Debian Science Project
Summary
Nanoscale physics
pacchetti Debian Science per fisica alla nanoscala

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian Science relativi alla fisica alla nanoscala, che rappresenta lo studio dei sistemi fisici con dimensioni che vanno tipicamente da 1 a 100 nm. Le proprietà di tali sistemi solitamente dipendono dal numero di atomi di cui sono composti, con questo numero che è ancora relativamente grande per una descrizione accurata.

La nanoscala è il punto di incontro tra la fisica classica e la quantistica. I precedenti sforzi di ricerca consideravano sistemi ancora più piccoli, per cui ognuno poteva sviluppare i propri metodi e software in modo indipendente, oppure sistemi molto più grandi, per cui era chiaramente impossibile fornire una descrizione dettagliata. Affrontare le sfide poste dalla nanoscala richiede invece sforzi cooperativi e coordinati in un contesto multidisciplinare. Questo pacchetto fa parte di tale impresa.

Si potrebbe essere interessati anche al debtag field::physics e, a seconda del proprio campo di interesse, ai metapacchetti physics e education-physics.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Nanoscale physics packages

Official Debian packages with high relevance

Abinit
pacchetto per calcoli su strutture elettroniche
Versions of package abinit
ReleaseVersionArchitectures
sid8.10.2-1mips64el
stretch8.0.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster8.8.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid8.10.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.3.4.dfsg-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.3.4.dfsg-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie7.8.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package abinit:
fieldchemistry, physics
roleprogram
Popcon: 18 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ABINIT è un pacchetto il cui programma principale permette di trovare l'energia totale, la densità di carica e la struttura elettronica di sistemi fatti da elettroni e nuclei (molecole e solidi periodici) nella teoria del funzionale della densità (DFT), usando pseudopotenziali e basi a onda piana.

ABINIT include anche opzioni per ottimizzare la geometria secondo le forze e le sollecitazioni della DFT, o per eseguire simulazioni molecolari dinamiche usando tali forze, o per generare matrici dinamiche, cariche di Born effettive e tensori dielettrici. Gli stati eccitati possono essere calcolati nella teoria del funzionale della densità dipendente dal tempo (per le molecole), o nella teoria della perturbazione a molti corpi (l'approssimazione GW). In aggiunta al codice principale di ABINIT, sono forniti diversi programmi di utilità.

Questo pacchetto contiene gli eseguibili necessari per effettuare i calcoli (gli pseudopotenziali non sono tuttavia forniti). Per un insieme di pseudopotenziali installare il pacchetto abinit-data.

Please cite: X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger: ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties. (eprint) Comput. Phys. Commun. 180(12):2582-2615 (2009)
Ase
Atomic Simulation Environment
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
sid3.18.1-1all
bullseye3.18.1-1all
buster3.17.0-2all
Popcon: 13 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ASE è un Atomic Simulation Environment scritto nel linguaggio di programmazione Python con lo scopo di impostare, pilotare e analizzare simulazioni atomiche. ASE fa parte di CAMPOS, il progetto CAMP Open Source.

ASE contiene interfacce Python per svariati codici di strutture elettroniche differenti, inclusi Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW e SIESTA.

Questo pacchetto contiene gli script eseguibili.

Please cite: S. R. Bahn and K. W. Jacobsen: An object-oriented scripting interface to a legacy electronic structure code. (2002)
Avogadro
sistema di grafica e modellamento molecolare
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 98 users (42 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

  • modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
  • meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
  • visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
  • visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
  • gestione di unità a cella cristallografiche;
  • generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
  • architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
0.8.1-5https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/732/large.png
Screenshots of package avogadro
Binoculars
riduzione dati da rilevatore 2D di diffrazione di superficie di raggi X
Versions of package binoculars
ReleaseVersionArchitectures
buster0.0.4-1all
bullseye0.0.4-1all
sid0.0.4-1all
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BINoculars è uno strumento per la riduzione di dati e per l'analisi di grandi insiemi di dati diffrazione di superficie che sono stati acquisiti con un rilevatore bidimensionale di raggi X. L'intensità di ciascun pixel di un rilevatore bidimensionale è proiettata su una griglia tridimensionale in coordinate reciproche di griglia usando un algoritmo di classificazione. Ciò permette una veloce acquisizione ed elaborazione di insiemi di dati ad alta risoluzione e ha come risultato una significativa riduzione delle dimensioni dell'insieme di dati. L'analisi successiva procede poi nello spazio reciproco. È evoluto dalle necessità specifiche del beamline ID03 allo ESRF, ma è una progettazione modulare e può essere facilmente adattato ed esteso per funzionare con dati da altri beamline o da altre tecniche di misurazione.

Cadabra
sistema di algebra computazionale finalizzato alla teoria dei campi
Versions of package cadabra
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.46-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.25-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.29-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.39-0.2amd64,armel,armhf,i386
buster1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package cadabra:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 18 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Cadabra è un sistema di algebra computazionale progettato specificamente per la soluzione di problemi che si incontrano nella teoria dei campi. Ha molte funzionalità per la semplificazione polinomiale di tensori tra le quali simmetrie multi-termine, fermioni e variabili anti-commutative, algebre di Clifford e trasformazioni di Fierz, dipendenza da coordinate implicite, tipi ad indici multipli e molto altro. Il formato di input è un sottoinsieme di TeX.

Cbflib-bin
utilità per manipolare file CBF
Versions of package cbflib-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.7.9.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.7.9.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.9.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.9.6
Debtags of package cbflib-bin:
roleprogram
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CBFlib è una libreria di funzioni ANSI-C che fornisce un semplice meccanismo per accedere a file CBF (Crystallographic Binary File) e a file imgCIF (Image-supporting CIF).

Questo pacchetto contiene vari programmi di utilità.

Cod-tools
strumenti per manipolare file in formato CIF
Versions of package cod-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster2.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

cod-tools è un insieme di strumenti a riga di comando e moduli Perl per manipolare file CIF (Crystallographic Information Format) v1.1 e v2.0.

Please cite: Saulius Gražulis, Andrius Merkys, Antanas Vaitkus and Mykolas Okulič-Kazarinas: Computing stoichiometric molecular composition from crystal structures. Journal of Applied Crystallography 48:85-91 (2015)
Cp2k
dinamica molecolare ab initio
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
sid6.1-2mipsel
wheezy2.2.426-8amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 18 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CP2K è un programma per fare simulazioni di sistemi allo stato solido, liquido, sistemi molecolari e biologici. È espressamente pensato per metodi per strutture elettroniche massivamente paralleli e scalabili linearmente e per simulazioni di dinamica molecolare ab-initio (AIMD) allo stato dell'arte. Le sue caratteristiche comprendono:

CP2K è ottimizzato per il metodo misto GPW (gaussiane e onde piane) basato su pseudopotenziali, ma è in grado di eseguire anche i calcoli a tutti gli elettroni oppure puramente su onde piane/gaussiane. Le sue funzionalità includono:

Metodi della teoria della struttura elettronica ab-initio usando il modulo QUICKSTEP:

  • energie e forze della teoria del funzionale della densità (DFT);
  • energie e forze Hartree-Fock (HF);
  • energie e forze della teoria della perturbazione di secondo ordine di Moeller-Plesset (MP2);
  • energie RPA (Random Phase Approximation);
  • fase gassosa e condizioni periodiche al contorno (PBC, Periodic Boundary Conditions);
  • gli insiemi base includono vari orbitali di tipo gaussiano (GTO) standard, onde piane (PW) pseudopotenziali e un approccio misto gaussiano e con onde piane (aumentate) (GPW / GAPW);
  • pseudo potenziali a norma conservata separabili GTH (Goedecker-Teter- Hutter) e NLCC (Non-Linear Core Corrected) o calcolo a tutti gli elettroni;
  • pseudopotenziali (PP) incluso il PP a norma conservata separabile Goedecker-Teter-Hutter (GTH);
  • funzionali XC di approssimazione della densità locale (LDA) inclusi SVWN3, SVWN5, PW92 e PADE;
  • funzionali XC a gradiente corretto (GGA) inclusi BLYP, BP86, PW91, PBE e HCTH120, così come il funzionale XC meta-GCA TPSS;
  • funzionali XC ibridi con scambio Hartree-Fock (HFX) esatto inclusi B3LYP, PBE0 e MCY3;
  • funzionali XC doppio-ibrido XC inclusi B2PLYP e B2GPPLYP;
  • funzionali XC aggiuntivi attraverso LibXC;
  • correzioni di dispersione attraverso modelli di potenziale di coppia DFT-D2 e DFT-D3;
  • correzioni van der Waals non locali per funzionali XC inclusi B88-vdW, PBE-vdW e B97X-D;
  • correzione DFT+U (Hubbard);
  • fitting della densità per DFT con Bloechl o DDAPC (Density Derived Atomic Point Charges), per HFX con metodi ADMM (Auxiliary Density Matrix Methods) e per MP2/RPA con RI (risoluzione all'identità);
  • tecniche per matrici sparse e prescreening per calcolo di matrici Kohn-Sham (KS) per scalamento lineare;
  • minimizzatore del campo autoconsistente (SCF) per trasformazioni di orbitale (OT) o inversione diretta del sottospazio iterativo (DIIS);
  • metodo LRIGPW (Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave);
  • energie ALMO-SCF (Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF) per scalamento lineare di sistemi molecolari;
  • stati eccitati attraverso TDDFPT (teoria della perturbazione della funzione di densità dipendente dal tempo).

