Summary
Nanoscale Physics
Debian Science Nanoscale Physics packages
This metapackage will install Debian Science packages related to
Nanoscale Physics, which corresponds to the study of physical systems
typically ranging from 1 to 100 nm in size. The properties of such
systems usually depend on the number of atoms they are made of, while
this number is still relatively large for an accurate description.
The nanoscale is the meeting point of classical and quantum physics.
Previous research efforts were considering either smaller systems, for
which everybody could develop their own methods and software
independently, or much bigger systems, for which it was clearly
impossible to provide a fine-grained description. Addressing the issues
raised by the nanoscale requires however cooperative and coordinated
efforts in a multidisciplinary context. This metapackage is part of
such an endeavor.
You might also be interested in the debtag field::physics and, depending on
your focus, in the physics and education-physics metapackages.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
|
Debian Science Nanoscale Physics packages
Official Debian packages with high relevance
abinit
Pakiet do obliczania struktury elektronowej
|
Versions of package abinit |
Release | Version | Architectures |
sid | 9.10.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 7.8.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 8.0.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 8.8.4-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 9.2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 9.6.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 10.3.0 |
Debtags of package abinit: |
field | chemistry, physics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
ABINIT jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie
całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów
złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci)
wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i
funkcji fali płaskiej.
ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń
DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych
sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna
oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej
od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii
perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy
narzędziowe są dostarczone.
Pakiet zawiera pliki wykonywalne potrzebne do wykonywania obliczeń
(jednakże pseudopotencjały nie są dostarczane). Aby korzystać ze zbioru
pseudopotencjałów, należy zainstalować pakiet abinit-data.
Please cite:
X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger:
ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties.
(eprint)
Comput. Phys. Commun.
180(12):2582-2615
(2009)
|
|
ase
Środowisko symulacji atomowej
|
Versions of package ase |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.22.1-3 | all |
bullseye | 3.21.1-2 | all |
sid | 3.23.0-1 | all |
trixie | 3.23.0-1 | all |
buster | 3.17.0-2 | all |
|
License: DFSG free
|
ASE (Atomic Simulation Environment) to środowisko symulacji atomowej
napisane w języku programowania Python, którego celem jest konfigurowanie,
sterowanie i analizowanie symulacji atomowych. ASE jest częścią CAMPOS,
otwartoźródłowego projektu CAMP.
ASE zawiera interfejsy Pythona do kilku różnych kodów struktur
elektronicznych, w tym: Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW i SIESTA.
Ten pakiet zawiera skrypty wykonywalne.
|
|
avogadro
System do molekularnego modelowania i wizualizacji
|
Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Avogadro jest systemem do molekularnego modelowania oraz wizualizacji
cząsteczek i biocząsteczek. Może wizualizować właściwości cząsteczek, takie
jak orbitale lub potencjały elektrostatyczne, a ponadto udostępnia
intuicyjne narzędzie do budowania cząsteczek.
Podstawowe możliwości:
- molekularne modelowanie z automatyczną optymalizacją opartą na
geometrii pól siłowych;
- mechanika molekularna obejmująca wyszukiwanie według ograniczeń i
konformacji;
- wizualizacja orbitali molekularnych oraz ogólnych izopowierzchni;
- wizualizacja drgań i kreślenie widm oscylacyjnych;
- obsługa krystalograficznych komórek elementarnych;
- generowanie wejścia dla pakietów chemii kwantowej Gaussian, GAMESS
i MOLPRO;
- elastyczna architektura wtyczek i skryptów Pythona.
Avogadro odczytuje formaty plików takie jak: PDB, XYZ, CML, CIF, Molden
oraz dane wyjściowe: Gaussian, GAMESS i MOLPRO.
|
|
binoculars
Surface X-ray diffraction 2D detector data reduction
|
Versions of package binoculars |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0.4-1 | all |
sid | 0.0.19-1 | all |
bullseye | 0.0.6-1 | all |
bookworm | 0.0.13-1 | all |
bookworm-backports | 0.0.19-1~bpo12+1 | all |
trixie | 0.0.19-1 | all |
|
License: DFSG free
|
BINoculars is a tool for data reduction and analysis of large sets of
surface diffraction data that have been acquired with a
two-dimensional X-ray detector. The intensity of each pixel of a
two-dimensional detector is projected onto a three-dimensional grid
in reciprocal-lattice coordinates using a binning algorithm. This
allows for fast acquisition and processing of high-resolution data
sets and results in a significant reduction of the size of the data
set. The subsequent analysis then proceeds in reciprocal space. It
has evolved from the specific needs of the ID03 beamline at the ESRF,
but it has a modular design and can be easily adjusted and extended
to work with data from other beamlines or from other measurement
techniques.
|
|
cadabra
System algebry komputerowej motywowany teorią pola
|
Versions of package cadabra |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.46-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.46-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.39-0.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.46-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.46-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package cadabra: |
field | mathematics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Cadabra to system algebry komputerowej zaprojektowany specjalnie
do rozwiązywania problemów napotykanych w teorii pola. Zawiera
rozbudowane funkcje upraszczania tensorów wielomianowych, obejmujące:
symetrie wielomianowe, fermiony i zmienne antykomutacyjne, algebrę
Clifforda i transformację Fierza, niejawną zależność współrzędnych,
wiele typów indeksów itd. Format wejściowy jest podzbiorem TeX-a.
|
|
cbflib-bin
utilities to manipulate CBF files
|
Versions of package cbflib-bin |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.9.2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.9.7+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.9.7+dfsg1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.9.6+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.9.5.18+dfsg1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.9.2.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.9.7+dfsg1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package cbflib-bin: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
CBFlib is a library of ANSI-C functions providing a simple mechanism
for accessing Crystallographic Binary Files (CBF files) and
Image-supporting CIF (imgCIF) files.
This package contains various utility programs.
|
|
cif-linguist
transform CIF data among CIF formats and dialects
|
Versions of package cif-linguist |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.4.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.4.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.4.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.4.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
The CIF API provides a standard C interface for reading, writing, and
manipulating Crystallographic Information Files (CIFs). It is targeted
in particular at CIF 2.0, but it provides support for CIF 1.1 and earlier
as well.
This package contains cif_linguist, an experimental program for converting
data between various versions of the CIF format.
|
|
cod-tools
Narzędzia do zarządzania plikami w formacie CIF
|
Versions of package cod-tools |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.10.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.1.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 3.10.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.7.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Pakiet cod-tools zawiera zestaw modułów Perla i narzędzi wiersza poleceń
do zarządzania plikami w formacie CIF (Crystallographic Information Format)
w wersjach 1.1 i 2.0.
|
|
cp2k
Ab Initio Molecular Dynamics
|
Versions of package cp2k |
Release | Version | Architectures |
sid | 2023.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 2023.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 8.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.5.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 6.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 2024.3 |
|
License: DFSG free
|
CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and
biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear
scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular
dynamics (AIMD) simulations.
CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on
pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian
calculations as well. Features include:
Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:
- Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
- Hartree-Fock (HF) energies and forces
- Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
- Random Phase Approximation (RPA) energies
- Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
- Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo-
potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave
approach (GPW/GAPW)
- Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core
corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
- Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5,
PW92 and PADE
- Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and
HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
- Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including
B3LYP, PBE0 and MCY3
- Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
- Additional XC functionals via LibXC
- Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
- Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW,
PBE-vdW and B97X-D
- DFT+U (Hubbard) correction
- Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges
(DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and
for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
- Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS)
matrix computation
- Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace
(DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
- Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
- Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear
scaling of molecular systems
- Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory
(TDDFPT)
Ab-initio Molecular Dynamics:
- Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
- Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
- PS extrapolation of initial wavefunction
- Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
- Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics
(Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics (SGCP))
Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:
- Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb
interactions between the QM and the MM part
- Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary
conditions
- Adaptive QM/MM
Further Features include:
- Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
- Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
for minimum energy path (MEP) calculations
- Global optimization of geometries
- Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
- Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL
and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and
self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without
periodic boundary conditions
- Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble
(NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling
through velocity rescaling (CSVR) thermostats
- Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy
calculations
- Classical Force-Field (MM) simulations
- Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
- Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
- ATOM code for pseudopotential generation
- Integrated molecular basis set optimization
CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).
|
|
drawxtl
|
Versions of package drawxtl |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 5.5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 5.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 5.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package drawxtl: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
DRAWxtl reads a basic description of the crystal structure, which includes
unit-cell parameters, space group, atomic coordinates, thermal parameters or
a Fourier map, and outputs a geometry object that contains polyhedra, planes,
lone-pair cones, spheres or ellipsoids, bonds, iso-surface Fourier contours
and the unit-cell boundary.
Four forms of graphics are produced:
- an OpenGL window for immediate viewing
- the Persistence of Vision Ray Tracer (POV-RAY) scene language for
publication-quality drawings
- the Virtual Reality Modeling Language (VRML) for dissemination
across the Internet
- a Postscript rendering of the OpenGL window for those who want
high-quality output but do not have POV-RAY installed.
