque pixel d’un détecteur
bidimensionnel est projetée dans une grille tridimensionnelle en
coordonnées de réseau réciproque grâce à un algorithme de groupement de
données (binning). Cela permet une acquisition et un traitement rapides de
jeux de données de haute résolution et a pour résultat une réduction
significative de la taille du jeu de données. L’analyse suivante se fait
alors en espace réciproque. Cet outil a évolué à partir des besoins
spécifiques du beamline ID03 de l’ESRF, mais bénéficie d’une conception
modulaire et peut être facilement ajusté et étendu pour fonctionner avec
des données venant d’autres beamlines ou d’autres techniques de mesure.
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cadabra
système algébrique motivé par la théorie des champs
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Versions of package cadabra |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.46-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.46-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.39-0.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.46-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.46-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package cadabra: |
field | mathematics |
role | program |
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License: DFSG free
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Cadabra est un système algébrique spécifiquement conçu pour la résolution
de problèmes rencontrés en théorie des champs. Il dispose de
fonctionnalités étendues pour la simplification polynomiale de tenseurs
dont les symétries multitermes, les fermions et les variables
anti-commutation, les algèbres de Clifford et les transformations de Fierz,
la dépendance de coordonnées implicites, les types d'index multiples, etc.
Le format d'entrée est un sous-ensemble de TeX.
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cbflib-bin
utilitaires de manipulation de fichiers CBF
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Versions of package cbflib-bin |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.9.2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.9.7+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.9.7+dfsg1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.9.6+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.9.5.18+dfsg1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.9.2.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.9.7+dfsg1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package cbflib-bin: |
role | program |
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License: DFSG free
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CBFlib est une bibliothèque de fonctions en ANSI-C fournissant un
mécanisme simple pour lire des fichiers binaires cristallographiques (CBF)
et des fichiers d'images CIF (imgCIF).
Ce paquet fournit divers utilitaires.
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cif-linguist
transformation de données entre formats et dialectes de CIF
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Versions of package cif-linguist |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.4.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.4.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.4.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.4.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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L’API CIF fournit une interface en C standard pour lire, écrire et manipuler des
fichiers CIF (Crystallographic Information Files). Elle est prévue en
particulier pour CIF 2.0, mais fournit aussi une prise en charge pour CIF 1.1 et
les versions précédentes.
Ce paquet fournit cif_linguist, un programme expérimental pour la conversion de
données entre différentes versions du format de CIF.
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cod-tools
tools for manipulating CIF format files
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Versions of package cod-tools |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.10.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.1.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 3.10.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.7.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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cod-tools is a set of Perl modules and command line tools for
manipulating Crystallographic Information Format (CIF) v1.1 and v2.0
files.
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cp2k
Ab Initio Molecular Dynamics
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Versions of package cp2k |
Release | Version | Architectures |
sid | 2023.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 2023.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 8.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.5.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 6.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 2024.3 |
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License: DFSG free
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CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and
biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear
scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular
dynamics (AIMD) simulations.
CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on
pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian
calculations as well. Features include:
Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:
- Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
- Hartree-Fock (HF) energies and forces
- Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
- Random Phase Approximation (RPA) energies
- Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
- Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo-
potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave
approach (GPW/GAPW)
- Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core
corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
- Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5,
PW92 and PADE
- Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and
HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
- Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including
B3LYP, PBE0 and MCY3
- Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
- Additional XC functionals via LibXC
- Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
- Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW,
PBE-vdW and B97X-D
- DFT+U (Hubbard) correction
- Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges
(DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and
for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
- Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS)
matrix computation
- Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace
(DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
- Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
- Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear
scaling of molecular systems
- Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory
(TDDFPT)
Ab-initio Molecular Dynamics:
- Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
- Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
- PS extrapolation of initial wavefunction
- Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
- Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics
(Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics (SGCP))
Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:
- Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb
interactions between the QM and the MM part
- Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary
conditions
- Adaptive QM/MM
Further Features include:
- Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
- Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
for minimum energy path (MEP) calculations
- Global optimization of geometries
- Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
- Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL
and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and
self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without
periodic boundary conditions
- Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble
(NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling
through velocity rescaling (CSVR) thermostats
- Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy
calculations
- Classical Force-Field (MM) simulations
- Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
- Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
- ATOM code for pseudopotential generation
- Integrated molecular basis set optimization
CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).
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drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
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Versions of package drawxtl |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 5.5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 5.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 5.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package drawxtl: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut |
x11 | application |
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License: DFSG free
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À partir d'une description basique de la structure cristallographique,
incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les
positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité
électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui
contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les
sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de
Fourier et la limite de la maille élémentaire.
Quatre types de dessins sont produits :
- une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
-
un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de
haute qualité destinés à des publications ;
-
le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur
Internet ;
-
un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un
dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.
DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL,
SHELX, DISCUS et WIEN2k.
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etsf-io
Binary tools to check, merge and read ETSF files
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Versions of package etsf-io |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.4-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.4-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.3-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
The European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) is a European
network dedicated to providing support and services for ongoing
research in academic, government and industrial laboratories.
The ETSF is divided into 7 beamlines, each of which is concerned with
a specific scientific topic:
- Optics ;
- Energy Loss Spectroscopy ;
- Quantum Transport ;
- Time-resolved Spectroscopy ;
- Photo-emission Spectroscopy ;
- Vibrational Spectroscopy ;
- X-Rays Spectroscopy.
To allow the adoption of its recommendations about standardization, the
ETSF proposes different libraries and tools implementing or using these
specifications, as well as widely usable pieces of software.
ETSF_IO is a library of F90 routines to read/write the ETSF file format.
This package contains the user tools to:
- check file conformance to the specifications;
- extract data from files;
- merge multiple files from parallel runs, as specified in the
specifications.
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feynmf
ensemble de macros LaTeX pour créer des diagrammes de Feynman
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Versions of package feynmf |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.08-9 | all |
bullseye | 1.08-12 | all |
sid | 1.08-14 | all |
bookworm | 1.08-14 | all |
trixie | 1.08-14 | all |
buster | 1.08-11 | all |
stretch | 1.08-10 | all |
Debtags of package feynmf: |
field | physics |
made-of | tex |
works-with | text |
works-with-format | tex |
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License: DFSG free
|
FeynMF est un paquet LaTeX pour dessiner facilement des diagrammes de
Feynman, représentations graphiques des interactions fondamentales des
particules subatomiques, avec une qualité professionnelle. Les diagrammes
peuvent être créés en utilisant soit Metafont, soit MetaPost. FeynMF
dispose la plupart des diagrammes de manière satisfaisante à partir de la
structure du graphe, sans aucun besoin d'intervention manuelle. Cependant,
toute la puissance de Metafont ou MetaPost est disponible pour des cas plus
obscurs.
Remarquez que vous aurez besoin du paquet texlive-metapost afin d'utiliser
la version de FeynMF basée sur MetaPost.
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finalcif
editor for Crystallographic Information Format
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Versions of package finalcif |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 113+dfsg-2 | all |
sid | 137+dfsg-2 | all |
trixie | 137+dfsg-2 | all |
upstream | 144 |
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License: DFSG free
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Finalcif is a full-featured CIF file editor to make editing and validation of
CIF files easy. It collects all the information from a work folder needed in
order to finalize a CIF file for publication. In any case, one can also import
a valid CIF file to complete the information. In ideal cases, it takes one
click to have a publication-ready file.
Essentially, one should have the corresponding CIF file for FinalCif in its
original 'work' folder, which contains all other files such as SAINT list
files, SADABS list file, SHELX list files, etc. that led to this CIF file.
Checking the final CIF file with the IUCr CheckCIF server is a one-click
problem in FinalCif. One gets a web and PDF report or just a local PLATON CIF
check for computers without internet.
FinalCif generates beautiful CIF reports in seconds for publication as MS Word
files (also compatible with Openoffice etc.). The report includes tables of
structure properties like R-values or atom parameters and a report text about
the experiment conditions.
The button "save cif file" saves the current file under 'name'-finalcif.cif.
FinalCif will never make changes to the original CIF file.