Dinamica molecolare ab-initio:

  • dinamica molecolare Born-Oppenheimer (BOMD);
  • dinamica molecolare Ehrenfest (EMD);
  • estrapolazione PS di funzione d'onda iniziale;
  • integratore ASPC (Always Stable Predictor-Corrector) reversibile nel tempo;
  • dinamica molecolare approssimata Car-Parinello stile Langevin Born-Oppenheimer (dinamica molecolare Car-Parrinello di seconda generazione).

Simulazioni miste quantistiche/classiche (QM/MM):

  • approccio multigriglia in spazio reale per la valutazione delle interazioni di Coulomb tra la parte QM e quella MM;
  • trattamento con accoppiamento elettrostatico con scalamento lineare delle condizioni periodiche al contorno;
  • QM/MM adattivo.

Ulteriori funzionalità includono:

  • calcoli di energie di singolo punto, ottimizzazioni geometriche e frequenze;
  • svariati algoritmi per NEB (Nudged-Elastic Band) (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) per calcoli del percorso a energia minima (MEP);
  • ottimizzazione globale delle geometrie;
  • solvazione con il modello SCCS (Solvation via the Self-Consistent Continuum);
  • calcoli semi-empirici incluse le parametrizzazioni AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL e PM6, DFTB (Density-Functional Tight-Binding) e SCP-TB (Self-Consistent Polarization Tight-Binding) con o senza condizioni periodiche al contorno;
  • simulazioni di dinamica molecolare (MD) classica in insiemi microcanonici (NVE) o insiemi canonici (NVT) con campionamento Nose-Hover e canonico attraverso termostati a riscalamento di velocità (CSVR);
  • metadinamiche inclusa la metadinamica ben-temperata per calcoli dell'energia libera;
  • simulazioni classiche del campo di forza (MM);
  • simulazioni KS-DFT Monte-Carlo (MC);
  • proprietà statiche (es. spettri) e dinamiche (es. diffusione);
  • codice ATOM per generazione di pseudopotenziali;
  • ottimizzazione integrata dell'insieme di base molecolare.

CP2K non implementa la dinamica molecolare convenzionale di Car-Parrinello (CPMD).

Drawxtl
visualizzatore di strutture di cristalli
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 21 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

DRAWxtl legge una descrizione base della struttura del cristallo, che include parametri della cella unitaria, gruppi spaziali, coordinate atomiche, parametri termici o mappa di Fourier e produce in output un oggetto geometrico che contiene poliedri, piani, coni di coppie di elettroni, sfere o ellissoidi, legami, contorni di Fourier di iso-superfici e legami delle celle unitarie.

Vengono prodotti quattro tipi di grafica:

  • una finestra OpenGL per la visualizzazione immediata;
  • un linguaggio di scena POV-RAY (Persistence of Vision Ray Tracer) per disegni di qualità tipografica;
  • il VRML (Virtual Reality Modeling Language) per la diffusione in Internet;
  • un rendering PostScript della finestra OpenGL per coloro che desiderano un output di alta qualità ma non hanno POV-RAY installato.

I formati di file che DRAWxtl può leggere includono CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS e WIEN2k.

Screenshots of package drawxtl
Etsf-io
strumenti binari per controllare, unire e leggere file ETSF
Versions of package etsf-io
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.3-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.3-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-4amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 11 users (6 upd.)*
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License: DFSG free
Git

La European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) è una rete europea dedicata a fornire supporto e servizi per la ricerca in corso in laboratori universitari, governativi e industriali.

La ETSF è divisa in 7 traiettorie, ognuna delle quali si occupa di uno specifico argomento scientifico:

  • ottica;
  • spettroscopia di perdita di energia;
  • trasporto quantistico;
  • spettroscopia risolta nel tempo;
  • spettroscopia di fotoemissione;
  • spettroscopia vibrazionale;
  • spettroscopia a raggi X.

Per permettere l'adozione delle sue raccomandazioni riguardanti la standardizzazione, la ETSF propone sia diverse librerie e diversi strumenti che implementano o usano queste specifiche, sia software di utilizzo più generale.

ETSF_IO è una libreria di routine F90 per leggere e scrivere il formato di file ETSF. Questo pacchetto contiene gli strumenti utente per:

  • controllare la conformità dei file alle specifiche,
  • estrarre dati dai file,
  • unire file multipli da esecuzioni parallele, come previsto dalle specifiche.
Extrema
strumento potente per visualizzazione ed analisi di dati
Maintainer: Christine Spang
Versions of package extrema
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.4.5.dfsg-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.4.4.dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package extrema:
fieldastronomy, physics
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing, viewing
works-withimage:raster
x11application
Popcon: 5 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Extrema è un'applicazione matura e robusta per l'analisi di dati, sviluppata originariamente al laboratorio di fisica delle particelle TRIUMF. È progettata per essere di grande aiuto pratico per i ricercatori e mira ad essere sia potente sia facile da usare.

Extrema ha un'interfaccia grafica ricca, oltre ad un linguaggio di comandi intuitivo. Fornisce strumenti ben documentati per i grafici 2D e 3D, per l'analisi e la riduzione di dati e per input/output di dati.

Feynmf
insieme di macro LaTeX per creare diagrammi di Feynman
Maintainer: Thorsten Alteholz
Versions of package feynmf
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.08-10all
buster1.08-11all
squeeze1.08-6all
sid1.08-11all
bullseye1.08-11all
wheezy1.08-8all
jessie1.08-9all
Debtags of package feynmf:
fieldphysics
made-oftex
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 333 users (332 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FeynMF è un pacchetto LaTeX per disegnare facilmente diagrammi di Feynman di qualità professionale, illustrazioni che descrivono le interazioni fondamentali delle particelle subatomiche. I diagrammi possono essere creati usando il programma Metafont o MetaPost. FeynMF impagina la maggior parte dei diagrammi in maniera soddisfacente dalla struttura del grafo senza nessun bisogno di un intervento manuale. Tuttavia tutte le potenzialità di Metafont e MetaPost sono disponibili per casi più oscuri.

Notare che si avrà bisogno del pacchetto texlive-metapost per poter usare la versione di FeynMF basata su MetaPost.

Fityk
programma generico per l'interpolazione di curve non lineari e l'analisi dati
Versions of package fityk
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.1-0.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.9.8-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.3.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.3.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fityk:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencecalculation, modelling, plotting
scopeutility
uitoolkitncurses, wxwidgets
x11application
Popcon: 28 users (40 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Fityk è un programma flessibile e portabile per l'interpolazione non lineare di funzioni analitiche (in particolare per funzioni con picchi) e l'analisi dati (solitamente dati sperimentali). In altre parole, per l'analisi e la separazione di picchi non lineari.

È stato sviluppato per l'analisi di pattern di diffrazione, ma può anche essere usato in altri campi, poiché il concetto e le operazioni specifiche per la cristallografia sono separati dal resto del programma.

Fityk offre vari metodi di interpolazione non lineare, sottrazione di fondo, calibrazione di dati, posizionamento facilitato di picchi e variazione dei parametri del picco, automazione tramite script e molto altro. Il principale vantaggio del programma è la flessibilità: i parametri dei picchi possono essere arbitrariamente collegati con altri parametri, ad esempio la larghezza del picco può essere una variabile indipendente, può essere la stessa larghezza di un altro picco o un'espressione complicata relativa a tutti i picchi.

Per il materiale JavaScript nella documentazione è necessario libjs-sphinxdoc.

Please cite: M. Wojdyr: Fityk: a general-purpose peak fitting program. (eprint) J. Appl. Cryst. 43(5):1126-1128 (2010)
Garlic
programma per visualizzazione di biomolecole
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 18 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic è stato scritto per lo studio di proteine della membrana. Può essere usato per visualizzare altre proteine ed anche altri oggetti geometrici. Questa versione di garlic riconosce il formato PDB versione 2.1. Garlic può anche essere usato per analizzare sequenze proteiche.

Dipende solamente dalle librerie X, non sono necessarie altre librerie.

Le sue caratteristiche includono:

  • la posizione e lo spessore del piano di sezione sono visibili in una piccola finestra;
  • i legami atomici, così come gli atomi, sono trattati come oggetti disegnabili indipendentemente;
  • i colori degli atomi e dei legami dipendono dalla posizione: sono disponibili cinque modalità di mappatura (come per i piani);
  • possibilità di visualizzare immagini stereo;
  • possibilità di visualizzare altri oggetti geometrici, come la membrana;
  • le informazioni sugli atomi sono disponibili per l'atomo su cui è posizionato il puntatore del mouse: non è necessario fare clic, semplicemente muovere il mouse sopra la struttura!;
  • capacità di caricare più di una struttura;
  • capacità di disegnare grafici di Ramachandran, strutture delle alfa-eliche, diagrammi di Venn, grafici di idrofobicità media e di momento idrofobico;
  • il prompt dei comandi è disponibile alla base della finestra principale e può visualizzare un messaggio di errore e una stringa di comando.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Gdis
visualizzatore per modelli di molecole e cristalli
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 23 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Programma basato su GTK per la visualizzazione e la manipolazione di molecole isolate, sistemi periodici e strutture cristalline. Nonostante sia in fase di sviluppo è ragionevolmente funzionante. Ha le seguenti caratteristiche:

  • supporto per diversi tipi di file (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN e GULP);
  • semplice strumento di creazione e manipolazione di molecole;
  • finestra di dialogo per creare configurazioni di partenza per simulazioni di dinamiche molecolari;
  • strumenti assortiti per la visualizzazione (informazioni geometriche, evidenziazione di regioni, ecc.);
  • animazione di file BIOSYM (anche animazioni rendered, vedi sotto).

