Debian Science Project
Summary
Nanoscale Physics
Debian Science Nanoscale Physics packages

This metapackage will install Debian Science packages related to Nanoscale Physics, which corresponds to the study of physical systems typically ranging from 1 to 100 nm in size. The properties of such systems usually depend on the number of atoms they are made of, while this number is still relatively large for an accurate description.

The nanoscale is the meeting point of classical and quantum physics. Previous research efforts were considering either smaller systems, for which everybody could develop their own methods and software independently, or much bigger systems, for which it was clearly impossible to provide a fine-grained description. Addressing the issues raised by the nanoscale requires however cooperative and coordinated efforts in a multidisciplinary context. This metapackage is part of such an endeavor.

You might also be interested in the debtag field::physics and, depending on your focus, in the physics and education-physics metapackages.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Nanoscale Physics packages

Official Debian packages with high relevance

abinit
Pakiet do obliczania struktury elektronowej
Versions of package abinit
ReleaseVersionArchitectures
trixie9.10.4-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye9.2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm9.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid9.10.4-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie7.8.2-2amd64,armel,armhf,i386
buster8.8.4-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch8.0.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream10.1.0
Debtags of package abinit:
fieldchemistry, physics
roleprogram
Popcon: 23 users (21 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

ABINIT jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej.

ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe są dostarczone.

Pakiet zawiera pliki wykonywalne potrzebne do wykonywania obliczeń (jednakże pseudopotencjały nie są dostarczane). Aby korzystać ze zbioru pseudopotencjałów, należy zainstalować pakiet abinit-data.

Please cite: X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger: ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties. (eprint) Comput. Phys. Commun. 180(12):2582-2615 (2009)
ase
Środowisko symulacji atomowej
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.21.1-2all
trixie3.22.1-5all
bookworm3.22.1-3all
sid3.22.1-5all
buster3.17.0-2all
Popcon: 9 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ASE (Atomic Simulation Environment) to środowisko symulacji atomowej napisane w języku programowania Python, którego celem jest konfigurowanie, sterowanie i analizowanie symulacji atomowych. ASE jest częścią CAMPOS, otwartoźródłowego projektu CAMP.

ASE zawiera interfejsy Pythona do kilku różnych kodów struktur elektronicznych, w tym: Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW i SIESTA.

Ten pakiet zawiera skrypty wykonywalne.

Please cite: S. R. Bahn and K. W. Jacobsen: An object-oriented scripting interface to a legacy electronic structure code. (2002)
avogadro
System do molekularnego modelowania i wizualizacji
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 58 users (45 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro jest systemem do molekularnego modelowania oraz wizualizacji cząsteczek i biocząsteczek. Może wizualizować właściwości cząsteczek, takie jak orbitale lub potencjały elektrostatyczne, a ponadto udostępnia intuicyjne narzędzie do budowania cząsteczek.

Podstawowe możliwości:

  • molekularne modelowanie z automatyczną optymalizacją opartą na geometrii pól siłowych;
  • mechanika molekularna obejmująca wyszukiwanie według ograniczeń i konformacji;
  • wizualizacja orbitali molekularnych oraz ogólnych izopowierzchni;
  • wizualizacja drgań i kreślenie widm oscylacyjnych;
  • obsługa krystalograficznych komórek elementarnych;
  • generowanie wejścia dla pakietów chemii kwantowej Gaussian, GAMESS i MOLPRO;
  • elastyczna architektura wtyczek i skryptów Pythona.

Avogadro odczytuje formaty plików takie jak: PDB, XYZ, CML, CIF, Molden oraz dane wyjściowe: Gaussian, GAMESS i MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
binoculars
Surface X-ray diffraction 2D detector data reduction
Versions of package binoculars
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.0.17-1all
bullseye0.0.6-1all
sid0.0.17-1all
buster0.0.4-1all
bookworm0.0.13-1all
bookworm-backports0.0.17-1~bpo12+1all
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BINoculars is a tool for data reduction and analysis of large sets of surface diffraction data that have been acquired with a two-dimensional X-ray detector. The intensity of each pixel of a two-dimensional detector is projected onto a three-dimensional grid in reciprocal-lattice coordinates using a binning algorithm. This allows for fast acquisition and processing of high-resolution data sets and results in a significant reduction of the size of the data set. The subsequent analysis then proceeds in reciprocal space. It has evolved from the specific needs of the ID03 beamline at the ESRF, but it has a modular design and can be easily adjusted and extended to work with data from other beamlines or from other measurement techniques.

cadabra
System algebry komputerowej motywowany teorią pola
Versions of package cadabra
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.46-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.46-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.46-5amd64,arm64,armhf,i386
jessie1.39-0.2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package cadabra:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Cadabra to system algebry komputerowej zaprojektowany specjalnie do rozwiązywania problemów napotykanych w teorii pola. Zawiera rozbudowane funkcje upraszczania tensorów wielomianowych, obejmujące: symetrie wielomianowe, fermiony i zmienne antykomutacyjne, algebrę Clifforda i transformację Fierza, niejawną zależność współrzędnych, wiele typów indeksów itd. Format wejściowy jest podzbiorem TeX-a.

cbflib-bin
utilities to manipulate CBF files
Versions of package cbflib-bin
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.9.7+dfsg1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.6+dfsg1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armhf,i386
sid0.9.7+dfsg1-3.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch0.9.2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.9.7+dfsg1-3.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
jessie0.9.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package cbflib-bin:
roleprogram
Popcon: 4 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CBFlib is a library of ANSI-C functions providing a simple mechanism for accessing Crystallographic Binary Files (CBF files) and Image-supporting CIF (imgCIF) files.

This package contains various utility programs.

cif-linguist
transform CIF data among CIF formats and dialects
Versions of package cif-linguist
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.4.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bullseye0.4.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.4.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The CIF API provides a standard C interface for reading, writing, and manipulating Crystallographic Information Files (CIFs). It is targeted in particular at CIF 2.0, but it provides support for CIF 1.1 and earlier as well.

This package contains cif_linguist, an experimental program for converting data between various versions of the CIF format.

cod-tools
Narzędzia do zarządzania plikami w formacie CIF
Versions of package cod-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster2.3+dfsg-3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.1.0+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.7.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.10.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.10.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 5 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakiet cod-tools zawiera zestaw modułów Perla i narzędzi wiersza poleceń do zarządzania plikami w formacie CIF (Crystallographic Information Format) w wersjach 1.1 i 2.0.

Please cite: Saulius Gražulis, Andrius Merkys, Antanas Vaitkus and Mykolas Okulič-Kazarinas: Computing stoichiometric molecular composition from crystal structures. Journal of Applied Crystallography 48:85-91 (2015)
cp2k
Ab Initio Molecular Dynamics
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2023.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm2023.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.1-2amd64,arm64,armhf,i386
bullseye8.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
upstream2024.1
Popcon: 13 users (8 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular dynamics (AIMD) simulations.

CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian calculations as well. Features include:

Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:

  • Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
  • Hartree-Fock (HF) energies and forces
  • Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
  • Random Phase Approximation (RPA) energies
  • Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
  • Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo- potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave approach (GPW/GAPW)
  • Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
  • Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5, PW92 and PADE
  • Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
  • Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including B3LYP, PBE0 and MCY3
  • Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
  • Additional XC functionals via LibXC
  • Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
  • Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW, PBE-vdW and B97X-D
  • DFT+U (Hubbard) correction
  • Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges (DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
  • Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS) matrix computation
  • Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace (DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
  • Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
  • Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear scaling of molecular systems
  • Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory (TDDFPT)

Ab-initio Molecular Dynamics:

  • Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
  • Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
  • PS extrapolation of initial wavefunction
  • Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
  • Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics (SGCP))

Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:

  • Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb interactions between the QM and the MM part
  • Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary conditions
  • Adaptive QM/MM

Further Features include:

  • Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
  • Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) for minimum energy path (MEP) calculations
  • Global optimization of geometries
  • Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
  • Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without periodic boundary conditions
  • Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble (NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling through velocity rescaling (CSVR) thermostats
  • Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy calculations
  • Classical Force-Field (MM) simulations
  • Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
  • Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
  • ATOM code for pseudopotential generation
  • Integrated molecular basis set optimization

CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).

drawxtl
crystal structure viewer
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
sid5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm5.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5-3amd64,arm64,armhf,i386
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 10 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DRAWxtl reads a basic description of the crystal structure, which includes unit-cell parameters, space group, atomic coordinates, thermal parameters or a Fourier map, and outputs a geometry object that contains polyhedra, planes, lone-pair cones, spheres or ellipsoids, bonds, iso-surface Fourier contours and the unit-cell boundary.

Four forms of graphics are produced:

  • an OpenGL window for immediate viewing
  • the Persistence of Vision Ray Tracer (POV-RAY) scene language for publication-quality drawings
  • the Virtual Reality Modeling Language (VRML) for dissemination across the Internet
  • a Postscript rendering of the OpenGL window for those who want high-quality output but do not have POV-RAY installed.

File formats DRAWxtl can read include CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS and WIEN2k.

Please cite: Larry W. Finger, Martin Kroeker and Brian H. Toby: DRAWxtl, an open-source computer program to produce crystal-structure drawings. (eprint) J. Appl. Cryst. 40:188-192 (2007)
Screenshots of package drawxtl
etsf-io
Binary tools to check, merge and read ETSF files
Versions of package etsf-io
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.3-4amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.4-4amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.0.4-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.0.4-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.0.4-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid1.0.4-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 5 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) is a European network dedicated to providing support and services for ongoing research in academic, government and industrial laboratories.