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fityk
ajustement de courbes et analyse de données non linéaires d’usage général
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Versions of package fityk |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.3.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.3.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.3.1-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.1-0.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package fityk: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | calculation, modelling, plotting |
scope | utility |
uitoolkit | ncurses, wxwidgets |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Fityk est un programme flexible et portable pour la régression non linéaire
de fonctions analytiques (spécialement celles en forme de pic) pour des
données (habituellement des données expérimentales) – en d’autres mots pour
le tri et l’analyse non linéaire.
Il a été développé pour l’analyse de modèles de diffraction, mais peut être
aussi utilisé dans d’autres domaines, car les opérations et les concepts
particuliers à la cristallographie sont séparés du reste du programme.
Fityk propose diverses méthodes de régression non linéaire, détection
d’arrière-plan, calibration de données, positionnement aisé des pics et
modifications de leurs paramètres, automatisation des tâches courantes avec
des scripts et bien d’autres choses encore. Le principal avantage de ce
programme est sa souplesse – les paramètres des pics peuvent être de
manière arbitraire reliés les uns aux autres, par exemple, la largeur d’un
pic peut être une variable indépendante, la même que celle d’un autre pic
ou peut être donnée par une formule compliquée commune à tous les pics.
Libjs-sphinxdoc est nécessaire pour les éléments en Javascript dans la
documentation.
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garlic
logiciel de visualisation de biomolécules
|
Versions of package garlic |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.6-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package garlic: |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | xlib |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet
aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets
géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1.
Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques.
Il dépend uniquement des bibliothèque X, aucune autre bibliothèque n'est
nécessaire.
Parmi ses fonctions :
– la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une petite
fenêtre ;
– les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des objets
indépendants pour l'affichage ;
– la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position. Cinq
modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
– il est capable de représenter des images stéréographiques ;
– il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme une
membrane ;
– l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer le
pointeur au-dessus ;
– il est capable de charger plus d'une structure ;
– il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
hélicoïdales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité et
les moments hydrophobes ;
– l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés.
Please cite:
Damir Zucic and Davor Juretic:
Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program
(eprint)
Croatica Chemica Acta
77(1-2):397-401
(2004)
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gdis
visualisateur de modèle de molécule et de cristal
|
Versions of package gdis |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.90-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.90-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.90-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gdis: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Il s’agit d’un programme basé sur GTK+ pour l’affichage et la manipulation
de molécules isolées, de systèmes périodiques et de formes cristallines. Il
est en développement, mais néanmoins à peu près fonctionnel. Il possède les
caractéristiques suivantes :
— prise en charge de plusieurs types de fichier (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL,
MARVIN et GULP) ;
— création de molécule simple et outil de manipulation ;
— dialogue pour la création de configurations de départ pour la simulation
de dynamique moléculaire ;
— outils complémentaires pour la visualisation (information de géométrie,
mise en évidence de région, etc) ;
— animation de fichiers BIOSYM (ainsi que d’autres animations de rendu,
voir ci-dessous).
GDIS permet aussi de réaliser les fonctions suivantes à l’aide d’autres
paquets :
— rendu de modèle (grâce à POVRay) ;
— minimisation d’énergie (grâce à GULP) ;
— calcul de morphologie (grâce à cdd) ;
— traitement de groupe d’espace (grâce à SgInfo) ;
— visualisation de la table périodique des éléments (grâce à GPeriodic) ;
— chargement de types de fichier supplémentaires, tel PDB (grâce à Babel).
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ggobi
système de visualisation de données de grande dimension
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Versions of package ggobi |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1.12-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.1.12-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1.11-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ggobi: |
field | statistics |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
works-with-format | xml |
|
License: DFSG free
|
GGobi est un programme libre de visualisation pour explorer les données de
grande dimension. Il fournit des graphiques hautement dynamiques et
interactifs comme des tours ainsi que des graphiques traditionnels comme le
nuage de point, les diagrammes en barre et les lignes empilées. Les tracés
sont interactifs et liés avec des brosses et une identification.
Pour plus d'information, veuillez consulter http://www.ggobi.org.
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ghemical
environnement de modélisation moléculaire sous GNOME
|
Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Ghemical est un logiciel de modélisation de chimie écrit en C++. Il dispose
d'une interface graphique utilisateur et prend en charge des modèles de
mécanique quantique (semi-empirique) et des modèles de mécanique
moléculaire. L'optimisation de la géométrie, la dynamique moléculaire et
un grand ensemble d'outils de visualisation, réalisés à l'aide de la
technologie OpenGL, sont actuellement disponibles.
Le logiciel Ghemical repose sur un code externe pour fournir les calculs de
la mécanique quantique. Les méthodes semi-empiriques MNDO (« Modified
Neglect of Diatomic Overlap »), MINDO/3 (« Modified Intermediate Neglect of
Differential Overlap version 3 »), AM1 (« Austin Model 1 ») et PM3
(« Parameterized Model number 3 ») viennent du paquet MOPAC7 (« Molecular
Orbital PACkage 7 ») dans le domaine public et sont inclus dans le paquet.
Le paquet MPQC (« Massively Parallel Quantum Chemistry ») est utilisé pour
proposer des méthodes ab
initio (méthodes de chimie numérique basées sur la chimie quantique) : les
méthodes basées sur la théorie Hartree-Fock sont actuellement prises en charge
avec des ensembles de base allant de STO-3G à 6-31G**.
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gnuplot
programme de tracé interactif en ligne de commande
|
Versions of package gnuplot |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.0.5+dfsg1-6+deb9u1 | all |
jessie-security | 4.6.6-2+deb8u1 | all |
jessie | 4.6.6-2 | all |
buster | 5.2.6+dfsg1-1+deb10u1 | all |
bullseye | 5.4.1+dfsg1-1+deb11u1 | all |
bookworm | 5.4.4+dfsg1-2 | all |
trixie | 6.0.0+dfsg1-3 | all |
sid | 6.0.0+dfsg1-3 | all |
upstream | 6.0.rc3 |
Debtags of package gnuplot: |
field | mathematics |
interface | commandline |
role | dummy, metapackage |
use | converting |
works-with | image, image:vector |
|
License: DFSG free
|
Gnuplot est un utilitaire de tracé de données et de fonctions en ligne de
commande qui prend en charge de nombreux formats de sortie, dont les
pilotes pour de nombreuses imprimantes, (La)Tex, (x)fig, Postscript, etc.
La version X11 est empaquetée dans gnuplot-x11.
Les fichiers de données et les fonctions définies par l'utilisateur peuvent
être manipulés avec le langage interne de gnuplot (type langage C).
Gnuplot peut effectuer des lissages, des régressions linéaires ou
non linéaires (par splines notamment) et peut travailler avec les nombres
complexes.
Ce métapaquet permet d’installer gnuplot avec toutes ses possibilités (-qt,
-x11 ou -nox).
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|
gpaw
DFT and beyond within the projector-augmented wave method
|
Versions of package gpaw |
Release | Version | Architectures |
sid | 24.6.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 21.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 22.8.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 24.6.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
A density-functional theory (DFT) Python code
based on the projector-augmented wave (PAW) method and the
atomic simulation environment (ASE). It uses real-space uniform grids and
multigrid methods, atom-centered basis-functions or plane-waves.
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|
gperiodic
Table périodique des éléments
|
Versions of package gperiodic |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.0.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.0.10-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0.10-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gperiodic: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Gperiodic est un petit programme X/GTK+ qui permet de parcourir un tableau
périodique des éléments chimiques et de consulter des informations
détaillées sur chacun d'eux. 118 éléments sont actuellement intégrés.
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grace
outil de tracé graphique en XY
|
Versions of package grace |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.1.25-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.1.25-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.1.25-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.1.25-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.1.25-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 5.1.24-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 5.1.25-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package grace: |
field | mathematics |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | motif |
use | editing, learning, printing |
works-with | image, image:vector, text |
works-with-format | postscript |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Grace est un outil de pointage-cliquage permettant à l’utilisateur de dessiner
des graphiques X-Y. Il s’agit du programme précédemment connu comme Xmgr.