GDIS permette anche di svolgere le seguenti azioni attraverso altri pacchetti:

  • rendering di modelli (grazie a POVRay);
  • minimizzazione dell'energia (grazie a GULP),
  • calcoli morfologici (grazie a cdd);
  • elaborazione di gruppi spaziali (grazie a SgInfo);
  • visione della tavola periodica degli elementi (grazie a GPeriodic);
  • caricamento di tipi di file addizionali, come PDB (grazie a Babel).
Screenshots of package gdis
Ggobi
sistema di visualizzazione di dati a molte dimensioni
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package ggobi
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.1.10-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.1.9~20091212-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.1.11-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ggobi:
fieldstatistics
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
works-with-formatxml
Popcon: 45 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

GGobi è un programma open source di visualizzazione per esplorare dati a molte dimensioni. Fornisce grafici altamente dinamici e interattivi come tour di grafici, oltre a grafici più familiari quali grafici di dispersione, a barre e a coordinate parallele. I grafici sono interattivi e collegati con pennelli e identificazioni.

Vedere http://www.ggobi.org for more information.

Ghemical
ambiente di modellazione molecolare per GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical è un pacchetto software per la chimica computazionale scritto in C++. Ha un'interfaccia utente grafica e supporta sia modelli di meccanica quantistica (semi-empirici), sia modelli di meccanica molecolare. Sono attualmente disponibili l'ottimizzazione geometrica, dinamiche molecolari e un vasto insieme di strumenti di visualizzazione che usano OpenGL.

Ghemical si basa su codice esterno per fornire i calcoli di meccanica quantistica. I metodi semi-empirici MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3, che sono inclusi nel pacchetto, provengono dal pacchetto MOPAC7 (di pubblico dominio). Per i metodi ab initio è usato il pacchetto MPQC: i metodi basati sulla teoria Hartree-Fock sono attualmente supportati con i set di base da STO-3G a 6-31G**.

Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Gnuplot
programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
Versions of package gnuplot
ReleaseVersionArchitectures
sid5.2.7+dfsg1-5all
buster5.2.6+dfsg1-1+deb10u1all
squeeze4.4.0-1.1all
jessie4.6.6-2all
bullseye5.2.7+dfsg1-5all
jessie-security4.6.6-2+deb8u1all
stretch5.0.5+dfsg1-6+deb9u1all
wheezy4.6.0-8all
Debtags of package gnuplot:
fieldmathematics
interfacecommandline
roledummy, metapackage
useconverting
works-withimage, image:vector
Popcon: 189 users (51 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gnuplot è una utilità portabile da riga di comando per tracciare interattivamente grafici a partire da dati e funzioni che supporta differenti formati di uscita, includendo driver per molte stampanti, (La)TeX, (x)fig, PostScript e altri. L'output per X11 è fornito dal pacchetto gnuplot-x11.

I file di dati e le funzioni auto-definite possono essere manipolati attraverso un linguaggio interno simile al C. È in grado di effettuare smussamenti, interpolazioni di spline o interpolazioni non lineari. È in grado di lavorare con numeri complessi.

Questo metapacchetto serve per installare un gnuplot completo di funzionalità (-qt, -x11 o -nox).

Other screenshots of package gnuplot
VersionURL
4.2.4-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/227/large.png
Screenshots of package gnuplot
Gpaw
DFT e oltre usando il metodo Projector-Augmented Wave
Versions of package gpaw
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye19.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid19.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 51 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Codice Python per la teoria del funzionale di densità (DFT) basato sul metodo PAW (Projector-Augmented Wave) e l'ambiente ASE (Atomic Simulation Environment). Usa i metodi delle griglie uniformi nello spazio reale e delle griglie multiple, funzioni base centrate sugli atomi o onde piane.

Please cite: J. J. Mortensen, L. B. Hansen and K. W. Jacobsen: Real-space grid implementation of the projector augmented wave method. (eprint) Physical Review B 71(3) (2005)
Gperiodic
applicazione con la tavola periodica
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.10-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 40 users (28 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GPeriodic è un piccolo programma basato su X/GTK+ che permette di sfogliare la tavola periodica degli elementi chimici e di visualizzare informazioni abbastanza dettagliate per ogni elemento. Attualmente sono elencati 118 elementi.

Other screenshots of package gperiodic
VersionURL
3.0.3-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/659/large.png
Screenshots of package gperiodic
Grace
strumento per creazione e disegno di grafici XY
Maintainer: Nicholas Breen
Versions of package grace
ReleaseVersionArchitectures
wheezy5.1.22-13amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch5.1.25-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.1.25-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.1.25-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.1.22-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid5.1.25-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.1.24-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package grace:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, learning, printing
works-withimage, image:vector, text
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 233 users (92 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Grace è uno strumento punta-e-clicca che permette all'utente di disegnare grafici X-Y. Questo programma si chiamava in precedenza Xmgr.

Alcune delle sue caratteristiche sono: scala definibile dall'utente, segni di intervallo sugli assi, etichette, simboli, stile per le linee, colori, regressione polinomiale, spline, medie mobili, DFT/FFT, correlazione incrociata e autocorrelazione, modalità non interattiva per il disegno senza supervisione, supporto per copie fisiche per PostScript, FrameMaker e svariati formati immagine.

Other screenshots of package grace
VersionURL
1:5.1.22-10https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/408/large.png
Screenshots of package grace
Graphviz
ricco insieme di strumenti per il disegno di grafi
Versions of package graphviz
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.42.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.38.0-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze-security2.26.3-5+squeeze2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.42.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy-security2.26.3-14+deb7u2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.26.3-14+deb7u2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.26.3-5+squeeze2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster2.40.1-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.38.0-17amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package graphviz:
fieldmathematics
interfacecommandline, x11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeutility
uitoolkitathena, tk
useviewing
works-withgraphs, image, image:raster, image:vector
x11application
Popcon: 2328 users (2381 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

La teoria dei grafi consente lo studio di informazioni strutturali costruendo una rappresentazione geometrica di grafi astratti e reti. La creazione automatica di grafi è un'importante applicazione in tecnologie chiave come la progettazione di database, l'ingegneria del software, VLSI e progettazione di reti e interfacce visuali in diversi domini. Situazioni in cui questi strumenti potrebbero essere utili sono:

  • desiderio di ristrutturare un programma ma con la necessità prima di capire le relazioni tra i tipi, le procedure e i file sorgenti;
  • ricerca dei colli di bottiglia in una backbone internet, non solo nei collegamenti individuali, ma anche nelle loro relazioni;
  • debug di un protocollo o di una micro-architettura rappresentata come una macchina a stati finiti in cui si deve capire come si verifichi un certo errore;
  • si desidera esplorare un database, una base di conoscenza o un programma distribuito rappresentato graficamente;
  • si desidera avere una visione d'insieme dei collegamenti tra i documenti;
  • si vogliono scoprire schemi ripetuti e interessi condivisi in un database di chiamate telefoniche e messaggi email.

Questo pacchetto contiene gli strumenti a riga di comando.

Screenshots of package graphviz
Gsl-bin
libreria scientifica GNU (GSL) -- pacchetto binario
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package gsl-bin
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental2.6+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.15+dfsg.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.14+dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.6
Debtags of package gsl-bin:
devellang:c
fieldmathematics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
suitegnu
Popcon: 93 users (94 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

La libreria scientifica GNU (GSL) è una raccolta di funzioni per l'analisi numerica. Le funzioni sono scritte in C da zero dal gruppo GSL e presentano un'API moderna per programmatori C, consentendo al contempo la scrittura di wrapper per linguaggi di livello molto alto.

Questo pacchetto fornisce svariati binari di esempio.

URL: http://www.gnu.org/software/gsl/

Gwyddion
strumento per visualizzazione ed analisi con microscopia a scansione di sonda
Versions of package gwyddion
ReleaseVersionArchitectures
sid2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.47-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.38-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.28-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.20-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream2.54
Debtags of package gwyddion:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useanalysing, viewing
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 43 users (16 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Gwyddion è un programma modulare per la visualizzazione e l'analisi di dati ottenuti con microscopia a scansione di sonda (SPM, Scanning Probe Microscopy). È pensato principalmente per l'analisi dei dati del campo altezza ottenuti d tecniche di microscopia quali

  • AFM (Atomic Force Microscopy),
  • MFM (Magnetic Force Microscopy),
  • STM (Scanning Tunneling Microscopy),
  • SNOM o NSOM (Near-field Scanning Optical Microscopy) e altri. Può essere tuttavia usato per analisi di immagini e campi altezza arbitrari.

Questo pacchetto contiene l'applicazione principale ed i suoi moduli. Contiene anche un creatore di miniature per GNOME, e Xfce, che crea anteprime per tutti i tipi di file gestiti da Gwyddion.

È inclusa anche l'interfaccia per script Python per Gwyddion.

Please cite: David Nečas and Petr Klapetek: Gwyddion: an open-source software for SPM data analysis. (eprint) Central European Journal of Physics 10(1):181-188 (2012)
Registry entries: RRID  OMICtools 
Screenshots of package gwyddion
Libblas3
implementazione di riferimento dell'algebra lineare di base, libreria condivisa
Versions of package libblas3
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.20110419-10amd64,armel,armhf,i386
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.20110419-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package libblas3:
roleshared-lib
Popcon: 15255 users (6006 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) è un insieme di procedure efficienti per la maggior parte delle operazioni di base su matrici e vettori. È ampiamente usato come base per altri software di algebra lineare di qualità elevata, per esempio lapack e linpack. Questa implementazione è quella di riferimento per Fortran 77 che si trova dentro netlib.