File formats DRAWxtl can read include CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL,
SHELX, DISCUS and WIEN2k.
|
|
etsf-io
Binary tools to check, merge and read ETSF files
|
Versions of package etsf-io |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.4-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.4-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.3-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
The European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) is a European
network dedicated to providing support and services for ongoing
research in academic, government and industrial laboratories.
The ETSF is divided into 7 beamlines, each of which is concerned with
a specific scientific topic:
- Optics ;
- Energy Loss Spectroscopy ;
- Quantum Transport ;
- Time-resolved Spectroscopy ;
- Photo-emission Spectroscopy ;
- Vibrational Spectroscopy ;
- X-Rays Spectroscopy.
To allow the adoption of its recommendations about standardization, the
ETSF proposes different libraries and tools implementing or using these
specifications, as well as widely usable pieces of software.
ETSF_IO is a library of F90 routines to read/write the ETSF file format.
This package contains the user tools to:
- check file conformance to the specifications;
- extract data from files;
- merge multiple files from parallel runs, as specified in the
specifications.
|
|
feynmf
Zestaw makr LaTeX-a do tworzenia diagramów Feynmana
|
Versions of package feynmf |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.08-9 | all |
bullseye | 1.08-12 | all |
sid | 1.08-14 | all |
bookworm | 1.08-14 | all |
trixie | 1.08-14 | all |
buster | 1.08-11 | all |
stretch | 1.08-10 | all |
Debtags of package feynmf: |
field | physics |
made-of | tex |
works-with | text |
works-with-format | tex |
|
License: DFSG free
|
FeynMF to pakiet LaTeX-a umożliwiający łatwe rysowanie diagramów Feynmana
* profesjonalnej jakości. Diagramy Feynmana są ilustracjami, które wyraźnie
pokazują podstawowe interakcje cząstek subatomowych. Diagramy można tworzyć
za pomocą programów Metafont lub MetaPost. FeynMF w zadowalający sposób
porządkuje większość diagramów w oparciu o ich strukturę, bez konieczności
ręcznej interwencji. Niemniej jednak w nietypowych przypadkach dostępne są
wszystkie opcje Metafont lub MetaPost.
Uwaga! Aby korzystać z wersji FeynMF opartej na MetaPost należy
zainstalować pakiet texlive-metapost.
|
|
finalcif
Edytor formatu CIF (Crystallographic Information Format)
|
Versions of package finalcif |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 113+dfsg-2 | all |
sid | 137+dfsg-2 | all |
trixie | 137+dfsg-2 | all |
upstream | 144 |
|
License: DFSG free
|
Finalcif to w pełni funkcjonalny edytor plików CIF, który ułatwia edycję
i sprawdzanie poprawności plików CIF. Gromadzi wszystkie informacje z
folderu roboczego potrzebne do sfinalizowania pliku CIF do publikacji.
W każdym przypadku można również zaimportować prawidłowy plik CIF w celu
uzupełnienia informacji. W idealnych przypadkach wystarczy jedno
kliknięcie, aby plik był gotowy do publikacji.
Zasadniczo należy mieć odpowiedni plik CIF dla FinalCif w jego oryginalnym
folderze roboczym "work", który zawiera wszystkie inne pliki, takie jak:
pliki list SAINT, pliki list SADABS, pliki list SHELX itp., które
doprowadziły do powstania tego pliku CIF.
Sprawdzenie ostatecznego pliku CIF za pomocą serwera IUCr CheckCIF to
problem polegający na jednym kliknięciu w FinalCif. Otrzymuje się raport
internetowy i plik PDF lub po prostu lokalne sprawdzenie PLATON CIF na
komputerach bez dostępu do Internetu.
FinalCif generuje piękne raporty CIF w ciągu kilku sekund do publikacji
w postaci plików MS Word (również kompatybilnych z Openoffice itp.).
Raport zawiera tabele właściwości struktury, takie jak wartości R lub
parametry atomów, a także tekst raportu na temat warunków eksperymentu.
Przycisk "Zapisz plik cif" zapisuje bieżący plik pod nazwą:
"nazwa"-finalcif.cif. FinalCif nigdy nie wprowadzi zmian w oryginalnym
pliku CIF.
|
|
fityk
Dopasowywanie nieliniowych krzywych i analiza danych ogólnego użytku
|
Versions of package fityk |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.3.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.3.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.3.1-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.1-0.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package fityk: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | calculation, modelling, plotting |
scope | utility |
uitoolkit | ncurses, wxwidgets |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Fityk jest elastycznym i przenośnym programem do dopasowywania nieliniowych
funkcji analitycznych (zwłaszcza modelowanych wierzchołkami) do danych
(zwykle doświadczalnych). Innymi słowy służy do oddzielenia i analizy
nieliniowych wierzchołków.
Zaprojektowany został do analizy dyfraktogramów, ale może zostać użyty do
innych celów, odkąd pojęcia i operacje specyficzne dla krystalografii są
oddzielone od reszty programu.
Fityk oferuje różnorodne metody dopasowywania nieliniowego, odejmowanie
tła, kalibrację danych, łatwe umieszczanie wierzchołków i zmianę ich
parametrów, automatyzację powszechnie używanych zadań poprzez skrypty, i
dużo więcej. Główną zaletą programu jest elastyczność - parametry
wierzchołków mogą być dowolnie powiązane między sobą np. szerokość
wierzchołka może być niezależną zmienną, może być taka sama jak szerokość
innego wierzchołka lub też może być złożoną - wspólną dla wszystkich
wierzchołków - formułą.
Pakiet libjs-sphinxdoc potrzebny jest do zainstalowania plików źródłowych
JavaScript w dokumentacji.
|
|
garlic
visualization program for biomolecules
|
Versions of package garlic |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.6-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package garlic: |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | xlib |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Garlic is written for the investigation of membrane proteins. It may be
used to visualize other proteins, as well as some geometric objects.
This version of garlic recognizes PDB format version 2.1. Garlic may
also be used to analyze protein sequences.
It only depends on the X libraries, no other libraries are needed.
Features include:
- The slab position and thickness are visible in a small window.
- Atomic bonds as well as atoms are treated as independent drawable
objects.
- The atomic and bond colors depend on position. Five mapping modes
are available (as for slab).
- Capable to display stereo image.
- Capable to display other geometric objects, like membrane.
- Atomic information is available for atom covered by the mouse
pointer. No click required, just move the mouse pointer over the
structure!
- Capable to load more than one structure.
- Capable to draw Ramachandran plot, helical wheel, Venn diagram,
averaged hydrophobicity and hydrophobic moment plot.
- The command prompt is available at the bottom of the main window.
It is able to display one error message and one command string.
Please cite:
Damir Zucic and Davor Juretic:
Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program
(eprint)
Croatica Chemica Acta
77(1-2):397-401
(2004)
|
|
gdis
molecular and crystal model viewer
|
Versions of package gdis |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.90-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.90-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.90-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gdis: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
A GTK+ based program for the display and manipulation of
isolated molecules, periodic systems and crystalline habits.
It is in development, but is nonetheless fairly functional.
It has the following features:
- Support for several file types (CIF, BIOSYM, XYZ,
XTL, MARVIN, and GULP)
- A simple molecular creation and manipulation tool
- A dialogue for creating starting configurations for
molecular dynamics simulations
- Assorted tools for visualization (geometry information,
region highlighting, etc.)
- Animation of BIOSYM files (also rendered animations,
see below)
GDIS also allows you to perform the following functions
through other packages:
- Model rendering (courtesy of POVRay)
- Energy minimization (courtesy of GULP)
- Morphology calculation (courtesy of cdd)
- Space group processing (courtesy of SgInfo)
- View the Periodic Table (courtesy of GPeriodic)
- Load additional filetypes, such as PDB (courtesy of Babel)
|
|
ggobi
System wizualizacji danych wielowymiarowych
|
Versions of package ggobi |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1.12-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.1.12-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1.11-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ggobi: |
field | statistics |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
works-with-format | xml |
|
License: DFSG free
|
GGobi to otwartoźródłowy program, służący do eksploracji i
wizualizacji danych wielowymiarowych. GGobi zapewnia niezwykle
dynamiczną i interaktywną grafikę taką jak wektoryzacja, a także
znaną grafikę, taką jak wykresy punktowe, wykresy słupkowe i wykresy
współrzędnych równoległych. Wykresy są interaktywne i powiązane z
podświetlaniem i identyfikacją punktów.
Więcej informacji można znaleźć na stronie http://www.ggobi.org.
|
|
ghemical
Środowisko modelowania molekularnego do GNOME
|
Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Ghemical jest pakietem oprogramowania stosowanym w chemii obliczeniowej,
napisanym w języku C++. Posiada graficzny interfejs użytkownika i obsługuje
zarówno modele mechaniki kwantowej (na wpół doświadczalne) jak i modele
mechaniki molekularnej. Zapewnia optymalizację geometrii, dynamikę
molekularną oraz zawiera duży zestaw narzędzi wizualnych wspieranych przez
OpenGL.