Quelques-unes de ses caractéristiques sont : mise à l’échelle définie par
l’utilisateur, marques de graduation, étiquettes, symboles, styles de
ligne, couleurs, régression polynomiale, cerces (spline), moyenne mobile,
transformation de Fourier discrète et rapide, corrélation croisée ou
automatique, traitement par lots pour un tracé automatique et prise en
charge de l’impression pour PostScript, FrameMaker et plusieurs formats
d’image.
|
|
graphviz
ensemble complet d'outils pour tracer des graphes
|
Versions of package graphviz |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.42.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.38.0-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.38.0-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch-security | 2.38.0-17+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386 |
trixie | 2.42.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.42.2-7+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.42.2-5+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-security | 2.40.1-6+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster | 2.40.1-6+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
experimental | 12.1.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 12.2.0 |
Debtags of package graphviz: |
field | mathematics |
interface | commandline, x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | utility |
uitoolkit | athena, tk |
use | viewing |
works-with | graphs, image, image:raster, image:vector |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Le dessin de graphes aborde le problème de la visualisation d'informations
structurées par la construction de représentations géométriques de schémas
abstraits et de réseaux. La génération automatique de graphes a
d'importantes applications dans certaines technologies clés comme la
conception de base de données, l'ingénierie logicielle, la conception VLSI
et réseau ou encore les interfaces graphiques, dans d'autres domaines. Les
situations dans lesquelles ces outils peuvent être particulièrement utiles
sont :
- Vous voulez restructurer un programme, mais vous devez d'abord
comprendre les relations entre types, procédures et fichiers source ;
- Vous devez identifier les goulets d'étranglement dans une dorsale
Internet - les liens individuels et leurs relations ;
- Vous devez déboguer un protocole ou une micro-architecture représentée
par une machine à états finis et vous avez besoin de comprendre
comment certains états d'erreur se produisent ;
- Vous voulez naviguer dans un schéma de base de données, une base de
connaissances, ou un programme distribué représentés graphiquement ;
- Vous voulez avoir une représentation graphique d'un ensemble de
documents liés ;
- Vous voulez découvrir des types et des centres d'intérêts communs dans
une base de données d'appels téléphoniques ou de messages
électroniques.
Ce paquet contient les outils en ligne de commande.
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gsl-bin
Bibliothèque scientifique GNU (GSL, GNU Scientific Library) : binaires
|
Versions of package gsl-bin |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.5+dfsg-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.16+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.8+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.8+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.7.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.6+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-security | 2.5+dfsg-6+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gsl-bin: |
devel | lang:c |
field | mathematics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
La bibliothèque scientifique GNU (GSL, GNU Scientific Library) est une
collection de routines pour l'analyse numérique. Les routines sont écrites
en totalité par l'équipe GSL en C et présentent une interface de
programmation (API) moderne pour les programmeurs C, tout en permettant
d'écrire des adaptateurs pour des langages de très haut niveau.
Ce paquet fournit plusieurs exemples de binaires.
Page d'accueil : http://www.gnu.org/software/gsl/
|
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gwyddion
outil d'analyse et de visualisation de données SPM (« Scanning Probe Microscopy »)
|
Versions of package gwyddion |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.38-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.52-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.57-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.62-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.66-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.66-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.47-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gwyddion: |
field | physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | analysing, viewing |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Gwyddion est un programme modulaire pour la visualisation et l’analyse des
données de microscopie à sonde locale (SPM – Scanning Probe Microscopy). Il
est principalement conçu pour l’analyse des données du champ de hauteur
obtenues par des techniques telles que (entre autres) :
– le microscope à force atomique (AFM – Atomic Force Microscopy) ;
– le microscope à force magnétique (MFM – Magnetic Force Microscopy) ;
– le microscope à effet tunnel (STM – Scanning Tunneling Microscopy) ;
– le microscope optique en champ proche (SNOM ou NSOM – Near-field
Scanning Optical Microscopy).
Il peut aussi être utilisé pour n’importe quelle analyse de champ de
hauteur et d’image.
Ce paquet fournit l'application principale et ses modules. Il contient
également un générateur d'aperçu pour GNOME (et Xfce) permettant de créer
des aperçus pour tous les types de fichier pris en charge par Gwyddion.
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libblas3
implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée
|
Versions of package libblas3 |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.8.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.9.0-3+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.11.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.7.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.20110419-10 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package libblas3: |
role | shared-lib |
|
License: DFSG free
|
BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) est un ensemble de sous-programmes
performants permettant d'effectuer la plupart des opérations de base sur
les vecteurs et les matrices. Ces sous-programmes sont largement utilisés
comme base par d'autres logiciels d'algèbre linéaire de haute qualité, par
exemple lapack et linpack. Cette mise en œuvre est celle de référence
trouvée sur netlib.org et codée en Fortran 77.
Ce paquet contient une version partagée de la bibliothèque.
Please cite:
E. Anderson, Z. Bai, C. Bischof, S. Blackford, J. Demmel, J. Dongarra, J. Du Croz, A. Greenbaum, S. Hammarling, A. McKenney and D. Sorensen:
LAPACK Users' Guide
(1999)
|
|
libgsl0ldbl
??? missing short description for package libgsl0ldbl :-(
|
Versions of package libgsl0ldbl |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.16+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package libgsl0ldbl: |
field | mathematics |
role | shared-lib |
suite | gnu |
works-with | software:running |
|
License: DFSG free
|
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liblapack3
bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée
|
Versions of package liblapack3 |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.11.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.5.0-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.9.0-3+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.8.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.7.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package liblapack3: |
role | shared-lib |
|
License: DFSG free
|
LAPACK version⋅3.x est une bibliothèque FORTRAN complète qui effectue des
opérations d'algèbre linéaire, y compris l'inversion de matrice, la
résolution de la méthode des moindres carrés d'ensembles linéaires
d'équations, l'analyse de valeurs propres, la décomposition en valeurs
singulières, etc. Ce paquet très complet et reconnu est intensivement
utilisé dans la communauté scientifique.
Ce paquet fournit une version partagée de la bibliothèque.
Please cite:
E. Anderson, Z. Bai, C. Bischof, S. Blackford, J. Demmel, J. Dongarra, J. Du Croz, A. Greenbaum, S. Hammarling, A. McKenney and D. Sorensen:
LAPACK Users' Guide
(1999)
|
|
libssm-bin
macromolecular superposition library - binaries
|
Versions of package libssm-bin |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.4.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
SSM is a macromolecular coordinate superposition library, written by
Eugene Krissinel of the EBI.
The library implements the SSM algorithm of protein structure
comparison in three dimensions, which includes an original procedure
of matching graphs built on the protein's secondary-structure
elements, followed by an iterative three-dimensional alignment of
protein backbone Calpha atoms.
This package contains the binaries of the libraries
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mayavi2
paquet de visualisation scientifique de données 2D ou 3D
|
Versions of package mayavi2 |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.7.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.3.1-3.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.5.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.8.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.8.2-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.8.2-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package mayavi2: |
devel | examples, lang:python |
role | program |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
MayaVi2 est un outil multiplateformes de visualisation de donnée scientifiques
2D et 3D. Ses fonctionnalités incluent :
- Visualisation de données scalaires, en vecteur et de tenseur en 2 et 3
dimensions
- Scriptabilité simple en Python
- Extensitivé simple via des sources personnalisée, des modules et des filtres
de données
- lecture de divers formats de fichiers : VTK (de base et XML), PLOT3D, etc.
- Enregistrement des visualisations
- Enregistrement des visualisations affichées dans divers formats d'image.
MayaVi2 a été conçu pour être scriptable et extensible. Si vous pouvez
utiliser l'application mayavi2 elle-même, vous pouvez l'utiliser comme
greffon Envisage, ce qui vous permet de l'embarquer nativement dans des
applications utilisateur. Vous pouvez aussi l'utiliser comme un moteur de
visualisation pour une application.
Ce paquet fournit également TVTK, qui englobe des objets VTK pour offrir une
API pratique et en Python, tout en supportant les attributs Traits et les palettes
NumPy/SciPy. TVTK est en général implémenté en pur Python, sauf pour un petit
module complémentaire.