Questo pacchetto contiene la versione condivisa della libreria.

Libgsl0ldbl
GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package libgsl0ldbl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.15+dfsg.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.14+dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream2.6
Debtags of package libgsl0ldbl:
fieldmathematics
roleshared-lib
suitegnu
works-withsoftware:running
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free

La libreria scientifica GNU (GSL) è una raccolta di funzioni per l'analisi numerica. Le funzioni sono scritte in C da zero dal gruppo GSL e presentano un'API moderna per programmatori C, consentendo al contempo la scrittura di wrapper per linguaggi di livello molto alto.

GSL include tipi di dati e funzioni per numeri complessi, vettori, matrici, sottofunzioni per l'algebra lineare di base (BLAS), sistemi di autovettori, simulated annealing, minimizzazione, calcolo della radice, numeri pseudocasuali, fit ai minimi quadrati, trasformate veloci di Fourier (FFT), equazioni differenziali, quadrature, integrazione Monte Carlo, funzioni speciali, costanti fisiche e molto altro.

Questo pacchetto fornisce le librerie condivise richieste per eseguire programmi compilati con GNU GSL. Per compilare i propri programmi è necessario installare anche libgsl0-dev.

Liblapack3
libreria di routine per l'algebra lineare 3 - versione condivisa
Versions of package liblapack3
ReleaseVersionArchitectures
buster3.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
sid3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.1+dfsg-1+deb70u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package liblapack3:
roleshared-lib
Popcon: 12334 users (4927 upd.)*
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LAPACK versione 3.X è una libreria FORTRAN esaustiva che effettua operazioni di algebra lineare con incluse le inversioni di matrici, le soluzioni del metodo dei minimi quadrati di insiemi lineari di equazioni, analisi di autovettori, decomposizione ai valori singolari, ecc. È un pacchetto veramente esaustivo e degno di rispetto che ha trovato un vasto uso nella comunità scientifica.

Questo pacchetto contiene la versione condivisa della libreria.

Libssm-bin
macromolecular superposition library - binaries
Versions of package libssm-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (1 upd.)*
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SSM is a macromolecular coordinate superposition library, written by Eugene Krissinel of the EBI.

The library implements the SSM algorithm of protein structure comparison in three dimensions, which includes an original procedure of matching graphs built on the protein's secondary-structure elements, followed by an iterative three-dimensional alignment of protein backbone Calpha atoms.

This package contains the binaries of the libraries

Please cite: E. Krissinel and K. Henrick: Secondary-structure matching (SSM), a new tool for fast protein structure alignment in three dimensions. (PubMed,eprint) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 60(1):2256-68 (2004)
Mayavi2
pacchetto scientifico di visualizzazione di dati 2D e 3D
Versions of package mayavi2
ReleaseVersionArchitectures
buster4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.3.2-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.1.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.3.1-3.1amd64,armel,armhf,i386
sid4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4.7.1
Debtags of package mayavi2:
develexamples, lang:python
roleprogram
useviewing
Popcon: 51 users (33 upd.)*
Newer upstream!
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Svn

MayaVi2 è uno strumento multipiattaforma per la visualizzazione di dati scientifici 2D e 3D. Le sue caratteristiche includono:

  • visualizzazione di dati scalari, vettori e tensori in 2 e 3 dimensioni;
  • facile creazione di script usando Python;
  • facile estensibilità grazie a fonti, moduli e filtri dati personalizzati;
  • lettura di svariati formati di file: VTK (vecchi e XML), PLOT3D, ecc.;
  • salvataggio delle visualizzazioni;
  • salvataggio del rendering delle visualizzazioni in svariati formati immagine.

MayaVi2 è stato progettato pensando alla possibilità di creare script e alla estensibilità. Benché l'applicazione mayavi2 sia usabile di per sé, può essere usata come plugin Envisage che permette di incorporarla in modo nativo in applicazioni utente. In alternativa può essere usato come motore di visualizzazione per qualunque applicazione.

Questo pacchetto fornisce anche TVTK che fa da wrapper per oggetti VTK in modo da fornire una comoda API Pythonica, gestendo al contempo gli attributi Traits e gli array NumPy/SciPy. TVTK è implementato per la maggior parte in Python puro, tranne che per un piccolo modulo di estensione.

Screenshots of package mayavi2
Mpich
Implementation of the MPI Message Passing Interface standard
Versions of package mpich
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.1-5amd64,armel,armhf,i386
buster3.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.3-3armel,armhf,mipsel
sid3.3.1-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
experimental3.3.1-2amd64,i386,mips64el,s390x
stretch3.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mpich:
adminbenchmarking, monitoring
networkhiavailability, load-balancing, scanner
scopeutility
usetransmission
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Git

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the program binaries necessary to run MPICH programs.

Mpqc
programma MPQC (Massively Parallel Quantum Chemistry)
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
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MPQC è un programma di chimica quantistica ab-initio. È specificamente progettato per elaborare molecole in modo altamente parallelo.

Può calcolare energie e gradienti per i seguenti metodi:

  • Hartree-Fock (HF) closed shell e Hartree-Fock open shell ristretto;
  • teoria del funzionale della densità (DFT);
  • teoria perturbativa closed shell di Moeller-Plesset del secondo ordine (MP2).

In aggiunta può calcolare le energie per i seguenti metodi:

  • teoria open shell MP2 e closed shell MP2 esplicitamente correlate (MP2-R12);
  • teoria perturbativa open shell di secondo ordine (OPT2[2]);
  • ZAPT2 (Z-averaged pertubation theory).

Include anche un ottimizzatore interno di coordinate geometriche.

MPQC è costruito sulla base del toolkit SC (Scientific Computing).

Nco
operatori a riga di comando per analizzare file netCDF
Versions of package nco
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.0.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster4.7.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.4.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid4.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.6.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package nco:
fieldmeteorology
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
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NCO è una serie di programmi noti come operatori. Gli operatori sono programmi indipendenti, eseguibili da riga di comando in una shell POSIX. Gli operatori ricevono uno o più file netCDF in ingresso, eseguono alcune operazioni (es., calcolare la media, hyperslabbing), e producono un file netCDF in uscita. NCO in origine era stato progettato per manipolare e analizzare dati climatici, tuttavia lavora su qualsiasi serie di dati con struttura netCDF.

Please cite: Charles S. Zender: Analysis of Self-describing Gridded Geoscience Data with netCDF Operators (NCO). (eprint) Environmental Modelling & Software 23(10):1338-1342 (2008)
Ncview
navigatore visuale X11 per file in formato NetCDF
Versions of package ncview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.93g-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.7+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.93g-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.93g-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ncview:
fieldmeteorology
interfacex11
roleprogram
uitoolkitathena
useviewing
x11application
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Si può usare ncview per dare uno sguardo facile e veloce ai propri file NetCDF solo premendo dei pulsanti. Si possono vedere dei semplici filmati dei dati, guardare seguendo varie dimensioni, dare uno sguardo ai reali valori dei dati, cambiare le mappe dei colori, invertire i dati e fare altre semplici operazioni visive.

Screenshots of package ncview
Netcdf-bin
programma per leggere e scrivere file NetCDF
Versions of package netcdf-bin
ReleaseVersionArchitectures
experimental4.6.2.1-1~exp2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.1.1-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.1.3-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.1.3-7.2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.4.1.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4.7.1
Debtags of package netcdf-bin:
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
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Contiene i programmi ncdump e ncgen che convertono rispettivamente file NetCDF in ASCII e viceversa. NetCDF (network Common Data Form) è un'interfaccia per l'acceso a dati scientifici e una libreria software liberamente distribuibile che fornisce un'implementazione dell'interfaccia. La libreria netCDF definisce anche un formato indipendente dall'architettura per rappresentare dati scientifici. Insieme, interfaccia, libreria e formato permettono la creazione, l'accesso e la condivisione di dati scientifici.

Octave
linguaggio GNU Octave per il calcolo numerico
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.4.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.2-5+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.8.2-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
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Octave è un linguaggio di alto livello (per la maggior parte compatibile con Matlab®) orientato principalmente al calcolo numerico. Fornisce una comoda interfaccia a riga di comando per risolvere numericamente problemi lineari e non.

Octave può essere esteso dinamicamente con file C++ forniti dall'utente.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-doc texmacs
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
Openmpi-bin
libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni -- binari
Versions of package openmpi-bin
ReleaseVersionArchitectures
buster3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6.5-9.1+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental4.0.2~rc1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.4.2-4amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
wheezy1.4.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
Debtags of package openmpi-bin:
admincluster
fieldbiology, chemistry, mathematics, physics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
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Open MPI è un progetto che combina tecnologie e risorse da parecchi altri progetti (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI e PACX-MPI) per poter costruire la miglior libreria MPI disponibile. Open MPI è un'implementazione conforme con MPI-3.1 completamente nuova e offre vantaggi per venditori di sistemi e di software, sviluppatori di applicazioni e ricercatori nel campo dell'informatica.

