Debian Science Nanoscale physics packages

ABINIT jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej.

ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe są dostarczone.

Pakiet zawiera pliki wykonywalne potrzebne do wykonywania obliczeń (jednakże pseudopotencjały nie są dostarczane). Aby korzystać ze zbioru pseudopotencjałów, należy zainstalować pakiet abinit-data.

ASE is an Atomic Simulation Environment written in the Python programming language with the aim of setting up, stearing, and analyzing atomic simulations. ASE is part of CAMPOS, the CAMP Open Source project.

ASE contains Python interfaces to several different electronic structure codes including Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW and SIESTA.

This package provides the executable scripts.

Avogadro jest systemem do molekularnego modelowania oraz wizualizacji cząsteczek i biocząsteczek. Może wizualizować właściwości cząsteczek, takie jak orbitale lub potencjały elektrostatyczne, a ponadto udostępnia intuicyjne narzędzie do budowania cząsteczek.

Podstawowe możliwości:

• molekularne modelowanie z automatyczną optymalizacją opartą na geometrii pól siłowych;
• mechanika molekularna obejmująca wyszukiwanie według ograniczeń i konformacji;
• wizualizacja orbitali molekularnych oraz ogólnych izopowierzchni;
• wizualizacja drgań i kreślenie widm oscylacyjnych;
• obsługa krystalograficznych komórek elementarnych;
• generowanie wejścia dla pakietów chemii kwantowej Gaussian, GAMESS i MOLPRO;
• elastyczna architektura wtyczek i skryptów Pythona.

Avogadro odczytuje formaty plików takie jak: PDB, XYZ, CML, CIF, Molden oraz dane wyjściowe: Gaussian, GAMESS i MOLPRO.

BINoculars is a tool for data reduction and analysis of large sets of surface diffraction data that have been acquired with a two-dimensional X-ray detector. The intensity of each pixel of a two-dimensional detector is projected onto a three-dimensional grid in reciprocal-lattice coordinates using a binning algorithm. This allows for fast acquisition and processing of high-resolution data sets and results in a significant reduction of the size of the data set. The subsequent analysis then proceeds in reciprocal space. It has evolved from the specific needs of the ID03 beamline at the ESRF, but it has a modular design and can be easily adjusted and extended to work with data from other beamlines or from other measurement techniques.

Cadabra is a computer algebra system designed specifically for the solution of problems encountered in field theory. It has extensive functionality for tensor polynomial simplification including multi-term symmetries, fermions and anti-commuting variables, Clifford algebras and Fierz transformations, implicit coordinate dependence, multiple index types and many more. The input format is a subset of TeX.

CBFlib is a library of ANSI-C functions providing a simple mechanism for accessing Crystallographic Binary Files (CBF files) and Image-supporting CIF (imgCIF) files.

This package contains various utility programs.

cod-tools is a set of Perl modules and command line tools for manipulating Crystallographic Information Format (CIF) v1.1 and v2.0 files.

CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular dynamics (AIMD) simulations.

CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian calculations as well. Features include:

Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:

• Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
• Hartree-Fock (HF) energies and forces
• Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
• Random Phase Approximation (RPA) energies
• Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
• Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo- potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave approach (GPW/GAPW)
• Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
• Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5, PW92 and PADE
• Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
• Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including B3LYP, PBE0 and MCY3
• Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
• Additional XC functionals via LibXC
• Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
• Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW, PBE-vdW and B97X-D
• DFT+U (Hubbard) correction
• Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges (DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
• Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS) matrix computation
• Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace (DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
• Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
• Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear scaling of molecular systems
• Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory (TDDFPT)

Ab-initio Molecular Dynamics:

• Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
• Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
• PS extrapolation of initial wavefunction
• Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
• Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics)

Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:

• Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb interactions between the QM and the MM part
• Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary conditions
• Adaptive QM/MM

Further Features include:

• Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
• Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) for minimum energy path (MEP) calculations
• Global optimization of geometries
• Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
• Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without periodic boundary conditions
• Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble (NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling through velocity rescaling (CSVR) thermostats
• Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy calculations
• Classical Force-Field (MM) simulations
• Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
• Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
• ATOM code for pseudopotential generation
• Integrated molecular basis set optimization

CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).

DRAWxtl reads a basic description of the crystal structure, which includes unit-cell parameters, space group, atomic coordinates, thermal parameters or a Fourier map, and outputs a geometry object that contains polyhedra, planes, lone-pair cones, spheres or ellipsoids, bonds, iso-surface Fourier contours and the unit-cell boundary.

Four forms of graphics are produced:

• an OpenGL window for immediate viewing
• the Persistence of Vision Ray Tracer (POV-RAY) scene language for publication-quality drawings
• the Virtual Reality Modeling Language (VRML) for dissemination across the Internet
• a Postscript rendering of the OpenGL window for those who want high-quality output but do not have POV-RAY installed.

File formats DRAWxtl can read include CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS and WIEN2k.

The European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) is a European network dedicated to providing support and services for ongoing research in academic, government and industrial laboratories.

The ETSF is divided into 7 beamlines, each of which is concerned with a specific scientific topic:

• Optics ;
• Energy Loss Spectroscopy ;
• Quantum Transport ;
• Time-resolved Spectroscopy ;
• Photo-emission Spectroscopy ;
• Vibrational Spectroscopy ;
• X-Rays Spectroscopy.