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mpich
??? missing short description for package mpich :-(
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Versions of package mpich |
Release | Version | Architectures |
experimental | 4.2.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.0.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.4.1-5~deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 4.2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.2-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.1-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 4.2.3 |
Debtags of package mpich: |
admin | benchmarking, monitoring |
network | hiavailability, load-balancing, scanner |
scope | utility |
use | transmission |
|
License: DFSG free
|
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mpqc
programme de chimie quantique massivement parallèle
|
Versions of package mpqc |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.3.1-21 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.1-19 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.3.1-18+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.1-16 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mpqc: |
field | chemistry, physics |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
MPQC est un programme de chimie quantique ab initio. Il est spécialement
conçu pour effectuer des calculs sur les molécules de manière hautement parallélisée.
Il peut calculer des énergies et gradients avec les méthodes suivantes :
— méthode générale de Hartree-Fock restreinte pour couche ouverte
ou fermée ;
— théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) ;
— théorie de la perturbation de Møller-Plesset (MP) de second ordre pour
couche fermée.
De plus, il peut calculer des énergies avec les méthodes suivantes :
— théorie pour les couches ouvertes MP2 et les couches fermées
explicitement corrélées (MP2-R12) ;
— théorie de la perturbation de second ordre pour couche fermée
(OPT2[2]) ;
— théorie de la perturbation « Z-averaged » (ZAPT2).
Il comporte également un optimiseur interne de géométrie analytique.
MPQC est basé sur la boîte à outils scientifique SC (« Scientific
Computing Toolkit »).
Please cite:
The Massively Parallel Quantum Chemistry Program (MPQC), Version 2.3.1, Curtis L. Janssen, Ida B. Nielsen, Matt L. Leininger, Edward F. Valeev, Joseph P. Kenny, Edward T. Seidl, Sandia National Laboratories, Livermore, CA.
(2008)
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nco
opérateurs en ligne de commandes pour analyser des fichiers netCDF
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Versions of package nco |
Release | Version | Architectures |
stretch-backports | 4.7.9-1~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.7.9-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.6.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.9.7-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.1.4-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.2.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.2.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.4.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package nco: |
field | meteorology |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
NCO est un ensemble de programmes connus sous le nom d’opérateurs. Ceux-ci sont
des programmes autonomes en ligne de commande, exécutables dans un interpréteur
de commandes POSIX. Ils prennent un ou plusieurs fichiers netCDF en entrée,
réalisent des opérations (par exemple, moyenne, hyperslabbing), et produisent
un fichier de sortie netCDF. NCO a été conçu au départ pour analyser et
manipuler des données climatiques, quoiqu’il puisse fonctionner avec n’importe
quel ensemble de données au format netCDF.
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ncview
navigateur graphique X11 pour les fichiers au format NetCDF
|
Versions of package ncview |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.1.10+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.93g-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 2.1.10+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.1.7+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.8+ds-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.8+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1.8+ds-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ncview: |
field | meteorology |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | athena |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Ncview peut être utilisé pour obtenir une vision rapide, facile et bouton-
poussoir de fichiers NetCDF. L’utilisateur peut voir des films simples des
données, voir selon diverses dimensions, avoir un aperçu des valeurs réelles
des données, changer la carte des couleurs, inverser les données ainsi que
d’autres opérations graphiques simples.
|
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netcdf-bin
Programmes pour lire et écrire des fichiers NetCDF
|
Versions of package netcdf-bin |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.9.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.9.2-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 4.6.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 4.1.3-7.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 4.9.3~rc1-1~exp1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.9.2-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.4.1.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.7.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.9.3~rc1 |
Debtags of package netcdf-bin: |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Contient les programmes ncdump et ncgen qui convertissent des fichiers
NetCDF en fichiers ASCII et inversement. NetCDF (tetwork Common Data Form,
format de données commun réseau) est une interface pour accèder à des
données scientifiques et une bibliothèque logicielle librement
distribuable qui fournissent une mise en oeuvre de l'interface. La
bibliothèque NetCDF définit également un format indépendant de la machine
pour représenter des données scientifiques. Ensemble, l'interface, la
bibliothèque et le format supportent la création, l'accès et le partage de
données scientifiques.
|
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nexus-tools
format scientifique Nexus de fichiers de données – applications
|
Versions of package nexus-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.4.3-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.4.3-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.4.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.4.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.3.2-svn1921-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
NeXus est un format de données courant pour la science des rayons X, des
neutrons et des muons. Il a été développé comme norme internationale par
les scientifiques et les programmeurs des institutions scientifiques
majeures d’Europe, d’Asie, d’Australie et d’Amérique du Nord dans le but
d’améliorer la coopération pour l’analyse et la visualisation de données
de neutrons, de rayons X et de muons.
Ce paquet fournit quelques applications pour lire et écrire des fichiers NeXus.
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octave
langage GNU Octave pour calculs numériques
|
Versions of package octave |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.4.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch-backports | 4.4.1-4~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el |
bullseye | 6.2.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.0.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-backports | 5.2.0-3~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.2-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 7.3.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 4.4.0-3~bpo9+1 | s390x |
trixie | 9.2.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 9.2.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package octave: |
field | mathematics |
role | program |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
Octave est un langage de haut niveau (presque entièrement compatible avec
Matlab®), d'abord destiné aux calculs numériques. Il fournit une interface
pratique en ligne de commande, pour résoudre de façon numérique les
problèmes linéaires et non linéaires.
Octave peut être étendu à l’aide de fichiers C++.
|
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openkim-models
Models and model-drivers for KIM-API
|
Versions of package openkim-models |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2021.01.28-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2021.01.28-2.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster-backports | 2021.01.28-2~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2021.01.28-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2021.01.28-2.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
The KIM API is an Application Programming Interface for atomistic simulations.
The API provides a standard for exchanging information between atomistic
simulation codes (molecular dynamics, molecular statics, lattice dynamics,
Monte Carlo, etc.) and interatomic models (potentials or force fields).
It also includes a set of library routines for using the API with
bindings for:
FORTRAN 77, Fortran 90/95, Fortran 2003
C, C++
Atomistic simulation codes that support the KIM API work seamlessly with the
KIM-compliant interatomic models (KIM Models) distributed on this website.
The interface is computationally efficient and often requires relatively minor
changes to existing codes.
This package contains models and model-drivers for KIM-API
|
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openmpi-bin
high performance message passing library -- binaries
|
Versions of package openmpi-bin |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.1.6-13.3 | armel,armhf,i386 |
bullseye | 4.1.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.6.5-9.1+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 5.0.5-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.0.5-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.1.3-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.1.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.1.6-13.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package openmpi-bin: |
admin | cluster |
field | biology, chemistry, mathematics, physics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Open MPI is a project combining technologies and resources from several other
projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best
MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open
MPI offers advantages for system and software vendors, application developers
and computer science researchers.
Features:
- Full MPI-3.1 standards conformance
- Thread safety and concurrency
- Dynamic process spawning
- High performance on all platforms
- Reliable and fast job management
- Network and process fault tolerance
- Support network heterogeneity
- Single library supports all networks
- Run-time instrumentation
- Many job schedulers supported
- Internationalized error messages
- Component-based design, documented APIs
This package contains the Open MPI utility programs.
|
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openmx
paquet de simulations nanométriques
|
Versions of package openmx |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.8.5+dfsg1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.7.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.7.6-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package openmx: |
field | chemistry, physics |
|
License: DFSG free
|
OpenMX (Open source package for Material eXplorer) est un paquet de
programmes pour des simulations de matériaux nanométriques basées sur la
théorie de la fonctionnelle de la densité, le pseudopotentiel à norme
conservée et des fonctions de base localisées au pseudo-atome. Puisque le
code est conçu pour la réalisation de calculs ab initio à très grande
échelle sur des ordinateurs parallélisés, il est prévu qu’OpenMX puisse
être un outil utile et puissant pour les sciences des matériaux
nanométriques pour une large diversité de systèmes tels que les
biomatériaux, les nanotubes de carbone, les matériaux magnétiques et les
conducteurs nanométriques.
|
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psi3
suite de programme de chimie quantique
|
Versions of package psi3 |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 3.4.0-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package psi3: |
field | chemistry, physics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | suite |
use | calculating |
|
License: DFSG free
|
PSI3 est un programme de méthodes ab initio de chimie quantique. Il est
spécialement conçu pour calculer avec précision les propriétés de
molécules petites à moyennes en utilisant des techniques hautement
corrélées.