Funzionalità:

  • piena conformità agli standard MPI-3.1;
  • sicurezza e concorrenza dei thread;
  • creazione dinamica dei processi;
  • alte prestazioni su tutte le piattaforme;
  • gestione dei compiti affidabile e veloce;
  • tolleranza agli errori della rete e dei processi;
  • gestione dell'eterogeneità di rete;
  • una sola libreria gestisce tutte le reti;
  • strumentazione in fase di esecuzione;
  • supporta diversi schedulatori di compiti;
  • messaggi di errore internazionalizzati;
  • progettazione basata su componenti, API documentate.

Questo pacchetto contiene i programmi di utilità di Open MPI.

Openmx
pacchetto per simulazioni su materiali a nanoscala
Versions of package openmx
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.7.6-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.2.4.dfsg-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.7.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package openmx:
fieldchemistry, physics
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Git

OpenMX (Open source package for Material eXplorer) è un pacchetto di programmi per simulazioni su materiali a nanoscala basato su teorie funzionali di densità (DFT), pseudopotenziali a norma conservata e funzioni di basi pseudo-atomiche localizzate. Dal momento che il codice è progettato per la realizzazione di calcoli ab initio su larga-scala su computer paralleli, si prevede che OpenMX possa essere uno strumento utile e potente per la scienza dei materiali a nano-scala in un'ampia varietà di sistemi come biomateriali, nanotubi di carbonio, materiali magnetici e conduttori a nano-scala.

Screenshots of package openmx
Psi3
insieme di programmi di chimica quantistica
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.4.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
Popcon: 16 users (9 upd.)*
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Svn

PSI3 è un programma di chimica quantistica ab-initio. È progettato specialmente per calcolare accuratamente le proprietà di molecole piccole o medie usando tecniche ad alta correlazione.

Può calcolare energie e gradienti con i seguenti metodi:

  • Hartree-Fock closed shell e open shell ristretto (RHF/ROHF) (inclusi gli hessiani per RHF);
  • teoria perturbativa di Møller-Plesset (MP2) per closed shell;
  • Complete Active Space SCF (CASSCF);
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni (CCSD);
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni e triple eccitazioni perturbative (CCSD(T)) (solo con funzioni d'onda di riferimento non-ristrette (UHF)).

Inoltre può calcolare le energie con i seguenti metodi:

  • Hartree-Fock open shell non ristretto (UHF);
  • Teoria perturbativa di Møller-Plesset closed/open shell (MP2);
  • Teoria MP2 correlata esplicitamente (MP2-R12) per closed shell e teoria MP2 scalata per componente di spin (SCS-MP2);
  • Multireference configuration-interaction (MRCI);
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni e triple eccitazioni perturbative (CCSD(T));
  • Coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni con approssimazione del secondo e terzo ordine (CC2/CC3);
  • Multireference coupled-cluster con singole e doppie eccitazioni (MRCCSD);
  • Equazione coupled-cluster del moto con singole e doppie eccitazioni closed shell e open shell ristretto (EOM-CCSD).

Le altre funzionalità:

  • formato di input flessibile, modulare e personalizzabile;
  • calcolo degli stati d'eccitamento con i metodi CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF, MRCI e MRCCSD;
  • ottimizzatore delle coordinate geometriche interne;
  • calcoli delle frequenze armoniche;
  • proprietà di un elettrone quali momento del dipolo/quadripolo, orbitali naturali, potenziale elettrostatico, costanti di accoppiamento iperfine
  • densità di spin;
  • utilizzo della simmetria molecolare punto-gruppo per aumentare l'efficienza.
Screenshots of package psi3
Python3-lmfit
Least-Squares Minimization with Constraints (Python 3)
Versions of package python3-lmfit
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.9.5+dfsg-2all
jessie0.8.0+dfsg.1-1all
sid0.9.11+dfsg-2all
buster0.9.11+dfsg-2all
bullseye0.9.11+dfsg-2all
upstream0.9.14
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License: DFSG free
Git

The lmfit Python package provides a simple, flexible interface to non-linear optimization or curve fitting problems. The package extends the optimization capabilities of scipy.optimize by replacing floating pointing values for the variables to be optimized with Parameter objects. These Parameters can be fixed or varied, have upper and/or lower bounds placed on its value, or written as an algebraic expression of other Parameters.

The principal advantage of using Parameters instead of simple variables is that the objective function does not have to be rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or what relationships or constraints are placed on the Parameters. This means a scientific programmer can write a general model that encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of that model to change what is varied and fixed, what range of values is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the model. The ease with which the model can be changed also allows one to easily test the significance of certain Parameters in a fitting model.

The lmfit package allows a choice of several optimization methods available from scipy.optimize. The default, and by far best tested optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method is by far the most tested and best support method in lmfit, and much of this document assumes this algorithm is used unless explicitly stated. An important point for many scientific analysis is that this is only method that automatically estimates uncertainties and correlations between fitted variables from the covariance matrix calculated during the fit.

A few other optimization routines are also supported, including Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and several others from scipy.optimize. In their native form, some of these methods setting allow upper or lower bounds on parameter variables, or adding constraints on fitted variables. By using Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of these methods, and makes it easy to swap between methods without hanging the objective function or set of Parameters.

Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned (and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute force search of the confidence intervals and correlations for sets of parameters.

This is the Python 3 version of the package.

Python3-scipy
strumenti scientifici per Python 3
Versions of package python3-scipy
ReleaseVersionArchitectures
experimental1.3.1-1exp3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.0-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.18.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.10.1+dfsg2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.1.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.3.1
Popcon: 1406 users (691 upd.)*
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License: DFSG free
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SciPy integra il popolare modulo NumPy (pacchetto python-numpy), raccogliendo insieme in un unico pacchetto una varietà di moduli di alto livello per le scienze e l'ingegneria.

SciPy è un insieme di strumenti scientifici e numerici open source per Python. Attualmente gestisce funzioni speciali, integrazione, risolutori per equazioni differenziali ordinarie (ODE), ottimizzazione di gradienti, algoritmi genetici, strumenti di programmazione parallela, un compilatore da-espressione-a-C++ per una veloce esecuzione e altro ancora.

Questo pacchetto fornisce la versione per Python 3.

Python3-sympy
CAS (Computer Algebra System) in Python (Python 3)
Versions of package python3-sympy
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.3-2all
buster1.3-2all
sid1.3-2all
stretch1.0-3all
upstream1.4
Popcon: 475 users (82 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

SymPy è una libreria Python per matematica simbolica (manipolazione). Mira a diventare un CAS (Computer Algebra System, sistema di algebra al computer) completo pur mantenendo il codice il più semplice possibile allo scopo di essere comprensibile e facilmente estensibile. SymPy è scritto interamente in Python e non richiede alcuna libreria esterna, tranne opzionalmente per la gestione del disegno tecnico.

Questo pacchetto contiene la versione Python 3 di SymPy.

Pyxplot
programma disegno grafico di dati che produce output di qualità tipografica
Maintainer: Stuart Prescott
Versions of package pyxplot
ReleaseVersionArchitectures
buster0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.8.3-1amd64,armel,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.8.4-5amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.9.2-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.9.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package pyxplot:
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scienceplotting, visualisation
useconverting, viewing
works-withtext
works-with-formatpdf, plaintext, postscript
Popcon: 160 users (10 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Pyxplot è uno strumento di disegno di grafici generico, un linguaggio di scripting scientifico, una suite per grafica vettoriale e un pacchetto di elaborazione dei dati. La sua interfaccia è progettata per rendere le attività comuni, ad esempio il disegno di grafici di date con etichette, accessibili attraverso comandi brevi, semplici e intuitivi.

Pyxplot produce immagini di qualità tipografica. A questo scopo il testo è reso con tutta la flessibilità e la qualità dell'ambiente di impaginazione LaTeX.

L'esauriente documentazione e gli esempi si possono trovare nel pacchetto pyxplot-doc. Una galleria di grafici di esempio è disponibile sul sito web del progetto.

Quantum-espresso
suite per strutture elettroniche e dinamiche molecolari ab initio
Versions of package quantum-espresso
ReleaseVersionArchitectures
sid6.3-4arm64,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch6.0-3amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.4.1-1amd64,i386
jessie5.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster6.3-4amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.3-4amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package quantum-espresso:
roleprogram
Popcon: 13 users (14 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Quantum ESPRESSO (prima chiamato PWscf) è una suite integrata di sorgenti per calcoli di strutture elettroniche e modellazione di materiali alla nanoscala. È basato sulla teoria del funzionale densità, sulle onde piane e sui pseudopotenziali (sia a norma conservata, sia ultrasoft, sia PAW).

Tra le funzionalità vi sono:

  • calcoli dello stato fondamentale e della struttura delle bande tramite sollecitazioni, forze ed energie totali autocoerenti di onde piane;
  • pseudopotenziali a norma conservata e ultrasoft (Vanderbilt) separabili, PAW (Projector Augmented Waves);
  • vari funzionali di scambio e correlazione, dalla LDA alle approssimazioni di gradiente generalizzato (PW91, PBE, B88-P86, BLYP) fino a funzionali meta-GGA, di scambio esatto (HF) e ibridi (PBE0, B3LYP, HSE);
  • dinamica molecolare Car-Parrinello e Born-Oppenheimer;
  • ottimizzazione strutturale che include stati di transizione e percorsi ad energia minima;
  • magnetismo non collineare e accoppiamento spin-orbita;
  • proprietà di risposta che includono frequenze di fononi e autovettori, cariche efficaci e tensori dielettrici, sezioni d'urto Raman ed infrarossi, spostamenti chimici EPR e NMR;
  • proprietà spettroscopiche come l'eccitazione elettronica e le righe K ed L1 nello spettro di assorbimento ai raggi X (XAS, X-ray Absorption Spectra).
Please cite: P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch: QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials. J. Phys. Condens. Matter 21:395502 (2009)
Science-numericalcomputation
pacchetti Debian Science per il calcolo numerico
Versions of package science-numericalcomputation
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.7all
sid1.11all
jessie1.4all
wheezy1.0all
buster1.10all
squeeze0.12all
bullseye1.11all
Debtags of package science-numericalcomputation:
devellang:lisp
rolemetapackage, shared-lib
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Questo pacchetto installa i pacchetti Debian Science utili per il calcolo numerico. Il pacchetto fornisce un sistema di calcolo orientato ai vettori e di visualizzazione per il calcolo scientifico e l'analisi dei dati. Questi pacchetti sono simili ai sistemi commerciali come Matlab e IDL.