Ghemical opiera się na kodzie zewnętrznym, umożliwiającym dokonywanie
obliczeń w mechanice kwantowej. Zawiera, pochodzące z pakietu MOPAC7,
semiempiryczne metody MNDO, MINDO/3, AM1 i PM3. Pakiet MPQC dostarcza,
opartych na teorii Hartree-Focka, metod ab initio, obsługiwanych obecnie w
podstawowym zakresie od STO-3G do 6-31G**.
|
|
gnuplot
Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
|
Versions of package gnuplot |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.0.5+dfsg1-6+deb9u1 | all |
jessie-security | 4.6.6-2+deb8u1 | all |
jessie | 4.6.6-2 | all |
buster | 5.2.6+dfsg1-1+deb10u1 | all |
bullseye | 5.4.1+dfsg1-1+deb11u1 | all |
bookworm | 5.4.4+dfsg1-2 | all |
trixie | 6.0.0+dfsg1-3 | all |
sid | 6.0.0+dfsg1-3 | all |
upstream | 6.0.rc3 |
Debtags of package gnuplot: |
field | mathematics |
interface | commandline |
role | dummy, metapackage |
use | converting |
works-with | image, image:vector |
|
License: DFSG free
|
Gnuplot to przenośny, sterowany z wiersza poleceń, interaktywny program
do tworzenia dwu i trójwymiarowych wykresów na podstawie danych i funkcji.
Obsługuje wiele formatów wyjściowych, w tym sterowniki do wielu drukarek
(La)TeX, (x)fig, Postscript itd. Wersja programu do środowiska X11 znajduje
się w pakiecie gnuplot-x11. Wersja programu z interfejsem Qt znajduje się
w pakiecie gnuplot-qt.
Pliki danych oraz samodzielnie zdefiniowane funkcje mogą być zarządzane
przy użyciu wewnętrznego języka podobnego do C. Program może wykonywać
wygładzanie, dopasowania krzywymi składanymi lub dopasowania nieliniowe.
Może także pracować na liczbach zespolonych.
Ten metapakiet służy do instalacji w pełni funkcjonalnego programu gnuplot (-qt, -x11 lub -nox).
|
|
gpaw
DFT and beyond within the projector-augmented wave method
|
Versions of package gpaw |
Release | Version | Architectures |
sid | 24.6.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 21.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 22.8.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 24.6.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
A density-functional theory (DFT) Python code
based on the projector-augmented wave (PAW) method and the
atomic simulation environment (ASE). It uses real-space uniform grids and
multigrid methods, atom-centered basis-functions or plane-waves.
|
|
gperiodic
tablica okresowa pierwiastków
|
Versions of package gperiodic |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.0.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.0.10-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0.10-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gperiodic: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GPeriodic jest małym programem X napisanym w GTK+, który pozwala
na przeszukiwanie tablicy okresowej pierwiastków oraz wyświetlanie
szczegółowych informacji o każdym jej elemencie. Obecnie jest
obsługiwanych 118 pierwiastków.
|
|
grace
Narzędzie do wykreślania i sporządzania wykresów XY
|
Versions of package grace |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.1.25-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.1.25-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.1.25-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.1.25-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.1.25-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 5.1.24-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 5.1.25-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package grace: |
field | mathematics |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | motif |
use | editing, learning, printing |
works-with | image, image:vector, text |
works-with-format | postscript |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Grace jest narzędziem typu wskaż-i-kliknij, umożliwiającym użytkownikowi
rysowanie wykresów X-Y. Program był wcześniej znany jako Xmgr.
Niektóre z jego funkcji: skalowanie zdefiniowane przez użytkownika,
zaznaczanie odstępów na osi, etykiety, symbole, style linii, kolory,
regresja wielomianowa, krzywe sklejane, obliczanie średnich kroczących,
transformatory DFT/FFT, korelacja wzajemna/autokorelacja, tryb wsadowy
pozwalający na bezobsługowe kreślenie oraz obsługa drukowania do formatu
PostScript, FrameMaker i kilku formatów graficznych.
|
|
graphviz
rich set of graph drawing tools
|
Versions of package graphviz |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.42.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.38.0-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.38.0-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch-security | 2.38.0-17+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386 |
trixie | 2.42.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.42.2-7+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.42.2-5+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-security | 2.40.1-6+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster | 2.40.1-6+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
experimental | 12.1.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 12.2.0 |
Debtags of package graphviz: |
field | mathematics |
interface | commandline, x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | utility |
uitoolkit | athena, tk |
use | viewing |
works-with | graphs, image, image:raster, image:vector |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Graph drawing addresses the problem of visualizing structural information
by constructing geometric representations of abstract graphs and networks.
Automatic generation of graph drawings has important applications in key
technologies such as database design, software engineering, VLSI and
network design and visual interfaces in other domains. Situations where
these tools might be particularly useful include:
- you would like to restructure a program and first need to understand
the relationships between its types, procedures, and source files
- you need to find the bottlenecks in an Internet backbone - not only
individual links, but their relationships
- you're debugging a protocol or microarchitecture represented as a
finite state machine and need to figure out how a certain
error state arises
- you would like to browse a database schema, knowledge base, or
distributed program represented graphically
- you would like to see an overview of a collection of linked documents
- you would like to discover patterns and communities of interest in a
database of telephone calls or e-mail messages
This package contains the command-line tools.
|
|
gsl-bin
GNU Scientific Library (GSL) - pakiet binarny
|
Versions of package gsl-bin |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.5+dfsg-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.16+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.8+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.8+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.7.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.6+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-security | 2.5+dfsg-6+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gsl-bin: |
devel | lang:c |
field | mathematics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
GNU Scientific Library (GSL) jest zbiorem funkcji do analizy numerycznej.
Funkcje te zostały napisane od podstaw w języku C przez zespół GSL i
prezentują nowoczesne API dla programistów języka C, umożliwiając pisanie
nakładek do wysokopoziomowych języków programowania.
Ten pakiet zawiera kilka przykładowych plików binarnych.
URL: http://www.gnu.org/software/gsl/
|
|
gwyddion
Narzędzie do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM)
|
Versions of package gwyddion |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.38-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.52-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.57-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.62-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.66-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.66-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.47-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gwyddion: |
field | physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | analysing, viewing |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Gwyddion jest modularnym programem do wizualizacji i analizy danych
mikroskopii z sondą skanującą (SPM). Przeznaczony jest głównie do analizy
danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej
położenia - wysokości, otrzymanych przy pomocy następujących technik:
- Mikroskop Sił Atomowych (AFM),
- Mikroskop Sił Magnetycznych (MFM),
- Skaningowy Mikroskop Tunelowy (STM),
- Mikroskop Optyczny Bliskiego Pola (SNOM lub NSOM)
i wiele innych.
Może być również użyty do arbitralnej analizy obrazów danych zawierających
wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości.
Pakiet zawiera główną aplikację i jej moduły. Zawiera również program
Thumbnailer do GNOME (i Xfce), który tworzy podgląd wszystkich typów plików
obsługiwanych przez program Gwyddion.
|
|
libblas3
Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona
|
Versions of package libblas3 |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.8.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.9.0-3+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.11.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.7.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.20110419-10 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package libblas3: |
role | shared-lib |
|
License: DFSG free
|
BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) to zestaw wydajnych funkcji do
większości podstawowych operacji na wektorach i macierzach. Są one szeroko
stosowane jako podstawa do innych wysokiej jakości, liniowych programów
algebraicznych, np. LAPACK i Linpack. Ta implementacja jest implementacją
referencyjną do Fortran 77, którą można znaleźć na netlib.
Pakiet zawiera bibliotekę współdzieloną.
Please cite:
E. Anderson, Z. Bai, C. Bischof, S. Blackford, J. Demmel, J. Dongarra, J. Du Croz, A. Greenbaum, S. Hammarling, A. McKenney and D. Sorensen:
LAPACK Users' Guide
(1999)
|
|
libgsl0ldbl
??? missing short description for package libgsl0ldbl :-(
|
Versions of package libgsl0ldbl |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.16+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package libgsl0ldbl: |
field | mathematics |
role | shared-lib |
suite | gnu |
works-with | software:running |
|
License: DFSG free
|
|
|
liblapack3
Library of linear algebra routines 3 - shared version
|
Versions of package liblapack3 |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.11.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.5.0-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.9.0-3+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.8.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.12.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.7.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package liblapack3: |
role | shared-lib |
|
License: DFSG free
|
LAPACK version 3.X is a comprehensive FORTRAN library that does
linear algebra operations including matrix inversions, least
squared solutions to linear sets of equations, eigenvector
analysis, singular value decomposition, etc. It is a very
comprehensive and reputable package that has found extensive
use in the scientific community.
This package contains a shared version of the library.