Il peut calculer les énergies et les gradients par les méthodes
suivantes :
— méthodes de Hartree-Fock pour couche complète et restreinte pour
couche ouverte (RHF/ROHF) (incluant les matrices analytiques
hessiennes pour RHF) ;
— théorie de la perturbation de Møller-Plesset (MP2) ;
— champ auto-cohérent de l'espace actif complet (CASSCF) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » (CCSD) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
« triples » (CCSD(T)) (seulement pour les fonctions d’onde de
référence d’Hartree-Fock non restreinte (UHF).
De plus, il peut calculer les énergies par les méthodes suivantes :
— méthode de Hartree-Fock non restreinte (UHF) ;
— théorie de la perturbation de Møller-Plesset pour couche ouverte et
complète (MP2) ;
— théorie MP2 explicitement corrélée de couche complète (MP2-R12) et
théorie MP2 adaptée au composant spin (SCS-MP2) ;
— interaction de configuration multi-référence (MRCI) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
« triples » (CCSD(T)) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » avec approximation du
premier au second ordre (CC2/CC3) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » multiréférence
(MRCCSD) ;
— méthodes pour couche complète et restreinte pour couche ouverte
d’équations de mouvement de cluster couplé « singles, doubles »
(EOM-CCSD)
Les autres fonctions incluent :
— format d’entrée flexible, modulaire et personnalisable ;
— calcul d’états excités avec les méthodes CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF,
MRCI et MRCCSD ;
— optimiseur de géométrie de coordonnées interne ;
— calcul des fréquences harmoniques ;
— propriétés d’un électron tels que les moments dipolaires ou
quadrupolaires, orbites naturelles, potentiel électrostatique,
constantes de couplage hyperfin ou densité de spin ;
— utilisation de groupe ponctuel de symétrie moléculaire pour une
amélioration de l’efficacité.
|
|
python3-lmfit
Least-Squares Minimization with Constraints (Python 3)
|
Versions of package python3-lmfit |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.9.11+dfsg-2 | all |
trixie | 1.2.2-3 | all |
jessie | 0.8.0+dfsg.1-1 | all |
bookworm | 1.1.0-1 | all |
bullseye | 1.0.1-6 | all |
stretch | 0.9.5+dfsg-2 | all |
sid | 1.2.2-3 | all |
upstream | 1.3.2 |
|
License: DFSG free
|
The lmfit Python package provides a simple, flexible interface to
non-linear optimization or curve fitting problems. The package
extends the optimization capabilities of scipy.optimize by replacing
floating pointing values for the variables to be optimized with
Parameter objects. These Parameters can be fixed or varied, have
upper and/or lower bounds placed on its value, or written as an
algebraic expression of other Parameters.
The principal advantage of using Parameters instead of simple
variables is that the objective function does not have to be
rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or
what relationships or constraints are placed on the Parameters. This
means a scientific programmer can write a general model that
encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of
that model to change what is varied and fixed, what range of values
is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the
model. The ease with which the model can be changed also allows one
to easily test the significance of certain Parameters in a fitting
model.
The lmfit package allows a choice of several optimization methods
available from scipy.optimize. The default, and by far best tested
optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from
MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method
is by far the most tested and best support method in lmfit, and much
of this document assumes this algorithm is used unless explicitly
stated. An important point for many scientific analysis is that this
is only method that automatically estimates uncertainties and
correlations between fitted variables from the covariance matrix
calculated during the fit.
A few other optimization routines are also supported, including
Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential
Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and
several others from scipy.optimize. In their native form, some of
these methods setting allow upper or lower bounds on parameter
variables, or adding constraints on fitted variables. By using
Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of
these methods, and makes it easy to swap between methods without
hanging the objective function or set of Parameters.
Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the
covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned
(and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute
force search of the confidence intervals and correlations for sets of
parameters.
This is the Python 3 version of the package.
|
|
python3-scipy
outils scientifiques pour Python 3
|
Versions of package python3-scipy |
Release | Version | Architectures |
experimental | 1.14.0-1exp5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.14.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.1.0-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.13.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.13.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.10.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.6.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.18.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.14.1 |
|
License: DFSG free
|
SciPy complète le module NumPy populaire (paquet python-numpy),
rassemblant une grande variété de modules de haut niveau technique dans un
seul paquet.
SciPy est un ensemble d’outils scientifiques et numériques pour Python. Il
prend en charge, entre autres, les fonctions spéciales, la résolution
d’intégrales et d’équations différentielles ordinaires, l’optimisation par
gradient, des algorithmes génétiques, des outils de programmation
parallèle, un compilateur expression-vers-C++ pour une exécution rapide.
|
|
python3-sympy
Computer Algebra System (CAS) en Python (Python 3)
|
Versions of package python3-sympy |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.3-2 | all |
sid | 1.13.3-1 | all |
trixie | 1.13.3-1 | all |
bookworm | 1.11.1-1 | all |
bullseye | 1.7.1-3 | all |
stretch | 1.0-3 | all |
|
License: DFSG free
|
SymPy est une bibliothèque de Python pour le calcul symbolique
(manipulation). Il vise à être un système de calcul formel (CAS — computer
algebra system) complet tout en gardant le code aussi simple que possible
pour être facilement compréhensible et extensible. SymPy est entièrement
écrit en Python et ne demande pas de bibliothèques externes, à l’exception
éventuelle de la prise en charge du tracé.
Ce paquet contient la version Python 3 de sympy.
The package is enhanced by the following packages:
texmacs-bin
|
|
pyxplot
programme de traçage de données de qualité professionnelle
|
Versions of package pyxplot |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.9.2-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.9.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.9.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.9.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.9.2-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.9.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.9.2-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package pyxplot: |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
science | plotting, visualisation |
use | converting, viewing |
works-with | text |
works-with-format | pdf, plaintext, postscript |
|
License: DFSG free
|
Pyxplot est un paquet contenant un outil polyvalent de traçage de graphes,
un langage de script pour scientifique, une suite pour graphisme vectoriel
et un traitement de données. L’interface est conçue pour que les tâches
courantes – par exemple, le traçage de graphes étiquetés de données –
soient réalisables à l’aide de commandes courtes, simples et intuitives.
Pyxplot produit des figures de qualité professionnelle. À cette fin, les
textes sont créés avec toute la beauté et flexibilité de l’environnement
de composition LaTex.
Une documentation complète et des exemples sont disponibles dans le paquet
pyxplot-doc. Une galerie d’exemples de traçage est disponible sur le site
web du projet.
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|
quantum-espresso
suite Electronic-Structure et Ab-Initio Molecular Dynamics
|
Versions of package quantum-espresso |
Release | Version | Architectures |
buster | 6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 6.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 6.7-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package quantum-espresso: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
ESPRESSO Quantum (anciennement connu sous le nom PWscf) est une suite
intégrée de codes informatiques pour les calculs de structure électronique
et de modélisation de matériaux à l'échelle nanométrique. Elle est basée sur
la théorie de la densité fonctionnelle, les ondes planes et les
pseudopotentiels (tous conservant les normes, ultrasoft et PAW).
Please cite:
P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch:
QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials.
J. Phys. Condens. Matter
21:395502
(2009)
|
|
sasview
Small Angle Scattering Analysis suite
|
Versions of package sasview |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.0.3-3 | all |
trixie | 5.0.6-4 | all |
bookworm | 5.0.5-5 | all |
experimental | 5.0.5-2 | all |
sid | 5.0.6-4 | all |
buster | 4.2.1-1 | all |
upstream | 6.0.0 |
|
License: DFSG free
|
SasView is software for the analysis of Small-Angle Scattering (SAS)
data.
It fits analytic functions describing different types of material
microstructure to experimental data in order to determine the shape,
size and degree of ordering.