Scilab
pacchetto software scientifico per calcoli numerici
Versions of package scilab
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5.1-7all
buster6.0.1-10all
wheezy5.3.3-10all
stretch5.5.2-4all
squeeze5.2.2-9all
sid6.0.1-10all
bullseye6.0.1-10all
Debtags of package scilab:
fieldelectronics, mathematics, physics, statistics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
useanalysing, learning
works-withimage
x11application
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Scilab è un pacchetto software scientifico basato su matrici. Scilab contiene centinaia di funzioni matematiche incorporate, ricche strutture di dati (inclusi polinomi, razionali, sistemi lineari, elenchi, ecc.) e viene fornito con diversi toolbox specifici per controlli, elaborazione di segnali, ...

Questo pacchetto fornisce anche Xcos, un editor grafico per progettare modelli di sistemi ibrido-dinamici. I modelli possono essere progettati, caricati, salvati, compilati e simulati. Soluzione stabile ed efficiente per necessità industriali e accademiche, Xcos fornisce funzionalità per la modellazione di sistemi meccanici (automobilistici, aeronautici, ...), circuiti idraulici (dighe, modelli di tubazioni, ...), sistemi di controllo, ecc. Sono anche fornite funzionalità di Modelica.

Installare il pacchetto "scilab-cli" per avere una versione minima di scilab.

Other screenshots of package scilab
VersionURL
5.2.2-2https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/950/large.png
Screenshots of package scilab
Udav
libreria per grafici scientifici (interfaccia a finestre)
Versions of package udav
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.5.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.7.1.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.4.2.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.2.1-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package udav:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitqt
x11application
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Git

Una libreria libera multipiattaforma di procedure C++ veloci per disegnare dati fino a tre dimensioni. Può esportare disegni in file bitmap e vettoriali EPS, SVG, IDTF. Ci sono semplici interfacce a finestra basate su GLUT, FLTK o Qt. MathGL può anche essere usata in console. Sono presenti interfacce per un insieme di linguaggi come: C, Fortran, Pascal, Forth, Python, Octave.

Questo pacchetto contiene l'ambiente a finestre udav basato su mathgl.

V-sim
visualizzatore di strutture atomiche
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.7.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
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V_Sim visualizza strutture atomiche come cristalli, bordi di granuli, molecole e così via; tanto in formato binario quanto in formato puro testo.

La resa è ottenuta in pseudo-3D con sfere (atomi) e frecce (spin). L'utente può interagire tramite molte funzioni per scegliere la visualizzazione, impostare i legami, disegnare piani di sezione, calcolare superfici da campi scalari, duplicare nodi, misurare la geometria... Inoltre V_Sim permette di esportare le visualizzazioni come immagini PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (schema) ed altri formati. Ci sono anche alcuni strumenti per colorare gli atomi secondo valori dati o per animare sullo schermo diversi file posizione.

Screenshots of package v-sim

Official Debian packages with lower relevance

Axiom
sistema di algebra al computer universale: eseguibile principale e moduli
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package axiom
ReleaseVersionArchitectures
buster20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy20120501-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze20100701-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,powerpc,s390,sparc
stretch20140801-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie20140801-6amd64,armel,armhf,i386
sid20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package axiom:
develcompiler, interpreter
fieldmathematics
interfacetext-mode
roleprogram
scopeutility
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License: DFSG free

Axiom è utile per la ricerca e lo sviluppo di algoritmi matematici. Definisce una gerarchia di tipi, rigorosa e matematicamente corretta. Ha un linguaggio di programmazione ed un compilatore incorporato.

Axiom è stato sviluppato sin dal 1973 ed è stato venduto come prodotto commerciale. È stato rilasciato come software libero.

Sono in corso sforzi per estendere questo software per (a) sviluppare un'interfaccia utente migliore; (b) renderlo utile come strumento di insegnamento; (c) sviluppare un protocollo server per l'algebra; (d) integrare matematica aggiuntiva; (e) ricostruire l'algebra in uno stile di programmazione documentato; (f) integrare la programmazione logica; (g) sviluppare un Axiom Journal con contributi referenziati.

Questo pacchetto contiene il programma eseguibile principale e tutti i moduli di algebra precompilati e autocaricabili.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Dx
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - pacchetto principale
Versions of package dx
ReleaseVersionArchitectures
buster4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.4.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.4.4-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.4.4-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze4.4.4-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package dx:
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
x11application
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License: DFSG free
Git

Data Explorer è un sistema di strumenti e di interfacce utente per visualizzare dati. In generale la visualizzazione dei dati può essere considerata un processo a 3 stadi:

  1. descrizione ed importazione dei dati;
  2. elaborazione dei dati attraverso un programma di visualizzazione;
  3. presentazione dell'immagine risultante.
Questo è il pacchetto principale.
Other screenshots of package dx
VersionURL
1:4.4.4-7https://screenshots.debian.net/screenshots/000/013/510/large.png
Screenshots of package dx
Dx-doc
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - documentazione
Versions of package dx-doc
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.4.4-4all
buster4.4.4-12all
stretch4.4.4-9all
sid4.4.4-12all
bullseye4.4.4-12all
squeeze4.4.4-3all
jessie4.4.4-7all
Debtags of package dx-doc:
made-ofhtml
roledocumentation
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
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License: DFSG free
Git

Data Explorer è un sistema di strumenti e di interfacce utente per visualizzare dati. In generale la visualizzazione dei dati può essere considerata un processo a 3 stadi:

  1. descrizione ed importazione dei dati;
  2. elaborazione dei dati attraverso un programma di visualizzazione;
  3. presentazione dell'immagine risultante.
Questo è il pacchetto contenente la documentazione. Include l'aiuto

in-linea e la documentazione in formato HTML.

Dxsamples
programmi di esempio per OpenDX Data Explorer
Versions of package dxsamples
ReleaseVersionArchitectures
buster4.4.0-4all
jessie4.4.0-1all
wheezy4.2.0-1all
squeeze4.2.0-1all
sid4.4.0-4all
bullseye4.4.0-4all
stretch4.4.0-3all
Debtags of package dxsamples:
develexamples
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useviewing
works-withimage
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto contiene esempi di script e reti per OpenDX Data Explorer. Ad essi si fa riferimento nel tutorial OpenDX, ma possono essere usati anche da soli per sfogliarli e analizzarli.

Feel++-apps
libreria per il metodo degli elementi finiti
Versions of package feel++-apps
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.99.0-final.1-1amd64,i386
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License: DFSG free
Svn

Fornisce alcuni codici (sorgenti ed eseguibili) di applicazioni come laplaciano con metodi cG e dG, Stokes, trasferimento di calore, meccanica dei solidi (statica e dinamica).

Feel++ è una libreria versatile per elementi finiti per risolvere equazioni differenziali alle derivate parziali.

Gestisce 1D, 2D e 3D.

Gestisce le seguenti entità basilari: simplessi (segmento, triangolo, tetraedro) e prodotti di simplessi (quadrangolo, esaedro).

Gestisce diversi insiemi di punti su queste entità basilari: punti equispaziati, punti di quadratura, punti di interpolazione (Gauss-Lobatto, Fekete, WarpBlend?).

Gestisce metodi di Galerkin continui e discontinui.

Gestisce diversi insiemi polinomiali:

  • Lagrange (continuo, discontinuo, tutte le dimensioni, tutti gli insiemi di punti di interpolazione);

  • Dubiner (discontinuo), confini adattati (continuo);

  • Legendre (discontinuo), confini adattati (continuo).

Fornisce concetti matematici per astrazioni di ordine superiore (spazi di funzioni ed elementi associati, forme e operatori).

Fornisce un linguaggio inglobato nel C++ per formulazioni variazionali, proiezione e integrazione numerica.

Gpiv
interfaccia grafica per Particle Image Velocimetry
Versions of package gpiv
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.6.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.6.1-2.3amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.6.1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gpiv:
uitoolkitgtk
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Gpiv è un'interfaccia grafica che utilizza le librerie GTK/GNOME per Particle Image Velocimetry (PIV). Il programma fornisce una vista generale per impostare rapidamente i parametri dei processi e permette di modificarli comodamente, esegue i processi individualmente o in cascata, visualizza i risultati. I processi che possono essere invocati da Gpiv sono:

elaborazione di immagini: manipolazioni di immagini tipiche che possono essere necessarie per le interrogazioni di PIV;

interrogazione di immagini, risultanti in estimatori delle posizioni delle particelle delle immagini;

validazione dei dati per testare sui contorni, effetto di peak-locking e velocità dei gradienti sull'area di interrogazione;

post-elaborazione dei dati: manipolazione dei dati, graduazione temporale e spaziale per ottenere un campo di velocità dai dati del PIV, calcolo delle medie speziali, dei vortici e della tensione.