The ETSF is divided into 7 beamlines, each of which is concerned with a specific scientific topic:

  • Optics ;
  • Energy Loss Spectroscopy ;
  • Quantum Transport ;
  • Time-resolved Spectroscopy ;
  • Photo-emission Spectroscopy ;
  • Vibrational Spectroscopy ;
  • X-Rays Spectroscopy.

To allow the adoption of its recommendations about standardization, the ETSF proposes different libraries and tools implementing or using these specifications, as well as widely usable pieces of software.

ETSF_IO is a library of F90 routines to read/write the ETSF file format. This package contains the user tools to:

  • check file conformance to the specifications;
  • extract data from files;
  • merge multiple files from parallel runs, as specified in the specifications.
feynmf
set of LaTeX macros for creating Feynman diagrams
Maintainer: Thorsten Alteholz
Versions of package feynmf
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.08-10all
jessie1.08-9all
buster1.08-11all
bullseye1.08-12all
bookworm1.08-14all
trixie1.08-14all
sid1.08-14all
Debtags of package feynmf:
fieldphysics
made-oftex
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 230 users (205 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FeynMF is a LaTeX package for easy drawing of professional-quality Feynman diagrams, illustrations that depict the fundamental interactions of subatomic particles. The diagrams may be created using either the Metafont or MetaPost programs. FeynMF lays out most diagrams satisfactorily from the structure of the graph without any need for manual intervention. Nevertheless all the power of Metafont or MetaPost is available for more obscure cases.

Note that you will need the texlive-metapost package in order to use the MetaPost-based version of FeynMF.

finalcif
Edytor formatu CIF (Crystallographic Information Format)
Versions of package finalcif
ReleaseVersionArchitectures
bookworm113+dfsg-2all
sid137+dfsg-1all
trixie137+dfsg-1all
upstream139
Popcon: 3 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Finalcif to w pełni funkcjonalny edytor plików CIF, który ułatwia edycję i sprawdzanie poprawności plików CIF. Gromadzi wszystkie informacje z folderu roboczego potrzebne do sfinalizowania pliku CIF do publikacji. W każdym przypadku można również zaimportować prawidłowy plik CIF w celu uzupełnienia informacji. W idealnych przypadkach wystarczy jedno kliknięcie, aby plik był gotowy do publikacji.

Zasadniczo należy mieć odpowiedni plik CIF dla FinalCif w jego oryginalnym folderze roboczym "work", który zawiera wszystkie inne pliki, takie jak: pliki list SAINT, pliki list SADABS, pliki list SHELX itp., które doprowadziły do powstania tego pliku CIF.

Sprawdzenie ostatecznego pliku CIF za pomocą serwera IUCr CheckCIF to problem polegający na jednym kliknięciu w FinalCif. Otrzymuje się raport internetowy i plik PDF lub po prostu lokalne sprawdzenie PLATON CIF na komputerach bez dostępu do Internetu.

FinalCif generuje piękne raporty CIF w ciągu kilku sekund do publikacji w postaci plików MS Word (również kompatybilnych z Openoffice itp.). Raport zawiera tabele właściwości struktury, takie jak wartości R lub parametry atomów, a także tekst raportu na temat warunków eksperymentu.

Przycisk "Zapisz plik cif" zapisuje bieżący plik pod nazwą: "nazwa"-finalcif.cif. FinalCif nigdy nie wprowadzi zmian w oryginalnym pliku CIF.

fityk
Dopasowywanie nieliniowych krzywych i analiza danych ogólnego użytku
Versions of package fityk
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.1-0.1amd64,armel,armhf,i386
bullseye1.3.1-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.1-3amd64,arm64,armhf,i386
bookworm1.3.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.3.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package fityk:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencecalculation, modelling, plotting
scopeutility
uitoolkitncurses, wxwidgets
x11application
Popcon: 26 users (20 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Fityk jest elastycznym i przenośnym programem do dopasowywania nieliniowych funkcji analitycznych (zwłaszcza modelowanych wierzchołkami) do danych (zwykle doświadczalnych). Innymi słowy służy do oddzielenia i analizy nieliniowych wierzchołków.

Zaprojektowany został do analizy dyfraktogramów, ale może zostać użyty do innych celów, odkąd pojęcia i operacje specyficzne dla krystalografii są oddzielone od reszty programu.

Fityk oferuje różnorodne metody dopasowywania nieliniowego, odejmowanie tła, kalibrację danych, łatwe umieszczanie wierzchołków i zmianę ich parametrów, automatyzację powszechnie używanych zadań poprzez skrypty, i dużo więcej. Główną zaletą programu jest elastyczność - parametry wierzchołków mogą być dowolnie powiązane między sobą np. szerokość wierzchołka może być niezależną zmienną, może być taka sama jak szerokość innego wierzchołka lub też może być złożoną - wspólną dla wszystkich wierzchołków - formułą.

Pakiet libjs-sphinxdoc potrzebny jest do zainstalowania plików źródłowych JavaScript w dokumentacji.

Please cite: M. Wojdyr: Fityk: a general-purpose peak fitting program. (eprint) J. Appl. Cryst. 43(5):1126-1128 (2010)
garlic
visualization program for biomolecules
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 16 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic is written for the investigation of membrane proteins. It may be used to visualize other proteins, as well as some geometric objects. This version of garlic recognizes PDB format version 2.1. Garlic may also be used to analyze protein sequences.

It only depends on the X libraries, no other libraries are needed.

Features include:

  • The slab position and thickness are visible in a small window.
  • Atomic bonds as well as atoms are treated as independent drawable objects.
  • The atomic and bond colors depend on position. Five mapping modes are available (as for slab).
  • Capable to display stereo image.
  • Capable to display other geometric objects, like membrane.
  • Atomic information is available for atom covered by the mouse pointer. No click required, just move the mouse pointer over the structure!
  • Capable to load more than one structure.
  • Capable to draw Ramachandran plot, helical wheel, Venn diagram, averaged hydrophobicity and hydrophobic moment plot.
  • The command prompt is available at the bottom of the main window. It is able to display one error message and one command string.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.tools 
gdis
molecular and crystal model viewer
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
sid0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

A GTK+ based program for the display and manipulation of isolated molecules, periodic systems and crystalline habits. It is in development, but is nonetheless fairly functional. It has the following features:

  • Support for several file types (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN, and GULP)
  • A simple molecular creation and manipulation tool
  • A dialogue for creating starting configurations for molecular dynamics simulations
  • Assorted tools for visualization (geometry information, region highlighting, etc.)
  • Animation of BIOSYM files (also rendered animations, see below)

GDIS also allows you to perform the following functions through other packages:

  • Model rendering (courtesy of POVRay)
  • Energy minimization (courtesy of GULP)
  • Morphology calculation (courtesy of cdd)
  • Space group processing (courtesy of SgInfo)
  • View the Periodic Table (courtesy of GPeriodic)
  • Load additional filetypes, such as PDB (courtesy of Babel)
Screenshots of package gdis
ggobi
System wizualizacji danych wielowymiarowych
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package ggobi
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.11-2amd64,arm64,armhf,i386
sid2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1.11-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ggobi:
fieldstatistics
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
works-with-formatxml
Popcon: 28 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

GGobi to otwartoźródłowy program, służący do eksploracji i wizualizacji danych wielowymiarowych. GGobi zapewnia niezwykle dynamiczną i interaktywną grafikę taką jak wektoryzacja, a także znaną grafikę, taką jak wykresy punktowe, wykresy słupkowe i wykresy współrzędnych równoległych. Wykresy są interaktywne i powiązane z podświetlaniem i identyfikacją punktów.

Więcej informacji można znaleźć na stronie http://www.ggobi.org.

ghemical
Środowisko modelowania molekularnego do GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.0-4amd64,arm64,armhf,i386
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 10 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical jest pakietem oprogramowania stosowanym w chemii obliczeniowej, napisanym w języku C++. Posiada graficzny interfejs użytkownika i obsługuje zarówno modele mechaniki kwantowej (na wpół doświadczalne) jak i modele mechaniki molekularnej. Zapewnia optymalizację geometrii, dynamikę molekularną oraz zawiera duży zestaw narzędzi wizualnych wspieranych przez OpenGL.

Ghemical opiera się na kodzie zewnętrznym, umożliwiającym dokonywanie obliczeń w mechanice kwantowej. Zawiera, pochodzące z pakietu MOPAC7, semiempiryczne metody MNDO, MINDO/3, AM1 i PM3. Pakiet MPQC dostarcza, opartych na teorii Hartree-Focka, metod ab initio, obsługiwanych obecnie w podstawowym zakresie od STO-3G do 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Screenshots of package ghemical
gnuplot
Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
Versions of package gnuplot
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.6.6-2all
jessie-security4.6.6-2+deb8u1all
stretch5.0.5+dfsg1-6+deb9u1all
buster5.2.6+dfsg1-1+deb10u1all
bullseye5.4.1+dfsg1-1+deb11u1all
sid6.0.0+dfsg1-3all
bookworm5.4.4+dfsg1-2all
trixie6.0.0+dfsg1-3all
upstream6.0.rc3
Debtags of package gnuplot:
fieldmathematics
interfacecommandline
roledummy, metapackage
useconverting
works-withimage, image:vector
Popcon: 222 users (56 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Gnuplot to przenośny, sterowany z wiersza poleceń, interaktywny program do tworzenia dwu i trójwymiarowych wykresów na podstawie danych i funkcji. Obsługuje wiele formatów wyjściowych, w tym sterowniki do wielu drukarek (La)TeX, (x)fig, Postscript itd. Wersja programu do środowiska X11 znajduje się w pakiecie gnuplot-x11. Wersja programu z interfejsem Qt znajduje się w pakiecie gnuplot-qt.

