Debian Science Project
Summary
Image analysis
pacchetti Debian Science per analisi di immagini

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian Science relativi all'acquisizione di immagini scientifiche. Potrebbe essere utile in diversi campi scientifici (come lo sono per esempio science-dataacquisition, science-viewing e science-typesetting).

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

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Debian Science Image analysis packages

Official Debian packages with high relevance

Gpiv
interfaccia grafica per Particle Image Velocimetry
Versions of package gpiv
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.6.1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.6.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.6.1-2.3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gpiv:
uitoolkitgtk
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Gpiv è un'interfaccia grafica che utilizza le librerie GTK/GNOME per Particle Image Velocimetry (PIV). Il programma fornisce una vista generale per impostare rapidamente i parametri dei processi e permette di modificarli comodamente, esegue i processi individualmente o in cascata, visualizza i risultati. I processi che possono essere invocati da Gpiv sono:

elaborazione di immagini: manipolazioni di immagini tipiche che possono essere necessarie per le interrogazioni di PIV;

interrogazione di immagini, risultanti in estimatori delle posizioni delle particelle delle immagini;

validazione dei dati per testare sui contorni, effetto di peak-locking e velocità dei gradienti sull'area di interrogazione;

post-elaborazione dei dati: manipolazione dei dati, graduazione temporale e spaziale per ottenere un campo di velocità dai dati del PIV, calcolo delle medie speziali, dei vortici e della tensione.

Screenshots of package gpiv
Gpivtools
programmi a riga di comando per la PIV, velocimetria ad immagini di particelle
Versions of package gpivtools
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.6.0-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.6.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.6.0-3.1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gpivtools:
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Una raccolta di programmi per elaborare le immagini generate durante un esperimento PIV (velocimetria ad immagini di particelle), una tecnica per misurare quantitativamente il campo di velocità di un flusso mediante particelle "traccianti" che sono state preventivamente disperse nel fluido. Questa tecnica è anche usata per osservare deformazioni vicino alle superfici di corpi solidi. Il pacchetto contiene:

  • un programma di elaborazione immagini con le tipiche routine di filtraggio e manipolazione che tornano utili in un esperimento PIV;
  • un programma di interpretazione delle immagini che produce stime dello spostamento delle particelle;
  • programmi di validazione per testare valori anomali (outlier), effetto peak-locking e gradienti di velocità;
  • programmi di post-elaborazione per manipolare dati (ribaltare, ruotare, ecc.), scalare nello spazio e nel tempo, calcolare medie spaziali e grandezze derivate, come la vorticità e la deformazione;
  • vari programmi e script per la conversione di formati, l'elaborazione in batch e in pipe (valutazione, validazione e post-elaborazione in un colpo solo), il calcolo di medie temporali a partire da una serie di dati provenienti da più esperimenti PIV, la visualizzazione e la manipolazione di dati.

Ogni programma inizia con "gpiv_".

Questo pacchetto contiene tutti i file usati da gpivtools e gpivtools-mpi, come le pagine di manuale.

Gwyddion
strumento per visualizzazione ed analisi con microscopia a scansione di sonda
Versions of package gwyddion
ReleaseVersionArchitectures
sid2.55-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.20-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.28-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.38-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.47-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.55-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gwyddion:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useanalysing, viewing
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 47 users (43 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gwyddion è un programma modulare per la visualizzazione e l'analisi di dati ottenuti con microscopia a sonda a scansione (SPM, Scanning Probe Microscopy). È principalmente pensato per l'analisi di dati nel campo dell'altezza ottenuti con tecniche di microscopia quali:

  • microscopia a forza atomica (AFM);
  • microscopia a forza magnetica (MFM);
  • microscopia a scansione per effetto tunnel (STM);
  • microscopia ottica a scansione in campo prossimo (SNOM o NSOM) e altri. Tuttavia può essere usato per analisi di immagini e campi altezza arbitrari.

Questo pacchetto contiene l'applicazione principale ed i suoi moduli. Contiene anche un creatore di miniature per GNOME, e Xfce, che crea anteprime per tutti i tipi di file gestiti da Gwyddion.

Please cite: David Nečas and Petr Klapetek: Gwyddion: an open-source software for SPM data analysis. (eprint) Central European Journal of Physics 10(1):181-188 (2012)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gwyddion
Limereg
Lightweight Image Registration
Versions of package limereg
ReleaseVersionArchitectures
sid1.4.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Applicazione a riga di comando per la registrazione di immagini. Trova automaticamente un allineamento ottimale di due immagini di input, che rende entrambe più simili una all'altra. Fornisce in output i parametri delle trasformazioni rigide (spostamento e rotazione) o l'immagine (trasformata/allineata) registrata.

Veloce algoritmo fondato su ottimizzazioni analitiche basate su derivate con un approccio multilivello e senza costose matrici sparse.

Screenshots of package limereg
Teem-apps
strumenti per elaborare e visualizzare dati e immagini scientifici - strumenti a riga di comando
Versions of package teem-apps
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.11.0~svn5226-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.11.0~svn5226-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.11.0~svn6057-1.1amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,s390x
sid1.12.0~20160122-3amd64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.12.0~20160122-2arm64
squeeze1.10.0.dfsg1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package teem-apps:
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 7 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Teem è un gruppo coordinato di librerie per rappresentare, elaborare e visualizzare dati scientifici raster. Teem comprende strumenti a riga di comando che permettono di applicare velocemente le funzioni della libreria a file e flussi, senza dover scrivere codice. Le librerie più importanti e utili in Teem sono:

  • Nrrd (e lo strumento a riga di comando unu che ne fa uso) gestisce una gamma di operazioni per trasformare dati raster a N dimensioni (ricampionamento, ritaglio, estrazione, proiezione, istogramma, ecc.), così come il formato di file NRRD per memorizzare array e le loro meta-informazioni;
  • Gage: veloci misurazioni basate su convoluzione in posizioni di punti arbitrari in insiemi di dati di volume (scalare, vettore, tensore, ecc.);
  • Mite: uno strumento di rendering ray-casting multi-thread con funzioni di trasferimento basate su qualsiasi quantità misurabile da Gage;
  • Ten: per stima, elaborazione e visualizzazione di campi tensoriali di diffusione, compresi metodi di trattografia di fibre.

Questo pacchetto contiene alcuni semplici strumenti a riga di comando che forniscono accesso veloce e facile alle funzionalità nelle varie librerie.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203169