Debian Science Project
Summary
Nanoscale physics
Debian Science - Pakete für Nanophysik

Dieses Metapaket installiert Debian-Science-Pakete für Nanophysik. Die Nanophysik untersucht physikalische Systeme, die typischerweise von 1 bis 100 nm groß sind. Die Eigenschaften solcher Systeme hängen gewöhnlich von der Anzahl der Atome ab, aus denen sie bestehen, während diese Zahl für eine genaue Beschreibung aber noch relativ groß ist.

Die Nanoskala ist der Treffpunkt der klassischen und Quantenphysik. Bisherige Forschungsanstrengungen betrachteten entweder kleinere Systeme, für die jeder seine eigenen Methoden und Software selbstständig entwickeln konnte, oder viel größere Systeme, für die es offensichtlich unmöglich war, eine feinkörnige Beschreibung zu liefern. Die Bewältigung der von der Nanoskala aufgeworfenen Fragen erfordert jedoch kooperative und koordinierte Bemühungen in einem multidisziplinären Kontext. Dieses Metapaket ist Teil eines solchen Bestrebens.

Vielleicht interessieren Sie sich auch für das Debtag field::physics und je nach Ihrem Fokus für die (Debian Science)-Physik-Metapakete und das Metapaket education-physics.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Nanoscale physics packages

Official Debian packages with high relevance

Abinit
package for electronic structure calculations
Versions of package abinit
ReleaseVersionArchitectures
sid8.10.2-1mips64el
stretch8.0.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster8.8.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid8.10.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.3.4.dfsg-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.3.4.dfsg-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie7.8.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package abinit:
fieldchemistry, physics
roleprogram
Popcon: 18 users (19 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ABINIT is a package whose main program allows one to find the total energy, charge density and electronic structure of systems made of electrons and nuclei (molecules and periodic solids) within Density Functional Theory (DFT), using pseudopotentials and a planewave basis.

ABINIT also includes options to optimize the geometry according to the DFT forces and stresses, or to perform molecular dynamics simulations using these forces, or to generate dynamical matrices, Born effective charges, and dielectric tensors. Excited states can be computed within the Time-Dependent Density Functional Theory (for molecules), or within Many-Body Perturbation Theory (the GW approximation). In addition to the main ABINIT code, different utility programs are provided.

This package contains the executables needed to perform calculations (however, pseudopotentials are not supplied). For a set of pseudopotentials, install the abinit-data package.

Please cite: X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger: ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties. (eprint) Comput. Phys. Commun. 180(12):2582-2615 (2009)
Ase
Atomic Simulation Environment
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
sid3.18.1-1all
bullseye3.18.1-1all
buster3.17.0-2all
Popcon: 13 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ASE is an Atomic Simulation Environment written in the Python programming language with the aim of setting up, stearing, and analyzing atomic simulations. ASE is part of CAMPOS, the CAMP Open Source project.

ASE contains Python interfaces to several different electronic structure codes including Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW and SIESTA.

This package provides the executable scripts.

Please cite: S. R. Bahn and K. W. Jacobsen: An object-oriented scripting interface to a legacy electronic structure code. (2002)
Avogadro
System für Molekülgrafiken und -modellierung
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 98 users (42 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro ist ein System für Molekülgrafiken und -modellierung, das für Moleküle und Biomoleküle gedacht ist. Es kann Eigenschaften wie Molekülorbitale oder elektrostatische Potentiale visualisieren und enthält einen intuitiven Moleküleditor.

Es verfügt über die folgenden Fähigkeiten:

  • Molekülmodellierer mit automatischer kraftfeldbasierter Geometrie-Optimierung
  • Molekülmechanik einschließlich der Suche mit Bedingungen und Conformern
  • Visualisierung von Molekülorbitalen und allgemeinen Isoflächen
  • Visualisierung von Schwingungen und Darstellung von Schwingungsspektren
  • Unterstützung von kristallografischen Einheitszellen
  • Eingabeerzeugung für die quantenchemischen Pakete Gaussian, GAMESS und MOLPRO
  • Flexible Erweiterungsarchitektur und Python-Skripting

Avogadro kann die Dateiformate PDB, XYZ, CML, CIF und Molden sowie die Ausgabe von Gaussian, GAMESS und MOLPRO lesen.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
0.8.1-5https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/732/large.png
Screenshots of package avogadro
Binoculars
Surface X-ray diffraction 2D detector data reduction
Versions of package binoculars
ReleaseVersionArchitectures
buster0.0.4-1all
bullseye0.0.4-1all
sid0.0.4-1all
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BINoculars is a tool for data reduction and analysis of large sets of surface diffraction data that have been acquired with a two-dimensional X-ray detector. The intensity of each pixel of a two-dimensional detector is projected onto a three-dimensional grid in reciprocal-lattice coordinates using a binning algorithm. This allows for fast acquisition and processing of high-resolution data sets and results in a significant reduction of the size of the data set. The subsequent analysis then proceeds in reciprocal space. It has evolved from the specific needs of the ID03 beamline at the ESRF, but it has a modular design and can be easily adjusted and extended to work with data from other beamlines or from other measurement techniques.

Cadabra
Durch Feldtheorie motiviertes Computeralgebrasystem
Versions of package cadabra
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.46-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.25-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.29-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.39-0.2amd64,armel,armhf,i386
buster1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.46-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package cadabra:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 18 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Cadabra ist ein Computeralgebrasystem, das speziell zum Lösen von Problemen aus der Feldtheorie entwickelt wurde. Es besitzt umfangreiche Funktionalitäten für die Vereinfachung von Tensorpolynomen inklusive Multiterm-Symmetrien, Fermione und antikommutative Variablen, Clifford-Algebren und Fierz-Transformationen, implizite Koordinatenabhängigkeit, mehrere Indextypen und vieles mehr. Das Eingabeformat ist eine Teilmenge von TeX.

Cbflib-bin
Werkzeuge zur Manipulation von CBF-Dateien
Versions of package cbflib-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.7.9.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.7.9.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.9.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.9.5.18+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.9.6
Debtags of package cbflib-bin:
roleprogram
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CBFlib ist eine Bibliothek von ANSI-C-Funktionen, die einen einfachen Zugriff auf Crystallographic Binary Files (CBF-Dateien) und Image-unterstützende CIF-Dateien (imgCIF) erlaubt.

Dieses Paket enthält verschiedene Hilfsprogramme.

Cod-tools
tools for manipulating CIF format files
Versions of package cod-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster2.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

cod-tools is a set of Perl modules and command line tools for manipulating Crystallographic Information Format (CIF) v1.1 and v2.0 files.

Please cite: Saulius Gražulis, Andrius Merkys, Antanas Vaitkus and Mykolas Okulič-Kazarinas: Computing stoichiometric molecular composition from crystal structures. Journal of Applied Crystallography 48:85-91 (2015)
Cp2k
Ab Initio Molecular Dynamics
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
sid6.1-2mipsel
wheezy2.2.426-8amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 18 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular dynamics (AIMD) simulations.

CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian calculations as well. Features include:

Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:

  • Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
  • Hartree-Fock (HF) energies and forces
  • Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
  • Random Phase Approximation (RPA) energies
  • Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
  • Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo- potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave approach (GPW/GAPW)
  • Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
  • Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5, PW92 and PADE
  • Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
  • Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including B3LYP, PBE0 and MCY3
  • Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
  • Additional XC functionals via LibXC
  • Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
  • Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW, PBE-vdW and B97X-D
  • DFT+U (Hubbard) correction
  • Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges (DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
  • Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS) matrix computation
  • Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace (DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
  • Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
  • Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear scaling of molecular systems
  • Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory (TDDFPT)

Ab-initio Molecular Dynamics:

  • Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
  • Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
  • PS extrapolation of initial wavefunction
  • Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
  • Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics)

Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:

  • Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb interactions between the QM and the MM part
  • Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary conditions
  • Adaptive QM/MM

Further Features include:

  • Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
  • Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) for minimum energy path (MEP) calculations
  • Global optimization of geometries
  • Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
  • Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without periodic boundary conditions
  • Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble (NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling through velocity rescaling (CSVR) thermostats
  • Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy calculations
  • Classical Force-Field (MM) simulations
  • Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
  • Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
  • ATOM code for pseudopotential generation
  • Integrated molecular basis set optimization

CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).

Drawxtl
crystal structure viewer
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 21 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

DRAWxtl reads a basic description of the crystal structure, which includes unit-cell parameters, space group, atomic coordinates, thermal parameters or a Fourier map, and outputs a geometry object that contains polyhedra, planes, lone-pair cones, spheres or ellipsoids, bonds, iso-surface Fourier contours and the unit-cell boundary.

Four forms of graphics are produced:

  • an OpenGL window for immediate viewing
  • the Persistence of Vision Ray Tracer (POV-RAY) scene language for publication-quality drawings
  • the Virtual Reality Modeling Language (VRML) for dissemination across the Internet
  • a Postscript rendering of the OpenGL window for those who want high-quality output but do not have POV-RAY installed.

File formats DRAWxtl can read include CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS and WIEN2k.

Screenshots of package drawxtl
Etsf-io
Binary tools to check, merge and read ETSF files
Versions of package etsf-io
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.3-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.3-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-4amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 11 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The European Theoretical Spectroscopy Facility (ETSF) is a European network dedicated to providing support and services for ongoing research in academic, government and industrial laboratories.