Pliki danych oraz samodzielnie zdefiniowane funkcje mogą być zarządzane przy użyciu wewnętrznego języka podobnego do C. Program może wykonywać wygładzanie, dopasowania krzywymi składanymi lub dopasowania nieliniowe. Może także pracować na liczbach zespolonych.

Ten metapakiet służy do instalacji w pełni funkcjonalnego programu gnuplot (-qt, -x11 lub -nox).

gpaw
DFT and beyond within the projector-augmented wave method
Versions of package gpaw
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie24.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm22.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.5.1-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye21.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid24.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 14 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

A density-functional theory (DFT) Python code based on the projector-augmented wave (PAW) method and the atomic simulation environment (ASE). It uses real-space uniform grids and multigrid methods, atom-centered basis-functions or plane-waves.

Please cite: J. J. Mortensen, L. B. Hansen and K. W. Jacobsen: Real-space grid implementation of the projector augmented wave method. (eprint) Physical Review B 71(3) (2005)
gperiodic
tablica okresowa pierwiastków
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.3-1amd64,arm64,armhf,i386
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 33 users (30 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GPeriodic jest małym programem X napisanym w GTK+, który pozwala na przeszukiwanie tablicy okresowej pierwiastków oraz wyświetlanie szczegółowych informacji o każdym jej elemencie. Obecnie jest obsługiwanych 118 pierwiastków.

grace
Narzędzie do wykreślania i sporządzania wykresów XY
Maintainer: Nicholas Breen
Versions of package grace
ReleaseVersionArchitectures
bookworm5.1.25-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.1.25-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.1.25-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch5.1.25-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.1.24-3amd64,armel,armhf,i386
buster5.1.25-6amd64,arm64,armhf,i386
trixie5.1.25-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package grace:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, learning, printing
works-withimage, image:vector, text
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 157 users (46 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Grace jest narzędziem typu wskaż-i-kliknij, umożliwiającym użytkownikowi rysowanie wykresów X-Y. Program był wcześniej znany jako Xmgr.

Niektóre z jego funkcji: skalowanie zdefiniowane przez użytkownika, zaznaczanie odstępów na osi, etykiety, symbole, style linii, kolory, regresja wielomianowa, krzywe sklejane, obliczanie średnich kroczących, transformatory DFT/FFT, korelacja wzajemna/autokorelacja, tryb wsadowy pozwalający na bezobsługowe kreślenie oraz obsługa drukowania do formatu PostScript, FrameMaker i kilku formatów graficznych.

graphviz
rich set of graph drawing tools
Versions of package graphviz
ReleaseVersionArchitectures
buster-security2.40.1-6+deb10u1amd64,arm64,armhf,i386
sid2.42.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.42.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.40.1-6+deb10u1amd64,arm64,armhf,i386
experimental11.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch-security2.38.0-17+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386
stretch2.38.0-17amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.38.0-7amd64,armel,armhf,i386
bookworm2.42.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.42.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package graphviz:
fieldmathematics
interfacecommandline, x11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeutility
uitoolkitathena, tk
useviewing
works-withgraphs, image, image:raster, image:vector
x11application
Popcon: 13632 users (8820 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Graph drawing addresses the problem of visualizing structural information by constructing geometric representations of abstract graphs and networks. Automatic generation of graph drawings has important applications in key technologies such as database design, software engineering, VLSI and network design and visual interfaces in other domains. Situations where these tools might be particularly useful include:

  • you would like to restructure a program and first need to understand the relationships between its types, procedures, and source files
  • you need to find the bottlenecks in an Internet backbone - not only individual links, but their relationships
  • you're debugging a protocol or microarchitecture represented as a finite state machine and need to figure out how a certain error state arises
  • you would like to browse a database schema, knowledge base, or distributed program represented graphically
  • you would like to see an overview of a collection of linked documents
  • you would like to discover patterns and communities of interest in a database of telephone calls or e-mail messages

This package contains the command-line tools.

Screenshots of package graphviz
gsl-bin
GNU Scientific Library (GSL) - pakiet binarny
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package gsl-bin
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5+dfsg-6amd64,arm64,armhf,i386
buster-security2.5+dfsg-6+deb10u1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.6+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.7.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.7.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2.7.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
experimental2.8+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream2.8
Debtags of package gsl-bin:
devellang:c
fieldmathematics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
suitegnu
Popcon: 58 users (40 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

GNU Scientific Library (GSL) jest zbiorem funkcji do analizy numerycznej. Funkcje te zostały napisane od podstaw w języku C przez zespół GSL i prezentują nowoczesne API dla programistów języka C, umożliwiając pisanie nakładek do wysokopoziomowych języków programowania.

Ten pakiet zawiera kilka przykładowych plików binarnych.

URL: http://www.gnu.org/software/gsl/

gwyddion
Narzędzie do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM)
Versions of package gwyddion
ReleaseVersionArchitectures
buster2.52-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.47-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.64-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie2.38-2amd64,armel,armhf,i386
trixie2.64-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm2.62-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.57-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.66
Debtags of package gwyddion:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useanalysing, viewing
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 37 users (11 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Gwyddion jest modularnym programem do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM). Przeznaczony jest głównie do analizy danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości, otrzymanych przy pomocy następujących technik:

  • Mikroskop Sił Atomowych (AFM),
  • Mikroskop Sił Magnetycznych (MFM),
  • Skaningowy Mikroskop Tunelowy (STM),
  • Mikroskop Optyczny Bliskiego Pola (SNOM lub NSOM) i wiele innych. Może być również użyty do arbitralnej analizy obrazów danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości.

Pakiet zawiera główną aplikację i jej moduły. Zawiera również program Thumbnailer do GNOME (i Xfce), który tworzy podgląd wszystkich typów plików obsługiwanych przez program Gwyddion.

Please cite: David Nečas and Petr Klapetek: Gwyddion: an open-source software for SPM data analysis. (eprint) Central European Journal of Physics 10(1):181-188 (2012)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package gwyddion
libblas3
Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona
Versions of package libblas3
ReleaseVersionArchitectures
buster3.8.0-2amd64,arm64,armhf,i386
jessie1.2.20110419-10amd64,armel,armhf,i386
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.9.0-3+deb11u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.11.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.12.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid3.12.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package libblas3:
roleshared-lib
Popcon: 13449 users (3772 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) to zestaw wydajnych funkcji do większości podstawowych operacji na wektorach i macierzach. Są one szeroko stosowane jako podstawa do innych wysokiej jakości, liniowych programów algebraicznych, np. LAPACK i Linpack. Ta implementacja jest implementacją referencyjną do Fortran 77, którą można znaleźć na netlib.

Pakiet zawiera bibliotekę współdzieloną.

Please cite: E. Anderson, Z. Bai, C. Bischof, S. Blackford, J. Demmel, J. Dongarra, J. Du Croz, A. Greenbaum, S. Hammarling, A. McKenney and D. Sorensen: LAPACK Users' Guide (1999)
libgsl0ldbl
GNU Scientific Library (GSL) -- library package
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package libgsl0ldbl
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
upstream2.8
Debtags of package libgsl0ldbl:
fieldmathematics
roleshared-lib
suitegnu
works-withsoftware:running
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free

The GNU Scientific Library (GSL) is a collection of routines for numerical analysis. The routines are written from scratch by the GSL team in C, and present a modern API for C programmers, while allowing wrappers to be written for very high level languages.

GSL includes data types and routines for complex numbers, vectors, matrices, basic linear algebra subroutines (BLAS), eigensystems, simulated annealing, minimization, root finding, pseudo-random numbers, least-squares fitting, fast Fourier transforms (FFT), differential equations, quadrature, Monte Carlo integration, special functions, physical constants, and much more.

This package provides the shared libraries required to run programs compiled with GNU GSL. To compile your own programs you also need to install libgsl0-dev.

liblapack3
Library of linear algebra routines 3 - shared version
Versions of package liblapack3
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.12.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.12.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm3.11.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.9.0-3+deb11u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.0-2amd64,arm64,armhf,i386
jessie3.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package liblapack3:
roleshared-lib
Popcon: 8973 users (1412 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

LAPACK version 3.X is a comprehensive FORTRAN library that does linear algebra operations including matrix inversions, least squared solutions to linear sets of equations, eigenvector analysis, singular value decomposition, etc. It is a very comprehensive and reputable package that has found extensive use in the scientific community.

This package contains a shared version of the library.

Please cite: E. Anderson, Z. Bai, C. Bischof, S. Blackford, J. Demmel, J. Dongarra, J. Du Croz, A. Greenbaum, S. Hammarling, A. McKenney and D. Sorensen: LAPACK Users' Guide (1999)
libssm-bin
macromolecular superposition library - binaries
Versions of package libssm-bin
ReleaseVersionArchitectures
buster1.4.0-1amd64,arm64,armhf,i386
trixie1.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SSM is a macromolecular coordinate superposition library, written by Eugene Krissinel of the EBI.