To allow the adoption of its recommendations about standardization, the ETSF proposes different libraries and tools implementing or using these specifications, as well as widely usable pieces of software.

ETSF_IO is a library of F90 routines to read/write the ETSF file format. This package contains the user tools to:

• check file conformance to the specifications;
• extract data from files;
• merge multiple files from parallel runs, as specified in the specifications.

Exrtema to dojrzała i wydajna aplikacja do analizy danych, oryginalnie rozwijana przez Laboratorium Fizyki Cząstek TRIUMF. Zaprojektowana do zastosowań w praktyce badawczej, łączy siłę z łatwością w użytkowaniu.

Extrema posiada bogaty interfejs graficzny, jak również intuicyjny język poleceń. Zawiera dobrze udokumentowane narzędzia graficzne, zarówno 2D jak i 3D, do redukcji i analizy danych oraz ich wprowadzania i otrzymywania.

FeynMF is a LaTeX package for easy drawing of professional-quality Feynman diagrams, illustrations that depict the fundamental interactions of subatomic particles. The diagrams may be created using either the Metafont or MetaPost programs. FeynMF lays out most diagrams satisfactorily from the structure of the graph without any need for manual intervention. Nevertheless all the power of Metafont or MetaPost is available for more obscure cases.

Note that you will need the texlive-metapost package in order to use the MetaPost-based version of FeynMF.

Fityk jest elastycznym i przenośnym programem do dopasowywania nieliniowych funkcji analitycznych (zwłaszcza modelowanych wierzchołkami) do danych (zwykle doświadczalnych). Innymi słowy służy do oddzielenia i analizy nieliniowych wierzchołków.

Zaprojektowany został do analizy dyfraktogramów, ale może zostać użyty do innych celów, odkąd pojęcia i operacje specyficzne dla krystalografii są oddzielone od reszty programu.

Fityk oferuje różnorodne metody dopasowywania nieliniowego, odejmowanie tła, kalibrację danych, łatwe umieszczanie wierzchołków i zmianę ich parametrów, automatyzację powszechnie używanych zadań poprzez skrypty, i dużo więcej. Główną zaletą programu jest elastyczność - parametry wierzchołków mogą być dowolnie powiązane między sobą np. szerokość wierzchołka może być niezależną zmienną, może być taka sama jak szerokość innego wierzchołka lub też może być złożoną - wspólną dla wszystkich wierzchołków - formułą.

Pakiet libjs-sphinxdoc potrzebny jest do zainstalowania plików źródłowych JavaScript w dokumentacji.

Garlic is written for the investigation of membrane proteins. It may be used to visualize other proteins, as well as some geometric objects. This version of garlic recognizes PDB format version 2.1. Garlic may also be used to analyze protein sequences.

It only depends on the X libraries, no other libraries are needed.

Features include:

• The slab position and thickness are visible in a small window.
• Atomic bonds as well as atoms are treated as independent drawable objects.
• The atomic and bond colors depend on position. Five mapping modes are available (as for slab).
• Capable to display stereo image.
• Capable to display other geometric objects, like membrane.
• Atomic information is available for atom covered by the mouse pointer. No click required, just move the mouse pointer over the structure!
• Capable to load more than one structure.
• Capable to draw Ramachandran plot, helical wheel, Venn diagram, averaged hydrophobicity and hydrophobic moment plot.
• The command prompt is available at the bottom of the main window. It is able to display one error message and one command string.

A GTK+ based program for the display and manipulation of isolated molecules, periodic systems and crystalline habits. It is in development, but is nonetheless fairly functional. It has the following features:

• Support for several file types (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN, and GULP)
• A simple molecular creation and manipulation tool
• A dialogue for creating starting configurations for molecular dynamics simulations
• Assorted tools for visualization (geometry information, region highlighting, etc.)
• Animation of BIOSYM files (also rendered animations, see below)

GDIS also allows you to perform the following functions through other packages:

• Model rendering (courtesy of POVRay)
• Energy minimization (courtesy of GULP)
• Morphology calculation (courtesy of cdd)
• Space group processing (courtesy of SgInfo)
• View the Periodic Table (courtesy of GPeriodic)
• Load additional filetypes, such as PDB (courtesy of Babel)

GGobi to otwartoźródłowy program, służący do eksploracji i wizualizacji danych wielowymiarowych. GGobi zapewnia niezwykle dynamiczną i interaktywną grafikę taką jak wektoryzacja, a także znaną grafikę, taką jak wykresy punktowe, wykresy słupkowe i wykresy współrzędnych równoległych. Wykresy są interaktywne i powiązane z podświetlaniem i identyfikacją punktów.

Więcej informacji można znaleźć na stronie http://www.ggobi.org.

Ghemical jest pakietem oprogramowania stosowanym w chemii obliczeniowej, napisanym w języku C++. Posiada graficzny interfejs użytkownika i obsługuje zarówno modele mechaniki kwantowej (na wpół doświadczalne) jak i modele mechaniki molekularnej. Zapewnia optymalizację geometrii, dynamikę molekularną oraz zawiera duży zestaw narzędzi wizualnych wspieranych przez OpenGL.