SasView also includes tools for calculating scattering length
densities, slit sizes, resolution, fringe thicknesses/d-spacings, the
(Porod) invariant ('total scattering'), and distance distribution
functions.
SasView is a Small Angle Scattering Analysis Software Package,
originally developed as part of the NSF DANSE project under the name
SansView, now managed by an international collaboration of facilities.
This package installs the sasview executable script.
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science-numericalcomputation
paquets pour le calcul numérique de Debian Science
|
Versions of package science-numericalcomputation |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.14.6 | all |
buster | 1.10 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
jessie | 1.4 | all |
sid | 1.14.6 | all |
stretch | 1.7 | all |
bookworm | 1.14.5 | all |
Debtags of package science-numericalcomputation: |
devel | lang:lisp |
role | metapackage, shared-lib |
|
License: DFSG free
|
Ce métapaquet installe les paquets de Debian Science concernant le calcul
numérique. Les paquets fournissent un système de calcul et visualisation
orienté matrice pour le calcul scientifique et l’analyse de données. Ces
paquets sont similaires aux systèmes commerciaux tels que Matlab et IDL.
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scilab
paquet logiciel scientifique pour le calcul numérique
|
Versions of package scilab |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 6.1.0+dfsg1-7 | all |
buster | 6.0.1-10+deb10u1 | all |
stretch-security | 5.5.2-4+deb9u1 | all |
stretch | 5.5.2-4 | all |
jessie | 5.5.1-7 | all |
trixie | 2024.1.0+dfsg-6 | all |
sid | 2024.1.0+dfsg-6 | all |
bookworm | 6.1.1+dfsg2-6 | all |
upstream | 2025.0.0 |
Debtags of package scilab: |
field | electronics, mathematics, physics, statistics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | analysing, learning |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Scilab est paquet logiciel scientifique basé sur le calcul matriciel.
Scilab fournit en interne des centaines de fonctions mathématiques, des
structures puissantes (incluant les polynômes, les fonctions rationnelles,
les systèmes linéaires, les listes…), ainsi qu’un certain nombre de boîtes
à outils spécifiques au contrôle, traitement de signal…
Ce paquet fournit aussi Xcos, un éditeur graphique pour concevoir des
modèles de système dynamique hybride. Ces modèles peuvent être conçus,
chargés, enregistrés, compilés ou simulés.
Solution stable et efficiente pour les besoins industriels et académiques,
Xcos fournit des fonctions pour la modélisation de système mécanique
(automobile, aéronautique…), de circuit hydraulique (modélisation de
barrage, canalisation…), etc. Des fonctions Modelica sont aussi fournies.
Pour une version minimale de scilab, le paquet « scilab-cli » est à
installer.
The package is enhanced by the following packages:
texmacs-bin
|
|
udav
library for scientific graphs (window interface)
|
Versions of package udav |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.3.4-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 8.0.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.2.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 8.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.2.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package udav: |
field | mathematics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
A free cross-platform library of fast C++ routines for plotting data in up
to 3 dimensions. It can export plots to bitmaps and vector EPS, SVG, IDTF
files. There are simple window interfaces based on GLUT, FLTK and/or Qt.
MathGL can also be used in the console. There are interfaces to a set of
languages, such as, C, Fortran, Pascal, Forth, Python, Octave.
This package contains the udav window environment based on mathgl.
|
|
v-sim
Visualize atomic structures
|
Versions of package v-sim |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.7.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.7.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package v-sim: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
V_Sim visualizes atomic structures such as crystals, grain boundaries,
molecules and so on (either in binary format, or in plain text format).
The rendering is done in pseudo-3D with spheres (atoms) or arrows (spins).
The user can interact through many functions to choose the view, set the
bindings, draw cutting planes, compute surfaces from scalar fields,
duplicate nodes, measure geometry... Moreover V_Sim allows one to export the
view as images in PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) and other formats.
Some tools are also available to colorize atoms from data values or to
animate on screen many position files.
|
|
voronota
Voronoi diagram-based tool to find atom contacts
|
Versions of package voronota |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.22.3149-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.22.3149-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.19.2352-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.22.3149-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.22.3149-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.27.3834 |
|
License: DFSG free
|
The analysis of macromolecular structures often requires a comprehensive
definition of atomic neighborhoods. Such a definition can be based on the
Voronoi diagram of balls, where each ball represents an atom of some van
der Waals radius. Voronota is a software tool for finding all the
vertices of the Voronoi diagram of balls. Such vertices correspond to the
centers of the empty tangent spheres defined by quadruples of balls.
Voronota is especially suitable for processing three-dimensional
structures of biological macromolecules such as proteins and RNA.
Since version 1.2 Voronota also uses the Voronoi vertices to construct
inter-atom contact surfaces and solvent accessible surfaces. Voronota
provides tools to query contacts, generate contacts graphics, compare
contacts and evaluate quality of protein structural models using
contacts.
|
|
Official Debian packages with lower relevance
axiom
système généraliste d'algèbre : programme principal et modules
|
Versions of package axiom |
Release | Version | Architectures |
jessie | 20140801-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 20170501-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 20170501-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 20170501-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 20170501-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 20170501-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 20140801-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package axiom: |
devel | compiler, interpreter |
field | mathematics |
interface | text-mode |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Axiom est un programme utile pour l'enseignement et la recherche
d'algorithmes mathématiques. Il définit une hiérarchie de types
mathématiquement correcte et fortement typée. Il comporte un langage de
programmation et un compilateur interne.
Axiom est développé depuis 1973 et était précédemment commercialisé. Il a
été depuis publié comme logiciel libre.
Des efforts sont en cours pour :
- étendre le logiciel afin de développer une meilleure interface
utilisateur ;
- le rendre utile pour l'enseignement ;
- développer un protocole pour serveur d'algèbre ;
- intégrer d'autres aspects des mathématiques ;
- reconstruire l'algèbre dans un style de programmation littéraire
(« literate programming ») ;
- intégrer la programmation logique ;
- développer un « Axiom Journal » comportant des articles d'un comité de
lecture.
Ce paquet fournit le programme principal et tous les modules
précompilés d'algèbre, qui peuvent être automatiquement chargés.
The package is enhanced by the following packages:
texmacs-bin
|
|
dx
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) : paquet principal
|
Versions of package dx |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.4.4-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.4.4-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 4.4.4-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.4.4-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.4.4-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.4.4-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.4.4-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package dx: |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | motif |
use | viewing |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Data Explorer est un système d'outils et d'interfaces utilisateur pour
visualiser des données. En termes généraux, la visualisation de données
peut être divisé en trois étapes :
1. Décrire et importer les données ;
2. Traiter les données avec un programme de visualisation ;
3. Présenter le résultat.
Ceci est le paquet principal.
|
|
dx-doc
OpenDX (explorateur IBM de visualisation de données) - documentation
|
Versions of package dx-doc |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.4.4-17 | all |
jessie | 4.4.4-7 | all |
stretch | 4.4.4-9 | all |
buster | 4.4.4-12 | all |
bullseye | 4.4.4-13 | all |
bookworm | 4.4.4-15 | all |
trixie | 4.4.4-17 | all |
Debtags of package dx-doc: |
made-of | html |
role | documentation |
uitoolkit | motif |
use | viewing |
works-with | image |
|
License: DFSG free
|
L'explorateur de données est un ensemble d'outils et d'interfaces
utilisateur pour visualiser des données. En termes généraux, la
visualisation de données peut être considérée comme un processus en trois
étapes :
- décrire et importer des données ;
- traiter ces données avec un programme de visualisation ;
- soumettre l'image résultante.