The ETSF is divided into 7 beamlines, each of which is concerned with a specific scientific topic:

  • Optics ;
  • Energy Loss Spectroscopy ;
  • Quantum Transport ;
  • Time-resolved Spectroscopy ;
  • Photo-emission Spectroscopy ;
  • Vibrational Spectroscopy ;
  • X-Rays Spectroscopy.

To allow the adoption of its recommendations about standardization, the ETSF proposes different libraries and tools implementing or using these specifications, as well as widely usable pieces of software.

ETSF_IO is a library of F90 routines to read/write the ETSF file format. This package contains the user tools to:

  • check file conformance to the specifications;
  • extract data from files;
  • merge multiple files from parallel runs, as specified in the specifications.
Extrema
Mächtiges Werkzeug zur Visualisierung und Datenanalyse
Maintainer: Christine Spang
Versions of package extrema
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.4.5.dfsg-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.4.4.dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package extrema:
fieldastronomy, physics
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing, viewing
works-withimage:raster
x11application
Popcon: 5 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Extrema ist eine gereifte und robuste Anwendung zur Datenanalyse, welche ursprünglich am Labor für Teilchenphysik am TRIUMF entwickelt wurde. Sie ist als große praktische Hilfe für Forscher gedacht und zielt auf Leistungsfähigkeit und gleichzeitig einfache Benutzung.

Extrema besitzt sowohl eine mächtige grafische Benutzeroberfläche als auch eine intuitive Befehlssprache. Sie liefert gut dokumentierte Werkzeuge für das Zeichnen von 2D- und 3D-Graphen, Datenreduktion und -analyse sowie Datenein-/-ausgabe.

Feynmf
Sammlung von LaTeX-Makros zum Erzeugen von Feynman-Diagrammen
Maintainer: Thorsten Alteholz
Versions of package feynmf
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.08-10all
buster1.08-11all
squeeze1.08-6all
sid1.08-11all
bullseye1.08-11all
wheezy1.08-8all
jessie1.08-9all
Debtags of package feynmf:
fieldphysics
made-oftex
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 333 users (332 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FeynMF ist ein LaTeX-Paket, um einfach Feynman-Diagramme in professioneller Qualität zu zeichnen. Feynman-Diagramme sind Illustrationen, welche die fundamentalen Wechselwirkungen subatomarer Teilchen anschaulich darstellen. Die Diagramme lassen sich entweder mit dem Programmen Metafont oder MetaPost zeichnen. FeynMF ordnet die meisten Diagramme anhand ihrer Struktur zufriedenstellend an, ohne dass manuelle Eingriffe nötig sind. Nichtsdestoweniger stehen für ungewöhnliche Fälle alle Möglichkeiten von Metafont oder MetaPost zur Verfügung.

Beachten Sie, dass Sie das Paket texlive-metapost benötigen, um die auf MetaPost basierende FeynMF-Variante verwenden zu können.

Fityk
general-purpose nonlinear curve fitting and data analysis
Versions of package fityk
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.1-0.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.9.8-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.3.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.3.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fityk:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencecalculation, modelling, plotting
scopeutility
uitoolkitncurses, wxwidgets
x11application
Popcon: 28 users (40 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Fityk is a flexible and portable program for nonlinear fitting of analytical functions (especially peak-shaped) to data (usually experimental data). In other words, for nonlinear peak separation and analysis.

It was developed for analyzing diffraction patterns, but can be also used in other fields, since concepts and operations specific for crystallography are separated from the rest of the program.

Fityk offers various nonlinear fitting methods, subtracting background, calibrating data, easy placement of peaks and changing peak parameters, automation of common tasks with scripts, and much more. The main advantage of the program is flexibility - parameters of peaks can be arbitrarily bound to each other, eg. the width of a peak can be an independent variable, can be the same as the width of another peak or can be given by a complicated - common to all peaks - formula.

libjs-sphinxdoc is necessary for the Javascript stuff in the documentation.

Please cite: M. Wojdyr: Fityk: a general-purpose peak fitting program. (eprint) J. Appl. Cryst. 43(5):1126-1128 (2010)
Garlic
visualization program for biomolecules
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 18 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic is written for the investigation of membrane proteins. It may be used to visualize other proteins, as well as some geometric objects. This version of garlic recognizes PDB format version 2.1. Garlic may also be used to analyze protein sequences.

It only depends on the X libraries, no other libraries are needed.

Features include:

  • The slab position and thickness are visible in a small window.
  • Atomic bonds as well as atoms are treated as independent drawable objects.
  • The atomic and bond colors depend on position. Five mapping modes are available (as for slab).
  • Capable to display stereo image.
  • Capable to display other geometric objects, like membrane.
  • Atomic information is available for atom covered by the mouse pointer. No click required, just move the mouse pointer over the structure!
  • Capable to load more than one structure.
  • Capable to draw Ramachandran plot, helical wheel, Venn diagram, averaged hydrophobicity and hydrophobic moment plot.
  • The command prompt is available at the bottom of the main window. It is able to display one error message and one command string.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Gdis
Modellbetrachter von Molekülen und Kristallen
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 23 users (22 upd.)*
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License: DFSG free
Svn

Ein auf GTK beruhendes Programm für die Anzeige und Manipulation von isolierten Molekülen, des Periodensystems und der Beschaffenheit von Kristallen. Es wird noch entwickelt, ist aber dennoch recht gut benutzbar. Es bietet die folgenden Fähigkeiten:

  • Unterstützung für mehrere Dateitypen (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN und GULP)
  • Ein einfaches Werkzeug zur Erzeugung und Manipulation von Molekülen
  • Ein Dialog für die Erstellung von Anfangskonfigurationen für Molekulardynamik-Simulationen
  • Diverse Werkzeuge für die Visualisierung (geometrische Informationen, Hervorhebung von Regionen usw.)
  • Animation von BIOSYM-Dateien (auch gerenderten Animationen, siehe unten)

Mit Hilfe anderer Pakete kann GDIS auch die folgenden Aufgaben ausführen:

  • Darstellung von Modellen (Hilfestellung durch Povray)
  • Energieminimierung (Hilfestellung durch GULP)
  • Berechnung der Molekülgestalt (Hilfestellung durch CDD)
  • Verarbeitung räumlicher Gruppen (Hilfestellung durch SgInfo)
  • Betrachtung des Periodensystems (Hilfestellung durch GPeriodic)
  • Lesen zusätzlicher Dateitypen, wie PDB (Hilfestellung durch Babel)
Screenshots of package gdis
Ggobi
Datenvisualisierungssystem für hochdimensionale Daten
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package ggobi
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.1.10-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.1.9~20091212-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.1.11-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ggobi:
fieldstatistics
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
works-with-formatxml
Popcon: 45 users (21 upd.)*
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License: DFSG free

GGobi ist ein Open-Source-Visualisierungsprogramm, um hochdimensionale Daten zu untersuchen. Es enthält hoch dynamische und interaktive Grafiken, wie zum Beispiel Rundgänge sowie bekannte Grafiken wie Streu- und Säulendiagramme oder Parallel-Koordinaten-Plots. Die Plots sind interaktiv und mit Brushing und Identification verbunden.

Siehe http://www.ggobi.org für mehr Informationen.

Ghemical
GNOME-Umgebung für molekulare Modellierung
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (16 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Ghemical ist ein Paket für die rechnergestützte Chemie, das in C++ geschrieben wurde. Es hat eine grafische Benutzeroberfläche und es unterstützt sowohl quantenmechanische (semi-empirische) als auch molekularmechanische Modelle. Zurzeit bietet es geometrische Optimierungen, molekulare Dynamik und eine große Menge an Visualisierungswerkzeugen, die OpenGL benutzen.

Ghemical benötigt externen Code, um quantenmechanische Berechnungen durchführen zu können. Semi-empirische Funktionen MNDO, MINDO/3, AM1 und PM3 werden vom MOPAC7-Paket (Public Domain) erbracht und sind in diesem Paket enthalten. Das MPQC-Paket wird verwendet, um ab-initio-Methoden zur Verfügung zu stellen. Die Methoden, die auf der Hartree-Fock-Theorie basieren, werden im Moment mit Basissätzen von STO-3G bis 6-31G** unterstützt.

Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ghemical
Gnuplot
Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
Versions of package gnuplot
ReleaseVersionArchitectures
sid5.2.7+dfsg1-5all
buster5.2.6+dfsg1-1+deb10u1all
squeeze4.4.0-1.1all
jessie4.6.6-2all
bullseye5.2.7+dfsg1-5all
jessie-security4.6.6-2+deb8u1all
stretch5.0.5+dfsg1-6+deb9u1all
wheezy4.6.0-8all
Debtags of package gnuplot:
fieldmathematics
interfacecommandline
roledummy, metapackage
useconverting
works-withimage, image:vector
Popcon: 189 users (51 upd.)*
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Git

Gnuplot ist ein portables, interaktives, kommandozeilengesteuertes Plot-Programm für Daten und Funktionen, das viele Ausgabeformate unterstützt. Es enthält Treiber für eine Vielzahl von Druckern, (La)TeX, (x)fig, PostScript und so weiter. Die X11-Ausgabe befindet sich im Paket gnuplot-x11.

Die interne C-ähnliche Sprache kann Dateien mit Daten und selbstdefinierten Funktionen handhaben. Das Programm kann komplexe Zahlen verarbeiten und unterstützt Glättung sowie die Parameterbestimmung für nichtlineare und Spline-Näherungsfunktionen.