The library implements the SSM algorithm of protein structure comparison in three dimensions, which includes an original procedure of matching graphs built on the protein's secondary-structure elements, followed by an iterative three-dimensional alignment of protein backbone Calpha atoms.

This package contains the binaries of the libraries

Please cite: E. Krissinel and K. Henrick: Secondary-structure matching (SSM), a new tool for fast protein structure alignment in three dimensions. (PubMed,eprint) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 60(1):2256-68 (2004)
mayavi2
scientific visualization package for 2-D and 3-D data
Versions of package mayavi2
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.3.1-3.1amd64,armel,armhf,i386
stretch4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.5.0-1amd64,arm64,armhf,i386
sid4.8.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie4.8.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm4.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.7.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4.8.2
Debtags of package mayavi2:
develexamples, lang:python
roleprogram
useviewing
Popcon: 21 users (19 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

MayaVi2 is a cross-platform tool for 2-D and 3-D scientific data visualization. Its features include:

  • Visualization of scalar, vector and tensor data in 2 and 3 dimensions
  • Easy scriptability using Python
  • Easy extendability via custom sources, modules, and data filters
  • Reading several file formats: VTK (legacy and XML), PLOT3D, etc.
  • Saving of visualizations
  • Saving rendered visualization in a variety of image formats.

MayaVi2 has been designed with scriptability and extensibility in mind. While the mayavi2 application is usable by itself, it may be used as an Envisage plugin which allows it to be embedded in user applications natively. Alternatively, it may be used as a visualization engine for any application.

This package also provides TVTK, which wraps VTK objects to provide a convenient, Pythonic API, while supporting Traits attributes and NumPy/SciPy arrays. TVTK is implemented mostly in pure Python, except for a small extension module.

Screenshots of package mayavi2
mpich
Implementation of the MPI Message Passing Interface standard
Versions of package mpich
ReleaseVersionArchitectures
experimental4.2.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie3.1-5amd64,armel,armhf,i386
stretch3.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.3-3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.4.1-5~deb11u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie4.2.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm4.0.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.2.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream4.2.1
Debtags of package mpich:
adminbenchmarking, monitoring
networkhiavailability, load-balancing, scanner
scopeutility
usetransmission
Popcon: 77 users (80 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the program binaries necessary to run MPICH programs.

mpqc
Massively Parallel Quantum Chemistry Program
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.3.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 14 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPQC is an ab-inito quantum chemistry program. It is especially designed to compute molecules in a highly parallelized fashion.

It can compute energies and gradients for the following methods:

  • Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
  • Density Functional Theory (DFT)
  • Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)

Additionally, it can compute energies for the following methods:

  • Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12)
  • Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
  • Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)

It also includes an internal coordinate geometry optimizer.

MPQC is built upon the Scientific Computing Toolkit (SC).

nco
Operatory wiersza poleceń do analizy plików netCDF
Versions of package nco
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.4.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch-backports4.7.9-1~bpo9+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.6.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie5.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster4.7.9-1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm5.1.4-1+deb12u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.9.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.2.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package nco:
fieldmeteorology
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 31 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

NCO to pakiet programów znanych jako operatory. Operatory to samodzielne programy wiersza poleceń, działające w powłoce POSIX. Operatory pobierają jeden lub więcej plików netCDF jako dane wejściowe, wykonują operacje (np. uśredniania, hiperslabowania) i tworzą plik wyjściowy w formacie netCDF. NCO został pierwotnie zaprojektowany do analizowania i zarządzania danymi klimatycznymi, chociaż działa na dowolnych zestawach danych w formacie netCDF.

Please cite: Charles S. Zender: Analysis of Self-describing Gridded Geoscience Data with netCDF Operators (NCO). (eprint) Environmental Modelling & Software 23(10):1338-1342 (2008)
ncview
Przeglądarka wizualna plików w formacie NetCDF do środowiska X11
Versions of package ncview
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.1.8+ds-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.8+ds-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.1.8+ds-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bullseye2.1.8+ds-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.8+ds-3amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.1.7+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.93g-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ncview:
fieldmeteorology
interfacex11
roleprogram
uitoolkitathena
useviewing
x11application
Popcon: 51 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Program ncview umożliwia szybkie i łatwe przeglądanie plików NetCDF za pomocą jednego przycisku. Z jego pomocą można oglądać proste filmy z danymi, przeglądać je w różnych wymiarach, sprawdzać rzeczywiste wartości danych, zmieniać mapy kolorów, odwracać dane i wykonywać inne proste operacje wizualne.

Screenshots of package ncview
netcdf-bin
Programy do odczytu i zapisu plików NetCDF
Versions of package netcdf-bin
ReleaseVersionArchitectures
bookworm4.9.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.7.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.9.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch4.4.1.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.6.2-1amd64,arm64,armhf,i386
trixie4.9.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie4.1.3-7.2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package netcdf-bin:
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 97 users (38 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakiet zawiera programy ncdump i ncgen, które konwertują pliki NetCDF do formatu ASCII i na odwrót. NetCDF (network Common Data Form) to interfejs umożliwiający dostęp do danych naukowych oraz swobodnie rozpowszechniana biblioteka oprogramowania, która zapewnia implementację interfejsu. Biblioteka netCDF definiuje również niezależny od maszyny format reprezentowania danych naukowych. Łącznie interfejs, biblioteka i format wspierają tworzenie, udostępnianie i współdzielenie danych naukowych.

nexus-tools
NeXus scientific data file format - applications
Versions of package nexus-tools
ReleaseVersionArchitectures
trixie4.4.3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid4.4.3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie4.3.2-svn1921-2amd64,armel,armhf,i386
bookworm4.4.3-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.4.3-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

NeXus is a common data format for neutron, X-ray, and muon science. It is being developed as an international standard by scientists and programmers representing major scientific facilities in Europe, Asia, Australia, and North America in order to facilitate greater cooperation in the analysis and visualization of neutron, X-ray, and muon data.

This is the package containing some applications for reading and writing NeXus files.

octave
Język GNU Octave do obliczeń numerycznych
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
buster4.4.1-5amd64,arm64,armhf,i386
trixie9.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye6.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid9.2.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm7.3.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.8.2-4amd64,armel,armhf,i386
buster-backports5.2.0-3~bpo10+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch-backports4.4.1-4~bpo9+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el
stretch-backports4.4.0-3~bpo9+1s390x
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 550 users (308 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave to (głównie kompatybilny z MATLAB®) język wysokiego poziomu, przeznaczony zwłaszcza do obliczeń numerycznych. Zapewnia on wygodny interfejs wiersza poleceń do rozwiązywania liniowych oraz nieliniowych zadań metodami numerycznymi.

Octave może być dynamicznie rozszerzony o dostarczone przez użytkownika pliki C++.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-dev octave-doc
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
openkim-models
Models and model-drivers for KIM-API
Versions of package openkim-models
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2021.01.28-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2021.01.28-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2021.01.28-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2021.01.28-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster-backports2021.01.28-2~bpo10+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The KIM API is an Application Programming Interface for atomistic simulations. The API provides a standard for exchanging information between atomistic simulation codes (molecular dynamics, molecular statics, lattice dynamics, Monte Carlo, etc.) and interatomic models (potentials or force fields). It also includes a set of library routines for using the API with bindings for:

FORTRAN 77, Fortran 90/95, Fortran 2003 C, C++

Atomistic simulation codes that support the KIM API work seamlessly with the KIM-compliant interatomic models (KIM Models) distributed on this website. The interface is computationally efficient and often requires relatively minor changes to existing codes.

This package contains models and model-drivers for KIM-API

openmpi-bin
high performance message passing library -- binaries
Versions of package openmpi-bin
ReleaseVersionArchitectures
experimental5.0.3-3amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster3.1.3-11amd64,arm64,armhf,i386
bullseye4.1.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.1.6-13.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie4.1.6-13.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm4.1.4-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6.5-9.1+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
upstream5.0.3
Debtags of package openmpi-bin:
admincluster
fieldbiology, chemistry, mathematics, physics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 1040 users (609 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Open MPI is a project combining technologies and resources from several other projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open MPI offers advantages for system and software vendors, application developers and computer science researchers.

Features:

  • Full MPI-3.1 standards conformance
  • Thread safety and concurrency
  • Dynamic process spawning
  • High performance on all platforms
  • Reliable and fast job management
  • Network and process fault tolerance
  • Support network heterogeneity
  • Single library supports all networks
  • Run-time instrumentation
  • Many job schedulers supported
  • Internationalized error messages
  • Component-based design, documented APIs

This package contains the Open MPI utility programs.

openmx
package for nano-scale material simulations
Versions of package openmx
ReleaseVersionArchitectures
buster3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armhf,i386
sid3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
stretch3.7.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.7.6-1amd64,armel,armhf,i386
upstream3.9.9
Debtags of package openmx:
fieldchemistry, physics
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenMX (Open source package for Material eXplorer) is a program package for nano-scale material simulations based on density functional theories (DFT), norm-conserving pseudopotentials and pseudo-atomic localized basis functions. Since the code is designed for the realization of large-scale ab initio calculations on parallel computers, it is anticipated that OpenMX can be a useful and powerful tool for nano-scale material sciences in a wide variety of systems such as biomaterials, carbon nanotubes, magnetic materials, and nanoscale conductors.