Ghemical opiera się na kodzie zewnętrznym, umożliwiającym dokonywanie obliczeń w mechanice kwantowej. Zawiera, pochodzące z pakietu MOPAC7, semiempiryczne metody MNDO, MINDO/3, AM1 i PM3. Pakiet MPQC dostarcza, opartych na teorii Hartree-Focka, metod ab initio, obsługiwanych obecnie w podstawowym zakresie od STO-3G do 6-31G**.

Gnuplot is a portable command-line driven interactive data and function plotting utility that supports lots of output formats, including drivers for many printers, (La)TeX, (x)fig, Postscript, and so on. The X11-output is packaged in gnuplot-x11.

Data files and self-defined functions can be manipulated by the internal C-like language. Can perform smoothing, spline-fitting, or nonlinear fits, and can work with complex numbers.

This metapackage is to install a full-featured gnuplot (-qt, -x11 or -nox).

A density-functional theory (DFT) Python code based on the projector-augmented wave (PAW) method and the atomic simulation environment (ASE). It uses real-space uniform grids and multigrid methods, atom-centered basis-functions or plane-waves.

GPeriodic jest małym programem X napisanym w GTK+, który pozwala na przeszukiwanie tablicy okresowej pierwiastków oraz wyświetlanie szczegółowych informacji o każdym jej elemencie. Obecnie jest obsługiwanych 118 pierwiastków.

Grace jest narzędziem typu wskaż-i-kliknij, umożliwiającym użytkownikowi rysowanie wykresów X-Y. Program był wcześniej znany jako Xmgr.

Niektóre z jego funkcji: skalowanie zdefiniowane przez użytkownika, zaznaczanie odstępów na osi, etykiety, symbole, style linii, kolory, regresja wielomianowa, krzywe sklejane, obliczanie średnich kroczących, transformatory DFT/FFT, korelacja wzajemna/autokorelacja, tryb wsadowy pozwalający na bezobsługowe kreślenie oraz obsługa drukowania do formatu PostScript, FrameMaker i kilku formatów graficznych.

Graph drawing addresses the problem of visualizing structural information by constructing geometric representations of abstract graphs and networks. Automatic generation of graph drawings has important applications in key technologies such as database design, software engineering, VLSI and network design and visual interfaces in other domains. Situations where these tools might be particularly useful include:

• you would like to restructure a program and first need to understand the relationships between its types, procedures, and source files
• you need to find the bottlenecks in an Internet backbone - not only individual links, but their relationships
• you're debugging a protocol or microarchitecture represented as a finite state machine and need to figure out how a certain error state arises
• you would like to browse a database schema, knowledge base, or distributed program represented graphically
• you would like to see an overview of a collection of linked documents
• you would like to discover patterns and communities of interest in a database of telephone calls or e-mail messages

This package contains the command-line tools.

The GNU Scientific Library (GSL) is a collection of routines for numerical analysis. The routines are written from scratch by the GSL team in C, and present a modern API for C programmers, while allowing wrappers to be written for very high level languages.

This package provides several example binaries.

URL: http://www.gnu.org/software/gsl/

Gwyddion jest modularnym programem do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM). Przeznaczony jest głównie do analizy danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości, otrzymanych przy pomocy następujących technik:

• Mikroskop Sił Atomowych (AFM),
• Mikroskop Sił Magnetycznych (MFM),
• Skaningowy Mikroskop Tunelowy (STM),
• Mikroskop Optyczny Bliskiego Pola (SNOM lub NSOM) i wiele innych. Może być również użyty do arbitralnej analizy obrazów danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości.

Pakiet zawiera główną aplikację i jej moduły. Zawiera również program Thumbnailer do GNOME (i Xfce), który tworzy podgląd wszystkich typów plików obsługiwanych przez program Gwyddion.

BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) to zestaw wydajnych funkcji do większości podstawowych operacji na wektorach i macierzach. Są one szeroko stosowane jako podstawa do innych wysokiej jakości, liniowych programów algebraicznych, np. LAPACK i Linpack. Ta implementacja jest implementacją referencyjną do Fortran 77, którą można znaleźć na netlib.

Pakiet zawiera bibliotekę współdzieloną.

The GNU Scientific Library (GSL) is a collection of routines for numerical analysis. The routines are written from scratch by the GSL team in C, and present a modern API for C programmers, while allowing wrappers to be written for very high level languages.

GSL includes data types and routines for complex numbers, vectors, matrices, basic linear algebra subroutines (BLAS), eigensystems, simulated annealing, minimization, root finding, pseudo-random numbers, least-squares fitting, fast Fourier transforms (FFT), differential equations, quadrature, Monte Carlo integration, special functions, physical constants, and much more.

This package provides the shared libraries required to run programs compiled with GNU GSL. To compile your own programs you also need to install libgsl0-dev.

LAPACK version 3.X is a comprehensive FORTRAN library that does linear algebra operations including matrix inversions, least squared solutions to linear sets of equations, eigenvector analysis, singular value decomposition, etc. It is a very comprehensive and reputable package that has found extensive use in the scientific community.

This package contains a shared version of the library.