Dieses Paket soll ein voll funktionsfähiges Gnuplot installieren (-qt, -x11 oderr -nox).

Other screenshots of package gnuplot
VersionURL
4.2.4-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/227/large.png
Screenshots of package gnuplot
Gpaw
DFT and beyond within the projector-augmented wave method
Versions of package gpaw
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye19.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid19.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 51 users (8 upd.)*
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License: DFSG free
Git

A density-functional theory (DFT) Python code based on the projector-augmented wave (PAW) method and the atomic simulation environment (ASE). It uses real-space uniform grids and multigrid methods, atom-centered basis-functions or plane-waves.

Please cite: J. J. Mortensen, L. B. Hansen and K. W. Jacobsen: Real-space grid implementation of the projector augmented wave method. (eprint) Physical Review B 71(3) (2005)
Gperiodic
Das Periodensystem der Elemente
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.10-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 40 users (28 upd.)*
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License: DFSG free
Git

GPeriodic ist ein kleines X/GTK+-basiertes Programm, welches das Periodensystem der Elemente darstellt und auch ausführlichere Informationen zu jedem Element liefert. Es umfasst z.Z. 118 Elemente.

Other screenshots of package gperiodic
VersionURL
3.0.3-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/016/659/large.png
Screenshots of package gperiodic
Grace
Werkzeug für graphische XY-Darstellungen und Auswertungen
Maintainer: Nicholas Breen
Versions of package grace
ReleaseVersionArchitectures
wheezy5.1.22-13amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch5.1.25-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.1.25-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.1.25-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze5.1.22-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid5.1.25-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.1.24-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package grace:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, learning, printing
works-withimage, image:vector, text
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 233 users (92 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Mit dem Werkzeug Grace kann der Benutzer mittels Mausklicks X-Y-Darstellungen erstellen. Dieses Programm hatte früher den Namen Xmgr.

Zu seinen Merkmalen gehören: benutzerdefinierte Skalierung, Skalenstriche, Beschriftungen, Symbole, Linienstile, Farben, Polynomiale Regression, Splines, gleitende Mittelwerte, DFT/FFT, Kreuz-/Auto-Korrelation, Batch-Modus für nicht interaktive Plots und Unterstützung der Druckausgabe für PostScript, FrameMaker und mehrere Bildformate.

Other screenshots of package grace
VersionURL
1:5.1.22-10https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/408/large.png
Screenshots of package grace
Graphviz
Große Sammlung von Werkzeugen für das Graphzeichnen
Versions of package graphviz
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.42.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.38.0-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze-security2.26.3-5+squeeze2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.42.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy-security2.26.3-14+deb7u2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.26.3-14+deb7u2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.26.3-5+squeeze2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster2.40.1-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.38.0-17amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package graphviz:
fieldmathematics
interfacecommandline, x11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeutility
uitoolkitathena, tk
useviewing
works-withgraphs, image, image:raster, image:vector
x11application
Popcon: 2328 users (2381 upd.)*
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License: DFSG free

Graphzeichnen widmet sich dem Problem der Visualisierung von strukturierter Information durch konstruieren geometrischer Darstellungen von abstrakten Graphen und Netzwerken. Automatische Generierung von Graphzeichnungen sind wichtige Anwendungen in Schlüsseltechnologien wie Datenbankdesign, Softwaretechnik, VLSI und Netzwerkdesign sowie visuelle Schnittstellen in anderen Bereichen. Situationen in denen diese Werkzeuge besonders nützlich sind, sind unter anderem:

  • Sie würden gerne ein Programm neu strukturieren und müssen erst die Beziehungen zwischen dessen Typen, Prozeduren und Quelldaten verstehen.
  • Sie müssen die Flaschenhälse in einem Internet-Backbone finden - nicht nur die individuellen Verknüpfungen, sondern deren Beziehungen.
  • Sie debuggen ein Protokoll oder eine Mikroarchitektur, dargestellt als endlicher Automat und müssen zuerst herausfinden, wie ein bestimmter Fehlerstatus zustande kommt.
  • Sie würden gerne ein Datenbankschema, eine Wissensdatenbank oder ein verteiltes Programm durchsehen, die grafisch dargestellt sind.
  • Sie möchten eine Übersicht einer Sammlung von verknüpften Dokumenten sehen.
  • Sie möchten Muster und Interessensgebiete in einer Datenbank von Telefonanrufen oder E-Mail-Nachrichten entdecken.

Dieses Paket enthält die Werkzeuge für die Kommandozeile.

Screenshots of package graphviz
Gsl-bin
GNU Scientific Library (GSL) -- binary package
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package gsl-bin
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental2.6+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.15+dfsg.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.14+dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.5+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.6
Debtags of package gsl-bin:
devellang:c
fieldmathematics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
suitegnu
Popcon: 93 users (94 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

The GNU Scientific Library (GSL) is a collection of routines for numerical analysis. The routines are written from scratch by the GSL team in C, and present a modern API for C programmers, while allowing wrappers to be written for very high level languages.

This package provides several example binaries.

URL: http://www.gnu.org/software/gsl/

Gwyddion
Werkzeug zur Visualisierung und Analyse von Daten der Rastersondenmikroskopie
Versions of package gwyddion
ReleaseVersionArchitectures
sid2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.47-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.38-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.28-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.20-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream2.54
Debtags of package gwyddion:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useanalysing, viewing
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 43 users (16 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Gwyddion ist ein modular aufgebautes Programm zur Visualisierung und Analyse von Daten der Rastersondenmikroskopie (Scanning Probe Microscopy - SPM). Es ist vor allem zur Analyse von Höhenfelddaten gedacht, welche durch Mikroskopietechniken wie

  • Rasterkraftmikroskopie (Atomic Force Microscopy - AFM),
  • Magnetkraftmikroskopie (Magnetic Force Microscopy - MFM),
  • Rastertunnelmikroskopie (Scanning Tunneling Microscopy - STM),
  • Optische Rasternahfeldmikroskopie (Near-field Scanning Optical Microscopy - SNOM oder NSOM) oder andere erhalten wurden. Es kann jedoch zur Analyse beliebiger Höhenfeld- und Bilddaten genutzt werden.

Dieses Paket beinhaltet das Hauptprogramm und seine Module. Es umfasst außerdem ein Programm für GNOME (und Xfce), welches Vorschauansichten für alle Gwyddion bekannten Dateitypen erstellt.

Gwyddions Python-Skripting-Schnittstelle Pygwy ist ebenfalls enthalten.

Please cite: David Nečas and Petr Klapetek: Gwyddion: an open-source software for SPM data analysis. (eprint) Central European Journal of Physics 10(1):181-188 (2012)
Registry entries: RRID  OMICtools 
Screenshots of package gwyddion
Libblas3
Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek
Versions of package libblas3
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.20110419-10amd64,armel,armhf,i386
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.20110419-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package libblas3:
roleshared-lib
Popcon: 15255 users (6006 upd.)*
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License: DFSG free
Git

BLAS (Basic Linear Algebra Subroutines) ist eine Sammlung von effizienten Routinen für die Mehrzahl der grundlegenden Vektor- und Matrizenoperationen. Sie werden häufig als Basis für andere qualitativ hochwertige Software für Lineare Algebra, z.B. lapack und linpack, verwendet. Diese Implementierung ist die bei netlib erhältliche Fortran-77-Referenzimplementierung.

Dieses Paket enthält eine gemeinsam genutzte Version der Bibliothek.

Libgsl0ldbl
GNU Scientific Library (GSL) -- Bibliothekspaket
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package libgsl0ldbl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.15+dfsg.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.16+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.14+dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream2.6
Debtags of package libgsl0ldbl:
fieldmathematics
roleshared-lib
suitegnu
works-withsoftware:running
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free

Die GNU Scientific Library (GSL) ist eine Programmsammlung für numerische Untersuchungen. Das GSL-Team hat die Programme von Grund auf in C geschrieben. Die Bibliothek ist eine moderne Schnittstelle für C-Programmierer, bietet aber auch die Möglichkeit, Wrapper für hoch entwickelte Programmiersprachen zu schreiben.

GSL enthält Datentypen und Routinen für komplexe Zahlen, Vektoren, Matrizen, grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra (BLAS), Eigensysteme, simuliertes Abkühlen (simulated annealing), Minimierung, Suche von Wurzeln, Pseudo-Zufallszahlen, die Methode der kleinsten Quadrate, Schnelle Fourier-Transformation (FFT), Differentialgleichungen, Lösung von Integralen, Monte-Carlo-Integration, spezielle Funktionen, physikalische Konstanten, Quadratur, Monte-Carlo-Algorithmus, spezielle Funktionen, physikalische Konstanten und mehr.

Dieses Paket enthält gemeinsame Bibliotheken, welche von mit GNU GSL übersetzte Programme zur Laufzeit aufgerufen werden. Zur Übersetzung Ihrer eigenen Programme müssen Sie libgsl0-dev installieren.

Liblapack3
Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version
Versions of package liblapack3
ReleaseVersionArchitectures
buster3.8.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.7.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
sid3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.1+dfsg-1+deb70u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package liblapack3:
roleshared-lib
Popcon: 12334 users (4927 upd.)*
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License: DFSG free
Git

LAPACK in der Version 3.0 ist eine umfassende FORTRAN-Bibliothek für Operationen der linearen Algebra, wie z.B. Matrizeninvertierung, Lösung von linearen Gleichungssystemen mit der Methode der kleinsten Quadrate, Eigenwertanalyse, Singulärwertzerlegung usw. Es ist ein sehr umfassendes und angesehenes Paket, das umfangreiche Verwendung in der wissenschaftlichen Gemeinschaft gefunden hat.