Screenshots of package gpiv
Gpivtools
programmi a riga di comando per la PIV, velocimetria ad immagini di particelle
Versions of package gpivtools
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.6.0-3.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.6.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.6.0-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gpivtools:
interfacecommandline
roleprogram
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Una raccolta di programmi per elaborare le immagini generate durante un esperimento PIV (velocimetria ad immagini di particelle), una tecnica per misurare quantitativamente il campo di velocità di un flusso mediante particelle "traccianti" che sono state preventivamente disperse nel fluido. Questa tecnica è anche usata per osservare deformazioni vicino alle superfici di corpi solidi. Il pacchetto contiene:

  • un programma di elaborazione immagini con le tipiche routine di filtraggio e manipolazione che tornano utili in un esperimento PIV;
  • un programma di interpretazione delle immagini che produce stime dello spostamento delle particelle;
  • programmi di validazione per testare valori anomali (outlier), effetto peak-locking e gradienti di velocità;
  • programmi di post-elaborazione per manipolare dati (ribaltare, ruotare, ecc.), scalare nello spazio e nel tempo, calcolare medie spaziali e grandezze derivate, come la vorticità e la deformazione;
  • vari programmi e script per la conversione di formati, l'elaborazione in batch e in pipe (valutazione, validazione e post-elaborazione in un colpo solo), il calcolo di medie temporali a partire da una serie di dati provenienti da più esperimenti PIV, la visualizzazione e la manipolazione di dati.

Ogni programma inizia con "gpiv_".

Questo pacchetto contiene tutti i file usati da gpivtools e gpivtools-mpi, come le pagine di manuale.

Hdf5-helpers
Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - strumenti ausiliari
Versions of package hdf5-helpers
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy-security1.8.8-9+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.8.8-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.10.5+repack-1~exp8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.10.5
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Git

HDF5 è un formato file ed una libreria per l'archiviazione di dati scientifici. HDF5 è stato pensato ed implementato per ovviare alle mancanze di HDF4.x. Ha un modello dei dati più potente e flessibile, supporta file più grandi di 2 GB e supporta l'I/O in parallelo.

Questo pacchetto contiene strumenti ausiliari per HDF5.

Hdf5-tools
Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - Strumenti binari
Versions of package hdf5-tools
ReleaseVersionArchitectures
sid1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.8.4-patch1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.8.8-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
wheezy-security1.8.8-9+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.10.5+repack-1~exp8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.10.5
Debtags of package hdf5-tools:
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useconverting
Popcon: 87 users (85 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

HDF5 è un formato file ed una libreria per l'archiviazione di dati scientifici. HDF5 è stato pensato ed implementato per ovviare alle mancanze di HDF4.x. Ha un modello dei dati più potente e flessibile, supporta file più grandi di 2 GB e supporta l'I/O in parallelo.

Questo pacchetto contiene strumenti binari per HDF5.

Libgraphviz-perl
interfaccia Perl allo strumento per grafici GraphViz
Versions of package libgraphviz-perl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.10-1all
squeeze2.04-1all
jessie2.16-1all
stretch2.22-1all
buster2.22-1all
bullseye2.22-1all
sid2.22-1all
upstream2.24
Debtags of package libgraphviz-perl:
devellang:perl, library
works-withimage, image:raster, image:vector
Popcon: 170 users (81 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo modulo fornisce un'interfaccia all'impaginazione e alla generazione di immagini di grafi orientati e non orientati in numerosi formati (PostScript, PNG, ecc.) usando i programmi "dot", "neato", "twopi", "circo" e "fdp" dal progetto GraphViz (http://www.graphviz.org/ oppure http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/).

Maxima
sistema di algebra al computer -- sistema di base
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package maxima
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.38.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.34.1-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.27.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.21.1-2squeezeamd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream5.43.0
Debtags of package maxima:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 396 users (133 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free

Maxima è un programma di calcolo totalmente simbolico. È completo di funzionalità poiché gestisce manipolazione simbolica di polinomi, matrici, funzioni razionali, integrali, metodi Todd-Coxeter per l'analisi dei gruppi finiti, grafici, calcoli in virgola mobile a precisione arbitraria. Comprende un debugger simbolico a livello di sorgente per il codice di maxima. Maxima è basato sull'originale Macsyma sviluppato al MIT negli anni Settanta. È piuttosto affidabile, è dotato di un buon garbage collector e non ha perdite di memoria. È fornito con centinaia di auto-test.

Questo pacchetto contiene l'eseguibile principale e i file di sistema di base.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Mpich-doc
Documentation for MPICH
Versions of package mpich-doc
ReleaseVersionArchitectures
sid3.3.1-1all
jessie3.1-5all
buster3.3-3all
experimental3.3.1-2all
bullseye3.3-3all
sid3.3-3all
stretch3.2-7all
Debtags of package mpich-doc:
networkhiavailability, load-balancing, service
roledocumentation
works-withnetwork-traffic
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the MPICH documentation.

Netcdf-doc
documentazione per NetCDF
Versions of package netcdf-doc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.1.1-5all
bullseye4.6.2-1all
wheezy4.1.3-6all
stretch4.4.1.1-2all
jessie4.1.3-7.2all
experimental4.6.2.1-1~exp2all
sid4.6.2-1all
buster4.6.2-1all
upstream4.7.1
Debtags of package netcdf-doc:
made-ofhtml, info, postscript
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

NetCDF (network Common Data Form) è un'interfaccia per l'acceso a dati scientifici e una libreria software liberamente distribuibile che fornisce un'implementazione dell'interfaccia. La libreria netCDF definisce anche un formato indipendente dall'architettura per rappresentare dati scientifici. Insieme, interfaccia, libreria e formato permettono la creazione, l'accesso e la condivisione di dati scientifici.

Questo pacchetto contiene la documentazione per la libreria NetCDF in vari formati.

Openmpi-doc
libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - pagine di manuale
Versions of package openmpi-doc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.1.3-11all
jessie1.6.5-9.1+deb8u1all
wheezy1.4.5-1all
sid3.1.3-11all
stretch2.0.2-2all
experimental4.0.2~rc1-1all
buster3.1.3-11all
squeeze1.4.2-4all
Debtags of package openmpi-doc:
develdoc, examples
made-ofman
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open MPI è un progetto che combina tecnologie e risorse da parecchi altri progetti (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI e PACX-MPI) per poter costruire la miglior libreria MPI disponibile. Open MPI è un'implementazione conforme con MPI-3.1 completamente nuova e offre vantaggi per venditori di sistemi e di software, sviluppatori di applicazioni e ricercatori nel campo dell'informatica.

Questo pacchetto contiene le pagine di manuale che descrivono lo standard Message Passing Interface.

Pymca
applicazioni e toolkit per analisi di fluorescenza a raggi X -- script
Versions of package pymca
ReleaseVersionArchitectures
sid5.5.2+dfsg-3all
wheezy4.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.7.4+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch5.1.3+dfsg-1all
buster5.4.3+dfsg-1all
bullseye5.5.2+dfsg-3all
Popcon: 14 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMca è un insieme di applicazioni e librerie Python per l'analisi di spettri di fluorescenza a raggi X.

Le applicazioni incluse in questo pacchetto sono:

  • edfviewer - visualizzazione e ispezione di file di dati in ESRF Data Format;
  • elementsinfo - visualizza dati di raggi X specifici di un elemento;
  • mca2edf - converte un file dal formato SPEC MCA a EDF;
  • peakidentifier - visualizza picchi di fluorescenza a raggi X in un dato intervallo di energia;
  • pymcabatch - fitting non interattivo di spettri;
  • pymcapostbatch - post-elaborazione dei risultati del fitting non interattivo;
  • pymca - analisi interattiva dei dati;
  • pymcaroitool - strumento per immagini Region-of-interest (ROI).

Il toolkit PyMca può leggere file di dati nei formati SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA e SupaVisio.

Questi sono gli script del pacchetto.

Screenshots of package pymca
Python3-pygraphviz
interfaccia Python per il pacchetto di definizione e visualizzazione di grafici Graphviz (Python 3)
Maintainer: Sandro Tosi
Versions of package python3-pygraphviz
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4~rc1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 22 users (34 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pygraphviz è un'interfaccia Python per il pacchetto di definizione e visualizzazione di grafici Graphviz.

Con Pygraphviz si possono creare, modificare, leggere, scrivere e disegnare grafici usando Python per accedere alla struttura dei dati del grafico e agli algoritmi di definizione di Graphviz.

Questo pacchetto contiene la versione per Python 3 di python-pygraphviz.

Qtiplot
analisi di dati e tracciamento grafici scientifici
Versions of package qtiplot
ReleaseVersionArchitectures
buster0.9.8.9-18amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.8.9-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.9.8.9-9amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.9.8.8-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package qtiplot:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 76 users (39 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Qtiplot è un software completo per il tracciamento di grafici simile al software Origin di OriginLab. (Per ulteriori informazioni su Origin, si veda http://www.originlab.com.)

Può fare grafici a due e tre dimensioni di qualità tipografica, sia da insiemi di dati, sia da funzioni. Può eseguire interpolazioni non lineari e multi picco.