SSM is a macromolecular coordinate superposition library, written by Eugene Krissinel of the EBI.

The library implements the SSM algorithm of protein structure comparison in three dimensions, which includes an original procedure of matching graphs built on the protein's secondary-structure elements, followed by an iterative three-dimensional alignment of protein backbone Calpha atoms.

This package contains the binaries of the libraries

MayaVi2 is a cross-platform tool for 2-D and 3-D scientific data visualization. Its features include:

• Visualization of scalar, vector and tensor data in 2 and 3 dimensions
• Easy scriptability using Python
• Easy extendability via custom sources, modules, and data filters
• Reading several file formats: VTK (legacy and XML), PLOT3D, etc.
• Saving of visualizations
• Saving rendered visualization in a variety of image formats.

MayaVi2 has been designed with scriptability and extensibility in mind. While the mayavi2 application is usable by itself, it may be used as an Envisage plugin which allows it to be embedded in user applications natively. Alternatively, it may be used as a visualization engine for any application.

This package also provides TVTK, which wraps VTK objects to provide a convenient, Pythonic API, while supporting Traits attributes and NumPy/SciPy arrays. TVTK is implemented mostly in pure Python, except for a small extension module.

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the program binaries necessary to run MPICH programs.

MPQC is an ab-inito quantum chemistry program. It is especially designed to compute molecules in a highly parallelized fashion.

It can compute energies and gradients for the following methods:

• Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
• Density Functional Theory (DFT)
• Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)

Additionally, it can compute energies for the following methods:

• Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12)
• Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
• Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)

It also includes an internal coordinate geometry optimizer.

MPQC is built upon the Scientific Computing Toolkit (SC).

NCO to pakiet programów znanych jako operatory. Operatory to samodzielne programy wiersza poleceń, działające w powłoce POSIX. Operatory pobierają jeden lub więcej plików netCDF jako dane wejściowe, wykonują operacje (np. uśredniania, hiperslabowania) i tworzą plik wyjściowy w formacie netCDF. NCO został pierwotnie zaprojektowany do analizowania i zarządzania danymi klimatycznymi, chociaż działa na dowolnych zestawach danych w formacie netCDF.

You would use ncview to get a quick and easy, push-button look at your NetCDF files. You can view simple movies of the data, view along various dimensions, take a look at the actual data values, change color maps, invert the data and other simple visual operations.

Contains the programs ncdump and ncgen which convert NetCDF files to ASCII and back, respectively. NetCDF (network Common Data Form) is an interface for scientific data access and a freely-distributed software library that provides an implementation of the interface. The netCDF library also defines a machine-independent format for representing scientific data. Together, the interface, library, and format support the creation, access, and sharing of scientific data.

Octave jest (w większości kompatybilnym z Matlab (R)) wysokopoziomowym językiem, początkowo stworzonym do obliczeń numerycznych. Dostarcza wygodny interfejs wiersza poleceń do rozwiązywania liniowych oraz nieliniowych zadań metodami numerycznymi.

Octave może być dynamicznie rozszerzony o dostarczone przez użytkownika pliki C++.

Open MPI is a project combining technologies and resources from several other projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open MPI offers advantages for system and software vendors, application developers and computer science researchers.

Features:

• Full MPI-3.1 standards conformance
• Thread safety and concurrency
• Dynamic process spawning
• High performance on all platforms
• Reliable and fast job management
• Network and process fault tolerance
• Support network heterogeneity
• Single library supports all networks
• Run-time instrumentation
• Many job schedulers supported
• Internationalized error messages
• Component-based design, documented APIs

This package contains the Open MPI utility programs.

OpenMX (Open source package for Material eXplorer) is a program package for nano-scale material simulations based on density functional theories (DFT), norm-conserving pseudopotentials and pseudo-atomic localized basis functions. Since the code is designed for the realization of large-scale ab initio calculations on parallel computers, it is anticipated that OpenMX can be a useful and powerful tool for nano-scale material sciences in a wide variety of systems such as biomaterials, carbon nanotubes, magnetic materials, and nanoscale conductors.

PSI3 is an ab-initio quantum chemistry program. It is especially designed to accurately compute properties of small to medium molecules using highly correlated techniques.

It can compute energies and gradients for the following methods:

• Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (RHF/ROHF) (including analytical hessians for RHF)
• Closed shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
• Complete active space SCF (CASSCF)
• Coupled-cluster singles doubles (CCSD)
• Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T)) (only for unrestricted (UHF) reference wavefunctions)

Additionally, it can compute energies for the following methods:

• Unrestricted open shell Hartree-Fock (UHF)
• Closed/open shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
• Closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12) and spin-component scaled MP2 theory (SCS-MP2)
• Multireference configuration-interaction (MRCI)
• Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T))
• Second/third-order approximate coupled-cluster singles doubles (CC2/CC3)
• Multireference coupled-cluster singles doubles (MRCCSD)
• Closed shell and general restricted open shell equation-of-motion coupled- cluster singles doubles (EOM-CCSD)

Further features include:

• Flexible, modular and customizable input format
• Excited state calculations with the CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF, MRCI and MRCCSD methods
• Internal coordinate geometry optimizer
• Harmonic frequencies calculations
• One-electron properties like dipole/quadrupole moments, natural orbitals, electrostatic potential, hyperfine coupling constants or spin density
• Utilization of molecular point-group symmetry to increase efficiency

The lmfit Python package provides a simple, flexible interface to non-linear optimization or curve fitting problems. The package extends the optimization capabilities of scipy.optimize by replacing floating pointing values for the variables to be optimized with Parameter objects. These Parameters can be fixed or varied, have upper and/or lower bounds placed on its value, or written as an algebraic expression of other Parameters.