Dieses Paket enthält eine gemeinsam genutzte Version der Bibliothek.

Libssm-bin
macromolecular superposition library - binaries
Versions of package libssm-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SSM is a macromolecular coordinate superposition library, written by Eugene Krissinel of the EBI.

The library implements the SSM algorithm of protein structure comparison in three dimensions, which includes an original procedure of matching graphs built on the protein's secondary-structure elements, followed by an iterative three-dimensional alignment of protein backbone Calpha atoms.

This package contains the binaries of the libraries

Please cite: E. Krissinel and K. Henrick: Secondary-structure matching (SSM), a new tool for fast protein structure alignment in three dimensions. (PubMed,eprint) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 60(1):2256-68 (2004)
Mayavi2
Paket zur 2D- oder 3D-Visualisierung von wissenschaftlichen Daten
Versions of package mayavi2
ReleaseVersionArchitectures
buster4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.3.2-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.1.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.3.1-3.1amd64,armel,armhf,i386
sid4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4.7.1
Debtags of package mayavi2:
develexamples, lang:python
roleprogram
useviewing
Popcon: 51 users (33 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

MayaVi2 ist ein plattformübergreifendes Werkzeug zur 2D- und 3D-Visualisierung wissenschaftlicher Daten. Die Merkmale:

  • Visualisierung von skalaren, vektoriellen und Tensor-Daten in 2 und 3 Dimensionen
  • Einfache Skriptmöglichkeit mittels Python
  • Einfache Erweiterung mittels externer Quellen, Module und Datenfilter
  • Liest einige Datenformate: VTK (alt und XML), PLOT3D, usw.
  • Speichert Visualisierungen
  • Speichert berechnete Bilder in mehreren Bildformaten.

MayaVi2 wurde hinsichtlich Skriptschnittstelle und Erweiterbarkeit konzipiert. Während die Anwendung MayaVi2 an sich schon einsetzbar ist, kann sie auch als ein Envisage-Plugin verwendet werden, was die direkte Integration in Benutzerprogramme ermöglicht. Alternativ kann sie auch als Visualisierungs-Engine für beliebige Anwendungen verwendet werden.

Dieses Paket stellt auch eine Hülle für VTK-Objekte bereit (TVTK), um eine komfortable Python-API zu liefern, wobei Traits-Attribute und NumPy/SciPy-Arrays unterstützt werden. TVTK ist - bis auf ein kleines Erweiterungsmodul - in reinem Python implementiert.

Screenshots of package mayavi2
Mpich
Implementation of the MPI Message Passing Interface standard
Versions of package mpich
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.1-5amd64,armel,armhf,i386
buster3.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.3-3armel,armhf,mipsel
sid3.3.1-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
experimental3.3.1-2amd64,i386,mips64el,s390x
stretch3.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mpich:
adminbenchmarking, monitoring
networkhiavailability, load-balancing, scanner
scopeutility
usetransmission
Popcon: 67 users (61 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the program binaries necessary to run MPICH programs.

Mpqc
Massively Parallel Quantum Chemistry Program
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.3.1-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.3.1-14amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 32 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPQC is an ab-inito quantum chemistry program. It is especially designed to compute molecules in a highly parallelized fashion.

It can compute energies and gradients for the following methods:

  • Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
  • Density Functional Theory (DFT)
  • Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)

Additionally, it can compute energies for the following methods:

  • Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12)
  • Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
  • Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)

It also includes an internal coordinate geometry optimizer.

MPQC is built upon the Scientific Computing Toolkit (SC).

Nco
Command-line operators to analyze netCDF files
Versions of package nco
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.0.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster4.7.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.4.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid4.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.6.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package nco:
fieldmeteorology
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 40 users (9 upd.)*
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License: DFSG free
Git

NCO is a suite of programs known as operators. The operators are stand-alone, command-line programs executable in a POSIX shell. Operators take one or more netCDF files as input, perform operations (e.g., averaging, hyperslabbing), and produce a netCDF output file. NCO was originally designed to manipulate and analyze climate data, though it works on any netCDF format datasets.

Please cite: Charles S. Zender: Analysis of Self-describing Gridded Geoscience Data with netCDF Operators (NCO). (eprint) Environmental Modelling & Software 23(10):1338-1342 (2008)
Ncview
X11 visual browser for NetCDF format files
Versions of package ncview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.93g-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.8+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.7+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.93g-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.93g-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ncview:
fieldmeteorology
interfacex11
roleprogram
uitoolkitathena
useviewing
x11application
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Git

You would use ncview to get a quick and easy, push-button look at your NetCDF files. You can view simple movies of the data, view along various dimensions, take a look at the actual data values, change color maps, invert the data and other simple visual operations.

Screenshots of package ncview
Netcdf-bin
Programme zum Lesen und Schreiben von NetCDF-Dateien
Versions of package netcdf-bin
ReleaseVersionArchitectures
experimental4.6.2.1-1~exp2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.1.1-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.1.3-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.1.3-7.2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.4.1.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.6.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4.7.1
Debtags of package netcdf-bin:
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 119 users (43 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Dieses Paket enthält die Programme ncdump und ncgen, die NetCDF-Dateien in ASCII und zurück konvertieren können. NetCDF (network Common Data Form) ist eine Schnittstelle für den Zugriff auf wissenschaftliche Daten und eine frei verfügbare Softwarebibliothek, welche eine Implementierung dieses Interfaces bietet. Die netCDF-Bibliothek definiert auch ein maschinenunabhängiges Format zur Repräsentation von wissenschaftlichen Daten. Die Schnittstelle, die Bibliothek und das Format unterstützen zusammen die Erzeugung, den Zugriff und die Verteilung von wissenschaftlichen Daten.

Octave
GNU Octave - Sprache für numerische Berechnungen
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.4.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.1.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.2-5+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.8.2-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 792 users (409 upd.)*
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Octave ist eine (zum größten Teil zu Matlab (R) kompatible) höhere Programmiersprache, die hauptsächlich für numerische Berechnungen gedacht ist. Sie stellt eine komfortable Kommandozeilenschnittstelle zur numerischen Lösung linearer und nichtlinearer Probleme bereit.

Octave kann dynamisch mittels vom Anwender bereitgestellter C++-Dateien erweitert werden.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-doc texmacs
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
Openmpi-bin
Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien
Versions of package openmpi-bin
ReleaseVersionArchitectures
buster3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6.5-9.1+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental4.0.2~rc1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.4.2-4amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
wheezy1.4.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
Debtags of package openmpi-bin:
admincluster
fieldbiology, chemistry, mathematics, physics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 1429 users (1102 upd.)*
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Git

Das Projekt Open MPI kombiniert Methoden und Ressourcen aus mehreren anderen Projekten (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI und PACX-MPI), um die beste verfügbare MPI-Bibliothek (Message Passing Interface) zu verwirklichen. Als eine völlig neue, MPI-3.1-konforme Umsetzung bietet Open MPI Vorteile für System- und Software-Hersteller, Anwendungsentwickler und forschende Informatiker.

Merkmale:

  • vollständig konform zum MPI-3.1-Standard
  • Threadsicherheit und Nebenläufigkeit
  • dynamische Erzeugung von Prozessen
  • leistungsstark auf allen Plattformen
  • zuverlässige und schnelle Job-Verwaltung
  • tolerant gegenüber Netzwerk- und Prozessfehlern
  • unterstützt heterogene Netzwerke
  • eine einzelne Bibliothek unterstützt sämtliche Netzwerke
  • Instrumentierung zur Laufzeit
  • unterstützt viele Job-Scheduler
  • internationalsierte Fehlermeldungen
  • komponentenbasierter Entwurf, dokumentierte APIs

Dieses Paket enthält die Open-MPI-Dienstprogramme.

Openmx
package for nano-scale material simulations
Versions of package openmx
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.7.6-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.2.4.dfsg-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.5+dfsg1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.7.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package openmx:
fieldchemistry, physics
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OpenMX (Open source package for Material eXplorer) is a program package for nano-scale material simulations based on density functional theories (DFT), norm-conserving pseudopotentials and pseudo-atomic localized basis functions. Since the code is designed for the realization of large-scale ab initio calculations on parallel computers, it is anticipated that OpenMX can be a useful and powerful tool for nano-scale material sciences in a wide variety of systems such as biomaterials, carbon nanotubes, magnetic materials, and nanoscale conductors.

Screenshots of package openmx
Psi3
Quantum Chemical Program Suite
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.4.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
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PSI3 is an ab-initio quantum chemistry program. It is especially designed to accurately compute properties of small to medium molecules using highly correlated techniques.