Please cite:
E. Anderson, Z. Bai, C. Bischof, S. Blackford, J. Demmel, J. Dongarra, J. Du Croz, A. Greenbaum, S. Hammarling, A. McKenney and D. Sorensen:
LAPACK Users' Guide
(1999)
|
|
libssm-bin
macromolecular superposition library - binaries
|
Versions of package libssm-bin |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.4.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
SSM is a macromolecular coordinate superposition library, written by
Eugene Krissinel of the EBI.
The library implements the SSM algorithm of protein structure
comparison in three dimensions, which includes an original procedure
of matching graphs built on the protein's secondary-structure
elements, followed by an iterative three-dimensional alignment of
protein backbone Calpha atoms.
This package contains the binaries of the libraries
|
|
mayavi2
scientific visualization package for 2-D and 3-D data
|
Versions of package mayavi2 |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.7.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.3.1-3.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.5.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.8.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.8.2-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.8.2-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package mayavi2: |
devel | examples, lang:python |
role | program |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
MayaVi2 is a cross-platform tool for 2-D and 3-D scientific data
visualization. Its features include:
- Visualization of scalar, vector and tensor data in 2 and 3 dimensions
- Easy scriptability using Python
- Easy extendability via custom sources, modules, and data filters
- Reading several file formats: VTK (legacy and XML), PLOT3D, etc.
- Saving of visualizations
- Saving rendered visualization in a variety of image formats.
MayaVi2 has been designed with scriptability and extensibility in
mind. While the mayavi2 application is usable by itself, it may be
used as an Envisage plugin which allows it to be embedded in user
applications natively. Alternatively, it may be used as a
visualization engine for any application.
This package also provides TVTK, which wraps VTK objects to provide a
convenient, Pythonic API, while supporting Traits attributes and
NumPy/SciPy arrays. TVTK is implemented mostly in pure Python, except
for a small extension module.
|
|
mpich
??? missing short description for package mpich :-(
|
Versions of package mpich |
Release | Version | Architectures |
experimental | 4.2.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.0.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.4.1-5~deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 4.2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.2-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.1-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 4.2.3 |
Debtags of package mpich: |
admin | benchmarking, monitoring |
network | hiavailability, load-balancing, scanner |
scope | utility |
use | transmission |
|
License: DFSG free
|
|
|
mpqc
Massively Parallel Quantum Chemistry Program
|
Versions of package mpqc |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.3.1-21 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.1-19 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.3.1-18+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.1-16 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mpqc: |
field | chemistry, physics |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
MPQC is an ab-inito quantum chemistry program. It is especially designed
to compute molecules in a highly parallelized fashion.
It can compute energies and gradients for the following methods:
- Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
- Density Functional Theory (DFT)
- Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)
Additionally, it can compute energies for the following methods:
- Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12)
- Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
- Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)
It also includes an internal coordinate geometry optimizer.
MPQC is built upon the Scientific Computing Toolkit (SC).
Please cite:
The Massively Parallel Quantum Chemistry Program (MPQC), Version 2.3.1, Curtis L. Janssen, Ida B. Nielsen, Matt L. Leininger, Edward F. Valeev, Joseph P. Kenny, Edward T. Seidl, Sandia National Laboratories, Livermore, CA.
(2008)
|
|
nco
Operatory wiersza poleceń do analizy plików netCDF
|
Versions of package nco |
Release | Version | Architectures |
stretch-backports | 4.7.9-1~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.7.9-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.6.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.9.7-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.1.4-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.2.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.2.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.4.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package nco: |
field | meteorology |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
NCO to pakiet programów znanych jako operatory. Operatory to samodzielne
programy wiersza poleceń, działające w powłoce POSIX. Operatory pobierają
jeden lub więcej plików netCDF jako dane wejściowe, wykonują operacje (np.
uśredniania, hiperslabowania) i tworzą plik wyjściowy w formacie netCDF.
NCO został pierwotnie zaprojektowany do analizowania i zarządzania danymi
klimatycznymi, chociaż działa na dowolnych zestawach danych w formacie
netCDF.
|
|
ncview
Przeglądarka wizualna plików w formacie NetCDF do środowiska X11
|
Versions of package ncview |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.1.10+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.93g-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 2.1.10+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.1.7+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.8+ds-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.8+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1.8+ds-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ncview: |
field | meteorology |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | athena |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Program ncview umożliwia szybkie i łatwe przeglądanie plików NetCDF za
pomocą jednego przycisku. Z jego pomocą można oglądać proste filmy z
danymi, przeglądać je w różnych wymiarach, sprawdzać rzeczywiste wartości
danych, zmieniać mapy kolorów, odwracać dane i wykonywać inne proste
operacje wizualne.
|
|
netcdf-bin
Programy do odczytu i zapisu plików NetCDF
|
Versions of package netcdf-bin |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.9.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.9.2-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 4.6.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 4.1.3-7.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 4.9.3~rc1-1~exp1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.9.2-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.4.1.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.7.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.9.3~rc1 |
Debtags of package netcdf-bin: |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Pakiet zawiera programy ncdump i ncgen, które konwertują pliki NetCDF
do formatu ASCII i na odwrót. NetCDF (network Common Data Form) to
interfejs umożliwiający dostęp do danych naukowych oraz swobodnie
rozpowszechniana biblioteka oprogramowania, która zapewnia implementację
interfejsu. Biblioteka netCDF definiuje również niezależny od maszyny
format reprezentowania danych naukowych. Łącznie interfejs, biblioteka
i format wspierają tworzenie, udostępnianie i współdzielenie danych
naukowych.
|
|
nexus-tools
NeXus scientific data file format - applications
|
Versions of package nexus-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.4.3-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.4.3-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.4.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.4.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.3.2-svn1921-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
NeXus is a common data format for neutron, X-ray, and muon science. It
is being developed as an international standard by scientists and
programmers representing major scientific facilities in Europe, Asia,
Australia, and North America in order to facilitate greater cooperation
in the analysis and visualization of neutron, X-ray, and muon data.
This is the package containing some applications for reading and writing
NeXus files.
|
|
octave
Język GNU Octave do obliczeń numerycznych
|
Versions of package octave |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.4.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch-backports | 4.4.1-4~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el |
bullseye | 6.2.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.0.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-backports | 5.2.0-3~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.2-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 7.3.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 4.4.0-3~bpo9+1 | s390x |
trixie | 9.2.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 9.2.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package octave: |
field | mathematics |
role | program |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
Octave to (głównie kompatybilny z MATLAB®) język wysokiego poziomu,
przeznaczony zwłaszcza do obliczeń numerycznych. Zapewnia on wygodny
interfejs wiersza poleceń do rozwiązywania liniowych oraz nieliniowych
zadań metodami numerycznymi.
Octave może być dynamicznie rozszerzony o dostarczone przez użytkownika
pliki C++.
|
|
openkim-models
Models and model-drivers for KIM-API
|
Versions of package openkim-models |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2021.01.28-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2021.01.28-2.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster-backports | 2021.01.28-2~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2021.01.28-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2021.01.28-2.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
The KIM API is an Application Programming Interface for atomistic simulations.
The API provides a standard for exchanging information between atomistic
simulation codes (molecular dynamics, molecular statics, lattice dynamics,
Monte Carlo, etc.) and interatomic models (potentials or force fields).
It also includes a set of library routines for using the API with
bindings for:
FORTRAN 77, Fortran 90/95, Fortran 2003
C, C++
Atomistic simulation codes that support the KIM API work seamlessly with the
KIM-compliant interatomic models (KIM Models) distributed on this website.
The interface is computationally efficient and often requires relatively minor
changes to existing codes.
This package contains models and model-drivers for KIM-API
|
|
openmpi-bin
high performance message passing library -- binaries
|
Versions of package openmpi-bin |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.1.6-13.3 | armel,armhf,i386 |
bullseye | 4.1.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.6.5-9.1+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 5.0.5-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.0.5-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.1.3-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.1.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.1.6-13.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package openmpi-bin: |
admin | cluster |
field | biology, chemistry, mathematics, physics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Open MPI is a project combining technologies and resources from several other
projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best
MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open
MPI offers advantages for system and software vendors, application developers
and computer science researchers.