Screenshots of package openmx
psi3
Zestaw programów chemii kwantowej PSI3
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
buster3.4.0-6amd64,arm64,armhf,i386
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
trixie3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
Popcon: 8 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

PSI3 jest pakietem programów z zakresu chemii kwantowej wykorzystujących do obliczeń metody ab-initio. Dzięki wysoce korelacyjnym technikom obliczeniowym jest szczególnie użyteczny w zakresie dokładnego określania własności molekuł, tak małych, jak i średniej wielkości.

Pakiet umożliwia obliczanie energii i gradientów następującymi metodami:

  • Hartree-Focka dla powłoki walencyjnej i ogólnej ograniczonej powłoki otwartej (RHF/ROHF) (w tym analityczne hessiany dla RHF),
  • teorii zaburzeń Mollera-Plesseta z zamkniętą powłoką (MP2),
  • metodą zamknięcia przestrzeni aktywnej SCF (CASSCF),
  • klastrowo-złączonych singli i dubletów (CCSD),
  • klastrowo-złączonych singli i dubletów z perturbacyjnymi trypletami (CCSD(T)) (tylko dla nieograniczonych (UHF) referencyjnych funkcji falowych).

Dodatkowo może liczyć energie następującymi metodami:

  • nieograniczonej otwartej powłoki Hartree-Focka (UHF),
  • teorii perturbacji Moellera-Plesseta dla zamkniętej/otwartej powłoki (MP2),
  • teorii MP2 z zamkniętą powłoką wyraźnie skorelowaną (MP2-R12) oraz teorii MP2 skalowanej ze składowymi spinowymi (SCS-MP2),
  • teorii perturbacji Moellera-Plesseta dla zamkniętej powłoki liniowej R12 (MP2-R12),
  • wieloreferencyjnej konfiguracji-interakcji (MRCI),
  • przybliżonych pojedynczych klastrów drugiego/trzeciego rzędu dubletów (CC2/CC3),
  • pojedynczych klastrów sprzężonych z wieloma odniesieniami dubletów (MRCCSD),
  • zamkniętej powłoki i ogólnie ograniczonego równania otwartej powłoki z pojedynczymi klastrami sprzężonymi z równaniem ruchu (EOM-CCSD).

Pozostałe własności pakietu obejmują m.in.:

  • elastyczne, modularne i dopasowane przez użytkownika formaty wejściowe,
  • obliczenia stanów wzbudzonych metodami CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF, MRCI i MRCCSD,
  • wewnętrzny optymalizator koordynat geometrycznych,
  • obliczenia częstotliwości harmonicznych,
  • własności jednoelektronowe w rodzaju: momenty dipolowe/kwadrupolowe, orbitale naturalne, potencjały elektrostatyczne, stałe parowania hiperfinicznego, czy gęstość spinową,
  • wykorzystywanie molekularnej symetrii grupowo-punktowej do zwiększenia wydajności.
Screenshots of package psi3
python3-lmfit
Least-Squares Minimization with Constraints (Python 3)
Versions of package python3-lmfit
ReleaseVersionArchitectures
sid1.2.2-3all
jessie0.8.0+dfsg.1-1all
stretch0.9.5+dfsg-2all
buster0.9.11+dfsg-2all
bullseye1.0.1-6all
bookworm1.1.0-1all
trixie1.2.2-3all
upstream1.3.1
Popcon: 38 users (21 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

The lmfit Python package provides a simple, flexible interface to non-linear optimization or curve fitting problems. The package extends the optimization capabilities of scipy.optimize by replacing floating pointing values for the variables to be optimized with Parameter objects. These Parameters can be fixed or varied, have upper and/or lower bounds placed on its value, or written as an algebraic expression of other Parameters.

The principal advantage of using Parameters instead of simple variables is that the objective function does not have to be rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or what relationships or constraints are placed on the Parameters. This means a scientific programmer can write a general model that encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of that model to change what is varied and fixed, what range of values is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the model. The ease with which the model can be changed also allows one to easily test the significance of certain Parameters in a fitting model.

The lmfit package allows a choice of several optimization methods available from scipy.optimize. The default, and by far best tested optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method is by far the most tested and best support method in lmfit, and much of this document assumes this algorithm is used unless explicitly stated. An important point for many scientific analysis is that this is only method that automatically estimates uncertainties and correlations between fitted variables from the covariance matrix calculated during the fit.

A few other optimization routines are also supported, including Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and several others from scipy.optimize. In their native form, some of these methods setting allow upper or lower bounds on parameter variables, or adding constraints on fitted variables. By using Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of these methods, and makes it easy to swap between methods without hanging the objective function or set of Parameters.

Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned (and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute force search of the confidence intervals and correlations for sets of parameters.

This is the Python 3 version of the package.

python3-scipy
Narzędzia naukowe dla Pythona 3
Versions of package python3-scipy
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.12.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.18.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.0-2amd64,armel,armhf,i386
buster1.1.0-7amd64,arm64,armhf,i386
sid1.12.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.10.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.13.1-1exp6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
upstream1.14.0~rc2
Popcon: 2640 users (3375 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

SciPy uzupełnia popularny moduł NumPy (pakiet python-numpy), gromadząc w jednym pakiecie różnorodne moduły naukowe i inżynieryjne wysokiego poziomu.

SciPy to zestaw otwartoźródłowych narzędzi naukowych i numerycznych dla języka Python. Obecnie obsługuje funkcje specjalne, integrację, rozwiązywanie równań różniczkowych zwyczajnych (ODE), optymalizację gradientów, algorytmy genetyczne, narzędzia programowania równoległego, kompilator wyrażeń dla C++ zapewniający szybkie wykonywanie i inne.

Registry entries: SciCrunch 
python3-sympy
System algebry komputerowej w Pythonie (Python 3)
Versions of package python3-sympy
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.11.1-1all
sid1.12.1-1all
buster1.3-2all
bullseye1.7.1-3all
stretch1.0-3all
trixie1.12-8all
Popcon: 5298 users (3070 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SymPy to biblioteka Pythona przeznaczona do obsługi matematyki symbolicznej. Zaprojektowano ją aby stała się w pełni funkcjonalnym systemem algebry komputerowej (ang. Computer Algebra System - CAS), przy jednoczesnym zachowaniu możliwie najprostszego kodu, tak aby był zrozumiały i łatwy do rozbudowy. SymPy została w całości napisana w Pythonie i nie wymaga żadnych zewnętrznych bibliotek, z wyjątkiem opcjonalnego wsparcia dla kreślenia.

Pakiet zawiera wersję sympy dla Pythona 3.

pyxplot
Program do kreślenia wykresów, generujący dane wyjściowe nadające się do publikowania
Maintainer: Stuart Prescott
Versions of package pyxplot
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.9.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.9.2-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.9.2-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid0.9.2-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie0.9.2-5amd64,armel,armhf,i386
buster0.9.2-8amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0.9.2-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package pyxplot:
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scienceplotting, visualisation
useconverting, viewing
works-withtext
works-with-formatpdf, plaintext, postscript
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pyxplot to narzędzie wielofunkcyjne do kreślenia wykresów, naukowy język skryptowy, pakiet do grafiki wektorowej i przetwarzania danych. Jego interfejs został zaprojektowany do typowych zadań -- np. do kreślenia oznakowanych wykresów danych, -- uzyskiwania dostępu za pośrednictwem krótkich, prostych, intuicyjnych poleceń.

Pyxplot generuje dane wyjściowe w jakości nadającej się do publikowania. W tym celu, renderuje tekst ze wszystkimi zaletami i elastycznością środowiska do składania tekstu LaTeXa.

Obszerną dokumentację i przykłady można znaleźć w pakiecie pyxplot-doc. Galerię przykładowych wykresów udostępniono na stronie internetowej projektu.

quantum-espresso
Electronic-Structure and Ab-Initio Molecular Dynamics Suite
Versions of package quantum-espresso
ReleaseVersionArchitectures
trixie6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
jessie5.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
stretch6.0-3amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.3-4amd64,arm64,armhf,i386
bullseye6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package quantum-espresso:
roleprogram
Popcon: 26 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Quantum ESPRESSO (formerly known as PWscf) is an integrated suite of computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale. It is based on density-functional theory, plane waves, and pseudopotentials (both norm-conserving, ultrasoft, and PAW).

Features include:

  • Ground-state single-point and band structure calculations using plane-wave self-consistent total energies, forces and stresses
  • Separable norm-conserving and ultrasoft (Vanderbilt) pseudo-potentials, PAW (Projector Augmented Waves)
  • Various exchange-correlation functionals, from LDA to generalized-gradient corrections (PW91, PBE, B88-P86, BLYP) to meta-GGA, exact exchange (HF) and hybrid functionals (PBE0, B3LYP, HSE)
  • Car-Parrinello and Born-Oppenheimer Molecular Dynamics
  • Structural Optimization including transition states and minimum energy paths
  • Spin-orbit coupling and noncollinear magnetism
  • Response properties including phonon frequencies and eigenvectors, effective charges and dielectric tensors, Infrared and Raman cross-sections, EPR and NMR chemical shifts
  • Spectroscopic properties like K- and L1-edge X-ray Absorption Spectra (XAS) and electronic excitations
Please cite: P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch: QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials. J. Phys. Condens. Matter 21:395502 (2009)
sasview
Small Angle Scattering Analysis suite
Versions of package sasview
ReleaseVersionArchitectures
buster4.2.1-1all
experimental5.0.5-2all
bookworm5.0.5-5all
trixie5.0.6-2all
sid5.0.6-2all
bullseye5.0.3-3all
Popcon: 2 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SasView is software for the analysis of Small-Angle Scattering (SAS) data.