It can compute energies and gradients for the following methods:

  • Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (RHF/ROHF) (including analytical hessians for RHF)
  • Closed shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
  • Complete active space SCF (CASSCF)
  • Coupled-cluster singles doubles (CCSD)
  • Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T)) (only for unrestricted (UHF) reference wavefunctions)

Additionally, it can compute energies for the following methods:

  • Unrestricted open shell Hartree-Fock (UHF)
  • Closed/open shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
  • Closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12) and spin-component scaled MP2 theory (SCS-MP2)
  • Multireference configuration-interaction (MRCI)
  • Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T))
  • Second/third-order approximate coupled-cluster singles doubles (CC2/CC3)
  • Multireference coupled-cluster singles doubles (MRCCSD)
  • Closed shell and general restricted open shell equation-of-motion coupled- cluster singles doubles (EOM-CCSD)

Further features include:

  • Flexible, modular and customizable input format
  • Excited state calculations with the CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF, MRCI and MRCCSD methods
  • Internal coordinate geometry optimizer
  • Harmonic frequencies calculations
  • One-electron properties like dipole/quadrupole moments, natural orbitals, electrostatic potential, hyperfine coupling constants or spin density
  • Utilization of molecular point-group symmetry to increase efficiency
Screenshots of package psi3
Python3-lmfit
Least-Squares Minimization with Constraints (Python 3)
Versions of package python3-lmfit
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.9.5+dfsg-2all
jessie0.8.0+dfsg.1-1all
sid0.9.11+dfsg-2all
buster0.9.11+dfsg-2all
bullseye0.9.11+dfsg-2all
upstream0.9.14
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The lmfit Python package provides a simple, flexible interface to non-linear optimization or curve fitting problems. The package extends the optimization capabilities of scipy.optimize by replacing floating pointing values for the variables to be optimized with Parameter objects. These Parameters can be fixed or varied, have upper and/or lower bounds placed on its value, or written as an algebraic expression of other Parameters.

The principal advantage of using Parameters instead of simple variables is that the objective function does not have to be rewritten to reflect every change of what is varied in the fit, or what relationships or constraints are placed on the Parameters. This means a scientific programmer can write a general model that encapsulates the phenomenon to be optimized, and then allow user of that model to change what is varied and fixed, what range of values is acceptable for Parameters, and what constraints are placed on the model. The ease with which the model can be changed also allows one to easily test the significance of certain Parameters in a fitting model.

The lmfit package allows a choice of several optimization methods available from scipy.optimize. The default, and by far best tested optimization method used is the Levenberg-Marquardt algorithm from MINPACK-1 as implemented in scipy.optimize.leastsq. This method is by far the most tested and best support method in lmfit, and much of this document assumes this algorithm is used unless explicitly stated. An important point for many scientific analysis is that this is only method that automatically estimates uncertainties and correlations between fitted variables from the covariance matrix calculated during the fit.

A few other optimization routines are also supported, including Nelder-Mead simplex downhill, Powell's method, COBYLA, Sequential Least Squares methods as implemented in scipy.optimize.fmin, and several others from scipy.optimize. In their native form, some of these methods setting allow upper or lower bounds on parameter variables, or adding constraints on fitted variables. By using Parameter objects, lmfit allows bounds and constraints for all of these methods, and makes it easy to swap between methods without hanging the objective function or set of Parameters.

Finally, because the approach derived from MINPACK-1 usin the covariance matrix to determine uncertainties is sometimes questioned (and sometimes rightly so), lmfit supports methods to do a brute force search of the confidence intervals and correlations for sets of parameters.

This is the Python 3 version of the package.

Python3-scipy
Wissenschaftliche Werkzeuge für Python 3
Versions of package python3-scipy
ReleaseVersionArchitectures
experimental1.3.1-1exp3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.0-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.18.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.10.1+dfsg2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.1.0-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.2-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.3.1
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SciPy ergänzt die populären NumPy-Module (das Paket python-numpy), indem eine Vielfalt von hochentwickelten Wissenschafts- und Technikmodulen zusammen in einem Paket geliefert werden.

SciPy ist ein Satz von quelloffenen wissenschaftlichen und numerischen Werkzeugen für Python. Es unterstützt derzeit spezielle Funktionen, Integrale, Gradientenoptimierung und genetische Algorithmen. Enthalten sind Werkzeuge für Parallelrechner, ein Gleichungslöser für gewöhnliche Differentialgleichungen (ODE), ein Programm, das Ausdrücke in C++-Code umsetzt und anderes mehr.

Dieses Paket stellt die Python-3-Version zur Verfügung.

Python3-sympy
Python3-Computeralgebrasystem (CAS)
Versions of package python3-sympy
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.3-2all
buster1.3-2all
sid1.3-2all
stretch1.0-3all
upstream1.4
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License: DFSG free
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SymPy ist eine Python-Bibliothek für symbolische Mathematik (Manipulation). Das Ziel ist ein komplett ausgestattetes Computeralgebrasystem (CAS) zu werden, während der Code so einfach wie möglich gehalten werden soll, um verständlich und einfach erweiterbar zu sein. SymPy wurde ausschließlich in Python geschrieben und benötigt keine externen Bibliotheken, außer für die optionale Unterstützung von Plots.

Dieses Paket enthält die Python-3-Version von sympy.

Pyxplot
Daten-Visualisierungsprogramm mit veröffentlichungsreifer Ausgabe
Maintainer: Stuart Prescott
Versions of package pyxplot
ReleaseVersionArchitectures
buster0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.8.3-1amd64,armel,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.8.4-5amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.9.2-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.9.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package pyxplot:
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scienceplotting, visualisation
useconverting, viewing
works-withtext
works-with-formatpdf, plaintext, postscript
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License: DFSG free
Git

Pyxplot ist ein vielseitiges Werkzeug zur Ausgabe von Graphen, eine wissenschaftliche Skriptsprache, eine Vektorgrafik-Suite und ein Datenverarbeitungspaket. Seine Oberfläche ist dafür ausgelegt, wiederkehrende Aufgaben - z.B. die Ausgabe beschrifteter Graphen von Daten - über kurze, einfache, intuitive Befehle erreichbar zu machen.

PyXPlot erzeugt hochwertige Darstellungen. Zu diesem Zweck wird der Text mit der gesamten Schönheit und Flexibilität des Textsatzprogramms LaTeX dargestellt.

Umfangreiche Dokumentation und Beispiele finden Sie im Paket pyxplot-doc. Eine Galerie beispielhafter Ausgaben ist auf der Website des Projekts verfügbar.

Quantum-espresso
Electronic-Structure and Ab-Initio Molecular Dynamics Suite
Versions of package quantum-espresso
ReleaseVersionArchitectures
sid6.3-4arm64,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch6.0-3amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.4.1-1amd64,i386
jessie5.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster6.3-4amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.3-4amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package quantum-espresso:
roleprogram
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License: DFSG free
Git

Quantum ESPRESSO (formerly known as PWscf) is an integrated suite of computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale. It is based on density-functional theory, plane waves, and pseudopotentials (both norm-conserving, ultrasoft, and PAW).

Features include:

  • Ground-state single-point and band structure calculations using plane-wave self-consistent total energies, forces and stresses
  • Separable norm-conserving and ultrasoft (Vanderbilt) pseudo-potentials, PAW (Projector Augmented Waves)
  • Various exchange-correlation functionals, from LDA to generalized-gradient corrections (PW91, PBE, B88-P86, BLYP) to meta-GGA, exact exchange (HF) and hybrid functionals (PBE0, B3LYP, HSE)
  • Car-Parrinello and Born-Oppenheimer Molecular Dynamics
  • Structural Optimization including transition states and minimum energy paths
  • Spin-orbit coupling and noncollinear magnetism
  • Response properties including phonon frequencies and eigenvectors, effective charges and dielectric tensors, Infrared and Raman cross-sections, EPR and NMR chemical shifts
  • Spectroscopic properties like K- and L1-edge X-ray Absorption Spectra (XAS) and electronic excitations
Please cite: P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch: QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials. J. Phys. Condens. Matter 21:395502 (2009)
Science-numericalcomputation
Debian Science Numerical Computation packages
Versions of package science-numericalcomputation
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.7all
sid1.11all
jessie1.4all
wheezy1.0all
buster1.10all
squeeze0.12all
bullseye1.11all
Debtags of package science-numericalcomputation:
devellang:lisp
rolemetapackage, shared-lib
Popcon: 14 users (27 upd.)*
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License: DFSG free
Git

This metapackage will install Debian Science packages useful for numerical computation. The packages provide an array oriented calculation and visualisation system for scientific computing and data analysis. These packages are similar to commercial systems such as Matlab and IDL.

Scilab
Wissenschaftliches Softwarepaket für numerische Berechnungen
Versions of package scilab
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5.1-7all
buster6.0.1-10all
wheezy5.3.3-10all
stretch5.5.2-4all
squeeze5.2.2-9all
sid6.0.1-10all
bullseye6.0.1-10all
Debtags of package scilab:
fieldelectronics, mathematics, physics, statistics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
useanalysing, learning
works-withimage
x11application
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Scilab ist ein matrixorientiertes, wissenschaftliches Softwarepaket. Es enthält hunderte integrierte mathematische Funktionen und reichhaltige Datenstrukturen (einschließlich Polynome, Brüche, lineare Systeme, Listen usw.). Beigelegt sind auch diverse spezifische Werkzeugsätze für Steuerung, Signalverarbeitung, …

Dieses Paket enthält außerdem Xcos, einen grafischen Editor zur Erstellung von Modellen für dynamische Hybridsysteme. Modelle können erstellt, geladen, abgespeichert, kompiliert und simuliert werden. Als stabile und effiziente Lösung für industrielle und akademische Anforderungen stellt Xcos Funktionalitäten zum Modellieren von mechanischen Systemen (Fahrzeug-, Flugtechnik, …), Hydraulikkreisläufen (Damm-, Rohrmodelle, …), Steuerungssystemen usw. bereit. Die Verwendung von Modelica ist möglich.

Das Paket »scilab-cli« installiert eine Minimalversion von Scilab.