Features:
- Full MPI-3.1 standards conformance
- Thread safety and concurrency
- Dynamic process spawning
- High performance on all platforms
- Reliable and fast job management
- Network and process fault tolerance
- Support network heterogeneity
- Single library supports all networks
- Run-time instrumentation
- Many job schedulers supported
- Internationalized error messages
- Component-based design, documented APIs
This package contains the Open MPI utility programs.
|
|
openmx
package for nano-scale material simulations
|
Versions of package openmx |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.8.5+dfsg1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.7.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.7.6-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package openmx: |
field | chemistry, physics |
|
License: DFSG free
|
OpenMX (Open source package for Material eXplorer) is a program package for
nano-scale material simulations based on density functional theories (DFT),
norm-conserving pseudopotentials and pseudo-atomic localized
basis functions. Since the code is designed for the realization of
large-scale ab initio calculations on parallel computers, it is anticipated
that OpenMX can be a useful and powerful tool for nano-scale material sciences
in a wide variety of systems such as biomaterials, carbon nanotubes, magnetic
materials, and nanoscale conductors.
|
|
psi3
Zestaw programów chemii kwantowej PSI3
|
Versions of package psi3 |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 3.4.0-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package psi3: |
field | chemistry, physics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | suite |
use | calculating |
|
License: DFSG free
|
PSI3 jest pakietem programów z zakresu chemii kwantowej wykorzystujących
do obliczeń metody ab-initio. Dzięki wysoce korelacyjnym technikom
obliczeniowym jest szczególnie użyteczny w zakresie dokładnego określania
własności molekuł, tak małych, jak i średniej wielkości.
Pakiet umożliwia obliczanie energii i gradientów następującymi metodami:
- Hartree-Focka dla powłoki walencyjnej i ogólnej ograniczonej powłoki
otwartej (RHF/ROHF) (w tym analityczne hessiany dla RHF),
- teorii zaburzeń Mollera-Plesseta z zamkniętą powłoką (MP2),
- metodą zamknięcia przestrzeni aktywnej SCF (CASSCF),
- klastrowo-złączonych singli i dubletów (CCSD),
- klastrowo-złączonych singli i dubletów z perturbacyjnymi trypletami
(CCSD(T)) (tylko dla nieograniczonych (UHF) referencyjnych funkcji
falowych).
Dodatkowo może liczyć energie następującymi metodami:
- nieograniczonej otwartej powłoki Hartree-Focka (UHF),
- teorii perturbacji Moellera-Plesseta dla zamkniętej/otwartej powłoki
(MP2),
- teorii MP2 z zamkniętą powłoką wyraźnie skorelowaną (MP2-R12) oraz
teorii MP2 skalowanej ze składowymi spinowymi (SCS-MP2),
- teorii perturbacji Moellera-Plesseta dla zamkniętej powłoki liniowej
R12 (MP2-R12),
- wieloreferencyjnej konfiguracji-interakcji (MRCI),
- przybliżonych pojedynczych klastrów drugiego/trzeciego rzędu dubletów
(CC2/CC3),
- pojedynczych klastrów sprzężonych z wieloma odniesieniami dubletów
(MRCCSD),
- zamkniętej powłoki i ogólnie ograniczonego równania otwartej powłoki
z pojedynczymi klastrami sprzężonymi z równaniem ruchu (EOM-CCSD).
Pozostałe własności pakietu obejmują m.in.:
- elastyczne, modularne i dopasowane przez użytkownika formaty wejściowe,
- obliczenia stanów wzbudzonych metodami CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF, MRCI
i MRCCSD,
- wewnętrzny optymalizator koordynat geometrycznych,
- obliczenia częstotliwości harmonicznych,
- własności jednoelektronowe w rodzaju: momenty dipolowe/kwadrupolowe,
orbitale naturalne, potencjały elektrostatyczne, stałe parowania
hiperfinicznego, czy gęstość spinową,
- wykorzystywanie molekularnej symetrii grupowo-punktowej do zwiększenia
wydajności.
|
|
python3-lmfit
Least-Squares Minimization with Constraints (Python 3)
|
Versions of package python3-lmfit |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.9.11+dfsg-2 | all |
trixie | 1.2.2-3 | all |
jessie | 0.8.0+dfsg.1-1 | all |
bookworm | 1.1.0-1 | all |
bullseye | 1.0.1-6 | all |
stretch | 0.9.5+dfsg-2 | all |
sid | 1.2.2-3 | all |
upstream | 1.3.2 |
|
License: DFSG free
|
The lmfit Python package provides a simple, flexible interface to
non-linear optimization or curve fitting problems. The package
extends the optimization capabilities of scipy.optimize by replacing
floating pointing values for the variables to be optimized with
Parameter objects. These Parameters can be fixed or varied, have
upper and/or lower bounds placed on its value, or written as an
algebraic expression of other Parameters.
The principal advantage of using Parameters instead of simple
variables is that the objective function does not have to be
rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or
what relationships or constraints are placed on the Parameters. This
means a scientific programmer can write a general model that
encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of
that model to change what is varied and fixed, what range of values
is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the
model. The ease with which the model can be changed also allows one
to easily test the significance of certain Parameters in a fitting
model.
The lmfit package allows a choice of several optimization methods
available from scipy.optimize. The default, and by far best tested
optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from
MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method
is by far the most tested and best support method in lmfit, and much
of this document assumes this algorithm is used unless explicitly
stated. An important point for many scientific analysis is that this
is only method that automatically estimates uncertainties and
correlations between fitted variables from the covariance matrix
calculated during the fit.
A few other optimization routines are also supported, including
Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential
Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and
several others from scipy.optimize. In their native form, some of
these methods setting allow upper or lower bounds on parameter
variables, or adding constraints on fitted variables. By using
Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of
these methods, and makes it easy to swap between methods without
hanging the objective function or set of Parameters.
Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the
covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned
(and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute
force search of the confidence intervals and correlations for sets of
parameters.
This is the Python 3 version of the package.
|
|
python3-scipy
Narzędzia naukowe dla Pythona 3
|
Versions of package python3-scipy |
Release | Version | Architectures |
experimental | 1.14.0-1exp5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.14.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.1.0-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.13.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.13.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.10.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.6.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.18.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.14.1 |
|
License: DFSG free
|
SciPy uzupełnia popularny moduł NumPy (pakiet python-numpy), gromadząc w
jednym pakiecie różnorodne moduły naukowe i inżynieryjne wysokiego poziomu.
SciPy to zestaw otwartoźródłowych narzędzi naukowych i numerycznych
dla języka Python. Obecnie obsługuje funkcje specjalne, integrację,
rozwiązywanie równań różniczkowych zwyczajnych (ODE), optymalizację
gradientów, algorytmy genetyczne, narzędzia programowania równoległego,
kompilator wyrażeń dla C++ zapewniający szybkie wykonywanie i inne.
|
|
python3-sympy
System algebry komputerowej w Pythonie (Python 3)
|
Versions of package python3-sympy |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.3-2 | all |
sid | 1.13.3-1 | all |
trixie | 1.13.3-1 | all |
bookworm | 1.11.1-1 | all |
bullseye | 1.7.1-3 | all |
stretch | 1.0-3 | all |
|
License: DFSG free
|
SymPy to biblioteka Pythona przeznaczona do obsługi matematyki symbolicznej.
Zaprojektowano ją aby stała się w pełni funkcjonalnym systemem algebry
komputerowej (ang. Computer Algebra System - CAS), przy jednoczesnym
zachowaniu możliwie najprostszego kodu, tak aby był zrozumiały i łatwy do
rozbudowy. SymPy została w całości napisana w Pythonie i nie wymaga żadnych
zewnętrznych bibliotek, z wyjątkiem opcjonalnego wsparcia dla kreślenia.
Pakiet zawiera wersję sympy dla Pythona 3.
The package is enhanced by the following packages:
texmacs-bin
|
|
pyxplot
Program do kreślenia wykresów, generujący dane wyjściowe nadające się do publikowania
|
Versions of package pyxplot |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.9.2-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.9.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.9.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.9.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.9.2-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.9.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.9.2-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package pyxplot: |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
science | plotting, visualisation |
use | converting, viewing |
works-with | text |
works-with-format | pdf, plaintext, postscript |
|
License: DFSG free
|
Pyxplot to narzędzie wielofunkcyjne do kreślenia wykresów, naukowy język
skryptowy, pakiet do grafiki wektorowej i przetwarzania danych. Jego
interfejs został zaprojektowany do typowych zadań -- np. do kreślenia
oznakowanych wykresów danych, -- uzyskiwania dostępu za pośrednictwem
krótkich, prostych, intuicyjnych poleceń.
Pyxplot generuje dane wyjściowe w jakości nadającej się do publikowania.
W tym celu, renderuje tekst ze wszystkimi zaletami i elastycznością
środowiska do składania tekstu LaTeXa.
Obszerną dokumentację i przykłady można znaleźć w pakiecie pyxplot-doc.
Galerię przykładowych wykresów udostępniono na stronie internetowej projektu.
|
|
quantum-espresso
Electronic-Structure and Ab-Initio Molecular Dynamics Suite
|
Versions of package quantum-espresso |
Release | Version | Architectures |
buster | 6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 6.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 6.7-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package quantum-espresso: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Quantum ESPRESSO (formerly known as PWscf) is an integrated suite of computer
codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the
nanoscale. It is based on density-functional theory, plane waves, and
pseudopotentials (both norm-conserving, ultrasoft, and PAW).