It fits analytic functions describing different types of material microstructure to experimental data in order to determine the shape, size and degree of ordering.

SasView also includes tools for calculating scattering length densities, slit sizes, resolution, fringe thicknesses/d-spacings, the (Porod) invariant ('total scattering'), and distance distribution functions.

SasView is a Small Angle Scattering Analysis Software Package, originally developed as part of the NSF DANSE project under the name SansView, now managed by an international collaboration of facilities.

This package installs the sasview executable script.

science-numericalcomputation
Pakiety naukowe Debiana do wykonywania obliczeń numerycznych
Versions of package science-numericalcomputation
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.14.5all
jessie1.4all
trixie1.14.6all
sid1.14.6all
bullseye1.14.2all
stretch1.7all
buster1.10all
Debtags of package science-numericalcomputation:
devellang:lisp
rolemetapackage, shared-lib
Popcon: 7 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ten metapakiet instaluje pakiety naukowe Debiana, które są użyteczne przy wykonywaniu obliczeń numerycznych. Pakiety te zapewniają tablicowy system obliczeń i wizualizacji do obliczeń naukowych i analizy danych. Pakiety podobne są do systemów komercyjnych, takich jak Matlab i IDL.

scilab
Pakiet oprogramowania naukowego do obliczeń numerycznych
Versions of package scilab
ReleaseVersionArchitectures
trixie2024.1.0+dfsg-1all
bullseye6.1.0+dfsg1-7all
jessie5.5.1-7all
bookworm6.1.1+dfsg2-6all
stretch5.5.2-4all
stretch-security5.5.2-4+deb9u1all
sid2024.1.0+dfsg-1all
buster6.0.1-10+deb10u1all
Debtags of package scilab:
fieldelectronics, mathematics, physics, statistics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
useanalysing, learning
works-withimage
x11application
Popcon: 64 users (61 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Scilab to oparty na macierzach pakiet oprogramowania naukowego. Scilab zawiera setki wbudowanych funkcji matematycznych, bogate struktury danych (w tym: wielomiany, wymierne, systemy liniowe, listy itp.) oraz szereg specjalistycznych zestawów narzędzi do sterowania, przetwarzania sygnałów, itd.

Ten pakiet zawiera również Xcos, edytor graficzny do projektowania hybrydowych modeli układów dynamicznych. Modele można projektować, ładować, zapisywać, kompilować i symulować. Xcos stanowi stabilne i wydajne rozwiązanie dla potrzeb przemysłu i środowiska akademickiego. Xcos zapewnia funkcje do modelowania układów mechanicznych (motoryzacja, aeronautyka ...), obwodów hydraulicznych (modelowanie zapór, rur ...), układów sterowania itp.

Aby korzystać z minimalnej wersji scilab należy zainstalować pakiet "scilab-cli".

udav
Biblioteka do wykresów naukowych (interfejs okna)
Versions of package udav
ReleaseVersionArchitectures
bookworm8.0.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.4-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.2.1-5amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.3.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.2.1-3amd64,armel,armhf,i386
sid8.0.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package udav:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 7 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Wolna, wieloplatformowa biblioteka szybkich funkcji języka C++ do kreślenia danych nawet w 3 wymiarach. Umożliwia eksportowanie wykresów do plików bitmap i grafiki wektorowej w formatach: EPS, SVG i IDTF. Istnieją proste interfejsy okienkowe, oparte na GLUT, FLTK lub Qt. Mathgl może być również stosowane w konsoli. Istnieją interfejsy do następujących języków: C, Fortran, Pascal, Forth, Python i Octave.

Pakiet zawiera środowisko okienkowe udav, oparte na mathgl.

v-sim
Wizualizacja struktur atomowych
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.7.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.7.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.7.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 12 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

V_Sim wizualizuje struktury atomowe, takie jak kryształy, granice ziaren, cząsteczki itd. (w formacie binarnym lub w formacie zwykłego tekstu).

Renderowanie odbywa się w pseudo 3D z kulkami (atomami) lub strzałkami (spinami). Użytkownik może wchodzić w interakcje za pomocą wielu funkcji, aby wybrać widok, ustawić powiązania, narysować płaszczyzny cięcia, obliczyć powierzchnie z pól skalarnych, zduplikować węzły, zmierzyć geometrię itd. Ponadto, V_Sim umożliwia eksportowanie widoku jako obrazu w formatach PNG, JPG, PDF (bitmapa), SVG (schemat) i innych formatach. Dostępne są również narzędzia do kolorowania atomów z wartości danych lub do animowania na ekranie wielu plików pozycji.

Screenshots of package v-sim
voronota
Voronoi diagram-based tool to find atom contacts
Versions of package voronota
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.22.3149-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.22.3149-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.22.3149-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster1.19.2352-1amd64,arm64,armhf,i386
sid1.22.3149-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream1.27.3834
Popcon: 1 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

The analysis of macromolecular structures often requires a comprehensive definition of atomic neighborhoods. Such a definition can be based on the Voronoi diagram of balls, where each ball represents an atom of some van der Waals radius. Voronota is a software tool for finding all the vertices of the Voronoi diagram of balls. Such vertices correspond to the centers of the empty tangent spheres defined by quadruples of balls. Voronota is especially suitable for processing three-dimensional structures of biological macromolecules such as proteins and RNA.

Since version 1.2 Voronota also uses the Voronoi vertices to construct inter-atom contact surfaces and solvent accessible surfaces. Voronota provides tools to query contacts, generate contacts graphics, compare contacts and evaluate quality of protein structural models using contacts.

Please cite: Kliment Olechnovič and Česlovas Venclovas: Voronota: A Fast and Reliable Tool for Computing the Vertices of the Voronoi Diagram of Atomic Balls. Journal of Computational Chemistry 35:672-681 (2014)

Official Debian packages with lower relevance

axiom
Uniwersalny system algebry komputerowej: główny program i moduły
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package axiom
ReleaseVersionArchitectures
buster20170501-4amd64,arm64,armhf,i386
sid20170501-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie20170501-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm20170501-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye20170501-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch20140801-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie20140801-6amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package axiom:
develcompiler, interpreter
fieldmathematics
interfacetext-mode
roleprogram
scopeutility
Popcon: 11 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Axiom jest przydatny do badania i opracowywania algorytmów matematycznych. Definiuje silnie typowaną i matematycznie poprawną hierarchię typów. Posiada własny język programowania i wbudowany kompilator.

Axiom jest rozwijany od 1973 roku i był przez pewien czas sprzedawany jako produkt komercyjny. Ostatecznie został wydany jako wolne oprogramowanie.

Obecnie trwają prace nad rozszerzeniem funkcjonalności programu, ukierunkowane na: stworzenie lepszego interfejsu użytkownika, dostosowanie go do roli przydatnego narzędzia nauczania, opracowanie protokołu algebraicznego serwera, zintegrowanie innych aspektów matematyki, przebudowanie algebry w czytelnym stylu programowania, zintegrowanie programowania logicznego oraz opracowanie "Axiom Journal" z odpowiednich artykułów.

Pakiet zawiera główny program wykonywalny oraz wszystkie prekompilowane i automatycznie wczytywane moduły algebry.

dx
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - pakiet główny
Versions of package dx
ReleaseVersionArchitectures
bullseye4.4.4-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.4.4-16amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie4.4.4-16amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm4.4.4-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.4.4-7amd64,armel,armhf,i386
stretch4.4.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.4.4-12amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package dx:
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
x11application
Popcon: 12 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Data Explorer to system narzędzi i interfejsów użytkownika do wizualizacji danych. Ogólnie rzecz biorąc, wizualizację danych można uznać za proces 3-etapowy:

   1. Opisywanie i importowanie danych.
   2. Przetwarzanie danych za pomocą programu do wizualizacji.
   3. Przedstawienie wynikowego obrazu.
To jest pakiet główny.
dx-doc
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - dokumentacja
Versions of package dx-doc
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.4.4-9all
bullseye4.4.4-13all
bookworm4.4.4-15all
sid4.4.4-16all
buster4.4.4-12all
jessie4.4.4-7all
trixie4.4.4-16all
Debtags of package dx-doc:
made-ofhtml
roledocumentation
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Data Explorer to system narzędzi i interfejsów użytkownika do wizualizacji danych. Ogólnie rzecz biorąc, wizualizację danych można uznać za proces 3-etapowy:

   1. Opisywanie i importowanie danych.
   2. Przetwarzanie danych za pomocą programu do wizualizacji.
   3. Przedstawienie wynikowego obrazu.
To jest pakiet z dokumentacją. Udostępnia on pomoc online i dokumentację w

formacie HTML.

dxsamples
Przykładowe programy do OpenDX Data Explorer
Versions of package dxsamples
ReleaseVersionArchitectures
sid4.4.0-5all
jessie4.4.0-1all
stretch4.4.0-3all
buster4.4.0-4all
bullseye4.4.0-5all
bookworm4.4.0-5all
trixie4.4.0-5all
Debtags of package dxsamples:
develexamples
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useviewing
works-withimage
Popcon: 7 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakiet zawiera przykłady skryptów i sieci dla OpenDX Data Explorer. Przykłady te wymienione są w samouczku OpenDX, ale można ich również używać niezależnie do przeglądania i analizowania.

feel++-apps
A library for the finite element method
Versions of package feel++-apps
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.99.0-final.1-1amd64,i386
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Provides some applications codes(source and executables) such as laplacian with cG and dG methods, stokes, heat transfer, solid mechanics(static and dynamic).