Other screenshots of package scilab
VersionURL
5.2.2-2https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/950/large.png
Screenshots of package scilab
Udav
Bibliothek für wissenschaftliche Graphen (Fensterschnittstelle)
Versions of package udav
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.5.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.7.1.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.4.2.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.2.1-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package udav:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitqt
x11application
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Eine freie, plattformübergreifende Bibliothek schneller C++-Routinen, die Daten in bis zu drei Dimensionen plotten. Sie kann Plots in Bitmaps und die Vektordateitypen EPS, SVG und IDTF exportieren. Es gibt einfache Fensterschnittstellen, die auf GLUT, FLTK und/oder Qt basieren. MathGL kann ebenso auf der Konsole verwendet werden. Es sind Schnittstellen für eine Reihe von Sprachen vorhanden, beispielsweise C, Fortran, Pascal, Forth, Python und Octave.

Dieses Paket enthält die UDAV-Fensterumgebung, basierend auf MathGL.

V-sim
Visualisiert Atomstrukturen
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.7.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
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Git

V_Sim visualisiert Atomstrukturen wie Kristalle, Korngrenzen, Moleküle und so weiter (sowohl im binären Format oder auch im Textformat ASCII).

Die Darstellung erfolgt in »pseudo-3D« mit Kugeln (Atome) oder Pfeilen (Spins). Der Benutzer kann durch viele Funktionen eingreifen, um die Ansicht oder die Bindungen zu ändern, die Schnittebenen darzustellen, Oberflächen aus skalaren Feldern zu erstellen, Knoten zu duplizieren, die Geometrie zu vermessen… Mehr noch, V_Sim ermöglicht das Exportieren der Ansichten als Bild im PNG-, JPG-, PDF-Format (Bitmap), als SVG (Entwurf) und in andere Formate. Es sind auch einige Werkzeuge zum Einfärben von Atomen mittels Datenwerten oder zur Animation vieler Positionsdateien auf dem Bildschirm vorhanden.

Screenshots of package v-sim

Official Debian packages with lower relevance

Axiom
Allzweck-Computeralgebrasystem: Hauptprogramme und Module
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package axiom
ReleaseVersionArchitectures
buster20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy20120501-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze20100701-1.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,powerpc,s390,sparc
stretch20140801-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie20140801-6amd64,armel,armhf,i386
sid20170501-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package axiom:
develcompiler, interpreter
fieldmathematics
interfacetext-mode
roleprogram
scopeutility
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Axiom ist für die Erforschung und Entwicklung von mathematischen Algorithmen nützlich. Es definiert eine stark typisierte, mathematisch korrekte Typenhierarchie. Es hat eine Programmiersprache und einen eingebauten Compiler.

Axiom wird seit 1973 entwickelt und wurde als kommerzielles Produkt verkauft. Es wurde als Freie Software veröffentlicht.

Es laufen Bemühungen zur Erweiterung der Software:

 (a) Entwicklung einer besseren Nutzerschnittstelle
 (b) Nutzbarmachung als Lehrwerkzeug
 (c) Entwicklung eines Algebra-Serverprotokolls
 (d) Integration weiterer Mathematik
 (e) Neuaufbau der Algebra im »literate programming«-Stil
 (f) Integration logischer Programmierung
 (g) Entwicklung eines Axiom-Journals mit begutachteten Einreichungen.

Dieses Paket enthält das Hauptprogramm und alle vorkompilierten Algebra- und automatisch ladbaren Module.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Dx
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - Hauptpaket
Versions of package dx
ReleaseVersionArchitectures
buster4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.4.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.4.4-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.4.4-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.4.4-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze4.4.4-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package dx:
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
x11application
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Git

Data Explorer ist ein System von Werkzeugen und Benutzerschnittstellen zum Visualisieren von Daten. Generell lässt sich die Datenvisualisierung als ein dreistufiger Vorgang betrachten:

  1. Beschreiben und Importieren der Daten
  2. Die Daten mit einem Visualisierungsprogram verarbeiten
  3. Das resultierende Bild präsentieren
Dies ist das Hauptpaket.
Other screenshots of package dx
VersionURL
1:4.4.4-7https://screenshots.debian.net/screenshots/000/013/510/large.png
Screenshots of package dx
Dx-doc
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - documentation
Versions of package dx-doc
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.4.4-4all
buster4.4.4-12all
stretch4.4.4-9all
sid4.4.4-12all
bullseye4.4.4-12all
squeeze4.4.4-3all
jessie4.4.4-7all
Debtags of package dx-doc:
made-ofhtml
roledocumentation
uitoolkitmotif
useviewing
works-withimage
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Git

Data Explorer is a system of tools and user interfaces for visualizing data. In general terms the visualization of data can be considered a 3-stage process:

   1. Describing and importing data
   2. Processing the data through a visualization program
   3. Presenting the resulting image.
This is the documentation package. It includes online help and html

documentation.

Dxsamples
Beispiel-Programme für den OpenDX Data Explorer
Versions of package dxsamples
ReleaseVersionArchitectures
buster4.4.0-4all
jessie4.4.0-1all
wheezy4.2.0-1all
squeeze4.2.0-1all
sid4.4.0-4all
bullseye4.4.0-4all
stretch4.4.0-3all
Debtags of package dxsamples:
develexamples
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useviewing
works-withimage
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License: DFSG free
Git

Dieses Paket enthält Beispiel-Skripte und -Netzwerke für den OpenDX Data Explorer. Sie werden im OpenDX referenziert, können aber auch alleine zum Durchforsten und Untersuchen verwendet werden.

Feel++-apps
A library for the finite element method
Versions of package feel++-apps
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.99.0-final.1-1amd64,i386
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License: DFSG free
Svn

Provides some applications codes(source and executables) such as laplacian with cG and dG methods, stokes, heat transfer, solid mechanics(static and dynamic).

Feel++ is a versatile finite element library to solve partial differential equations

Support 1D, 2D, 3D

Support the following basic entities: simplices (segment, triangle, tetrahedron) and product of simplices (quadrangle, hexahedron)

Support various point sets on these basic entities: equispaced points, quadrature points, interpolation points (Gauss-Lobatto, Fekete, WarpBlend?)

Support continuous and discontinuous Galerkin methods

Support various polynomial sets:

  • Lagrange(continuous,discontinuous,all dimensions,all interpolation point sets)

  • Dubiner(discontinuous), boundary adapted(continuous)

  • Legendre(discontinuous), boundary adapted(continuous)

Provide mathematical concept for higher order abstraction (Function spaces and associated elements, forms and operators)

Provide a language embedded in C++ for variational formulations, projection and numerical integration

Gpiv
GUI-Programm für Particle Image Velocimetry
Versions of package gpiv
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.6.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.6.1-2.3amd64,armel,armhf,i386
squeeze0.6.1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gpiv:
uitoolkitgtk
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License: DFSG free

Gpiv ist ein GUI-Programm für die Particle Image Velocimetry. Es verwendet GTK/GNOME-Bibliotheken und gibt einen schnellen Überblick über die eingestellten Parameter der Messprozedur und ermöglicht die einfache Anpassung der Parameter, sowohl einfaches als auch mehrfaches Ausführen der Messungen, Visualisieren und Anzeigen der Ergebnisse. Die mit Gpiv durchführbaren Prozesse sind:

Bildbearbeitung, wie sie für PIV typischerweise benötigt wird.

Auswertung der Bilder, die zu Abschätzungen der Teilchenbewegungen führt.

Überprüfen der Daten auf Ausreißer, den »Peak-Locking«-Effekt und der Geschwindigkeitsgradienten im ausgewerteten Bereich.

Datenweiterverarbeitung: Datenmanipulation, räumliches und zeitliches Skalieren, um ein Geschwindigkeitsfeld aus dem PIV-Daten zu erhalten; Berechnung des räumlichen Mittels, der Wirbelstärke und Deformation.

Screenshots of package gpiv
Gpivtools
command line programs for Particle Image Velocimetry
Versions of package gpivtools
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.6.0-3.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.6.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.6.0-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package gpivtools:
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 1 users (0 upd.)*
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License: DFSG free

A collection of programs for images that are generated during a Particle Image Velocimetry (PIV) experiment. This is a technique to obtain the velocity field of a fluid flow quantitatively and is performed by tracking tracer particles that have been seeded to a fluid. The technique is also applied for observing deformations at surfaces of (solid) bodies. The package contains:

  • an image processing program for typical filtering and manipulation routines that may be convenient for PIV.
  • an image interrogation program resulting into estimators of particle image displacements.
  • validation programs to test on outliers, peak-locking effect and velocity gradients.
  • post-processing programs for data manipulation (flipping, rotation etc), spatial and time scaling, calculation of spatial averages and derivative quantities from the PIV data, like vorticity and strain.
  • miscellaneous programs and scripts to perform image format conversion, batch-processing, pipeline processing (image evaluation, validation and post-processing at once), calculation of time averages from a series of PIV data sets, data-visualization and data-manipulation.

All programs start with gpiv_.

This package contains all files used by gpivtools and gpivtools-mpi, like the man pages.

Hdf5-helpers
Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - Hilfswerkzeuge
Versions of package hdf5-helpers
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy-security1.8.8-9+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.8.8-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.10.5+repack-1~exp8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.10.5
Popcon: 380 users (308 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

HDF5 ist ein Dateiformat und eine Bibliothek, um wissenschaftliche Daten zu speichern. HDF5 wurde entworfen und entwickelt, um die Unzulänglichkeiten von HDF4.x anzugehen. Es hat ein mächtigeres und flexibleres Datenmodell und unterstützt Dateien größer als 2 GB und parallele Ein-/Ausgabe.