Ceci est le paquet de documentation. Il inclut une aide en ligne et une
documentation html.
|
|
dxsamples
Programmes d'exemples pour OpenDX Data Explorer
|
Versions of package dxsamples |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.4.0-4 | all |
stretch | 4.4.0-3 | all |
jessie | 4.4.0-1 | all |
sid | 4.4.0-5 | all |
trixie | 4.4.0-5 | all |
bookworm | 4.4.0-5 | all |
bullseye | 4.4.0-5 | all |
Debtags of package dxsamples: |
devel | examples |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | viewing |
works-with | image |
|
License: DFSG free
|
Ce paquet contient des exemples de scripts et de réseaux pour OpenDX Data
Explorer. Ils sont référencés dans le tutoriel OpenDX mais peuvent aussi
être utilisés indépendamment pour naviguer et investiguer.
|
|
feel++-apps
??? missing short description for package feel++-apps :-(
|
Versions of package feel++-apps |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.99.0-final.1-1 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
|
|
gpiv
??? missing short description for package gpiv :-(
|
Versions of package gpiv |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.6.1-2.3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gpiv: |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
|
|
gpivtools
??? missing short description for package gpivtools :-(
|
Versions of package gpivtools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.6.0-3.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gpivtools: |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
|
|
hdf5-helpers
|
Versions of package hdf5-helpers |
Release | Version | Architectures |
jessie-security | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
jessie | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.10.4+repack-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster-security | 1.10.4+repack-10+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.10.6+repack-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.10.8+repack1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.14.4.3+repack-1~exp3 | arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.14.5+repack-1~exp1 | amd64 |
upstream | 1.14.3 |
|
License: DFSG free
|
HDF5 (Hierarchical Data Format 5) est un format de fichier et une
bibliothèque pour stocker des données scientifiques. HDF5 a été conçu et
mis en œuvre pour corriger les faiblesses de HDF4.x. Il possède un modèle
de données plus puissant et souple, prend en charge les fichiers de plus
de 2 Go et les E/S parallèles.
Ce paquet fourni des assistants pour HDF5.
|
|
hdf5-tools
HDF5 – outils d'exécution
|
Versions of package hdf5-tools |
Release | Version | Architectures |
buster-security | 1.10.4+repack-10+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.10.6+repack-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.10.8+repack1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 1.14.5+repack-1~exp1 | amd64 |
trixie | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.14.4.3+repack-1~exp3 | arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie-security | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
jessie | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.10.4+repack-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 1.14.3 |
Debtags of package hdf5-tools: |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | converting |
|
License: DFSG free
|
HDF5 (Hierarchical Data Format 5) est un format de fichier et une
bibliothèque pour stocker des données scientifiques. HDF5 a été conçu et
mis en œuvre pour corriger les faiblesses de HDF4.x. Il possède un modèle
de données plus puissant et souple, supporte les fichiers de plus de 2 Go
et les E/S parallèles.. Ce paquet contient les outils d'exécution pour
HDF5.
|
|
libgraphviz-perl
Perl interface to the GraphViz graphing tool
|
Versions of package libgraphviz-perl |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.24-1 | all |
buster | 2.22-1 | all |
bullseye | 2.24-1 | all |
bookworm | 2.24-1 | all |
trixie | 2.24-1 | all |
stretch | 2.22-1 | all |
jessie | 2.16-1 | all |
upstream | 2.26 |
Debtags of package libgraphviz-perl: |
devel | lang:perl, library |
works-with | image, image:raster, image:vector |
|
License: DFSG free
|
This module provides an interface to layout and image generation of
directed and undirected graphs in a variety of formats (PostScript,
PNG, etc.) using the "dot", "neato", "twopi", "circo" and "fdp"
programs from the GraphViz project (http://www.graphviz.org/ or
http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/).
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maxima
système de calcul formel - système de base
|
Versions of package maxima |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.47.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 5.34.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 5.42.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.38.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.44.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.46.0-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.47.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package maxima: |
field | mathematics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Maxima est un programme de calcul symbolique. Il dispose de toutes les
fonctionnalités pour le calcul formel de polynômes, matrices et fonctions
rationnelles, l'intégration, les méthodes de Todd-coxeter d'analyse de
groupes finis, les graphiques, le calcul sur flottants à précision
arbitraire. Il possède un débogueur symbolique au niveau source pour le
code maxima. Maxima est basé sur le programme Macsyma originel développé au
MIT dans les années 1970. Il est assez fiable, possède un bon
ramasse-miettes et n'a pas de fuites de mémoire. Il est livré avec des
centaines de tests.
Ce paquet contient les principaux exécutables et les fichiers du système de
base.
The package is enhanced by the following packages:
texmacs-bin
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mpich-doc
??? missing short description for package mpich-doc :-(
|
Versions of package mpich-doc |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.0.2-3 | all |
jessie | 3.1-5 | all |
experimental | 4.2.1-3 | all |
bullseye | 3.4.1-5~deb11u1 | all |
buster | 3.3-3 | all |
trixie | 4.2.0-14 | all |
stretch | 3.2-7 | all |
sid | 4.2.0-14 | all |
upstream | 4.2.3 |
Debtags of package mpich-doc: |
network | hiavailability, load-balancing, service |
role | documentation |
works-with | network-traffic |
|
License: DFSG free
|
|
|
netcdf-doc
documentation pour NetCDF
|
Versions of package netcdf-doc |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.6.2-1 | all |
bookworm | 4.9.0-3 | all |
jessie | 4.1.3-7.2 | all |
stretch | 4.4.1.1-2 | all |
experimental | 4.9.3~rc1-1~exp1 | all |
sid | 4.9.2-7 | all |
bullseye | 4.7.4-1 | all |
trixie | 4.9.2-7 | all |
upstream | 4.9.3~rc1 |
Debtags of package netcdf-doc: |
made-of | html, info, postscript |
role | documentation |
|
License: DFSG free
|
NetCDF (network Common Data Form, « formulaire de données communes en réseau »)
est une interface pour l'accès aux données scientifiques et une bibliothèque
logicielle librement distribuée qui met en œuvre l'interface. La bibliothèque
NetCDF définit aussi un format indépendant de la machine pour représenter des
données scientifiques. Ensemble, l'interface, la bibliothèque et le format
gèrent la création, l'accès et le partage de données scientifiques.
Ce paquet fournit la documentation pour la bibliothèque de NetCDF dans divers
formats.
|
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openmpi-doc
high performance message passing library -- man pages
|
Versions of package openmpi-doc |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.6.5-9.1+deb8u1 | all |
trixie | 4.1.6-13.3 | all |
buster | 3.1.3-11 | all |
sid | 5.0.5-3 | all |
sid | 4.1.6-13.3 | all |
bullseye | 4.1.0-10 | all |
bookworm | 4.1.4-3 | all |
stretch | 2.0.2-2 | all |
experimental | 5.0.5-5 | all |
Debtags of package openmpi-doc: |
devel | doc, examples |
made-of | man |
role | documentation |
|
License: DFSG free
|
Open MPI is a project combining technologies and resources from several other
projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best
MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open
MPI offers advantages for system and software vendors, application developers
and computer science researchers.
This package contains man pages describing the Message Passing Interface
standard.
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pymca
applications et boite à outils pour l’analyse de fluorescence de rayons X – scripts
|
Versions of package pymca |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.9.3+dfsg-1 | all |
trixie | 5.9.3+dfsg-1 | all |
stretch | 5.1.3+dfsg-1 | all |
bullseye | 5.6.3+dfsg-1 | all |
bookworm | 5.8.0+dfsg-2 | all |
buster | 5.4.3+dfsg-1 | all |
bookworm-backports | 5.8.7+dfsg-2~bpo12+1 | all |
jessie | 4.7.4+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
PyMca est un ensemble d’applications et de bibliothèques de Python pour
l’analyse de spectre de fluorescence des rayons X.
Les applications incluses dans ce paquet sont :
– edfviewer : affichage et inspection de fichiers de données au
format de données ESRF ;
– elementsinfo : affichage de données de rayons X d’élément spécifique ;
– mca2edf : conversion des fichiers MCA SPEC vers EDF ;
– peakidentifier : affichage de pics de fluorescence X dans une gamme
d’énergie donnée ;
– pymcabatch : ajustement par lot de spectre ;
– pymcapostbatch : post-traitement des résultats d’ajustement par lot ;
– pymca : analyse de données interactive ;
– pymcaroitool : outil de zone d’intérêt (ROI) d’imagerie.
La boîte à outils PyMca peut lire les fichiers de données aux formats
SPEC,
ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA et SupaVisio.
Il s’agit des scripts du paquet.