Feel++ is a versatile finite element library to solve partial differential equations

Support 1D, 2D, 3D

Support the following basic entities: simplices (segment, triangle, tetrahedron) and product of simplices (quadrangle, hexahedron)

Support various point sets on these basic entities: equispaced points, quadrature points, interpolation points (Gauss-Lobatto, Fekete, WarpBlend?)

Support continuous and discontinuous Galerkin methods

Support various polynomial sets:

  • Lagrange(continuous,discontinuous,all dimensions,all interpolation point sets)

  • Dubiner(discontinuous), boundary adapted(continuous)

  • Legendre(discontinuous), boundary adapted(continuous)

Provide mathematical concept for higher order abstraction (Function spaces and associated elements, forms and operators)

Provide a language embedded in C++ for variational formulations, projection and numerical integration

gpiv
Program z GUI do Particle Image Velocimetry
Versions of package gpiv
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.6.1-2.3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gpiv:
uitoolkitgtk
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Gpiv jest programem z graficznym interfejsem użytkownika (używającym bibliotek GTK/GNOME) do Particle Image Velocimetry (PIV). Program umożliwia szybkie przeglądanie i łatwą zmianę ustawień parametrów procesów, uruchamianie procesów indywidualnie lub w ciągu łańcuchowym, oraz wizualizację i wyświetlanie wyników. Gpiv wywołuje następujące procesy:

Przetwarzanie obrazu: typowe manipulacje obrazem, które mogą być potrzebne do śledzenia PIV.

Prześledzenie zawartości obrazu w celu określenia estymatorów przemieszczania cząsteczek w obrazach.

Sprawdzanie poprawności danych w testach na wartości skrajne, efektu zablokowania szczytowego i gradientów prędkości na śledzonych obszarach.

Końcowe przetwarzanie danych: manipulowanie danymi, czasoprzestrzenne skalowanie w celu uzyskania zakresu prędkości na podstawie danych PIV, obliczanie średnich przestrzennych, zawirowań i natężenia (przepływu cieczy).

Screenshots of package gpiv
gpivtools
command line programs for Particle Image Velocimetry
Versions of package gpivtools
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.6.0-3.1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gpivtools:
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

A collection of programs for images that are generated during a Particle Image Velocimetry (PIV) experiment. This is a technique to obtain the velocity field of a fluid flow quantitatively and is performed by tracking tracer particles that have been seeded to a fluid. The technique is also applied for observing deformations at surfaces of (solid) bodies. The package contains:

  • an image processing program for typical filtering and manipulation routines that may be convenient for PIV.
  • an image interrogation program resulting into estimators of particle image displacements.
  • validation programs to test on outliers, peak-locking effect and velocity gradients.
  • post-processing programs for data manipulation (flipping, rotation etc), spatial and time scaling, calculation of spatial averages and derivative quantities from the PIV data, like vorticity and strain.
  • miscellaneous programs and scripts to perform image format conversion, batch-processing, pipeline processing (image evaluation, validation and post-processing at once), calculation of time averages from a series of PIV data sets, data-visualization and data-manipulation.

All programs start with gpiv_.

This package contains all files used by gpivtools and gpivtools-mpi, like the man pages.

hdf5-helpers
HDF5 - Narzędzia pomocnicze
Versions of package hdf5-helpers
ReleaseVersionArchitectures
buster-security1.10.4+repack-10+deb10u1amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.10.10+repack-3.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm1.10.8+repack1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.6+repack-4+deb11u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
sid1.10.10+repack-3.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armhf,i386
experimental1.14.3+repack1-1~exp3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream1.14.3
Popcon: 404 users (252 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Hierarchical Data Format 5 (HDF5) jest formatem plików i biblioteką do przechowywania danych naukowych. HDF5 zostało zaprojektowane i wdrożone z ukierunkowaniem na niedostatki HDF4.x. Ma potężniejszy i elastyczniejszy model danych, obsługuje pliki większe niż 2 GB, oraz wspiera równoległe Wejście/Wyjście danych.

Pakiet zawiera narzędzia pomocnicze dla HDF5.

hdf5-tools
HDF5 - narzędzia uruchomieniowe
Versions of package hdf5-tools
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.10.10+repack-3.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.10.10+repack-3.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm1.10.8+repack1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.14.3+repack1-1~exp3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster-security1.10.4+repack-10+deb10u1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.10.6+repack-4+deb11u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armhf,i386
upstream1.14.3
Debtags of package hdf5-tools:
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useconverting
Popcon: 115 users (80 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Hierarchical Data Format 5 (HDF5) jest formatem plików i biblioteką do przechowywania danych naukowych. HDF5 zostało zaprojektowane i wdrożone z ukierunkowaniem na niedostatki HDF4.x. Ma potężniejszy i elastyczniejszy model danych, obsługuje pliki większe niż 2 GB, oraz wspiera równoległe Wejście/Wyjście danych.

Pakiet zawiera narzędzia uruchomieniowe dla HDF5.

libgraphviz-perl
Perl interface to the GraphViz graphing tool
Versions of package libgraphviz-perl
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.16-1all
bookworm2.24-1all
bullseye2.24-1all
buster2.22-1all
stretch2.22-1all
trixie2.24-1all
sid2.24-1all
upstream2.26
Debtags of package libgraphviz-perl:
devellang:perl, library
works-withimage, image:raster, image:vector
Popcon: 97 users (20 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This module provides an interface to layout and image generation of directed and undirected graphs in a variety of formats (PostScript, PNG, etc.) using the "dot", "neato", "twopi", "circo" and "fdp" programs from the GraphViz project (http://www.graphviz.org/ or http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/).

maxima
System algebry komputerowej - system podstawowy
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package maxima
ReleaseVersionArchitectures
sid5.47.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster5.42.1-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch5.38.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.34.1-2amd64,armel,armhf,i386
trixie5.46.0-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm5.46.0-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.44.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package maxima:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 226 users (128 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Maxima jest programem do obliczeń symbolicznych, w pełni wyposażonym do działań z symbolicznymi obliczeniami wielomianów, macierzami, funkcjami wymiernymi, całkowaniem, metodami Todd-Coxetera do analizy skończonej grupy, wykresami i dokładnymi obliczeniami zmiennoprzecinkowymi. Posiada symboliczny debugger do kodu źródłowego maxima. Maxima opiera się na oryginalnym opracowaniu Macsyma w MIT (Massachusetts Institute of Technology) z 1970 roku. Jest niezawodny, nie ma wycieków pamięci, której zapewnia doskonałe czyszczenie. Jego działanie zostało sprawdzone setkami testów kontrolnych.

Pakiet zawiera podstawowe pliki wykonywalne i systemowe.

mpich-doc
Documentation for MPICH
Versions of package mpich-doc
ReleaseVersionArchitectures
trixie4.2.0-6all
buster3.3-3all
experimental4.2.1-2all
stretch3.2-7all
jessie3.1-5all
bookworm4.0.2-3all
bullseye3.4.1-5~deb11u1all
sid4.2.0-6all
upstream4.2.1
Debtags of package mpich-doc:
networkhiavailability, load-balancing, service
roledocumentation
works-withnetwork-traffic
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the MPICH documentation.

netcdf-doc
Documentation for NetCDF
Versions of package netcdf-doc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye4.7.4-1all
jessie4.1.3-7.2all
stretch4.4.1.1-2all
buster4.6.2-1all
bookworm4.9.0-3all
trixie4.9.2-6all
sid4.9.2-6all
Debtags of package netcdf-doc:
made-ofhtml, info, postscript
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

NetCDF (network Common Data Form) is an interface for scientific data access and a freely-distributed software library that provides an implementation of the interface. The netCDF library also defines a machine-independent format for representing scientific data. Together, the interface, library, and format support the creation, access, and sharing of scientific data.

This package contains documentation for the NetCDF library in a variety of formats.

openmpi-doc
high performance message passing library -- man pages
Versions of package openmpi-doc
ReleaseVersionArchitectures
trixie4.1.6-13.3all
bullseye4.1.0-10all
buster3.1.3-11all
stretch2.0.2-2all
experimental5.0.3-3all
jessie1.6.5-9.1+deb8u1all
experimental5.0.3-2all
bookworm4.1.4-3all
sid4.1.6-13.3all
upstream5.0.3
Debtags of package openmpi-doc:
develdoc, examples
made-ofman
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Open MPI is a project combining technologies and resources from several other projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open MPI offers advantages for system and software vendors, application developers and computer science researchers.

This package contains man pages describing the Message Passing Interface standard.

pymca
Applications and toolkit for X-ray fluorescence analysis -- scripts
Versions of package pymca
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.7.4+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye5.6.3+dfsg-1all
trixie5.9.2+dfsg-2all
sid5.9.2+dfsg-2all
stretch5.1.3+dfsg-1all
bookworm-backports5.8.7+dfsg-2~bpo12+1all
buster5.4.3+dfsg-1all
bookworm5.8.0+dfsg-2all
Popcon: 9 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMca is set of applications and Python libraries for analysis of X-ray fluorescence spectra.