Dieses Paket enthält Hilfswerkzeuge für HDF5.

Hdf5-tools
Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - Laufzeitprogramme
Versions of package hdf5-tools
ReleaseVersionArchitectures
sid1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.8.4-patch1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.8.8-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
wheezy-security1.8.8-9+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
jessie1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
jessie-security1.8.13+docs-15+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.10.0-patch1+docs-3+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.10.4+repack-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.10.5+repack-1~exp8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.10.5
Debtags of package hdf5-tools:
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useconverting
Popcon: 87 users (85 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

HDF5 ist ein Dateiformat und eine Bibliothek, um wissenschaftliche Daten zu speichern. HDF5 wurde entworfen und entwickelt, um die Unzulänglichkeiten von HDF4.x anzugehen. Es hat ein mächtigeres und flexibleres Datenmodell und unterstützt Dateien größer als 2 GB und parallele Ein-/Ausgabe.

Dieses Paket enthält Laufzeitprogramme für HDF5.

Libgraphviz-perl
Perl interface to the GraphViz graphing tool
Versions of package libgraphviz-perl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.10-1all
squeeze2.04-1all
jessie2.16-1all
stretch2.22-1all
buster2.22-1all
bullseye2.22-1all
sid2.22-1all
upstream2.24
Debtags of package libgraphviz-perl:
devellang:perl, library
works-withimage, image:raster, image:vector
Popcon: 170 users (81 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This module provides an interface to layout and image generation of directed and undirected graphs in a variety of formats (PostScript, PNG, etc.) using the "dot", "neato", "twopi", "circo" and "fdp" programs from the GraphViz project (http://www.graphviz.org/ or http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/).

Maxima
Computer-Algebra-System -- grundlegendes System
Maintainer: Camm Maguire
Versions of package maxima
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.38.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.42.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.34.1-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.27.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.21.1-2squeezeamd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream5.43.0
Debtags of package maxima:
fieldmathematics
roleprogram
Popcon: 396 users (133 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free

Maxima ist ein Programm für Symbolisches Rechnen. Es bietet alle Möglichkeiten der symbolischen Manipulation von Polynomen, Matrizen, rationalen Funktionen, Integration, Todd-Coxeter-Methoden zur Analyse von finiten Gruppen, Zeichnen von Graphen und Berechnung von Fließkommazahlen mehrfacher Genauigkeit. Es enthält einen symbolischen Debugger auf Quellcode-Ebene für Maxima-Programmcode. Maxima beruht auf dem in den 1970ern am MIT entwickelten Macsyma. Es ist weitgehend verlässlich, verfügt über eine gute Speicherbereinigung und ist frei von Speicherlecks. Es ist mit Hunderten von Selbsttests ausgestattet.

Dieses Paket enthält die Hauptprogramme und die grundlegenden Systemdateien.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Mpich-doc
Documentation for MPICH
Versions of package mpich-doc
ReleaseVersionArchitectures
sid3.3.1-1all
jessie3.1-5all
buster3.3-3all
experimental3.3.1-2all
bullseye3.3-3all
sid3.3-3all
stretch3.2-7all
Debtags of package mpich-doc:
networkhiavailability, load-balancing, service
roledocumentation
works-withnetwork-traffic
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the MPI-3.1 standard from the Argonne National Laboratory. It efficiently supports different computation and communication platforms including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and high-speed networks. This release has all MPI 3.1 functions and features required by the standard with the exception of support for the "external32" portable I/O format and user-defined data representations for I/O.

This package includes the MPICH documentation.

Netcdf-doc
Documentation for NetCDF
Versions of package netcdf-doc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.1.1-5all
bullseye4.6.2-1all
wheezy4.1.3-6all
stretch4.4.1.1-2all
jessie4.1.3-7.2all
experimental4.6.2.1-1~exp2all
sid4.6.2-1all
buster4.6.2-1all
upstream4.7.1
Debtags of package netcdf-doc:
made-ofhtml, info, postscript
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

NetCDF (network Common Data Form) is an interface for scientific data access and a freely-distributed software library that provides an implementation of the interface. The netCDF library also defines a machine-independent format for representing scientific data. Together, the interface, library, and format support the creation, access, and sharing of scientific data.

This package contains documentation for the NetCDF library in a variety of formats.

Openmpi-doc
Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Handbuchseiten
Versions of package openmpi-doc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.1.3-11all
jessie1.6.5-9.1+deb8u1all
wheezy1.4.5-1all
sid3.1.3-11all
stretch2.0.2-2all
experimental4.0.2~rc1-1all
buster3.1.3-11all
squeeze1.4.2-4all
Debtags of package openmpi-doc:
develdoc, examples
made-ofman
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Das Projekt Open MPI kombiniert Methoden und Ressourcen aus mehreren anderen Projekten (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI und PACX-MPI), um die beste verfügbare MPI-Bibliothek (Message Passing Interface) zu verwirklichen. Als eine völlig neue, MPI-3.1-konforme Umsetzung bietet Open MPI Vorteile für System- und Software-Hersteller, Anwendungsentwickler und forschende Informatiker.

Dieses Paket enthält Handbuchseiten, die den MPI-Standard beschreiben.

Pymca
Applications and toolkit for X-ray fluorescence analysis -- scripts
Versions of package pymca
ReleaseVersionArchitectures
sid5.5.2+dfsg-3all
wheezy4.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.7.4+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch5.1.3+dfsg-1all
buster5.4.3+dfsg-1all
bullseye5.5.2+dfsg-3all
Popcon: 14 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMca is set of applications and Python libraries for analysis of X-ray fluorescence spectra.

The applications included in this package are:

  • edfviewer - Display and inspection of data files in ESRF Data Format
  • elementsinfo - Displays element specific X-ray data
  • mca2edf - Converts files from SPEC MCA format to EDF
  • peakidentifier - Displays X-ray fluorescence peaks in a given energy range
  • pymcabatch - Batch fitting of spectra
  • pymcapostbatch - Post-processing of batch fitting results
  • pymca - Interactive data-analysis
  • pymcaroitool - Region-of-interest (ROI) imaging tool

The PyMca toolkit can read data files in SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA and SupaVisio formats.

This are the scripts of the package.

Screenshots of package pymca
Python3-pygraphviz
Python interface to the Graphviz graph layout and visualization package (Python 3)
Maintainer: Sandro Tosi
Versions of package python3-pygraphviz
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4~rc1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 22 users (34 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pygraphviz is a Python interface to the Graphviz graph layout and visualization package.

With Pygraphviz you can create, edit, read, write, and draw graphs using Python to access the Graphviz graph data structure and layout algorithms.

This package contains the Python 3 version of python-pygraphviz.

Qtiplot
Datenanalyse und wissenschaftliche Plots
Versions of package qtiplot
ReleaseVersionArchitectures
buster0.9.8.9-18amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.8.9-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.9.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie0.9.8.9-9amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.9.8.8-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package qtiplot:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 76 users (39 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Qtiplot ist eine vollständige Plotsoftware. Sie ähnelt dem Programm Origin der Firma OriginLab. (Unter http://www.originlab.com finden Sie weitere Informationen über Origin.)

Die Software kann zwei- und dreidimensionale, veröffentlichungsreife Plots von Datensätzen und Funktionen erzeugen. Es können Näherungsfunktionen gefunden werden, sowohl nichtlinear als auch an/für mehrere Spitzen.

Einige Möglichkeiten:

  • plattformübergreifend: Qtiplot funktioniert nativ auf Rechnern mit Windows, Mac OS X und Linux/Unix
  • vollständig durch Python-Skripte steuerbar
  • 3D-Plots mit OpenGL
  • publikationsfähige Plots und einfacher Export in verschiedene Bildformate (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, etc.)
  • einfache Zusammenarbeit mit dem Satzsystem LaTeX
  • leistungsfähige und vielfältige Arbeitsblätter und Berechnungen in Spalten-Logik sowie einfacher Import/Export von mehreren Dateien
  • Zugriff auf umfangreiche eingebaute Datenanalye-Routinen mit einem Klick
  • fortgeschrittene statistische Analysen: t-Test, Varianzanalyse, Chi-Quadrat-Test für Varianz, Signifikanztest (Shapiro-Wilk-Test)
  • lineare und nichtlineare Kurvenanpassung mit Gewichtung und Schätzung der statistischen Fehler der ermittelten Parameter
  • Anpassung an mehrere Peaks
  • Werkzeuge für Bildanalysen
  • Unterstützung von Vorlagen: alle Einstellungen für Plots, Tabellen und Matrizen können in ASCII-Dateien gespeichert und später wieder geladen werden.
  • verzeichnisbasierte Projektdateien und ein mächtiger Projekt-Explorer mit eingebautem Drag-and-Drop und Suchmöglichkeiten
  • kompletter Import von Excel-Arbeitsbüchern und ODF-Arbeitsblättern (Open Document Format), dBase-, SQLite- sowie Microsoft-Access-Datenbanken
Screenshots of package qtiplot
Scidavis
Anwendung für wissenschaftliche Datenanalyse und Visualisierung
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package scidavis
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.D13-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.2.4-3.3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.2.4-1amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package scidavis:
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitqt
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 20 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

SciDAVis ist eine freie interaktive Anwendung für Datenanalyse und Plotten in Publikationsqualität. Sie kombiniert eine flache Lernkurve und eine intuitive, einfach zu bedienende grafische Benutzeroberfläche mit leistungsstarken Funktionen wie Skriptfähigkeit und Erweiterbarkeit.