Features include:
- Ground-state single-point and band structure calculations using plane-wave
self-consistent total energies, forces and stresses
- Separable norm-conserving and ultrasoft (Vanderbilt) pseudo-potentials, PAW
(Projector Augmented Waves)
- Various exchange-correlation functionals, from LDA to generalized-gradient
corrections (PW91, PBE, B88-P86, BLYP) to meta-GGA, exact exchange (HF) and
hybrid functionals (PBE0, B3LYP, HSE)
- Car-Parrinello and Born-Oppenheimer Molecular Dynamics
- Structural Optimization including transition states and minimum energy
paths
- Spin-orbit coupling and noncollinear magnetism
- Response properties including phonon frequencies and
eigenvectors, effective charges and dielectric tensors, Infrared and
Raman cross-sections, EPR and NMR chemical shifts
- Spectroscopic properties like K- and L1-edge X-ray Absorption Spectra (XAS)
and electronic excitations
Please cite:
P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch:
QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials.
J. Phys. Condens. Matter
21:395502
(2009)
|
|
sasview
Small Angle Scattering Analysis suite
|
Versions of package sasview |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.0.3-3 | all |
trixie | 5.0.6-4 | all |
bookworm | 5.0.5-5 | all |
experimental | 5.0.5-2 | all |
sid | 5.0.6-4 | all |
buster | 4.2.1-1 | all |
upstream | 6.0.0 |
|
License: DFSG free
|
SasView is software for the analysis of Small-Angle Scattering (SAS)
data.
It fits analytic functions describing different types of material
microstructure to experimental data in order to determine the shape,
size and degree of ordering.
SasView also includes tools for calculating scattering length
densities, slit sizes, resolution, fringe thicknesses/d-spacings, the
(Porod) invariant ('total scattering'), and distance distribution
functions.
SasView is a Small Angle Scattering Analysis Software Package,
originally developed as part of the NSF DANSE project under the name
SansView, now managed by an international collaboration of facilities.
This package installs the sasview executable script.
|
|
science-numericalcomputation
Pakiety naukowe Debiana do wykonywania obliczeń numerycznych
|
Versions of package science-numericalcomputation |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.14.6 | all |
buster | 1.10 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
jessie | 1.4 | all |
sid | 1.14.6 | all |
stretch | 1.7 | all |
bookworm | 1.14.5 | all |
Debtags of package science-numericalcomputation: |
devel | lang:lisp |
role | metapackage, shared-lib |
|
License: DFSG free
|
Ten metapakiet instaluje pakiety naukowe Debiana, które są użyteczne
przy wykonywaniu obliczeń numerycznych. Pakiety te zapewniają tablicowy
system obliczeń i wizualizacji do obliczeń naukowych i analizy danych.
Pakiety podobne są do systemów komercyjnych, takich jak Matlab i IDL.
|
|
scilab
Pakiet oprogramowania naukowego do obliczeń numerycznych
|
Versions of package scilab |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 6.1.0+dfsg1-7 | all |
buster | 6.0.1-10+deb10u1 | all |
stretch-security | 5.5.2-4+deb9u1 | all |
stretch | 5.5.2-4 | all |
jessie | 5.5.1-7 | all |
trixie | 2024.1.0+dfsg-6 | all |
sid | 2024.1.0+dfsg-6 | all |
bookworm | 6.1.1+dfsg2-6 | all |
upstream | 2025.0.0 |
Debtags of package scilab: |
field | electronics, mathematics, physics, statistics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | analysing, learning |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Scilab to oparty na macierzach pakiet oprogramowania naukowego.
Scilab zawiera setki wbudowanych funkcji matematycznych, bogate struktury danych (w tym: wielomiany, wymierne, systemy liniowe, listy itp.) oraz
szereg specjalistycznych zestawów narzędzi do sterowania, przetwarzania sygnałów, itd.
Ten pakiet zawiera również Xcos, edytor graficzny do projektowania
hybrydowych modeli układów dynamicznych. Modele można projektować,
ładować, zapisywać, kompilować i symulować. Xcos stanowi stabilne
i wydajne rozwiązanie dla potrzeb przemysłu i środowiska akademickiego.
Xcos zapewnia funkcje do modelowania układów mechanicznych (motoryzacja,
aeronautyka ...), obwodów hydraulicznych (modelowanie zapór, rur ...),
układów sterowania itp.
Aby korzystać z minimalnej wersji scilab należy zainstalować pakiet
"scilab-cli".
The package is enhanced by the following packages:
texmacs-bin
|
|
udav
Biblioteka do wykresów naukowych (interfejs okna)
|
Versions of package udav |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.3.4-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 8.0.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.2.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 8.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.2.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package udav: |
field | mathematics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Wolna, wieloplatformowa biblioteka szybkich funkcji języka C++ do kreślenia
danych nawet w 3 wymiarach. Umożliwia eksportowanie wykresów do plików
bitmap i grafiki wektorowej w formatach: EPS, SVG i IDTF. Istnieją proste
interfejsy okienkowe, oparte na GLUT, FLTK lub Qt. Mathgl może być również
stosowane w konsoli. Istnieją interfejsy do następujących języków: C,
Fortran, Pascal, Forth, Python i Octave.
Pakiet zawiera środowisko okienkowe udav, oparte na mathgl.
|
|
v-sim
Wizualizacja struktur atomowych
|
Versions of package v-sim |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.7.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.7.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package v-sim: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
V_Sim wizualizuje struktury atomowe, takie jak kryształy, granice ziaren,
cząsteczki itd. (w formacie binarnym lub w formacie zwykłego tekstu).
Renderowanie odbywa się w pseudo 3D z kulkami (atomami) lub strzałkami
(spinami). Użytkownik może wchodzić w interakcje za pomocą wielu funkcji,
aby wybrać widok, ustawić powiązania, narysować płaszczyzny cięcia,
obliczyć powierzchnie z pól skalarnych, zduplikować węzły, zmierzyć
geometrię itd. Ponadto, V_Sim umożliwia eksportowanie widoku jako obrazu
w formatach PNG, JPG, PDF (bitmapa), SVG (schemat) i innych formatach.
Dostępne są również narzędzia do kolorowania atomów z wartości danych
lub do animowania na ekranie wielu plików pozycji.
|
|
voronota
Voronoi diagram-based tool to find atom contacts
|
Versions of package voronota |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.22.3149-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.22.3149-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.19.2352-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.22.3149-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.22.3149-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.27.3834 |
|
License: DFSG free
|
The analysis of macromolecular structures often requires a comprehensive
definition of atomic neighborhoods. Such a definition can be based on the
Voronoi diagram of balls, where each ball represents an atom of some van
der Waals radius. Voronota is a software tool for finding all the
vertices of the Voronoi diagram of balls. Such vertices correspond to the
centers of the empty tangent spheres defined by quadruples of balls.
Voronota is especially suitable for processing three-dimensional
structures of biological macromolecules such as proteins and RNA.
Since version 1.2 Voronota also uses the Voronoi vertices to construct
inter-atom contact surfaces and solvent accessible surfaces. Voronota
provides tools to query contacts, generate contacts graphics, compare
contacts and evaluate quality of protein structural models using
contacts.
|
|
Official Debian packages with lower relevance
axiom
Uniwersalny system algebry komputerowej: główny program i moduły
|
Versions of package axiom |
Release | Version | Architectures |
jessie | 20140801-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 20170501-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 20170501-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 20170501-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 20170501-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 20170501-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 20140801-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package axiom: |
devel | compiler, interpreter |
field | mathematics |
interface | text-mode |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Axiom jest przydatny do badania i opracowywania algorytmów matematycznych.
Definiuje silnie typowaną i matematycznie poprawną hierarchię typów.
Posiada własny język programowania i wbudowany kompilator.
Axiom jest rozwijany od 1973 roku i był przez pewien czas sprzedawany jako
produkt komercyjny. Ostatecznie został wydany jako wolne oprogramowanie.
Obecnie trwają prace nad rozszerzeniem funkcjonalności programu,
ukierunkowane na: stworzenie lepszego interfejsu użytkownika, dostosowanie
go do roli przydatnego narzędzia nauczania, opracowanie protokołu
algebraicznego serwera, zintegrowanie innych aspektów matematyki,
przebudowanie algebry w czytelnym stylu programowania, zintegrowanie
programowania logicznego oraz opracowanie "Axiom Journal" z odpowiednich
artykułów.
Pakiet zawiera główny program wykonywalny oraz wszystkie prekompilowane i
automatycznie wczytywane moduły algebry.