The applications included in this package are:

  • edfviewer - Display and inspection of data files in ESRF Data Format
  • elementsinfo - Displays element specific X-ray data
  • mca2edf - Converts files from SPEC MCA format to EDF
  • peakidentifier - Displays X-ray fluorescence peaks in a given energy range
  • pymcabatch - Batch fitting of spectra
  • pymcapostbatch - Post-processing of batch fitting results
  • pymca - Interactive data-analysis
  • pymcaroitool - Region-of-interest (ROI) imaging tool

The PyMca toolkit can read data files in SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA and SupaVisio formats.

This are the scripts of the package.

Screenshots of package pymca
python3-pygraphviz
Python interface to the Graphviz graph layout and visualization package (Python 3)
Versions of package python3-pygraphviz
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5-1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm1.7-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.13-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.13-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4~rc1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 289 users (540 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pygraphviz is a Python interface to the Graphviz graph layout and visualization package.

With Pygraphviz you can create, edit, read, write, and draw graphs using Python to access the Graphviz graph data structure and layout algorithms.

This package contains the Python 3 version of python-pygraphviz.

qtiplot
Analiza danych i kreślenie wykresów naukowych
Versions of package qtiplot
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.9.8.9-9amd64,armel,armhf,i386
stretch0.9.8.9-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.9.8.9-18amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package qtiplot:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 12 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Qtiplot jest w pełni rozwiniętym oprogramowaniem do kreślenia wykresów, podobnym do programu Origin z OriginLab (więcej informacji na temat Origin można znaleźć na stronie: http://www.originlab.com).

Program może kreślić dwu- lub trójwymiarowe wykresy o wysokiej jakości, zarówno ze zbiorów danych, jak i funkcji. Może pracować stosując dopasowania nieliniowe i wielowierzchołkowe.

Niektóre funkcje:

  • wieloplatformowość: działa natywnie w systemie Windows, Mac OS X i Linux/Unix;
  • pełna obsługa skryptów Pythona;
  • kreślenie 3D oparte na OpenGL;
  • publikowanie wykresów o wysokiej jakości i łatwe eksportowanie do różnych formatów graficznych (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, itp.);
  • łatwa integracja z systemem składu tekstu LaTeXa;
  • wydajne i wszechstronne tworzenie arkuszy kalkulacyjnych i obliczeń w kolumnie logicznej oraz łatwy import/eksport wielu plików;
  • szybki dostęp do ekstensywnych, wbudowanych funkcji analizy danych;
  • zaawansowana analiza statystyczna: test t studenta, ANOVA, test chi-kwadrat dla wariancji, test normalności (Shapiro-Wilka);
  • liniowe i nieliniowe dopasowywanie krzywej z rozważania i oszacowywania statystycznych błędów określonych parametrów;
  • wielowierzchołkowe dopasowywanie;
  • narzędzia do analizowania obrazu;
  • obsługa szablonów: wszystkie ustawienia dla wykresów, tabel i macierzy mogą być zapisane i przywrócone później dla szybkiego procesu edytowania;
  • pliki projektu oparte na folderach, funkcjonalny eksplorator projektu z wbudowanymi funkcjami przeciągania i upuszczania oraz wyszukiwania;
  • pełny import skoroszytów programu Excel oraz arkuszy kalkulacyjnych Open Document Format, baz danych dBase, SQLite i Microsoft Access.
Screenshots of package qtiplot
scidavis
Aplikacja do wizualizacji i analizy danych naukowych
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package scidavis
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.D13-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package scidavis:
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitqt
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 8 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

SciDAVis to program do analizy i wysokiej jakości wizualizacji danych (np. do wykorzystania w publikacjach naukowych). Posiada łatwy do nauki, intuicyjny, graficzny interfejs użytkownika, zachowując przy tym funkcjonalność i rozszerzalność przy użyciu np. skryptów Pythona.

SciDAVis jest podobny pod względem zastosowania do zastrzeżonych aplikacji systemu Windows, takich jak: Origin i SigmaPlot oraz do wolnego oprogramowania, takiego jak: QtiPlot, Labplot i Gnuplot.

Tym co wyróżnia SciDAVis od wyżej wymienionych programów jest położenie nacisku na zapewnienie przyjaznego i otwartego środowiska dla zarówno nowych, jak i doświadczonych użytkowników.

Screenshots of package scidavis
science-mathematics
Pakiety naukowe Debiana związane z matematyką
Versions of package science-mathematics
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.14.6all
buster1.10all
bookworm1.14.5all
stretch1.7all
sid1.14.6all
bullseye1.14.2all
jessie1.4all
Debtags of package science-mathematics:
fieldmathematics
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 2 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ten metapakiet instaluje pakiety naukowe Debiana związane z matematyką. Niektóre osoby może zainteresować również debtag field::mathematics i, w zależności od zainteresowania, metapakiet education-mathematics.

science-statistics
Pakiety naukowe Debiana związane ze statystykami
Versions of package science-statistics
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.14.5all
buster1.10all
jessie1.4all
stretch1.7all
sid1.14.6all
trixie1.14.6all
bullseye1.14.2all
Debtags of package science-statistics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 4 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ten metapakiet jest częścią zestawu naukowego Debiana (Debian Pure Blend "Debian Science") i instaluje pakiety związane z obliczeniami statystycznymi. Zadania takie są powszechne i przydatne dla każdej działalności naukowej. Pakiet zależy od wielu pakietów R, a także od innych narzędzi przydatnych do tworzenia statystyk. Ponadto, sugerowane są zadania z matematyki naukowej, co wymaga dodatkowej instalacji odpowiedniego oprogramowania matematycznego.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

Unofficial packages built by somebody else

octaviz
3D visualization system for Octave
License: unknown

Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that makes all VTK classes accessible from within Octave using the same object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.

Remark of Debian Science team: Removed from Debian

This package was removed from Debian but some versions are available from http://snapshot.debian.org/

Reasons are given here: http://bugs.debian.org/535537

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

exciting - wnpp
All-electron full-potential electronic-structure code
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

exciting is a full-potential all-electron Density-Functional-Theory (DFT) package based on the Linearized Augmented Plane-Wave (LAPW) method.

It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic species involved, and also allows for the investigation of the atomic-core region.

We particularly focus on excited state properties, within the framework of time-dependent DFT (TDDFT) as well as within many-body perturbation theory (MBPT).

No known packages available

ape
Atomic pseudopotential generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

APE (Atomic Pseudopotential Engine) is a tool for generating atomic pseudopotentials within the Density-Functional Theory framework. It produces pseudopotential files suitable for use with SIESTA, OCTOPUS and ABINIT.

atompaw
PAW atomic dataset generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The computer program atompaw generates projector and basis functions which are needed for performing electronic structure calculations based on the Projector-Augmented Wave (PAW) method. The program is applicable to materials throughout the periodic table. It produces an output file containing the projector and basis functions and the corresponding matrix elements in a form which can be read be the PWPAW and ABINIT codes. Additional data files are also produced which can be used to help evaluate the accuracy and efficiency of the generated functions.

bigdft
Wavelet-based electronic-structure calculations
Responsible: Damien Caliste
License: GPL
Debian package not available

BigDFT is a DFT-based massively parallel electronic structure code using a wavelet basis set. Wavelets constitute a real space basis set distributed on an adaptive mesh (two levels of resolution in our implementation).

Thanks to our Poisson solver based on a Green function formalism, periodic systems, surfaces and isolated systems can be simulated with the proper boundary conditions. GTH or HGH pseudopotentials are used to remove the core electrons.

The Poisson solver is also integrated in ABINIT, OCTOPUS and CP2K.

Please cite: L. Genovese, A. Neelov, S. Goedecker, T. Deutsch, S. A. Ghasemi, A. Willand, D. Caliste, O. Zilberberg, M. Rayson, A. Bergman, R. Schneider: Daubechies wavelets as a basis set for density functional pseudopotential calculations. (2008)
liblevmar-2-6
Levenberg-Marquardt nonlinear least squares algorithms
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The Levenberg-Marquardt (LM) algorithm is an iterative technique that finds a local minimum of a function that is expressed as the sum of squares of nonlinear functions. It has become a standard technique for nonlinear least-squares problems and can be thought of as a combination of steepest descent and the Gauss-Newton method.

This library provides native ANSI C implementations of the Levenberg-Marquardt optimization algorithm, usable also from C++, Matlab, Perl, Python, Haskell and Tcl. Both unconstrained and constrained (under linear equations, inequality and box constraints) Levenberg-Marquardt variants are included.

Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/levmar
octopus
Real-space TDDFT-based electronic-structure code
Responsible: Miguel Marques
License: LGPL
Debian package not available

Octopus is a scientific program aimed at the ab initio virtual experimentation on a hopefully ever-increasing range of system types. Electrons are described quantum-mechanically within Density-Functional Theory (DFT), in its Time-Dependent form (TDDFT) when doing simulations in time. Nuclei are described classically as point particles. Electron-nucleus interaction is described within the pseudopotential approximation.

Please cite: A. Castro, H. Appel, M. Oliveira, C.A. Rozzi, X. Andrade, F. Lorenzen, M. A. L. Marques, E. K. U. Gross, A. Rubio: octopus: a tool for the application of time-dependent density functional theory. (2006)
wannier90-1
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

This is an old version still used by several packages. A patched version compatible with the ETSF Software Suite is available from https://launchpad.net/wannier90.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/wannier90
wannier90-2
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 236967