The principal advantage of using Parameters instead of simple variables is that the objective function does not have to be rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or what relationships or constraints are placed on the Parameters. This means a scientific programmer can write a general model that encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of that model to change what is varied and fixed, what range of values is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the model. The ease with which the model can be changed also allows one to easily test the significance of certain Parameters in a fitting model.

The lmfit package allows a choice of several optimization methods available from scipy.optimize. The default, and by far best tested optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method is by far the most tested and best support method in lmfit, and much of this document assumes this algorithm is used unless explicitly stated. An important point for many scientific analysis is that this is only method that automatically estimates uncertainties and correlations between fitted variables from the covariance matrix calculated during the fit.

A few other optimization routines are also supported, including Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and several others from scipy.optimize. In their native form, some of these methods setting allow upper or lower bounds on parameter variables, or adding constraints on fitted variables. By using Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of these methods, and makes it easy to swap between methods without hanging the objective function or set of Parameters.

Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned (and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute force search of the confidence intervals and correlations for sets of parameters.

This is the Python 3 version of the package.

SciPy supplements the popular NumPy module (python-numpy package), gathering a variety of high level science and engineering modules together as a single package.

SciPy is a set of Open Source scientific and numeric tools for Python. It currently supports special functions, integration, ordinary differential equation (ODE) solvers, gradient optimization, genetic algorithms, parallel programming tools, an expression-to-C++ compiler for fast execution, and others.

SymPy is a Python library for symbolic mathematics (manipulation). It aims to become a full-featured computer algebra system (CAS) while keeping the code as simple as possible in order to be comprehensible and easily extensible. SymPy is written entirely in Python and does not require any external libraries, except optionally for plotting support.

This package contains the Python 3 version of sympy.

Pyxplot is a multi-purpose graph plotting tool, scientific scripting language, vector graphics suite, and data processing package. Its interface is designed to make common tasks -- e.g., plotting labelled graphs of data -- accessible via short, simple, intuitive commands.

Pyxplot produces publication-quality figures. To this end, text is rendered with all of the beauty and flexibility of the LaTeX typesetting environment.

Extensive documentation and examples can be found in the pyxplot-doc package. A gallery of sample plots is available from the project's web site.

Quantum ESPRESSO (formerly known as PWscf) is an integrated suite of computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale. It is based on density-functional theory, plane waves, and pseudopotentials (both norm-conserving, ultrasoft, and PAW).

Features include:

• Ground-state single-point and band structure calculations using plane-wave self-consistent total energies, forces and stresses
• Separable norm-conserving and ultrasoft (Vanderbilt) pseudo-potentials, PAW (Projector Augmented Waves)
• Various exchange-correlation functionals, from LDA to generalized-gradient corrections (PW91, PBE, B88-P86, BLYP) to meta-GGA, exact exchange (HF) and hybrid functionals (PBE0, B3LYP, HSE)
• Car-Parrinello and Born-Oppenheimer Molecular Dynamics
• Structural Optimization including transition states and minimum energy paths
• Spin-orbit coupling and noncollinear magnetism
• Response properties including phonon frequencies and eigenvectors, effective charges and dielectric tensors, Infrared and Raman cross-sections, EPR and NMR chemical shifts
• Spectroscopic properties like K- and L1-edge X-ray Absorption Spectra (XAS) and electronic excitations

SasView is a Small Angle Scattering Analysis Software Package, originally developed as part of the NSF DANSE project under the name SansView, now managed by an international collaboration of facilities.

SasView is software for the analysis of Small-Angle Scattering (SAS) data.

It fits analytic functions describing different types of material microstructure to experimental data in order to determine the shape, size and degree of ordering.

SasView also includes tools for calculating scattering length densities, slit sizes, resolution, fringe thicknesses/d-spacings, the (Porod) invariant ('total scattering'), and distance distribution functions.

This package installs the sasview executable script.

Ten metapakiet instaluje pakiety naukowe Debiana, które są użyteczne przy wykonywaniu obliczeń numerycznych. Pakiety te zapewniają tablicowy system obliczeń i wizualizacji do obliczeń naukowych i analizy danych. Pakiety podobne są do systemów komercyjnych, takich jak Matlab i IDL.

Scilab to oparty na macierzach pakiet oprogramowania naukowego. Scilab zawiera setki wbudowanych funkcji matematycznych, bogate struktury danych (w tym: wielomiany, wymierne, systemy liniowe, listy itp.) oraz szereg specjalistycznych zestawów narzędzi do sterowania, przetwarzania sygnałów, itd.