Alcune caratteristiche:

  • multipiattaforma: funziona nativamente su sistemi Windows, Mac OS X e Linux/UNIX;
  • completamente gestibile con script Python;
  • disegno di grafici 3D basato su OpenGL;
  • grafici di qualità adatta alla pubblicazione e facile esportazione in diversi formati di immagini (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, ecc.);
  • facile integrazione con il sistema tipografico di LaTeX;
  • fogli di calcolo potenti e versatili con calcoli logici su colonne e facile importazione/esportazione di file multipli;
  • accesso con un clic alle vaste procedure interne di analisi dei dati;
  • analisi statistica avanzata: t-Test di Student, ANOVA, test chi quadrato per varianza, test di normalità di Shapiro-Wilk;
  • curve fitting lineare e non lineare con pesi e stime di errori statistici dei parametri del modello;
  • fit multipicco;
  • strumenti per analisi di immagini;
  • gestione di modelli: tutte le impostazioni per disegnare grafici, tabelle e matrici possono essere salvate e recuperate successivamente per un veloce processo di modifica;
  • file di progetto basati su cartelle, un esploratore di progetto potente con funzionalità interne di trascina e rilascia e di ricerca;
  • importazione completa di workbook di Excel e fogli di calcolo ODF (Open Document Format), dBase, SQLite e database Microsoft Access.
Screenshots of package qtiplot
Scidavis
application for scientific data analysis and visualization
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package scidavis
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.D13-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.2.4-3.3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.2.4-1amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package scidavis:
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitqt
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 20 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

SciDAVis is a free interactive application aimed at data analysis and publication-quality plotting. It combines a shallow learning curve and an intuitive, easy-to-use graphical user interface with powerful features such as scriptability and extensibility.

SciDAVis is similar in its field of application to proprietary Windows applications like Origin and SigmaPlot as well as free applications like QtiPlot, Labplot and Gnuplot.

What sets SciDAVis apart from the above is its emphasis on providing a friendly and open environment for new and experienced users alike.

Screenshots of package scidavis
Science-mathematics
pacchetti Debian Science per la matematica
Versions of package science-mathematics
ReleaseVersionArchitectures
buster1.10all
wheezy1.0all
jessie1.4all
sid1.11all
bullseye1.11all
squeeze0.12all
stretch1.7all
Debtags of package science-mathematics:
fieldmathematics
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 11 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian Science relativi alla matematica. Chi installa questo pacchetto potrebbe essere interessato al debtag field::mathematics e, in base alle proprie esigenze, al metapacchetto education-mathematics.

Science-statistics
pacchetti Debian Science per la statistica
Versions of package science-statistics
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.4all
sid1.11all
wheezy1.0all
bullseye1.11all
buster1.10all
stretch1.7all
squeeze0.12all
Debtags of package science-statistics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 13 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo metapacchetto fa parte del Debian Pure Blend "Debian Science" e installa pacchetti relativi alla statistica. Questa è un'attività generica che può essere utile per qualsiasi lavoro scientifico. Dipende da moltissimi pacchetti R, oltre che da alcuni altri strumenti che sono utili per fare statistiche. Inoltre è suggerita l'attività Debian Science per la matematica per installare, in modo opzionale, tutto il software relativo alla matematica.

Debian packages in contrib or non-free

Horae
interactive graphical processing and analysis of EXAFS data
Versions of package horae
ReleaseVersionArchitectures
squeeze071~svn533-1 (contrib)all
buster071~svn537-2.1 (contrib)all
bullseye071~svn537-2.1 (contrib)all
sid071~svn537-2.1 (contrib)all
stretch071~svn537-2.1 (contrib)all
wheezy071~svn536-1 (contrib)all
Debtags of package horae:
fieldchemistry, physics
roleprogram
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

ATHENA is an interactive graphical utility for processing EXAFS data. It handles most of the common data handling chores of interest, including deglitching, aligning, merging, background removal, and Fourier transforms.

ARTEMIS is an interactive graphical utility for fitting EXAFS data using theoretical standards from FEFF and sophisticated data modelling along with flexible data visualization and statistical analysis.

HEPHAESTUS is a souped up periodic table for the x-ray absorption spectroscopist. It provides a number of utilities involving tables of absorption coefficients and other chemical data.

Ifeffit
Interactive XAFS analysis program
Versions of package ifeffit
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
stretch1.2.11d-10.1 (contrib)amd64,i386
jessie1.2.11d-9.1 (contrib)amd64,i386
wheezy1.2.11d-8 (contrib)amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.2.11d-6 (contrib)amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
bullseye1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
Debtags of package ifeffit:
scopeapplication
uitoolkitncurses
x11application
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

IFEFFIT is an interactive program for XAFS analysis. It combines the high-quality analysis algorithms of AUTOBK and FEFFIT with graphical display of XAFS data and general data manipulation.

IFEFFIT comes as a command-line program, but the underlying functionality is available as a programming library. The IFEFFIT library can be used from C, Fortran, Tcl, Perl, and Python. This allows a variety of user interfaces (both graphical and non-graphical) to be written around IFEFFIT. Currently, three graphical user interfaces: G.I.FEFFIT, ATHENA/ARTEMIS, and SIXPACK are built on the underlying IFEFFIT library. IFEFFIT and all three GUIs are under active development, but are fairly well tested and ready for use.

Sixpack
pacchetto ricco di funzionalità per analisi XAS
Maintainer: Carlo Segre
Versions of package sixpack
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.68-1 (contrib)all
squeeze0.66-3 (contrib)all
wheezy0.68-1 (contrib)all
Debtags of package sixpack:
roleprogram
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

SIXPack, contrazione di Sam's Interface for XAS Package (interfaccia di Sam per il pacchetto XAS), è l'unione dei programmi che si chiamano SamXAS e SamView in un unico pacchetto per l'analisi. Per questo il pacchetto può guidare l'utente nella creazione di medie e la calibrazione dei dati, la rimozione dello sfondo e molti aspetti del fitting.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

Unofficial packages built by somebody else

Octaviz
3D visualization system for Octave
License: unknown

Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that makes all VTK classes accessible from within Octave using the same object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.

Remark of Debian Science team: Removed from Debian

This package was removed from Debian but some versions are available from http://snapshot.debian.org/

Reasons are given here: http://bugs.debian.org/535537

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Exciting - wnpp
All-electron full-potential electronic-structure code
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

exciting is a full-potential all-electron Density-Functional-Theory (DFT) package based on the Linearized Augmented Plane-Wave (LAPW) method.

It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic species involved, and also allows for the investigation of the atomic-core region.

We particularly focus on excited state properties, within the framework of time-dependent DFT (TDDFT) as well as within many-body perturbation theory (MBPT).

No known packages available

Ape
Atomic pseudopotential generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

APE (Atomic Pseudopotential Engine) is a tool for generating atomic pseudopotentials within the Density-Functional Theory framework. It produces pseudopotential files suitable for use with SIESTA, OCTOPUS and ABINIT.

Atompaw
PAW atomic dataset generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The computer program atompaw generates projector and basis functions which are needed for performing electronic structure calculations based on the Projector-Augmented Wave (PAW) method. The program is applicable to materials throughout the periodic table. It produces an output file containing the projector and basis functions and the corresponding matrix elements in a form which can be read be the PWPAW and ABINIT codes. Additional data files are also produced which can be used to help evaluate the accuracy and efficiency of the generated functions.

Bigdft
Wavelet-based electronic-structure calculations
Responsible: Damien Caliste
License: GPL
Debian package not available

BigDFT is a DFT-based massively parallel electronic structure code using a wavelet basis set. Wavelets constitute a real space basis set distributed on an adaptive mesh (two levels of resolution in our implementation).

Thanks to our Poisson solver based on a Green function formalism, periodic systems, surfaces and isolated systems can be simulated with the proper boundary conditions. GTH or HGH pseudopotentials are used to remove the core electrons.

The Poisson solver is also integrated in ABINIT, OCTOPUS and CP2K.

Please cite: L. Genovese, A. Neelov, S. Goedecker, T. Deutsch, S. A. Ghasemi, A. Willand, D. Caliste, O. Zilberberg, M. Rayson, A. Bergman, R. Schneider: Daubechies wavelets as a basis set for density functional pseudopotential calculations. (2008)
Liblevmar-2-6
Levenberg-Marquardt nonlinear least squares algorithms
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The Levenberg-Marquardt (LM) algorithm is an iterative technique that finds a local minimum of a function that is expressed as the sum of squares of nonlinear functions. It has become a standard technique for nonlinear least-squares problems and can be thought of as a combination of steepest descent and the Gauss-Newton method.

This library provides native ANSI C implementations of the Levenberg-Marquardt optimization algorithm, usable also from C++, Matlab, Perl, Python, Haskell and Tcl. Both unconstrained and constrained (under linear equations, inequality and box constraints) Levenberg-Marquardt variants are included.

Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/levmar
Octopus
Real-space TDDFT-based electronic-structure code
Responsible: Miguel Marques
License: LGPL
Debian package not available

Octopus is a scientific program aimed at the ab initio virtual experimentation on a hopefully ever-increasing range of system types. Electrons are described quantum-mechanically within Density-Functional Theory (DFT), in its Time-Dependent form (TDDFT) when doing simulations in time. Nuclei are described classically as point particles. Electron-nucleus interaction is described within the pseudopotential approximation.

Please cite: A. Castro, H. Appel, M. Oliveira, C.A. Rozzi, X. Andrade, F. Lorenzen, M. A. L. Marques, E. K. U. Gross, A. Rubio: octopus: a tool for the application of time-dependent density functional theory. (2006)
Wannier90-1
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

This is an old version still used by several packages. A patched version compatible with the ETSF Software Suite is available from https://launchpad.net/wannier90.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/wannier90
Wannier90-2
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203432