The package is enhanced by the following packages:
texmacs-bin
|
|
dx
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - pakiet główny
|
Versions of package dx |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.4.4-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.4.4-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 4.4.4-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.4.4-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.4.4-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.4.4-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.4.4-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package dx: |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | motif |
use | viewing |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Data Explorer to system narzędzi i interfejsów użytkownika do wizualizacji
danych. Ogólnie rzecz biorąc, wizualizację danych można uznać za proces
3-etapowy:
1. Opisywanie i importowanie danych.
2. Przetwarzanie danych za pomocą programu do wizualizacji.
3. Przedstawienie wynikowego obrazu.
To jest pakiet główny.
|
|
dx-doc
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - dokumentacja
|
Versions of package dx-doc |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.4.4-17 | all |
jessie | 4.4.4-7 | all |
stretch | 4.4.4-9 | all |
buster | 4.4.4-12 | all |
bullseye | 4.4.4-13 | all |
bookworm | 4.4.4-15 | all |
trixie | 4.4.4-17 | all |
Debtags of package dx-doc: |
made-of | html |
role | documentation |
uitoolkit | motif |
use | viewing |
works-with | image |
|
License: DFSG free
|
Data Explorer to system narzędzi i interfejsów użytkownika do wizualizacji
danych. Ogólnie rzecz biorąc, wizualizację danych można uznać za proces
3-etapowy:
1. Opisywanie i importowanie danych.
2. Przetwarzanie danych za pomocą programu do wizualizacji.
3. Przedstawienie wynikowego obrazu.
To jest pakiet z dokumentacją. Udostępnia on pomoc online i dokumentację w
formacie HTML.
|
|
dxsamples
Przykładowe programy do OpenDX Data Explorer
|
Versions of package dxsamples |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.4.0-4 | all |
stretch | 4.4.0-3 | all |
jessie | 4.4.0-1 | all |
sid | 4.4.0-5 | all |
trixie | 4.4.0-5 | all |
bookworm | 4.4.0-5 | all |
bullseye | 4.4.0-5 | all |
Debtags of package dxsamples: |
devel | examples |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | viewing |
works-with | image |
|
License: DFSG free
|
Pakiet zawiera przykłady skryptów i sieci dla OpenDX Data Explorer.
Przykłady te wymienione są w samouczku OpenDX, ale można ich również używać
niezależnie do przeglądania i analizowania.
|
|
feel++-apps
??? missing short description for package feel++-apps :-(
|
Versions of package feel++-apps |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.99.0-final.1-1 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
|
|
gpiv
??? missing short description for package gpiv :-(
|
Versions of package gpiv |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.6.1-2.3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gpiv: |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
|
|
gpivtools
??? missing short description for package gpivtools :-(
|
Versions of package gpivtools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.6.0-3.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gpivtools: |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
|
|
hdf5-helpers
HDF5 - Narzędzia pomocnicze
|
Versions of package hdf5-helpers |
Release | Version | Architectures |
jessie-security | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
jessie | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.10.4+repack-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster-security | 1.10.4+repack-10+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.10.6+repack-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.10.8+repack1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.14.4.3+repack-1~exp3 | arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.14.5+repack-1~exp1 | amd64 |
upstream | 1.14.3 |
|
License: DFSG free
|
Hierarchical Data Format 5 (HDF5) jest formatem plików i biblioteką do
przechowywania danych naukowych. HDF5 zostało zaprojektowane i wdrożone
z ukierunkowaniem na niedostatki HDF4.x. Ma potężniejszy i elastyczniejszy
model danych, obsługuje pliki większe niż 2 GB, oraz wspiera równoległe
Wejście/Wyjście danych.
Pakiet zawiera narzędzia pomocnicze dla HDF5.
|
|
hdf5-tools
HDF5 - narzędzia uruchomieniowe
|
Versions of package hdf5-tools |
Release | Version | Architectures |
buster-security | 1.10.4+repack-10+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.10.6+repack-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.10.8+repack1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 1.14.5+repack-1~exp1 | amd64 |
trixie | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.14.4.3+repack-1~exp3 | arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.10.10+repack-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie-security | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
jessie | 1.8.13+docs-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.10.4+repack-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 1.14.3 |
Debtags of package hdf5-tools: |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | converting |
|
License: DFSG free
|
Hierarchical Data Format 5 (HDF5) jest formatem plików i biblioteką do
przechowywania danych naukowych. HDF5 zostało zaprojektowane i wdrożone
z ukierunkowaniem na niedostatki HDF4.x. Ma potężniejszy i elastyczniejszy
model danych, obsługuje pliki większe niż 2 GB, oraz wspiera równoległe
Wejście/Wyjście danych.
Pakiet zawiera narzędzia uruchomieniowe dla HDF5.
|
|
libgraphviz-perl
Perl interface to the GraphViz graphing tool
|
Versions of package libgraphviz-perl |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.24-1 | all |
buster | 2.22-1 | all |
bullseye | 2.24-1 | all |
bookworm | 2.24-1 | all |
trixie | 2.24-1 | all |
stretch | 2.22-1 | all |
jessie | 2.16-1 | all |
upstream | 2.26 |
Debtags of package libgraphviz-perl: |
devel | lang:perl, library |
works-with | image, image:raster, image:vector |
|
License: DFSG free
|
This module provides an interface to layout and image generation of
directed and undirected graphs in a variety of formats (PostScript,
PNG, etc.) using the "dot", "neato", "twopi", "circo" and "fdp"
programs from the GraphViz project (http://www.graphviz.org/ or
http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/).
|
|
maxima
System algebry komputerowej - system podstawowy
|
Versions of package maxima |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.47.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 5.34.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 5.42.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.38.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.44.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.46.0-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.47.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package maxima: |
field | mathematics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Maxima jest programem do obliczeń symbolicznych, w pełni wyposażonym do
działań z symbolicznymi obliczeniami wielomianów, macierzami, funkcjami
wymiernymi, całkowaniem, metodami Todd-Coxetera do analizy skończonej
grupy, wykresami i dokładnymi obliczeniami zmiennoprzecinkowymi.
Posiada symboliczny debugger do kodu źródłowego maxima.
Maxima opiera się na oryginalnym opracowaniu Macsyma w MIT (Massachusetts
Institute of Technology) z 1970 roku. Jest niezawodny, nie ma wycieków
pamięci, której zapewnia doskonałe czyszczenie. Jego działanie zostało
sprawdzone setkami testów kontrolnych.
Pakiet zawiera podstawowe pliki wykonywalne i systemowe.
The package is enhanced by the following packages:
texmacs-bin
|
|
mpich-doc
??? missing short description for package mpich-doc :-(
|
Versions of package mpich-doc |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.0.2-3 | all |
jessie | 3.1-5 | all |
experimental | 4.2.1-3 | all |
bullseye | 3.4.1-5~deb11u1 | all |
buster | 3.3-3 | all |
trixie | 4.2.0-14 | all |
stretch | 3.2-7 | all |
sid | 4.2.0-14 | all |
upstream | 4.2.3 |
Debtags of package mpich-doc: |
network | hiavailability, load-balancing, service |
role | documentation |
works-with | network-traffic |
|
License: DFSG free
|
|
|
netcdf-doc
|
Versions of package netcdf-doc |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.6.2-1 | all |
bookworm | 4.9.0-3 | all |
jessie | 4.1.3-7.2 | all |
stretch | 4.4.1.1-2 | all |
experimental | 4.9.3~rc1-1~exp1 | all |
sid | 4.9.2-7 | all |
bullseye | 4.7.4-1 | all |
trixie | 4.9.2-7 | all |
upstream | 4.9.3~rc1 |
Debtags of package netcdf-doc: |
made-of | html, info, postscript |
role | documentation |
|
License: DFSG free
|
NetCDF (network Common Data Form) is an interface for scientific
data access and a freely-distributed software library that provides an
implementation of the interface. The netCDF library also defines a
machine-independent format for representing scientific data.
Together, the interface, library, and format support the creation,
access, and sharing of scientific data.
This package contains documentation for the NetCDF library in a
variety of formats.
|
|
openmpi-doc
high performance message passing library -- man pages
|
Versions of package openmpi-doc |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.6.5-9.1+deb8u1 | all |
trixie | 4.1.6-13.3 | all |
buster | 3.1.3-11 | all |
sid | 5.0.5-3 | all |
sid | 4.1.6-13.3 | all |
bullseye | 4.1.0-10 | all |
bookworm | 4.1.4-3 | all |
stretch | 2.0.2-2 | all |
experimental | 5.0.5-5 | all |
Debtags of package openmpi-doc: |
devel | doc, examples |
made-of | man |
role | documentation |
|
License: DFSG free
|
Open MPI is a project combining technologies and resources from several other
projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best
MPI library available. A completely new MPI-3.1 compliant implementation, Open
MPI offers advantages for system and software vendors, application developers
and computer science researchers.
This package contains man pages describing the Message Passing Interface
standard.
|
|
pymca
Applications and toolkit for X-ray fluorescence analysis -- scripts
|
Versions of package pymca |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.9.3+dfsg-1 | all |
trixie | 5.9.3+dfsg-1 | all |
stretch | 5.1.3+dfsg-1 | all |
bullseye | 5.6.3+dfsg-1 | all |
bookworm | 5.8.0+dfsg-2 | all |
buster | 5.4.3+dfsg-1 | all |
bookworm-backports | 5.8.7+dfsg-2~bpo12+1 | all |
jessie | 4.7.4+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
PyMca is set of applications and Python libraries for analysis of
X-ray fluorescence spectra.
