Debian Science Project
Summary
Image analysis
Pakiety naukowe Debiana do analizowania obrazów

Ten metapakiet zainstaluje pakiety naukowe Debiana związane z pozyskiwaniem obrazów naukowych. Może być wykorzystywany w kilku dziedzinach (jak np. w pozyskiwaniu danych naukowych, przeglądaniu informacji naukowych oraz ich składaniu).

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Image analysis packages

Official Debian packages with high relevance

Gpiv
Program z GUI do Particle Image Velocimetry
Versions of package gpiv
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.6.1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.6.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.6.1-2.3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gpiv:
uitoolkitgtk
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Gpiv jest programem z graficznym interfejsem użytkownika (używającym bibliotek GTK/GNOME) do Particle Image Velocimetry (PIV). Program umożliwia szybkie przeglądanie i łatwą zmianę ustawień parametrów procesów, uruchamianie procesów indywidualnie lub w ciągu łańcuchowym, oraz wizualizację i wyświetlanie wyników. Gpiv wywołuje następujące procesy:

Przetwarzanie obrazu: typowe manipulacje obrazem, które mogą być potrzebne do śledzenia PIV.

Prześledzenie zawartości obrazu w celu określenia estymatorów przemieszczania cząsteczek w obrazach.

Sprawdzanie poprawności danych w testach na wartości skrajne, efektu zablokowania szczytowego i gradientów prędkości na śledzonych obszarach.

Końcowe przetwarzanie danych: manipulowanie danymi, czasoprzestrzenne skalowanie w celu uzyskania zakresu prędkości na podstawie danych PIV, obliczanie średnich przestrzennych, zawirowań i natężenia (przepływu cieczy).

Screenshots of package gpiv
Gpivtools
command line programs for Particle Image Velocimetry
Versions of package gpivtools
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.6.0-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.6.0-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.6.0-3.1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gpivtools:
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

A collection of programs for images that are generated during a Particle Image Velocimetry (PIV) experiment. This is a technique to obtain the velocity field of a fluid flow quantitatively and is performed by tracking tracer particles that have been seeded to a fluid. The technique is also applied for observing deformations at surfaces of (solid) bodies. The package contains:

  • an image processing program for typical filtering and manipulation routines that may be convenient for PIV.
  • an image interrogation program resulting into estimators of particle image displacements.
  • validation programs to test on outliers, peak-locking effect and velocity gradients.
  • post-processing programs for data manipulation (flipping, rotation etc), spatial and time scaling, calculation of spatial averages and derivative quantities from the PIV data, like vorticity and strain.
  • miscellaneous programs and scripts to perform image format conversion, batch-processing, pipeline processing (image evaluation, validation and post-processing at once), calculation of time averages from a series of PIV data sets, data-visualization and data-manipulation.

All programs start with gpiv_.

This package contains all files used by gpivtools and gpivtools-mpi, like the man pages.

Gwyddion
Narzędzie do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM)
Versions of package gwyddion
ReleaseVersionArchitectures
sid2.55-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.20-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.28-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.38-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.47-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.52-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.55-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.56
Debtags of package gwyddion:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useanalysing, viewing
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 48 users (7 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Gwyddion jest modularnym programem do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM). Przeznaczony jest głównie do analizy danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości, otrzymanych przy pomocy następujących technik:

  • Mikroskop Sił Atomowych (AFM),
  • Mikroskop Sił Magnetycznych (MFM),
  • Skaningowy Mikroskop Tunelowy (STM),
  • Mikroskop Optyczny Bliskiego Pola (SNOM lub NSOM) i wiele innych. Może być również użyty do arbitralnej analizy obrazów danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości.

Pakiet zawiera główną aplikację i jej moduły. Zawiera również program Thumbnailer do GNOME (i Xfce), który tworzy podgląd wszystkich typów plików obsługiwanych przez program Gwyddion.

Please cite: David Nečas and Petr Klapetek: Gwyddion: an open-source software for SPM data analysis. (eprint) Central European Journal of Physics 10(1):181-188 (2012)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gwyddion
Limereg
Lekka rejestracja obrazu
Versions of package limereg
ReleaseVersionArchitectures
sid1.4.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Aplikacja wiersza poleceń do rejestracji obrazu. Program automatycznie wyszukuje optymalne wyrównanie dwóch obrazów wejściowych, dzięki czemu są one do siebie maksymalnie upodobnione. Program generuje sztywne parametry transformacji (przesunięcia i obrotu) oraz/lub zarejestrowany (przekształcony/wyrównany) obraz.

Jest to szybki algorytm bazujący na pochodnej analitycznej, opartej na optymalizacji z wielopoziomowym podejściem, i nie korzystający z drogich macierzy rzadkich.

Screenshots of package limereg
Teem-apps
Tools to process and visualize scientific data and images - command line tools
Maintainer: Debian Science Team
Versions of package teem-apps
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.11.0~svn5226-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.11.0~svn5226-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.11.0~svn6057-1.1amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,s390x
sid1.12.0~20160122-3amd64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.12.0~20160122-2arm64
squeeze1.10.0.dfsg1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package teem-apps:
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 7 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Teem is a coordinated group of libraries for representing, processing, and visualizing scientific raster data. Teem includes command-line tools that permit the library functions to be quickly applied to files and streams, without having to write any code. The most important and useful libraries in Teem are:

  • Nrrd (and the unu command-line tool on top of it) supports a range of operations for transforming N-dimensional raster data (resample, crop, slice, project, histogram, etc.), as well as the NRRD file format for storing arrays and their meta-information.
  • Gage: fast convolution-based measurements at arbitrary point locations in volume datasets (scalar, vector, tensor, etc.)
  • Mite: a multi-threaded ray-casting volume render with transfer functions based on any quantity Gage can measure
  • Ten: for estimating, processing, and visualizing diffusion tensor fields, including fiber tractography methods.

This package contains some simple command-line tools which provide fast and easy access to the functionality in the various libraries.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 196817