Ten pakiet zawiera również Xcos, edytor graficzny do projektowania hybrydowych modeli układów dynamicznych. Modele można projektować, ładować, zapisywać, kompilować i symulować. Xcos stanowi stabilne i wydajne rozwiązanie dla potrzeb przemysłu i środowiska akademickiego. Xcos zapewnia funkcje do modelowania układów mechanicznych (motoryzacja, aeronautyka ...), obwodów hydraulicznych (modelowanie zapór, rur ...), układów sterowania itp.

Aby korzystać z minimalnej wersji scilab należy zainstalować pakiet "scilab-cli".

Wolna, wieloplatformowa biblioteka szybkich funkcji języka C++ do kreślenia danych nawet w 3 wymiarach. Umożliwia eksportowanie wykresów do plików bitmap i grafiki wektorowej w formatach: EPS, SVG i IDTF. Istnieją proste interfejsy okienkowe, oparte na GLUT, FLTK lub Qt. Mathgl może być również stosowane w konsoli. Istnieją interfejsy do następujących języków: C, Fortran, Pascal, Forth, Python i Octave.

Pakiet zawiera środowisko okienkowe udav, oparte na mathgl.

V_Sim visualizes atomic structures such as crystals, grain boundaries, molecules and so on (either in binary format, or in plain text format).

The rendering is done in pseudo-3D with spheres (atoms) or arrows (spins). The user can interact through many functions to choose the view, set the bindings, draw cutting planes, compute surfaces from scalar fields, duplicate nodes, measure geometry... Moreover V_Sim allows one to export the view as images in PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) and other formats. Some tools are also available to colorize atoms from data values or to animate on screen many position files.

Axiom jest przydatny do badania i opracowywania algorytmów matematycznych. Definiuje silnie typowaną i matematycznie poprawną hierarchię typów. Posiada własny język programowania i wbudowany kompilator.

Axiom jest rozwijany od 1973 roku i był przez pewien czas sprzedawany jako produkt komercyjny. Ostatecznie został wydany jako wolne oprogramowanie.

Obecnie trwają prace nad rozszerzeniem funkcjonalności programu, ukierunkowane na: stworzenie lepszego interfejsu użytkownika, dostosowanie go do roli przydatnego narzędzia nauczania, opracowanie protokołu algebraicznego serwera, zintegrowanie innych aspektów matematyki, przebudowanie algebry w czytelnym stylu programowania, zintegrowanie programowania logicznego oraz opracowanie "Axiom Journal" z odpowiednich artykułów.

Pakiet zawiera główny program wykonywalny oraz wszystkie prekompilowane i automatycznie wczytywane moduły algebry.

Data Explorer to system narzędzi i interfejsów użytkownika do wizualizacji danych. Ogólnie rzecz biorąc, wizualizację danych można uznać za proces 3-etapowy:

   1. Opisywanie i importowanie danych.
   2. Przetwarzanie danych za pomocą programu do wizualizacji.
   3. Przedstawienie wynikowego obrazu.
To jest pakiet główny.

Data Explorer to system narzędzi i interfejsów użytkownika do wizualizacji danych. Ogólnie rzecz biorąc, wizualizację danych można uznać za proces 3-etapowy:

   1. Opisywanie i importowanie danych.
   2. Przetwarzanie danych za pomocą programu do wizualizacji.
   3. Przedstawienie wynikowego obrazu.
To jest pakiet z dokumentacją. Udostępnia on pomoc online i dokumentację w

formacie HTML.

Pakiet zawiera przykłady skryptów i sieci dla OpenDX Data Explorer. Przykłady te wymienione są w samouczku OpenDX, ale można ich również używać niezależnie do przeglądania i analizowania.

Provides some applications codes(source and executables) such as laplacian with cG and dG methods, stokes, heat transfer, solid mechanics(static and dynamic).

Feel++ is a versatile finite element library to solve partial differential equations

Support 1D, 2D, 3D

Support the following basic entities: simplices (segment, triangle, tetrahedron) and product of simplices (quadrangle, hexahedron)

Support various point sets on these basic entities: equispaced points, quadrature points, interpolation points (Gauss-Lobatto, Fekete, WarpBlend?)

Support continuous and discontinuous Galerkin methods

Support various polynomial sets:

• Lagrange(continuous,discontinuous,all dimensions,all interpolation point sets)

• Dubiner(discontinuous), boundary adapted(continuous)

• Legendre(discontinuous), boundary adapted(continuous)

Provide mathematical concept for higher order abstraction (Function spaces and associated elements, forms and operators)

Provide a language embedded in C++ for variational formulations, projection and numerical integration

Gpiv jest programem z graficznym interfejsem użytkownika (używającym bibliotek GTK/GNOME) do Particle Image Velocimetry (PIV). Program umożliwia szybkie przeglądanie i łatwą zmianę ustawień parametrów procesów, uruchamianie procesów indywidualnie lub w ciągu łańcuchowym, oraz wizualizację i wyświetlanie wyników. Gpiv wywołuje następujące procesy:

Przetwarzanie obrazu: typowe manipulacje obrazem, które mogą być potrzebne do śledzenia PIV.

Prześledzenie zawartości obrazu w celu określenia estymatorów przemieszczania cząsteczek w obrazach.

Sprawdzanie poprawności danych w testach na wartości skrajne, efektu zablokowania szczytowego i gradientów prędkości na śledzonych obszarach.