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python3-pygraphviz
interface Python pour le paquet de composition de graphes et de visualisation, Graphviz –⋅Python⋅3
|
Versions of package python3-pygraphviz |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.5-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.7-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.14-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.14-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.4~rc1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Pygraphviz est une interface à Python pour le paquet de composition de
graphes et de visualisation, Graphviz.
Avec Pygraphviz, il est possible de créer, éditer, lire, écrire et dessiner
des graphes en utilisant Python, pour accéder à la structure de graphes de
Graphviz et de ses algorithmes de mise en page.
Ce paquet fournit la version Python⋅3 de python-pygraphviz.
|
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qtiplot
analyse de données et tracé scientifique
|
Versions of package qtiplot |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.9.8.9-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.9.8.9-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.9.8.9-18 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package qtiplot: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Qtiplot est un grapheur complet similaire à Origin d'OriginLab (plus
d'informations à propos d'Origin sur http://www.originlab.com).
Il peut tracer des données en deux et trois dimensions en qualité
publication, aussi bien à partir de jeux de données que de fonctions. Il
peut faire de la régression non linéaire et du multi-pic.
Quelques fonctionnalités :
–⋅multi-plateforme⋅: fonctionne nativement sur les systèmes Windows, Mac
OS⋅X et Linux/Unix⋅;
–⋅compatibilité complète aux scripts Python⋅;
–⋅graphes 3D basés sur OpenGL⋅;
–⋅graphes en qualité publication et export aisé dans divers formats
d'image (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, etc.)⋅;
–⋅intégration facile au système de composition LaTeX⋅;
–⋅feuilles de calculs puissantes et souples avec calculs avec une logique
en colonnes et import et export de fichiers multiples⋅;
–⋅accès en un clic à des routines variées d'analyses de données internes⋅;
–⋅analyses statistiques avancées⋅: test de Student, analyse de la
variance, test de variance du χ², test de normalité (Shapiro-Wilk)⋅;
–⋅régressions en courbe linéaires ou non linéaires avec pondération et
estimation des erreurs statistiques des paramètres de régressions⋅;
–⋅régression multi-pic⋅;
–⋅outils d'analyse d'image⋅;
–⋅prise en charge de modèles⋅: tous les réglages pour les graphes, les
tables et les matrices peuvent être sauvegardés et restaurés ultérieurement
dans un processus d'édition rapide⋅;
–⋅fichiers de projets fondées sur les répertoires, un explorateur de
projets puissant avec des fonctionnalités internes de glisser/déposer et
outils de recherche⋅;
–⋅importation complète de classeurs Excel et de tableurs au format Open
Document, de bases de données dBase, SQLite et Access Microsoft.
|
|
scidavis
??? missing short description for package scidavis :-(
|
Versions of package scidavis |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.D13-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package scidavis: |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | qt |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
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science-mathematics
Paquets Debian pour les Sciences Mathématiques
|
Versions of package science-mathematics |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.14.5 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
sid | 1.14.6 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
buster | 1.10 | all |
stretch | 1.7 | all |
jessie | 1.4 | all |
Debtags of package science-mathematics: |
field | mathematics |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Ce méta-paquet installera les « Paquets Debian pour les Sciences
Mathématiques » liés aux mathématiques. Vous serez peut-être aussi
intéressé par le debtag field::mathematics et, selon vos intérêts, par le
méta-paquet education-mathematics.
|
|
science-statistics
paquets pour les statistiques de Debian Science
|
Versions of package science-statistics |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.14.6 | all |
buster | 1.10 | all |
bookworm | 1.14.5 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
stretch | 1.7 | all |
jessie | 1.4 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
Debtags of package science-statistics: |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Ce paquet fait partie du mélange exclusif « Debian Science » et installe
les paquets concernant les statistiques. Cette tâche est une tâche générale
pouvant être utile pour n’importe quels travaux scientifiques. Elle dépend
de beaucoup de paquets R ainsi que d’autres outils utiles pour faire des
statistiques. De plus la tâche « Science Mathematics » est suggérée pour
installer facultativement tous les logiciels relatifs aux mathématiques.
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
|
Versions of package fdmnes |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.0.20120607-1 | all |
|
License: To-be-clarified
Version: 0.0.20120607-1
|
FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to
the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the
absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is
in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed
with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same
way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or
resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the
comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help
of objective criteria.
|
Unofficial packages built by somebody else
octaviz
3D visualization system for Octave
|
|
License: unknown
|
Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that
makes all VTK classes accessible from within Octave using the same
object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides
high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those
functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour
plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.
|
No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
All-electron full-potential electronic-structure code
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
exciting is a full-potential all-electron Density-Functional-Theory
(DFT) package based on the Linearized Augmented Plane-Wave (LAPW)
method.
It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic
species involved, and also allows for the investigation of the
atomic-core region.
We particularly focus on excited state properties, within the framework
of time-dependent DFT (TDDFT) as well as within many-body perturbation
theory (MBPT).
|
No known packages available
ape
Atomic pseudopotential generator
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
APE (Atomic Pseudopotential Engine) is a tool for generating atomic
pseudopotentials within the Density-Functional Theory framework. It
produces pseudopotential files suitable for use with SIESTA, OCTOPUS
and ABINIT.
|
atompaw
PAW atomic dataset generator
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
The computer program atompaw generates projector and basis functions
which are needed for performing electronic structure calculations based
on the Projector-Augmented Wave (PAW) method. The program is applicable
to materials throughout the periodic table. It produces an output file
containing the projector and basis functions and the corresponding
matrix elements in a form which can be read be the PWPAW and ABINIT
codes. Additional data files are also produced which can be used to
help evaluate the accuracy and efficiency of the generated functions.
|
bigdft
Wavelet-based electronic-structure calculations
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
BigDFT is a DFT-based massively parallel electronic structure code using
a wavelet basis set. Wavelets constitute a real space basis set
distributed on an adaptive mesh (two levels of resolution in our
implementation).
Thanks to our Poisson solver based on a Green function formalism,
periodic systems, surfaces and isolated systems can be simulated with
the proper boundary conditions. GTH or HGH pseudopotentials are used to
remove the core electrons.
The Poisson solver is also integrated in ABINIT, OCTOPUS and CP2K.
Please cite:
L. Genovese, A. Neelov, S. Goedecker, T. Deutsch, S. A. Ghasemi, A. Willand, D. Caliste, O. Zilberberg, M. Rayson, A. Bergman, R. Schneider:
Daubechies wavelets as a basis set for density functional pseudopotential calculations.
(2008)
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liblevmar-2-6
Levenberg-Marquardt nonlinear least squares algorithms
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|
License: GPL
Debian package not available
|
The Levenberg-Marquardt (LM) algorithm is an iterative technique that finds
a local minimum of a function that is expressed as the sum of squares of
nonlinear functions. It has become a standard technique for nonlinear
least-squares problems and can be thought of as a combination of steepest
descent and the Gauss-Newton method.
This library provides native ANSI C implementations of the Levenberg-Marquardt
optimization algorithm, usable also from C++, Matlab, Perl, Python, Haskell
and Tcl. Both unconstrained and constrained (under linear equations,
inequality and box constraints) Levenberg-Marquardt variants are included.
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octopus
Real-space TDDFT-based electronic-structure code
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License: LGPL
Debian package not available
|
Octopus is a scientific program aimed at the ab initio virtual
experimentation on a hopefully ever-increasing range of system types.
Electrons are described quantum-mechanically within Density-Functional
Theory (DFT), in its Time-Dependent form (TDDFT) when doing simulations
in time. Nuclei are described classically as point particles.
Electron-nucleus interaction is described within the pseudopotential
approximation.
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wannier90-1
Maximally Localized Wannier Functions
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License: GPL
Debian package not available
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Wannier90 is an electronic-structure software computing
maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other
electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.
This is an old version still used by several packages. A patched version
compatible with the ETSF Software Suite is available from
https://launchpad.net/wannier90.
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wannier90-2
Maximally Localized Wannier Functions
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License: GPL
Debian package not available
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Wannier90 is an electronic-structure software computing
maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other
electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.
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