The applications included in this package are:
- edfviewer - Display and inspection of data files in ESRF Data Format
- elementsinfo - Displays element specific X-ray data
- mca2edf - Converts files from SPEC MCA format to EDF
- peakidentifier - Displays X-ray fluorescence peaks in a given energy range
- pymcabatch - Batch fitting of spectra
- pymcapostbatch - Post-processing of batch fitting results
- pymca - Interactive data-analysis
- pymcaroitool - Region-of-interest (ROI) imaging tool
The PyMca toolkit can read data files in SPEC, ESRF data file (EDF),
OMNIC, HDF5, AIFIRA and SupaVisio formats.
This are the scripts of the package.
|
|
python3-pygraphviz
Python interface to the Graphviz graph layout and visualization package (Python 3)
|
Versions of package python3-pygraphviz |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.5-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.7-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.14-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.14-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.4~rc1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Pygraphviz is a Python interface to the Graphviz graph layout and
visualization package.
With Pygraphviz you can create, edit, read, write, and draw graphs using
Python to access the Graphviz graph data structure and layout algorithms.
This package contains the Python 3 version of python-pygraphviz.
|
|
qtiplot
Analiza danych i kreślenie wykresów naukowych
|
Versions of package qtiplot |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.9.8.9-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.9.8.9-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.9.8.9-18 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package qtiplot: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Qtiplot jest w pełni rozwiniętym oprogramowaniem do kreślenia wykresów,
podobnym do programu Origin z OriginLab (więcej informacji na temat Origin
można znaleźć na stronie: http://www.originlab.com).
Program może kreślić dwu- lub trójwymiarowe wykresy o wysokiej jakości,
zarówno ze zbiorów danych, jak i funkcji. Może pracować stosując
dopasowania nieliniowe i wielowierzchołkowe.
Niektóre funkcje:
- wieloplatformowość: działa natywnie w systemie Windows, Mac OS X i
Linux/Unix;
- pełna obsługa skryptów Pythona;
- kreślenie 3D oparte na OpenGL;
- publikowanie wykresów o wysokiej jakości i łatwe eksportowanie do
różnych formatów graficznych (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG,
PNG, TIFF, itp.);
- łatwa integracja z systemem składu tekstu LaTeXa;
- wydajne i wszechstronne tworzenie arkuszy kalkulacyjnych i obliczeń
w kolumnie logicznej oraz łatwy import/eksport wielu plików;
- szybki dostęp do ekstensywnych, wbudowanych funkcji analizy danych;
- zaawansowana analiza statystyczna: test t studenta, ANOVA, test
chi-kwadrat dla wariancji, test normalności (Shapiro-Wilka);
- liniowe i nieliniowe dopasowywanie krzywej z rozważania i
oszacowywania statystycznych błędów określonych parametrów;
- wielowierzchołkowe dopasowywanie;
- narzędzia do analizowania obrazu;
- obsługa szablonów: wszystkie ustawienia dla wykresów, tabel i
macierzy mogą być zapisane i przywrócone później dla szybkiego
procesu edytowania;
- pliki projektu oparte na folderach, funkcjonalny eksplorator projektu
z wbudowanymi funkcjami przeciągania i upuszczania oraz wyszukiwania;
- pełny import skoroszytów programu Excel oraz arkuszy kalkulacyjnych
Open Document Format, baz danych dBase, SQLite i Microsoft Access.
|
|
scidavis
??? missing short description for package scidavis :-(
|
Versions of package scidavis |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.D13-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package scidavis: |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | qt |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
|
|
science-mathematics
Pakiety naukowe Debiana związane z matematyką
|
Versions of package science-mathematics |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.14.5 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
sid | 1.14.6 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
buster | 1.10 | all |
stretch | 1.7 | all |
jessie | 1.4 | all |
Debtags of package science-mathematics: |
field | mathematics |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Ten metapakiet instaluje pakiety naukowe Debiana związane z matematyką. Niektóre osoby może zainteresować również debtag field::mathematics i, w zależności od zainteresowania, metapakiet education-mathematics.
|
|
science-statistics
Pakiety naukowe Debiana związane ze statystykami
|
Versions of package science-statistics |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.14.6 | all |
buster | 1.10 | all |
bookworm | 1.14.5 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
stretch | 1.7 | all |
jessie | 1.4 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
Debtags of package science-statistics: |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Ten metapakiet jest częścią zestawu naukowego Debiana (Debian Pure Blend
"Debian Science") i instaluje pakiety związane z obliczeniami
statystycznymi. Zadania takie są powszechne i przydatne dla każdej
działalności naukowej. Pakiet zależy od wielu pakietów R, a także od innych
narzędzi przydatnych do tworzenia statystyk. Ponadto, sugerowane są zadania
z matematyki naukowej, co wymaga dodatkowej instalacji odpowiedniego
oprogramowania matematycznego.
|
|
Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
|
Versions of package fdmnes |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.0.20120607-1 | all |
|
License: To-be-clarified
Version: 0.0.20120607-1
|
FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to
the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the
absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is
in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed
with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same
way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or
resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the
comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help
of objective criteria.
|
Unofficial packages built by somebody else
octaviz
3D visualization system for Octave
|
|
License: unknown
|
Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that
makes all VTK classes accessible from within Octave using the same
object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides
high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those
functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour
plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.
|
No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
All-electron full-potential electronic-structure code
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
exciting is a full-potential all-electron Density-Functional-Theory
(DFT) package based on the Linearized Augmented Plane-Wave (LAPW)
method.
It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic
species involved, and also allows for the investigation of the
atomic-core region.
We particularly focus on excited state properties, within the framework
of time-dependent DFT (TDDFT) as well as within many-body perturbation
theory (MBPT).
|
No known packages available
ape
Atomic pseudopotential generator
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
APE (Atomic Pseudopotential Engine) is a tool for generating atomic
pseudopotentials within the Density-Functional Theory framework. It
produces pseudopotential files suitable for use with SIESTA, OCTOPUS
and ABINIT.
|
atompaw
PAW atomic dataset generator
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
The computer program atompaw generates projector and basis functions
which are needed for performing electronic structure calculations based
on the Projector-Augmented Wave (PAW) method. The program is applicable
to materials throughout the periodic table. It produces an output file
containing the projector and basis functions and the corresponding
matrix elements in a form which can be read be the PWPAW and ABINIT
codes. Additional data files are also produced which can be used to
help evaluate the accuracy and efficiency of the generated functions.
|
bigdft
Wavelet-based electronic-structure calculations
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
BigDFT is a DFT-based massively parallel electronic structure code using
a wavelet basis set. Wavelets constitute a real space basis set
distributed on an adaptive mesh (two levels of resolution in our
implementation).
Thanks to our Poisson solver based on a Green function formalism,
periodic systems, surfaces and isolated systems can be simulated with
the proper boundary conditions. GTH or HGH pseudopotentials are used to
remove the core electrons.
The Poisson solver is also integrated in ABINIT, OCTOPUS and CP2K.
Please cite:
L. Genovese, A. Neelov, S. Goedecker, T. Deutsch, S. A. Ghasemi, A. Willand, D. Caliste, O. Zilberberg, M. Rayson, A. Bergman, R. Schneider:
Daubechies wavelets as a basis set for density functional pseudopotential calculations.
(2008)
|
liblevmar-2-6
Levenberg-Marquardt nonlinear least squares algorithms
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
The Levenberg-Marquardt (LM) algorithm is an iterative technique that finds
a local minimum of a function that is expressed as the sum of squares of
nonlinear functions. It has become a standard technique for nonlinear
least-squares problems and can be thought of as a combination of steepest
descent and the Gauss-Newton method.
This library provides native ANSI C implementations of the Levenberg-Marquardt
optimization algorithm, usable also from C++, Matlab, Perl, Python, Haskell
and Tcl. Both unconstrained and constrained (under linear equations,
inequality and box constraints) Levenberg-Marquardt variants are included.
|
octopus
Real-space TDDFT-based electronic-structure code
|
|
License: LGPL
Debian package not available
|
Octopus is a scientific program aimed at the ab initio virtual
experimentation on a hopefully ever-increasing range of system types.
Electrons are described quantum-mechanically within Density-Functional
Theory (DFT), in its Time-Dependent form (TDDFT) when doing simulations
in time. Nuclei are described classically as point particles.
Electron-nucleus interaction is described within the pseudopotential
approximation.
|
wannier90-1
Maximally Localized Wannier Functions
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
Wannier90 is an electronic-structure software computing
maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other
electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.
This is an old version still used by several packages. A patched version
compatible with the ETSF Software Suite is available from
https://launchpad.net/wannier90.
|
wannier90-2
Maximally Localized Wannier Functions
|
|
License: GPL
Debian package not available
|
Wannier90 is an electronic-structure software computing
maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other
electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.
|
|