SciDAVis ähnelt in ihrem Anwendungsbereich proprietären Windows-Programmen wie Origin und SigmaPlot sowie freien Anwendungen wie QtiPlot, Labplot und Gnuplot.

Was SciDAVis von den oben genannten unterscheidet ist das starke Bestreben, gleichermaßen neuen und erfahrenen Anwendern eine freundliche und offene Umgebung bereitzustellen.

Screenshots of package scidavis
Science-mathematics
Debian Science: Mathematik-Pakete
Versions of package science-mathematics
ReleaseVersionArchitectures
buster1.10all
wheezy1.0all
jessie1.4all
sid1.11all
bullseye1.11all
squeeze0.12all
stretch1.7all
Debtags of package science-mathematics:
fieldmathematics
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 11 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dieses Metapaket installiert Debian-Science-Pakete mit Bezug zur Mathematik. Vielleicht ist auch das Debtag field::mathematics und, je nach Ihrem Fokus, das Metapaket education-mathematics für Sie von Interesse.

Science-statistics
»Debian Science« Statistik-Pakete
Versions of package science-statistics
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.4all
sid1.11all
wheezy1.0all
bullseye1.11all
buster1.10all
stretch1.7all
squeeze0.12all
Debtags of package science-statistics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 13 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dieses Metapaket ist Teil des Debian Pure Blend »Debian Science« und installiert Pakete im Zusammenhang zum Begriff Statistiken. Dieser Task ist ein allgemeiner Task, welcher nützlich ist für alle wissenschaftlichen Arbeiten. Das Paket hängt von einer Reihe von R-Paketen ab, genau so wie von anderen Werkzeugen, die nützlich für die Anwendung von Statistik sind. Des weiteren ist der Task Mathematik-Wissenschaften empfohlen, um optionale Mathematik-Software zu installieren.

Debian packages in contrib or non-free

Horae
interactive graphical processing and analysis of EXAFS data
Versions of package horae
ReleaseVersionArchitectures
squeeze071~svn533-1 (contrib)all
buster071~svn537-2.1 (contrib)all
bullseye071~svn537-2.1 (contrib)all
sid071~svn537-2.1 (contrib)all
stretch071~svn537-2.1 (contrib)all
wheezy071~svn536-1 (contrib)all
Debtags of package horae:
fieldchemistry, physics
roleprogram
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

ATHENA is an interactive graphical utility for processing EXAFS data. It handles most of the common data handling chores of interest, including deglitching, aligning, merging, background removal, and Fourier transforms.

ARTEMIS is an interactive graphical utility for fitting EXAFS data using theoretical standards from FEFF and sophisticated data modelling along with flexible data visualization and statistical analysis.

HEPHAESTUS is a souped up periodic table for the x-ray absorption spectroscopist. It provides a number of utilities involving tables of absorption coefficients and other chemical data.

Ifeffit
Interactive XAFS analysis program
Versions of package ifeffit
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
stretch1.2.11d-10.1 (contrib)amd64,i386
jessie1.2.11d-9.1 (contrib)amd64,i386
wheezy1.2.11d-8 (contrib)amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.2.11d-6 (contrib)amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
bullseye1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
Debtags of package ifeffit:
scopeapplication
uitoolkitncurses
x11application
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

IFEFFIT is an interactive program for XAFS analysis. It combines the high-quality analysis algorithms of AUTOBK and FEFFIT with graphical display of XAFS data and general data manipulation.

IFEFFIT comes as a command-line program, but the underlying functionality is available as a programming library. The IFEFFIT library can be used from C, Fortran, Tcl, Perl, and Python. This allows a variety of user interfaces (both graphical and non-graphical) to be written around IFEFFIT. Currently, three graphical user interfaces: G.I.FEFFIT, ATHENA/ARTEMIS, and SIXPACK are built on the underlying IFEFFIT library. IFEFFIT and all three GUIs are under active development, but are fairly well tested and ready for use.

Sixpack
full-featured package for XAS analysis
Maintainer: Carlo Segre
Versions of package sixpack
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.68-1 (contrib)all
squeeze0.66-3 (contrib)all
wheezy0.68-1 (contrib)all
Debtags of package sixpack:
roleprogram
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components

Sam's Interface for XAS Package, or SIXPack for short, is the unification of the previously named SamXAS and SamView programs into a single analysis package. Thus the package can guide the user through data averaging and calibration, background removal, and many aspects of fitting.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

Unofficial packages built by somebody else

Octaviz
3D visualization system for Octave
License: unknown

Octaviz is a visualization system for Octave. It is a wrapper that makes all VTK classes accessible from within Octave using the same object-oriented syntax as in C++ or Python. Octaviz also provides high-level functions for 2D and 3D visualization. Using those functions, most common visualization tasks (3D surface plots, contour plots etc) can be accomplished without any knowledge about VTK.

Remark of Debian Science team: Removed from Debian

This package was removed from Debian but some versions are available from http://snapshot.debian.org/

Reasons are given here: http://bugs.debian.org/535537

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Exciting - wnpp
All-electron full-potential electronic-structure code
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

exciting is a full-potential all-electron Density-Functional-Theory (DFT) package based on the Linearized Augmented Plane-Wave (LAPW) method.

It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic species involved, and also allows for the investigation of the atomic-core region.

We particularly focus on excited state properties, within the framework of time-dependent DFT (TDDFT) as well as within many-body perturbation theory (MBPT).

No known packages available

Ape
Atomic pseudopotential generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

APE (Atomic Pseudopotential Engine) is a tool for generating atomic pseudopotentials within the Density-Functional Theory framework. It produces pseudopotential files suitable for use with SIESTA, OCTOPUS and ABINIT.

Atompaw
PAW atomic dataset generator
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The computer program atompaw generates projector and basis functions which are needed for performing electronic structure calculations based on the Projector-Augmented Wave (PAW) method. The program is applicable to materials throughout the periodic table. It produces an output file containing the projector and basis functions and the corresponding matrix elements in a form which can be read be the PWPAW and ABINIT codes. Additional data files are also produced which can be used to help evaluate the accuracy and efficiency of the generated functions.

Bigdft
Wavelet-based electronic-structure calculations
Responsible: Damien Caliste
License: GPL
Debian package not available

BigDFT is a DFT-based massively parallel electronic structure code using a wavelet basis set. Wavelets constitute a real space basis set distributed on an adaptive mesh (two levels of resolution in our implementation).

Thanks to our Poisson solver based on a Green function formalism, periodic systems, surfaces and isolated systems can be simulated with the proper boundary conditions. GTH or HGH pseudopotentials are used to remove the core electrons.

The Poisson solver is also integrated in ABINIT, OCTOPUS and CP2K.

Please cite: L. Genovese, A. Neelov, S. Goedecker, T. Deutsch, S. A. Ghasemi, A. Willand, D. Caliste, O. Zilberberg, M. Rayson, A. Bergman, R. Schneider: Daubechies wavelets as a basis set for density functional pseudopotential calculations. (2008)
Liblevmar-2-6
Levenberg-Marquardt nonlinear least squares algorithms
Responsible: Yann Pouillon
License: GPL
Debian package not available

The Levenberg-Marquardt (LM) algorithm is an iterative technique that finds a local minimum of a function that is expressed as the sum of squares of nonlinear functions. It has become a standard technique for nonlinear least-squares problems and can be thought of as a combination of steepest descent and the Gauss-Newton method.

This library provides native ANSI C implementations of the Levenberg-Marquardt optimization algorithm, usable also from C++, Matlab, Perl, Python, Haskell and Tcl. Both unconstrained and constrained (under linear equations, inequality and box constraints) Levenberg-Marquardt variants are included.

Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/levmar
Octopus
Real-space TDDFT-based electronic-structure code
Responsible: Miguel Marques
License: LGPL
Debian package not available

Octopus is a scientific program aimed at the ab initio virtual experimentation on a hopefully ever-increasing range of system types. Electrons are described quantum-mechanically within Density-Functional Theory (DFT), in its Time-Dependent form (TDDFT) when doing simulations in time. Nuclei are described classically as point particles. Electron-nucleus interaction is described within the pseudopotential approximation.

Please cite: A. Castro, H. Appel, M. Oliveira, C.A. Rozzi, X. Andrade, F. Lorenzen, M. A. L. Marques, E. K. U. Gross, A. Rubio: octopus: a tool for the application of time-dependent density functional theory. (2006)
Wannier90-1
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

This is an old version still used by several packages. A patched version compatible with the ETSF Software Suite is available from https://launchpad.net/wannier90.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
Remark of Debian Science team: packaging efforts can be found at https://launchpad.net/wannier90
Wannier90-2
Maximally Localized Wannier Functions
Responsible: Arash Mostofi
License: GPL
Debian package not available

Wannier90 is an electronic-structure software computing maximally-localized Wannier functions (MLWF). It works on top of other electronic-structure software, such as Abinit, FLEUR, and PwSCF.

Please cite: A. A. Mostofi, J. R. Yates, Y.-S. Lee, I. Souza, D. Vanderbilt, N. Marzari: A Tool for Obtaining Maximally-Localised Wannier Functions. (2008)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203432