Końcowe przetwarzanie danych: manipulowanie danymi, czasoprzestrzenne skalowanie w celu uzyskania zakresu prędkości na podstawie danych PIV, obliczanie średnich przestrzennych, zawirowań i natężenia (przepływu cieczy).

A collection of programs for images that are generated during a Particle Image Velocimetry (PIV) experiment. This is a technique to obtain the velocity field of a fluid flow quantitatively and is performed by tracking tracer particles that have been seeded to a fluid. The technique is also applied for observing deformations at surfaces of (solid) bodies. The package contains:

• an image processing program for typical filtering and manipulation routines that may be convenient for PIV.
• an image interrogation program resulting into estimators of particle image displacements.
• validation programs to test on outliers, peak-locking effect and velocity gradients.
• post-processing programs for data manipulation (flipping, rotation etc), spatial and time scaling, calculation of spatial averages and derivative quantities from the PIV data, like vorticity and strain.
• miscellaneous programs and scripts to perform image format conversion, batch-processing, pipeline processing (image evaluation, validation and post-processing at once), calculation of time averages from a series of PIV data sets, data-visualization and data-manipulation.

All programs start with gpiv_.

This package contains all files used by gpivtools and gpivtools-mpi, like the man pages.

HDF5 is a file format and library for storing scientific data. HDF5 was designed and implemented to address the deficiencies of HDF4.x. It has a more powerful and flexible data model, supports files larger than 2 GB, and supports parallel I/O.

This package contains helper tools for HDF5.

HDF5 jest formatem plików i biblioteką do przechowywania danych naukowych. HDF5 zostało zaprojektowane i wdrożone z ukierunkowaniem na niedostatki HDF4.x. Ma potężniejszy i elastyczniejszy model danych, obsługuje pliki większe niż 2 GB, oraz wspiera równoległe We/Wy.

Ten pakiet zawiera narzędzia uruchomieniowe dla HDF5.

This module provides an interface to layout and image generation of directed and undirected graphs in a variety of formats (PostScript, PNG, etc.) using the "dot", "neato", "twopi", "circo" and "fdp" programs from the GraphViz project (http://www.graphviz.org/ or http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/).

Maxima jest programem do obliczeń symbolicznych, w pełni wyposażonym do działań z symbolicznymi obliczeniami wielomianów, macierzami, funkcjami wymiernymi, całkowaniem, metodami Todd-Coxetera do analizy skończonej grupy, wykresami i dokładnymi obliczeniami zmiennoprzecinkowymi. Posiada symboliczny debugger do kodu źródłowego maxima. Maxima opiera się na oryginalnym opracowaniu Macsyma w MIT (Massachusetts Institute of Technology) z 1970 roku. Jest niezawodny, nie ma wycieków pamięci, której zapewnia doskonałe czyszczenie. Jego działanie zostało sprawdzone setkami testów kontrolnych.

Pakiet zawiera podstawowe pliki wykonywalne i systemowe.

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the MPICH documentation.

NetCDF (network Common Data Form) is an interface for scientific data access and a freely-distributed software library that provides an implementation of the interface. The netCDF library also defines a machine-independent format for representing scientific data. Together, the interface, library, and format support the creation, access, and sharing of scientific data.

This package contains documentation for the NetCDF library in a variety of formats.

Open MPI is a project combining technologies and resources from several other projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open MPI offers advantages for system and software vendors, application developers and computer science researchers.

This package contains man pages describing the Message Passing Interface standard.

PyMca is set of applications and Python libraries for analysis of X-ray fluorescence spectra.

The applications included in this package are:

• edfviewer - Display and inspection of data files in ESRF Data Format
• elementsinfo - Displays element specific X-ray data
• mca2edf - Converts files from SPEC MCA format to EDF
• peakidentifier - Displays X-ray fluorescence peaks in a given energy range
• pymcabatch - Batch fitting of spectra
• pymcapostbatch - Post-processing of batch fitting results
• pymca - Interactive data-analysis
• pymcaroitool - Region-of-interest (ROI) imaging tool

The PyMca toolkit can read data files in SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA and SupaVisio formats.

This are the scripts of the package.

Pygraphviz is a Python interface to the Graphviz graph layout and visualization package.

With Pygraphviz you can create, edit, read, write, and draw graphs using Python to access the Graphviz graph data structure and layout algorithms.

This package contains the Python 3 version of python-pygraphviz.

Qtiplot jest w pełni rozwiniętym oprogramowaniem do kreślenia wykresów, podobnym do programu Origin z OriginLab (więcej informacji na temat Origin można znaleźć na stronie: http://www.originlab.com).

Program może kreślić dwu- lub trójwymiarowe wykresy o wysokiej jakości, zarówno ze zbiorów danych, jak i funkcji. Może pracować stosując dopasowania nieliniowe i wielowierzchołkowe.

Niektóre funkcje:

• wieloplatformowość: działa natywnie w systemie Windows, Mac OS X i Linux/Unix;
• pełna obsługa skryptów Pythona;
• kreślenie 3D oparte na OpenGL;
• publikowanie wykresów o wysokiej jakości i łatwe eksportowanie do różnych formatów graficznych (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, itp.);
• łatwa integracja z systemem składu tekstu LaTeXa;
• wydajne i wszechstronne tworzenie arkuszy kalkulacyjnych i obliczeń w kolumnie logicznej oraz łatwy import/eksport wielu plików;
• szybki dostęp do ekstensywnych, wbudowanych funkcji analizy danych;
• zaawansowana analiza statystyczna: test t studenta, ANOVA, test chi-kwadrat dla wariancji, test normalności (Shapiro-Wilka);
• liniowe i nieliniowe dopasowywanie krzywej z rozważania i oszacowywania statystycznych błędów określonych parametrów;
• wielowierzchołkowe dopasowywanie;
• narzędzia do analizowania obrazu;
• obsługa szablonów: wszystkie ustawienia dla wykresów, tabel i macierzy mogą być zapisane i przywrócone później dla szybkiego procesu edytowania;
• pliki projektu oparte na folderach, funkcjonalny eksplorator projektu z wbudowanymi funkcjami przeciągania i upuszczania oraz wyszukiwania;
• pełny import skoroszytów programu Excel oraz arkuszy kalkulacyjnych Open Document Format, baz danych dBase, SQLite i Microsoft Access.

SciDAVis to program do analizy i wysokiej jakości wizualizacji danych (np. do wykorzystania w publikacjach naukowych). Posiada łatwy do nauki, intuicyjny, graficzny interfejs użytkownika, zachowując przy tym funkcjonalność i rozszerzalność przy użyciu np. skryptów Pythona.

SciDAVis jest podobny pod względem zastosowania do zastrzeżonych aplikacji systemu Windows, takich jak: Origin i SigmaPlot oraz do wolnego oprogramowania, takiego jak: QtiPlot, Labplot i Gnuplot.

Tym co wyróżnia SciDAVis od wyżej wymienionych programów jest położenie nacisku na zapewnienie przyjaznego i otwartego środowiska dla zarówno nowych, jak i doświadczonych użytkowników.

Ten metapakiet instaluje pakiety naukowe Debiana związane z matematyką. Niektóre osoby może zainteresować również debtag field::mathematics i, w zależności od zainteresowania, metapakiet education-mathematics.

Ten metapakiet jest częścią zestawu naukowego Debiana (Debian Pure Blend "Debian Science") i instaluje pakiety związane z obliczeniami statystycznymi. Zadania takie są powszechne i przydatne dla każdej działalności naukowej. Pakiet zależy od wielu pakietów R, a także od innych narzędzi przydatnych do tworzenia statystyk. Ponadto, sugerowane są zadania z matematyki naukowej, co wymaga dodatkowej instalacji odpowiedniego oprogramowania matematycznego.

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that makes all VTK classes accessible from within Octave using the same object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.

exciting is a full-potential all-electron Density-Functional-Theory (DFT) package based on the Linearized Augmented Plane-Wave (LAPW) method.

It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic species involved, and also allows for the investigation of the atomic-core region.

We particularly focus on excited state properties, within the framework of time-dependent DFT (TDDFT) as well as within many-body perturbation theory (MBPT).

APE (Atomic Pseudopotential Engine) is a tool for generating atomic pseudopotentials within the Density-Functional Theory framework. It produces pseudopotential files suitable for use with SIESTA, OCTOPUS and ABINIT.

The computer program atompaw generates projector and basis functions which are needed for performing electronic structure calculations based on the Projector-Augmented Wave (PAW) method. The program is applicable to materials throughout the periodic table. It produces an output file containing the projector and basis functions and the corresponding matrix elements in a form which can be read be the PWPAW and ABINIT codes. Additional data files are also produced which can be used to help evaluate the accuracy and efficiency of the generated functions.

BigDFT is a DFT-based massively parallel electronic structure code using a wavelet basis set. Wavelets constitute a real space basis set distributed on an adaptive mesh (two levels of resolution in our implementation).

Thanks to our Poisson solver based on a Green function formalism, periodic systems, surfaces and isolated systems can be simulated with the proper boundary conditions. GTH or HGH pseudopotentials are used to remove the core electrons.

The Poisson solver is also integrated in ABINIT, OCTOPUS and CP2K.

The Levenberg-Marquardt (LM) algorithm is an iterative technique that finds a local minimum of a function that is expressed as the sum of squares of nonlinear functions. It has become a standard technique for nonlinear least-squares problems and can be thought of as a combination of steepest descent and the Gauss-Newton method.

This library provides native ANSI C implementations of the Levenberg-Marquardt optimization algorithm, usable also from C++, Matlab, Perl, Python, Haskell and Tcl. Both unconstrained and constrained (under linear equations, inequality and box constraints) Levenberg-Marquardt variants are included.

Octopus is a scientific program aimed at the ab initio virtual experimentation on a hopefully ever-increasing range of system types. Electrons are described quantum-mechanically within Density-Functional Theory (DFT), in its Time-Dependent form (TDDFT) when doing simulations in time. Nuclei are described classically as point particles. Electron-nucleus interaction is described within the pseudopotential approximation.

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

This is an old version still used by several packages. A patched version compatible with the ETSF Software Suite is available from https://launchpad.net/wannier90.

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.